New insights into plant salt acclimation: the roles of vesicle trafficking and reactive oxygen species signalling in mitochondria and the endomembrane system

In this study, we investigated the cellular and molecular mechanisms that regulate salt acclimation. The main objective was to obtain new insights into the molecular mechanisms that control salt acclimation. Therefore, we carried out a multidisciplinary study using proteomic, transcriptomic, subcellular and physiological techniques. We obtained a Nicotiana tabacum BY-2 cell line acclimated to be grown at 258 mM NaCl as a model for this study. The proteomic and transcriptomic data indicate that the molecular response to stress (chaperones, defence proteins, etc.) is highly induced in these salt-acclimated cells. The subcellular results show that salt induces sodium compartmentalization in the cell vacuoles and seems to be mediated by vesicle trafficking in tobacco salt-acclimated cells. Our results demonstrate that abscisic acid (ABA) and proline metabolism are crucial in the cellular signalling of salt acclimation, probably regulating reactive oxygen species (ROS) production in the mitochondria. ROS may act as a retrograde signal, regulating the cell response. The network of endoplasmic reticulum and Golgi apparatus is highly altered in salt-acclimated cells. The molecular and subcellular analysis suggests that the unfolded protein response is induced in salt-acclimated cells. Finally, we propose that this mechanism may mediate cell death in salt-acclimated cells.

Estudo estrutural e funcional das proteínas ligadoras de ácidos graxos (FABP- Fatty Acid Binding Proteins) de Fasciola hepatica

As proteínas ligadoras de ácidos graxos (Fatty Acid Binding Proteins, FABPs) de parasitos têm um papel importante no processo de infecção por estes organismos. Por este motivo, estas proteínas são antígenos candidatos para vacina contra a infecção por Schistosoma mansoni e Fasciola hepatica. No presente trabalho foram caracterizadas FABPs de F. hepatica e comparadas com a proteína Sm14 de S. mansoni, a FABP de parasito melhor caracterizada, mediante análise de sequências e estruturas modeladas. Também foram clonadas, expressas e purificadas as FABPs tipo 1 e tipo 3 de F. hepatica. Os resultados do presente estudo indicam que a FABP tipo 3 de F. hepatica é relacionada estrutural, imunológica e funcionalmente com a Sm14, um candidato vacinal amplamente estudado. Devido à importância da Sm14 como alvo para o desenvolvimento de vacina para a esquistossomose, as características apresentadas pela FhFABP3 de F. hepatica apontam esta proteína como um candidato importante também para o desenvolvimento de uma vacina contra a fasciolose

Estudo da interacção de complexos de vanádio com a ca2+-atpase de retículo sarcoplasmático: análise estrutural e funcional

A bomba de cálcio de retículo sarcoplasmático é uma das proteínas mais extensivamente estudadas, capaz de interagir com várias espécies e compostos de vanádio. Combinando-se estudos de fluorescência com ensaios cinéticos de transporte e ligação de 45Ca à ATPase, avaliou-se o efeito de três complexos de vanádio na função bioenergética e estrutural de Ca2+-ATPase. Demonstrou-se que concentrações próximas dos valores de IC50 (para a hidrólise de ATP) de BMOV-V(IV) e de PDC-V(V) não inibem significativamente a acumulação de 45Ca por sarcovesículas. Por outro lado, o complexo PDC-V(V) mostrou ser capaz de estimular a ligação de 45Ca ao retículo sarcoplasmático, sugerindo que este complexos pode interagir com o domínio de ligação de cálcio à bomba. Vários estudos de fluorescência mostraram que BMOV-V(IV) e PDC-V(V) poderão ser capazes de induzir a conformação E2 (tal como soluções de “decavanadato” e de “monovanadato”) e E1 de Ca2+-ATPase (tal como soluções de “metavanadato”), respectivamente. Apesar de o composto HAIDA-V(IV) previlegiar a conformação E1 (devido à sua elevada afinidade para iões Ca2+), inibiu significativamente o transporte e a ligação de 45Ca, o que sugere que possa interagir com os locais de união de cálcio. Os resultados obtidos são consistentes com a formação de um aducto entre o composto de vanádio e a proteína, o que sugere um efeito na homeostasia intracelular de cálcio, nos sistemas de contracção muscular e, inclusive, nas vias de acção de insulina. Cada um dos três complexos promoveu respostas distintas na Ca2+-ATPase, sugerindo uma evidencia de actividades biológicas diversas em função da espécie química de V e do ambiente de coordenação.

A família Pso2/Snm1 e suas possíveis funções na reparação de DNA e na manutenção genômica dos cromossomos

O genoma das células eucarióticas é um dos principais alvos para danos induzidos por inúmeros fatores ambientes, sejam estes de origem biótica ou abiótica. Considerando a complexidade da molécula de DNA, não é supreendente que existam diferentes tipos de lesões com os mais variados graus de severidade. Dentre todas as lesões que podem ser induzidas no DNA, as pontes intercadeias (ICLs) estão entre as mais graves. Se não forem reparadas, a presença de apenas um ICL pode ser letal para a célula. Além disso, as lesões do tipo ICLs são quimicamente heterogêneas, podendo modificar a estrutura do DNA de forma permanente ou temporária. Os mecanismos relacionados à reparação de ICLs ainda são pouco conhecidos em eucariotos. Apesar de várias proteínas terem sido descritas como essenciais ao processo, não há um modelo único que explique esta reparação. Contudo, dentre as diferentes proteínas que participam na reparação de ICLs, destacam-se as nucleases Pso2/Snm1. A forma de atuação das proteínas Pso2/Snm1 não é conhecida, mas inúmeros dados obtidos com mutantes de Saccharomyces cerevisiae e, recentemente, com células de mamífero, mostram que a ausência de Pso2p/Snm1p bloqueia a restituição do DNA de alta massa molecular. Por outro lado, tem sido mostrado que o Pso2p/Snm1p provavelmente atua na manutenção da cromatina, mas de uma forma ainda não completamente esclarecida. Uma das proteínas pertencentes à família Pso2p/Snm1p, Ártemis, possui um papel importante no desenvolvimento do sistema imunológico adaptativo de metazoários e parece ser essencial para outros processos relacionados ao metabolismo de DNA eucariótico. Desta maneira, este trabalho teve como objetivo principal o estudo da família Pso2p/Snm1p por meio da análise filogenética e de seqüências, comparando-a com proteínas homólogas já descritas em outros organismos. Além disso, esta comparação XVII permitiu estabelecer uma correlação funcional entre as proteínas em termos de reparação de DNA e manutenção da cromatina eucariótica. As análises de filogenia e de seqüências claramente demonstraram que as proteínas Pso2/Snm1 podem ser agrupadas em quatro grupos principais ao invés de três, ao contrário do que se conhecia previamente. Três destes grupos, por sua vez, são formados por subgrupos específicos, que possivelmente atuam de forma diferenciada na reparação de DNA, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica. Por outro lado, os estudos das seqüências Pso2/Snm1, baseados principalmente na técnica de análises de agrupamentos hidrofóbicos (HCA), revelaram um alto grau de similaridade de estruturas primárias e secundárias entre os diferentes grupos, um indicativo da importância estrutural para a função destas proteínas no metabolismo de DNA. A técnica de HCA permitiu mapear regiões conservadas (CRs) em todas as seqüências estudadas, compondo o chamado domínio Pso2p/Snm1p. Em alguns casos, o domínio Pso2p/Snm1p encontra-se fusionado a outros domínios catalíticos. Neste caso, destaca-se o estudo de uma nova família de DNA ligases dependentes de ATP que são exclusivas de plantas. Esta nova família, denominada de Lig6p, parece ter funções importantes no metabolismo do DNA de plantas, sendo esta a primeira DNA ligase eucariótica com função nucleásica identificada. Usando os dados obtidos neste trabalho em conjunto com os resultados de outros autores, é sugerido um possível modo de atuação das proteínas Pso2p/Snm1p na reparação de danos do tipo ICL, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica.

Bioinformática estrutural aplicada ao estudo de proteínas alvo do genoma do Mycobacterium tuberculosis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise estrutural e funcional de hemoglobinas de ofídios

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise estrutural e funcional de eIF5A selvagem e mutadas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise estrutural e funcional da interação física entre eIF5A e suas enzimas modificadoras em Saccharomyces cerevisiae

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Diversidade funcional, genética e estrutural de micro-organismos do solo após 13 anos de aplicações anuais de lodo de esgoto sob cultura do milho

Pós-graduação em Agronomia (Ciência do Solo) - FCAV

Caracterização estrutural e funcional da comunidade do costão rochoso da praia da Feiticeira, Ilhabela: contribuição para avaliação de impactos gerados por vazamento de óleo

Costões rochosos são ecossistemas que propiciam o desenvolvimento de comunidades com grande riqueza de espécies e são ambientes de muita importância para a manutenção dos ecossistemas costeiros. Tais ambientes estão extremamente sujeitos a impactos antrópicos, principalmente no que se refere às contaminações por petróleo. O município da Ilhabela concentra o maior número de costões do Estado de São Paulo, e apresenta um notável histórico desses derrames. A fim de contribuir com o monitoramento dos costões da área do Canal de São Sebastião executado pela CETESB, o presente trabalho tem como objetivo central o estudo da estrutura da comunidade do costão rochoso da Praia da Feiticeira, um dos pontos monitorados pela CETESB entre 1993 e 1996. Além da caracterização das variáveis abióticas, a metodologia, com relação as variáveis biológicas, foi dividida em três partes: estudo quantitativo das espécies dominantes da macrofauna séssil encontradas no campo, baseado na porcentagem de cobertura de Chthamalus bisinuatus (Cirripedia), Brachidontes sp. (Bivalvia) e Tetraclita stalactifera (Cirripedia), gerando gráficos sazonais e demográficos. Para aprimorar as comparações entre os dois trabalhos, foi feito o Teste de hipótese para igualdade de proporções, comparando ano a ano as coletas de inverno, que mostrou que as três espécies dominantes obtiveram mudanças de um trabalho para o outro, rejeitando assim a Ho em todas as situações; estudo qualitativo das espécies de macrofauna e macroalgas encontradas dentro da área amostrada. Este levantamento resultou em uma lista de espécies que foi adicionada ao inventário do programa de monitoramento. O índice de similaridade entre os dois trabalhos foi determinado segundo o coeficiente de Sorrensen, que mostrou uma similaridade média entre as comunidades. Estas espécie ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

A reclamação como instrumento de controle da aplicação de precedentes do STF e do STJ: análise funcional, estrutural e crítica

O trabalho estuda a reclamação como instrumento de controle de precedentes do Supremo Tribunal Federal e do Superior Tribunal de Justiça. O estudo se inicia com a análise do desenvolvimento do instituto desde sua origem correicional, passando por sua constitucionalização até sua previsão no novo Código de Processo Civil, que generaliza seu cabimento como meio de controle da eficácia vinculante dos precedentes. Em seguida, passamos à análise do sistema brasileiro de respeito aos precedentes, fazendo uma breve comparação com países do common law, e concluímos que, no Brasil, o efeito vinculante, assim entendida a força que torna obrigatória a observância da norma extraível das decisões judiciais, só existe se houver previsão expressa na Constituição ou na lei. Também constatamos que o sistema adotou a reclamação a ser ajuizada diretamente perante o STF e o STJ como instrumento processual de controle da observância dessa força vinculante. Verificamos que, além de valorizar a segurança jurídica, a isonomia e a justiça das decisões, a adoção de um sistema de respeito a precedentes no Brasil tem como confessado objetivo a otimização do serviço judiciário e a redução dos processos pendentes nos tribunais superiores. Todavia, a utilização da reclamação como meio de controle da eficácia vinculante dos precedentes vai de encontro àqueles objetivos, pois reatomiza os litígios sem que isso signifique maior respeito à obrigatoriedade dos precedentes.

Género, saúde funcional subjectiva e depressão em adultos idosos: Teste de um modelo estrutural

Dissertação de Mestrado apresentada ao Instituto Superior de Psicologia Aplicada para obtenção de grau de Mestre na especialidade de Psicologia Clínica.

Caracterização estrutural e funcional da subfamília gênica ARR-tipo B em macieira

A produtividade de pomares de macieira está estritamente relacionada ao processo de superação da dormência, o qual se caracteriza pela inabilidade do crescimento meristemático mesmo sob condições favoráveis. Embora eventos fisiológicos deste processo tenham sido elucidados, aspectos moleculares ainda são pouco compreendidos. A busca por elementos cis de regulação em genes DAM (Dormancy Associated MADS-box) de macieira revelou a presença de sítios de ligação a fatores de transcrição denominados Arabidopsis Response Regulators (ARR)?tipo B. Estes fatores fazem parte da via de sinalização de citocininas e seu papel na dormência ainda não foi elucidado. Pelo presente trabalho, temos por objetivo compreender a estrutura e a função dos elementos cis e trans associados aos fatores ARR-tipo B de macieira e avaliar se os mesmos podem estar atuando como possíveis repressores do estado dormente da planta.

Análise de uma heme oxigenase funcional em Trypanosoma cruzi

O Trypanosoma cruzi é o agente etiológico da doença de Chagas, transmitida através de insetos vetores triatomíneos durante a alimentação no hospedeiro vertebrado. Os triatomíneos ingerem numa única alimentação cerca de 10 mM de heme ligado à hemoglobina. O heme é uma importante molécula no metabolismo dos organismos. Um mecanismo intracelular importante no controle de sua homeostase é a degradação enzimática pela Heme Oxigenase (HO) formando biliverdina (Bv), monóxido de carbono e ferro. Como esta enzima não está presente no genoma de T. cruzi, esse trabalho tem por objetivo identificar uma atividade funcional de HO neste parasito, uma vez que dados do nosso laboratório mostram a presença de biliverdina nas incubações dessas células com heme. No presente trabalho testamos o efeito do SnPPIX (inibidor da HO-1), CoPPIX (indutor da HO-1) e Bv sobre a proliferação da forma epimastigota do parasito. A adição de SnPPIX diminuiu a proliferação do parasito na tanto na ausência quanto na presença de heme. Quando a Bv foi adicionada à cultura esse efeito foi revertido; a Bv aumenta a proliferação celular na presença de heme. Por outro lado, a adição de CoPPIX não interferiu na proliferação. Posteriormente, mostramos através da técnica de immunoblotting, utilizando anticorpo monoclonal contra a HO-1, um aumento da expressão de uma proteína em resposta ao heme. Diferentemente das HO-1 já descritas que possuem massa molecular de 32 kDa, a única banda reconhecida pelo anticorpo apresenta 45 kDa. Analisamos também a expressão da HO-1 na presença de CoPPIX, SnPPIX e biliverdina, e somente o CoPPIX foi capaz de modular os níveis de expressão da HO-1. A análise estrutural através da técnica de imunocitoquímica mostrou uma maior expressão da enzima na presença de heme, e que a HO-1 de T. cruzi pode ter mais de uma localização, apresentando marcação citoplasmática e glicossomal. A fim de investigar a sequência da HO-1 de T. cruzi, o DNA genômico foi extraído para amplificação por PCR do gene da HO-1 utilizando oligonucleotídeos desenhados no genoma de T. cruzi. Os dois pares de oligonucleotídeos utilizados nao foram capazes de amplificar uma sequência equivalente a uma HO. Em seguida, utilizamos a técnica de imunoprecipitação, seguida de immunoblotting, com anticorpo anti-HO-1, com objetivo de concentrar a proteína alvo, e observamos um aumento significativo do imunocomplexo nas células tratadas com heme 300 mM, cerca de 2 vezes em relação ao controle. Dando seguimento à tentativa de identificação da HO-1 de T. cruzi, utilizamos a técnica de espectrometria de massa a partir de eletroforese unidimensional, que mostrou uma grande alteração do perfil protéico na presença de heme, mas futuros experimentos são necessários, como eletroforese 2D, para a identificação da proteína alvo

A linguagem no Twitter: um enfoque sistêmico-funcional

O objetivo deste trabalho é investigar as características da linguagem no Twitter, focalizando (i) seu propósito comunicativo, (ii) seus participantes discursivos e (iii) suas relações interpessoais. Por acreditar que a linguagem é um recurso sistemático e que somente através dela expressamos significados em determinados contextos, encontramos na Linguística Sistêmico-Funcional (LSF) uma base teórica que se encaixa à pesquisa. Para Halliday(1994), a linguística é o estudo de como as pessoas negociam sentido através do uso da linguagem. Assim, encontramos no Twitter, um corpus diversificado que reforça ainda mais a teoria da LSF, quando afirma sermos nós, falantes da língua, os únicos responsáveis por nossas escolhas lexicais, tendo consciência de como e onde, contextualmente falando, podemos aplicar em uma atividade linguística em que estivermos engajados. O material de pesquisa foi constituído mediante a coleta inicial de 671 comentários postados no Twitter em 2010. Dados obtidos a partir da análise desta coleta confirmam o argumento de Crystal (2011), de que a expressão de opinião é o principal propósito comunicativo das mensagens postadas no microblogging. Assim, após recortes no corpus para coleta exclusivamente de opiniões, 201 tuítes resultantes de duas coletas realizadas em datas e situações diferentes foram analisados: uma, após notícia de agressão a uma professora; a segunda, momentos antes e durante a Copa Mundial de 2010. Os resultados apontam diferenças entre as amostras, principalmente em função de aspectos do contexto de situação: pois embora o tom seja de indignação nas amostras com tuítes opinativos, apenas na amostra futebol há tentativa de se orientar a ação do outro. Quanto às relações interpessoais, foram identificadas marcas de interação face a face nas duas amostras, mas apenas na amostra futebol identificou-se uso de linguagem de baixo calão. Finalmente, em relação às características gerais do Twitter, observa-se o uso de linguagem reduzida na forma de caracteres emotivos ou de abreviações, o uso de interjeições e pontos de exclamação. Observou-se ainda o uso recorrente de léxico valorativo, de ironia e de perguntas retóricas para expressão de indignação, mas estes traços parecem ser afetados por aspectos do contexto de situação, mais do que por características do Twitter