Probabilistic contact preferences in protein-ligand and protein-protein complexes

Modeller för intermolekulär växelvärkan utnyttjas brett inom biologin. Analys av kontakter mellan proteiner och läkemedelsforskning representerar typiska tillämpningsområden för dylika modeller. En modell som beskriver sådana molekylära växelverkningar kan utformas med hjälp av biofysisk teori, vilket tenderar att resultera i ytterst tung beräkningsbörda även för enkla tillämpningar. Ett alternativt sätt att formulera modeller är att utnyttja stora databaser som innehåller strukturmätningar gjorda med hjälp av till exempel röntgendiffraktion. Då man använder sig av empiriska mätdata direkt, möjliggör en statistisk modell att osäkerheten och inexaktheten i datat tas till hänsyn på ett adekvat sätt, samtidigt som beräkningsbördan håller sig på en rimligare nivå jämfört med kvantmekaniska metoder som i princip borde ge de optimala resultaten. I avhandlingen utvecklades en 3D modell för numerisk undersökning av intermolekulär växelverkan baserad på Bayesiansk statistik. Modellens syfte är att åstadkomma prognoser för det hurdana eller vilka molekylstrukturer prefereras i en given kontext, d.v.s. är mer sannolika inom ramen för interaktion. Modellen testades i essentiella molekyläromgivningar - en liten molekyl vid sin bindningsplats hos ett protein och en gränsyta mellan proteinerna i ett komplex. De erhållna numeriska resultaten motsvarar väl experimentella resultat som tidigare rapporterats i litteraturen, exempelvis kvalitativa bindningsaffiniteter och kemisk kännedom av vissa aminosyrors rumsliga förmågor att utgöra bindningar. I avhandlingen gjordes ytterligare preliminära tester av den statistiska ansatsen för modellering av den centrala molekylära strukturella anpassningsbarheten. I praktiken är den utvecklade modellen ämnad som ett led i en mer omfattande analysmetod, så som en s.k. farmakofor modell. Molekyylivuorovaikutusten mallintamista hyödynnetään laajasti biologisten kysymysten tarkastelussa. Tyypillisiä esimerkkejä sovelluskohteista ovat proteiinien väliset kontaktit ja lääkesuunnittelu. Vuorovaikutuksia kuvaavan mallin lähtökohta voi olla molekyyleihin liittyvä teoria, jolloin soveltamiseen liittyvä laskenta saattaa olla erityisen raskasta, tai suuri havaintojoukko joka on saatu aikaan esimerkiksi mittaamalla rakenteita röntgendiffraktio menetelmällä. Tilastollinen malli mahdollistaa havaintoaineistossa olevan epätarkkuuden ja epävarmuuden huomioimisen, samalla pitäen laskennallisen kuorman pienempänä verrattuna periaatteessa parhaan tuloksen antavaan kvanttimekaaniseen mallinnukseen. Väitöstyössä kehitettiin bayesiläiseen tilastotieteeseen perustuva 3D malli molekyylien välisten vuorovaikutusten laskennalliseen tarkasteluun. Mallin tehtävä on tuottaa ennusteita sen suhteen, minkä tai millaisten molekyylirakenteiden väliset kompleksit ovat etusijalla, toisin sanoen todennäköisempiä, vuorovaikutustilanteessa. Työssä kehitetyn menetelmän toimivuutta testattiin käyttötarkoituksen suhteen olennaisissa molekyyliympäristöissä - pieni molekyyli sitoutumiskohdassaan proteiinissa sekä rajapinta kahden proteiinin välilllä proteiinikompleksissa. Saadut laskennalliset tulokset vastasivat hyvin vertailuun käytettyjä kirjallisuudesta saatuja kokeellisia tuloksia, kuten laadullisia sitoutumisaffiniteetteja, sekä kemiallista tietoa esimerkiksi tiettyjen aminohappojen avaruudellisesta sidoksenmuodostuksesta. Väitöstyössä myös alustavasti testattiin tilastollista lähestymistapaa tärkeän molekyylien rakenteellisen mukautuvuuden mallintamiseen. Käytännössä malli on tarkoitettu osaksi jotakin laajempaa analyysimenetelmää, kuten farmakoforimallia.

Sexualitet i en brytningstid : en etisk analys av två finländska väckelserörelsers syn på samhälle, kyrka och homosexualitet åren 1970–2011

I avhandlingen redogörs för hur två finländska väckelserörelser, gammallaestadianismen och de väckta, under tre perioder mellan 1970 och 2011 har bearbetat frågor kring det moderna och senmoderna samhället och den förändrade kyrkan. I avhandlingen betraktas väckelserörelserna som storheter som står i kontakt med samhället och kyrkan och de förändringar som denna omvärld har genomgått. Särskilt uppmärksammas den kulturella brytningen mellan modernitet och senmodernitet, i vilken bl.a. förändringar i värdeklimatet (individualism, sekularisering, förändringar i sexualmoralen etc.) ingår. Denna brytning samt väckelserörelsernas reaktioner på den exemplifieras i avhandlingen med hjälp av en kartläggning av rörelsernas synpunkter på homosexualitet och samkönad samlevnad. Denna kartläggning grundas kronologiskt på de kyrkliga och politiska förändringarna i homosexualitetens och den samkönade samlevnadens status mellan åren 1970 och 2011 i vårt land. Analysen inriktar sig tematiskt på en kartläggning av rörelsernas samhälls- respektive kyrkosyn samt rörelsernas syn på tro och moral. Gammallaestadianerna kritiserade samhällets och kyrkans nya agerande gentemot homosexualitet utifrån rörelsens egna religiösa utgångspunkter. I avhandlingen ges dessa utgångspunkter benämningen livsfromhet. De väckta utvecklades å sin sida under betraktelseperioden till en pluralistisk rörelse i vars publikationer homosexuella människors rättigheter aktivt försvarades. De två rörelserna har haft klart olika sätt att förhålla sig till frågor kring homosexualitet och samkönad samlevnad. Det här exemplifierar hur och på vilka premisser rörelserna har reagerat på förändringar mellan modernt och senmodernt. ----------------------------------------------------- Väitöskirjassa selvitetään miten kaksi suomalaista herätysliikettä, vanhoillislestadiolaisuus ja heränneet, ovat kolmen eri tarkastelujakson aikana vuosien 1970 ja 2011 välillä käsitelleet moderniin ja myöhäismoderniin yhteiskuntaan sekä muuttuvaan kirkkoon liittyviä kysymyksiä. Väitöskirjassa herätysliikkeitä tarkastellaan liikkeinä, jotka ovat kontaktissa yhteiskunnan ja kirkon kanssa ja reagoivat niissä tapahtuviin muutoksiin. Erityisesti modernin ja myöhäismodernin välillä tapahtuva kulttuurinen murros ja mm. siihen sisältyvät muutokset arvoilmastossa (yksilöllistyminen, maallistuminen, muutokset seksuaalimoraalissa jne.) on otettu huomioon. Väitöskirjassa tätä murrosta ja herätysliikkeitten reaktioita siihen valaistaan kartoittamalla liikkeitten homoseksuaalisuutta ja samaa sukupuolta olevia pareja koskevia kannanottoja. Väitöskirjan kronologinen kartoitus perustuu homoseksuaalisuuden ja samaa sukupuolta olevien parien yhteiskunnallisessa ja kirkollisessa asemassa maassamme vuosien 1970 ja 2011 välillä tapahtuneisiin muutoksiin. Analyysi suunnataan temaattisesti herätysliikkeiden yhteiskunta- ja kirkkonäkemyksiin sekä liikkeitten käsityksiin uskon ja moraalin välisistä suhteista. Vanhoillislestadiolaisuudessa on kritisoitu yhteiskunnan ja kirkon homoseksuaalisuutta koskevia uusia lähestymistapoja liikkeen omista uskonnollisista lähtökohdista käsin. Väitöskirjassa näitä lähtökohtia tarkastellaan kokoavalla nimityksellä elämänvanhurskaus. Heränneet puolestaan kehittyi tarkastelujakson aikana pluralistiseksi liikkeeksi, jonka julkaisuissa homoseksuaalien oikeuksia puolustettiin aktiivisesti. Näillä kahdella liikkeellä on ollut selkeästi toisistaan poikkeavat tavat suhtautua homoseksuaalisuutta ja samaa sukupuolta olevia pareja koskeviin kysymyksiin. Tämä kertoo siitä, miten ja mistä lähtökohdista käsin liikkeet ovat reagoineet modernin ja myöhäismodernin välillä tapahtuneisiin muutoksiin.

Statistisk karta tillhörande Jernvägs-undersöknings-kommitténs betänkande

Kartta kuuluu A. E. Nordenskiöldin kokoelmaan

Kokutai no hongi och Senjinkun – en analys av handböcker för civila och soldater : shintoismens, buddhismens och konfucianismens roll i Japan under andra världskriget

Under andra världskriget rådde en starkt nationalistisk anda i Japan. Bland det mest centrala var att visa lojalitet och vördnad för den japanska kejsaren och staten. Olika handböcker publicerades för att sprida lärorna om statens ideologi och utveckla andan bland japanska soldater och civila. Principer från olika religiösa traditioner blandades samman och inlemmades i lärorna som ingick i handböckerna. I avhandlingen undersöker jag på vilket sätt religiösa doktriner, mer specifikt shintoistiska, buddhistiska och konfucianska, sammanblandades och syntes i ideologin. Mitt fokus ligger på två skrifter, Kokutai no hongi och Senjinkun, som publicerades i Japan under 1930– och 1940–talen för att utveckla den rätta andan inför kriget. Jag gör en tolkande studie av handböckerna för att få en uppfattning av hur de tre religionerna ingick i lärorna inom ideologin. Jag använder mig här av engelska översättningar av skrifterna och stöder mig på tidigare forskning av dem. Förutom det jämför jag de två handböckerna för att se ifall det finns likheter mellan lärorna i dem. Utgående från min studie konstaterar jag att det finns vissa likheter mellan lärorna i de två skrifterna. De tre religionerna hade en viktig roll inom den rådande ideologin. Shintoismen utgjorde grunden för lärorna och de konfucianska och buddhistiska principerna var strukturerade kring de shintoistiska lärorna. Vilken av religionerna som var viktigare än den andra inom ideologin är svårt att avgöra. Alla religionerna var väsentliga beståndsdelar av ideologin.