Expression analysis and in silico characterization of intronic long noncoding RNAs in renal cell carcinoma: emerging functional associations

Abstract Background Intronic and intergenic long noncoding RNAs (lncRNAs) are emerging gene expression regulators. The molecular pathogenesis of renal cell carcinoma (RCC) is still poorly understood, and in particular, limited studies are available for intronic lncRNAs expressed in RCC Methods Microarray experiments were performed with custom-designed arrays enriched with probes for lncRNAs mapping to intronic genomic regions. Samples from 18 primary RCC tumors and 11 nontumor adjacent matched tissues were analyzed. Meta-analyses were performed with microarray expression data from three additional human tissues (normal liver, prostate tumor and kidney nontumor samples), and with large-scale public data for epigenetic regulatory marks and for evolutionarily conserved sequences. Results A signature of 29 intronic lncRNAs differentially expressed between RCC and nontumor samples was obtained (false discovery rate (FDR) <5%). A signature of 26 intronic lncRNAs significantly correlated with the RCC five-year patient survival outcome was identified (FDR <5%, p-value ≤0.01). We identified 4303 intronic antisense lncRNAs expressed in RCC, of which 22% were significantly (p <0.05) cis correlated with the expression of the mRNA in the same locus across RCC and three other human tissues. Gene Ontology (GO) analysis of those loci pointed to 'regulation of biological processes’ as the main enriched category. A module map analysis of the protein-coding genes significantly (p <0.05) trans correlated with the 20% most abundant lncRNAs, identified 51 enriched GO terms (p <0.05). We determined that 60% of the expressed lncRNAs are evolutionarily conserved. At the genomic loci containing the intronic RCC-expressed lncRNAs, a strong association (p <0.001) was found between their transcription start sites and genomic marks such as CpG islands, RNA Pol II binding and histones methylation and acetylation. Conclusion Intronic antisense lncRNAs are widely expressed in RCC tumors. Some of them are significantly altered in RCC in comparison with nontumor samples. The majority of these lncRNAs is evolutionarily conserved and possibly modulated by epigenetic modifications. Our data suggest that these RCC lncRNAs may contribute to the complex network of regulatory RNAs playing a role in renal cell malignant transformation.

Produção textual de adolescentes acerca da saúde sexual e reprodutiva: subsídios para atuação de enfermagem

Trata-se de um estudo exploratório-descritivo, com abordagem qualitativa, que teve por objetivo analisar as mensagens, acerca da promoção da saúde sexual e reprodutiva, produzidas por adolescentes de escolas públicas e particulares da cidade do Rio Grande, num concurso de redação e música promovido pelo Grupo Gestor Municipal (GGM) do Projeto Saúde e Prevenção nas Escolas (SPE), nos anos de 2007 e 2008. Após autorização pelo GGM para realização deste estudo, foram disponibilizadas para reprodução, via xérox, as 29 redações e as três letras de músicas inscritas nos concursos. Para o tratamento dos dados utilizou-se a técnica de análise de conteúdo na modalidade temática. Participaram 35 adolescentes, sendo 25 moças e dez rapazes, com idades entre onze e dezessete anos. Quanto à escolaridade, dois frequentavam a quinta série; doze a sexta, doze a sétima e nove a oitava. Apreendeu-se que, em sua produção textual, os(as) adolescentes revelaram as vulnerabilidades e fortalezas referentes à saúde sexual e reprodutiva. Entre os inúmeros fatores que aumentam a vulnerabilidade individual, social e programática, discorreram sobre a carência de informações, a dificuldade para transformar o conhecimento em prática, a sensação de imunidade, a violência familiar, a conduta repressora de pais e mães, as mensagens de cunho sexual veiculadas pela mídia, a necessidade de serem aceitos(as) pelo grupo, preconceitos, e falta de ações governamentais direcionadas a adolescentes. No que se refere às fortalezas, sabem que a informação é uma importante aliada para a promoção da saúde sexual e reprodutiva citando, entre as fontes acessíveis, os serviços públicos de saúde, a família e a escola. Demonstraram conhecimento acerca da alarmante propagação da epidemia da AIDS entre jovens, conhecendo os sinais e sintomas das DSTs mais comuns e as formas de prevenção. As moças enfatizaram a necessidade de compartilhar a responsabilidade preventiva com os rapazes, bem como de amor próprio e respeito mútuo. O acesso aos serviços de saúde também foi apresentado como indispensável ao adolescer saudável. Os(as) jovens demonstraram conhecimento sobre drogas seus efeitos e consequências. Referem-se à adolescência como um período gostoso, repleto de dúvidas, mas também cheio de potencialidades. Assim, os mesmos componentes apresentados como desencadeadores de vulnerabilidade podem torná-los(as) fortes e capazes de superar os desafios comuns a essa etapa da vida. Para que tal superação ocorra, é necessário que tenham acesso à informação e a problematizem; que sejam capazes de incorporá-las ao cotidiano, adotando práticas protegidas e protetoras; que haja diálogo, despido de tabus, censuras e preconceitos no ambiente familiar; que as escolas adotem de forma transversalizada temáticas referentes à saúde sexual e reprodutiva; que os serviços de saúde tenham infraestrutura para assegurar os direitos contidos no Estatuto da Criança e do Adolescente; entre outras estratégias fortalecedoras.

Lagoa mirim: caracterização da pesca artesanal e composição da captura

Os ambientes aquáticos continentais da metade sul do RS são caracterizados por uma ampla planície costeira, onde destaca-se a Lagoa Mirim, com uma área total binacional (Brasil e Uruguai) de 3.750 Km². Nesta região, a pesca é uma importante atividade sócio-econômica, porém, a economia da região baseia-se no cultivo do arroz e na criação de gado. A proposta deste trabalho foi realizar um diagnóstico preliminar desta atividade na L. Mirim. A metodologia foi baseada na aplicação de formulários aos pescadores artesanais (perfil sócio-econômico e características da pesca) e na identificação das espécies que compunham a captura proveniente do desembarque pesqueiro no entorno da L. Mirim (Jaguarão, Santa Isabel e Santa Vitória do PalmarPorto e Curral Alto). Os dados de captura total de pescado foram provenientes de fontes independentes e complementares. O estudo sugere um perfil do pescador artesanal composto por 71% de indivíduos de sexo masculino, entre 20 e 65 anos de idade que costumam ficar de uma semana a quinze dias embarcados. A maioria (71%) dos pescadores artesanais entrevistados possui somente ensino fundamental e seus familiares geralmente estão envolvidos na atividade pesqueira. Foram identificados 28 locais de pesca e as principais espécies capturadas pela pesca artesanal foram: traíra Hoplias malabaricus, jundiá Rhandia aff. quelen, pintado Pimelodus maculatus, peixerei Odontesthes spp, viola-cascuda Loricariichthys anus e tambico Oligosarcus spp. A traíra foi a espécie mais representativa em peso (> 40%). Estas espécies apresentaram flutuações na composição das capturas ao longo do ano; os menores valores foram registrados entre julho e setembro (meses frios), exceto para o peixe-rei. A análise dos dados também aponta uma variação interanual dos valores totais de pescado e alguns fatores que podem estar associados à diminuição da captura são os prolongados períodos de seca na região, o uso da água na orizicultura e a falta de fiscalização da atividade pesqueira. Estudos baseados em estimativas de pescarias e conhecimento sobre a biologia das espécies capturadas podem fornecer subsídios para o correto manejo dos recursos pesqueiros, para tanto, são necessárias pesquisas que investiguem aspectos do uso sustentado das espécies de importância econômica na região e os possíveis efeitos da atividade pesqueira sobre a estrutura e a biodiversidade do ecossistema. Assim, para garantir a sustentabilidade da Lagoa Mirim, faz-se necessário envolver os pescadores artesanais e suas estratégias de pesca, em função de seus conhecimentos ecológicos, nas pesquisas que integram a elaboração das políticas públicas.