The locus for bovine dilated cardiomyopathy maps to chromosome 18

Bovine dilated cardiomyopathy (BDCMP) is a severe and terminal disease of the heart muscle observed in Holstein-Friesian cattle over the last 30 years. There is strong evidence for an autosomal recessive mode of inheritance for BDCMP. The objective of this study was to genetically map BDCMP, with the ultimate goal of identifying the causative mutation. A whole-genome scan using 199 microsatellite markers and one SNP revealed an assignment of BDCMP to BTA18. Fine-mapping on BTA18 refined the candidate region to the MSBDCMP06-BMS2785 interval. The interval containing the BDCMP locus was confirmed by multipoint linkage analysis using the software loki. The interval is about 6.7 Mb on the bovine genome sequence (Btau 3.1). The corresponding region of HSA19 is very gene-rich and contains roughly 200 genes. Although telomeric of the marker interval, TNNI3 is a possible positional and a functional candidate for BDCMP given its involvement in a human form of dilated cardiomyopathy. Sequence analysis of TNNI3 in cattle revealed no mutation in the coding sequence, but there was a G-to-A transition in intron 6 (AJ842179:c.378+315G>A). The analysis of this SNP using the study's BDCMP pedigree did not conclusively exclude TNNI3 as a candidate gene for BDCMP. Considering the high density of genes on the homologous region of HSA19, further refinement of the interval on BTA18 containing the BDCMP locus is needed.

The bovine dilated cardiomyopathy locus maps to a 1.0-Mb interval on chromosome 18

Cardiomyopathies are myocardial diseases that lead to cardiac dysfunction, heart failure, arrhythmia, and sudden death. In human medicine, cardiomyopathies frequently warrant heart transplantation in children and adults. Bovine dilated cardiomyopathy (BDCMP) is a heart muscle disorder that has been observed during the last 30 years in cattle of Holstein-Friesian origin. In Switzerland BDCMP affects Swiss Fleckvieh and Red Holstein breeds. BDCMP is characterized by a cardiac enlargement with ventricular remodeling and chamber dilatation. The common symptoms in affected animals are subacute subcutaneous edema, congestion of the jugular veins, and tachycardia with gallop rhythm. A cardiomegaly with dilatation and hypertrophy of all heart chambers, myocardial degeneration, and fibrosis are typical postmortem findings. It was shown that all BDCMP cases reported worldwide traced back to a red factor-carrying Holstein-Friesian bull, ABC Reflection Sovereign. An autosomal recessive mode of inheritance was proposed for BDCMP. Recently, the disease locus was mapped to a 6.7-Mb interval MSBDCMP06-BMS2785 on bovine Chr 18 (BTA18). In the present study the BDCMP locus was fine mapped by using a combined strategy of homozygosity mapping and association study. A BAC contig of 2.9 Mb encompassing the crucial interval was constructed to establish the correct marker order on BTA18. We show that the disease locus is located in a gene-rich interval of 1.0 Mb and is flanked by the microsatellite markers DIK3006 and MSBDCMP51.

Arachnomelia in Brown Swiss cattle maps to chromosome 5

Arachnomelia in Brown Swiss cattle is a monogenic autosomal recessive inherited congenital disorder of the skeletal system giving affected calves a spidery look (OMIA ID 000059). Over a period of 20 years 15 cases were sampled in the Swiss and Italian Brown cattle population. Pedigree data revealed that all affected individuals trace back to a single acknowledged carrier founder sire. A genome scan using 240 microsatellites spanning the 29 bovine autosomes showed homozygosity at three adjacent microsatellite markers on bovine Chr 5 in all cases. Linkage analysis confirmed the localization of the arachnomelia mutation in the region of the marker ETH10. Fine-mapping and haplotype analysis using a total of 34 markers in this region refined the critical region of the arachnomelia locus to a 7.19-Mb interval on bovine Chr 5. The disease-associated IBD haplotype was shared by 36 proven carrier animals and allows marker-assisted selection. As the corresponding human and mouse chromosome segments do not contain any clear functional candidate genes for this disorder, the mutation causing arachnomelia in the Brown Swiss cattle might help to identify an unknown gene in bone development.

Landscape mosaics maps as a basis for spatial assessment and negotiation of ecosystem services and their trade-offs at the meso-scale: Examples from Laos, Madagascar and China

Mapping ecosystem services (ES) and their trade-offs is a key requirement for informed decision making for land use planning and management of natural resources that aim to move towards increasing the sustainability of landscapes. The negotiations of the purposes of landscapes and the services they should provide are difficult as there is an increasing number of stakeholders active at different levels with a variety of interests present on one particular landscape.Traditionally, land cover data is at the basis for mapping and spatial monitoring of ecosystem services. In light of complex landscapes it is however questionable whether land cover per se and as a spatial base unit is suitable for monitoring and management at the meso-scale. Often the characteristics of a landscape are defined by prevalence, composition and specific spatial and temporal patterns of different land cover types. The spatial delineation of shifting cultivation agriculture represents a prominent example of a land use system with its different land use intensities that requires alternative methodologies that go beyond the common remote sensing approaches of pixel-based land cover analysis due to the spatial and temporal dynamics of rotating cultivated and fallow fields.Against this background we advocate that adopting a landscape perspective to spatial planning and decision making offers new space for negotiation and collaboration, taking into account the needs of local resource users, and of the global community. For this purpose we introduce landscape mosaicsdefined as new spatial unit describing generalized land use types. Landscape mosaics have allowed us to chart different land use systems and land use intensities and permitted us to delineate changes in these land use systems based on changes of external claims on these landscapes. The underlying idea behindthe landscape mosaics is to use land cover data typically derived from remote sensing data and to analyse and classify spatial patterns of this land cover data using a moving window approach. We developed the landscape mosaics approach in tropical, forest dominated landscapesparticularly shifting cultivation areas and present examples ofour work from northern Laos, eastern Madagascarand Yunnan Province in China.

Impacts of out-migration on land management in mountain areas

INTRODUCTION Out-migration from mountain areas is leaving behind half families and elderly to deal with managing the land alongside daily life challenges. A potential reduction of labour force as well as expertise on cropping practices, maintenance of terraces and irrigation canals, slope stabilization, grazing, forest and other land management practices are further challenged by changing climate conditions and increased environmental threats. An understanding of the resilience of managed land resources in order to enhance adaptation to environmental and socio-economic variability, and evidence of the impact of Sustainable Land Management (SLM) on the mitigation of environmental threats have so far not sufficiently been tackled. The study presented here aims to find out how land management in mountains is being affected by migration in the context of natural hazards and climate change in two study sites, namely Quillacollo District of Bolivia and Panchase area of Western Nepal, and which measures are needed to increase resilience of livelihoods and land management practices. The presentation includes draft results from first field work periods in both sites. A context of high vulnerability According to UNISDR, vulnerability is defined as “the characteristics and circumstances of a community, system or asset that make it susceptible to the damaging effects of a hazard”.Hazards are another threat affecting people’s livelihood in mountainous area. They can be either natural or human induced. Landslides, debris flow and flood are affecting peopleGood land management can significantly reduce occurrence of hazards. In the opposite bad land management or land abandonment can lead to negative consequences on the land, and thus again increase vulnerability of people’s livelihoods. METHODS The study integrates bio-physical and socio-economic data through a case study as well as a mapping approach. From the social sciences, well-tested participatory qualitative methodologies, typically used in Vulnerability and Capacity Analyses, such as semi-structured interviews with so-called ‘key informants’, transect walks, participatory risk and social resource mapping are applied. The bio-physical analysis of the current environmental conditions determining hazards and structural vulnerability are obtained from remote sensing analysis, field work studies, and GIS analysis The assessment of the consequences of migration in the area of origin is linked with a mapping and appraisal of land management practices (www.wocat.net, Schwilch et al., 2011). The WOCAT mapping tool (WOCAT/LADA/DESIRE 2008) allows capturing the major land management practices / technologies, their spread, effectiveness and impact within a selected area. Data drawn from a variety of sources are compiled and harmonised by a team of experts, consisting of land degradation and conservation specialists working in consultation with land users from various backgrounds. The specialists’ and land users’ knowledge is combined with existing datasets and documents (maps, GIS layers, high-resolution satellite images, etc.) in workshops that are designed to build consensus regarding the variables used to assess land degradation and SLM. This process is also referred to as participatory expert assessment or consensus mapping. The WOCAT mapping and SLM documentation methodologies are used together with participatory mapping and other socio-economic data collection (interviews, questionnaires, focus group discussions, expert consultation) to combine information about migration types and land management issues. GIS and other spatial visualization tools (e.g. Google maps) will help to represent and understand these links. FIRST RESULTS Nepal In Nepal, migration is a common strategy to improve the livelihoods. Migrants are mostly men and they migrate to other Asian countries, first to India and then to the Gulf countries. Only a few women are migrating abroad. Women migrate essentially to main Nepali cities when they can afford it. Remittances are used primarily for food and education; however they are hardly used for agricultural purposes. Besides traditional agriculture being maintained, only few new practices are emerging, such as vegetable farming or agroforestry. The land abandonment is a growing consequence of outmigration, resulting in the spreading of invasive species. However, most impacts of migration on land management are not yet clear. Moreover, education is a major concern for the respondents; they want their children having a better education and get better opportunities. Linked to this, unemployment is another major concern of the respondents, which in turn is “solved” through outmigration. Bolivia Migration is a common livelihood strategy in Bolivia. In the area of study, whole families are migrating downward to the cities of the valleys or to other departments of Bolivia, especially to Chapare (tropics) for the coca production and to Santa Cruz. Some young people are migrating abroad, mostly to Argentina. There are few remittances and if those are sent to the families in the mountain areas, then they are mainly used for agriculture purpose. The impacts of migration on land management practices are not clear although there are some important aspects to be underlined. The people who move downward are still using their land and coming back during part of the week to work on it. As a consequence of this multi-residency, there is a tendency to reduce land management work or to change the way the land is used. As in Nepal, education is a very important issue in this area. There is no secondary school, and only one community has a primary school. After the 6th grade students have therefore to go down into the valley towns to study. The lack of basic education is pushing more and more people to move down and to leave the mountains. CONCLUSIONS This study is on-going, more data have to be collected to clearly assess the impacts of out-migration on land management in mountain areas. The first results of the study allow us to present a few interesting findings. The two case studies are very different, however in both areas, young people are not staying anymore in the mountains and leave behind half families and elderly to manage the land. Additionally in both cases education is a major reason for moving out, even though the causes are not always the same. More specifically, in the case of Nepal, the use of remittances underlines the fact that investment in agriculture is not the first choice of a family. In the case of Bolivia, some interesting findings showed that people continue to work on their lands even if they move downward. The further steps of the study will help to explore these interesting issues in more detail. REFERENCES Schwilch G., Bestelmeyer B., Bunning S., Critchley W., Herrick J., Kellner K., Liniger H.P., Nachtergaele F., Ritsema C.J., Schuster B., Tabo R., van Lynden G., Winslow M. 2011. Experiences in Monitoring and Assessment of Sustainable Land Management. Land Degradation & Development 22 (2), 214-225. Doi 10.1002/ldr.1040 WOCAT/LADA/DESIRE 2008. A Questionnaire for Mapping Land Degradation and Sustainable Land Management. Liniger H.P., van Lynden G., Nachtergaele F., Schwilch G. (eds), Centre for Development and Environment, Institute of Geography, University of Berne, Berne

Urban expansion and its impact on urban agriculture – remote sensing based change analysis of Kizinga and Mzinga Valley – Dar Es Salaam, Tanzania

Urban agriculture is a phenomenon that can be observed world-wide, particularly in cities of devel-oping countries. It is contributing significantly to food security and food safety and has sustained livelihood of the urban and peri-urban low income dwellers in developing countries for many years. Population increase due to rural-urban migration and natural, coupled with formal as well as infor-mal urbanization are competing with urban farming for available space and scarce water resources. A multitemporal multisensoral urban change analysis over the period of 25 years (1982-2007) was performed in order to measure and visualize the urban expansion along the Kizinga and Mzinga valley in the South of Dar es Salaam. Airphotos and VHR satellite data were analyzed by using a combination of a composition of anisotropic textural measures and spectral information. The study revealed that unplanned built-up area is expanding continuously and vegetation covers and agricultural lands decline at a fast rate. The validation showed that the overall classification accuracy varied depending on the database. The extracted built-up areas were used for visual in-terpretation mapping purposes and served as information source for another research project. The maps visualize an urban congestion and expansion of nearly 18% of the total analyzed area that had taken place in the Kizinga valley between 1982 and 2007. The same development can be ob-served in the less developed and more remote Mzinga valley between 1981 and 2002. Both areas underwent fast changes where land prices still tend to go up and an influx of people both from rural and urban areas continuously increase density with the consequence of increasing multiple land use interests.

Estructura ocupacional de los microemprendimientos de la producción e industrialización del ajo : Mendoza, Argentina

La importancia de la cadena del ajo en Mendoza, Argentina, radica fundamentalmente en la representatividad de la superficie cultivada (82 % del total nacional), en la participación de la producción local con respecto al país (alrededor del 75 %) y en la potencialidad de abastecer mercados internacionales. Este cultivo, tanto en su fase productiva como en la de industrialización, presenta características aptas para su desarrollo en unidades de explotación pequeñas, generando alta participación de microemprendimientos en ambos subsectores funcionales de la cadena. Dicha situación determina particulares y diferenciales condiciones de inserción laboral de sus participantes en relación con el resto de los sectores de la agricultura provincial, por lo que su estudio ofrece datos de interés sobre el impacto de la actividad en las condiciones socio-económicas de la población participante. El trabajo de investigación se efectuó mediante un método combinado de estrategias cuanti y cualitativas. El primer caso se aplicó para caracterizar el sector de producción primaria, mediante una encuesta realizada a una muestra probabilística, representativa y estratificada según tamaño de la unidad productiva. La técnica cualitativa se aplicó al subsector industrializador, entrevistando a informantes clave. Dadas las posibilidades de colocación del producto en mercados internacionales y la importancia cuantitativa de la participación de microempresarios en la cadena del ajo, se puede advertir una tendencia en crecimiento en los niveles de producción y en la participación de microemprendimientos, a pesar de lo cual las unidades productivas más pequeñas no reciben los beneficios de la tendencia ascendente de la cadena, y desarrollan una estructura ocupacional que presenta indicadores de inestabilidad, fluctuación intertemporal y precariedad, con incidencia en las condiciones generales de vida de la población afectada.

Rendimiento de aceite de colza cultivada bajo riego : Mendoza (Argentina)

En el 2010 será obligatorio cortar en un 5% los combustibles de origen fósil (gasoil y naftas) con biocombustibles (biodiesel y bioetanol). La principal materia prima para elaborar biodiesel son los aceites vegetales. Cada región tiene ventajas comparativas para producir alguna oleaginosa. En Cuyo, una de las limitantes para la producción agrícola es la disponibilidad de agua, fundamentalmente en verano, cuando demandan este recurso los cultivos tradicionales de la región. En este contexto, se estudió el rendimiento del cultivo de colza, oleaginosa de ciclo invernal, en el oasis Norte de la región de Cuyo, con el objetivo de valorar su aptitud para proveer aceite. Se probaron tres cultivares en tres fechas de siembra (abril, mayo y junio), durante los ciclos 2005 y 2006. Las siembras de abril y mayo rindieron más que la de junio y estuvieron asociadas a mayor duración de ciclo del cultivo. No hubo diferencias de porcentaje de aceite de las semillas entre tratamientos, que osciló entre el 48 y 49%. El rendimiento de aceite por ha superó los 1500 kg en las siembras de abril y mayo y estuvo algo por debajo en las de junio.

Comportamiento y clasificación de riesgo freático : Lavalle, Mendoza, Argentina

A partir de la información obtenida de la red georreferenciada de freatímetros se determinó el comportamiento de la profundidad freática en el Departamento Lavalle y en particular en el Distrito Costa de Araujo. Se agruparon las profundidades freáticas en intervalos 0,5 m desde la superficie hasta los 2,5 m. Se calcularon y analizaron las profundidades medias y mínimas de cada freatímetro para la serie 1983-2002 (19 años) y las medias correspondientes a marzo, junio, septiembre y diciembre. Utilizando el software Arc View se representaron gráfica y numéricamente las superficies de terreno para los diferentes intervalos. Con esta información se confeccionaron tablas de intervalos de profundidad freática y en base a ello se calificó el Riesgo Freático en Bajo, Medio y Alto, asumiendo un valor de profundidad mínima admisible de 1,5 m para prácticas de cultivos perennes. Se presenta la discusión referente a la salinidad de las aguas freáticas y su vinculación con la clorosis en vid. Resultados: el 32 y 41% de las superficies del Distrito Costa y Dpto. Lavalle, respectivamente, tienen el nivel freático medio entre 1,5 y 2,0 m de profundidad, resultando el Riesgo Freático Bajo para el Distrito Costa y Medio para el Dpto. Lavalle; septiembre es el mes más crítico con el 43 y 40% de las superficies del Distrito Costa y Dpto. Lavalle, respectivamente, con niveles freáticos medios entre 1,0 y 1,5 m de profundidad, resultando el Riesgo Freático para dicho mes Bajo para el Distrito Costa y Alto para el Dpto. Lavalle; la Subárea Costa posee las mejores condiciones de profundidad freática y edáfica para la agricultura del Departamento Lavalle; la red principal de colectores es insuficiente para producir el abatimiento general de los niveles freáticos del Departamento Lavalle.

Impactos en el agua subterránea de un sistema de efluentes para riego : el Sistema Paramillos (Lavalle, Mendoza, Argentina)

En este trabajo se evalúa el impacto de un sistema de aprovechamiento de efluentes domésticos para riego en la calidad del agua subterránea. Los puntos de muestreo seleccionados son parte de un monitoreo a mayor escala del cual sólo se incluyeron aquellos relacionados con el sistema de la planta depuradora Paramillos, ubicada al Norte del aglomerado Mendoza. Esta planta consiste en una laguna de estabilización facultativa. Los resultados, presentados en gráficos, mapas y tablas, se discuten a partir del comportamiento de tres componentes del sistema hídrico: agua superficial (efluente), agua subterránea del nivel superior del acuífero (freática) y agua subterránea del acuífero profundo (confinado/ semiconfinado) y su interacción con el perfil del suelo. Se concluye que el acuífero profundo no es alcanzado por nitratos ni nitritos productos de la degradación biológica de la materia orgánica del efluente, lo que se atribuye a la capa impermeable subyacente. En el nivel superior o freático, el perfil del suelo remueve parte del N total y P total ingresado, entre el 39 y 90%. La remoción de DBO varía entre 30 y 90% y la remoción de E. coli remanente en efluente es total.

Actualización del relevamiento de suelos irrigados por el río Mendoza (Argentina)

Este trabajo actualiza un relevamiento de suelos del área regada por el río Mendoza (Argentina) cuyo muestreo edáfico -el de mayor intensidad en la zona- y sus análisis se efectuaron en 1974. Con un Sistema de Información Geográfica (SIG) se obtuvo un mapa digital operativo que fijó los límites -o unidades cartográficas- de los suelos, conociendo la precisión de las cartografías realizadas. La información básica sobre el recurso suelo servirá de base para posteriores investigaciones; por ej. su eventual degradación por el recurso hídrico utilizado. Método para establecer las unidades cartográficas del suelo: a) Recuperación digital de 2 475 datos puntuales tabulados. La tabla suministró el identificador de los mismos (id.) y la textura y salinidad de dos capas: 0-25 y 50-80 cm. b) Transferencia cartográfica de los atributos edáficos de la tabla para vincular la cartografía con la base asociada de datos. c) Definición de las unidades cartográficas y la extensión de cada atributo mediante el método de interpolación de los polígonos de Thiessen. d) Limitación de la extensión de la interpolación a una distancia máxima de 178 m, 10 ha. e) Diseño de mapas temáticos definitivos con tabulaciones cruzadas. Dichos mapas, a escala de semi-detalle, fueron previstos para planificaciones y recomendaciones de uso a nivel regional, no parcelario.

Análisis de componentes principales con datos georreferenciados : una aplicación en agricultura de precisión

La utilización de nuevas tecnologías asociadas a la agricultura de precisión permite capturar información de múltiples variables en gran cantidad de sitios georreferenciados dentro de lotes en producción. Las covariaciones espaciales de las propiedades del suelo y el rendimiento del cultivo pueden evaluarse a través del análisis de componentes principales clásico (PCA). No obstante, como otros métodos multivariados descriptivos, el PCA no ha sido desarrollado explícitamente para datos espaciales. Nuevas versiones de análisis multivariado permiten contemplar la autocorrelación espacial entre datos de sitios vecinos. En este trabajo se aplican y comparan los resultados de dos técnicas multivariadas, el PCA y MULTISPATI-PCA. Este último incorpora la información espacial a través del cálculo del índice de Moran entre los datos de un sitio y el dato promedio de sus vecinos. Los resultados mostraron que utilizando MULTISPATI-PCA se detectaron correlaciones entre variables que no fueron detectadas con el PCA. Los mapas de variabilidad espacial construidos a partir de la primera componente de ambas técnicas fueron similares; no así los de la segunda componente debido a cambios en la estructura de co-variación identificada, al corregir la variabilidad por la autocorrelación espacial de los datos. El método MULTISPATI-PCA constituye una herramienta importante para el mapeo de la variabilidad espacial y la identificación de zonas homogéneas dentro de lotes.

Calibración del modelo de Hargreaves para la estimación de la evapotranspiración de referencia en Coronel Dorrego, Argentina

La Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación FAO propone el uso de la ecuación de Penman-Monteith (PM) como el estándar para la estimación de la evapotranspiración de referencia y para la calibración de otras ecuaciones. El principal inconveniente del uso de esta ecuación es que requiere datos que no se tienen en la mayoría de las estaciones. El uso de métodos de cálculos alternativos es usual en la bibliografía. El método de Hargreaves (HG), recomendado por la FAO, es el más usado en la bibliografía cuando sólo se dispone de los datos de temperaturas. El principal objetivo de este trabajo es analizar la posibilidad de calibración y ajuste del método HG en la estación de Coronel Dorrego. Se han comparado los métodos PM y HG, encontrándose una buena correlación entre ambos. Se concluye que el modelo HG es una metodología adecuada, para la zona de Coronel Dorrego y se sugiere la fórmula siguiente: ETo HG = 0,00206⋅Ra⋅(Tmáx-- T mín) 0,49⋅(tm+17,8) mm/día

Análisis bibliométrico de las publicaciones científicas argentinas en la categoría Agriculture, Multidisciplinary de la base de datos Web of Science (1997-2009)

El propósito del trabajo ha sido caracterizar el área de Agriculture, Multidisciplinary en Argentina, revisándose a nivel institucional, a través de la base de datos Web of Science, los trabajos realizados por investigadores en Instituciones argentinas y publicados en revistas internacionales con factor de impacto entre 1997 y 2009. En el contexto de América Latina, se han publicado 7795 trabajos de todos los tipos documentales y 7622 del tipo artículo o revisión en 49 revistas, y a nivel de Argentina se han encontrado 531 artículos o revisiones publicados en 31 revistas, la mayoría en inglés (80,23%), pero también en español (15,25%) y en portugués (4,33%). Por otro lado, se han analizado las Instituciones desde el punto de vista cuantitativo y cualitativo mediante diversos indicadores bibliométricos, como el Factor de Impacto Ponderado, el Factor de Impacto Relativo y la ratio número de citas frente a número de documentos, encontrándose que entre las instituciones más productivas destacan el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas por el número de documentos y el Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos por el Factor de Impacto Ponderado y por la ratio citas frente a documentos. Se observa una escasa colaboración internacional.