Biomolekulare Interaktionsanalyse

Dieser populärwissenschaftliche Übersichtsartikel beschreibt eine Auswahl von Biomolekularen Interaktionsanalysen und ihre Anwendung in der funktionellen Proteomforschung. Die verschiedenen Meßprinzipien sowie die generierten Daten und deren Aussagekraft werden kurz und prägnant vorgestellt.

Die Masse macht's!

Die biochemische Beschreibung funktioneller Proteininteraktionsnetzwerke hat in den letzten Jahren einen starken Wandel erfahren. Mittels hochauflösender biologischer Massenspektrometrie(MS) ist es möglich Netzwerkkomponenten, wie Proteine schnell und zuverlässig zu identifizieren und auf ihre Modifikationen hin zu untersuchen. Innerhalb des Promotionskollegs (PK) Proteomics der Universität Kassel bietet die MS neue Ansatzpunkte für die Beantwortung molekularbiologischer Fragestellungen und liefert Ergänzungen zu den bislang genutzten klassischen Methoden der Biochemie.

Effects of tubers of the Jerusalem artichoke (Helianthus tuberosus) and potatoes (Solanum tuberosum) on the intestinal microbiota of pigs and evaluation of a procedure for quantification of microbial mass in pig faeces

Die Mikrobiota im Gastrointestinaltrakt (GIT) spielt eine bedeutende Rolle beim Fermentationsprozess im Bezug auf die Nährstoffversorgung sowie die Gesundheit des Darms und des gesamten Organismus. Inulin und resistente Stärke (RS) konnten als präbiotisch wirksame Substanzen identifiziert werden und sind jeweils auch in den Knollen der Topinamburpflanze (Helianthus tuberosus) und in Kartoffeln (Solanum tuberosum) enthalten. Da sie ebenfalls energiereiche Futtermittel für Schweine sind, war es das Ziel der ersten beiden Studien, die Auswirkungen der Aufnahme von Topinamburknollen und Kartoffeln auf die intestinale Mikrobiota und Parameter des Immunsystems bei Endmastschweinen zu bestimmen. In der dritten Studie wurde die mikrobielle Biomasse quantitativ mit einem Verfahren zur Isolation von Bakterien in einer Flüssigkeit durch Hochgeschwindigkeits-Zentrifugation erfasst und der bakteriell gebundene Stickstoff (MP-N) mit dem bakteriellen und endogenem Kotstickstoff (BEDN) verglichen. Im ersten Versuch wurden 72 Endmastschweine in einem Freilandhaltungssystem in eine Kontroll- (CT), die mit Kraftfutter entsprechend des Bedarfs der Tiere für ein Leistungsniveau von 700 g täglichem Lebendmassezuwachs versorgt wurde, und eine Versuchsvariante (ET) aufgeteilt. In der Versuchsvariante erhielten die Tiere nur 70% der Kraftfuttermenge der Kontrollvariante, hatten aber Zugang zu einer abgeteilten Fläche, auf der Topinamburknollen angebaut waren. Die freie Aufnahme von Topinamburknollen wurde auf 1•24 kg Trockenmasse (TM)/Tag bestimmt, entsprechend einer Inulinaufnahme von durchschnittlich 800 g/Tag. Während sich die Wachstumsleistung in der Kontrollvariante auf 0•642 ± 0•014 kg/Tag belief, war sie in der Versuchsvariante mit 0•765 ± 0•015 kg/Tag (P=0•000) höher. Die freie Verfügbarkeit von Inulin und Fructo-oligosacchariden (FOS) im GIT der Schweine erhöhte die Keimzahlen der anaeroben Bakterien (P=0•000), Laktobazillen (P=0•046) und Hefen (P=0•000) signifikant und verringerte das Vorkommen von Clostridium perfringens im Schweinekot erheblich von lg 5•24 ± 0•17 kolonie-bildende Einheiten pro g Frischmasse (KbE/ g FM) in der Kontrollvariante auf lg 0•96 ± 0•20 KbE/ g FM in der Versuchsvariante (P=0•000). C-reaktives Protein (CRP) und Antikörper gegen Lipopolysaccharide (LPS) von Escherichia coli J5 ließen keine Unterschiede zwischen den Fütterungsvarianten erkennen. In der zweiten Untersuchung wurden 58 Endmastschweine einer Kontrollvariante (CT), die bedarfsgerecht mit einer Kraftfuttermischung für ein Leistungsniveau von 700 g Tageszunahmen gefüttert wurde, und zwei Versuchsvarianten zugeteilt. Die Versuchsvarianten erhielten eine Menge von 1•2 kg TM gedämpften Kartoffeln (potato treatment, PT) oder gedämpften und einsilierten Kartoffeln (silage treatment, ST) pro Tag und nur 46% bzw. 43% der Menge des Kraftfutters der Kontrollvariante. Die Wachstumsleistung und Schlachtkörperzusammensetzung ließen keine signifikanten Unterschiede zwischen den Varianten erkennen. Im PT und ST waren gegenüber dem CT im Kot der pH-Wert sowie die Gehalte von TM, Neutral-Detergenz-Faser (NDF), unverdautem Futterstickstoff (UDN) und teilweise von Säure-Detergenz-Faser (ADF) signifikant niedriger (P=0•000) und die von Ammonium (NH4) und Ammoniumstickstoff (NH4-N) signifikant höher (P=0•000). Das hohe Angebot von hitzebehandelten Kartoffeln führte zu einer erheblichen Verringerung von E. coli (P=0•000), C. perfringens (P=0•000) und Immunoglobulin A gegen LPS von E. coli J5 (P=0•001). Darüber hinaus waren in der ersten Versuchsperiode im ST die aeroben und anaeroben Gesamtkeimzahlen sowie die Laktobazillen und Hefen gegenüber dem PT signifikant erhöht. Die Unterschiede in der Mikrobiota zwischen der Kontroll- und Versuchsvarianten weisen auf die positiven Auswirkungen von Topinamburknollen und hitzebehandelten Kartoffeln auf die Mikrobiota im hinteren Darmabschnitt hin. Das Ziel der dritten Untersuchung war die Modifizierung des Verfahrens zur Isolation von Bakterien in einer Flüssigkeit mittels verschiedener Zentrifugationsschritte, um ein mikrobielles Pellet (MP) zu erhalten, welches die quantitative Abtrennung und Erfassung der Bakterien in Schweinekot ermöglicht. Zusätzlich wurde der BEDN Anteil sowie die Gehalte der Aminozucker Galactosamin, Glucosamin, Mannosamin und Muraminsäure im Kot und im MP bestimmt. Die untersuchten Kotproben stammten von Schweinen eines Phosphor (P) Stoffwechselversuch. Zehn männlich-kastrierte Schweine mit einem durchschnittlichen Lebendgewicht von 51•1 ± 8•5 kg wurden einzeln in Stoffwechselkäfigen gehalten. Die Tiere wurden fünf Fütterungsvarianten zugeteilt, die dem Bedarf der Tiere für ein Leistungsniveau von 700 g Tageszunahmen entsprachen, in den Rationen 2 bis 5 jedoch eine P-Gehalt unter dem Tagesbedarf der Tiere aufwiesen und in den Rationen 3 bis 5 mit abgestuften Gehalten von 50, 100 sowie 200 mg/kg einer experimentellen Phytase ergänz waren. Die Absenkung des P Gehaltes im Futter verringerte den Asche- (P=0•024) und Trockenmassegehalt im Kot (P=0•017) sowie die P Konzentration im MP (P=0•000) signifikant. Die mikrobielle Biomasse im Kot wurde durch die Wiegung des MP auf durchschnittlich 467 g/kg TM bestimmt. Der Stickstoffgehalt im Kot betrug im Mittel 46•1 g/kg TM und der in die Bakterienmasse eingebaute Stickstoffanteil 27•1 g/kg TM bzw. 58% vom Gesamtstickstoffgehalt im Kot. Die BEDN Fraktion wurde auf 73% am Kotstickstoff bestimmt. Der P-Gehalt im Kot sowie der N Gehalt im MP mit durchschnittlichen 10•4 und 57•9 g/kg TM lagen im Bereich von Literaturangaben. Die P Gehalte im MP schwankten in Abhängigkeit von der Zugabe von Phytase signifikant (P=0•000) von 1•8 bis 4•8 g/kg TM. Die Aminozucker wiesen keine signifikanten unterschiede zwischen Fütterungsvarianten auf und lagen im Bereich von Werten von Rinderkot. Ergebnisse weisen darauf hin, dass die angewandte Methode zur direkten Quantifizierung der mikrobiellen Biomasse geeignet ist.

DevECS Revision Control Lecture

A presentation to accompany the DevECS Revision Control talk being held on the 25th April 2012. This talk covers basic git usage ensuring that users can make the most of revision control with no previous use.

Ansiedad, depresión y calidad de vida en personas adultas con VIH/SIDA y deterioro cognitivo leve

El Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH) y el Síndrome de Inmunodeficiencia Adquirida (SIDA) han tenido a lo largo de los años un comportamiento epidemiológico que muestra la tendencia al aumento, de tal forma que ha llegado a considerarse como un problema de salud pública a nivel mundial. Sin embargo los tratamientos antiretrovirales han permitido que las personas con esta infección tengan una tasa de supervivencia mayor; pero ligado a esto, se han presentado efectos secundarios tales como problemas con la memoria y el funcionamiento cognitivo de estas personas. Además se ha encontrado que las personas con VIH/SIDA tienen algunas alteraciones en su área afectiva y generalmente ven afectada su calidad de vida. Este es un estudio exploratorio descriptivo que tuvo por objeto describir la ansiedad, depresión y percepción de calidad de vida en 35 pacientes con VIH/SIDA con deterioro cognitivo leve, seleccionados por conveniencia. Se aplicaron tres cuestionarios, el BDI-II para evaluar la sintomatología depresiva; el BAI para evaluar la sintomatología ansiosa y el MOS-SF30 para evaluar la calidad de vida. Además, se realizó una entrevista semiestructurada para profundizar en la evaluación de estas tres variables. Dentro de los resultados se evidenció que todos los paciente presentan algún nivel de ansiedad y de depresión, evalúan su calidad de vida en un punto medio; ni óptima ni baja. Se discuten estos y otros resultados.

Eficacia de la melatonina en insomnio primario en el adulto mayor: revisión sistemática de la literatura

Introducción: La melatonina, una sustancia cronobiótica endógena, es cada vez más empleada para el manejo de los problemas del sueño en adultos mayores por su aparente eficacia y buen perfil de eventos adversos. En este sentido, se intentó evaluar la eficacia de la melatonina en el tratamiento del insomnio primario en el adulto mayor (≥55 años) comparado con benzodiacepinas, zopiclona y placebo a la luz de la evidencia disponible en los últimos cinco años. Métodos: Revisión sistemática de la literatura. Resultados: En comparación con placebo, al parecer la melatonina mejora la calidad y los hábitos de sueño, no así la latencia de inicio de sueño en mediciones subjetivas ni objetivas (polisomnografía); a diferencia de otros medicamentos hipnóticos, no altera la arquitectura del sueño ni genera síntomas diurnos. Conclusiones: No se encontró evidencia que soporte el uso de melatonina en adultos mayores de 55 años para la reducción de la latencia de sueño, aumento del tiempo total de sueño, mejoría de la eficiencia del sueño, disminución de despertares nocturnos o mejoría de la calidad de sueño. Es necesario adelantar más estudios en comparación con placebo y otros medicamentos.

Los Gitanos y la escuela.

Material sobre la escolarización de la comunidad gitana. Se pretende una reflexión general con el objetivo de deshacer estereotipos que dificultan la relación entre el pueblo gitano y la escuela.

La enseñanza no reglada de la lengua portuguesa en Extremadura.

Se trata el proceso de implantación y extensión de la enseñanza de la lengua portuguesa en Extremadura, los factores que la motivaron, su evolución y su situación actual. En concreto, se analiza la docencia no reglada del portugués en la región a través de la formación ocupacional, la formación continua, la Escuela de Administración Pública, las universidades populares, los cursos del Gabinete de Iniciativas Transfronterizas (GIT) y las iniciativas privadas. Por último, se detalla la labor del GIT en la difusión de este idioma y se resalta la importancia de su aprendizaje.

Gitanos : de los mercadillos a la escuela y del instituto al futuro.

Resumen basado en el de la publicación

La introducción de foros electrónicos asincrónicos para el perfeccionamiento de la función docente de los profesores desde concepciones de la gestión de la innovación tecnológica.

Resumen basado en el de la publicación

Colonization, persistence, and tissue tropism of Escherichia coli O26 in conventionally reared weaned lambs

Escherichia coli O26 is recognized as an emerging pathogen associated with disease in both ruminants and humans. Compared to those of E. coli O157:117, the shedding pattern and location of E. coli O26 in the gastrointestinal tract (GIT) of ruminants are poorly understood. In the studies reported here, an stx-negative E. coli O26 strain of ovine origin was inoculated orally into 6-week-old lambs and the shedding pattern of the O26 strain was monitored by serial bacteriological examination of feces. The location of colonization in the GIT was examined at necropsy at two time points. The numbers of O26 organisms excreted in feces declined from approximately 10(7) to 10(4) CFU per gram of feces by day 7 and continued at this level for a further 3 weeks. Beyond day 30, excretion was from few animals, intermittent, and just above the detection limit. By day 38, all fecal samples were negative, but at necropsy, O26 organisms were recovered from the upper GIT, specifically the ileum. However, no attaching-effacing (AE) lesions were observed. To identify the location of E. coli O26 within the GIT early after inoculation, two lambs were examined postmortem, 4 days postinoculation. High numbers of O26 organisms were recovered from all GIT sites examined, and similar to 10(9) CFU were recovered from 1 gram of ileal tissue from one animal. Despite high numbers of O26 organisms, AE lesions were identified on the mucosa of the ascending colon of only one animal. These data indicate that E. coli O26 readily colonizes 6-week-old lambs, but the sparseness of AE lesions suggests that O26 is well adapted to this host, and mechanisms other than those dependent upon intimin may play a role in persistence.

In vitro assessment of the bioaccessibility of brominated flame retardants in indoor dust using a colon extended model of the human gastrointestinal tract

An in vitro colon extended physiologically based extraction test (CEPBET) which incorporates human gastrointestinal tract (GIT) parameters (including pH and chemistry, solid-to-fluid ratio, mixing and emptying rates) was applied for the first time to study the bioaccessibility of brominated flame retardants (BFRs) from the 3 main GIT compartments (stomach, small intestine and colon) following ingestion of indoor dust. Results revealed the bioaccessibility of γ-HBCD (72%) was less than that for α- and β-isomers (92% and 80% respectively) which may be attributed to the lower aqueous solubility of the γ-isomer (2 μg L−1) compared to the α- and β-isomers (45 and 15 μg L−1 respectively). No significant change in the enantiomeric fractions of HBCDs was observed in any of the studied samples. However, this does not completely exclude the possibility of in vivo enantioselective absorption of HBCDs, as the GIT cell lining and bacterial flora – which may act enantioselectively – are not included in the current CE-PBET model. While TBBP-A was almost completely (94%) bioaccessible, BDE-209 was the least (14%) bioaccessible of the studied BFRs. Bioaccessibility of tri-hepta BDEs ranged from 32–58%. No decrease in the bioaccessibility with increasing level of bromination was observed in the studied PBDEs.

Improving survival of probiotic bacteria using bacterial poly-γ-glutamic acid

A major hurdle in producing a useful probiotic food product is bacterial survival during storage and ingestion. The aim of this study was to test the effect of γ-PGA immobilisation on the survival of probiotic bacteria when stored in acidic fruit juice. Fruit juices provide an alternative means of probiotic delivery, especially to lactose intolerant individuals. In addition, the survival of γ-PGA-immobilised cells in simulated gastric juice was also assessed. Bifidobacteria strains (B. longum, B. breve), immobilised on 2.5 % γ-PGA, survived significantly better (P < 0.05) in orange and pomegranate juice for 39 and 11 days respectively, compared to free cells. However, cells survived significantly better (P < 0.05) when stored in orange juice compared to pomegranate juice. Moreover, both strains, when protected with 2.5 % γ-PGA, survived in simulated gastric juice (pH 2.0) with a marginal reduction (<0.47 log CFU/ml) or no significant reduction in viable cells after four hours, whereas free cells died within two hours. In conclusion, this research indicates that γ-PGA can be used to protect Bifidobacteria cells in fruit juice, and could also help improve the survival of cells as they pass through the harsh conditions of the gastrointestinal tract (GIT). Following our previous report on the use of γ-PGA as a cryoprotectant for probiotic bacteria, this research further suggests that γ-PGA could be used to improve probiotic survival during the various stages of preparation, storage and ingestion of probiotic cells.

Med annat modersmål : Nyanländas skolsituation inom grundskolans verksamhet

Huvudsyftet med denna uppsats är att beskriva mottagandet för nyanlända elever, i år 6-9, vad gäller utbildning i en kommun i Sverige. Studiens avsikt har därmed varit att belysa, med utgångspunkt i tidigare forskning, vilka förutsättningar för en positiv skolutveckling som den nuvarande organisationen erbjuder. För att uppnå detta syfte har jag genomfört en kvalitativ studie som baserats på intervjuer med fem informanter från skolans kontext, en rektor, en modersmålslärare, en lärare i förberedelseklass samt två kärnämneslärare. Resultaten från de genomförda intervjuerna har tolkats och analyserats och visar att förutsättningar för positiv skolutveckling finns i form av medvetenhet bland undervisande lärare samt rektor om vad som behövs för detta. Det finns behöriga lärare i svenska som andraspråk som försöker se till de nyanlända elevernas utbildningsbehov samtidigt som det finns andra lärare som har svårt att anpassa undervisningen för dessa elever. För att kunna diagnostisera utbildningsbehovet genomförs kartläggningar av lärare i syfte att få så mycket information om elevens skolbakgrund som möjligt. Dessvärre framkommer inte exakt hur och vad man kartlägger eller vad man gör med resultaten men det visar sig att det är kunskaper i matematik och engelska som främst testas, och det på svenska, vilket är tvärtemot vad Skolverket rekommenderar. Skolverket menar att det är viktigt att man inte bara tittar på elevens kunskaper i svenska språket utan att man även ska titta på elevens kunskaper från hemlandet. Studiehandledning förekommer inte på skolan utan de lärare som undervisar de nyanlända eleverna och då främst i svenska som andraspråk får därför fungera som studiehandledare, på svenska, vid språkproblem som uppstår. När eleverna anses vara mogna för klassundervisning sker en övergång dit. Detta äger rum efter kunskapstester och när läraren i förberedelseklassen anser att elevens språkkunskaper är tillräckliga för att klara av den undervisningen. Eleverna slussas ut till övriga ämnen successivt i syfte att integreras med klassen vilket är en bra förutsättning för positiv skolframgång. Den sammanfattande helhetsbilden av resultaten, på den undersökta skolan, visar att det finns förutsättningar för positiv skolutveckling för de nyanlända eleverna, medan det även framkommer att det finns mer att göra för att förbättra skolsituationen för dessa elever.

Características quantitativas da carcaça de cordeiros deslanados Morada Nova em função da relação volumoso:concentrado na dieta

Com o objetivo de avaliar a influência da relação volumoso:concentrado sobre a composição tecidual e os rendimentos de carcaça e de cortes comerciais de cordeiros Morada Nova em confinamento, utilizaram-se 18 cordeiros com peso vivo (PV) inicial de 15 kg, distribuídos em seis grupos de três animais (um em cada dieta), de acordo com a relação volumoso(V):concentrado(C): 40:60, 55:45 e 70:30. Foram avaliados os pesos de corpo vazio (PCV), de carcaça quente (PCQ) e de carcaça fria (PCF), a partir dos quais foram calculados os rendimentos biológico (RB), de carcaça quente (RCQ) e de carcaça fria (RCF) e a perda de peso por resfriamento (PPR). A carcaça foi dividida em cinco cortes cárneos (perna, lombo, costelas, paleta e pescoço), os quais foram pesados para cálculo de seus rendimentos em relação ao peso da meia-carcaça. A perna foi dissecada em músculo, osso e gordura e os pesos desses tecidos foram expressos em peso absoluto e em porcentagem da perna. Calcularam-se as relações músculo:osso e músculo:gordura, o índice de musculosidade da perna (IMP) e a área de olho-de-lombo (AOL). O aumento de 30 para 60% de concentrado na dieta elevou os rendimentos de carcaça quente e carcaça fria, assim como o rendimento biológico. Os crescentes teores de concentrado na dieta não afetaram a porcentagem de músculo na perna, mas proporcionaram maior deposição de gordura e maior área de olho-de-lombo.