Posters for Web Science DTC Industrial Day

These posters were created by Web Science MSc and PhD students as a discussion point with representatives from the DTC Industrial Advisory Group.

Research Skills for Biomedical Science

This is a collection of PowerPoint and Word documents used to deliver a 10 ECTS module at HE4 level to PhD students in the School of Medicine.

Work less, teach better and get better feedback: why we tried innovative teaching methods

Speaker: Patrick McSweeney Organiser: Time: 15/10/2014 11:00-11:45 Location: B32/3077 Abstract Having started at Southampton in 2005 I have seen quite a few changes to the way courses are taught and studied. I will reflect on some of the interesting changes I have observed and suggest their causes. As a practical example I will talk about codestrom, a peer feedback tool for learning programming. We have found that this teaching method has improved the student experience and reduced the work load for the module team. Together we will discuss how this and other recent developments can enable other teaching innovations which benefit staff as well as students. Hopefully the new class of PhD students will be able to contribute from the point of view of having recently been undergraduate students here and else where.

Predictors of knowledge creation performance. A quantitative qualitative comparative study of European doctorandi

Aquesta tesi forma part d'un projecte destinat a predir el rendiment acadèmic dels estudiants de doctorat portat a terme per l'INSOC (International Network on Social Capital and Performance). El grup de recerca INSOC està format per les universitats de Girona (Espanya), Ljubljana (Eslovènia), Giessen (Alemanya) i Ghent (Bèlgica). El primer objectiu d'aquesta tesi és desenvolupar anàlisis quantitatius comparatius sobre el rendiment acadèmic dels estudiants de doctorat entre Espanya, Eslovènia i Alemanya a partir dels resultats individuals del rendiment acadèmic obtinguts de cada una de les universitats. La naturalesa internacional del grup de recerca implica la recerca comparativa. Vam utilitzar variables personal, actitudinals i de xarxa per predir el rendiment. El segon objectiu d'aquesta tesi és entendre de manera qualitativa perquè les variables de xarxa no ajuden quantitativament a predir el rendiment a la universitat de Girona (Espanya). En el capítol 1, definim conceptes relacionats amb el rendiment i donam un llistat de cada una de les variables independents (variables de xarxa, personals i actitudinals), resumint la lliteratura. Finalment, explicam com s'organitzen els estudis de doctorat a cada un dels diferents països. A partir d'aquestes definicions teòriques, en els pròxims capítols, primer presentarem els qüestionaris utilitzats a Espanya, Eslovènia i Alemanya per mesurar aquests diferents tipus de variables. Després, compararem les variables que són relevants per predir el rendiment dels estudiants de doctorat a cada país. Després d'això, fixarem diferents models de regressió per predir el rendiment entre països. En tots aquests models les variables de xarxa fallen a predir el rendiment a la Universitat de Girona. Finalment, utilitzem estudis qualitatius per entendre aquests resultats inesperats. En el capítol 2, expliquem com hem dissenyat i conduït els qüestionaris en els diferents països amb l'objectiu d'explicar el rendiment dels estudiants de doctorat obtinguts a Espanya, Eslovènia i Alemanya. En el capítol 3, cream indicadors comparables però apareixen problemes de comparabilitat en preguntes particulars a Espanya, Eslovènia i Alemanya. En aquest capítol expliquem com utilitzem les variables dels tres països per crear indicadors comparables. Aquest pas és molt important perquè el principal objectiu del grup de recerca INSOC és comparar el rendiment dels estudiants de doctorat entre els diferents països. En el capítol 4 comparem models de regressió obtinguts de predir el rendiment dels estudiants de doctorat a les universitats de Girona (Espanya) i Eslovènia. Les variables són característiques dels grups de recerca dels estudiants de doctorat enteses com una xarxa social egocèntrica, característiques personals i actitudinals dels estudiants de doctorat i algunes carecterístiques dels directors. Vam trobar que les variables de xarxa egocèntriques no predien el rendiment a la Universitat de Girona. En el capítol 5, comparem dades eslovenes, espanyoles i alemnayes, seguint la metodologia del capítol 4. Concluïm que el cas alemany és molt diferent. El poder predictiu de les variables de xarxa no millora. En el capítol 6 el grup de recerca dels estudiants de doctorat és entès com una xarxa duocèntrica (Coromina et al., 2008), amb l'objectiu d'obtendre informació de la relació mútua entre els estudiants i els seus directors i els contactes d'ambdós amb els altres de la xarxa. La inclusió de la xarxa duocèntrica no millora el poder predictiu del model de regressió utilitzant les variales egocèntriques de xarxa. El capítol 7 pretèn entendre perquè les variables de xarxa no predeixen el rendiment a la Universitat de Girona. Utilitzem el mètode mixte, esperant que l'estudi qualitatiu pugui cobrir les raons de perquè la qualitat de la xarxa falla en la qualitat del treball dels estudiants. Per recollir dades per l'estudi qualitatiu utilitzem entrevistes en profunditat.

Social networks and performance in knowledge creation. An application and a methodological proposal

El objetivo de esta tesis es predecir el rendimiento de los estudiantes de doctorado en la Universidad de Girona según características personales (background), actitudinales y de redes sociales de los estudiantes. La población estudiada son estudiantes de tercer y cuarto curso de doctorado y sus directores de tesis doctoral. Para obtener los datos se ha diseño un cuestionario web especificando sus ventajas y teniendo en cuenta algunos problemas tradicionales de no cobertura o no respuesta. El cuestionario web se hizo debido a la complejidad que comportan de las preguntas de red social. El cuestionario electrónico permite, mediante una serie de instrucciones, reducir el tiempo para responder y hacerlo menos cargado. Este cuestionario web, además es auto administrado, lo cual nos permite, según la literatura, unas respuestas mas honestas que cuestionario con encuestador. Se analiza la calidad de las preguntas de red social en cuestionario web para datos egocéntricos. Para eso se calcula la fiabilidad y la validez de este tipo de preguntas, por primera vez a través del modelo Multirasgo Multimétodo (Multitrait Multimethod). Al ser datos egocéntricos, se pueden considerar jerárquicos, y por primera vez se una un modelo Multirasgo Multimétodo Multinivel (multilevel Multitrait Multimethod). Las la fiabilidad y validez se pueden obtener a nivel individual (within group component) o a nivel de grupo (between group component) y se usan para llevar a cabo un meta-análisis con otras universidades europeas para analizar ciertas características de diseño del cuestionario. Estas características analizan si para preguntas de red social hechas en cuestionarios web son más fiables y validas hechas "by questions" o "by alters", si son presentes todas las etiquetas de frecuencia para los ítems o solo la del inicio y final, o si es mejor que el diseño del cuestionario esté en con color o blanco y negro. También se analiza la calidad de la red social en conjunto, en este caso específico son los grupos de investigación de la universidad. Se tratan los problemas de los datos ausentes en las redes completas. Se propone una nueva alternativa a la solución típica de la red egocéntrica o los respondientes proxies. Esta nueva alternativa la hemos nombrado "Nosduocentered Network" (red Nosduocentrada), se basa en dos actores centrales en una red. Estimando modelos de regresión, esta "Nosduocentered network" tiene mas poder predictivo para el rendimiento de los estudiantes de doctorado que la red egocéntrica. Además se corrigen las correlaciones de las variables actitudinales por atenuación debido al pequeño tamaño muestral. Finalmente, se hacen regresiones de los tres tipos de variables (background, actitudinales y de red social) y luego se combinan para analizar cual para predice mejor el rendimiento (según publicaciones académicas) de los estudiantes de doctorado. Los resultados nos llevan a predecir el rendimiento académico de los estudiantes de doctorado depende de variables personales (background) i actitudinales. Asimismo, se comparan los resultados obtenidos con otros estudios publicados.

European resarch school on large scale solar thermal - SHINE

The Solar HeatIntegration NEtwork (SHINE) is a European research school in which 13 PhDstudents in solar thermal technologies are funded by the EU Marie-Curie program.It has five PhD course modules as well as workshops and seminars dedicated to PhDstudents both within the project as well as outside of it. The SHINE researchactivities focus on large solar heating systems and new applications: ondistrict heating, industrial processes and new storage systems. The scope ofthis paper is on systems for district heating for which there are five PhDstudents, three at universities and two at companies. The PhD students allstarted during the early part of 2014 and their initial work has concentratedon literature studies and on setting up models and data collection to be usedfor validation purposes. The PhD students will complete their studies in2017-18.

As relações acadêmicas de produção na pós-Graduação em administração no Brasil

A presente tese pretende contribuir criticamente para o entendimento das intrincadas relações existentes entre o Estado, o capital e a produção acadêmica. Para isso, se propôs a interpretar as relações acadêmicas de produção na pós-graduação em Administração no Brasil articulando-as com categorias analíticas mais amplas, delineadas de forma a fornecer um quadro, ao fundo, da economia-política. O pressuposto de que a atual intensificação dos ritmos de produção acadêmica contrasta com um passado – idealizado – de ciência contemplativa precisou ser confrontado com o desenvolvimento histórico da educação superior e da pós-graduação no país objetivando-se demover certas mitificações do debate. O Estado, em sua versão reformada a partir do ideário friedmaniano, o conceito de capital monopolista e a teoria do processo de trabalho forneceram suporte teórico-metodológico – e empírico – para a interpretação do quadro político-econômico proposto. Para a passagem do geral para o particular – das conexões entre o Estado e o capital à produção acadêmica – recorreu-se à coleta de dados em duas frentes: (i) analisou-se a produção acadêmica de todos os 168 pesquisadores-doutores bolsistas (até março de 2014) em Produtividade em Pesquisa (PQ) do CNPq na área de Administração e (ii) realizou-se entrevistas em profundidade com pesquisadores-doutores e doutorandos dos mais variados programas de pós-graduação em Administração do país. Os resultados foram inquietantes: verificou-se que está em curso um processo de intensificação da incorporação da mão-de-obra formada por alunos-orientandos às estruturas pedagógico-produtivas dos cursos de pós-graduação. Os orientandos respondem pela parcela mais substantiva do total da produção acadêmica, enquanto que os processos de trabalho aprofundam re-significações das atribuições dos cursos de pós-graduação e intensificam a divisão do trabalho, com impactos diversos nas relações entre os sujeitos da pós-graduação. Quando se procede ao movimento analítico inverso – das relações no interior da pós-graduação em Administração no Brasil para o quadro da economia-política posicionado ao fundo – observa-se que o Estado (principalmente através da CAPES e do CNPq) e o mercado capitalista acadêmico (tendendo a poucas empresas de capital monopolista) acrescentam determinações fundamentais às relações acadêmicas de produção. Índices de avaliação baseados em métricas de contabilidade da pesquisa se legitimam como monopólios epistemológicos da qualidade e se institucionalizam pelas ações coordenadas da CAPES e do CNPq no conjunto do sistema oficial de pós-graduação. Metas de produção são estabelecidas e re-significadas pelos sujeitos. No limite, define-se até mesmo o tipo de ciência que se produz na área. Conclui-se que a resistência aos atuais padrões intensificados de produção acadêmica passa pelo entendimento crítico de todas essas relações que se costuram e se estruturam no interior da pós-graduação.

Priorização de pacientes em emergências médicas: uma análise ética

Objetivo: Identificar e analisar, à luz de referencial ético, as escolhas e justificativas de profissionais de saúde pública em situações hipotéticas de priorização de pacientes em casos de limitações de recursos no atendimento de emergências médicas. Métodos: Pesquisa qualiquantitativa, mediante entrevistas com 80 profissionais de saúde pública, pós-graduandos (mestrado e doutorado) em Saúde Pública, aos quais foram apresentadas situações hipotéticas, envolvendo os critérios de sexo, idade e responsabilidade, sendo requeridos que escolhessem entre alternativas que se referiam à existência de pessoas, correndo risco igual de vida, que necessitam de atendimento em um serviço de emergência. Resultados: As escolhas priorizaram crianças, jovens, mulheres e casadas, com a tomada de decisão invocando os princípios éticos de vulnerabilidade, utilidade social e equidade. Conclusão: A pesquisa mostra clara tendência de justificativas das escolhas feitas, orientadas pela ética utilitarista.

New insights about host response to smallpox using microarray data

Abstract Background Smallpox is a lethal disease that was endemic in many parts of the world until eradicated by massive immunization. Due to its lethality, there are serious concerns about its use as a bioweapon. Here we analyze publicly available microarray data to further understand survival of smallpox infected macaques, using systems biology approaches. Our goal is to improve the knowledge about the progression of this disease. Results We used KEGG pathways annotations to define groups of genes (or modules), and subsequently compared them to macaque survival times. This technique provided additional insights about the host response to this disease, such as increased expression of the cytokines and ECM receptors in the individuals with higher survival times. These results could indicate that these gene groups could influence an effective response from the host to smallpox. Conclusion Macaques with higher survival times clearly express some specific pathways previously unidentified using regular gene-by-gene approaches. Our work also shows how third party analysis of public datasets can be important to support new hypotheses to relevant biological problems.

Disagreements in meta-analyses using outcomes measured on continuous or rating scales: observer agreement study

OBJECTIVE: To study the inter-observer variation related to extraction of continuous and numerical rating scale data from trial reports for use in meta-analyses. DESIGN: Observer agreement study. DATA SOURCES: A random sample of 10 Cochrane reviews that presented a result as a standardised mean difference (SMD), the protocols for the reviews and the trial reports (n=45) were retrieved. DATA EXTRACTION: Five experienced methodologists and five PhD students independently extracted data from the trial reports for calculation of the first SMD result in each review. The observers did not have access to the reviews but to the protocols, where the relevant outcome was highlighted. The agreement was analysed at both trial and meta-analysis level, pairing the observers in all possible ways (45 pairs, yielding 2025 pairs of trials and 450 pairs of meta-analyses). Agreement was defined as SMDs that differed less than 0.1 in their point estimates or confidence intervals. RESULTS: The agreement was 53% at trial level and 31% at meta-analysis level. Including all pairs, the median disagreement was SMD=0.22 (interquartile range 0.07-0.61). The experts agreed somewhat more than the PhD students at trial level (61% v 46%), but not at meta-analysis level. Important reasons for disagreement were differences in selection of time points, scales, control groups, and type of calculations; whether to include a trial in the meta-analysis; and data extraction errors made by the observers. In 14 out of the 100 SMDs calculated at the meta-analysis level, individual observers reached different conclusions than the originally published review. CONCLUSIONS: Disagreements were common and often larger than the effect of commonly used treatments. Meta-analyses using SMDs are prone to observer variation and should be interpreted with caution. The reliability of meta-analyses might be improved by having more detailed review protocols, more than one observer, and statistical expertise.

Co-activation of JAK/STAT and p38 MAPK pathways by type I interferon enhances apoptosis in human basophils

It has previously been published that interferon-α (type I IFN) improves clinical symptoms of asthma patients. Since human basophils are major inflammatory cells in maintaining chronic allergic asthma we investigate whether type I IFN affect human blood basophils. Furthermore, previous studies have shown that spontaneous apoptosis of human basophils is slow due to constitutive expression of anti-apoptotic BCL-2 family members. In addition, IL-3 exceptionally promotes survival of basophils by enhancing constitutive expression of BCL-2 family members and by inducing de-novo expression of Pim-1 kinase. Thus, we also assessed whether type I IFN might overcome IL-3-induced survival of human basophils. Our data show that type I IFN enhances apoptosis in purified human blood basophils compared to spontaneous apoptosis of controls or type II IFN treated cells. Furthermore, we demonstrate that both type I IFN and FasL enhance apoptosis in human basophils with similar efficiency in a rather additive than synergistic way. Analyses of signaling pathways reveal that type I IFN promote prolonged phosphorylation of STAT1/STAT2. By using a pan-JAK inhibitor the phosphorylation of STAT1/STAT2 is inhibited and most importantly the pro-apoptotic effect of type I IFN is abolished. On the other hand, type I IFN do not reduce IL-3-induced de novo expression of Pim-1 and BCL-2. This is in line with our observation that IL-3-induced survival is dominant over type I IFN-enhanced apoptosis. In addition, phosphorylation of p38 MAPK in type I IFN treated cells is comparable to non-treated cells. Particularly however, inhibition of this p-p38 activity abrogates apoptosis as well. We conclude that type I IFN-enhanced apoptosis is tightly regulated by the cooperation of JAK/STAT and p38 MAPK pathways. Our study identifies a so far unknown effect of type I IFN and may explain the improved clinical symptoms of asthma patients treated with type I IFN.

R&D on crystalline silicon technology: From metallurgical silicon to the PV module

Founded by Antonio Luque in 1979 Personnel: Personnel: 6464 full full-time time staff (19 professors staff (19 professors, 44 PhD PhD researchers 28 PhD students 13 researchers, 28 PhD students, 13 administrative and maintenance staff), 19 “part time” (11 “external PhD students”, 8 master students) Objective: Objective: Contribute to the deployment of Photovoltaic Solar Electricity through R&D& Contribute to the deployment of Photovoltaic Solar Electricity through R&D&i