Methylation alterations are not a major cause of PTTG1 misregulation.

BACKGROUND On its physiological cellular context, PTTG1 controls sister chromatid segregation during mitosis. Within its crosstalk to the cellular arrest machinery, relies a checkpoint of integrity for which gained the over name of securin. PTTG1 was found to promote malignant transformation in 3T3 fibroblasts, and further found to be overexpressed in different tumor types. More recently, PTTG1 has been also related to different processes such as DNA repair and found to trans-activate different cellular pathways involving c-myc, bax or p53, among others. PTTG1 over-expression has been correlated to a worse prognosis in thyroid, lung, colorectal cancer patients, and it can not be excluded that this effect may also occur in other tumor types. Despite the clinical relevance and the increasing molecular characterization of PTTG1, the reason for its up-regulation remains unclear. METHOD We analysed PTTG1 differential expression in PC-3, DU-145 and LNCaP tumor cell lines, cultured in the presence of the methyl-transferase inhibitor 5-Aza-2'-deoxycytidine. We also tested whether the CpG island mapping PTTG1 proximal promoter evidenced a differential methylation pattern in differentiated thyroid cancer biopsies concordant to their PTTG1 immunohistochemistry status. Finally, we performed whole-genome LOH studies using Affymetix 50 K microarray technology and FRET analysis to search for allelic imbalances comprising the PTTG1 locus. CONCLUSION Our data suggest that neither methylation alterations nor LOH are involved in PTTG1 over-expression. These data, together with those previously reported, point towards a post-transcriptional level of misregulation associated to PTTG1 over-expression.

Identification of prognostic molecular features in the reactive stroma of human breast and prostate cancer.

Primary tumor growth induces host tissue responses that are believed to support and promote tumor progression. Identification of the molecular characteristics of the tumor microenvironment and elucidation of its crosstalk with tumor cells may therefore be crucial for improving our understanding of the processes implicated in cancer progression, identifying potential therapeutic targets, and uncovering stromal gene expression signatures that may predict clinical outcome. A key issue to resolve, therefore, is whether the stromal response to tumor growth is largely a generic phenomenon, irrespective of the tumor type or whether the response reflects tumor-specific properties. To address similarity or distinction of stromal gene expression changes during cancer progression, oligonucleotide-based Affymetrix microarray technology was used to compare the transcriptomes of laser-microdissected stromal cells derived from invasive human breast and prostate carcinoma. Invasive breast and prostate cancer-associated stroma was observed to display distinct transcriptomes, with a limited number of shared genes. Interestingly, both breast and prostate tumor-specific dysregulated stromal genes were observed to cluster breast and prostate cancer patients, respectively, into two distinct groups with statistically different clinical outcomes. By contrast, a gene signature that was common to the reactive stroma of both tumor types did not have survival predictive value. Univariate Cox analysis identified genes whose expression level was most strongly associated with patient survival. Taken together, these observations suggest that the tumor microenvironment displays distinct features according to the tumor type that provides survival-predictive value.

Establishment of the epithelial-specific transcriptome of normal and malignant human breast cells based on MPSS and array expression data.

INTRODUCTION: Diverse microarray and sequencing technologies have been widely used to characterise the molecular changes in malignant epithelial cells in breast cancers. Such gene expression studies to identify markers and targets in tumour cells are, however, compromised by the cellular heterogeneity of solid breast tumours and by the lack of appropriate counterparts representing normal breast epithelial cells. METHODS: Malignant neoplastic epithelial cells from primary breast cancers and luminal and myoepithelial cells isolated from normal human breast tissue were isolated by immunomagnetic separation methods. Pools of RNA from highly enriched preparations of these cell types were subjected to expression profiling using massively parallel signature sequencing (MPSS) and four different genome wide microarray platforms. Functional related transcripts of the differential tumour epithelial transcriptome were used for gene set enrichment analysis to identify enrichment of luminal and myoepithelial type genes. Clinical pathological validation of a small number of genes was performed on tissue microarrays. RESULTS: MPSS identified 6,553 differentially expressed genes between the pool of normal luminal cells and that of primary tumours substantially enriched for epithelial cells, of which 98% were represented and 60% were confirmed by microarray profiling. Significant expression level changes between these two samples detected only by microarray technology were shown by 4,149 transcripts, resulting in a combined differential tumour epithelial transcriptome of 8,051 genes. Microarray gene signatures identified a comprehensive list of 907 and 955 transcripts whose expression differed between luminal epithelial cells and myoepithelial cells, respectively. Functional annotation and gene set enrichment analysis highlighted a group of genes related to skeletal development that were associated with the myoepithelial/basal cells and upregulated in the tumour sample. One of the most highly overexpressed genes in this category, that encoding periostin, was analysed immunohistochemically on breast cancer tissue microarrays and its expression in neoplastic cells correlated with poor outcome in a cohort of poor prognosis estrogen receptor-positive tumours. CONCLUSION: Using highly enriched cell populations in combination with multiplatform gene expression profiling studies, a comprehensive analysis of molecular changes between the normal and malignant breast tissue was established. This study provides a basis for the identification of novel and potentially important targets for diagnosis, prognosis and therapy in breast cancer.

The role of AUF1 in AU-rich interleukin-6 mRNA regulation

Abstract: The AU-rich elements (AREs) consisting of repeated AUUUA motifs confer rapid degradation to many cellular mRNAs when present in the 3' untranslated region (3'UTR). We have studied the instability of interleukin-6 mRNA by grafting its 3' untranslated region to a stable green fluorescent protein mRNA. Subsequent scanning mutagenesis identified two conserved elements, which taken together account for most of the instability. The first corresponds to a short non-canonical AU-rich element. The other comprises a sequence predicted to form astern-loop structure. Both elements need to be present in order to confer full instability (Paschoud et al. 2006). Destabilization of ARE-containing mRNAs is thought to involve ARE-binding proteins such as AUF1. We tested whether AUF1 binding to interleukin-6 mRNA correlates with decreased mRNA stability. Overexpression of myc-tagged p37AUFl and p42AUF1 as well as suppression of all four AUF1 isoforms by RNA interference stabilized the interleukin-6 mRNA. Furthermore, the interleukin-6 mRNA co-immunoprecipitated specifically with myc-tagged p37AUF1 and p42AUF1 in cell extracts. Both the stabilization and AUF1-binding required the non-canonical AU-rich sequence. These results indicate that AUF1 binds to the AU-rich element in vivo and promotes interleukin6 mRNA degradation. The combination of mRNA co-immunoprecipitation with microarray technology revealed that at least 500 cellular mRNAs associate with AUF1. Résumé: "La présence d'éléments riches en A et U (ARE), en particulier les motifs répétés d'AUUUA dans la région 3' non traduite, confère une dégradation rapide à beaucoup d'ARN cellulaires. Nous avons étudié l'instabilité de l'ARN codant pour l'interleukine 6 en greffant sa région 3' non traduite à un ARN stable codant pour la protéine fluorescente verte. La mutagenèse systématique des séquences non traduites a permis l'identification de deux éléments conservés qui confèrent l'instabilité à l'ARN. Le premier correspond à un élément AU-riche non canonique court. Le second comporte une structure en 'épingle à cheveux'. Tous les deux éléments doivent être présents afin de conférer une instabilité complète (Paschoud et al. 2006). On pense que des protéines telles que AUF1, pouvant se lier aux éléments ARE, sont impliquées dans la dégradation des ARN messagers. Nous avons examiné si la liaison de AUFl sur l'ARN de l'interleukine 6 corrèle avec une stabilité diminuée. La surexpression des protéines p37AUF1 et de p42AUF1 myc-étiquetées ainsi que la suppression de chacun des quatre isoformes de AUF1 par interférence d'ARN a stabilisé l'ARN messager d'interleukine 6. En outre, cet ARN co-immunoprécipite spécifiquement avec p37AUF1 et p42AUF1 dans des extraits cellulaires. La présence de l'élément AUriche non canonique est nécessaire pour la stabilisation de l'ARN et sa liaison avec AUFI. Ces résultats indiquent qu'AUF1 se lie à l'élément AU-riche in vivo et favorise la dégradation de l'ARN messager d'interleukine 6. La combinaison des techniques de coimmunoprécipitation des ARN messagers et des analyses par `microarray' indique qu'au moins 500 ARN cellulaires s'associent à AUF1.

Tumor-host interactions Part 1: Stromal signatures of breast and prostate cancer Part 2: GLG1 and the control of the secretory pathway in tumor cells

Tumor-host interaction is a key determinant during cancer progression, from primary tumor growth to metastatic dissemination. At each step, tumor cells have to adapt to and subvert different types of microenvironment, leading to major phenotypic and genotypic alterations that affect both tumor and surrounding stromal compartments. Understanding the molecular mechanisms that govern tumor-host interplay may be essential for better comprehension of tumorigenesis in an effort to improve current anti-cancer therapies. The present work is composed of two projects that address tumor-host interactions from two different perspectives, the first focusing on the characterization of tumor-associated stroma and the second on membrane trafficking in tumor cells. Part 1. To selectively address stromal gene expression changes during cancer progression, oligonucleotide-based Affymetrix microarray technology was used to analyze the transcriptomes of laser-microdissected stromal cells derived from invasive human breast and prostate carcinoma. Comparison showed that invasive breast and prostate cancer elicit distinct, tumor-specific stromal responses, with a limited panel of shared induced and/or repressed genes. Both breast and prostate tumor-specific deregulated stromal gene sets displayed statistically significant survival-predictive ability for their respective tumor type. By contrast, a stromal gene signature common to both tumor types did not display prognostic value, although expression of two individual genes within this common signature was found to be associated with patient survival. Part 2. GLG1 is known as an E-selectin ligand and an intracellular FGF receptor, depending on cell type and context. Immunohistochemical and immunofluorescence analyses showed that GLG1 is primarily localized in the Golgi of human tumor cells, a central location in the biosynthetic/secretory pathways. GLG1 has been shown to interact with and to recruit the ARF GEF BIGI to the Golgi membrane. Depletion of GLG1 or BIGI markedly reduced ARF3 membrane localization and activation, and altered the Golgi structure. Interestingly, these perturbations did not impair constitutive secretion in general, but rather seemed to impair secretion of a specific subset of proteins that includes MMP-9. Thus, GLG1 coordinates ARF3 activation by recruiting BIGI to the Golgi membrane, thereby affecting secretion of specific molecules. - Les interactions tumeur-hôte constituent un élément essentiel à la progression tumorale, de la croissance de la tumeur primaire à la dissémination des métastases. A chaque étape, les cellules tumorales doivent s'adapter à différents types de microenvironnement et les détourner à leur propre avantage, donnant lieu à des altérations phénotypiques et génotypiques majeures qui affectent aussi bien la tumeur elle-même que le compartiment stromal environnant. L'étude des mécanismes moléculaires qui régissent les interactions tumeur-hôte constitue une étape essentielle pour une meilleure compréhension du processus de tumorigenèse dans le but d'améliorer les thérapies anti cancer existantes. Le travail présenté ici est composé de deux projets qui abordent la problématique des interactions tumeur-hôte selon différentes perspectives, le premier se concentrant sur la caractérisation du stroma tumoral et le second sur le trafic intracellulaire des cellules tumorales. Partie 1. Pour examiner les changements d'expression des gènes dans le stroma en réponse à la progression du cancer, des puces à ADN Affymetrix ont été utilisées afin d'analyser les transcriptomes des cellules stromales issues de carcinomes invasifs du sein et de la prostate et collectées par microdissection au laser. L'analyse comparative a montré que les cancers invasifs du sein et de la prostate provoquent des réponses stromales spécifiques à chaque type de tumeur, et présentent peu de gènes induits ou réprimés de façon similaire. L'ensemble des gènes dérégulés dans le stroma associé au cancer du sein, ou à celui de la prostate, présente une valeur pronostique pour les patients atteints d'un cancer du sein, respectivement de la prostate. En revanche, la signature stromale commune aux deux types de cancer n'a aucune valeur prédictive, malgré le fait que l'expression de deux gènes présents dans cette liste soit liée à la survie des patients. Partie 2. GLG1 est connu comme un ligand des sélectines E ainsi que comme récepteur intracellulaire pour des facteurs de croissances FGFs selon le type de cellule dans lequel il est exprimé. Des analyses immunohistochimiques et d'immunofluorescence ont montré que dans les cellules tumorales, GLG1 est principalement localisé au niveau de l'appareil de Golgi, une place centrale dans la voie biosynthétique et sécrétoire. Nous avons montré que GLG1 interagit avec la protéine BIGI et participe à son recrutement à la membrane du Golgi. L'absence de GLG1 ou de BIGI réduit drastiquement le pool d'ARF3 associé aux membranes ainsi que la quantité d'ARF3 activés, et modifie la structure de l'appareil de Golgi. Il est particulièrement intéressant de constater que ces perturbations n'ont pas d'effet sur la sécrétion constitutive en général, mais semblent plutôt affecter la sécrétion spécifique d'un sous-groupe défini de protéines comprenant MMP-9. GLG1 coordonne donc l'activation de ARF3 en recrutant BIGI à la membrane du Golgi, agissant par ce moyen sur la sécrétion de molécules spécifiques.

De novo T cell generation and cell cycle analysis of CD4 and CD8 T cells during HIV-disease

RESUME POUR UN LARGE PUBLIC Parmi les globules blancs, les lymphocytes T 004 jouent un rôle primordial dans la coordination de la réponse immunitaire contre les pathogènes et les lymphocytes T CD8 dans leur élimination. Lors d'une infection par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH-1), non seulement les cellules T CD4 sont les principales cibles d'infections, mais aussi elles disparaissent progressivement tout au long de la maladie. Ce phénomène, appelé aussi épuisement des lymphocytes T CD4, est la principale cause provoquant le Syndrome d'Immunodéficience Acquise (SIDA). Malgré de grands efforts de recherche, nous ne sommes toujours pas en mesure de dire si ce phénomène est dû à un défaut dans la production de nouvelles cellules ou à une destruction massive de cellules en circulation. Dans cette étude, nous nous proposions, dans un premier temps, de comparer la production de nouvelles cellules T CD4 et CD8 chez des individus VIH-négatifs et positifs. Les cellules nouvellement produites portent un marqueur commun que l'on appelle TREC et qui est facilement mesurable. En considérant des paramètres cliniques, nous étions en mesure de déterminer le niveau de TRECs de cellules T CD4 et CD8 dans différentes phases de la maladie. De là, nous avons pu déterminer que le niveau de TREC est toujours plus bas dans les cellules T CD8 de patients VIH-positifs comparativement à notre groupe contrôle. Nous avons pu déterminer par une analyse ultérieure que cette différence est due à une forte prolifération de ces cellules chez les patients VIH-positifs, ce qui a pour effet de diluer ce marqueur. En revanche, la production de nouvelles cellules T CD4 chez des patients VIH-positifs est accentuée lors de la phase précoce de la maladie et largement réprimée lors de la phase tardive. Dans un second temps, nous avons effectué une analyse à grande échelle de l'expression de gènes associés à la division cellulaire sur des lymphocytes T CD4 et CD8 d'individus VIH-¬positifs et négatifs, avec comme contrôle des cellules proliférant in vitro. De cette étude, nous avons pu conclure que les cellules T CD8 de patients VIH-positifs étaient en état de prolifération, alors que les lymphocytes T CD4 présentaient des défauts majeurs conduisant à un arrêt de la division cellulaire. Nos résultats montrent que la capacité à produire de nouvelles cellules chez des patients VIH¬positifs reste active longtemps pendant la maladie, mais que l'incapacité des cellules T CD4 à proliférer peut enrayer la reconstitution immunitaire chez ces individus. ABSTRACT The hallmark of HIV-1 infection is the depletion of CD4 T cells. Despite extensive investigation, the mechanisms responsible for the loss of CD4 T cells have been elucidated only partially. In particular, it remains controversial whether CD4 T cell depletion results from a defect in T cell production or from a massive peripheral destruction. In this study, de novo T cell generation has been investigated by measuring T cell receptor rearrangement excision circles (TRECs) on large cohorts of HIV-negative (N=120) and HIV-1 infected (N=298) individuals. Analysis of TREC levels was performed in HIV-infected subjects stratified by the stage of HIV disease based on CD4 T cell counts (early: >500 CD4 T cells/µl; intermediate: <500>200; late: <200) and by age (20 to 60 years, n = 259). Our data show that TREC levels in CD8 T cells were significantly lower in HIV-infected subjects at any stage of disease compared to the control group. In contrast, TREC levels in CD4 T cells were significantly higher in HIV-infected subjects at early stages disease while no significant differences were observed at intermediate stages of the disease and were severely reduced only at late stages of disease. To investigate further the status of cell cycle in peripheral CD4 and CD8 T cells in HIV-1 infections, we determined the pattern of gene expression with the microarray technology. In particular, CD4 and CD8 T cells of HIV-1 infected and HIV-negative subjects were analysed by Cell Cycle cDNA expression array. The patterns of gene expression were compared to in vitro stimulated CD4 and CD8 T cells and this analysis showed that CD8 T cells of HIV-1 infected subjects had a pattern of gene expression very similar to that of in vitro stimulated CD8 T cells thus indicating ongoing cell cycling. In contrast, CD4 T cells of HIV-1 infected subjects displayed a complex pattern of gene expression. In fact, CD4 T cells expressed high levels of genes typically associated with cell activation, but low levels of cell cycle genes. Therefore, these results indicated that activated CD4 T cells of HIV-1 infected subjects were in cell cycle arrest. Taking together these results indicate that thymus function is preserved for long time during HIV- 1 infection and the increase observed in early stage disease may represent a compensatory mechanism to the depletion of CD4 T cells. However, we provide evidence for a cell cycle arrest of peripheral CD4 T cells that may prevent potentially the replenishment of CD4 T cells. RESUME Les mécanismes responsables de la perte des lymphocytes T CD4 lors de l'infection pas VIH n'ont été élucidés que partiellement. Nous ne savons toujours pas si l'épuisement des lymphocytes T CD4 résulte d'un défaut dans la production de cellules ou d'une destruction périphérique massive. Dans cette étude, la production de cellules T a été étudiée en mesurant les cercles d'excision générés lors du réarrangement du récepteur au cellules T (TRECs) chez des individus VIH-négatifs (N=120) et VIH-1 positifs (N=298). L'analyse des niveaux de TREC a été faite chez sujets HIV-infectés en considérant les phases de la maladie sur la base des comptes CD4 (phase précoce: > 500 cellules CD4/µl; intermédiaire: < 500>200; tardive: < 200) et par âge. Nos données démontrent que les niveaux de TRECs des cellules T CD8 étaient significativement plus bas chez les sujets VIH-1 infectés, à tous les stades de la maladie comparativement au groupe contrôle. En revanche, les niveaux de TRECs des cellules T CD4 étaient significativement plus élevés chez les sujets VIH-1 infectés durant la phase précoce de la maladie, tandis qu'aucune différence significative n'était observée durant la phase intermédiaire et étaient très réduits dans la phase tardive. Dans une deuxième partie, nous avons utilisé la technique des biopuces à d'ADN complémentaire pour analyser la régulation du cycle cellulaire chez les lymphocytes T CD4 et CD8 périphériques lors d'une infection au VIH-1. Des profils d'expression ont été déterminés et comparés à ceux de cellules T CD4 et CD8 stimulées in vitro, démontrant que les cellules T CD8 des sujets VIH-positifs avaient un profil d'expression très semblable à celui des cellules stimulées in vitro en prolifération. En revanche, les lymphocytes T CD4 des sujets VIH-1 positifs avaient un profil d'expression de gène plus complexe. En fait, leur profil montrait une sur- expression de gènes associés à une activation cellulaire, mais une sous-expression de ceux induisant une division. Ainsi, ces résultats indiquent que les lymphocytes T CD4 d'individus VIH-positifs présentent des dérégulations qui conduisent à un arrêt du cycle cellulaire. Ces résultats montrent que la fonction thymique est préservée longtemps pendant l'infection au VIH-1 et que l'augmentation de la quantité de TRECs dans la phase précoce de la maladie peut représenter un mécanisme compensatoire à l'épuisement des cellules T CD4. Cependant, nous démontrons aussi un clair dysfonctionnement du cycle cellulaire chez les cellules T CD4 d'individus infectés par VIH-1 ce qui peut enrayer la reconstitution du système immunitaire.

The biological effects of high-pressure gas on the yeast transcriptome

The aim of the present study was to examine the feasibility of DNA microarray technology in an attempt to construct an evaluation system for determining gas toxicity using high-pressure conditions, as it is well known that pressure increases the concentration of a gas. As a first step, we used yeast (Saccharomyces cerevisiae) as the indicator organism and analyzed the mRNA expression profiles after exposure of yeast cells to nitrogen gas. Nitrogen gas was selected as a negative control since this gas has low toxicity. Yeast DNA microarray analysis revealed induction of genes whose products were localized to the membranes, and of genes that are involved in or contribute to energy production. Furthermore, we found that nitrogen gas significantly affected the transport system in the cells. Interestingly, nitrogen gas also resulted in induction of cold-shock responsive genes. These results suggest the possibility of applying yeast DNA microarray to gas bioassays up to 40 MPa. We therefore think that "bioassays" are ideal for use in environmental control and protection studies.

The osmoadaptive response of the wine yeast Saccharomyces cerevisiae K1-V1116 during icewine fermentation

The adapted metabolic response of commercial wine yeast under prolonged exposure to concentrated solutes present in Icewine juice is not fully understood. Presently, there is no information regarding the transcriptomic changes in gene expression associated with the adaptive stress response ofwine yeast during Icewine fermentation compared to table wine fermentation. To understand how and why wine yeast respond differently at the genomic level and ultimately at the metabolic level during Icewine fermentation, the focus ofthis project was to identify and compare these differences in the wine yeast Saccharomyces cerevisiae KI-Vll16 using cDNA microarray technology during the first five days of fermentation. Significant differences in yeast gene expression patterns between fermentation conditions were correlated to differences in nutrient utilization and metabolite production. Sugar consumption, nitrogen usage and metabolite levels were measured using enzyme assays and HPLC. Also, a small subset of differentially expressed genes was verified using Northern analysis. The high osmotic stress experienced by wine yeast throughout Icewine fermentation elicited changes in cell growth and metabolism correlating to several fermentation difficulties, including reduced biomass accumulation and fermentation rate. Genes associated with carbohydrate and nitrogen transport and metabolism were expressed at lower levels in Icewine juice fermenting cells compared to dilute juice fermenting cells. Osmotic stress, not nutrient availability during Icewine fermentation appears to impede sugar and nitrogen utilization. Previous studies have established that glycerol and acetic acid production are increased in yeast during Icewine fermentation. A gene encoding for a glycerollW symporter (STL1) was found to be highly expressed up to 25-fold in the i Icewine juice condition using microarray and Northern analysis. Active glycerol transport by yeast under hyperosmotic conditions to increase cytosolic glycerol concentration may contribute to reduced cell growth observed in the Icewine juice condition. Additionally, genes encoding for two acetyl CoA synthetase isoforms (ACSl and ACS2) were found to be highly expressed, 19- and II-fold respectively, in dilute juice fermenting cells relative to the Icewine juice condition. Therefore, decreased conversion of acetate to acetyl-CoA may contribute to increased acetic acid production during Icewine fermentation. These results further help to explain the response of wine yeast as they adapt to Icewine juice fermentation. ii

Phosphorylation du CTD de l'ARN polymérase II et impact de l'histone H2A.Z sur le positionnement des nucléosomes chez S. cerevisiae

La phosphorylation du domaine C-terminal de l’ARN polymérase II permet à ce complexe protéique d’exécuter la transcription des gènes, en plus de coupler à la transcription des événements moléculaires comme la maturation des ARNm. Mes résultats montrent que même si cette phosphorylation suit un patron similaire à l’ensemble des gènes, il existe des exceptions pouvant être dues à des mécanismes alternatifs de phosphorylation du CTD. Le présent ouvrage s’intéresse également au rôle qu’occupe la variante d’histone H2A.Z dans l’organisation de la chromatine. Des études précédentes on montré que le positionnement de certains nucléosomes le long de l’ADN serait influencé par H2A.Z et aurait une influence sur la capacité de transcrire les gènes. Par une approche génomique utilisant les puces à ADN, j’ai cartographié l’impact de la délétion de H2A.Z sur la structure des nucléosomes. Enfin, des résultats intéressants sur la dynamique d’incorporation de H2A.Z à la chromatine ont été obtenus.

Approches transcriptomiques dans l’étude de la fibrose kystique

Les avancées en biotechnologie ont permis l’identification d’un grand nombre de mécanismes moléculaires, soulignant également la complexité de la régulation génique. Néanmoins, avoir une vision globale de l’homéostasie cellulaire, nous est pour l’instant inaccessible et nous ne sommes en mesure que d’en avoir qu’une vue fractionnée. Étant donné l’avancement des connaissances des dysfonctionnements moléculaires observés dans les maladies génétiques telles que la fibrose kystique, il est encore difficile de produire des thérapies efficaces. La fibrose kystique est causée par la mutation de gène CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator), qui code pour un canal chlorique transmembranaire. La mutation la plus fréquente (ΔF508) induit un repliement incorrect de la protéine et sa rétention dans le réticulum endoplasmique. L’absence de CFTR fonctionnel à la membrane a un impact sur l’homéostasie ionique et sur l’hydratation de la muqueuse respiratoire. Ceci a pour conséquence un défaut dans la clairance mucocilliaire, induisant infection chronique et inflammation excessive, deux facteurs fondamentaux de la physiopathologie. L’inflammation joue un rôle très important dans l’évolution de la maladie et malgré le nombre important d’études sur le sujet, la régulation du processus inflammatoire est encore très mal comprise et la place qu’y occupe le CFTR n’est pas établie. Toutefois, plusieurs autres facteurs, tels que le stress oxydatif participent à la physiopathologie de la maladie, et considérer leurs impacts est important pour permettre une vision globale des acteurs impliqués. Dans notre étude, nous exploitons la technologie des puces à ADN, pour évaluer l’état transcriptionnel d’une cellule épithéliale pulmonaire humaine fibro-kystique. Dans un premier temps, l’analyse de notre expérience identifie 128 gènes inflammatoires sur-exprimés dans les cellules FK par rapport aux cellules non FK où apparaissent plusieurs familles de gènes inflammatoires comme les cytokines ou les calgranulines. L’analyse de la littérature et des annotations suggèrent que la modulation de ces transcripts dépend de la cascade de NF-κB et/ou des voies de signalisation associées aux interférons (IFN). En outre, leurs modulations pourraient être associées à des modifications épigénétiques de leurs loci chromosomiques. Dans un second temps, nous étudions l’activité transcriptionnelle d’une cellule épithéliale pulmonaire humaine FK en présence de DMNQ, une molécule cytotoxique. Notre but est d’identifier les processus biologiques perturbés par la mutation du gène CFTR en présence du stress oxydatif. Fondé sur une analyse canonique de redondance, nous identifions 60 gènes associés à la mort cellulaire et leur variance, observée dans notre expérience, s’explique par un effet conjoint de la mutation et du stress oxydatif. La mesure de l’activité des caspases 3/7, des effecteurs de l’apoptose (la mort cellulaire programmée), montre que les cellules porteuses de la mutation ΔF508, dans des conditions de stress oxydatif, seraient moins apoptotiques que les cellules saines. Nos données transcriptomiques suggèrent que la sous-activité de la cascade des MAPK et la sur-expression des gènes anti-apoptotiques pourraient être impliquées dans le déséquilibre de la balance apoptotique.

Caractérisation de l’implication de β-caténine dans les tumeurs surrénaliennes

Les lésions surrénaliennes surviennent dans la population générale à une fréquence d’environ 2-3%. Parmi les anomalies génétiques identifiées jusqu’à présent dans les tumeurs surrénaliennes, les mutations somatiques de β-caténine sont les plus prévalentes. Elles sont présentes dans environ 20% des adénomes et carcinomes cortico-surrénaliens. β-caténine est l’élément central de la voie canonique de WNT qui joue un rôle crucial dans le développement embryonnaire, l’homéostase et la tumourigenèse. Les mutations activatrices de β-caténine conduisent à l’accumulation nucléaire de β- caténine qui interagit avec les TCF/LEF-1 qui active la transcription des gènes cibles. Les gènes cibles de β-caténine, varient et dépendent du contexte cellulaire. Dans la glande surrénale, les gènes cibles de β-caténine sont inconnus. Nous avons effectué des études de microarray qui nous ont permis d’identifier 490 transcrits dérégulés dans les adénomes corticosurrénaliens porteurs de mutations ponctuelles de β-caténine. L’expression aberrante d’ISM1, RALBP1, PDE2A, CDH12, ENC1, PHYHIP et CITED2 dans les adénomes porteurs de mutations de β-caténine a été confirmée par PCR en temps réel. Le traitement des cellules humaines de carcinome cortico-surrénalien H295R (mutation de CTNNB1, Ser45Prol) avec les inhibiteurs de β-caténine/TCF (PKF115-584 et PNU74654) ont confirmé l'implication de β-caténine dans la régulation transcriptionelle d’ISM1, RALBP1, PDE2A, ENC1 et CITED2. En conclusion, nos travaux ont conduit à l’identification de nouveaux gènes cibles de β-catenin impliqués dans la tumourigenèse cortico-surrénalienne.

SCAPA (Spacially Addressable Protein Array) – a Novel Protein Array for the Differential Profiling of Ligand-receptor Induced Signalling

While protein microarray technology has been successful in demonstrating its usefulness for large scale high-throughput proteome profiling, performance of antibody/antigen microarrays has been only moderately productive. Immobilization of either the capture antibodies or the protein samples on solid supports has severe drawbacks. Denaturation of the immobilized proteins as well as inconsistent orientation of antibodies/ligands on the arrays can lead to erroneous results. This has prompted a number of studies to address these challenges by immobilizing proteins on biocompatible surfaces, which has met with limited success. Our strategy relates to a multiplexed, sensitive and high-throughput method for the screening quantification of intracellular signalling proteins from a complex mixture of proteins. Each signalling protein to be monitored has its capture moiety linked to a specific oligo ‘tag’. The array involves the oligonucleotide hybridization-directed localization and identification of different signalling proteins simultaneously, in a rapid and easy manner. Antibodies have been used as the capture moieties for specific identification of each signaling protein. The method involves covalently partnering each antibody/protein molecule with a unique DNA or DNA derivatives oligonucleotide tag that directs the antibody to a unique site on the microarray due to specific hybridization with a complementary tag-probe on the array. Particular surface modifications and optimal conditions allowed high signal to noise ratio which is essential to the success of this approach.

Expression of target and reference genes in Daphnia magna exposed to ibuprofen

Background: Transcriptomic techniques are now being applied in ecotoxicology and toxicology to measure the impact of stressors and develop understanding of mechanisms of toxicity. Microarray technology in particular offers the potential to measure thousands of gene responses simultaneously. However, it is important that microarrays responses should be validated, at least initially, using real-time quantitative polymerase chain reaction (QPCR). The accurate measurement of target gene expression requires normalisation to an invariant internal control e. g., total RNA or reference genes. Reference genes are preferable, as they control for variation inherent in the cDNA synthesis and PCR. However, reference gene expression can vary between tissues and experimental conditions, which makes it crucial to validate them prior to application. Results: We evaluated 10 candidate reference genes for QPCR in Daphnia magna following a 24 h exposure to the non-steroidal anti-inflammatory drug (NSAID) ibuprofen (IB) at 0, 20, 40 and 80 mg IB l(-1). Six of the 10 candidates appeared suitable for use as reference genes. As a robust approach, we used a combination normalisation factor (NF), calculated using the geNorm application, based on the geometric mean of three selected reference genes: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, ubiquitin conjugating enzyme and actin. The effects of normalisation are illustrated using as target gene leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase (Ltb4dh), which was upregulated following 24 h exposure to 63-81 mg IB l(-1). Conclusions: As anticipated, use of the NF clarified the response of Ltb4dh in daphnids exposed to sublethal levels of ibuprofen. Our findings emphasise the importance in toxicogenomics of finding and applying invariant internal QPCR control(s) relevant to the study conditions.

The role of prophage-like elements in the diversity of Salmonella enterica serovars

The Salmonella enterica serovar Typhi CT18 (S. Typhi) chromosome harbours seven distinct prophage-like elements, some of which may encode functional bacteriophages. In silico analyses were used to investigate these regions in S. Typhi CT18, and ultimately compare these integrated bacteriophages against 40 other Salmonella isolates using DNA microarray technology. S. Typhi CT18 contains prophages that show similarity to the lambda, Mu, P2 and P4 bacteriophage families. When compared to other S. Typhi isolates, these elements were generally conserved, supporting a clonal origin of this serovar. However, distinct variation was detected within a broad range of Salmonella serovars; many of the prophage regions are predicted to be specific to S. Typhi. Some of the P2 family prophage analysed have the potential to carry non-essential "cargo" genes within the hyper-variable tail region, an observation that suggests that these bacteriophage may confer a level of specialisation on their host. Lysogenic bacteriophages therefore play a crucial role in the generation of genetic diversity within S. enterica. (C) 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Environmentally-acquired bacteria influence microbial diversity and natural innate immune responses at gut surfaces

Background: Early microbial colonization of the gut reduces the incidence of infectious, inflammatory and autoimmune diseases. Recent population studies reveal that childhood hygiene is a significant risk factor for development of inflammatory bowel disease, thereby reinforcing the hygiene hypothesis and the potential importance of microbial colonization during early life. The extent to which early-life environment impacts on microbial diversity of the adult gut and subsequent immune processes has not been comprehensively investigated thus far. We addressed this important question using the pig as a model to evaluate the impact of early-life environment on microbe/host gut interactions during development. Results: Genetically-related piglets were housed in either indoor or outdoor environments or in experimental isolators. Analysis of over 3,000 16S rRNA sequences revealed major differences in mucosa-adherent microbial diversity in the ileum of adult pigs attributable to differences in earlylife environment. Pigs housed in a natural outdoor environment showed a dominance of Firmicutes, in particular Lactobacillus, whereas animals housed in a hygienic indoor environment had reduced Lactobacillus and higher numbers of potentially pathogenic phylotypes. Our analysis revealed a strong negative correlation between the abundance of Firmicutes and pathogenic bacterial populations in the gut. These differences were exaggerated in animals housed in experimental isolators. Affymetrix microarray technology and Real-time Polymerase Chain Reaction revealed significant gut-specific gene responses also related to early-life environment. Significantly, indoorhoused pigs displayed increased expression of Type 1 interferon genes, Major Histocompatibility Complex class I and several chemokines. Gene Ontology and pathway analysis further confirmed these results.