Decreased PM10 exposure attenuates age-related lung function decline: genetic variants in p53, p21, and CCND1 modify this effect.

BACKGROUND: Decreasing exposure to airborne particulates was previously associated with reduced age-related decline in lung function. However, whether the benefit from improved air quality depends on genetic background is not known. Recent evidence points to the involvement of the genes p53 and p21 and of the cell cycle control gene cyclin D1 (CCND1) in the response of bronchial cells to air pollution. OBJECTIVE: We determined in 4,326 participants of the Swiss Cohort Study on Air Pollution and Lung and Heart Diseases in Adults (SAPALDIA) whether four single-nucleotide polymorphisms in three genes [CCND1 (rs9344 [P242P], rs667515), p53 (rs1042522 [R72P]), and p21 (rs1801270 [S31R])] modified the previously observed attenuation of the decline in the forced expiratory flow between 25% and 75% of the forced vital capacity (FEF(25-75)) associated with improved air quality. METHODS: Subjects of the prospective population-based SAPALDIA cohort were assessed in 1991 and 2002 by spirometry, questionnaires, and biological sample collection for genotyping. We assigned spatially resolved concentrations of particulate matter with aerodynamic diameter < or = 10 microm (PM(10)) to each participant's residential history 12 months before the baseline and follow-up assessments. RESULTS: The effect of diminishing PM(10) exposure on FEF(25-75) decline appeared to be modified by p53 R72P, CCND1 P242P, and CCND1 rs667515. For example, a 10-microg/m(3) decline in average PM(10) exposure over an 11-year period attenuated the average annual decline in FEF(25-75) by 21.33 mL/year (95% confidence interval, 10.57-32.08) among participants homozygous for the CCND1 (P242P) GG genotype, by 13.72 mL/year (5.38-22.06) among GA genotypes, and by 6.00 mL/year (-4.54 to 16.54) among AA genotypes. CONCLUSIONS: Our results suggest that cell cycle control genes may modify the degree to which improved air quality may benefit respiratory function in adults.

Mutation analysis of genes that control the G1/S cell cycle in melanoma: TP53, CDKN1A, CDKN2A, and CDKN2B.

BACKGROUND The role of genes involved in the control of progression from the G1 to the S phase of the cell cycle in melanoma tumors in not fully known. The aim of our study was to analyse mutations in TP53, CDKN1A, CDKN2A, and CDKN2B genes in melanoma tumors and melanoma cell lines METHODS We analysed 39 primary and metastatic melanomas and 9 melanoma cell lines by single-stranded conformational polymorphism (SSCP). RESULTS The single-stranded technique showed heterozygous defects in the TP53 gene in 8 of 39 (20.5%) melanoma tumors: three new single point mutations in intronic sequences (introns 1 and 2) and exon 10, and three new single nucleotide polymorphisms located in introns 1 and 2 (C to T transition at position 11701 in intron 1; C insertion at position 11818 in intron 2; and C insertion at position 11875 in intron 2). One melanoma tumor exhibited two heterozygous alterations in the CDKN2A exon 1 one of which was novel (stop codon, and missense mutation). No defects were found in the remaining genes. CONCLUSION These results suggest that these genes are involved in melanoma tumorigenesis, although they may be not the major targets. Other suppressor genes that may be informative of the mechanism of tumorigenesis in skin melanomas should be studied.

p21 as a transcriptional co-repressor of S-phase and mitotic control genes.

It has been previously described that p21 functions not only as a CDK inhibitor but also as a transcriptional co-repressor in some systems. To investigate the roles of p21 in transcriptional control, we studied the gene expression changes in two human cell systems. Using a human leukemia cell line (K562) with inducible p21 expression and human primary keratinocytes with adenoviral-mediated p21 expression, we carried out microarray-based gene expression profiling. We found that p21 rapidly and strongly repressed the mRNA levels of a number of genes involved in cell cycle and mitosis. One of the most strongly down-regulated genes was CCNE2 (cyclin E2 gene). Mutational analysis in K562 cells showed that the N-terminal region of p21 is required for repression of gene expression of CCNE2 and other genes. Chromatin immunoprecipitation assays indicated that p21 was bound to human CCNE2 and other p21-repressed genes gene in the vicinity of the transcription start site. Moreover, p21 repressed human CCNE2 promoter-luciferase constructs in K562 cells. Bioinformatic analysis revealed that the CDE motif is present in most of the promoters of the p21-regulated genes. Altogether, the results suggest that p21 exerts a repressive effect on a relevant number of genes controlling S phase and mitosis. Thus, p21 activity as inhibitor of cell cycle progression would be mediated not only by the inhibition of CDKs but also by the transcriptional down-regulation of key genes.

Polimorfismo enzimático nos tecidos de pereira

O trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar o polimorfismo enzimático em diferentes tecidos de oito cultivares de pereira Pyrus communis L. Os genótipos utilizados fazem parte da coleção de plantas disponíveis na Universidade de Estudos de Bolonha. Para as análises isoenzimáticas foram utilizadas gemas floríferas dormentes no inverno, casca de ramos de um ano obtida de plantas em pleno desenvolvimento, folhas obtidas no início da primavera e folhas de plantas mantidas in vitro. A corrida eletroforética foi realizada em gel de poliacrilamida a gradiente com (5% a 12,5%). Os resultados obtidos com os genótipos utilizados indicaram que o sistema enzimático beta-glucosidase (E.C.3.2.1.21) apresentou atividade apenas nas folhas das plantas in vitro, com uma banda na mesma posição para todas as cultivares, ao passo que os sistemas para as enzimas esterase (E.C.3.1.1.2) e peroxidase (E.C.1.11.1.7) apresentaram elevado polimorfismo. Nas gemas dormentes analisadas, o sistema peroxidase permitiu diferenciar todos os genótipos. As formas isoenzimáticas da esterase permitiram separar todos os genótipos independentemente dos tecidos utilizados.

Polimorfismo isozimático e potencial de utilização das isozimas como marcadores genéticos em aceroleira

A aceroleira (Malpighia emarginata DC.) é uma cultura em expansão no Brasil, principalmente, por causa do elevado teor de vitamina C de seus frutos; contudo, ainda são escassas as informações sobre a espécie. Este trabalho teve o objetivo de estudar a atividade e o polimorfismo de alguns sistemas isozimáticos de uma coleção de aceroleiras. Foram estudadas as isozimas IDH, MDH, EST, ACP, GOT, PGM, PGI e POD. Utilizou-se o sistema de eletroforese horizontal em gel de amido e diferentes tampões de gel e cuba. Identificou-se o número de locos e alelos envolvidos no controle genético das enzimas. IDH demonstrou ser dimérica, e foi constatado um loco e dois alelos. PGM apresentou dois locos diméricos, com dois e quatro alelos. EST e POD demonstraram ser monoméricas, com um e dois locos, respectivamente, todos com dois alelos. MDH apresentou um loco onde o seu comportamento é monomérico e outro dimérico, ambos com dois alelos. GOT foi polimórfico mas não foi possível inferir sobre seu controle genético. O polimorfismo revelado pelos sistemas IDH, MDH, POD, EST, GOT e PGM demonstra o potencial de utilização das isozimas como marcadores genéticos em estudos de conservação e melhoramento de aceroleira.

Polimorfismo da beta-lactoglobulina não afeta as características físico-químicas e a estabilidade do leite bovino

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do polimorfismo genético da beta-lactoglobulina, da raça e da sazonalidade sobre as características físico-químicas e estabilidade do leite bovino. Foram selecionados 5 rebanhos da raça Holandesa e 6 da Girolando. Amostras de leite e sangue foram coletadas de 660 vacas Holandesas e 293 Girolandos, num total de 953 amostras, obtidas em duas coletas na estação seca e duas na estação chuvosa. As amostras de leite foram submetidas à análise de acidez titulável, pH, crioscopia, e ao teste de estabilidade ao etanol (70, 76, 80 e 84ºGL). As amostras de sangue foram submetidas à reação em cadeia de polimerase, para determinação do polimorfismo da beta-lactoglobulina em ambas as raças estudadas. Não houve efeito do polimorfismo da beta-lactoglobulina sobre as características físico-químicas do leite. Observou-se efeito de raça (Holandesa e Girolando, respectivamente) sobre a acidez titulável (16,16 e 17,07°D), e da sazonalidade (estações chuvosa e seca, respectivamente) sobre a crioscopia (-0,5411 e -0,5376°H). Nas condições do estudo, observou-se efeito de raça e sazonalidade sobre a estabilidade do leite, com maior instabilidade do leite de Girolando, durante a estação seca. Não houve efeito do polimorfismo da beta-lactoglobulina sobre essa característica.

Polimorfismo no gene GH1-PstI associado a características corporais de linhagens de tilápia-do-nilo

O objetivo deste trabalho foi determinar a associação de polimorfismos no gene do hormônio crescimento GH1 às características corporais, em linhagens de tilápia-do-nilo (Oreochromis niloticus). Foram coletados fragmentos da nadadeira caudal de exemplares das linhagens, aos cinco meses de idade, para as análises de "polymerase chain reaction-restriction fragment lenght polymorphism" (PCR-RFLP). Foram realizadas as seguintes mensurações: comprimento total, comprimento padrão, altura, largura e comprimento da cabeça. Realizou-se a amplificação de um fragmento com 652 pb do gene GH1, com subsequente restrição com a enzima PstI. Para a análise de associação do marcador molecular com as características quantitativas, utilizou-se o procedimento GLM do SAS. O polimorfismo descrito para o íntron 1, do gene GH1 da tilápia-do-nilo, apresentou correlação significativa com o comprimento total, comprimento padrão, altura e largura corporal. Foi verificado que o genótipo PstI+/- está associado ao melhor crescimento, independentemente da linhagem. A associação verificada pode ter ocorrido em razão do efeito direto da regulação do próprio gene GH.

Review of CT features of saprophytic aspergillosis (Aspergilloma) and correlation with final diagnosis : P21

Purpose: 1. To review Ct features suggestive of saprophytic aspergillosis (aspergilloma) and to correlate them with the final pathological results. 2. To illustrate the wide range of differential diagnosis. Methods and materials: The electronic database of our department from 1995 to 2007 revealed CT reports of 48 patients that had been considered very suggestive of aspergilloma. Two radiologists with 6 and 12 years experience in thoracic radiology jointly reviewed the corresponding CT features including ancillary findings and the underlying lung diseases and correlated them with the final pathological diagnosis. Results: Forty patients could be included in the study (12 women, mean age 52), while in 8 patients there was no adequate clinical follow-up. In 17 patients the diagnosis "mycetoma" due to aspergillus fumigatus infection was confirmed, either by surgery, biopsy or bronchoscopy. In 23 patients, differential diagnoses were found, such as cavitating bronchial carcinoma (n = 7), bacterial abscess (n = 3), typical (n = 2) and atypical (n = 2) tuberculosis, as well as inflammatory changes due to mucoviscidosis (n = 1), Wegener's disease (n = 1) or chronic obstructive pulmonary disease (n = 3). Fibromyxoide hamartoma, lung infarction and bronchomucocele were responsible for the typical CT feature in one patient each. Conclusion: 1. The typical CT feature suggesting mycetoma is softtissue proliferation within a pre-existing wall-thickened lung cavity, oten even considered "pathognomonic". However, this diagnosis was finally confirmed by surgery or laboratory findings in less than 50% of patients only. 2. Since differential diagnoses are very large, not only including cavitating lung cancer and tuberculosis, the individual underlying lung disease needs strongly being taken into account often giving the best clue for the correct diagnosis.

Detecção de polimorfismo em porta-enxertos para citros

Objetivando a verificação da existência de plântulas originadas de embrião zigótico em viveiros comerciais de mudas cítricas, realizou-se o presente trabalho, utilizando a técnica de fAFLP e quatro espécies de porta-enxertos para citros. Verificou-se uma base genética estreita entre as espécies testadas, além de grande variabilidade entre os materiais, independentemente do viveiro em que foram coletados, o que permite concluir que a seleção visual, comumente realizada nos viveiros, é ineficiente.

p21 as a Transcriptional Co-Repressor of S-Phase and Mitotic Control Genes

It has been previously described that p21 functions not only as a CDK inhibitor but also as a transcriptional co-repressor in some systems. To investigate the roles of p21 in transcriptional control, we studied the gene expression changes in two human cell systems. Using a human leukemia cell line (K562) with inducible p21 expression and human primary keratinocytes with adenoviral-mediated p21 expression, we carried out microarray-based gene expression profiling. We found that p21 rapidly and strongly repressed the mRNA levels of a number of genes involved in cell cycle and mitosis. One of the most strongly down-regulated genes was CCNE2 (cyclin E2 gene). Mutational analysis in K562 cells showed that the N-terminal region of p21 is required for repression of gene expression of CCNE2 and other genes. Chromatin immunoprecipitation assays indicated that p21 was bound to human CCNE2 and other p21-repressed genes gene in the vicinity of the transcription start site. Moreover, p21 repressed human CCNE2 promoter-luciferase constructs in K562 cells. Bioinformatic analysis revealed that the CDE motif is present in most of the promoters of the p21-regulated genes. Altogether, the results suggest that p21 exerts a repressive effect on a relevant number of genes controlling S phase and mitosis. Thus, p21 activity as inhibitor of cell cycle progression would be mediated not only by the inhibition of CDKs but also by the transcriptional down-regulation of key genes.

Caracterização de polimorfismo em fármacos por ressonância magnética nuclear no estado sólido

This review aims to present some features about solid state NMR and its application in the field of pharmaceutical chemistry, for the characterization of polymorphism of pharmaceutical molecules.

Avaliação da variabilidade do Grapevine leafroll-associated virus 1 e 3 por análise de seqüências de nucleotídeos e polimorfismo conformacional de fita simples

As principais espécies de vírus envolvidas na etiologia do enrolamento da folha da videira (Vitis spp.) são Grapevine leafroll-associated virus 1 e 3 (GLRaV-1 e -3). Neste estudo da variabilidade desses vírus, foram amplificados dois fragmentos de DNA (396 bp do GLRaV-1 e 602 bp do GLRaV-3) por RT-PCR, a partir de RNA total extraído de nervuras e pecíolos de videiras infetadas, utilizando-se dois pares de oligonucleotídeos. Os DNAs amplificados foram clonados e reamplificados, a partir dos clones recombinantes, e comparados quanto às diferenças conformacionais das fitas simples desnaturadas (SSCP). Foram observados dois padrões distintos de perfis eletroforéticos para cada vírus, tendo sido seqüenciado pelo menos um clone viral correspondente a cada padrão. As duas seqüências de nucleotídeos obtidas para o GLRaV-1 apresentaram maior homologia (79,8% e 87,4%) com um isolado australiano e as duas seqüências relativas ao GLRaV-3 exibiram maior homologia (75,1% e 81,8%) com um isolado norte-americano. Os resultados demonstraram a ocorrência de seqüências variantes destes vírus nas videiras analisadas.

Polimorfismo do gene do receptor de progesterona (PROGINS) em mulheres com endometriose pélvica

OBJETIVO: o objetivo do estudo foi verificar a prevalência do polimorfismo denominado PROGINS no gene do receptor de progesterona entre mulheres com endometriose em seus diferentes estádios. MÉTODOS: estudo caso-controle desenvolvido entre novembro de 2003 e maio de 2004. Foram analisados os genótipos de 104 mulheres, das quais 66 com endometriose comprovada por videolaparoscopia (26 mulheres nos estádios I-II e 40 nos estádios III-IV) e 38 saudáveis. A inserção Alu de 306 pares de base no intron G do gene do receptor de progesterona denominada PROGINS foi detectada por meio de reação em cadeia da polimerase e analisada em gel de agarose 2% corado com brometo de etídio. Para análise estatística foi utilizado o teste ANOVA paramétrico. RESULTADOS: as amostras pertencentes aos grupos endometriose estádios I-II (grupo EndoI) e estádios III-IV (grupo EndoII) tiveram significativo aumento na incidência do alelo polimórfico do receptor de progesterona em relação ao grupo controle: 27% no grupo EndoI, 38% no EndoII e apenas 18% no grupo controle (p < 0,001). A prevalência da inserção, quando comparamos mulheres com endometriose, independente do estádio, com as do grupo controle, foi estatisticamente superior no grupo das doentes (p = 0,0385). CONCLUSÃO: há associação estatisticamente significante entre o polimorfismo PROGINS e a endometriose pélvica.