Dissection of local and systemic transcriptional responses to phosphate starvation in Arabidopsis.

Phosphate is a crucial and often limiting nutrient for plant growth. To obtain inorganic phosphate (P(i) ), which is very insoluble, and is heterogeneously distributed in the soil, plants have evolved a complex network of morphological and biochemical processes. These processes are controlled by a regulatory system triggered by P(i) concentration, not only present in the medium (external P(i) ), but also inside plant cells (internal P(i) ). A 'split-root' assay was performed to mimic a heterogeneous environment, after which a transcriptomic analysis identified groups of genes either locally or systemically regulated by P(i) starvation at the transcriptional level. These groups revealed coordinated regulations for various functions associated with P(i) starvation (including P(i) uptake, P(i) recovery, lipid metabolism, and metal uptake), and distinct roles for members in gene families. Genetic tools and physiological analyses revealed that genes that are locally regulated appear to be modulated mostly by root development independently of the internal P(i) content. By contrast, internal P(i) was essential to promote the activation of systemic regulation. Reducing the flow of P(i) had no effect on the systemic response, suggesting that a secondary signal, independent of P(i) , could be involved in the response. Furthermore, our results display a direct role for the transcription factor PHR1, as genes systemically controlled by low P(i) have promoters enriched with P1BS motif (PHR1-binding sequences). These data detail various regulatory systems regarding P(i) starvation responses (systemic versus local, and internal versus external P(i) ), and provide tools to analyze and classify the effects of P(i) starvation on plant physiology.

Genetic control of potassium content of common bean seeds

The objective of this work was to investigate possible maternal effects on potassium content of common bean seeds, as well as to estimate the heritability and selection gains in early hybrid generations for this character and to evaluate the efficiency of genetic selection to improve the nutritional quality of common bean (Phaseolus vulgaris). Crosses with four cultivars from the Mesoamerican gene pool yielded the reciprocal F1 and F2 generations and the backcrossed populations (BCP1 and BCP2). The potassium content of the progenies was measured via nitric‑perchloric digestion and flame photometry. The potassium content in the tested progenies varied from 6.0 to 14.9 g kg-1 dry matter, and no significant maternal effect was observed. The narrow-sense heritability ranged from low (33.26%) to intermediate (43.05%). Partial dominance was observed for low potassium content in the seeds. No increase in potassium content was obtained through selection. Breeding common bean plants for increasing potassium content in seeds may be difficult because the local environment strongly influences the character.

Study of Johnsons Glacier (Livingston Island, Antarctica) by means of shallow ice cores and their tephra and by analysis of 137Cs content

With the aim of monitoring the dynamics of the Livingston Island ice cap, the Departament de Geodinàmica i Geofísica of the Universitat de Barcelona began ye a r ly surveys in the austral summer of 1994-95 on Johnsons Glacier. During this field campaign 10 shallow ice cores were sampled with a manual ve rtical ice-core drilling machine. The objectives were: i) to detect the tephra layer accumulated on the glacier surface, attributed to the 1970 Deception Island pyroclastic eruption, today interstratified; ii) to verify wheter this layer might serve as a reference level; iii) to measure the 1 3 7Cs radio-isotope concentration accumulated in the 1965 snow stratum; iv) to use the isochrone layer as a mean of verifying the age of the 1970 tephra layer; and, v) to calculate both the equilibrium line of the glacier and average mass balance over the last 28 years (1965-1993). The stratigr a p hy of the cores, their cumulative density curves and the isothermal ice temperatures recorded confi rm that Johnsons Glacier is a temperate glacier. Wi n d, solar radiation heating and liquid water are the main agents controlling the ve rtical and horizontal redistribution of the volcanic and cryoclastic particles that are sedimented and remain interstratified within the g l a c i e r. It is because of this redistribution that the 1970 tephra layer does not always serve as a ve ry good reference level. The position of the equilibrium line altitude (ELA) in 1993, obtained by the 1 3 7Cs spectrometric analysis, varies from about 200 m a.s.l. to 250 m a.s.l. This indicates a rising trend in the equilibrium line altitude from the beginning of the 1970s to the present day. The va rying slope orientation of Johnsons Glacier relative to the prevailing NE wind gives rise to large local differences in snow accumulation, which locally modifies the equilibrium line altitude. In the cores studied, 1 3 7Cs appears to be associated with the 1970 tephra laye r. This indicates an intense ablation episode throughout the sampled area (at least up to 330 m a.s.l), which probably occurred synchronically to the 1970 tephra deposition or later. A rough estimate of the specific mass balance reveals a considerable accumulation gradient related to the increase with altitude.

Building legitimacy by criticising the pharmaceutical industry: a qualitative study among prescribers and local opinion leaders.

PRINCIPLES: The literature has described opinion leaders not only as marketing tools of the pharmaceutical industry, but also as educators promoting good clinical practice. This qualitative study addresses the distinction between the opinion-leader-as-marketing-tool and the opinion-leader-as-educator, as it is revealed in the discourses of physicians and experts, focusing on the prescription of antidepressants. We explore the relational dynamic between physicians, opinion leaders and the pharmaceutical industry in an area of French-speaking Switzerland. METHODS: Qualitative content analysis of 24 semistructured interviews with physicians and local experts in psychopharmacology, complemented by direct observation of educational events led by the experts, which were all sponsored by various pharmaceutical companies. RESULTS: Both physicians and experts were critical of the pharmaceutical industry and its use of opinion leaders. Local experts, in contrast, were perceived by the physicians as critical of the industry and, therefore, as a legitimate source of information. Local experts did not consider themselves opinion leaders and argued that they remained intellectually independent from the industry. Field observations confirmed that local experts criticised the industry at continuing medical education events. CONCLUSIONS: Local experts were vocal critics of the industry, which nevertheless sponsor their continuing education. This critical attitude enhanced their credibility in the eyes of the prescribing physicians. We discuss how the experts, despite their critical attitude, might still be beneficial to the industry's interests.

The genetic content of chromosomal inversions across a wide latitudinal gradient

There is increasing evidence regarding the role of chromosomal inversions in relevant biological processes such as local adaptation and speciation. A classic example of the adaptive role of chromosomal polymorphisms is given by the clines of inversion frequencies in Drosophila subobscura, repeatable across continents. Nevertheless, not much is known about the molecular variation associated with these polymorphisms. We characterized the genetic content of ca. 600 individuals from nine European populations following a latitudinal gradient by analysing 19 microsatellite loci from two autosomes (J and U) and the sex chromosome (A), taking into account their chromosomal inversions. Our results clearly demonstrate the molecular genetic uniformity within a given chromosomal inversion across a large latitudinal gradient, particularly from Groningen (Netherlands) in the north to Málaga (Spain) in the south, experiencing highly diverse environmental conditions. This low genetic differentiation within the same gene arrangement across the nine European populations is consistent with the local adaptation hypothesis for th evolutionof chromosomal polymorphisms. We also show the effective role of chromosomal inversions in maintaining different genetic pools within these inverted genomic regions even in the presence of high gene flow. Inversions represent thus an important barrier to gene flux and can help maintain specific allelic combinations with positive effects on fitness. Consistent patterns of microsatellite allele-inversion linkage disequilibrium particularly in loci within inversions were also observed. Finally, we identified areas within inversions presenting clinal variation that might be under selection.

Targeting iron-mediated retinal degeneration by local delivery of transferrin.

Iron is essential for retinal function but contributes to oxidative stress-mediated degeneration. Iron retinal homeostasis is highly regulated and transferrin (Tf), a potent iron chelator, is endogenously secreted by retinal cells. In this study, therapeutic potential of a local Tf delivery was evaluated in animal models of retinal degeneration. After intravitreal injection, Tf spread rapidly within the retina and accumulated in photoreceptors and retinal pigment epithelium, before reaching the blood circulation. Tf injected in the vitreous prior and, to a lesser extent, after light-induced retinal degeneration, efficiently protected the retina histology and function. We found an association between Tf treatment and the modulation of iron homeostasis resulting in a decrease of iron content and oxidative stress marker. The immunomodulation function of Tf could be seen through a reduction in macrophage/microglial activation as well as modulated inflammation responses. In a mouse model of hemochromatosis, Tf had the capacity to clear abnormal iron accumulation from retinas. And in the slow P23H rat model of retinal degeneration, a sustained release of Tf in the vitreous via non-viral gene therapy efficently slowed-down the photoreceptors death and preserved their function. These results clearly demonstrate the synergistic neuroprotective roles of Tf against retinal degeneration and allow identify Tf as an innovative and not toxic therapy for retinal diseases associated with oxidative stress.

Consumo y convergencia mediática de la prensa local en Cataluña

Los nuevos hábitos de consumo de medios en el marco de la convergencia digital están propiciando un cambio en las estrategias de los medios de comunicación. Mientras unos usuarios siguen prefiriendo la radio, la televisión y la prensa tradicional para informarse otros participan de la experiencia digital en internet (blogs, redes sociales...) y dispositivos móviles, etc. En este panorama es complicado precisar dónde nace y termina el contenido o hasta qué punto es la participación del usuario quien (re) construye la información; así los contenidos mutan y se diluyen en varios soportes. En este contexto, la prensa local también vive las consecuencias del nuevo paradigma y asume los retos del reacomodo del sector ante la nueva realidad. Esta comunicación presenta las conclusiones del estudio cualitativo con entrevistas en profundidad a los responsables de medios locales en Cataluña sobre sus usuarios, contenidos y soportes en el marco de la convergencia digital.

Comparison of Local Feature Detectors and Descriptors for Visual Object Categorization

Local features are used in many computer vision tasks including visual object categorization, content-based image retrieval and object recognition to mention a few. Local features are points, blobs or regions in images that are extracted using a local feature detector. To make use of extracted local features the localized interest points are described using a local feature descriptor. A descriptor histogram vector is a compact representation of an image and can be used for searching and matching images in databases. In this thesis the performance of local feature detectors and descriptors is evaluated for object class detection task. Features are extracted from image samples belonging to several object classes. Matching features are then searched using random image pairs of a same class. The goal of this thesis is to find out what are the best detector and descriptor methods for such task in terms of detector repeatability and descriptor matching rate.

Local Features in Image and Video Processing - Object Class Matching and Video Shot Detection

The usage of digital content, such as video clips and images, has increased dramatically during the last decade. Local image features have been applied increasingly in various image and video retrieval applications. This thesis evaluates local features and applies them to image and video processing tasks. The results of the study show that 1) the performance of different local feature detector and descriptor methods vary significantly in object class matching, 2) local features can be applied in image alignment with superior results against the state-of-the-art, 3) the local feature based shot boundary detection method produces promising results, and 4) the local feature based hierarchical video summarization method shows promising new new research direction. In conclusion, this thesis presents the local features as a powerful tool in many applications and the imminent future work should concentrate on improving the quality of the local features.

Repository content - lost in Discovery?

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Dieu, le capitalisme et le développement local : conflits sociaux et enracinement territorial : étude monographique d'un village québécois

Inscrite dans la tradition monographique en sociologie et en anthropologie, cette thèse prend pour objet la diversité des pratiques et des idéologies caractéristiques des différents types de populations rurales distingués en fonction de l'enracinement territorial, afin d'apporter un nouvel éclairage sur les conflits sociaux actuels dans tous les milieux ruraux québécois qui surgissent notamment de l'accroissement du nombre des néo-ruraux dont les visions du monde s'opposent à celles des agriculteurs, dont le nombre diminue sans cesse. Prenant un village comme observatoire, il s'agit de rendre compte du mouvement totalisant de l'expérience de la vie en société à la fois dans ses dimensions « matérielles » et « symboliques ». L'étude des principales formes de vie sociale (religieuse, économique et politique) se fait grâce à des méthodes diversifiées: l'observation participante, l'analyse statistique, l'analyse du discours, le travail sur les archives municipales et l'histoire orale. L'analyse des différentes formes de vie sociale montre que leur organisation est structurée par deux principaux modèles. Le modèle public et communautaire comprend les personnes qui valorisent l'implication de l'État et des professionnels dans la gestion collective de la redistribution des richesses et dans le développement des milieux ruraux. Ces personnes occupent une position économique « marginale » à l'intérieur de la localité et sont plus près des milieux urbains tant par leurs positions que par leurs visions du monde. Quant au modèle privé et familial, il comprend les personnes défendant le rôle prépondérant des réseaux familiaux dans le développement local et la fermeture de la localité face à la concurrence des marchés extérieurs et aux interventions politiques exogènes. Les représentants de ce modèle occupent une position économique locale dominante, mais se sentent de plus en plus dominés politiquement face aux interventions extérieures des représentants politiques régionaux et des professionnels ainsi qu'économiquement à l'échelle mondiale où ils occupent une position dominée. Les oppositions sous-jacentes à ces deux modèles s'inscrivent dans une histoire ancienne qui met en scène d'une part les élites traditionnelles liées à l'Église et les notables francophones scolarisées et d'autre part les élites industrielles et commerciales qui succèdent aux anglophones dès les années 1920. Le sens et le contenu des modèles varient légèrement avec les transformations récentes de la structure familiale et la régionalisation des pouvoirs politiques et religieux.

Action collective patronale : les mécanismes de diffusion entre les niveaux sectoriel et local

Cette recherche s'intéresse à l'acteur patronal organisé, encore peu étudié en Amérique du Nord. Pourtant, cet acteur est fortement organisé au Québec et il exerce une influence reconnue sur les politiques publiques et les relations industrielles. Cette recherche vise à mieux comprendre la logique d’action des employeurs et les lieux où ils exercent leur influence. Plus important encore, la recherche s’interroge sur les mécanismes de diffusion utilisés par les associations patronales pour transmettre à leurs membres des orientations et des lignes directrices à adopter. Tout comme pour l’acteur syndical qui doit développer sa capacité représentative (Dufour, Hege, Levesque et Murray, 2009), nous croyons qu’il en est de même pour l’acteur patronal. Bref, cette étude cherche à comprendre comment les associations patronales vont s'assurer que leurs membres adoptent des pratiques en lien avec les positions défendues dans les institutions du marché du travail et dans la sphère des politiques publiques. Notre question de recherche est la suivante : Quels sont les mécanismes développés par les associations patronales pour diffuser leurs orientations en matière de politiques publiques et de relations du travail en vue d’influencer les pratiques locales de gestion de leurs membres? Au plan théorique, cette étude mobilise les idées développées par les approches néo-institutionnalistes pour mieux expliquer comment les acteurs vont utiliser les institutions en place pour façonner les règles dans leurs intérêts, ce qui suppose d’abord une capacité de représentation et une cohérence dans les actions entre les niveaux où se situent l’acteur. On cherche à comprendre comment les associations peuvent coordonner les actions patronales en réaction aux changements qui s’opèrent dans l’environnement institutionnel. Les associations patronales sont des entrepreneurs institutionnels (Crouch, 2005) qui sont à la recherche active d’opportunités et de leviers de pouvoir à utiliser pour maximiser leurs intérêts de leurs membres et par la même occasion, réduire les incertitudes en provenance de l’environnement (Campbell, 2004; Streeck et Thelen, 2005; Crouch, 2005). Toujours au niveau théorique, cette étude se base sur les idées avancées par la sociologie des logiques d’action. Cette approche théorique nous permet de rendre compte des niveaux sectoriel et local où s’enracinent les comportements des employeurs. Au niveau sectoriel, il existe une pluralité d’instances qui contribuent à façonner les logiques d’actions des associations patronales. La sociologie des logiques d’actions nous permet d’envisager l’association patronale comme un groupe qui dispose d’une vie qui lui est propre avec une relative autonomie de fonctionnement. La capacité d’influence de l’association serait tributaire des mécanismes de coordination de l’action utilisés pour susciter l’accord au sein du groupe. Les mécanismes de coordination de l’action devraient permettre une connexion régulière et stable entre l’association et ses membres. Cette recherche s’intéresse aux associations patronales qui ont recours à un ensemble de moyens pour diffuser les orientations privilégiées aux entreprises membres. Au plan empirique, cette recherche propose de répondre aux trois objectifs suivants : (1) mieux comprendre les formes d’organisation patronales dans les mines au Québec; (2) mieux saisir la structure et la logique d’action des associations patronales sur les politiques publiques, les relations de travail et le marché du travail et finalement (3) mieux comprendre les mécanismes développés par les associations patronales pour diffuser leurs orientations en vue d’influencer les pratiques locales de gestion de leurs membres. Pour atteindre nos objectifs de recherche, nous avons utilisé une méthodologie qualitative de recherche soit une étude de cas du secteur des mines au Québec. Cette dernière a été conduite en trois étapes : la préparation, la collecte des données et l’interprétation (Merriam, 1998). Les données de cette étude ont été recueillies à l’hiver 2012, par le biais d’entretiens semi-directifs auprès de gestionnaires d’entreprises minières et de dirigeants d’associations minières. Une analyse qualitative du contenu de ces entrevues a été effectuée en lien avec la revue de littérature et nos propositions de recherche. À cette fin, nous avons utilisé la technique de l’appariement logique de Yin (1994), ce qui nous a permis de comparer nos observations à nos propositions de recherche. Au niveau des résultats, nous avons pu constater que les associations patronales du secteur des mines au Québec, endossent davantage le rôle de porte-parole de l’industrie auprès du gouvernement que celui de développeur de services aux membres. Les actions des associations patronales s’exercent à tous les niveaux décisionnels afin d’assurer la meilleure promotion possible des intérêts des employeurs. La représentation politique représente le champ d’activité le plus important qui compose la logique d’action des associations patronales de la filière minérale québécoise. Mentionnons également que la représentation des intérêts des entreprises auprès du public et des médias est également vitale à l’action collective patronale dans un souci d’acceptabilité sociale. Les associations d’employeurs vont tenter principalement d’influencer les pratiques en relations industrielles qui permettent d’assurer une meilleure image de l’industrie et qui sont jugées prioritaires en fonction du contexte institutionnel en place. La recherche nous a permis d’observer un impact favorable et significatif à la capacité de diffusion pour cinq des sept mécanismes de diffusion faisant partie de notre modèle d’analyse. Trois de ces cinq mécanismes favorisent la capacité de diffusion descendante (transposition de la logique d’action sectorielle sur les pratiques locales des membres) et les deux autres favorisent plutôt la capacité de diffusion ascendante (transposition des enjeux locaux jugés prioritaires sur la logique d’action sectorielle). Les mécanismes qui supportent au mieux la cohésion au sein de l’association sont ceux qui impliquent une relation dynamique entre les représentants et les membres et entre les membres eux-mêmes d’où la pertinence d’une diffusion descendante et ascendante des orientations. Il est à noter qu’étant donné que cette recherche consiste en une étude de cas, des limites méthodologiques liées à la généralisation des résultats sont présentes. Il n’est pas aisé d’affirmer que les résultats de cette microanalyse soient généralisables en raison des spécificités du secteur à l’étude. En contrepartie, les analyses ont servi à l’élaboration d’un modèle qui pourra être utilisé dans des études futures.

CBIR Using Local and Global Properties of Image Sub-blocks

This paper proposes a content based image retrieval (CBIR) system using the local colour and texture features of selected image sub-blocks and global colour and shape features of the image. The image sub-blocks are roughly identified by segmenting the image into partitions of different configuration, finding the edge density in each partition using edge thresholding, morphological dilation and finding the corner density in each partition. The colour and texture features of the identified regions are computed from the histograms of the quantized HSV colour space and Gray Level Co- occurrence Matrix (GLCM) respectively. A combined colour and texture feature vector is computed for each region. The shape features are computed from the Edge Histogram Descriptor (EHD). Euclidean distance measure is used for computing the distance between the features of the query and target image. Experimental results show that the proposed method provides better retrieving result than retrieval using some of the existing methods

Content Based Image Retrieval Using Low Level Features of Automatically Extracted Regions of Interest

This paper proposes a region based image retrieval system using the local colour and texture features of image sub regions. The regions of interest (ROI) are roughly identified by segmenting the image into fixed partitions, finding the edge map and applying morphological dilation. The colour and texture features of the ROIs are computed from the histograms of the quantized HSV colour space and Gray Level co- occurrence matrix (GLCM) respectively. Each ROI of the query image is compared with same number of ROIs of the target image that are arranged in the descending order of white pixel density in the regions, using Euclidean distance measure for similarity computation. Preliminary experimental results show that the proposed method provides better retrieving result than retrieval using some of the existing methods.

Content Based Image Retrieval System for Malayalam Handwritten Characters

Content Based Image Retrieval is one of the prominent areas in Computer Vision and Image Processing. Recognition of handwritten characters has been a popular area of research for many years and still remains an open problem. The proposed system uses visual image queries for retrieving similar images from database of Malayalam handwritten characters. Local Binary Pattern (LBP) descriptors of the query images are extracted and those features are compared with the features of the images in database for retrieving desired characters. This system with local binary pattern gives excellent retrieval performance