De novo inference of protein function from coarse-grained dynamics

Inference of molecular function of proteins is the fundamental task in the quest for understanding cellular processes. The task is getting increasingly difficult with thousands of new proteins discovered each day. The difficulty arises primarily due to lack of high-throughput experimental technique for assessing protein molecular function, a lacunae that computational approaches are trying hard to fill. The latter too faces a major bottleneck in absence of clear evidence based on evolutionary information. Here we propose a de novo approach to annotate protein molecular function through structural dynamics match for a pair of segments from two dissimilar proteins, which may share even <10% sequence identity. To screen these matches, corresponding 1 mu s coarse-grained (CG) molecular dynamics trajectories were used to compute normalized root-mean-square-fluctuation graphs and select mobile segments, which were, thereafter, matched for all pairs using unweighted three-dimensional autocorrelation vectors. Our in-house custom-built forcefield (FF), extensively validated against dynamics information obtained from experimental nuclear magnetic resonance data, was specifically used to generate the CG dynamics trajectories. The test for correspondence of dynamics-signature of protein segments and function revealed 87% true positive rate and 93.5% true negative rate, on a dataset of 60 experimentally validated proteins, including moonlighting proteins and those with novel functional motifs. A random test against 315 unique fold/function proteins for a negative test gave >99% true recall. A blind prediction on a novel protein appears consistent with additional evidences retrieved therein. This is the first proof-of-principle of generalized use of structural dynamics for inferring protein molecular function leveraging our custom-made CG FF, useful to all. (C) 2014 Wiley Periodicals, Inc.

Setor Mineral : rumo a um novo marco legal

Estudo sobre o setor mineral brasileiro com abordagem dos aspectos jurídicos e econômicos. Inclui relatório, projeto de lei, artigos de especialistas e compilação das apresentações do seminário "Setor mineral: rumo a um novo marco legal", ocorrido em dezembro de 2010.

O legislativo e a sociedade construindo juntos o novo Plano Nacional de Educação

Reúne a legislação pertinente para o debate sobre o novo Plano Nacional de Educação (PNE) que estará em vigor no período de 2011 a 2020: Portaria CNE/CP de 2009 e a Lei nº 10.172/2001.

Um novo marco legal para pesquisa e lavra das jazidas brasileiras de petróleo e gás natural

Consultoria Legislativa - Área XII - Recursos Minerais, Hídricos e Energéticos.

Biodiesel : um novo combustível para o Brasil

Consultoria Legislativa - Área XII - Recursos Minerais, Hídricos e Energéticos.

Análise comparativa dos impactos tributários do novo Estatuto Nacional da Microempresa e da Empresa de Pequeno Porte no plano federal

Compara, no que se refere aos tributos federais, o Simples Nacional - sistema tributário introduzido pela Lei Complementar n. 123, de 14 de dezembro de 2006, com o extinto Simples Federal, regulado pela Lei n. 9.317, de 5 de dezembro de 1996, bem como com o lucro presumido, tendo em vista que essas eram as duas formas de tributação mais comumente utilizadas pelos contribuintes que atualmente podem optar pelo Simples Nacional.

A Emenda Constitucional nº 45, de 2004 : o novo perfil do Poder Judiciário brasileiro

Consultoria Legislativa - Área I - Direito Constitucional, Eleitoral, Municipal, Direito Administrativo, Processo Legislativo e Poder Judiciário.

O setor de gás natural e seu novo marco legal

Consultoria Legislativa - Área XII -Recursos Minerais, Hídricos e Energéticos.

Um novo marco legal para o setor mineral

Consultoria Legislativa - Área VIII - Administração Pública; Consultoria Legislativa - Área XII - Recursos Minerais, Hídricos e Energéticos; Consultoria Legislativa - Área I - Direito Constitucional, Eleitoral, Municipal, Direito Administrativo, Processo Legislativo e Poder Judiciário.

Projetos e programas no novo ambiente corporativo de projetos

Notícia sobre a inclusão de programas e projetos no novo ambiente corporativo.

RAE corporativa rediscute a carteira de projetos e valida o novo ciclo da gestão estratégica

Notícia sobre a última Reunião de Avaliação Estratégica - RAE, realizada nos dias 5, 12 e 22 de setembro que deliberou pela redução da atual carteira de projetos corporativos, uma vez que a Câmara dos Deputados iniciará um novo ciclo de gestão estratégica.

O novo ciclo de gestão estratégica

Aborda o lançamento do Novo Ciclo de Gestão Estratégica 2012-23, em 15 de setembro de 2011, que deverá focar suas atenções na área legislativa.

Gestão do conhecimento : o desafio de um novo paradigma como alternativa estratégica para implantação na Câmara dos Deputados

Aborda os métodos e técnicas que envolvem o tema Gestão do Conhecimento, destacando as principais visões de consagrados estudiosos do assunto. Avalia as possibilidades e a importância da adoção dos conceitos próprios relativos ao tema, como instrumento capaz de promover o progresso das atividades desenvolvidas na Câmara dos Deputados.