Homéostasie, marqueurs somatiques et intentionnalité : le statut de la représentation et ses implications en psychanalyse et en neuroscience

Résumé : Si la psychanalyse est régulièrement remise en cause pour son manque de fondement scientifique, de nombreux travaux issus des neurosciences en appellent paradoxalement à un retour aux thèses freudiennes. Cette étude se propose, dans ce contexte, de revisiter les bases neurobiologiques de la métapsychologie et de montrer comment celle-ci repose sur une conception homéostatique du vivant. On en tire plusieurs conséquences. Premièrement, contre Brentano, selon qui l'intentionnalité est la marque du psychologique, on propose que celle-ci s'avère être, plus originellement, la marque des régulations biologiques. Deuxièmement, on montre comment Freud et Damasio développent des conceptions similaires sur le fonctionnement homéostatique de la cognition. Sur le plan épistémologique, on plaide en faveur de la complémentarité de ces deux approches. Si Damasio met au jour les variables somatiques permettant de mesurer les effets de la vie psychique, la théorie pulsionnelle permet de dépasser les problèmes liés à l'ambiguïté de la notion de «représentation cérébrale ». C'est à partir de cette thèse que l'on peut, selon nous, appréhender la psychanalyse comme un double projet visant à articuler une naturalisation de l'appareil psychique à une herméneutique de ses productions. On considère cette double visée comme une réponse à la difficulté centrale que rencontrent les sciences de l'esprit quant aux conditions de possibilité d'une naturalisation de l'intentionnalité. A partir de cette problématique, il devient pertinent d'évaluer la solution freudienne à la lumière de la posture intentionnelle dennettienne et de la théorie gazzaniguienne de l'interpreter. II ne s'agit pas, selon ces dernières approches, de naturaliser directement l'intentionnalité, au risque de commettre une erreur de catégorie. Il est question, au contraire, d'utiliser les principes du fonctionnement homéostatique comme autant de «règles »interprétatives permettant, sur le plan psychologique, de construire du sens. On trouve enfin dans le modèle de l'espace global de travail un moyen de remettre au goût du jour la conception freudienne, dynamique et conflictuelle, du fonctionnement psychique. On avance enfin, à partir de ce modèle, des hypothèses sur les mécanismes cérébraux susceptibles de sous-tendre l'efficacité thérapeutique de la cure analytique. Abstract : While Psychoanalysis' scientific basis is open to question, some neuroscience works are paradoxically calling for a return to Freud. Therefore, the first aim of our study consists in revisiting metapychology's neurobiological roots and to show how it is grounded on a homeostatic theory of life. Several consequences can be drawn from this statement. Firstly, in opposition to Brentanian definition of intentionality, as the specific mark of psychology, we argue that it is more specifically the mark of biological balance. Secondly, this statement allows to show how Freud's and Damasio's theories share common views on the homeostatic functioning of cognition. From an epistemological point of view, they complete one another. If Damasio has highlighted the measurable somatic variables from which we can infer psychic life, the theory of drives allows conceptual difficulties linked to the use of the ambiguous notion of "cerebral representation" to be overcome. According to us, this thesis leads psychoanalysis to be approached as a twin project aiming to articulate psyche naturalization, to a hermeneutic of its productions. It maybe seen as a way to respond to the central issue of mind sciences, that is, to account for the naturalization of intentionality. Given this theoretical framework, it seems relevant to reconsider freudism in the light of the dennettian intentional stance and the gazzanigan theory of interpreter. Then, freudism can be seen as a way to avoid a category mistake. Its solution rejects direct intentionality naturalization in favor of a construction of sense. In this framework, interpretation is regulated by the rules abstracted from the homeostatic functioning of life. Furthermore, we show how the dynamic and conflictual Freudian psyche can be evaluated using the Global workspace model, which allows us to put forth hypotheses on the cerebral mechanisms that may underlie the efficiency of analytical cure.

Anorexie: évaluation et prise en charge somatiques [Anorexia: somatic assessment and management].

Anorexia nervosa, which affects about 2-3% of the general population, is the psychiatric illness with the highest rate of mortality. The management is often complex, requiring multiple stakeholders on the patient's physical and psychiatric. The new specialized centre "abC" (anorexia-bulimia, Centre vaudois) was created with the objective of providing quality services to patients involved and to provide a network facilitating the interaction between physicians and specialized institutions. This is an inter-institutional and interdisciplinary collaboration born of the CHUV and the eHnv (Hospitalized Institutions in Nord Vaudois). The abC includes an outpatient pole (CHUV) and a hospital unit on the site of Saint Loup. At term, it will include a day centre (CHUV).

Pollution stress on aquatic microbial communities

Thousands of chemical compounds enter the natural environment but many have unknown effects and consequences, in particular at low concentrations. This thesis work contributes to our understanding of pollution effects by using bacteria as test organisms. Bacteria are important for this question because some of them degrade and transform pollutants into less harmful compounds, but secondly because they themselves can be inhibited in their reproduction by exposure to toxic compounds. When inhibitory effects occur this may change the composition of the microbial com¬munity in the long run, leading to altered or diminished ecosystem services by those communities. As a result chemicals of anthropogenic origin may accumulate and per¬sist in the environment, and finally, affect higher organisms as well. In addition to acquiring basic understanding of pollutant effects at low concentrations on bacterial communities an applied goal of this thesis work was to develop bacteria-based tests to screen new organic chemicals for toxicity and biodégradation. In the first part of this work we developed a flow cytometry-based assay on SYT09 plus ethidium-bromide or propidium-iodide stained cells of Pseudomonas ûuorescens exposed or not to a variety of pollutants under oligotrophic growth conditions. Flow cytometry (FC) allows fast and accurate counting of bacterial cells under simul¬taneous assessment of their physiological state, in particular in combination with different fluorescent dyes. Here we employed FC and fluorescent dyes to monitor the effect that pollutants may exert on Pseudomonas ûuorescens SV3. First we designed an oligotrophic growth test, which enabled us to follow population growth at low densities (104 - 10 7 cells per ml) using 0.1 mM sodium acetate as carbon source. Cells in the oligotrophic milieu were then exposed or not to a variety of common pollutants, such as 2-chlorobiphenyl (2CBP), naphthalene (NAH), 4-chlorophenol (4CP), tetradecane (TD), mercury chloride (HgCl2) or benzene, in different dosages. Exposed culture samples were stained with SYT09 (green fluorescent dye binding nucleic acids, generally staining all cells) in combination with propidium iodide (PI) or ethidium bromide (EB), both dyes being membrane integrity indicators. We ob- served that most of the tested compounds decreased population growth in a dosage- dependent manner. SYT09/PI or SYT09/EB staining then revealed that chemical exposure led to arisal of subpopulations of live and injured or dead cells. By modeling population growth on the total cell numbers in population or only the subpopulation of live cells we inferred that even in stressed populations live cells multiply at rates no different to unexposed controls. The net decrease in population growth would thus be a consequence of more and more cells being not able to multiply at all, rather than all cells multiplying at slower rates. In addition, the proportion of injured cells correlated to the compound dosage. We concluded that the oligotrophic test may be useful to asses toxicity of unknown chemicals on a variety of model bacteria. Mul¬tiple tests can be run in parallel and effects are rapidly measured within a period of 8 hours. Interestingly, in the same exposure tests with P. fluorescens SV3 we observed that some chemicals which did not lead to a reduction of net population growth rates did cause measurable effects on live cells. This was mainly observed in cells within the live subpopulation as an increase of the EB fluorescence signal. We showed that SYT09/EB is a more useful combination of dyes than SYT09/PI because PI fluorescence tend to increase only when cells are effectively dead, but not so much in live cells (less then twofold). In contrast, EB geometric mean fluorescence in live cells increased up to eightfold after exposure to toxic compounds. All compounds even at the lowest concentration caused a measurable increase in EB geometric mean fluorescence especially after 2 h incubation time. This effect was found to be transient for cells exposed to 2CBP and 4CP, but chronic for cells incubated with TD and NAH (ultimately leading to cell death). In order to understand the mechanism underlying the observed effects we used known membrane or energy uncouplers. The pattern of EB signal increase in chemical-exposed populations resembled mostly that of EDTA, although EB fluorescence in EDTA-treated or pasteurized cells was even higher than after exposure to the four test chemicals. We conclude that the ability of cells to efflux EB under equilibrium conditions is an appropriate measure for the potential of a chemical to exert toxicity. Since most bacterial species possess efflux systems for EB that all require cellular energy, our test should be more widely relevant to infer toxicity effects of chemical exposure on the physiological status of the bacterial cell. To better understand the effect of toxicant exposure on efflux defense systems, we studied 2-hydroxybiphenyl toxicity to Pseudomonas azeiaica HBP1. We showed that 2-HBP exerts toxicity even to P. azelaica HBP1, but only at concentrations higher than 0.5 mM. Above this concentration transient loss of membrane polarization and integrity occurred, which we conclude from staining of growing cells with fluorescent dyes. Cells finally recover and resume growth on 2HBP. The high resistance of P. azelaica HBP1 to 2-HBP was found to be the result of an efficient MexABOprM- type efflux pump system counteracting passive influx of this compound into the membrane and cellular interior. Mutants with disrupted mexA, mexB and oprM genes did no longer grow on 2-HBP at concentrations above 100 μΜ, whereas below this concentration we found 2-HBP-concentration dependent decrease of growth rate. The MexAB-OprM system in P. azeiaica HBP1 is indeed an efflux pump for ethidium bromide as well. By introducing gfp reporter fusions responsive to intracellular 2- HBP concentrations into HBP1 wild-type or the mutants we demonstrated that 2HBP enters into the cells in a similar way. In contrast, the reporter system in the wild-type cells does not react to 2-HBP at an outside concentration of 2.4 μΜ, whereas in mutant cells it does. This suggests that wild-type cells pump 2-HBP to the outside very effectively preventing accumulation of 2-HBP. 2HBP metabolism, therefore, is not efficient enough to lower the intracellular concentration and prevent toxicity. We conclude that P. azelaica HBP1 resistance to 2-HBP is mainly due to an efficient efflux system and that 2HBP in high concentrations exerts narcotic effects on the bacterial membrane. In the part of this thesis, we investigated the possibilities of bacteria to degrade pollutants at low concentrations (1 mg per L and below). As test components we used 2-hydroxybiphenyl, antibiotics and a variety of fragrances, many of which are known to be difficult to biodegrade. By using accurate counting of low numbers of bacterial cells we could demonstrate that specific growth on these compounds is possible. We demonstrated the accuracy of FC counting at low cell numbers (down to 103 bacterial cells per ml). Then we tested whether bacterial population growth could be specifically monitored at the expense of low substrate concentrations, us¬ing P. azelaica HBP1. A perfect relationship was found between growth rate, yield and 2-HBP concentrations in the range of 0.1 up to 5 mg per L. Mixing P. azelaica within sludge, however, suggested that growth yields in a mixed community can be much lower than in pure culture, perhaps because of loss of metabolic intermediates. We then isolated new strains from activated sludge using 2-HBP or antibiotics (Nal, AMP, SMX) at low concentrations (0.1-1 mg per L) as sole carbon and energy sub¬strate and PAO microdishes. The purified strains were then examined for growth on their respective substrate, which interestingly, showed that all strains can not with¬stand higher than 1 or 10 mg per L concentrations of target substrate. Thus, bacteria must exist that contribute to compound degradation at low pollutant concentrations but are inhibited at higher concentrations. Finally we tested whether specific biomass growth (in number of cells) at the expense of pollutants can also be detected with communities as starting material. Hereto, we focused on a number of fragrance chemicals and measured community biomass increase by flow cytometry cell counting on two distinct starter communities: (i) diluted Lake Geneva water, and dilute activated sludge from a wastewater treatment plant. We observed that most of the test compounds indeed resulted in significant biomass increase in the starter community compared to a no-carbon added control, but activated sludge and lake Geneva water strongly differed (almost mutually ex¬clusive) in their capacity to degrade the test chemicals. In two cases for activated sludge the same type of microbial community developed upon compound exposure, as concluded from transcription fragment length polymorphism analysis on community purified and PCR amplified 16S rRNA gene fragments. To properly test compound biodegradability it is thus important to use starter communities of different origin. We conclude that FC counting can be a valuable tool to screen chemicals for their biodegradability and toxicity. - Des milliers de produits chimiques sont libérés dans l'environnement mais beaucoup ont des effets inconnus, en particulier à basses concentrations. Ce travail de thèse contribue à notre comprehension des effets de la pollution en utilisant des bacteries comme des organismes-tests. Les bacteries sont importantes pour etudier cette ques¬tion car certaines d'entre elles peuvent degrader ou transformer les polluants, mais également parce qu'elles-mmes peuvent tre inhibees dans leur reproduction après avoit ete exposees à ces composes toxiques. Quand des effets inhibiteurs ont lieu, la composition de la communauté microbienne peut tre changee à long terme, ce qui mène à une reduction du service d'ecosystème offert par ces communautés. En consequence, après leur liberation dans l'environnement, les produits chimiques d'origine anthropogenique peuvent soit s'y accumuler et per¬sister, exerant ainsi des effets encore inconnus sur les organismes vivants. En plus d'acquérir des connaissances de base sur les effets des polluants à basses concentra¬tions sur les communautés microbiennes, un but applique de cette thèse était de développer des tests bases sur les bacteries afin d'identifier de nouveau composes pour leur toxicité ou leur biodégradation. Dans la première partie de ce travail, nous avons developpe un test base sur la cytometrie de flux (FC) sur des cellules de Pseudomonas fluorescens colorees par du bromure d'ethidium ou de l'iodure de propidium et exposees ou non à une palette de polluants sous des conditions de croissance oligotrophique. La cytometrie de flux est une technique qui connaît de nombreuses applications dans la microbiologie environ¬nementale. Cela est principalement du au fait qu'elle permet un comptage rapide et precis ainsi que l'évaluation de l'état physiologique, en particulier lorsqu'elle est combinée h des colorations fluorescentes. Ici, nous avons utilise la technique FC et des colorants fluorescents afin de mesurer l'effet que peuvent exercer certains pollu¬ants sur Pseudomonas ûuorescens SV3 . D'abord nous avons conu des tests oligo- trophiques qui nous permettent de suivre la croissance complète de cellules en culture h des densites faibles (104 -10 7 cellules par ml), sur de l'acetate de sodium à 0.1 mM, en presence ou absence de produits chimiques (2-chlorobiphenyl (2CBP), naphthalène (NAH), 4-chlorophenol (4CP), tetradecane (TD), chlorure de mercure(II) (HgCl2)) à différentes concentrations. Afin de montrer le devenir des bacteries tant au niveau de la cellule individuelle que celui de la population globale, après exposition à des series de composes chimiques, nous avons compte les cellules colorees avec du SYT09 (col¬orant fluorescent vert des acides nucléiques pour la discrimination des cellules par rapport au bruit de fond) en combinaison avec l'iodure de propidium (PI) ou le bromure d'ethidium (EB), indicateurs de l'intégrité de la membrane cellulaire avec FC. Nous avons observe que de nombreux composes testes avaient un effet sur la croissance bacterienne, resultant en une baisse du taux de reproduction de la pop¬ulation. En outre, la double coloration que nous avons utilisee dans cette etude SYT09/PI ou SYT09/EB a montre que les produits chimiques testes induisaient une reponse heterogène des cellules dans la population, divisant celle-ci en sous- populations "saine", "endommagee" ou "morte". Les nombres de cellules à partir du comptage et de la proportion de celles "saines" et "endommagees/mortes" ont ensuite ete utilises pour modeliser la croissance de P. ûuorescens SV3 exposee aux produits chimiques. La reduction nette dans la croissance de population est une consequence du fait que de plus en plus de cellules sont incapables de se reproduire, plutt que du fait d'une croissance plus lente de l'ensemble de la population. De plus, la proportion de cellules endommagees est correllee au dosage du compose chimique. Les résultats obtenus nous ont permis de conclure que le test oligotrophique que nous avons developpe peut tre utilise pour l'évaluation de la toxicité de produits chimiques sur différents modèles bacteriens. Des tests multiples peuvent tre lances en parallèle et les effets sont mesures en l'espace de huit heures. Par ailleurs, nous en déduisons que les produits chimiques exercént un effet sur la croissance des cellules de P. ûuorescens SV3, qui est heterogène parmi les cellules dans la population et depend du produit chimique. Il est intéressant de noter que dans les mmes tests d'exposition avec P. ûuorescens SV3, nous avons observe que certains composes qui n'ont pas conduit à une reduction du taux de la croissance nette de la population, ont cause des effets mesurables sur les cellule saines. Ceci a ete essentiellement observe dans la portion "saine" des cellules en tant qu'augmentation du signal de la fluorescence de 1ΈΒ. D'abord nous avons montre que SYT09/EB était une com¬binaison de colorants plus utile que celle de SYT09/PI parce que la fluorescence du PI a tendance à augmenter uniquement lorsque les cellules sont effectivement mortes, et non pas dans les cellules saines (moins de deux fois plus). Par opposi¬tion, la fluorescence moyenne de l'EB dans les cellules saines augmente jusqu'à huit fois plus après exposition aux composes toxiques. Tous les composes, mme aux plus basses concentrations, induisent une augmentation mesurable de la fluorescence moy¬enne de 1ΈΒ, plus particulièrement après deux heures d'incubation. Cet effet s'est revele tre transitoire pour les cellules exposees aux 2CNP et 4CP, mais est chro¬nique pour les cellules incubees avec le TD et le NAH (entranant la mort cellulaire). Afin de comprendre les mécanismes qui sous-tendent les effets observes, nous avons utilise des decoupleurs d'energie ou de membrane. L'augmentation du signal EB dans les populations causee par des produits chimiques ressemblait à celle exerce par le chelateur des ions divalents EDTA. Cependant, les intensités du signal EB des cellules exposees aux produits chimiques testees n'ont jamais atteint les valeurs des cellules traitees avec l'EDTA ou pasteurises. Nous en concluons que le test oli- gotrophique utilisant la coloration (SYT09/)EB des cellules exposees ou non à un produit chimique est utile afin d'evaluer l'effet toxique exerce par les polluants sur la physiologie bacterienne. Afin de mieux comprendre la reaction d'un système de defense par pompe à efflux après exposition à une toxine, nous avons étudié la toxicité du 2-hydroxybiphenyl (2-HBP) sur Pseudomonas azeiaica HBP1. Nous avons montre que le 2-HBP exerce une toxicité mme sur HBP1, mais uniquement à des concentrations supérieures à 0.5 mM. Au-dessus de cette concentration, des pertes transitoires d'intégrité et de polarization membranaire ont lieu, comme cela nous a ete montre par coloration des cellules en croissance. Les cellules sont finalement capables de se rétablir et de reprendre leur croissance sur 2-HBP. La forte resistance de P. azeiaica HBP1 h 2-HBP physiologie bacterienne s'est revele tre le résultat d'un système de pompe h efflux de type MexABOprM qui contre-balance l'influx passif de ce compose h travers la membrane. Nous avons montre, en construisant des mutants avec des insertions dans les gènes mexA, mexB and oprM et des fusions avec le gène rapporteur gfp, que l'altération de n'importe quelle partie du système d'efflux conduisait à accroître l'accumulation de 2-HBP dans la cellule, en comparaison avec la souche sauvage HBP1, provoquant une diminution de la resistance au 2-HBP ainsi qu'une baisse du taux de reproduction des cellules. Des systèmes d'efflux similaires sont répandus chez de nombreuses espèces bactériennes. Ils seraient responsables de la resistance aux produits chimiques tels que les colorants fluorescents (bromure d'ethidium) et des antibiotiques. Nous concluons que la resistance de P. azelaica HBP1 à 2-HBP est principalement due à un système d'efflux efficace et que 2-HBP, à des concentrations elevees, exerce un effet deletère sur la membrane bacterienne. En se basant sur le comptage des cellules avec la FC, nous avons developpe ensuite une methode pour evaluer la biodegradabilite de polluants tels que le 2-HBP ainsi que les antibiotiques (acide nalidixique (Nal), ampicilline (AMP) ou sulfamethoxazole (SMX)) à de faibles concentrations lmg par L et moins), par le suivi de la croissance spécifique sur le compose de cultures microbiennes pures et mixtes. En utilisant un comptage precis de faibles quantités de cellules nous avons pu demontrer que la croissance spécifique sur ces composes est possible. Nous avons pu illustrer la precision du comptage par cytometrie de flux à faible quantité de cellules (jusqu'à 10 3 cellules par ml). Ensuite, nous avons teste s'il était possible de suivre dynamiquement la croissance de la population de cellules sur faibles concentrations de substrats, en utilisant P. azelaica HBP1. Une relation parfaite a ete trouvee entre le taux de croissance, le rendement et les concentrations de 2-HBP (entre 0.1 et 5 mg par L). En mélangeant HBP1 à de la boue active, nous avons pu montrer que le rendement en communauté mixtes pouvait tre bien inférieur qu'en culture pure. Ceci étant peut tre le résultat d'une perte d'intermédiaires métaboliques. Nous avons ensuite isole de nouvelles souches à partir de la boue active en utilisant le 2-HBP ou des antibiotiques (Nal, AMP, SMX) h basses concentrations (0.1-1 mg par L) comme seules sources de carbone et d'energie. En combinaison avec ceci, nous avons également utilise des microplaques PAO. Les souches purifiees ont ensuite ete examinees pour leurs croissances sur leurs substrats respectifs. De faon intéressante, toutes ces souches ont montre qu'elles ne pouvaient pas survivre à des concentrations de substrats supérieures à 1 ou 10 mg par L. Ainsi, il existe des bacteries qui contribuent à la degradation de composes à basses concentrations de polluant mais sont inhibes lorsque ces concentrations deviennent plus hautes. Finalement, nous avons cherche à savoir s'il est possible de detecter une croissance spécifique à une biomasse au depend d'un polluant, en partant d'une communauté microbienne. Ainsi, nous nous sommes concentre sur certains composes et avons mesure l'augmentation de la biomasse d'une communauté grce à la cytometrie de flux. Nous avons compte deux communautés de depart distinctes: (i) une dilution d'eau du Lac Léman, et une dilution de boue active d'une station d'épuration. Nous avons observe que la plupart des composes testes ont entrane une augmentation de la biomasse de depart par rapport au control sans addition de source de carbone. Néanmoins, les échantillons du lac Léman et de la station d'épuration différaient largement (s'excluant mutuellement l'un l'autre) dans leur capacité à degrader les composes chimiques. Dans deux cas provenant de la station d'épuration, le mme type de communauté microbienne s'est developpe après exposition aux composes, comme l'a démontré l'analyse TRFLP sur les fragments d'ARN 16S purifie de la communauté et amplifie par PCR. Afin de tester correctement la biodegradabilite d'un compose, il est donc important d'utiliser des communautés de depart de différentes origines Nous en concluons que le comptage par cytometrie de flux peut tre un outil de grande utilité pour mettre en valeur la biodegradabillite et la toxicité des composes chimiques.

Artérite á cellules géantes et vitesse de sédimentation normale: plus qu'une exception [Giant cell arteritis and normal sedimentation rate: more than an exception!]

BACKGROUND: Giant cell arteritis (GCA) is a systemic segmental vasculitis of unknown etiology, typically affecting elderly patients. Elevated erythrocyte-sedimentation rate (ESR) is usually found in such patients. PATIENTS AND METHODS: One hundred and twenty three patients underwent temporal artery biopsy in our institution between 1977 and 1995. Among them, 66 (53.7%) biopsies were positive (i.e. histologic findings were very suggestive of GCA). The clinical charts from all patients with positive biopsies were retrieved and 47 were eligible for our study (inadequate data in 19 cases). RESULTS: Seven of the 47 patients with positive biopsies (15%) had a normal ESR and 70% (33/47 cases) had neuro-ophthalmic complications including anterior ischemic optic neuropathy, central retinal artery occlusion, choroidal ischemia and extraocular muscle and/or cranial nerve palsy (III, IV, VI). No differences were found between the groups with normal or elevated ESR as 87.5% (6/7 cases) of the group with normal ESR exhibited neuro-ophthalmic complications. CONCLUSIONS: ESR was normal in 15% of our GCA patients and these patients had the same frequency of neuro-ophthalmic complications as the GCA patients with elevated ESR. Thus, our study does not support the previous concept that patients with higher ESR are more at risk for neuro-ophthalmic complications. GCA with normal ESR is not rare and such patients should be investigated with other blood studies (C-reactive protein) and with fluorescein angiography.

Equipes infirmières somatiques en soins aigus et infirmier en psychiatrie de liaison : quelle collaboration ?

Deux ans après la création du poste d'infirmier au sein du Service de psychiatrie de liaison du Centre hospitalier universitaire de Lausanne (CHUV), nous rendons compte ici de cette nouvelle pratique. En portant un regard extérieur sur les équipes infirmières, il s'agit de définir l'implication des difficultés relationnelles qu'elles peuvent rencontrer auprès d'un malade. Ce vécu difficile peut être influencé par des facteurs de stress liés au contexte des soins somatiques aigus, ceux-ci pouvant se surajouter à une problématique relationnelle ou psychiatrique. Nous postulons que l'infirmier en psychiatrie de liaison, de par sa position particulière (tiers extérieur, thérapeute, médiateur-traducteur) que nous définissons dans cet article, permet d'offrir des espaces intermédiaires de réflexions quant à une recherche de compréhension d'une relation soignant-soigné et de proposer des outils spécifiques aux équipes infirmières.

Rôle de l'EGFR dans le cancer pulmonaire non à petites cellules [The role of EGFR in non-small cell lung carcinoma]

EGFR receptor is expressed on most of the non small cell lung carcinoma (NSCLC) cells. Its relative importance in oncogenesis and tumour progression seems to greatly vary among NSCLC. Two molecules targeting differently EGFR are currently used for the treatment of metastatic NSCLC. cetuximab, a monoclonal antibody directed against the extracellular domain of the receptor, leads to a moderate survival benefit when associated with standard first-line chemotherapy. Erlotinib, a small EGFR tyrosine-kinase inhibitor molecule is used in 2nd or 3rd treatment line. Predictive factors for efficiency of these new treatments are subjects of intense research, in order to allow a better selection of the patients who could benefit from such a strategy.

L'implication des cellules de type cellules souches cancéreuses dans la résistance aux drogues du neuroblastome

Le neuroblastome (NB), tumeur spécifique de l'enfant, se situe au second rang en terme de¦fréquence des tumeurs solides dans la population pédiatrique (1). Il dérive des cellules¦primitives de la crête neurale, une population de cellules embryonnaires dotées d'une¦capacité de différentiation en une panoplie de tissus très variés, dont le système nerveux¦sympathique (2). Cette origine explique la très grande hétérogénéité du NB, tant du point de¦vue biologique que clinique (3). Malgré un traitement intensif et multimodal (chirurgie,¦chimiothérapie à haute dose, greffe de moelle osseuse et immunothérapie), seuls 30 % des¦patients de haut risque (stade IV) survivent sans rechute. La forte résistance du¦neuroblastome de haut grade aux diverses thérapies est une des causes probable du¦pronostic sombre de cette tumeur. Les thérapies actuelles étant insuffisamment efficaces, il¦est primordial de comprendre les mécanismes impliqués dans le processus de résistance¦afin d'élaborer de nouveaux traitements, mieux ciblés, capables de contrer toute résistance¦(4).¦Il a été démontré que certains cancers, tels que les tumeurs du poumon, du sein, de la¦prostate ou du colon, possédaient des cellules souches cancéreuses (CSCs) (5). Ces¦dernières, définies comme étant une petite sous-population de cellules malignes, jouent un¦rôle prépondérant dans l'initiation et la progression tumorale. Elles partagent certaines¦propriétés avec les cellules souches physiologiques, telles que la capacité d'autorenouvellement,¦un potentiel de prolifération indéfini, une dépendance à un¦microenvironnement spécifique, une faculté de pluripotence et une résistance accrue aux¦drogues (6). Ce modèle de CSCs a également été étudié pour le NB (7), permettant ainsi¦d'avancer l'hypothèse selon laquelle cette population de CSCs serait responsable de la¦résistance aux chimiothérapies des cellules tumorales du NB.¦Afin de tenter d'éclaircir le caractère résistant aux drogues des CSCs du NB, nous avons¦sélectionné des sous-populations cellulaires résistantes, en traitant par divers agents¦cytotoxiques (cisplatine, doxorubicine, rapamycine et vincristine) cinq lignées différentes de¦neuroblastes. Dans le but d'établir un potentiel enrichissement en CSCs au sein de ces¦sous-populations par rapport aux populations contrôles non traitées, nous avons testé leurs¦fonctions d'auto-renouvellement et de clonogénicité. Ces propriétés ont été respectivement¦mises en évidence par la capacité des cellules à former des sphères de plusieurs¦générations dans des conditions de culture inhibant l'adhésion cellulaire et par la mesure de¦la croissance cellulaire en milieu semi-solide (soft agar assay). Une analyse d'expression¦génique effectuée préalablement par microarray (Human Genome U133Plus 2.0 Affymetrix¦GeneChip oligonucleotide) dans le laboratoire avait révélé une liste de gènes surexprimés¦dans les CSCs, dont fait partie mdr1 (8). Ce gène code la protéine de transport Pgp (Pglycoprotein),¦impliquée dans le mécanisme de résistance (9,10). Une étude par cytométrie¦en flux de l'expression de MDR1 dans nos diverses populations a également été réalisée¦afin de mettre en évidence une potentielle surexpression de ce gène au sein des cellules¦résistantes aux chimiothérapies.

Computational and statistical analysis of copy number variants in normal and cancer genomes

AbstractAlthough the genomes from any two human individuals are more than 99.99% identical at the sequence level, some structural variation can be observed. Differences between genomes include single nucleotide polymorphism (SNP), inversion and copy number changes (gain or loss of DNA). The latter can range from submicroscopic events (CNVs, at least 1kb in size) to complete chromosomal aneuploidies. Small copy number variations have often no (lethal) consequences to the cell, but a few were associated to disease susceptibility and phenotypic variations. Larger re-arrangements (i.e. complete chromosome gain) are frequently associated with more severe consequences on health such as genomic disorders and cancer. High-throughput technologies like DNA microarrays enable the detection of CNVs in a genome-wide fashion. Since the initial catalogue of CNVs in the human genome in 2006, there has been tremendous interest in CNVs both in the context of population and medical genetics. Understanding CNV patterns within and between human populations is essential to elucidate their possible contribution to disease. But genome analysis is a challenging task; the technology evolves rapidly creating needs for novel, efficient and robust analytical tools which need to be compared with existing ones. Also, while the link between CNV and disease has been established, the relative CNV contribution is not fully understood and the predisposition to disease from CNVs of the general population has not been yet investigated.During my PhD thesis, I worked on several aspects related to CNVs. As l will report in chapter 3, ! was interested in computational methods to detect CNVs from the general population. I had access to the CoLaus dataset, a population-based study with more than 6,000 participants from the Lausanne area. All these individuals were analysed on SNP arrays and extensive clinical information were available. My work explored existing CNV detection methods and I developed a variety of metrics to compare their performance. Since these methods were not producing entirely satisfactory results, I implemented my own method which outperformed two existing methods. I also devised strategies to combine CNVs from different individuals into CNV regions.I was also interested in the clinical impact of CNVs in common disease (chapter 4). Through an international collaboration led by the Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) and the Imperial College London I was involved as a main data analyst in the investigation of a rare deletion at chromosome 16p11 detected in obese patients. Specifically, we compared 8,456 obese patients and 11,856 individuals from the general population and we found that the deletion was accounting for 0.7% of the morbid obesity cases and was absent in healthy non- obese controls. This highlights the importance of rare variants with strong impact and provides new insights in the design of clinical studies to identify the missing heritability in common disease.Furthermore, I was interested in the detection of somatic copy number alterations (SCNA) and their consequences in cancer (chapter 5). This project was a collaboration initiated by the Ludwig Institute for Cancer Research and involved other groups from the Swiss Institute of Bioinformatics, the CHUV and Universities of Lausanne and Geneva. The focus of my work was to identify genes with altered expression levels within somatic copy number alterations (SCNA) in seven metastatic melanoma ceil lines, using CGH and SNP arrays, RNA-seq, and karyotyping. Very few SCNA genes were shared by even two melanoma samples making it difficult to draw any conclusions at the individual gene level. To overcome this limitation, I used a network-guided analysis to determine whether any pathways, defined by amplified or deleted genes, were common among the samples. Six of the melanoma samples were potentially altered in four pathways and five samples harboured copy-number and expression changes in components of six pathways. In total, this approach identified 28 pathways. Validation with two external, large melanoma datasets confirmed all but three of the detected pathways and demonstrated the utility of network-guided approaches for both large and small datasets analysis.RésuméBien que le génome de deux individus soit similaire à plus de 99.99%, des différences de structure peuvent être observées. Ces différences incluent les polymorphismes simples de nucléotides, les inversions et les changements en nombre de copies (gain ou perte d'ADN). Ces derniers varient de petits événements dits sous-microscopiques (moins de 1kb en taille), appelés CNVs (copy number variants) jusqu'à des événements plus large pouvant affecter des chromosomes entiers. Les petites variations sont généralement sans conséquence pour la cellule, toutefois certaines ont été impliquées dans la prédisposition à certaines maladies, et à des variations phénotypiques dans la population générale. Les réarrangements plus grands (par exemple, une copie additionnelle d'un chromosome appelée communément trisomie) ont des répercutions plus grave pour la santé, comme par exemple dans certains syndromes génomiques et dans le cancer. Les technologies à haut-débit telle les puces à ADN permettent la détection de CNVs à l'échelle du génome humain. La cartographie en 2006 des CNV du génome humain, a suscité un fort intérêt en génétique des populations et en génétique médicale. La détection de différences au sein et entre plusieurs populations est un élément clef pour élucider la contribution possible des CNVs dans les maladies. Toutefois l'analyse du génome reste une tâche difficile, la technologie évolue très rapidement créant de nouveaux besoins pour le développement d'outils, l'amélioration des précédents, et la comparaison des différentes méthodes. De plus, si le lien entre CNV et maladie a été établit, leur contribution précise n'est pas encore comprise. De même que les études sur la prédisposition aux maladies par des CNVs détectés dans la population générale n'ont pas encore été réalisées.Pendant mon doctorat, je me suis concentré sur trois axes principaux ayant attrait aux CNV. Dans le chapitre 3, je détaille mes travaux sur les méthodes d'analyses des puces à ADN. J'ai eu accès aux données du projet CoLaus, une étude de la population de Lausanne. Dans cette étude, le génome de plus de 6000 individus a été analysé avec des puces SNP et de nombreuses informations cliniques ont été récoltées. Pendant mes travaux, j'ai utilisé et comparé plusieurs méthodes de détection des CNVs. Les résultats n'étant pas complètement satisfaisant, j'ai implémenté ma propre méthode qui donne de meilleures performances que deux des trois autres méthodes utilisées. Je me suis aussi intéressé aux stratégies pour combiner les CNVs de différents individus en régions.Je me suis aussi intéressé à l'impact clinique des CNVs dans le cas des maladies génétiques communes (chapitre 4). Ce projet fut possible grâce à une étroite collaboration avec le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) et l'Impérial College à Londres. Dans ce projet, j'ai été l'un des analystes principaux et j'ai travaillé sur l'impact clinique d'une délétion rare du chromosome 16p11 présente chez des patients atteints d'obésité. Dans cette collaboration multidisciplinaire, nous avons comparés 8'456 patients atteint d'obésité et 11 '856 individus de la population générale. Nous avons trouvés que la délétion était impliquée dans 0.7% des cas d'obésité morbide et était absente chez les contrôles sains (non-atteint d'obésité). Notre étude illustre l'importance des CNVs rares qui peuvent avoir un impact clinique très important. De plus, ceci permet d'envisager une alternative aux études d'associations pour améliorer notre compréhension de l'étiologie des maladies génétiques communes.Egalement, j'ai travaillé sur la détection d'altérations somatiques en nombres de copies (SCNA) et de leurs conséquences pour le cancer (chapitre 5). Ce projet fut une collaboration initiée par l'Institut Ludwig de Recherche contre le Cancer et impliquant l'Institut Suisse de Bioinformatique, le CHUV et les Universités de Lausanne et Genève. Je me suis concentré sur l'identification de gènes affectés par des SCNAs et avec une sur- ou sous-expression dans des lignées cellulaires dérivées de mélanomes métastatiques. Les données utilisées ont été générées par des puces ADN (CGH et SNP) et du séquençage à haut débit du transcriptome. Mes recherches ont montrées que peu de gènes sont récurrents entre les mélanomes, ce qui rend difficile l'interprétation des résultats. Pour contourner ces limitations, j'ai utilisé une analyse de réseaux pour définir si des réseaux de signalisations enrichis en gènes amplifiés ou perdus, étaient communs aux différents échantillons. En fait, parmi les 28 réseaux détectés, quatre réseaux sont potentiellement dérégulés chez six mélanomes, et six réseaux supplémentaires sont affectés chez cinq mélanomes. La validation de ces résultats avec deux larges jeux de données publiques, a confirmée tous ces réseaux sauf trois. Ceci démontre l'utilité de cette approche pour l'analyse de petits et de larges jeux de données.Résumé grand publicL'avènement de la biologie moléculaire, en particulier ces dix dernières années, a révolutionné la recherche en génétique médicale. Grâce à la disponibilité du génome humain de référence dès 2001, de nouvelles technologies telles que les puces à ADN sont apparues et ont permis d'étudier le génome dans son ensemble avec une résolution dite sous-microscopique jusque-là impossible par les techniques traditionnelles de cytogénétique. Un des exemples les plus importants est l'étude des variations structurales du génome, en particulier l'étude du nombre de copies des gènes. Il était établi dès 1959 avec l'identification de la trisomie 21 par le professeur Jérôme Lejeune que le gain d'un chromosome supplémentaire était à l'origine de syndrome génétique avec des répercussions graves pour la santé du patient. Ces observations ont également été réalisées en oncologie sur les cellules cancéreuses qui accumulent fréquemment des aberrations en nombre de copies (telles que la perte ou le gain d'un ou plusieurs chromosomes). Dès 2004, plusieurs groupes de recherches ont répertorié des changements en nombre de copies dans des individus provenant de la population générale (c'est-à-dire sans symptômes cliniques visibles). En 2006, le Dr. Richard Redon a établi la première carte de variation en nombre de copies dans la population générale. Ces découvertes ont démontrées que les variations dans le génome était fréquentes et que la plupart d'entre elles étaient bénignes, c'est-à-dire sans conséquence clinique pour la santé de l'individu. Ceci a suscité un très grand intérêt pour comprendre les variations naturelles entre individus mais aussi pour mieux appréhender la prédisposition génétique à certaines maladies.Lors de ma thèse, j'ai développé de nouveaux outils informatiques pour l'analyse de puces à ADN dans le but de cartographier ces variations à l'échelle génomique. J'ai utilisé ces outils pour établir les variations dans la population suisse et je me suis consacré par la suite à l'étude de facteurs pouvant expliquer la prédisposition aux maladies telles que l'obésité. Cette étude en collaboration avec le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois a permis l'identification d'une délétion sur le chromosome 16 expliquant 0.7% des cas d'obésité morbide. Cette étude a plusieurs répercussions. Tout d'abord elle permet d'effectuer le diagnostique chez les enfants à naître afin de déterminer leur prédisposition à l'obésité. Ensuite ce locus implique une vingtaine de gènes. Ceci permet de formuler de nouvelles hypothèses de travail et d'orienter la recherche afin d'améliorer notre compréhension de la maladie et l'espoir de découvrir un nouveau traitement Enfin notre étude fournit une alternative aux études d'association génétique qui n'ont eu jusqu'à présent qu'un succès mitigé.Dans la dernière partie de ma thèse, je me suis intéressé à l'analyse des aberrations en nombre de copies dans le cancer. Mon choix s'est porté sur l'étude de mélanomes, impliqués dans le cancer de la peau. Le mélanome est une tumeur très agressive, elle est responsable de 80% des décès des cancers de la peau et est souvent résistante aux traitements utilisés en oncologie (chimiothérapie, radiothérapie). Dans le cadre d'une collaboration entre l'Institut Ludwig de Recherche contre le Cancer, l'Institut Suisse de Bioinformatique, le CHUV et les universités de Lausanne et Genève, nous avons séquencés l'exome (les gènes) et le transcriptome (l'expression des gènes) de sept mélanomes métastatiques, effectués des analyses du nombre de copies par des puces à ADN et des caryotypes. Mes travaux ont permis le développement de nouvelles méthodes d'analyses adaptées au cancer, d'établir la liste des réseaux de signalisation cellulaire affectés de façon récurrente chez le mélanome et d'identifier deux cibles thérapeutiques potentielles jusqu'alors ignorées dans les cancers de la peau.

Des antisérums dirigés contre l'antigène carcino-embryonnaire (CEA) peuvent induire une lyse spécifique des cellules de carcinome du côlon par des lymphocytes normaux

Antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity (ADCC) against human colon carcinoma cells grown in vitro was demonstrated with two specific rabbit anti-carcinoembryonic antigen (cea) antisera. The same antisera did not lyse the colon carcinoma cells in the presence of complement but without lymphocytes. The normal human lymphocytes in the absence of anti-CEA antiserum had a very low cytotoxic activity during the three hours 51Cr release assay used in this study. Two colon carcinoma cell lines, HT-29 and Co-115, expressing CEA on their surface as demonstrated by immunofluorescence, were significantly lysed in the ADCC test, whereas control tumor cell lines, not expressing CEA, were not affected by the anti-CEA sera and the lymphocytes. The specificity of the reaction was further demonstrated by the inhibition of antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity after the addition of increasing amounts of purified CEA to the antiserum. The absorption of the anti-CEA antisera was controlled by radioimmunoassay. Absorption of the antisera by normal lung extracts and red cells of different blood groups did not decrease the cytotoxicity.

Santé au travail : approche moléculaire pour évaluer le risque de l'exposition aux bioaérosols sur les lieux de travail

RESUME : Dans de nombreux environnements professionnels, des travailleurs sont exposés à des bioaérosols, que ce soit des bactéries, champignons, virus ou fragments de microorganismes. Ces bioaérosols peuvent être responsables de maladies infectieuses (p.ex. légionellose), ou de maladies non infectieuses (touchant principalement les voies respiratoires). Cependant, pour une majorité des bioaérosols, les relations entre une exposition à une certaine dose et les effets sur la santé humaine sont peu connues. Ce manque de connaissances étant dû principalement à une absence de méthodes adéquates permettant de quantifier cette exposition. La real-time quantitative PCR (Q-PCR) est un outil basé sur la quantification du DNA dont le potentiel de quantification des bioaérosols dans des environnements professionnels n'a pas été exploré. Le but de ce travail est de développer une méthode de Q-PCR permettant de quantifier des bioaérosols - en particulier des bactéries - et d'appliquer ces techniques pour des mesures préventives sur les lieux de travail. Dans ce travail, la Q-PCR a été appliquée à 1a quantification de pathogènes, de groupes taxonomiques spécifiques et de la charge bactérienne totale dans des environnements de travail, stations d'épuration et élevages industriels de volailles. Nous avons montré que la Q-PCR : 1) est capable de quantifier des pathogènes difficilement cultivables si ceux-ci sont présents en concentration importante, 2) a le potentiel pour être un outil performant dans l'étude des communautés bactériennes présentes dans l'air d'environnements professionnels, 3) est aussi performante que le comptage total des bactéries par DAPI pour quantifier 1a charge bactérienne totale et est donc une alternative prometteuse aux techniques culture-dépendantes. La Q-PCR pourrait être utilisée afin d'établir des relations doses-réponses pour la charge bactérienne ; soit dans des populations de travailleurs hautement exposés (p.ex. les éleveurs de volailles), soit en exposant des cellules à des concentrations de bioaérosols mesurées par Q-PCR. ABSTRACT : Many workers are exposed to bioaerosols such as bacteria, fungi, viruses or fragments of microorganisms. These bioaerosols can be responsible of infectious (e.g. legionellosis) or non infectious diseases (mainly respiratory symptoms). However, for a majority of them, the relationship between exposure and effects on human health is not clearly established. This is mainly due to the lack of valid quantitative assessment methods. Real-time quantitative PCR (Q-PCR) is a tool based on the quantification of DNA, of which the potential for the quantification of bioaerosols in work environments has not yet been explored. The aim of this work was to develop a Q-PCR method permitting to quantify bioaerosols -mainly bacteria and to apply those techniques in occupational environments. In this work, Q-PCR was applied to the quantification of pathogens, of specific taxonomic groups and of the total bacterial load in two different occupational settings, namely wastewater treatment plants and poultry houses. We showed that Q-PCR : 1) is capable of quantifying difficult to cultivate pathogens; when they are present at high concentrations, 2) has the potential to be a useful tool for studying bacterial communities in the air of work environments, 3) is as efficient as epifluorescence for the quantification of total bacterial load, and is a promising alternative to the culture-dependent methods. Q-PCR could be used to establish doses-responses relationships for bacterial load, either in populations of highly exposed workers such as poultry farmers, or by exposing cells to concentrations of bioaerosols quantified with Q-PCR.

Evolution pondérale des patients au cours du traitement par autogreffe de cellules souches hématopoïétiques

Introduction et But de l'étude. - La transplantation de cellules souches hématopoïétiques est un des traitements proposés dans le cadre de certaines hémopathies malignes. Elle est fréquemment associée à une anorexie, des nausées et des douleurs buccales limitant les ingesta. Chez ces patients, il a été démontré qu'une altération du statut nutritionnel était associée à une durée de séjour hospitalier augmentée. Si l'évolution hospitalière est généralement bien documentée, peu d'informations nutritionnelles sur la période post-greffe sont disponibles. L'objectif de cette étude est de documenter l'évolution pondérale en fonction des différentes phases de traitement.Matériel et Méthodes. - Cette étude rétrospective a porté sur un collectif de patients suivis par la consultation ambulatoire d'onco-hématologie. Ont été inclus tous les dossiers de patients ayant bénéficié d'une autogreffe depuis plus de 100 jours. Les variables démographiques, médicales, nutritionnelles et fonctionnelles ont été recueillies aux périodes suivantes de prise en charge : lors du diagnostic (P1), à l'admission (P2) et à la sortie de l'hôpital lors de l'autogreffe (P3) et au 100e jour post-autogreffe (P4).Résultats. - L'échantillon était composé de 22 hommes et 11 femmes, ayant une moyenne d'âge de 52 ± 11 ans, un BMI moyen de 26,7 ± 4,2 et souffrant de lymphome (49 %), myélome (45 %), maladie de Hodgkin (3 %) ou amyloïdose (3 %). La durée moyenne d'hospitalisation pour l'autogreffe est de 21 ± 4 jours. À P1 et P3, seul 1 patient présentait un BMI < 18,5, et aucun patient aux autres périodes étudiées. Un BMI supérieur à 25 kg/m2 était présent chez 64 % à P1, 67 % à P2, 45 % à P3, 48 % à P4. Trente pour cent des patients perdent plus de 5 % de leur poids entre P1 et P4 dont 80 % sont des hommes. Leur BMI moyen à P1 est de 28,8 ± 3,3 kg/m2 (10 % de normal, 60 % de surpoids et 30 % d'obésité) et à P4 de 26,7 ± 3,1 kg/m2 (30 % de normal, 60 % de surpoids et 10 % d'obésité). Ces patients ont une perte de poids de 2,4 ± 4,5 % entre P1 et P2, de 8,6 ± 4,4 % entre P1 et P3 et de 7,4 ± 1,7 % entre P1 et P4.Durant le séjour hospitalier, les patients perdent en moyenne 5,6 ± 2,9 % de leur poids d'entrée (P2). Les jours qui suivent l'autogreffe50 % des sujets perdent 6 ± 3,5 %, Durant l'hospitalisation, 33 % des patients ont reçu un support nutritionnel. La prescription d'un support nutritionnel est corrélé avec la présence de candidose (r = 0,350 ; p = 0,044).Conclusion. - La majorité de ces patients oncohématologiques traités par autogreffe de cellules souches perdent du poids pendant l'hospitalisation et ceci persiste au 100e jour post-greffe pour 21 % de l'échantillon. Le BMI est élevé au moment du diagnostic et le reste tout au long de la prise en charge. Une étude prospective sur un échantillon plus large pourrait dans le futur permettre de déterminer les facteurs prédictifs d'une perte de poids persistante 3 mois après une autogreffe.