The Mouse Gene Expression Database (GXD)

The Gene Expression Database (GXD) is a community resource of gene expression information for the laboratory mouse. By combining the different types of expression data, GXD aims to provide increasingly complete information about the expression profiles of genes in different mouse strains and mutants, thus enabling valuable insights into the molecular networks that underlie normal development and disease. GXD is integrated with the Mouse Genome Database (MGD). Extensive interconnections with sequence databases and with databases from other species, and the development and use of shared controlled vocabularies extend GXD’s utility for the analysis of gene expression information. GXD is accessible through the Mouse Genome Informatics web site at http://www.informatic s.jax.org/ or directly at http://www.informatics.jax.org/me nus/expression_menu.shtml.

T V C Â M A R A D E B A U R U PAPEL SOCIAL DO CANAL LEGISLATIVO E SUAS RELAÇÕES COM A COMUNIDADE LOCAL

Esta pesquisa analisa a TV CÂMARA canal legislativo municipal da cidade de Bauru, SP. Os objetivos foram levantar as formas de uso do canal, analisar o conteúdo da programação produzida e veiculada para a realidade bauruense, suas contribuições sociais na construção da consciência cidadã e a aceitação do canal junto ao telespectador. Os procedimentos metodológicos incluíram a observação participante, que consistiu no acompanhamento interno das atividades do canal de março de 2002 a fevereiro de 2003 e em julho de 2003. A pesquisa documental que ofereceu dados sobre estratégias da programação e entrevistas, as quais permitiram colher informações sobre participação da comunidade nos programas e sua percepção sobre o papel do canal televisivo no município. Conclui-se que o canal abriu um considerável leque de opções na televisão local. A cidade se enxerga quando assiste o canal legislativo. Ainda assim a TV Câmara precisa se solidificar no meio em que atua. A participação da sociedade pode ser ampliada com mais programas e ainda de forma mais direta, inclusive na elaboração de pautas. O mais importante: o canal é um instrumento público.

Computer aided selection of candidate vaccine antigens

Immunoinformatics is an emergent branch of informatics science that long ago pullulated from the tree of knowledge that is bioinformatics. It is a discipline which applies informatic techniques to problems of the immune system. To a great extent, immunoinformatics is typified by epitope prediction methods. It has found disappointingly limited use in the design and discovery of new vaccines, which is an area where proper computational support is generally lacking. Most extant vaccines are not based around isolated epitopes but rather correspond to chemically-treated or attenuated whole pathogens or correspond to individual proteins extract from whole pathogens or correspond to complex carbohydrate. In this chapter we attempt to review what progress there has been in an as-yet-underexplored area of immunoinformatics: the computational discovery of whole protein antigens. The effective development of antigen prediction methods would significantly reduce the laboratory resource required to identify pathogenic proteins as candidate subunit vaccines. We begin our review by placing antigen prediction firmly into context, exploring the role of reverse vaccinology in the design and discovery of vaccines. We also highlight several competing yet ultimately complementary methodological approaches: sub-cellular location prediction, identifying antigens using sequence similarity, and the use of sophisticated statistical approaches for predicting the probability of antigen characteristics. We end by exploring how a systems immunomics approach to the prediction of immunogenicity would prove helpful in the prediction of antigens.

Advances in predicting and manipulating the immunogenicity of biotherapeutics and vaccines

Therapeutic proteins are vital to the future of human health provision and the survival and profitability of the global pharmaceutical industry. Returns from protein therapeutics are experiencing unprecedented growth: both their number and their economic dividend have increased by an order of magnitude in the last 10 years. The potential immunogenicity of protein therapeutics raises many clinical and safety concerns. Many poorly understood factors relating to both product and host affect immune responses. Available laboratory measurement of immunogenicity is of little utility for predicting the clinical properties of biotherapeutics. Coupled with assay variability and standardization issues, this precludes adequate prediction of the biological or clinical responses of therapeutic proteins, arguing for the utilization of informatic strategies in the analysis and prediction of protein immunogenicity. Currently, many unresolved issues must be addressed and thus circumvented before effective prediction can become routine.

New horizons in mouse immunoinformatics:reliable in silico prediction of mouse class I histocompatibility major complex peptide binding affinity

Quantitative structure–activity relationship (QSAR) analysis is a main cornerstone of modern informatic disciplines. Predictive computational models, based on QSAR technology, of peptide-major histocompatibility complex (MHC) binding affinity have now become a vital component of modern day computational immunovaccinology. Historically, such approaches have been built around semi-qualitative, classification methods, but these are now giving way to quantitative regression methods. The additive method, an established immunoinformatics technique for the quantitative prediction of peptide–protein affinity, was used here to identify the sequence dependence of peptide binding specificity for three mouse class I MHC alleles: H2–Db, H2–Kb and H2–Kk. As we show, in terms of reliability the resulting models represent a significant advance on existing methods. They can be used for the accurate prediction of T-cell epitopes and are freely available online (http://www.jenner.ac.uk/MHCPred).

Conséquences d'un environnement foetal défavorable sur le système cardiovasculaire de rat adulte

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Conséquences d'un environnement foetal défavorable sur le système cardiovasculaire de rat adulte

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

El pulso urbano-industrial de O Porriño

En el planteamiento de la presente disertación, se tienen en consideración las premisas sobre los orígenes de la ciudad, su influencia industrial y su resolución a través de la Teoría de la Lógica Social del Espacio como herramienta de trabajo para los análisis sobre los planes urbanos propuestos para el municipio a estudio, su historia y para la elaboración de propuestas de interacción futuras. Inicialmente, la propuesta surge de la importancia de las vías de comunicación, como elemento creador urbano, es decir, de una determinada infraestructura, la calle-carretera como el “eje” de consolidación de la ciudad, donde se realizan la mayoría de recorridos o flujos en este caso, ejemplificado en la villa de Porriño. El urbanismo pos-moderno, hasta finales de 1970 e inicios de 1980, no abordaba una articulación entre social y técnica, una ciencia de lucha de clases. En este contexto, en 1984, Bill Hillier y Julienne Hanson escriben “La Lógica Social del Espacio” donde argumentan que los movimientos o flujos obedecen a una lógica racional, según la cual, cualquier desplazamiento es llevado a cabo por el menor recorrido y, por tanto, el urbanismo influye en esos flujos. La configuración urbana genera condiciones de accesibilidad y da origen a una diferenciación espacial jerarquizada con conceptos como la conectividad, integración y segregación en un espacio influenciado y construido por la dinámica social. De este modo, la Teoría de la Sintaxis Espacial describe la configuración del trazado urbano y las relaciones entre el espacio público y privado a través de medidas cuantitativas, las cuales permiten entender aspectos importantes del sistema urbano como la accesibilidad y la distribución y usos del suelo consolidado. Por tanto, en la teoría existe una correlación establecida entre las propiedades de los elementos presentados, espacio y sociedad, de modo que cada elemento incumbe al otro y no existiría sin su presencia, siendo fundamental para la definición de la forma. Esta herramienta, Space Syntax, busca la integración del espacio en la ciudad, mediante un análisis y una evaluación a diversas escalas en la red urbana, con una correcta distribución de los espacios, sus usos y las vías de transporte o comunicación necesarios para llegar a los diferentes lugares de la ciudad. La realización de la investigación se centrará en el análisis de la infraestructura viaria en el municipio de Porriño y sus regiones colindantes a lo largo del período histórico analizado, centrándose en tres momentos históricos, 1956, 1986 y la actualidad 2015, debido a los vuelos fotogramétricos de dichas etapas. Así, se obtendrán las respectivas mediciones correspondientes a través del programa informático Depthmap, las cuales se contrarrestarán y compararán entre sí en cada etapa analizada y entre los propios años examinados, para lograr obtener las consideraciones establecidas a lo largo del estudio en cuanto a la influencia comunicativa de los flujos de interacción social en el entorno urbano definido y la respectiva lucha de los sectores industriales y residenciales. En conclusión, se pretende la justificación del origen de la ciudad a través de la comparación sus vías, las cuales fueron fomentadas por el comercio e industria para su creación, dotando así a la industria del dominio del espacio para satisfacer sus necesidades, creando y ampliando su área de intervención, la cual puede ser analizada y tratada no sólo independientemente, sino en el conjunto urbano en el que se sitúa, Porriño.

Étude de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau

La distance de Kendall-τ compte le nombre de paires en désaccord entre deux permuta- tions. La distance d’une permutation à un ensemble est simplement la somme des dis- tances entre cette permutation et les permutations de l’ensemble. À partir d’un ensemble donné de permutations, notre but est de trouver la permutation, appelée médiane, qui minimise cette distance à l’ensemble. Le problème de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-τ, trouve son application en bio-informatique, en science politique, en télécommunication et en optimisation. Ce problème d’apparence simple est prouvé difficile à résoudre. Dans ce mémoire, nous présentons plusieurs approches pour résoudre le problème, pour trouver une bonne solution approximative, pour le séparer en classes caractéristiques, pour mieux com- prendre sa compléxité, pour réduire l’espace de recheche et pour accélérer les calculs. Nous présentons aussi, vers la fin du mémoire, une généralisation de ce problème et nous l’étudions avec ces mêmes approches. La majorité du travail de ce mémoire se situe dans les trois articles qui le composent et est complémenté par deux chapitres servant à les lier.

Étude de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau

La distance de Kendall-τ compte le nombre de paires en désaccord entre deux permuta- tions. La distance d’une permutation à un ensemble est simplement la somme des dis- tances entre cette permutation et les permutations de l’ensemble. À partir d’un ensemble donné de permutations, notre but est de trouver la permutation, appelée médiane, qui minimise cette distance à l’ensemble. Le problème de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-τ, trouve son application en bio-informatique, en science politique, en télécommunication et en optimisation. Ce problème d’apparence simple est prouvé difficile à résoudre. Dans ce mémoire, nous présentons plusieurs approches pour résoudre le problème, pour trouver une bonne solution approximative, pour le séparer en classes caractéristiques, pour mieux com- prendre sa compléxité, pour réduire l’espace de recheche et pour accélérer les calculs. Nous présentons aussi, vers la fin du mémoire, une généralisation de ce problème et nous l’étudions avec ces mêmes approches. La majorité du travail de ce mémoire se situe dans les trois articles qui le composent et est complémenté par deux chapitres servant à les lier.