Comparaison des coûts du diagnostic moléculaire des rétinites pigmentaires entre le séquençage selon Sanger et un séquençage à haut débit

La rétinite pigmentaire (RP) et l'amaurose congénitale de Leber (LCA) sont deux maladies héréditaires classées dans le groupe des rétinopathies pigmentaires. Plus de 100 gènes ou loci ont étés identifiés dans les RP (comptant pour 60% des patients) et 14 gènes pour les LCA (responsables de 70% des cas). A elles-deux et en ne prenant que les plus fréquentes, ces maladies représentent 948 exons à analyser lorsqu'on recherche une mutation chez un patient. La recherche de mutations au moyen du séquençage génomique classique (séquençage selon Sanger) de tous les gènes de ces deux maladies implique des délais d'analyse importants et des coûts très élevés. La méthode de séquençage à haut débit (avec le séquenceur Roche GS Junior) permet grâce à une puce à ADN le séquençage simultané des 948 exons. Le but de mon travail de Master est de comparer ces deux approches afin de déterminer celle qui est la plus économique et la plus efficiente en temps. Pour cela, j'ai d'abord établi la liste de tous les gènes impliqués dans les RP et LCA, puis identifié tous les exons ainsi que les promoteurs et séquences 3' non traduites. J'ai ensuite calculé le coût théorique d'une analyse de tous les gènes avec chacune des méthodes. J'ai également estimé les coûts à facturer à l'assurance concernant le séquençage à haut débit sur la base des coûts facturables à l'assurance de la méthode Sanger et des bénéfices du laboratoire. Le séquençage des 948 exons par le séquençage à haut débit (avec le GS Junior) représente la technique de séquençage la plus économique et la plus efficiente en temps et constitue donc la méthode de choix dans le screening diagnostic des gènes impliqués dans les RP et LCA. Cette méthode est plus rapide, les réactifs et la machine sont moins coûteux et la laborantine peut analyser un nombre plus important d'exons en un temps moindre, donc elle coûtera moins cher au laboratoire. Cette méthode est donc d'un grand intérêt pour les patients, les assurances et le laboratoire. Cette nouvelle technique de séquençage soulève de nouvelles interrogations telles que la décision de savoir quelle information doit être donnée aux médecins, aux assurances et aux patients. Interrogations auxquelles il devient de plus en plus pressant de répondre.

Estimation du débit de filtration glomérulaire par la formule DFG = K x T/Pcr [Estimation of glomerular filtration rate by the formula GFR = K x T/Pc].

BACKGROUND: Creatinine clearance is the most common method used to assess glomerular filtration rate (GFR). In children, GFR can also be estimated without urine collection, using the formula GFR (mL/min x 1.73 m2) = K x height [cm]/Pcr [mumol/L]), where Pcr represents the plasma creatinine concentration. K is usually calculated using creatinine clearance (Ccr) as an index of GFR. The aim of the present study was to evaluate the reliability of the formula, using the standard UV/P inulin clearance to calculate K. METHODS: Clearance data obtained in 200 patients (1 month to 23 years) during the years 1988-1994 were used to calculate the factor K as a function of age. Forty-four additional patients were studied prospectively in conditions of either hydropenia or water diuresis in order to evaluate the possible variation of K as a function of urine flow rate. RESULTS: When GFR was estimated by the standard inulin clearance, the calculated values of K was 39 (infants less than 6 months), 44 (1-2 years) and 47 (2-12 years). The correlation between the values of GFR, as estimated by the formula, and the values measured by the standard clearance of inulin was highly significant; the scatter of individual values was however substantial. When K was calculated using Ccr, the formula overestimated Cin at all urine flow rates. When calculated from Ccr, K varied as a function of urine flow rate (K = 50 at urine flow rates of 3.5 and K = 64 at urine flow rates of 8.5 mL/min x 1.73 m2). When calculated from Cin, in the same conditions, K remained constant with a value of 50. CONCLUSIONS: The formula GFR = K x H/Pcr can be used to estimate GFR. The scatter of values precludes however the use of the formula to estimate GFR in pathophysiological studies. The formula should only be used when K is calculated from Cin, and the plasma creatinine concentration is measured in well defined conditions of hydration.

Évaluation d'un score simplifié de bas débit cardiaque chez l'enfant.

1.1 Objectifs Le syndrome de bas débit cardiaque est une appréciation clinique (Hoffman et al.) dont les signes sont peu sensibles, peu spécifiques, souvent tardifs et dont la mesure chez l'enfant est rendue impossible en clinique pour des raisons techniques et de fiabilités des systèmes de mesures. Aucun score n'est applicable à l'heure actuelle chez l'enfant. C'est pourquoi, ces 10 dernières années, de nombreuses équipes se sont penchée activement sur ce problème afin de définir des marqueurs performants prédisant la survenue du LCOS après chirurgie cardiaque chez l'enfant. Cette étude s'est attachée à réunir ses marqueurs cardiaques, de les combiner et de les inclure dans un score de bas débit cardiaque. 1.2 Méthode Enfants et nouveau-nés ayant subit une chirurgie cardiaque au CHUV, après malformation cardiaque congénitale, entre janvier 2010 et octobre 2011 (N=48). Age : 8 jours à 13 ans (médiane : 16.3 mois). Deux scores développés. Soumission à l'aveugle de la liste des patients à un comité d'expert pour identifier les patients en LCOS à 48h post-chirurgie, puis comparaison avec le résultat du score. Les paramètres du premier score (SCORE 1), sont agendées de manière ordinales, alors que dans le deuxième score (SCORE 2) elles le sont de manière dichotomiques. Valeurs cut-off supérieures et inférieures des scores choisies selon une recherche extensive dans la littérature. Les valeurs cut-off intermédiaires (SCORE 1) ont été choisies au hasard. 1.3 Résultats La régression logistique multivariée pour la prédiction d'un LCOS à 48h, démontre que seul le score d'amine durant les 24 premières heures et un prédicteur indépendant de LCOS (OR 16.6 [2.6- 105.5] p<0.0001). Ce paramètre est bien corrélé avec le résultat des experts avec un coefficient de corrélation r=0.57 (p<0.0001). Les spécificités des deux scores (AUC=0.78 (p<0.0001) respectivement AUC=0.81 (p<0.0001)) sont de 71% respectivement 93.5%, les sensibilités de 70.6% respectivement 41.2 %, VPP de 57.1% respectivement 77.8%, VPN de 81.5 % respectivement 74.4%. Les tests du khi2 valent 7.7 (p=0.006) respectivement 8.69 (p=003), rejettent l'hypothèse nulle d'indépendance entre le résultat des experts et celui prédit par le score. 1.4 Conclusions Les scores développés dans le cadre de cette étude ne montrent pas une corrélation significative avec l'apparition d'un bas débit cardiaque. Même si le choix des paramètres permettant de quantifier l'apparition d'un bas débit cardiaque à 48h fût réalisé selon une recherche extensive dans la littérature, le design rétrospectif de l'étude, n'a pas permit de vérifier efficacement la relation entre l'apparition d'un bas débit cardiaque et le score de bas débit cardiaque.