Diseñador de Formularios Web Wform

El presente proyecto tiene como finalidad facilitar al desarrollador y usuario en general el diseño de formularios en forma visual, haciendo uso de los componentes frecuentemente utilizados como cajas de texto, etiquetas, áreas de texto, calendarios, casillas de selección, listas desplegables, entre otros para generar código xhtml con JavaServerFaces.Para este fin me he basado en el diseñador de formularios de Joget Workflow, el cual posee una licencia GPLv2, permitiendo modificar su código, está desarrollado bajo Java, dicho diseñador de formulario tiene un entorno web, los cuales son utilizados e interpretados únicamente por su suite, utiliza en la vista páginas JSP y dentro de ellas JSON (JavaScript Object Notation), para el negocio utiliza el framework Spring y para la persistencia Hibernate. Joget persiste en la Base de Datos MySQL y se sugiere alojarse en un servidor Apache Tomcat, pero podría alojarse en cualquiera servidor de aplicaciones web para Java como Jboss Server Applicaction, Glassfish, entre otros.El diseñador de formularios permite la gestión de los formularios como crear, editar y/o eliminar formularios, y generar archivos código XHTML para JSF (Java Server Faces)ayudándolo en gran medida a un desarrollador especialmente de JAVA a visualizar comoquedará su formulario, menor tiempo en la construcción y personalizar su formulario a través de la modificación del código generado.

A Clinical Decision Support using a Terminology Server to improve Patient Safety.

Clinical Decision Support Systems (CDSS) are software applications that support clinicians in making healthcare decisions providing relevant information for individual patients about their specific conditions. The lack of integration between CDSS and Electronic Health Record (EHR) has been identified as a significant barrier to CDSS development and adoption. Andalusia Healthcare Public System (AHPS) provides an interoperable health information infrastructure based on a Service Oriented Architecture (SOA) that eases CDSS implementation. This paper details the deployment of a CDSS jointly with the deployment of a Terminology Server (TS) within the AHPS infrastructure. It also explains a case study about the application of decision support to thromboembolism patients and its potential impact on improving patient safety. We will apply the inSPECt tool proposal to evaluate the appropriateness of alerts in this scenario.

SwissTargetPrediction: a web server for target prediction of bioactive small molecules.

Bioactive small molecules, such as drugs or metabolites, bind to proteins or other macro-molecular targets to modulate their activity, which in turn results in the observed phenotypic effects. For this reason, mapping the targets of bioactive small molecules is a key step toward unraveling the molecular mechanisms underlying their bioactivity and predicting potential side effects or cross-reactivity. Recently, large datasets of protein-small molecule interactions have become available, providing a unique source of information for the development of knowledge-based approaches to computationally identify new targets for uncharacterized molecules or secondary targets for known molecules. Here, we introduce SwissTargetPrediction, a web server to accurately predict the targets of bioactive molecules based on a combination of 2D and 3D similarity measures with known ligands. Predictions can be carried out in five different organisms, and mapping predictions by homology within and between different species is enabled for close paralogs and orthologs. SwissTargetPrediction is accessible free of charge and without login requirement at http://www.swisstargetprediction.ch.

MyHits: improvements to an interactive resource for analyzing protein sequences.

The MyHits web site (http://myhits.isb-sib.ch) is an integrated service dedicated to the analysis of protein sequences. Since its first description in 2004, both the user interface and the back end of the server were improved. A number of tools (e.g. MAFFT, Jacop, Dotlet, Jalview, ESTScan) were added or updated to improve the usability of the service. The MySQL schema and its associated API were revamped and the database engine (HitKeeper) was separated from the web interface. This paper summarizes the current status of the server, with an emphasis on the new services.

Signal search analysis server.

Signal search analysis is a general method to discover and characterize sequence motifs that are positionally correlated with a functional site (e.g. a transcription or translation start site). The method has played an instrumental role in the analysis of eukaryotic promoter elements. The signal search analysis server provides access to four different computer programs as well as to a large number of precompiled functional site collections. The programs offered allow: (i) the identification of non-random sequence regions under evolutionary constraint; (ii) the detection of consensus sequence-based motifs that are over- or under-represented at a particular distance from a functional site; (iii) the analysis of the positional distribution of a consensus sequence- or weight matrix-based sequence motif around a functional site; and (iv) the optimization of a weight matrix description of a locally over-represented sequence motif. These programs can be accessed at: http://www.isrec.isb-sib.ch/ssa/.

Location of multiple server common service centers or public facilities for minimizing general congestion and travel cost functions

We propose a model and solution methods, for locating a fixed number ofmultiple-server, congestible common service centers or congestible publicfacilities. Locations are chosen so to minimize consumers congestion (orqueuing) and travel costs, considering that all the demand must be served.Customers choose the facilities to which they travel in order to receiveservice at minimum travel and congestion cost. As a proxy for thiscriterion, total travel and waiting costs are minimized. The travel costis a general function of the origin and destination of the demand, whilethe congestion cost is a general function of the number of customers inqueue at the facilities.

ProyGes : soporte de gestión de proyectos

La aplicación tiene como objetivo llegar a la comunidad de alumnos, los cuales no pueden tener reuniones presenciales debido a su situación geográfica. La aplicación dispone de un conjunto de herramientas para poder centralizar toda la información que los usuarios vayan generando durante el desarrollo de los proyectos. Ha de ser una herramienta para facilitar la organización y la administración de los recursos de los usuarios de la plataforma. El proyecto que se presenta es una aplicación web, desarrollada en lenguajes PHP, SQL, HTML, JavaScript, CSS, Ajax, en un servidor Apache y base de datos MySQL.

Entorn de gestió de dades d'ornitologia

Des de fa uns anys, des de l’EPS de la UVic, s’està duent a terme el desenvolupament d’un dispositiu electrònic que proporciona la capacitat de capturar dades sobre un niu d’ocells. El projecte e-niu, que es pot seguir a www.tutara.info/e-niu, està actualment en una fase de test., i s’ha desenvolupat sobretot la part hardware. Aquest projecte té com a objectiu principal crear un entorn web per poder gestionar les dades que s’obtenen del niu d’ocells informatitzat (e-niu). Les dades que ens arriben dels e-nius estan en un arxiu de text, i el que es pretén és que l’usuari que controla el niu, pugui fer diversos anàlisis de les dades d’aquest. A més de poder veure els resultats en diversos tipus de gràfics, també se li vol donar la opció de treure els resultats en format taula o en format Excel, un format aquest últim, molt interessant, ja que donaria a les dades una gran possibilitat de ser tractades posteriorment, com fer seleccions del tipus de dades, treure percentatges, crear altres tipus de gràfics, etc. L’altre gran objectiu és el fet de poder treballar en la creació d’un entorn web complert a nivell gairebé professional amb l’aprenentatge que això comporta, ja que s’ha aplicat la tecnologia client-servidor, és a dir, que el llenguatge de programació està dins el servidor, i quan algun usuari l’executa, el sistema només li envia la presentació en HTML. El sistema de programació que es fa servir és el de les tres capes. La capa de dades, que està formada per una base de dades relacional del tipus MySQL i és on emmagatzemarem tota la informació. La capa de programació de la que s’encarrega el llenguatge PHP, és on s’efectua tot el tractament de les dades i finalment, la capa de presentació, que és la que s’encarrega de mostrar les dades al client en el navegador mitjançant els templates de HTML.

Swiss EMBnet node web server.

EMBnet is a consortium of collaborating bioinformatics groups located mainly within Europe (http://www.embnet.org). Each member country is represented by a 'node', a group responsible for the maintenance of local services for their users (e.g. education, training, software, database distribution, technical support, helpdesk). Among these services a web portal with links and access to locally developed and maintained software is essential and different for each node. Our web portal targets biomedical scientists in Switzerland and elsewhere, offering them access to a collection of important sequence analysis tools mirrored from other sites or developed locally. We describe here the Swiss EMBnet node web site (http://www.ch.embnet.org), which presents a number of original services not available anywhere else.

Desarrollo de una aplicación informática para la gestión de actividades docentes

Este proyecto consiste en el desarrollo de una aplicación informática que permite gestionar de forma automatizada y consistente los datos requeridos para la actividad docente de un profesor universitario. La aplicación permite gestionar: plan docente, asignaturas, horario docente, calendario de exámenes y proyectos final de carrera. Todas estas opciones tienen las funciones de, agregar, buscar, modificar y eliminar datos. Además tiene otras opciones como calendario docente y webs, cuya finalidad será consultar, de forma directa, páginas web de interés docente. Finalmente, la opción material docente tendrá como finalidad, crear, modificar y eliminar ficheros de diferente formato (word, excel, powerpoint, pdf) asociados a las asignaturas registradas en la aplicación. La aplicación se ha implementado en el sistema operativo Windows en el lenguaje de programación Java. Los datos utilizados se almacenan en la base de datos MySql Workbench. Para las validaciones de entrada de datos se ha utilizado JavaScript y JQuery. El diseño de la interfaz se ha llevado a cabo con Java Server Pages, Html, Css y framework Struts.

El suport familiar en la malaltia mental: influència del suport familiar en el control de la malaltia en una persona que pateix un transtorn mental server

Aquest treball té com a objectiu principal conèixer si hi ha millora en el control de la malaltia d’una persona que pateix un trastorn mental sever quan disposa d’un suport adequat de la família. Els objectius específics marcats són, avaluar la càrrega familiar que suposa tenir la responsabilitat de cuidar un familiar amb malaltia mental, conèixer les actituds dels familiars de persones que pateixen una malaltia mental, involucrar a la família dins de la teràpia del familiar amb malaltia mental severa, i aconseguir un grau de cooperació i comunicació favorable de la família al pacient. Es tracta d’un estudi d’investigació quantitatiu, transversal i de tipus analític, el qual la mostra de la població estudiada estarà composta de 100 pacients entre 20 i 30 anys amb diagnòstic de trastorn mental sever segons el DSM-IV, atesos durant l’últim any en el Centre de Salut Mental d’Adults de Vic i els seus cuidadors principals o persones més properes. Es realitzarà recollida de dades a través de la revisió de les històries clíniques, informació facilitada pel terapeuta que tracta al pacient i entrevistes als familiars cuidadors o persona més propera i als mateixos pacients. Aquesta entrevista la faran professionals entrenats i competents. Amb tot això s’establirà una correlació entre les variables d’estrès, suport als familiars i el desenvolupament dels rols, i s’agruparan les variables de manera que quedin estructurades en subgrups.

The M-Coffee web server: a meta-method for computing multiple sequence alignments by combining alternative alignment methods.

The M-Coffee server is a web server that makes it possible to compute multiple sequence alignments (MSAs) by running several MSA methods and combining their output into one single model. This allows the user to simultaneously run all his methods of choice without having to arbitrarily choose one of them. The MSA is delivered along with a local estimation of its consistency with the individual MSAs it was derived from. The computation of the consensus multiple alignment is carried out using a special mode of the T-Coffee package [Notredame, Higgins and Heringa (T-Coffee: a novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. J. Mol. Biol. 2000; 302: 205-217); Wallace, O'Sullivan, Higgins and Notredame (M-Coffee: combining multiple sequence alignment methods with T-Coffee. Nucleic Acids Res. 2006; 34: 1692-1699)] Given a set of sequences (DNA or proteins) in FASTA format, M-Coffee delivers a multiple alignment in the most common formats. M-Coffee is a freeware open source package distributed under a GPL license and it is available either as a standalone package or as a web service from www.tcoffee.org.

Suport i seguiment TFC Annapurna

El present treball exposa la planificació, disseny, anàlisi i arquitectura d'una aplicació creada amb tecnologia JEE. L'aplicació pretén ser una eina de suport psicològic a nens i nenes que tenen difícil accés a aquests professionals. La idea inicial es va inspirar en els infant d'un orfenat de Katmandú. Les tecnologies emprades per la realització del treball han estat Struts2, JSP i EJB3.0. Com a base de dades s'ha seleccionat MySQL, i el servidor d'aplicacions Jboss.

T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension.

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10,000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Embedded Monitoring Server

This study investigates, designs, and implements an inexpensive application that allows local and remote monitoring of a home. The application consists of an array of sensors for monitoring different conditions in a home environment and also for accessing the devices that might be connected to the system. Only a few sensors are initially involved in this study and information about the temperature level, forced entry detection, smoke and water leakage detection can be obtained at any time from any location with an Internet connection. The application software (coded in C language) runs on an embedded system which is basically a wireless Linksys router running on a GNU/Linux based firmware for embedded systems. Interaction between the sensors and the application software is achieved through an implemented sensor interfacing circuit. The communication with the sensor interfacing unit is done through the serial port, and accessibility of the connected sensors is achieved through a telnet client. The sensors can be accessed from local and remote locations with the sensors giving reliable information. The resulting application shows that it is possible to use the router for other applications other than what it is intended for.