La diversité génétique du mulet à cornes dans un contexte de conservation : rôle des interconnexions et des barrières sur la dispersion des individus

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La construction de l’identité dans une société de la diversité. Critique du multiculturalisme de Kymlicka et de Taylor

Les sociétés modernes sont de plus en plus souvent confrontées aux enjeux de la diversité. Le multiculturalisme tente d’y apporter une réponse à travers un modèle de société basé sur une politique de la reconnaissance. Selon moi, l’argumentation des multiculturalistes repose sur leur conception de l’identité. C’est pourquoi, pour apporter une critique nouvelle de ce courant de pensée, j’analyse les écrits de ses principaux défenseurs, Will Kymlicka et Charles Taylor, en concentrant mon analyse sur ce qu’ils entendent par identité. Je soutiens que leur conception ne laisse pas assez de place au potentiel d’évolution et ne considère pas suffisamment l’importance et le pouvoir de la volonté individuelle dans la construction de l’identité. En m’appuyant sur l’étude d’autres auteurs, je souligne la nécessité de considérer les frontières entre le semblable et l’autre de manière plus souple et de reconnaître que la violence peut s’exercer par la création de différences entre les personnes. J’ai choisi la figure radicale de « l’homme sans qualités » de Robert Musil pour montrer comment un individu peut devenir autonome à travers un acte de destruction créatrice. Enfin, je conclus que l’État devrait favoriser ce processus, et permettre au sujet, qui est selon moi dénué d’une nature authentique, de penser son existence comme une expérience du possible.

Rapport d'intervention du programme Vivre la diversité! (Ateliers de formation sur les relations interculturelles en contexte d'intervention de crise)

Rapport d'analyse d'intervention présenté à la Faculté des arts et sciences en vue de l'obtention du grade de Maîtrise ès sciences (M. Sc.) en psychoéducation.

Les enjeux de la diversité ethnoculturelle dans les établissements scolaires : les sessions de formation interculturelle

Dans les dernières décennies, l’augmentation de l’immigration et sa diversification a mené le gouvernement québécois à s’adapter à cette nouvelle réalité de différentes manières. Dans cette optique, en 1998, le ministère de l'Éducation du Québec a mis sur pied la Politique d'intégration scolaire et d'éducation interculturelle de laquelle a découlé un Plan d’action qui propose différentes pistes afin de concrétiser les principes et orientations de cette même politique. Dans le but de soutenir le personnel du réseau scolaire québécois dans l’implantation de cette nouvelle vision, des sessions de formation interculturelle ont été créées à l'intention des enseignants, des professionnels non enseignants ainsi que des directions scolaires. L’étude des enjeux de la diversité ethnoculturelle dans les établissements scolaires via les formations interculturelles a permis de mettre en lumière la vision des intervenants scolaires ayant assisté à ces sessions. Leurs perceptions ont pu être mises en relation avec les diverses stratégies proposées par les chercheurs-formateurs afin d’analyser plus en profondeur la dynamique entre la diversité ethnoculturelle et les institutions scolaires. Divers enjeux sont ressortis des entrevues et formations et seront discutés: la pérennité de l'identité québécoise, l'éthique de l'enseignant ainsi que la complexité de la réflexion amorcée par les intervenants scolaires. Nous montrons comment la rencontre avec l'Autre force la réflexion sur le Soi quotidiennement notamment à travers le discours interculturel qu’entretiennent les intervenants scolaires, les différentes valeurs en présence dans leur milieu professionnel et la réflexivité préconisée par les formateurs.

Écoles catholiques et diversité religieuse en classe : cas du Collège catholique Père Aupiais de Cotonou en République du Bénin

Résumé La diversité religieuse est un fait bien attesté aujourd’hui en République du Bénin. Chrétiens, Musulmans, adeptes des religions traditionnelles et ceux d'autres spiritualités se côtoient autant dans la sphère publique que privée sur le territoire béninois. N’épargnant donc aucun domaine de la société béninoise, cette diversité s'exprime également dans les milieux scolaires notamment dans les écoles privées catholiques du pays. La volonté du diocèse de Cotonou d'ouvrir les portes de ses écoles à tous les enfants sans distinction de religions ni d'ethnies, entraine de facto l'épineux problème de la gestion de la diversité religieuse et du pluralisme dans ses institutions confessionnelles. Sensible à cette problématique en milieu scolaire auprès des jeunes, le cas du collège catholique Père Aupiais nous intéresse pour son approche du cours de religion dispensé aux élèves du premier cycle. Le présent travail dans une démarche praxéologique, observe, analyse et interprète un cours confessionnel de religion donné en classe de 5è secondaire dans ledit collège. Cette interprétation s’appuie sur des référents théoriques que sont le Magistère de l'Église, un texte biblique, l’approche pédagogique de Philippe Meirieu, la théologie dialogale de Richard Bergeron, l’apport de certains responsables d'écoles privées confessionnelles québécoises. Ces derniers constituent des éléments importants dans notre intervention dans le contexte de ce travail. Il s’agit en définitive de proposer quelques recommandations pour la mise en place d'un cours d'enseignement moral et religieux favorisant le « vivre ensemble ». L’intérêt de ce travail est de susciter le débat sur la gestion de la diversité et du pluralisme en milieu scolaire catholique béninois.

Pratiques enseignantes et diversité sexuelle : analyse des pratiques pédagogiques et d'intervention d'enseignants de l'école secondaire québécoise

De grandes enquêtes en milieu scolaire, au Québec comme ailleurs, ont documenté depuis les années 2000 la portée des violences homophobes, particulièrement à l’école secondaire, ainsi que leurs impacts négatifs sur les élèves qui en sont victimes, qu’ils s’identifient ou non comme lesbiennes, gais, bisexuel(le)s ou en questionnement (LGBQ). La diffusion des résultats de ces enquêtes, ainsi que les constats similaires d’acteurs sur le terrain, ont fait accroitre les appels à la vigilance des écoles quant aux discriminations homophobes pouvant prendre forme en leur enceinte. Plusieurs des responsabilités résultant de cette mobilisation ont échoué par défaut aux enseignants, notamment en raison de leur proximité avec leurs élèves. Cependant, malgré la panoplie de publications et de formations visant explicitement à les outiller à ce sujet, les enseignants rapportent de manière consistante manquer de formation, d’habiletés, de soutien et d’aise à l’idée d’intervenir contre l’homophobie ou de parler de diversité sexuelle en classe. Cette thèse de doctorat vise à comprendre les pratiques d’intervention et d’enseignement que rapportent avoir les enseignants de l’école secondaire québécoise, toutes orientations sexuelles confondues, par rapport à la diversité sexuelle et à l’homophobie. Dans une perspective interdisciplinaire, nous avons interrogé la sociologie de l’éducation, les études de genre (gender studies) et les études gaies et lesbiennes, ainsi qu’emprunté aux littératures sur les pratiques enseignantes et sur l’intervention sociale. Les données colligées consistent en des entrevues semi-structurées menées auprès de 22 enseignants du secondaire, validées auprès de 243 enseignants, par le biais d’un questionnaire en ligne. Étayés dans trois articles scientifiques, les résultats de notre recherche permettent de mieux saisir la nature des pratiques enseignantes liées à la diversité sexuelle, mais également les mécanismes par lesquels elles viennent ou non à être adoptées par les enseignants. Les témoignages des enseignants ont permis d’identifier que les enseignants sont globalement au fait des attentes dont ils font l’objet en termes d’intervention contre l’homophobie. Ceci dit, en ce qu’ils sont guidés dans leurs interventions par le concept limité d’homophobie, ils ne paraissent pas toujours à même de saisir les mécanismes parfois subtils par lesquels opèrent les discriminations sur la base de l’orientation sexuelle, mais aussi des expressions de genre atypiques. De même, si la plupart disent condamner vertement l’homophobie dont ils sont témoins, les enseignants peuvent néanmoins adopter malgré eux des pratiques contribuant à reconduire l’hétérosexisme et à alimenter les mêmes phénomènes d’infériorisation que ceux qu’ils cherchent à combattre. Sauf exception, les enseignants tendent à comprendre le genre et l’expression de genre davantage comme des déterminants de type essentialiste avec lesquels ils doivent composer que comme des normes scolaires et sociales sur lesquelles ils peuvent, comme enseignants, avoir une quelconque influence. Les stratégies de gestion identitaire des enseignants LGB influencent les pratiques qu’ils rapportent être en mesure d’adopter. Ceux qui optent pour la divulgation, totale ou partielle, de leur homosexualité ou bisexualité peuvent autant rapporter adopter des pratiques inclusives que choisir de se tenir à distance de telles pratiques, alors que ceux qui favorisent la dissimulation rapportent plutôt éviter autant que possible ces pratiques, de manière à se garder de faire face à des situations potentiellement délicates. Également, alors que les enseignants LGB étaient presque exclusivement vus jusqu’ici comme ceux chez qui et par qui se jouaient ces injonctions à la vie privée, les enseignants hétérosexuels estiment également être appelés à se positionner par rapport à leur orientation sexuelle lorsqu’ils mettent en œuvre de telles pratiques. Nos résultats révèlent un double standard dans l’évocation de la vie privée des enseignants. En effet, la divulgation d’une orientation hétérosexuelle, considérée comme normale, est vue comme conciliable avec la neutralité attendue des enseignants, alors qu’une révélation similaire par un enseignant LGB est comprise comme un geste politique qui n’a pas sa place dans une salle de classe, puisqu’elle se fait au prix du bris d’une présomption d’hétérosexualité. Nos résultats suggèrent qu’il existe de fortes prescriptions normatives relatives à la mise en genre et à la mise en orientation sexuelle à l’école. Les enseignants s’inscrivent malgré eux dans cet environnement hétéronormatif. Ils peuvent être amenés à y jouer un rôle important, que ce soit en contribuant à la reconduction de ces normes (par exemple, en taisant les informations relatives à la diversité sexuelle) ou en les contestant (par exemple, en expliquant que certains stéréotypes accolés à l’homosexualité relèvent d’aprioris non fondés). Les discours des enseignants suggèrent également qu’ils sont traversés par ces normes. Ils peuvent en effet choisir de se conformer aux attentes normatives dont ils font l’objet (par exemple, en affirmant leur hétérosexualité), ou encore d’y résister (par exemple, en divulguant leur homosexualité à leurs élèves, ou en évitant de conforter les attentes dont ils font l’objet) au risque d’être conséquemment pénalisés. Bien entendu, cette influence des normes de genre diffère d’un enseignant à l’autre, mais semble jouer autant sur les enseignants hétérosexuels que LGB. Les enseignants qui choisissent de contester, explicitement ou implicitement, certaines de ces normes dominantes rapportent chercher des appuis formels à leurs démarches. Dans ce contexte, une telle quête de légitimation (par exemple, la référence aux règlements contre l’homophobie, la mobilisation des similitudes entre l’homophobie et le racisme, ou encore le rapprochement de ces enseignements avec les apprentissages prescrits pour leur matière) est à comprendre comme un outillage à la contestation normative. La formation professionnelle des enseignants sur l’homophobie et sur la diversité sexuelle constitue un autre de ces outils. Alors que les enseignants québécois continuent d’être identifiés comme des acteurs clés dans la création et le maintien d’environnements scolaires non-discriminatoires et inclusifs aux réalités de la diversité sexuelle, il est impératif de les appuyer en multipliant les signes formels tangibles sur lesquelles leurs initiatives peuvent prendre appui (politiques explicites, curriculum scolaire inclusif de ces sujets, etc.). Nos résultats plaident en faveur d’une formation enseignante sur la diversité sexuelle, qui ferait partie du tronc commun de la formation initiale des maîtres. Chez les enseignants en exercice, il nous apparait préférable de miser sur une accessibilité accrue des formations et des outils disponibles. En réponse toutefois aux limites que pose à long terme une approche cumulative des formations spécifiques portant sur différents types d’oppressions (l’homophobie, le racisme, le sexisme, etc.), nous argumentons en faveur d’un modèle d’éducation anti-oppressive au sein duquel les élèves seraient invités à considérer, non seulement la multiplicité et le caractère situé des divers types d’oppressions, mais également les mécanismes d’attribution de privilège, de constitution de la normalité et de la marginalité, et de présentation de ces arbitraires culturels comme des ordres naturels.

De la diversité des équipes : étude du rôle des vecteurs de failles sur la performance.

Malgré que plus de 50 ans nous séparent des premières études empiriques s’attardant à la diversité dans les équipes de travail, il demeure difficile de tirer des conclusions claires et cohérentes quant à la nature et à la direction des relations qu’elle entretient avec la performance groupale. Ce constat a amené de nombreux auteurs à formuler diverses recommandations visant à sortir le domaine de recherche de l’impasse. Dans un contexte où, d’une part, les organisations tendent à s’appuyer de plus en plus sur des équipes afin d’assurer leur efficacité et, d’autre part, la diversité ne cesse de s’accroitre au rythme de l’immigration et de la spécialisation du savoir, il devient particulièrement pertinent de poursuivre les efforts de recherche en fonction de ces recommandations afin de clarifier les impacts de la diversité sur la performance. La présente thèse s’inscrit dans un courant de recherche en pleine croissance qui répond aux appels des chercheurs du domaine et qui vise à évaluer les effets de la structure de la diversité plutôt qu’uniquement ceux de la quantité de diversité dans les équipes. La théorie des vecteurs de failles (Lau & Murnighan, 1998), qui sont des lignes hypothétiques divisant les membres d’une équipe lorsque des caractéristiques de diversité concordent et créent des sous-groupes homogènes, constitue une avancée majeure à cet effet. Toutefois, certains résultats empiriques contradictoires à son sujet mettent en lumière l’importance de prendre en considération l’ensemble des recommandations qui ont été formulés à l’intention des chercheurs du domaine de la diversité. À travers la lentille des vecteurs de failles, la thèse vise à approfondir notre compréhension du rôle de la diversité sur la performance des équipes en mettant en pratique ces diverses recommandations, qui invitent à examiner le rôle des mécanismes médiateurs ainsi que des effets modérateurs pouvant intervenir dans cette relation, à préciser les typologies employées et à prendre en considération l’influence du contexte dans lequel évoluent les équipes de travail. Le premier article constitue un effort de synthèse empirique cherchant à préciser les effets différenciés que peuvent avoir divers types de failles sur divers types de performance et à évaluer le rôle modérateur que joue le type d’équipe étudié dans ces relations. Les résultats de la méta-analyse, menée à l’aide d’un échantillon de 38 études comprenant 3046 équipes, viennent nuancer ceux précédemment rapportés dans la documentation scientifique et montrent que les failles ont un effet négatif sur la performance comportementale mais pas sur la performance de résultats. De plus, le type d’équipe modère cette relation de sorte que celle-ci est plus fortement négative pour les équipes de projet et les équipes de gestion. Le deuxième article évalue empiriquement l’effet des vecteurs de faille informationnels sur une dimension spécifique de la performance, l’adaptabilité d’équipe, en examinant le rôle médiateur de la coordination implicite ainsi que l’effet modérateur de la clarté des rôles et responsabilités. Une analyse de médiation modérée auprès d’un échantillon de 14 équipes de projet révèle que la coordination implicite médie la relation négative entre les vecteurs de faille informationnels et l’adaptabilité d’équipe. De plus, cette relation est plus fortement négative lorsque les rôles et responsabilités des équipiers sont clairs ou très clairs. Les implications théoriques et pratiques des résultats obtenus sont discutées.

Les Journées mondiales de la jeunesse : diversité des attentes et des retombées chez les participants et les organisateurs de groupes locaux.

Ce mémoire vise à documenter la variété des attentes et des retombées face à la participation aux Journées Mondiales de la Jeunesse chez des participants et des responsables de groupes du diocèse de Saint-Jean-Longueuil, de 1997 à 2013. Notre hypothèse de départ est que l’écart entre la vision des participants et celle des organisateurs contribue à dévaluer l’expérience vécue. Afin de vérifier notre hypothèse, nous avons interrogé 19 participants et organisateurs, et nous présentons ici les résultats des entrevues. Par la suite, l’interprétation des résultats se fait à l’aide de textes scientifiques reliés au sujet. Notre recherche nous permet de constater que les attentes et les retombées sont diverses, mais que des thèmes centraux concordent dans les deux groupes interrogés. La dévaluation de l’expérience ne vient pas des participants et des organisateurs, mais plutôt des autres diocésains qui souhaiteraient une implication plus grande des participants dans les communautés paroissiales.

Comparative mitochondrial genomics toward understanding genetics and evolution of arbuscular mycorrhizal fungi

Les champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA) sont très répandus dans le sol où ils forment des associations symbiotiques avec la majorité des plantes appelées mycorhizes arbusculaires. Le développement des CMA dépend fortement de la plante hôte, de telle sorte qu'ils ne peuvent vivre à l'état saprotrophique, par conséquent ils sont considérés comme des biotrophes obligatoires. Les CMA forment une lignée évolutive basale des champignons et ils appartiennent au phylum Glomeromycota. Leurs mycélia sont formés d’un réseau d’hyphes cénocytiques dans lesquelles les noyaux et les organites cellulaires peuvent se déplacer librement d’un compartiment à l’autre. Les CMA permettent à la plante hôte de bénéficier d'une meilleure nutrition minérale, grâce au réseau d'hyphes extraradiculaires, qui s'étend au-delà de la zone du sol explorée par les racines. Ces hyphes possèdent une grande capacité d'absorption d’éléments nutritifs qui vont être transportés par ceux-ci jusqu’aux racines. De ce fait, les CMA améliorent la croissance des plantes tout en les protégeant des stresses biotiques et abiotiques. Malgré l’importance des CMA, leurs génétique et évolution demeurent peu connues. Leurs études sont ardues à cause de leur mode de vie qui empêche leur culture en absence des plantes hôtes. En plus leur diversité génétique intra-isolat des génomes nucléaires, complique d’avantage ces études, en particulier le développement des marqueurs moléculaires pour des études biologiques, écologiques ainsi que les fonctions des CMA. C’est pour ces raisons que les génomes mitochondriaux offrent des opportunités et alternatives intéressantes pour étudier les CMA. En effet, les génomes mitochondriaux (mt) publiés à date, ne montrent pas de polymorphismes génétique intra-isolats. Cependant, des exceptions peuvent exister. Pour aller de l’avant avec la génomique mitochondriale, nous avons besoin de générer beaucoup de données de séquençages de l’ADN mitochondrial (ADNmt) afin d’étudier les méchanismes évolutifs, la génétique des population, l’écologie des communautés et la fonction des CMA. Dans ce contexte, l’objectif de mon projet de doctorat consiste à: 1) étudier l’évolution des génomes mt en utilisant l’approche de la génomique comparative au niveau des espèces proches, des isolats ainsi que des espèces phylogénétiquement éloignées chez les CMA; 2) étudier l’hérédité génétique des génomes mt au sein des isolats de l’espèce modèle Rhizophagus irregularis par le biais des anastomoses ; 3) étudier l’organisation des ADNmt et les gènes mt pour le développement des marqueurs moléculaires pour des études phylogénétiques. Nous avons utilisé l’approche dite ‘whole genome shotgun’ en pyroséquençage 454 et Illumina HiSeq pour séquencer plusieurs taxons de CMA sélectionnés selon leur importance et leur disponibilité. Les assemblages de novo, le séquençage conventionnel Sanger, l’annotation et la génomique comparative ont été réalisés pour caractériser des ADNmt complets. Nous avons découvert plusieurs mécanismes évolutifs intéressant chez l’espèce Gigaspora rosea dans laquelle le génome mt est complètement remanié en comparaison avec Rhizophagus irregularis isolat DAOM 197198. En plus nous avons mis en évidence que deux gènes cox1 et rns sont fragmentés en deux morceaux. Nous avons démontré que les ARN transcrits les deux fragments de cox1 se relient entre eux par épissage en trans ‘Trans-splicing’ à l’aide de l’ARN du gene nad5 I3 qui met ensemble les deux ARN cox1.1 et cox1.2 en formant un ARN complet et fonctionnel. Nous avons aussi trouvé une organisation de l’ADNmt très particulière chez l’espèce Rhizophagus sp. Isolat DAOM 213198 dont le génome mt est constitué par deux chromosomes circulaires. En plus nous avons trouvé une quantité considérable des séquences apparentées aux plasmides ‘plasmid-related sequences’ chez les Glomeraceae par rapport aux Gigasporaceae, contribuant ainsi à une évolution rapide des ADNmt chez les Glomeromycota. Nous avons aussi séquencé plusieurs isolats de l’espèces R. irregularis et Rhizophagus sp. pour décortiquer leur position phylogénéque et inférer des relations évolutives entre celles-ci. La comparaison génomique mt nous montré l’existence de plusieurs éléments mobiles comme : des cadres de lecture ‘open reading frames (mORFs)’, des séquences courtes inversées ‘short inverted repeats (SIRs)’, et des séquences apparentées aux plasimdes ‘plasmid-related sequences (dpo)’ qui impactent l’ordre des gènes mt et permettent le remaniement chromosomiques des ADNmt. Tous ces divers mécanismes évolutifs observés au niveau des isolats, nous permettent de développer des marqueurs moléculaires spécifiques à chaque isolat ou espèce de CMA. Les données générées dans mon projet de doctorat ont permis d’avancer les connaissances fondamentales des génomes mitochondriaux non seulement chez les Glomeromycètes, mais aussi de chez le règne des Fungi et les eucaryotes en général. Les trousses moléculaires développées dans ce projet peuvent servir à des études de la génétique des populations, des échanges génétiques et l’écologie des CMA ce qui va contribuer à la compréhension du rôle primorial des CMA en agriculture et environnement.

La diversité culturelle entre discours et pratique : une analyse multi-niveaux

Située dans le discours actuel à la mode sur la diversité culturelle, l’objet de cette thèse consiste à comprendre l’orientation pratique d’une organisation internationale en matière de gestion de sa diversité culturelle interne. Il propose que, face aux changements qui ont modifié la configuration sociodémographique de la sphère organisationnelle, il serait intéressant de partir d’une organisation pour laquelle la diversité est une tradition tributaire de son fonctionnement. L’organisation sujet d’étude est internationale, affiliée à l’Unesco. Cette dernière étant reconnue pour son mandat qui valorise et protège les cultures. L’ancrage épistémologique de la thèse est bi-disciplinaire. Il considère deux champs théoriques sur lesquels se construit la diversité culturelle. Le premier est forgé dans les théories de management dites « occidentales » sur la diversité. Le deuxième champ, s’établit sur une approche dynamique de la culture apportée par les « Cross-Cultural Studies ». La méthodologie que nous avons mobilisée pour cette recherche est principalement qualitative. Elle est également diverse puisqu’elle veut identifier trois niveaux d’analyses. D’abord, l’étude historique réalisée se fonde sur l’analyse d’articles choisis tirés des archives de l’« organisation mère » (Unesco). Elle se veut être une étude exhaustive qui révèle l’évolution du discours « global » de cette organisation sur la diversité culturelle depuis sa création. Ensuite, afin de mieux comprendre le discours interne de l’Organisation sur la diversité culturelle, une analyse du contenu d’un « halo » de ses politiques internes a lieu. Elle nous permet de comprendre la valeur que prend la diversité culturelle dans son discours « organisationnel » dans la période de temps que nous traitons. Enfin, les histoires « individuelles » des acteurs de la diversité culturelle, apportent une description riche et, complètent l’analyse avec leurs interprétions des pratiques de gestions mises en place à leur égard. Des éléments de recherche sous adjacentes sont aussi amenés dans la thèse et font également partie du processus de l’analyse de la pratique de la diversité culturelle dans l’Organisation. En effet, la thèse se penche sur le problème conceptuel sur la « diversité culturelle ». Elle apporte des éclaircissements à la terminologie à travers l’analyse de ses différents emplois dans la littérature organisationnelle. Par ailleurs, elle clarifie la notion d’organisation internationale et propose une description du contexte unesquien défini par sa diversité culturelle interne. L’ensemble des niveaux examinés a permis de mettre en évidence une double constatation. D’une part, le paradoxe entre les trois niveaux. D’autre part, la neutralité des pratiques de gestion de la diversité culturelle pour les employés et la demande implicite de reconnaissance de leurs identités culturelles. Des recommandations sont proposées et des suggestions pour de recherches ultérieures sont formulées à la conclusion de la thèse.

Dynamique saisonnière des communautés nitrifiantes dans un petit lac oligotrophe

Depuis la découverte d’archées capables d’oxyder l’ammoniac en milieu aérobie, de nombreuses études ont mesuré en simultané les taux de nitrification et la diversité des organismes oxydant l’ammoniac dans la colonne d’eau des milieux marins. Malgré l’importance globale des lacs d’eau douce, beaucoup moins d’études ont fait la même chose dans ces milieux. Dans cette étude, nous avons évalué l’importance de la nitrification et caractérisé la communauté microbienne responsable de la première étape limitante de la nitrification dans un lac tempéré durant une année entière. L’utilisation de traceur isotopique 15NH4 nous a permis de mesurer des taux d’oxydation d’ammoniac à deux profondeurs dans la zone photique tout au long de l’année. Les taux d’oxydation d’ammoniac varient de non détectable à 333 nmol L-1 j-1 avec un pic d’activité sous la glace. De toutes les variables environnementales mesurées, la concentration d’ammonium dans la colonne d’eau semble avoir le plus grand contrôle sur les taux d’oxydation d’ammoniac. Nous avons détecté la présence d’archées (AOA) et de bactéries oxydante d’ammoniac (BOA) à l’aide de tests par réaction en chaîne de la polymérase (PCR) ciblant une partie du gène ammoniac monoxygénase (amoA). Les AOA et les BOA ont été détectées dans la zone photique du lac, cependant seules les AOA étaient omniprésentes durant l’année. Le séquençage du gène amoA des archées révèle que la majorité des AOA dans le lac sont membres du groupe phylogénétique Nitrosotalea (également appelé SAGMGC-1 ou groupe I.1a associé), ce qui confirme la pertinence écologique de ce groupe dans les eaux douces oligotrophes. Globalement, nos résultats indiquent l’hiver comme étant un moment propice pour l’oxydation de l’ammoniac dans les lacs tempérés. Cette étude fournit un point de référence pour la compréhension du processus d’oxydation de l’ammoniac dans les petits lacs oligotrophes.

Variations dans la réponse de la diversité génétique de populations de couleuvres insulaires faisant face à la perte d’habitat

Projet de recherche réalisé avec Bernard Angers comme directeur de maîtrise, Denis Réale en tant que co-directeur et grâce à la collaboration active d'Emmanuel Milot.

Diversité des organismes endophytes dans les racines de plantes poussant en milieu contaminé en hydrocarbures

Les champignons endophytes sont des organismes qui vivent à l’intérieur de plantes sans causer de symptômes de maladie apparents. Ils sont trouvés dans virtuellement toutes plante, et la nature des interactions peut aller de mutualiste à pathogène dépendant des conditions. La diversité et la structure des communautés des champignons endophytes dans les plantes poussant en milieu extrêmement pollué, ainsi que leur rôle potentiel pour améliorer la phytorémédiation, demeurent peu compris. Dans cette étude, nous nous sommes intéressés aux communautés de champignons endophytes de racines de deux espèces de plantes (Eleocharis erythropoda et Populus sp.). Ces espèces poussaient de manière spontanée dans trois bassins de sédimentation d’un ancienne usine pétro-chimique ayant des niveaux de contaminations différents, en utilisant à la fois une approche d’isolation d’organisme ainsi que des analyses de pyroséquençage de l’ITS d’ADN ribosomal. Nos résultats indiquent que les niveaux de contamination ont un effet significatif sur la composition taxonomique des champignons endophytes des racines de E. erythropoda. Une majorité des données de séquences appartiennent à la classe des Dothideomycetes dans les échantillons de forte concentration en hydrocarbures pétroliers, dont une majorité appartient au genre Alternaria. La comparaison des données d’isolation et de pyroséquençage suggère que l’isolation de souches ne permet pas l’obtention des souches les plus représentées dans les données de pyroséquençage. Ces résultats pourront potentiellement aider à l’élaboration de stratégies pour améliorer la phytorémédiation en utilisant les champignons endophytes.

La génomique évolutive mitochondriale révèle des échanges génétiques et la ségrégation chez les Gloméromycètes

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont des organismes microscopiques du sol qui jouent un rôle crucial dans les écosystèmes naturels et que l’on retrouve dans tous les habitats de la planète. Ils vivent en relation symbiotique avec la vaste majorité des plantes terrestres. Ils sont des biotrophes obligatoires, c'est-à-dire qu'ils ne peuvent croître qu'en présence d'une plante hôte. Cette symbiose permet entre autres à la plante d'acquérir des nutriments supplémentaires, en particulier du phosphore et du nitrate. Malgré le fait que cette symbiose apporte des services importants aux écosystèmes, la richesse des espèces, la structure des communautés, ainsi que la diversité fonctionnelle des CMA sont mal connues et l'approfondissement des connaissances dans ces domaines dépend d’outils de diagnostic moléculaire. Cependant, la présence de polymorphisme nucléaire intra-isolat combiné à un manque de données génomiques dans différents groupes phylogénétique de ces champignons complique le développement de marqueurs moléculaires et la détermination de l'affiliation évolutive à hauts niveaux de résolution (c.a.d. entre espèces génétiquement similaires et/ou isolats de la même espèce). . Pour ces raisons, il semble une bonne alternative d’utiliser un système génétique différent en ciblant le génome mitochondrial, qui a été démontré homogène au sein d'un même isolat de CMA. Cependant, étant donné le mode de vie particulier de ces organismes, une meilleure compréhension des processus évolutifs mitochondriaux est nécessaire afin de valoriser l'utilisation de tels marqueurs dans des études de diversité et en génétique des populations. En ce sens, mon projet de doctorat consistait à investiguerétudier: i) les vecteurs de divergences inter-isolats et -espèces génétiquement rapprochéesphylogénétiquement apparentées, ii) la plasticité des génomes mitochondriaux, iii) l'héritabilité mitochondriale et les mécanismes potentiels de ségrégation, ainsi que iv) la diversité mitochondriale intra-isolat in situ. À l'aide de la génomique mitochondriale comparative, en utilisant le séquençage nouvelle génération, on a démontré la présence de variation génétique substantielle inter-isolats et -espèces, engendrées par l'invasion d'éléments mobiles dans les génomes mitochondriaux des CMA, donnant lieu à une évolution moléculaire rapide des régions intergéniques. Cette variation permettait de développer des marqueurs spécifiques à des isolats de la même espèce. Ensuite, à l'aide d'une approche analytique par réseaux de gènes sur des éléments mobiles, on a été en mesure de démontrer des évènements de recombinaisons homologues entre des haplotypes mitochondriaux distincts, menant à des réarrangements génomiques. Cela a permis d'ouvrir les perspectives sur la dynamique mitochondriale et l'hétéroplasmie dans un même isolatsuggère une coexistence de différents haplotypes mitochondriaux dans les populations naturelles et que les cultures monosporales pourraient induirent une sous-estimation de la diversité allélique mitochondriale. Cette apparente contradiction avec l'homogénéité mitochondriale intra-isolat généralement observée, a amené à investiguer étudier les échanges génétiques à l'aide de croisements d'isolats génétiquement distincts. Malgré l'observation de quelques spores filles hétéroplasmiques, l'homoplasmie était le statut par défaut dans toutes les cultures monosporales, avec un biais en faveur de l'un des haplotypes parentaux. Ces résultats suggèrent que la ségrégation opère durant la formation de la spore et/ou le développement de la coloniedu mycélium. De plus, ils supportent la présence d'une machinerie protéique de ségrégation mitochondriale chez les CMAAMF, où l'ensemble des gènes impliqués dans ce mécanisme ont été retrouvé et sont orthologues aux autres champignons. Finalement, on est revenue aux sources avecon a étudié le polymorphisme mitochondrial intra-isolat à l'aide d'une approche conventionnelle de PCR en utilisant une Taq polymérase de haute fidélité, suivie de clonage et de séquençage Sanger, sur deux isolats de R. irregularis. Cela a permis l'observation d'hétéroplasmie in situ, ainsi que la co-expression de variantes de variantes de protéines'ARNm dans une souche in vitro. Les résultats suggèrent que d'autres études basées sur le séquençage nouvelle génération aurait potentiellement ignorée cette variation, offrant ainsi plusieurs nouveaux arguments permettant de considérer les CMA comme des organismes possédant une population de génomes mitochondriaux et nucléaires distincts.

Impacts de l'urbanisation sur la diversité spécifique et fonctionnelle dans les forêts riveraines

L'urbanisation représente une menace majeure pour la biodiversité. Ce mémoire de maîtrise vise à comprendre ses effets sur la composition fonctionnelle et l'homogénéisation biotique dans les forêts riveraines. Des inventaires floristiques ont été réalisés dans 57 forêts riveraines de la région de Montréal. Afin d'étudier la variation de la composition fonctionnelle avec l'urbanisation, des moyennes pondérées de traits par communauté ont été calculées pour les arbres, arbustes et herbacées. Chaque forêt a été caractérisée par des variables relatives au paysage urbain environnant, aux conditions locales des forêts et aux processus spatiaux. Les conditions locales, notamment les inondations, exerçaient une pression de sélection dominante sur les traits. L'effet du paysage était indirect, agissant via l'altération des régimes hydrologiques. La dispersion le long des rivières était aussi un processus important dans la structuration des forêts riveraines. Les changements dans la diversité β taxonomique et fonctionnelle des herbacées ont été étudiés entre trois niveaux d'urbanisation et d'inondation. Alors que l'urbanisation a favorisé une différenciation taxonomique, les inondations ont favorisé une homogénéisation taxonomique, sans influencer la diversité β fonctionnelle. L'urbanisation était l'élément déclencheur des changements de la diversité β, directement, en causant un gain en espèces exotiques et une diminution de la richesse totale dans les forêts très urbanisées, et, indirectement, en entraînant un important turnover d'espèces par l'altération des régimes hydrologiques. Globalement, ces résultats suggèrent que la modification des processus naturels par les activités anthropiques est le principal moteur de changements dans les communautés riveraines urbaines.