Il fascicolo sanitario elettronico tra Semantic Web e diritto alla privacy

Principale obiettivo della ricerca è quello di ricostruire lo stato dell’arte in materia di sanità elettronica e Fascicolo Sanitario Elettronico, con una precipua attenzione ai temi della protezione dei dati personali e dell’interoperabilità. A tal fine sono stati esaminati i documenti, vincolanti e non, dell’Unione europea nonché selezionati progetti europei e nazionali (come “Smart Open Services for European Patients” (EU); “Elektronische Gesundheitsakte” (Austria); “MedCom” (Danimarca); “Infrastruttura tecnologica del Fascicolo Sanitario Elettronico”, “OpenInFSE: Realizzazione di un’infrastruttura operativa a supporto dell’interoperabilità delle soluzioni territoriali di fascicolo sanitario elettronico nel contesto del sistema pubblico di connettività”, “Evoluzione e interoperabilità tecnologica del Fascicolo Sanitario Elettronico”, “IPSE - Sperimentazione di un sistema per l’interoperabilità europea e nazionale delle soluzioni di Fascicolo Sanitario Elettronico: componenti Patient Summary e ePrescription” (Italia)). Le analisi giuridiche e tecniche mostrano il bisogno urgente di definire modelli che incoraggino l’utilizzo di dati sanitari ed implementino strategie effettive per l’utilizzo con finalità secondarie di dati sanitari digitali , come Open Data e Linked Open Data. L’armonizzazione giuridica e tecnologica è vista come aspetto strategico per ridurre i conflitti in materia di protezione di dati personali esistenti nei Paesi membri nonché la mancanza di interoperabilità tra i sistemi informativi europei sui Fascicoli Sanitari Elettronici. A questo scopo sono state individuate tre linee guida: (1) armonizzazione normativa, (2) armonizzazione delle regole, (3) armonizzazione del design dei sistemi informativi. I principi della Privacy by Design (“prottivi” e “win-win”), così come gli standard del Semantic Web, sono considerate chiavi risolutive per il suddetto cambiamento.

Connecting works of art within the semantic web of symbolic meanings

My doctoral research is about the modelling of symbolism in the cultural heritage domain, and on connecting artworks based on their symbolism through knowledge extraction and representation techniques. In particular, I participated in the design of two ontologies: one models the relationships between a symbol, its symbolic meaning, and the cultural context in which the symbol symbolizes the symbolic meaning; the second models artistic interpretations of a cultural heritage object from an iconographic and iconological (thus also symbolic) perspective. I also converted several sources of unstructured data, a dictionary of symbols and an encyclopaedia of symbolism, and semi-structured data, DBpedia and WordNet, to create HyperReal, the first knowledge graph dedicated to conventional cultural symbolism. By making use of HyperReal's content, I showed how linked open data about cultural symbolism could be utilized to initiate a series of quantitative studies that analyse (i) similarities between cultural contexts based on their symbologies, (ii) broad symbolic associations, (iii) specific case studies of symbolism such as the relationship between symbols, their colours, and their symbolic meanings. Moreover, I developed a system that can infer symbolic, cultural context-dependent interpretations from artworks according to what they depict, envisioning potential use cases for museum curation. I have then re-engineered the iconographic and iconological statements of Wikidata, a widely used general-domain knowledge base, creating ICONdata: an iconographic and iconological knowledge graph. ICONdata was then enriched with automatic symbolic interpretations. Subsequently, I demonstrated the significance of enhancing artwork information through alignment with linked open data related to symbolism, resulting in the discovery of novel connections between artworks. Finally, I contributed to the creation of a software application. This application leverages established connections, allowing users to investigate the symbolic expression of a concept across different cultural contexts through the generation of a three-dimensional exhibition of artefacts symbolising the chosen concept.

A systematic mapping study on open data

This thesis presented the overview of Open Data research area, quantity of evidence and establishes the research evidence based on the Systematic Mapping Study (SMS). There are 621 such publications were identified published between years 2005 and 2014, but only 243 were selected in the review process. This thesis highlights the implications of Open Data principals’ proliferation in the emerging era of the accessibility, reusability and sustainability of data transparency. The findings of mapping study are described in quantitative and qualitative measurement based on the organization affiliation, countries, year of publications, research method, star rating and units of analysis identified. Furthermore, units of analysis were categorized by development lifecycle, linked open data, type of data, technical platforms, organizations, ontology and semantic, adoption and awareness, intermediaries, security and privacy and supply of data which are important component to provide a quality open data applications and services. The results of the mapping study help the organizations (such as academia, government and industries), re-searchers and software developers to understand the existing trend of open data, latest research development and the demand of future research. In addition, the proposed conceptual framework of Open Data research can be adopted and expanded to strengthen and improved current open data applications.

Linked Data - A little goes a long way

Presentation about the University Linked Open Data Service to Insitutional Web Managers Workshop 2011.

Indexação e pesquisa de informação com base em ontologias interligadas

Tecnologias da Web Semântica como RDF, OWL e SPARQL sofreram nos últimos anos um forte crescimento e aceitação. Projectos como a DBPedia e Open Street Map começam a evidenciar o verdadeiro potencial da Linked Open Data. No entanto os motores de pesquisa semânticos ainda estão atrasados neste crescendo de tecnologias semânticas. As soluções disponíveis baseiam-se mais em recursos de processamento de linguagem natural. Ferramentas poderosas da Web Semântica como ontologias, motores de inferência e linguagens de pesquisa semântica não são ainda comuns. Adicionalmente a esta realidade, existem certas dificuldades na implementação de um Motor de Pesquisa Semântico. Conforme demonstrado nesta dissertação, é necessária uma arquitectura federada de forma a aproveitar todo o potencial da Linked Open Data. No entanto um sistema federado nesse ambiente apresenta problemas de performance que devem ser resolvidos através de cooperação entre fontes de dados. O standard actual de linguagem de pesquisa na Web Semântica, o SPARQL, não oferece um mecanismo para cooperação entre fontes de dados. Esta dissertação propõe uma arquitectura federada que contém mecanismos que permitem cooperação entre fontes de dados. Aborda o problema da performance propondo um índice gerido de forma centralizada assim como mapeamentos entre os modelos de dados de cada fonte de dados. A arquitectura proposta é modular, permitindo um crescimento de repositórios e funcionalidades simples e de forma descentralizada, à semelhança da Linked Open Data e da própria World Wide Web. Esta arquitectura trabalha com pesquisas por termos em linguagem natural e também com inquéritos formais em linguagem SPARQL. No entanto os repositórios considerados contêm apenas dados em formato RDF. Esta dissertação baseia-se em múltiplas ontologias partilhadas e interligadas.

Towards semantic web mining

Semantic Web Mining aims at combining the two fast-developing research areas Semantic Web and Web Mining. The idea is to improve, on the one hand, the results of Web Mining by exploiting the new semantic structures in the Web; and to make use of Web Mining, on overview of where the two areas meet today, and sketches ways of how a closer integration could be profitable.

Transparent access to relational, autonomous and distributed databases using semantic web and service oriented technologies

With the constant grow of enterprises and the need to share information across departments and business areas becomes more critical, companies are turning to integration to provide a method for interconnecting heterogeneous, distributed and autonomous systems. Whether the sales application needs to interface with the inventory application, the procurement application connect to an auction site, it seems that any application can be made better by integrating it with other applications. Integration between applications can face several troublesome due the fact that applications may not have been designed and implemented having integration in mind. Regarding to integration issues, two tier software systems, composed by the database tier and by the “front-end” tier (interface), have shown some limitations. As a solution to overcome the two tier limitations, three tier systems were proposed in the literature. Thus, by adding a middle-tier (referred as middleware) between the database tier and the “front-end” tier (or simply referred application), three main benefits emerge. The first benefit is related with the fact that the division of software systems in three tiers enables increased integration capabilities with other systems. The second benefit is related with the fact that any modifications to the individual tiers may be carried out without necessarily affecting the other tiers and integrated systems and the third benefit, consequence of the others, is related with less maintenance tasks in software system and in all integrated systems. Concerning software development in three tiers, this dissertation focus on two emerging technologies, Semantic Web and Service Oriented Architecture, combined with middleware. These two technologies blended with middleware, which resulted in the development of Swoat framework (Service and Semantic Web Oriented ArchiTecture), lead to the following four synergic advantages: (1) allow the creation of loosely-coupled systems, decoupling the database from “front-end” tiers, therefore reducing maintenance; (2) the database schema is transparent to “front-end” tiers which are aware of the information model (or domain model) that describes what data is accessible; (3) integration with other heterogeneous systems is allowed by providing services provided by the middleware; (4) the service request by the “frontend” tier focus on ‘what’ data and not on ‘where’ and ‘how’ related issues, reducing this way the application development time by developers.

Improving discovery in the life sciences using semantic Web technologies and linked data: design principles for life sciences knowledge organization systems

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Bioinformatics

Introduction to the Semantic Web and the Web of Linked Data

Presentation given as part of the EPrints/dotAC training event on 26 Mar 2010.

LEAPS:a semantic web and linked data framework for the Algal biomass domain

In this paper we present, LEAPS, a Semantic Web and Linked data framework for searching and visualising datasets from the domain of Algal biomass. LEAPS provides tailored interfaces to explore algal biomass datasets via REST services and a SPARQL endpoint for stakeholders in the domain of algal biomass. The rich suite of datasets include data about potential algal biomass cultivation sites, sources of CO2, the pipelines connecting the cultivation sites to the CO2 sources and a subset of the biological taxonomy of algae derived from the world's largest online information source on algae.

Bridging the gap between closed and open data. System proposal for the Portuguese Legislation

Esta dissertação apresenta uma proposta de sistema capaz de preencher a lacuna entre documentos legislativos em formato PDF e documentos legislativos em formato aberto. O objetivo principal é mapear o conhecimento presente nesses documentos de maneira a representar essa coleção como informação interligada. O sistema é composto por vários componentes responsáveis pela execução de três fases propostas: extração de dados, organização de conhecimento, acesso à informação. A primeira fase propõe uma abordagem à extração de estrutura, texto e entidades de documentos PDF de maneira a obter a informação desejada, de acordo com a parametrização do utilizador. Esta abordagem usa dois métodos de extração diferentes, de acordo com as duas fases de processamento de documentos – análise de documento e compreensão de documento. O critério utilizado para agrupar objetos de texto é a fonte usada nos objetos de texto de acordo com a sua definição no código de fonte (Content Stream) do PDF. A abordagem está dividida em três partes: análise de documento, compreensão de documento e conjunção. A primeira parte da abordagem trata da extração de segmentos de texto, adotando uma abordagem geométrica. O resultado é uma lista de linhas do texto do documento; a segunda parte trata de agrupar os objetos de texto de acordo com o critério estipulado, produzindo um documento XML com o resultado dessa extração; a terceira e última fase junta os resultados das duas fases anteriores e aplica regras estruturais e lógicas no sentido de obter o documento XML final. A segunda fase propõe uma ontologia no domínio legal capaz de organizar a informação extraída pelo processo de extração da primeira fase. Também é responsável pelo processo de indexação do texto dos documentos. A ontologia proposta apresenta três características: pequena, interoperável e partilhável. A primeira característica está relacionada com o facto da ontologia não estar focada na descrição pormenorizada dos conceitos presentes, propondo uma descrição mais abstrata das entidades presentes; a segunda característica é incorporada devido à necessidade de interoperabilidade com outras ontologias do domínio legal, mas também com as ontologias padrão que são utilizadas geralmente; a terceira característica é definida no sentido de permitir que o conhecimento traduzido, segundo a ontologia proposta, seja independente de vários fatores, tais como o país, a língua ou a jurisdição. A terceira fase corresponde a uma resposta à questão do acesso e reutilização do conhecimento por utilizadores externos ao sistema através do desenvolvimento dum Web Service. Este componente permite o acesso à informação através da disponibilização de um grupo de recursos disponíveis a atores externos que desejem aceder à informação. O Web Service desenvolvido utiliza a arquitetura REST. Uma aplicação móvel Android também foi desenvolvida de maneira a providenciar visualizações dos pedidos de informação. O resultado final é então o desenvolvimento de um sistema capaz de transformar coleções de documentos em formato PDF para coleções em formato aberto de maneira a permitir o acesso e reutilização por outros utilizadores. Este sistema responde diretamente às questões da comunidade de dados abertos e de Governos, que possuem muitas coleções deste tipo, para as quais não existe a capacidade de raciocinar sobre a informação contida, e transformá-la em dados que os cidadãos e os profissionais possam visualizar e utilizar.

An Approach To Publish a Data Warehouse Content as Linked Data

Mestrado em Engenharia Informática - Área de Especialização em Tecnologias do Conhecimento e Decisão