Characterisation of Cladonia rangiferina transcriptome and genome, and the effects of dehydration and rehydration on its gene expression

Lichens are symbiotic organisms, which consist of the fungal partner and the photosynthetic partner, which can be either an alga or a cyanobacterium. In some lichen species the symbiosis is tripartite, where the relationship includes both an alga and a cyanobacterium alongside the primary symbiont, fungus. The lichen symbiosis is an evolutionarily old adaptation to life on land and many extant fungal species have evolved from lichenised ancestors. Lichens inhabit a wide range of habitats and are capable of living in harsh environments and on nutrient poor substrates, such as bare rocks, often enduring frequent cycles of drying and wetting. Most lichen species are desiccation tolerant, and they can survive long periods of dehydration, but can rapidly resume photosynthesis upon rehydration. The molecular mechanisms behind lichen desiccation tolerance are still largely uncharacterised and little information is available for any lichen species at the genomic or transcriptomic level. The emergence of the high-throughput next generation sequencing (NGS) technologies and the subsequent decrease in the cost of sequencing new genomes and transcriptomes has enabled non-model organism research on the whole genome level. In this doctoral work the transcriptome and genome of the grey reindeer lichen, Cladonia rangiferina, were sequenced, de novo assembled and characterised using NGS and traditional expressed sequence tag (EST) technologies. RNA extraction methods were optimised to improve the yield and quality of RNA extracted from lichen tissue. The effects of rehydration and desiccation on C. rangiferina gene expression on whole transcriptome level were studied and the most differentially expressed genes were identified. The secondary metabolites present in C. rangiferina decreased the quality – integrity, optical characteristics and utility for sensitive molecular biological applications – of the extracted RNA requiring an optimised RNA extraction method for isolating sufficient quantities of high-quality RNA from lichen tissue in a time- and cost-efficient manner. The de novo assembly of the transcriptome of C. rangiferina was used to produce a set of contiguous unigene sequences that were used to investigate the biological functions and pathways active in a hydrated lichen thallus. The de novo assembly of the genome yielded an assembly containing mostly genes derived from the fungal partner. The assembly was of sufficient quality, in size similar to other lichen-forming fungal genomes and included most of the core eukaryotic genes. Differences in gene expression were detected in all studied stages of desiccation and rehydration, but the largest changes occurred during the early stages of rehydration. The most differentially expressed genes did not have any annotations, making them potentially lichen-specific genes, but several genes known to participate in environmental stress tolerance in other organisms were also identified as differentially expressed.

The convergence of psychopathy, self-rated vulnerability, and other-rated vulnerability

Previous research has found that victims of crime tend to exhibit asynchronous movement (e.g. Grayson & Stein, 1981), and the fact that victims display different body language suggests that they may be sending inadvertent signals to their own vulnerability (e.g. Murzynski & Degelman, 1996). Body language has also be en linked with s e l f identification as a victim (Wheeler et aI., 2009), and self-identification has be en found to act as a proxy for more severe victimization (Baumer, 2002) and greater fear of crime (Greenberg & Beach, 2004). The first prediction in the present study, then, was that self-perceived vulnerability would be correlated with body language, while number of previous victimizations mayor may not show the same relationship. Findings from the present study indicate that self-perceived vulnerability exhibits a positive correlation with the body language cues that approaches significance r (10) = .45,p =.07, one-tailed. Different types of victimization, however, were not significantly correlated with these cues. A second goal of the study was to examine the relationship between psychopathic traits and accuracy in judgments of vulnerability. Seventy male participants rated the vulnerability of 12 female targets filmed walking down a hallway who had provided selfratings of vulnerability. Individuals scoring higher on Factor 2 and total psychopathy were significantly less discrepant from target self-rat~ngs of vulnerability, r (64) = - .39,p < .001; r (64) = - .29,p >.01, respectively. The final purpose of this study was to determine which body language cues were mos t salient to raters when making judgments of vulnerability. Participants rated the apparent vulnerability of a target in 7 video clips portraying each body language cue in isolation and a natural walk. Results of repeated measures analyses indicate that the videos rated as most vulnerable to victimization were those displaying low energy and l a ck of synchrony, followed by wide stride, short stride, and stiffknees, while the video displaying ne ck stiffness did not receive significantly different ratings from the mode l ' s natural walk. Replication with a larger sample size is necessary to increase confidence in findings and implications.

New Contig Creation Algorithm for the de novo DNA Assembly Problem

DNA assembly is among the most fundamental and difficult problems in bioinformatics. Near optimal assembly solutions are available for bacterial and small genomes, however assembling large and complex genomes especially the human genome using Next-Generation-Sequencing (NGS) technologies is shown to be very difficult because of the highly repetitive and complex nature of the human genome, short read lengths, uneven data coverage and tools that are not specifically built for human genomes. Moreover, many algorithms are not even scalable to human genome datasets containing hundreds of millions of short reads. The DNA assembly problem is usually divided into several subproblems including DNA data error detection and correction, contig creation, scaffolding and contigs orientation; each can be seen as a distinct research area. This thesis specifically focuses on creating contigs from the short reads and combining them with outputs from other tools in order to obtain better results. Three different assemblers including SOAPdenovo [Li09], Velvet [ZB08] and Meraculous [CHS+11] are selected for comparative purposes in this thesis. Obtained results show that this thesis’ work produces comparable results to other assemblers and combining our contigs to outputs from other tools, produces the best results outperforming all other investigated assemblers.

Identification des bases génétiques des myopathies à multi-minicores avec ou sans cardiomyopathie

Thèse réalisée en cotutelle avec l'Université Pierre et Marie Curie, Paris 6(UPMC, Paris, France).

Typage de la classe génotypique du gène PRDM9 à partir de données de séquençage de Nouvelle Génération

Les positions des évènements de recombinaison s’agrègent ensemble, formant des hotspots déterminés en partie par la protéine à évolution rapide PRDM9. En particulier, ces positions de hotspots sont déterminées par le domaine de doigts de zinc (ZnF) de PRDM9 qui reconnait certains motifs d’ADN. Les allèles de PRDM9 contenant le ZnF de type k ont été préalablement associés avec une cohorte de patients affectés par la leucémie aigüe lymphoblastique. Les allèles de PRDM9 sont difficiles à identifier à partir de données de séquençage de nouvelle génération (NGS), en raison de leur nature répétitive. Dans ce projet, nous proposons une méthode permettant la caractérisation d’allèles de PRDM9 à partir de données de NGS, qui identifie le nombre d’allèles contenant un type spécifique de ZnF. Cette méthode est basée sur la corrélation entre les profils représentant le nombre de séquences nucléotidiques uniques à chaque ZnF retrouvés chez les lectures de NGS simulées sans erreur d’une paire d’allèles et chez les lectures d’un échantillon. La validité des prédictions obtenues par notre méthode est confirmée grâce à analyse basée sur les simulations. Nous confirmons également que la méthode peut correctement identifier le génotype d’allèles de PRDM9 qui n’ont pas encore été identifiés. Nous conduisons une analyse préliminaire identifiant le génotype des allèles de PRDM9 contenant un certain type de ZnF dans une cohorte de patients atteints de glioblastomes multiforme pédiatrique, un cancer du cerveau caractérisé par les mutations récurrentes dans le gène codant pour l’histone H3, la cible de l’activité épigénétique de PRDM9. Cette méthode ouvre la possibilité d’identifier des associations entre certains allèles de PRDM9 et d’autres types de cancers pédiatriques, via l’utilisation de bases de données de NGS de cellules tumorales.

La génomique évolutive mitochondriale révèle des échanges génétiques et la ségrégation chez les Gloméromycètes

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont des organismes microscopiques du sol qui jouent un rôle crucial dans les écosystèmes naturels et que l’on retrouve dans tous les habitats de la planète. Ils vivent en relation symbiotique avec la vaste majorité des plantes terrestres. Ils sont des biotrophes obligatoires, c'est-à-dire qu'ils ne peuvent croître qu'en présence d'une plante hôte. Cette symbiose permet entre autres à la plante d'acquérir des nutriments supplémentaires, en particulier du phosphore et du nitrate. Malgré le fait que cette symbiose apporte des services importants aux écosystèmes, la richesse des espèces, la structure des communautés, ainsi que la diversité fonctionnelle des CMA sont mal connues et l'approfondissement des connaissances dans ces domaines dépend d’outils de diagnostic moléculaire. Cependant, la présence de polymorphisme nucléaire intra-isolat combiné à un manque de données génomiques dans différents groupes phylogénétique de ces champignons complique le développement de marqueurs moléculaires et la détermination de l'affiliation évolutive à hauts niveaux de résolution (c.a.d. entre espèces génétiquement similaires et/ou isolats de la même espèce). . Pour ces raisons, il semble une bonne alternative d’utiliser un système génétique différent en ciblant le génome mitochondrial, qui a été démontré homogène au sein d'un même isolat de CMA. Cependant, étant donné le mode de vie particulier de ces organismes, une meilleure compréhension des processus évolutifs mitochondriaux est nécessaire afin de valoriser l'utilisation de tels marqueurs dans des études de diversité et en génétique des populations. En ce sens, mon projet de doctorat consistait à investiguerétudier: i) les vecteurs de divergences inter-isolats et -espèces génétiquement rapprochéesphylogénétiquement apparentées, ii) la plasticité des génomes mitochondriaux, iii) l'héritabilité mitochondriale et les mécanismes potentiels de ségrégation, ainsi que iv) la diversité mitochondriale intra-isolat in situ. À l'aide de la génomique mitochondriale comparative, en utilisant le séquençage nouvelle génération, on a démontré la présence de variation génétique substantielle inter-isolats et -espèces, engendrées par l'invasion d'éléments mobiles dans les génomes mitochondriaux des CMA, donnant lieu à une évolution moléculaire rapide des régions intergéniques. Cette variation permettait de développer des marqueurs spécifiques à des isolats de la même espèce. Ensuite, à l'aide d'une approche analytique par réseaux de gènes sur des éléments mobiles, on a été en mesure de démontrer des évènements de recombinaisons homologues entre des haplotypes mitochondriaux distincts, menant à des réarrangements génomiques. Cela a permis d'ouvrir les perspectives sur la dynamique mitochondriale et l'hétéroplasmie dans un même isolatsuggère une coexistence de différents haplotypes mitochondriaux dans les populations naturelles et que les cultures monosporales pourraient induirent une sous-estimation de la diversité allélique mitochondriale. Cette apparente contradiction avec l'homogénéité mitochondriale intra-isolat généralement observée, a amené à investiguer étudier les échanges génétiques à l'aide de croisements d'isolats génétiquement distincts. Malgré l'observation de quelques spores filles hétéroplasmiques, l'homoplasmie était le statut par défaut dans toutes les cultures monosporales, avec un biais en faveur de l'un des haplotypes parentaux. Ces résultats suggèrent que la ségrégation opère durant la formation de la spore et/ou le développement de la coloniedu mycélium. De plus, ils supportent la présence d'une machinerie protéique de ségrégation mitochondriale chez les CMAAMF, où l'ensemble des gènes impliqués dans ce mécanisme ont été retrouvé et sont orthologues aux autres champignons. Finalement, on est revenue aux sources avecon a étudié le polymorphisme mitochondrial intra-isolat à l'aide d'une approche conventionnelle de PCR en utilisant une Taq polymérase de haute fidélité, suivie de clonage et de séquençage Sanger, sur deux isolats de R. irregularis. Cela a permis l'observation d'hétéroplasmie in situ, ainsi que la co-expression de variantes de variantes de protéines'ARNm dans une souche in vitro. Les résultats suggèrent que d'autres études basées sur le séquençage nouvelle génération aurait potentiellement ignorée cette variation, offrant ainsi plusieurs nouveaux arguments permettant de considérer les CMA comme des organismes possédant une population de génomes mitochondriaux et nucléaires distincts.

Populationsgenetik und Phylogeographie des Archäophyten und Kulturreliktzeigers Vinca minor L. (Apocynaceae)

Das Kleine Immergrün (Vinca minor L.) aus der Familie der Apocynaceae ist in der Krautschicht sommergrüner Wälder Südeuropas heimisch, während es in weiten Teilen Mitteleuropas als wahrscheinlich von den Römern eingeführter, altetablierter Archäophyt gilt. Noch heute ist die Art als Kulturreliktzeiger häufig in der Umgebung ehemaliger römischer Tempel und mittelalterlicher Burgruinen zu finden. Zudem wird V. minor in zahlreichen Gartenformen kultiviert. In Teilen Nordamerikas wird der Chamaephyt hingegen als eingeführte, invasive Art eingestuft, die die einheimische Flora und Fauna bedroht. Da V. minor Stolonen bilden kann und in Mitteleuropa selten reife Samen beobachtet werden, wurde bislang vermutet, dass V. minor Bestände in Mitteleuropa sich rein asexuell erhalten. Diese Hypothese wurde aber bisher nie mit molekularen Methoden überprüft. Auch zur Populationsgenetik der Art ist bisher nichts bekannt. Aus diesen Gegebenheiten resultieren folgende Fragen: Wie hoch ist die genetische Diversität von V. minor im submediterranen Ursprungsgebiet im Vergleich zu Mitteleuropa und Nordamerika und wie ist sie in den Großregionen jeweils strukturiert? Korreliert die anthropogen bedingte Einführung mit einer genetischen Verarmung in Mitteleuropa? Gibt es in mitteleuropäischen und nordamerikanischen Populationen Hinweise auf sexuelle Reproduktion, oder erfolgt eine rein vegetative Vermehrung? Gibt es genetische Hinweise für Auswilderungen aus Gärten? Lassen sich die historischen Ausbreitungswege der Art von Süd- nach Mitteleuropa, innerhalb Mitteleuropas sowie nach Nordamerika rekonstruieren? Mikrosatellitenmarker stellen für populationsgenetische Analysen heute die weitaus gängigste Technik dar. Als codominante, locusspezifische Marker erlauben sie die präzise Erfassung populationsgenetischer Parameter zur Quantifizierung der genetischen Diversität und Struktur, die Abschätzung von Genfluss, und die Detektion von Klonen. Mikrosatelliten sind mit Hilfe neuer DNA-Sequenziertechniken (NGS) unproblematisch und kosteneffektiv isolierbar. Im Rahmen der hier vorliegenden Arbeit wurden daher zunächst nukleäre und plastidäre Mikrosatellitenmarker über NGS-454-Sequenzierung entwickelt. Etablierung von nukleären und plastidären Mikrosatellitenmarkern Zur Etablierung artspezifischer nukleärer Mikrosatellitenmarker wurden zwei Verfahren angewendet. Zum einen wurde in einer öffentlich zugänglichen, über 454-Sequenzierung der cDNA von V. minor gewonnene und im 'sequence read archive' von NCBI hinterlegte Datenbank (Akzessionsnummer SRX039641) nach Mikrosatelliten gesucht. Zum anderen wurde die 454-Technologie eingesetzt, um in Kooperation mit Dr. Bruno Huettel vom Max-Planck-Institut für Pflanzenzüchtung in Köln genomische Sequenzdaten anhand einer V. minor-Akzession zu generieren und aus diesen Mikrosatelliten zu etablieren. Eine Assemblierung der 723.230 cDNA-Sequenzen mit insgesamt 387 Mbp erzielte eine Reduzierung auf 267.199 Unigenes (267 Mbp), die der genomischen Sequenzen eine Reduzierung von 43.565 (18 Mbp) auf 24.886 Sequenzen (13,7 Mbp). Die assemblierten Datensätze enthielten 25.253 bzw. 1.371 Mikrosatellitenloci aus Mono- bis Hexa-Nukleotidmotiven. Die Effizienz der Assemblierung war somit v. a. bei den cDNA-Sequenzen gering. Da die Etablierung von Mikrosatellitenloci aber auch auf Basis redundanter Sequenzen möglich ist, sofern ein manueller Abgleich der selektierten Sequenzen erfolgt, wurde auf eine weitere Optimierung der Assemblierung verzichtet. Aus den so identifizierten Loci wurden 60 (cDNA) bzw. 35 (genomische DNA) Di-, Tri- und Tetranukleotidmotive selektiert, flankierende Primer synthetisiert und in umfangreichen Pilotstudien getestet. Jeweils neun der Loci erwiesen sich als robuste, polymorphe Marker. Die sieben vielversprechendsten Marker wurden schließlich für die populationsgenetische Untersuchung ausgewählt. Auch die Etablierung plastidärer Mikrosatellitenmarker erfolgte über zwei Ansätze. Zum einen wurde das Plastom von V. minor aus dem genomischen 454-Sequenzdatensatz rekonstruiert und auf das Vorhandensein von (A)n/(T)n-Wiederholungseinheiten hin untersucht. Für 14 der 17 dabei detektierten Loci konnten Primer entworfen werden. In einer Pilotstudie erwiesen sich vier der Loci als funktionelle, polymorphe Marker. Zusätzlich wurden die zehn universellen (ccmp) Primerpaare zur Amplifikation plastidärer Mikrosatellitenloci aus Weising & Gardner (1999) getestet, von denen zwei als funktionelle, polymorphe Marker für die Hauptstudie geeignet waren. Populationsgenetische und phylogeographische Analyse Ein Probenset aus insgesamt 967 Pflanzenproben aus 70 Populationen aus Mitteleuropa inkl. der Alpen, den Regionen südlich und westlich der Alpen sowie aus Kanada und 18 Cultivaren wurde mittels der sieben neu etablierten, artspezifischen nukleären Mikrosatellitenmarker populationsgenetisch untersucht. Dabei erwiesen sich 21 der 31 untersuchten Populationen südlich und westlich der Alpen als genetisch hoch divers, die übrigen 10 zeigten vor allem klonales Wachstum und wiesen jeweils ein bis drei Multilocus-Genotypen (MLGs) auf. In 30 der 36 mitteleuropäischen Vorkommen (inkl. der Alpen) sowie den kanadischen Beständen war jeweils nur ein einziger MLG präsent. Drei der Vorkommen zeigten mit einem Heterozygotendefizit einzelner Stichproben Hinweise auf Geitonogamie, an drei weiteren Vorkommen traten jeweils zwei sowohl hinsichtlich der Blütenfarbe und -architektur als auch des MLG unterschiedliche Linien auf. An einem dieser Vorkommen wurde ein Hybrid-Genotyp detektiert, bisher der einzige molekulare Hinweis auf sexuelle Reproduktion im engeren Sinn in Mitteleuropa. Die 967 Stichproben konnten insgesamt 310 individuellen Multilocus-Genotypen (MLGs) zugeordnet werden. Davon traten 233 MLGs nur in jeweils einer einzigen Probe auf, die 77 verbleibenden wurden in mehreren Akzessionen detektiert. Aus einer Simulation ging hervor, dass diese wiederholten MLGs auf rein asexuelle Reproduktion zurückzuführen sind. In Mitteleuropa waren lediglich 18 MLGs vertreten, von denen sieben an bis zu zehn, mehrere hundert Kilometer entfernten Fundorten auftraten. In Nordamerika gehören gar alle drei untersuchten Populationen dem gleichen Klon an. In Mitteleuropa traten in zwei Fällen somatische Mutationen zwischen zwei MLGs auf, sodass diese zu klonalen Linien (Multilocus-Linien; MLL) zusammengefasst werden konnten. Sieben der 18 Cultivare weisen einen zu diversen Freilandvorkommen identischen Genotypen auf. Die Ergebnisse reflektieren den durch die anthropogene Selektion bedingten genetischen Flaschenhalseffekt, in dessen Folge der Genpool von Vinca minor in Mitteleuropa gegenüber der südeuropäischen Heimat der Art stark reduziert wurde. Sexuelle Reproduktion in Mitteleuropa zwischen zwei genetisch unterschiedlichen Individuen ist nur an wenigen Standorten überhaupt möglich und da meist nur ein Klon am gleichen Fundort auftritt, sehr selten. Die Ausbreitung erfolgt zudem rein anthropogen und über erhebliche Strecken, wie die identischen MLGs an unterschiedlichen, weit auseinander liegenden Fundorten belegen. Südlich und westlich der Alpen hingegen ist sexuelle Reproduktion über Samen häufig. Aus den kalkulierten Neighbour-Joining Phenogrammen, Neighbour-Nets und der Bayes'schen Analyse ergibt sich prinzipiell eine Abtrennung der in Norditalien und Slowenien gelegenen Vorkommen von den übrigen Regionen, wohingegen mehrere mittelitalienische Populationen mit denen westlich der Alpen und den mitteleuropäischen Vorkommen in einer engeren genetischen Beziehung stehen. Da die mittelitalienischen Vorkommen jedoch Anzeichen anthropogenen Ursprungs aufweisen (Monoklonalität, Lage an Wegrändern oder Burgen), lassen sich diese Populationen nur bedingt als potentielle Ursprungspopulationen ableiten. Die genetisch diversen norditalienischen und slowenischen Populationen sind trotz der Fragmentierung der norditalienischen Waldvegetation insgesamt nur moderat voneinander differenziert (FST=0,14, GST=0,17, RST=0,19). Die AMOVA ergab, dass über 80 % der genetischen Variation auf Variation innerhalb der Populationen zurückzuführen ist. Dennoch ergab sich aus einem Mantel-Test eine zunehmende genetische Differenzierung mit zunehmender geographischer Distanz (r=0,59). Die phylogeographische Analyse wurde mit Hilfe von vier plastidären Mikrosatellitenmarkern aus der 454-Sequenzierung und zwei universellen plastidären ccmp-Mikrosatellitenloci durchgeführt. Untersucht wurden jeweils eine bis sechs Stichproben aus den o. g. 70 Populationen, die 18 Cultivare sowie zusätzliche Einzelproben aus mehreren Ländern, deren DNA aus Herbarbelegen isoliert wurde. Insgesamt wurden 297 Proben untersucht. Unter diesen wurden in der phylogeographischen Analyse sieben plastidäre Haplotypen detektiert. In der Region südlich der Alpen traten sechs Haplotypen auf (H1 bis H5, H7), in Mitteleuropa vier Haplotypen (H1 bis H3, H6), in Nordamerika, Großbritannien, Schweden und Nordamerika trat hingegen nur ein einziger Haplotyp H1 auf. Die beiden häufigsten Haplotypen nahmen im berechneten Haplotypen-Netzwerk periphere Positionen ein und waren durch sieben Mutationschritte voneinander getrennt. Südlich der Alpen ergab sich jedoch keine klare geographische Verteilung der Haplotypen. Auch die plastidären Daten indizieren somit eine geringere genetische Diversität in den Gebieten, wo V. minor eingeführt wurde. Der geographische Ursprung der mitteleuropäischen Vorkommen in Südeuropa konnte nicht abschließend geklärt werden, jedoch lässt das Vorkommen von zwei weit entfernten Haplotypen den Schluss zu, dass Vinca minor mindestens zweimal (und vermutlich mehrfach) unabhängig in Mitteleuropa eingeführt wurde.

Secuenciación de siguiente generación en mujeres afectadas por falla ovárica prematura no sindrómica para la identificación de nuevos genes etiológicos de la enfermedad y estudio funcional de la mutación p.thr943ile en adamts19

La infertilidad afecta en la actualidad a aproximadamente 1 de cada 7 parejas a nivel mundial. La falla ovárica prematura (FOP) es una condición común en la población femenina, afectando al 1% de mujeres menores de 40 años. La etiología de la FOP es idiopática entre el 50% y el 80% de los casos, lo que sugiere causas genéticas, epigenéticas y ambientales aún desconocidas. A pesar de los avances en las técnicas de cartografía genética y de sistematización de la técnica de Sanger, pocos genes etiológicos de FOP fueron identificados en los últimos 20 años. Este fracaso relativo se asoció principalmente a que cientos de genes, que abarcan grandes regiones del genoma, son candidatos pero la técnica de secuenciación directa sólo permite el análisis de unas 700bp en cada reacción. En el presente trabajo se empleó la secuenciación de siguiente generación (NGS) para la búsqueda de mutaciones en 70 genes candidatos que potencialmente contribuyen con el desarrollo de la patología. Se identificaron mutaciones en 3 de 12 pacientes. La paciente POF-7 presentaba una mutación no sinónima en el gen ADAMTS19 (c.2828C>T, p.Thr943Ile). La proteína ADAMTS19 se clasifica dentro de la familia ADAMTS como huérfana ya que no se ha identificado su sustrato. Mediante el sistema de doble hibrido en levaduras se buscó identificar las potenciales proteínas que interactúan con ADAMTS19. Permitió identificar, a partir de las versiones murinas, la interacción de Adamts19 y Col6a2. Para comprobar la interacción entre las proteínas ADAMTS19 y COL6A2 humanas se empleó el sistema de doble hibrido en células eucariotas. Los hallazgos no permitieron replicar los resultados obtenidos previamente. En síntesis de identificó una mutación potencialmente causal de FOP en un gen nuevo y una muy probable interacción entre ADAMTS19 y COL6A2.

Desarrollo y validación de un sistema de indicadores de eficacia universitaria.

Estudio exploratorio en el campo de la eficacia, basado en la teoría sistémica de calidad de Arturo de la Orden, para determinar las variables más adecuadas que pudieran ser incluidas en algún modelo de futuras investigaciones. Se trata de la detección de indicadores predictores en función de la alta correlación entre productos y ciertos elementos influyentes, que representan a las entradas procesos y contexto del sistema. Los predictores fueron seleccionados entre aquellas variables identificadas en investigaciones anteriores, como condicionantes del tipo de producto logrado. Se utilizó un sistema de indicadores especialmente generado para ello. Los procedimientos evaluativos para activar los indicadores se concretaron en seis instrumentos para: alumnos, profesores, directivos, egresados, empleadores y padres de familia. Se analiza la incidencia tanto global como individual de los predictores en la obtención del producto educativo, para conocer la proporción de varianza en el producto explicada por dichos elementos. En el sistema desarrollado se parte de cuatro Dimensiones: Satisfacción, Rendimiento Académico, Prestigio Institucional y Desempeño Laboral. Las dos primeras se tomaron como variables dependientes (criterio): nivel general de satisfacción (NGS) y nivel general de rendimiento académico (NGR). Las otras dos dimensiones se incluyeron en el conjunto de variables independientes que son: valoración de la acción docente (VAD), del liderazgo académico (VLA), de recursos materiales (VRM), de la organización académica (VOA), de condiciones académicas previas de alumnos (VCA), de condiciones socioeconómicas de alumnos (VCS), del prestigio institucional (VPI) y del rendimiento laboral de egresados (VDL). Los resultados confirman que las variables que condicionan y predicen la eficacia y por tanto permiten valorar la calidad educativa en dicha perspectiva fueron: VRM, VLA, VAD, VOA y VPI, mientras que VDL requiere modificaciones y VCS y VCA parecen no predecir el producto de la forma aquí planteadas.

Vertical structure of stratospheric water vapour trends derived from merged satellite data

Stratospheric water vapour is a powerful greenhouse gas. The longest available record from balloon observations over Boulder, Colorado, USA shows increases in stratospheric water vapour concentrations that cannot be fully explained by observed changes in the main drivers, tropical tropopause temperatures and methane. Satellite observations could help resolve the issue, but constructing a reliable long-term data record from individual short satellite records is challenging. Here we present an approach to merge satellite data sets with the help of a chemistry–climate model nudged to observed meteorology. We use the models’ water vapour as a transfer function between data sets that overcomes issues arising from instrument drift and short overlap periods. In the lower stratosphere, our water vapour record extends back to 1988 and water vapour concentrations largely follow tropical tropopause temperatures. Lower and mid-stratospheric long-term trends are negative, and the trends from Boulder are shown not to be globally representative. In the upper stratosphere, our record extends back to 1986 and shows positive long-term trends. The altitudinal differences in the trends are explained by methane oxidation together with a strengthened lower-stratospheric and a weakened upper stratospheric circulation inferred by this analysis. Our results call into question previous estimates of surface radiative forcing based on presumed global long-term increases in water vapour concentrations in the lower stratosphere.

Navigating the labyrinth: a guide to sequence-based, community ecology of arbuscular mycorrhizal fungi

Data generated from next generation sequencing (NGS) will soon comprise the majority of information about arbuscular mycorrhizal fungal (AMF) communities. Although these approaches give deeper insight, analysing NGS data involves decisions that can significantly affect results and conclusions. This is particularly true for AMF community studies, because much remains to be known about their basic biology and genetics. During a workshop in 2013, representatives from seven research groups using NGS for AMF community ecology gathered to discuss common challenges and directions for future research. Our goal was to improve the quality and accessibility of NGS data for the AMF research community. Discussions spanned sampling design, sample preservation, sequencing, bioinformatics and data archiving. With concrete examples we demonstrated how different approaches can significantly alter analysis outcomes. Failure to consider the consequences of these decisions may compound bias introduced at each step along the workflow. The products of these discussions have been summarized in this paper in order to serve as a guide for any researcher undertaking NGS sequencing of AMF communities.

Texture, realism, performance: exploring the intersection of transtexts and the contemporary sitcom

Contemporary US sitcom is at an interesting crossroads: it has received an increasing amount of scholarly attention (e.g. Mills 2009; Butler 2010; Newman and Levine 2012; Vermeulen and Whitfield 2013), which largely understands it as shifting towards the aesthetically and narratively complex. At the same time, in the post-broadcasting era, US networks are particularly struggling for their audience share. With the days of blockbuster successes like Must See TV’s Friends (NBC 1994-2004) a distant dream, recent US sitcoms are instead turning towards smaller, engaged audiences. Here, a cult sensibility of intertextual in-jokes, temporal and narrational experimentation (e.g. flashbacks and alternate realities) and self-reflexive performance styles have marked shows including Community (NBC 2009-2015), How I Met Your Mother (CBS 2005-2014), New Girl (Fox 2011-present) and 30 Rock (NBC 2006-2013). However, not much critical attention has so far been paid to how these developments in textual sensibility in contemporary US sitcom may be influenced by, and influencing, the use of transmedia storytelling practices, an increasingly significant industrial concern and rising scholarly field of enquiry (e.g. Jenkins 2006; Mittell 2015; Richards 2010; Scott 2010; Jenkins, Ford and Green 2013). This chapter investigates this mutual influence between sitcom and transmedia by taking as its case studies two network shows that encourage invested viewership through their use of transtexts, namely How I Met Your Mother (hereafter HIMHM) and New Girl (hereafter NG). As such, it will pay particular attention to the most transtextually visible character/actor from each show: HIMYM’s Barney Stinson, played by Neil Patrick Harris, and NG’s Schmidt, played by Max Greenfield. This chapter argues that these sitcoms do not simply have their particular textual sensibility and also (happen to) engage with transmedia practices, but that the two are mutually informing and defining. This chapter explores the relationships and interplay between sitcom aesthetics, narratives and transmedia storytelling (or industrial transtexts), focusing on the use of multiple delivery channels in order to disperse “integral elements of a fiction” (Jenkins, 2006 95-6), by official entities such as the broadcasting channels. The chapter pays due attention to the specific production contexts of both shows and how these inform their approaches to transtexts. This chapter’s conceptual framework will be particularly concerned with how issues of texture, the reality envelope and accepted imaginative realism, as well as performance and the actor’s input inform and illuminate contemporary sitcoms and transtexts, and will be the first scholarly research to do so. It will seek out points of connections between two (thus far) separate strands of scholarship and will move discussions on transtexts beyond the usual genre studied (i.e. science-fiction and fantasy), as well as make a contribution to the growing scholarship on contemporary sitcom by approaching it from a new critical angle. On the basis that transmedia scholarship stands to benefit from widening its customary genre choice (i.e. telefantasy) for its case studies and from making more use of in-depth close analysis in its engagement with transtexts, the chapter argues that notions of texture, accepted imaginative realism and the reality envelope, as well as performance and the actor’s input deserve to be paid more attention to within transtext-related scholarship.

Historiografisk metafiktion och faktion : Romantikens berättelse om den förstenade gruvdrängen Fet-Mats i två postmoderna versioner

Fet-Mats är den gruvdräng som omkom och försvann i en rasolycka i Falu koppargruva under 1670-talet och vars kropp upptäcktes välbevarad, med fortfarande ungdomligt utseende, mer än fyra årtionden senare 1719. Han igenkändes då av sin trolovade - nu en gammal gumma. På grund av den märkligt bibehållna kroppen och det hisnande ögonblick då den åldrade kvinnan återsåg sin ungdoms kärlek, blev Fet-Mats och hans historia snabbt känd, även internationellt. Den spreds under 1800- och 1900-talen i Europa som novell och poesi, dramatik och opera. Även idag berättas historien om Fet-Mats både utomlands och i Sverige. Intresset för historien är rentav i växande. Orsaken härtill är omdaningen under senare år av Falu gruva från storindustri till musealt världsarv, från malmbrytning till turistorienterad upplevelseindustri. Fet-Mats-berättelsen bildar centrum i denna upplevelseindustri. I mitt paper diskuteras detta förhållande samt den nutida Fet-Mats-epikens karakteristika i ett semiotiskt, narratologiskt och tematiskt perspektiv. Jag finner bl.a. att Fet-Mats-berättandet idag, på ett annat sätt än tidigare, äger en flermedial karaktär och formulerar det postmoderna tillståndets centrala tematik: representationens kris. Jag fokuserar särskilt på två berättelser med anknytning till Fet-Mats-motivet: Julian Barnes historiografiska metafiktion The Story of Mats Israelson (2004) och det dramadokumentära seriealbumet Fet-Mats: en gruvdrängs hemska öde (2005).

Development of a molecular test to determine the vitality status of Norway spruce (Picea abies) seedlings during frozen storage

In boreal forest regions, a great portion of forest tree seedlings are stored indoors in late autumn to prevent seedlings from outdoor winter damage. For seedlings to be able to survive in storage it is crucial that they store well and can cope with the dark and cold storage environment. The aim of this study was to search for genes that can determine the vitality status of Norway spruce (Picea abies (L.) Karst.) seedlings during frozen storage. Furthermore, the sensitivity of the ColdNSure (TM) test, a gene activity test that predicts storability was assessed. The storability of seedlings was tested biweekly by evaluating damage with the gene activity test and the electrolyte leakage test after freezing seedlings to -25 A degrees C (the SELdiff-25 method). In parallel, seedlings were frozen stored at -3 A degrees C. According to both methods, seedlings were considered storable from week 41. This also corresponded to the post storage results determined at the end of the storage period. In order to identify vitality indicators, Next Generation Sequencing (NGS) was performed on bud samples collected during storage. Comparing physiological post storage data to gene analysis data revealed numerous vitality related genes. To validate the results, a second trial was performed. In this trial, gene activity was better in predicting seedling storability than the conventional freezing test; this indicates a high sensitivity level of this molecular assay. For multiple indicators a clear switch between damaged and vital seedlings was observed. A collection of indicators will be used in the future development of a commercial vitality test.

A interpretação dos sintagmas nominais com adjetivos atributivos por alunos de inglês instrumental

This present work has as objective to analyze the interpretation of the syntactic and semantic meaning performed by third graders in the nominal groups (NGs) with attributive adjectives in the English language in a text of the final exam in the ESP (English for Specific Purposes) discipline. The corpus is made up of 30 exams of two classes from a third grade institution of the biomedical area, corresponding to the basic and advanced levels of the second term in 2006. The text has 24 NGs of different lexical content, a total of 27 NGs in the whole text summing up to 810 analyzed occurrences. The analysis is carried out at the morphologic, syntactic and semantic levels using as theoretical background the traditional and functional grammars (QUIRK et al, 1985; CELSE-MURCIA et al, 1998; TUCKER, 1998), in their semantic aspects, the Semantics (FRAWLEY, 1992) and the Cognitive Linguistics (TAYLOR, 2002). We concluded that the main difficulties were due to the lack of vocabulary and to the use of mother tongue strategies instead of using the top-down strategies for reading a text in English to compensate this gap. We also observed that even when the vocabulary was known, there were difficulties in establishing the semantic and syntactic relations between modifier and noun head. We suggested improvements for the teaching of reading English texts at the third grade grounded in the obtained results such as a more comprehensive study of the several different morphologic and syntactic structures of the NGs with premodifiers and their semantic consequences, an approach of the morphologic, syntactic and semantic aspects of the NGs and the use of both top-down and bottom-up strategies when reading a NG in the English language