Exploiting CAFS-ISP

In the summer of 1982, the ICLCUA CAFS Special Interest Group defined three subject areas for working party activity. These were: 1) interfaces with compilers and databases, 2) end-user language facilities and display methods, and 3) text-handling and office automation. The CAFS SIG convened one working party to address the first subject with the following terms of reference: 1) review facilities and map requirements onto them, 2) "Database or CAFS" or "Database on CAFS", 3) training needs for users to bridge to new techniques, and 4) repair specifications to cover gaps in software. The working party interpreted the topic broadly as the data processing professional's, rather than the end-user's, view of and relationship with CAFS. This report is the result of the working party's activities. The report content for good reasons exceeds the terms of reference in their strictest sense. For example, we examine QUERYMASTER, which is deemed to be an end-user tool by ICL, from both the DP and end-user perspectives. First, this is the only interface to CAFS in the current SV201. Secondly, it is necessary for the DP department to understand the end-user's interface to CAFS. Thirdly, the other subjects have not yet been addressed by other active working parties.

CAFS in action

For those few readers who do not know, CAFS is a system developed by ICL to search through data at speeds of several million characters per second. Its full name is Content Addressable File Store Information Search Processor, CAFS-ISP or CAFS for short. It is an intelligent hardware-based searching engine, currently available with both ICL's 2966 family of computers and the recently announced Series 39, operating within the VME environment. It uses content addressing techniques to perform fast searches of data or text stored on discs: almost all fields are equally accessible as search keys. Software in the mainframe generates a search task; the CAFS hardware performs the search, and returns the hit records to the mainframe. Because special hardware is used, the searching process is very much more efficient than searching performed by any software method. Various software interfaces are available which allow CAFS to be used in many different situations. CAFS can be used with existing systems without significant change. It can be used to make online enquiries of mainframe files or databases or directly from user written high level language programs. These interfaces are outlined in the body of the report.

Mersenne Numbers: consolidated results

This document provides and comments on the results of the Lucas-Lehmer testing and/or partial factorisation of all Mersenne Numbers Mp = 2^p-1 where p is prime and less than 100,000. Previous computations have either been confirmed or corrected. The LLT computations on the ICL DAP is the first implementation of Fast-Fermat-Number-Transform multiplication in connection with Mersenne Number testing. This paper championed the disciplines of systematically testing the Mp, and of double-sourcing results which were not manifestly correct. Both disciplines were adopted by the later GIMPS initiative, the 'Great Internet Mersenne Prime Search, which was itself one of the first web-based distributed-community projects.

Effect of the anti-neoplastic drug doxorubicin on XPD-mutated DNA repair-deficient human cells

Doxorubicin (DOX), a member of the anthracycline group, is a widely used drug in cancer therapy. The mechanisms of DOX action include topoisomerase II-poisoning, free radical release, DNA adducts and interstrand cross-link (ICL) formation. Nucleotide excision repair(NER) is involved in the removal of helix-distorting lesions and chemical adducts, however, little is known about the response of NER-deficient cell lines to anti-tumoral drugs like DOX. Wild type and XPD-mutated cells, harbouring mutations in different regions of this gene and leading to XP-D, XP/CS or TTD diseases, were treated with this drug and analyzed for cell cycle arrest and DNA damage by comet assay. The formation of DSBs was also investigated by determination of gamma H2AX foci. Our results indicate that all three NER-deficient cell lines tested are more sensitive to DOX treatment, when compared to wild type cells or XP cells complemented by the wild type XPD cDNA, suggesting that NER is involved in the removal of DOX-induced lesions. The cell cycle analysis showed the characteristic G2 arrest in repair-proficient MRC5 cell line after DOX treatment, whereas the repair-deficient cell lines presented significant increase in sub-G1 fraction. The NER-deficient cell lines do not show different patterns of DNA damage formation as assayed by comet assay and phosphorylated H2AX foci formation. Knock-down of topoisomerase II alpha with siRNA leads to increased survival in both MRC5 and XP cells, however, XP cell line still remained significantly more sensitive to the treatment by DOX. Our study suggests that the enhanced sensitivity is due to DOX-induced DNA damage that is subject to NER, as we observed decreased unscheduled DNA synthesis in XP-deficient cells upon DOX treatment. Furthermore, the complementation of the XPD-function abolished the observed sensitivity at lower DOX concentrations, suggesting that the XPD helicase activity is involved in the repair of DOX-induced lesions. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.

Caracterização molecular dos genes PSO2 e PSO4 de Saccharomyces cerevisiae envolvidos na reparação do DNA : análise funcional e identificação de interações proteína-proteína

O alelo mutante termo-condicionalmente letal pso4-1 do gene PRP19, que codifica uma proteína associada ao spliceossoma, permitiu investigar a influência deste gene no processamento de pré-mRNA, reparação do DNA e esporulação. Fenótipos relacionados a genes portadores de introns foram correlacionados à temperatura. Sistemas repórteres para processamento de pré-mRNA e RT-PCR mostraram que eficiência de processamento de mRNA no mutante pso4-1 é inversamente correlacionada com a temperatura de crescimento. Uma mutação pontual, substituindo uma leucina por uma serina foi identificada dentro da região codificadora N-terminal do alelo Pso4-1 e afeta as propriedades bioquímicas de Pso4-1p. Entre 24 clones isolados utilizando o sistema doishíbridos, 7 foram identificados como partes dos genes RAD2, RLF2 e DBR1. RAD2 codifica uma endonuclease indispensável para a via reparação por excisão de nucleotídeos (NER), RLF2 codifica a subunidade maior do fator de montagem da cromatina I, cuja deleção resulta em sinsibilidade à radiação UVC, enquanto que DBR1 codifica uma enzima que atua sobre substratos de RNA na forma lariat, degradando estruturas lariat em introns durante o processamento de mRNA. A caracterização dos fenótipos após tratamentos com mutágenos em linhagens mutantes simples e duplos de rad2∆, rlf2∆ e pso4-1 mostraram sensibilidade aumentada para para mutantes rad2∆/pso4-1 e rlf2∆/pso4-1, sugerindo uma interferência funcional destas proteínas no processo dereparação do DNA em Saccharomyces cerevisiae. O mecanismo exato de reparação de pontes inter-cadeia (ICL) em S. cerevisiae não é ainda totalmente conhecido. Identificando novos fenótipos e isolando proteínas potencialmente capazes de interagir com Pso2p através da técnica do sistema dois-híbridos, foi possível extender a caracterização deste gene específica para reparação de pontes intercadeia. Tratamentos com acetaldeído (ACA), um metabólito natural da via glicolítica, foi mais tóxico a linhagem mutante pso2 em comparação com a linhagem selvagem e também capaz de induzir a expressão da fusão contendo o promotor de PSO2 à lacZ (PSO2-lacZ) por um fator comparável à tratamentos com outros agentes indutores de ICLs, indicando que o metabólito natural ACA pode causar danos do tipo ICL em S. cerevisiae. A utilização do sistema dois-híbridos permitiu isolar partes de proteínas codificadas por nove diferentes genes, entre eles a proteína quinase Pak1p, um supressor de mutações termosensíveis da DNA Polimerase alfa. Pak1p interage com a extremidade C-terminal conservada de Pso2p, uma região da proteína recentemente nomeada β-CASP entre v ortólogos conhecidos do gene PSO2. A integridade do domínio β-CASP é essencial para a reparaçãode DNA proficiente como demonstrado em ensaios de complementação com mutantes pso2 ∆. Comparação da sobrevivência após tratamento com agentes mutagênicos de simples mutantes pso2 ∆ e pak1 ∆ assim com o dulpo mutante pso2 ∆/pak1 ∆ revelaram que o gene PAK1 é necessário para reparação do DNA proficiente como na linhagem selvagem. A interação epistática dos dois alelos mutantes na linhagem duplo mutante sugere que Pak1p atua na mesma via de reparação a qual PSO2 pertence e que PAK1 constitui um novo locus envolvido na reparação do DNA em S. cerevisiae.

A família Pso2/Snm1 e suas possíveis funções na reparação de DNA e na manutenção genômica dos cromossomos

O genoma das células eucarióticas é um dos principais alvos para danos induzidos por inúmeros fatores ambientes, sejam estes de origem biótica ou abiótica. Considerando a complexidade da molécula de DNA, não é supreendente que existam diferentes tipos de lesões com os mais variados graus de severidade. Dentre todas as lesões que podem ser induzidas no DNA, as pontes intercadeias (ICLs) estão entre as mais graves. Se não forem reparadas, a presença de apenas um ICL pode ser letal para a célula. Além disso, as lesões do tipo ICLs são quimicamente heterogêneas, podendo modificar a estrutura do DNA de forma permanente ou temporária. Os mecanismos relacionados à reparação de ICLs ainda são pouco conhecidos em eucariotos. Apesar de várias proteínas terem sido descritas como essenciais ao processo, não há um modelo único que explique esta reparação. Contudo, dentre as diferentes proteínas que participam na reparação de ICLs, destacam-se as nucleases Pso2/Snm1. A forma de atuação das proteínas Pso2/Snm1 não é conhecida, mas inúmeros dados obtidos com mutantes de Saccharomyces cerevisiae e, recentemente, com células de mamífero, mostram que a ausência de Pso2p/Snm1p bloqueia a restituição do DNA de alta massa molecular. Por outro lado, tem sido mostrado que o Pso2p/Snm1p provavelmente atua na manutenção da cromatina, mas de uma forma ainda não completamente esclarecida. Uma das proteínas pertencentes à família Pso2p/Snm1p, Ártemis, possui um papel importante no desenvolvimento do sistema imunológico adaptativo de metazoários e parece ser essencial para outros processos relacionados ao metabolismo de DNA eucariótico. Desta maneira, este trabalho teve como objetivo principal o estudo da família Pso2p/Snm1p por meio da análise filogenética e de seqüências, comparando-a com proteínas homólogas já descritas em outros organismos. Além disso, esta comparação XVII permitiu estabelecer uma correlação funcional entre as proteínas em termos de reparação de DNA e manutenção da cromatina eucariótica. As análises de filogenia e de seqüências claramente demonstraram que as proteínas Pso2/Snm1 podem ser agrupadas em quatro grupos principais ao invés de três, ao contrário do que se conhecia previamente. Três destes grupos, por sua vez, são formados por subgrupos específicos, que possivelmente atuam de forma diferenciada na reparação de DNA, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica. Por outro lado, os estudos das seqüências Pso2/Snm1, baseados principalmente na técnica de análises de agrupamentos hidrofóbicos (HCA), revelaram um alto grau de similaridade de estruturas primárias e secundárias entre os diferentes grupos, um indicativo da importância estrutural para a função destas proteínas no metabolismo de DNA. A técnica de HCA permitiu mapear regiões conservadas (CRs) em todas as seqüências estudadas, compondo o chamado domínio Pso2p/Snm1p. Em alguns casos, o domínio Pso2p/Snm1p encontra-se fusionado a outros domínios catalíticos. Neste caso, destaca-se o estudo de uma nova família de DNA ligases dependentes de ATP que são exclusivas de plantas. Esta nova família, denominada de Lig6p, parece ter funções importantes no metabolismo do DNA de plantas, sendo esta a primeira DNA ligase eucariótica com função nucleásica identificada. Usando os dados obtidos neste trabalho em conjunto com os resultados de outros autores, é sugerido um possível modo de atuação das proteínas Pso2p/Snm1p na reparação de danos do tipo ICL, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica.

Influência do sistema anteoxidante da catalase no ciclo do glioxilato durante o estabelecimento pós-germinativo de cártamo (Carthamus tinctorius L.) e de girassol (Helianthus annuus L.)

Oilseeds are a high-value natural resource, due to its use as a substitute for petroleum. However, the storage time can reduce seed viability and oil quality. Therefore, scientific efforts have been made to provide a increment of storage time, germination rates and plant establishment of high-value oilseeds. The seedling establishment depends of the plant pass over the functional transition stage, characterized by a metabolic change from heterotrophic condition to autotrophic one. The storage oil mobilization is performed by β-oxidation process and the glyoxylate cycle. Also, the functional transition involves acclimation to photosynthetic condition, which generally includes the participation of antioxidant system and the reactive oxygen species, the latter are produced in various reactions of primary and secondary metabolism. In the present study, Catalase was inhibited during the functional transition of sunflower and safflower, after were performed many analyzes to elucidate the effects caused on the SOD and APX antioxidant systems. Also, were checked the changes in expression pattern of the glyoxylate cycle enzymes markers, ICL and MLS. It was observed that after CAT inhibition, the SOD and APX antioxidant systems allow the seedling establishment. Besides, was verified that both oilseeds can be accelerate the reverse mobilization and the photosynthetic establishment when Catalase activity has dramatically decreased

Mobilização de reservas e partição de metabólitos durante a germinação da semente e o estabelecimento da plântula em moringa

Seed germination and seedling establishment are critical processes for commercial plantation and depend directly on reserve mobilization as a source of cellular fuels and biosynthetic precursors. In this way, we investigated the coordination among reserve mobilization, metabolite partitioning, and mobilizing enzyme activities in Moringa oleifera Lam (moringa) an oil-seeded species employed in biofuel production. Seeds were germinated under controlled conditions and seedlings were grown hydroponically at a greenhouse. Samples were harvested at 0, 4, 8, 10, 12, 16, and 20 days after imbibition (DAI). The contents of dry mass (DM), neutral lipids (NL), soluble proteins (SP), starch, total soluble sugars (TSS), non-reducing sugars (NRS), and total free amino acids (TFAA) as the activity of isocitrate lyase (ICL), acid proteases, and amylases were determined. The mobilization of storage proteins was initiated during seed germination whereas the mobilization of storage lipids and starch was triggered throughout seedling establishment although all reserves have been depleted until 20 DAI. The partitioning of DM and metabolites to the roots and the shoots was uneven during seedling establishment. Low shoot/root ratio on the basis of DM could be related to the natural occurrence of moringa in drought climates. In the roots, TSS, NRS, and TFAA were accumulated from 12 to 16 DAI and then were consumed until the end of the experiment. In the shoots, TSS and TFAA were consumed in parallel with NRS accumulation from 12 to 20 DAI. The activity of ICL, acid proteases, and amylases was coordinated with the mobilization of lipids, proteins and starch respectively. Thus, we propose that the patterns of reserve mobilization and metabolite partitioning verified in moringa seem distinct from those found to other tree species and may be involved in metabolic strategies to enable environment colonization

Effect of the litter material on drinking water quality in broiler production

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Efeito do Nível de Lisina da Dieta e do Sexo Sobre o Desempenho e Rendimento de Carcaça de Frangos de Corte

O experimento foi conduzido nas instalações da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, UNESP, Campus de Botucatu, utilizando-se dois mil pintos de um dia de idade, da linhagem Ross, distribuídos em um delineamento inteiramente casualisado em esquema fatorial 2 x 2 (sexos x níveis de lisina) e criados até 49 dias de idade. As aves foram alimentadas com dietas: inicial (0-21 dias), crescimento (22-42 dias) e acabamento (43-49 dias), contendo 100% dos níveis de lisina recomendados pelo NRC (1994), ou 110% nas rações inicial e de crescimento e 120% na ração de acabamento. Os frangos foram abatidos aos 28, 35, 42 e 49 dias de idade quando os rendimentos de carcaça e de peito foram determinados. Os níveis de lisina não afetaram (p>0,05) o ganho de peso, conversão alimentar e o rendimento de carcaça, mas os níveis altos resultaram em menores porcentagens de gordura abdominal quando comparados aos níveis baixos de lisina, nas fêmeas. A inclusão de lisina na dieta não melhorou o rendimento de carcaça e de peito aos 28, 35, 42 e 49 dias de idade (p>0,05). Portanto, pode-se concluir que o aumento dos níveis de lisina acima do recomendado pelo NRC (1994) não apresentou influência sobre as características avaliadas.