Structural and Mechanistic Studies of Phosphoserine Aminotransferase

Phosphoserine aminotrasferase (PSAT: EC 2.6.1.52) is a vitamin B6-dependent enzyme and a member of the subgroup IV in the aminotransferase superfamily. Here, X-ray crystallography was used to determine the structure of PSAT from Bacillus alcalophilus with pyridoxamine 5′-phosphate (PMP) at high resolution (1.57 Å). In addition, analysis of active residues and their conformational changes was performed. The structure is of good quality as indicated, for example, by the last recorded Rwork and Rfree numbers (0.1331 and 0.1495, respectively). The enzyme was initially crystallized in the presence of substrate L-glutamate with the idea to produce the enzyme-substrate complex. However, the structure determination revealed no glutamate bound at the active site. Instead, the Schiff base between Lys196 and PLP appeared broken, resulting in the formation of PMP owing to the excess of the donor substrate used during co-crystallization. Structural comparison with the free PSAT enzyme and the PSAR-PSER complex showed that the aromatic ring of the co-factor remains in almost the same place in all structures. A flexible nearby loop in the active site was found in the same position as in the free PSAT structure while in the PSAT-PSER structure it moves inwards to interact with PSER. B-factors comparison in all three structures (PSAT-PMP complex, free PSAT, and PSAT-PSER complex) showed elevated loop flexibility in the absence of the substrate, indicating that loop flexibility plays an important role during substrate binding. The reported structure provides mechanistic details into the reaction mechanism of PSAT and may help in understanding better the role of various parts in the structure towards the design of novel compounds as potential disruptors of PSAT function. This may lead to the development of new drugs which could target the human and bacterial PSAT active site.

Comparison of a leukocyte esterase test with endometrial cytology for the diagnosis of subclinical endometritis and correlation with first service pregnancy rate in postpartum Holstein cows

L’objectif de la présente étude était d’évaluer un test d’estérase leucocytaire (LE) pour le diagnostic de l’endométrite subclinique chez les vaches Holstein en période postpartum. Les tests effectués à partir d’échantillons provenant soit de l’endomètre (UtLE) ou du col utérin (CxLE) ont été comparés à la cytologie endométriale (CE). Par ailleurs, deux méthodes d’évaluation des lames ont été comparées. Deux cent quatre vingt-cinq vaches Holstein de 5 troupeaux laitiers commerciaux ont été évaluées entre 21 et 47 jours en lait (JEL). Soixante sept vaches ont été diagnostiquées avec une endométrite clinique suite à un examen transrectal et vaginoscopique et ont été exclues de l’étude. Deux cent dix-huit vaches ont eu des prélèvements pour la CE et le test LE. La fonction ovarienne a été déterminée à la palpation transrectale. La banque de données utilisée pour chacune des vaches a été effectuée à partir du logiciel DSA (Dossier de Santé Animale) laitier. Le pourcentage de neutrophiles était significativement corrélé avec les scores de LE utérin et cervical. L’activité de CxLE et UtLE diminuait significativement avec les JEL, mais n’était pas associée au risque de gestation à 90 JEL (n= 186). Le pourcentage de neutrophiles mesuré à la CE entre 32 et 47 JEL était associé significativement au risque de gestation à 90 JEL (n=94, P=0.04). Pour la même période, selon une analyse de survie, les vaches avec >2,6% de neutrophiles à la CE étaient définies comme étant atteintes d’une endométrite subclinique avec une prévalence de 56%. Les résultats indiquent que le test d’estérase utérin ou cervical a une bonne concordance avec le pourcentage de neutrophiles à la CE. Une endométrite subclinique diagnostiquée par cytologie endometriale entre 32 et 47 JEL est associée à une réduction du risque de gestation au premier service.

La entrevista cognitiva : avances en psicología del testimonio.

1. Estudiar las diferencias entre los relatos de un mismo suceso obtenidos: a. Cuando los testigos son entrevistados utilizando la entrevista estandar (EE), y b. Cuando lo son, empleando la entrevista cognitiva (EC). 2. Estudiar las diferencias entre declaraciones verdaderas y falsas en relación con los criterios del control de la realidad de los recuerdos en función de la técnica de entrevista (EC-EE) empleada. Estuvo compuesta por 73 estudiantes de psicología. De ellos, 52 eran mujeres y 21 varones. La edad media era de 19 años. Se utilizó un diseño factorial 2x2 con las siguientes variables: variable independiente: 1. Tipo de entrevista, con dos niveles: verdadera y falsa. Variables dependientes: exactitud; errores; confabulaciones; presencia de las categorías: información contextual, detalles sensoriales e información idiosincrática; variables estilométricas; longitud de las declaraciones y explicaciones. Variables control: sexo de los testigos y edad. 1. La entrevista cognitiva se muestra como un amplificador de diferencias entre los relatos verdaderos y falsos, tanto en lo que se refiere al número de detalles exactos que proporcionan, como a las confabulaciones que contienen. 2. Las declaraciones obtenidas con la EC fueron más extensas y con mayor número de explicaciones que las obtenidas con la EE. Sin embargo, las declaraciones verdaderas y falsas no se diferencian significativamente en ninguna de las dos variables estilométricas. 3. Las declaraciones verdaderas contenían más información contextual y más detalles sensoriales que las falsas, a la vez que la EC volvió a comportarse como un amplificador de las diferencias entre ambos tipos de relatos. No obstante, las declaraciones falsas no contenían un número de alusiones a procesos internos significativamente superior que las verdaderas. 1. La entrevista cognitiva es un procedimiento de obtención de información más recomendable que la entrevista estandar, ya que permite obtener información más exacta. 2. Es posible diferenciar las declaraciones verdaderas de las falsas en función de los criterios de control de realidad de los recuerdos, con la excepción de la información interna. 3. La entrevista cognitiva permite una mayor discriminación entre los relatos verdaderos y falsos de los testigos que la entrevista estandar, lo que en su día podría ser beneficioso para la detección de la mentira. 4. La EC, basada en el conocimiento que de la memoria posee la psicología experimental, se presenta como una alternativa a los sistemas tradicionales de entrevistas empleados hasta ahora por los distintos actores del proceso legal.

Actas del Seminario de Mitolog??a cl??sica : curso 89-90

Se recoge s??lo un resumen de las ponencias

Ejercicios prácticos para una introducción a la mitología clásica.

El objetivo de la obra es fomentar el conocimiento de la mitología clásica por medio de la reflexión, la participación y la investigación del alumno, sin olvidar una cierta vertiente lúdica. Para ello, se presenta un conjunto de ejercicios prácticos para la introducción de la mitología clásica en las aulas. La obra se estructura en 11 capítulos en los que se analizan el concepto de mito, el origen del mundo, los titanes y los diferentes dioses clásicos y las relaciones existentes entre ellos. Los ejercicios presentados se acompañan de textos que documentan los temas expuestos. La resolución de los ejercicios aparece recogida al final de la obra. Se adjunta una recopilación bibliográfica para su inclusión en la biblioteca de aula.

Sugarcane Phosphoribosyl Pyrophosphate Synthetase: Molecular Characterization of a Phosphate-independent PRS

Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase (PRS-EC:2.7.6.1) is an important enzyme present in several metabolic pathways, thus forming a complex family of isoenzymes. However, plant PRS enzymes have not been extensively investigated. In this study, a sugarcane prs gene has been characterized from the Sugar Cane Expressed Sequence Tag Genome Project. This gene contains a 984-bp open reading frame encoding a 328-amino acid protein. The predicted amino acid sequence has 77% and 78% amino acid sequence identity to Arabidopsis thaliana and Spinacia oleracea PRS4, respectively. The assignment of sugarcane PRS as a phosphate-independent PRS isoenzyme (Class II PRS) is verified following enzyme assay and phylogenetic reconstruction of PRS homologues. To gain further insight into the structural framework of the phosphate independence of sugarcane PRS, a molecular model is described. This model reveals the formation of two conserved domains elucidating the structural features involved in sugarcane PRS phosphate independence. The recombinant PRS retains secondary structure elements and a quaternary arrangement consistent with known PRS homologues, based on circular dichroism measurements.

Selenocysteine incorporation in Kinetoplastid: Selenophosphate synthetase (SELD) from Leishmania major and Trypanosoma brucei

Selenophosphate synthetase (EC 2.7.9.3), the product of the selD gene, produces the biologically selenium donor compound, monoselenophosphate, from ATP and selenide, for the synthesis of cysteine. The kinetoplastid Leishmania major and Trypanosoma brucei selD genes were cloned and the protein overexpressed and purified to apparent homogeneity. The selD gene in L. major and T brucei respectively 1197 and 1179 bp long encoding proteins of 399 and 393 amino acids with molecular of 42.7 and 43 kDa. The molecular mass of 100 kDa for both (L. major and T brucei) SEWS is consistent dimeric proteins. The kinetoplastid selD complement Escherichia call (WL400) selD deletion it is a functional enzyme and the specific activity of these enzymes was determined. A conserved residue was identified both by multiple sequence alignment as well as by functional and activity assay of the mutant (Cys to Ala) forms of the SELD identifying this residue as essential for catalytic function. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.

Avaliação dos efeitos da posição do selim na técnica da pedalada de ciclistas: estudo de casos

DIEFENTHAELER, F. Avaliação dos efeitos da posição do selim na técnica da pedalada de ciclistas: estudo de casos. Dissertação de mestrado. Programa de Pós-Graduação em Ciências do Movimento Humano. Escola de Educação Física. Universidade Federal do Rio Grande do Sul, 2004. Tendo em vista a importância da otimização das forças aplicadas no pedal por ciclistas, o presente estudo objetivou analisar os efeitos de diferentes posturas do ciclista durante a pedalada, por meio da variação da posição do selim, e relacionando-as com as seguintes variáveis: (1) economia de movimento (EC); (2) aplicação das forças no pedal; (3) índice de efetividade (IE) da pedalada; (4) alterações nos ângulos das articulações do tronco, do quadril, do joelho e do tornozelo; e (5) ativação dos músculos selecionados. Participaram deste estudo três ciclistas da elite gaúcha. O protocolo constou da avaliação de quatro diferentes posições de selim (mais para frente, mais para trás, mais para cima e mais para baixo) a partir da posição de referência na qual o ciclista treina e na sua cadência preferida. Os atletas permaneceram durante 30 s em cada posição, contados após a estabilização da taxa da troca respiratória entre 0,90 e 1. A avaliação foi realizada em um ciclossimulador magnético com a bicicleta do atleta, na qual foi acoplado um pedal instrumentado para obtenção das forças aplicadas no pedal. Os músculos do membro inferior direito monitorados para a eletromiografia foram estes: gluteus maximus, rectus femoris, biceps femoris, vastus lateralis, gastrocnemius medialis e tibialis anterior. A partir das forças normal e tangencial, foram calculadas as forças resultante e efetiva para obtenção do IE. A EC foi calculada a partir do VO2 e da potência gerada. Para a análise dos dados, foi utilizada a média de 10 ciclos consecutivos de pedalada. Os resultados obtidos demonstraram que os ajustes na posição do selim modificaram a direção e a magnitude das forças e, conseqüentemente, o IE; e que os três ciclistas avaliados apresentaram IE e EC maiores na posição de referência. Os dados cinemáticos mostraram pequenas variações nos ângulos articulares em função das mudanças na posição do selim. A ativação muscular apresentou variação no período de ativação assim como na magnitude do valor RMS, nas diferentes posições de selim avaliadas.

Condutividade elétrica da solução nutritiva para o cultivo do crisântemo em vaso

Em se tratando do crisântemo de vaso, que constitui relevante contribuição à atividade de plantas ornamentais, ainda há necessidade de uma recomendação consistente sobre a condutividade elétrica (CE) da solução nutritiva para seu cultivo. Nesse sentido, realizou-se um experimento em ambiente protegido, objetivando avaliar o crescimento do crisântemo cv. Miramar cultivado em vaso, em função da CE da solução nutritiva e da lixiviação de sais do substrato. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, com quatro repetições; os tratamentos foram distribuídos em esquema fatorial 5 x 2, referentes aos valores de CE da solução nutritiva (2,1; 2,8; 3,5; 4,2; e 4,9 dS m-1), em substrato com e sem lavagem para lixiviação dos sais. O aumento da CE inibiu o crescimento e desempenho vegetativo, mas estimulou o diâmetro da haste. A lixiviação dos sais estimulou, exceto quanto ao diâmetro da haste, o maior crescimento avaliado pelas demais variáveis fitotécnicas. A CE de 2,1 dS m-1 possibilita a produção de crisântemo dentro de padrões qualitativos de comercialização, mediante lixiviação periódica do substrato.

Cyclodextrin glycosyltransferase from Bacillus licheniformis: Optimization of production and its properties

Cyclodextrin glycosyltransferase (EC 2.4.1.19) is an enzyme that produces cyclodextrins from starch via an intramolecular transglycosylation reaction. An alkalophilic Bacillus strain, isolated from cassava peels, was identified as Bacillus licheniformis. CGTase production by this strain was better when potato starch was used as carbon source, followed by cassava starch and amylopectin. Glucose and amylose, on the other hand, acted as synthesis repressors. When the cultivation was supplemented with sodium ions and had the pH adjusted between 6.0 and 9.0, the microorganism maintained the growth and enzyme production capacity. This data is interesting because it contradicts the concept that alkalophilic microorganisms do not grow in this pH range. After ultrafiltration-centrifugation, one protein of 85.2 kDa with CGTase activity was isolated. This protein was identified in plates with starch and phenolphthalein. Determination of the optimum temperature showed higher activities at 25 degrees C and 55 degrees C, indicating the possible presence of more than one CGTase in the culture filtrate. Km and Vmax values were 1.77 mg/mL and 0.0263 U/mg protein, respectively, using potato starch as substrate.

Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv: Cloning, expression, and biochemical characterization

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

The antibiotics roseoflavin and 8-demethyl-8-amino-riboflavin from Streptomyces davawensis are metabolized by human flavokinase and human FAD synthetase

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Production, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the nucleoside diphosphate kinase b from Leishmania major

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Production of cyclodextrins by CGTase from Bacillus clausii using different starches as substrates

Cyclodextrins ( CDs) are cyclic oligasaccharides composed by D- glucose monomers joined by alpha- 1,4-D glicosidic linkages. The main types of CDs are alpha-,beta-and gamma-CDs consisting of cycles of six, seven, and eight glucose monomers, respectively. Their ability to form inclusion complexes is the most important characteristic, allowing their wide industrial application. The physical property of the CD-complexed compound can be altered to improve stability, volatility, solubility, or bio-availability. The cyclomaltodextrin glucanotransferase ( CGTase, EC 2.4.1.19) is an enzyme capable of converting starch into CD molecules. In this work, the CGTase produced by Bacillus clausii strain E16 was used to produce CD from maltodextrin and different starches ( commercial soluble starch, corn, cassava, sweet potato, and waxy corn starches) as substrates. It was observed that the substrate sources influence the kind of CD obtained and that this CGTase displays a beta- CGTase action, presenting a better conversion of soluble starch at 1.0%, of which 80% was converted in CDs. The ratio of total CD produced was 0: 0.89: 0.11 for alpha/beta/gamma. It was also observed that root and tuber starches were more accessible to CGTase action than seed starch under the studied conditions.

Efeito da deficiência de potássio sobre as atividades de glutamato desidrogenase e glutamato sintase em feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.)

Foi estudado o efeito da deficiência de potássio sobre as atividades da glutamato desidrogenase (EC. 1.4.1.2) e glutamato sintase (EC. 2.6.1.53) em folhas de feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.). Os resultados mostraram que a atividade específica da glutamato desidrogenase aumentou nas plantas deficientes em potássio nos dois cultivares estudados. Foi detectada redução na atividade de glutamato sintase nas plantas deficientes em potássio.