Whole genome methylation array analysis reveals new aspects in Balkan endemic nephropathy etiology

Background Balkan endemic nephropathy (BEN) represents a chronic progressive interstitial nephritis in striking correlation with uroepithelial tumours of the upper urinary tract. The disease has endemic distribution in the Danube river regions in several Balkan countries. DNA methylation is a primary epigenetic modification that is involved in major processes such as cancer, genomic imprinting, gene silencing, etc. The significance of CpG island methylation status in normal development, cell differentiation and gene expression is widely recognized, although still stays poorly understood. Methods We performed whole genome DNA methylation array analysis on DNA pool samples from peripheral blood from 159 affected individuals and 170 healthy individuals. This technique allowed us to determine the methylation status of 27 627 CpG islands throughout the whole genome in healthy controls and BEN patients. Thus we obtained the methylation profile of BEN patients from Bulgarian and Serbian endemic regions. Results Using specifically developed software we compared the methylation profiles of BEN patients and corresponding controls and revealed the differently methylated regions. We then compared the DMRs between all patient-control pairs to determine common changes in the epigenetic profiles. SEC61G, IL17RA, HDAC11 proved to be differently methylated throughout all patient-control pairs. The CpG islands of all 3 genes were hypomethylated compared to controls. This suggests that dysregulation of these genes involved in immunological response could be a common mechanism in BEN pathogenesis in both endemic regions and in both genders. Conclusion Our data propose a new hypothesis that immunologic dysregulation has a place in BEN etiopathogenesis. Keywords: Epigenetics; Whole genome array analysis; Balkan endemic nephropathy

Reference list of sources used for two experimental data files dataBSRN and dataMixed

Increasing amounts of data is collected in most areas of research and application. The degree to which this data can be accessed, analyzed, and retrieved, is a decisive in obtaining progress in fields such as scientific research or industrial production. We present a novel methodology supporting content-based retrieval and exploratory search in repositories of multivariate research data. In particular, our methods are able to describe two-dimensional functional dependencies in research data, e.g. the relationship between ination and unemployment in economics. Our basic idea is to use feature vectors based on the goodness-of-fit of a set of regression models to describe the data mathematically. We denote this approach Regressional Features and use it for content-based search and, since our approach motivates an intuitive definition of interestingness, for exploring the most interesting data. We apply our method on considerable real-world research datasets, showing the usefulness of our approach for user-centered access to research data in a Digital Library system.

Accessible interaction solution based on confidence for the deployment of pervasive sensitive services in intelligent environments

Los servicios basados en las Tecnologías de la Información y las Comunicaciones (TIC) están cada vez más presentes en la vida de las personas. El avance de las TIC en términos técnicos y de aceptación social ha dado lugar la creación de nuevos modelos de provisión de servicios. Estos modelos de servicio implican una mayor integración con las actividades de las personas de forma que ya no solo están presentes en su ámbito profesional o de espacio ciudadano sino también en un ámbito más íntimo relacionado con su propia identidad. Así en la actualidad es común encontrar servicios conocedores del estado de salud de las personas, sus hábitos domésticos, su ideología, etc. Por tanto el análisis de los servicios actuales no puede limitarse a una componente técnica sino que es más necesario que nunca la inclusión de aspectos más relacionados con la forma de ser y sentir de sus usuarios. De esta forma no solo se garantizará la corrección técnica de sus funcionalidades sino que también se fomentará la generación de soluciones cívicamente seguras y respetuosas tanto con los derechos como con la forma de ser y sentir de sus usuarios. Desde el punto de vista de ingeniería, la perspectiva del usuario se ha englobado históricamente bajo el concepto de aceptación tecnológica. Dentro de este ámbito se puede interpretar que soluciones respetuosas y adaptadas a los usuarios fomentarán la aceptación por parte de éstos. La aceptación de una solución es algo deseable si bien es difícil de asegurar. Esta dificultad es debida al desconocimiento del número de variables que afectan a la aceptación de soluciones tecnológicas y a la dificultad de optimización de las variables conocidas. En esta tesis doctoral se estudia y caracteriza una de las variables que afecta a la aceptación de los servicios actuales: la confianza. Se define la confianza en términos psicológicos caracterizándola para permitir su uso en los métodos propios de la ingeniería. Además se proponen distintas herramientas que facilitan la optimización de la confianza en servicios cuya complejidad convierte a esta variable en una cuestión básica para mejorar la aceptación. Como contexto de trabajo para la tesis se ha escogido un servicio de salud desplegado en un hogar. Este escenario presenta una serie de restricciones de aceptación relativas a la tecnología utilizada para la creación de los servicios y la forma en que éstos gestionan la información adquirida del usuario. Se trata de servicios altamente sensibles y deslocalizados que pueden afectar a la percepción del usuario sobre el entorno, el hogar, y generar temores o rechazos que impidan su adopción final como solución válida. Una vez definido el marco genérico de trabajo, el objetivo principal de esta tesis doctoral se concreta en contribuir al fomento de la aceptación de nuevos servicios de salud pervasivos y personalizados y su despliegue en entornos inteligentes domésticos mediante un marco de diseño que promueva un estado psicológico de confianza en los usuarios. Para lograr abordar correctamente este objetivo se han proporcionado una serie de resultados tanto a nivel conceptual como tecnológico y experimental. En concreto se ha ofrecido una caracterización completa del sentimiento de confianza desde un punto de vista de ingeniería y una definición del concepto de servicio sensible deslocalizado o pervasivo. Además se ofrece un método para la inclusión del Diseño de Interacción, herramienta muy relacionada con la mejora de las variables de aceptación de tecnología, en los procesos de ingeniería de este tipo de servicios mediante un conjunto de patrones de interacción Persona – Entorno Inteligente. Finalmente se ha proporcionado el desarrollo de una arquitectura software para garantizar el correcto despliegue de estos servicios sensibles pervasivos en espacios inteligentes de una forma confiable. La discusión de los resultados obtenidos sugiere la extensión del modelo a diferentes servicios de la Sociedad de la Información que manejen datos sensibles tanto en el contexto del Hogar Digital como otros contextos donde el usuario realice actividades cotidianas, como los espacios de trabajo o los centros educativos. Las líneas de trabajo futuras contemplan la necesidad inminente de aplicar los resultados a desarrollos en curso, dentro de proyectos de investigación en los que participa el autor así como el desarrollo de nuevas líneas de investigación orientadas a la generación de nuevos espacios y tecnologías de interacción como el Colegio Digital, juguetes del futuro, sistemas de visualización confiables o sistemas de seguridad basados en el estado de las personas.

spotlight europe #2012/07 — Dezember 2012: Die Union gegen die Banken = The Union against the banks

No abstract.

Epigrafía y territorio: las civitates de la Asturia meridional y la Lusitania nororiental

La tesis Epigrafía y territorio: las civitates de la Asturia meridional y la Lusitania nororiental tiene como objetivo analizar contextualmente el hábito epigráfico provincial en un territorio rural. Éste se circunscribe a una región que se extiende por el occidente de Zamora (comarcas de Aliste y Sayago) y el oriente del Distrito de Bragança (concelhos de Miranda do Douro y Mogadouro). Se trata de una zona interfronteriza en la actualidad, que se ha considerado tradicionalmente parte de la civitas más meridional del conventus Asturum, la de los zoelas, y cuyos límites marcarían también las fronteras entre las provincias Lusitania y Citerior, además de las demarcaciones de los conventus Bracarensis, Asturum, Cluniensis y Emeritensis. En este trabajo, a través de una metodología basada en la Arqueología del Paisaje, se integran las diferentes fuentes de información disponibles en un estudio integral y diacrónico del territorio. De esta manera es posible analizar los procesos sociales ocurridos en esta zona desde la conquista romana hasta el final del Alto Imperio. Para ello se parte de una serie de presupuestos iniciales. Fundamentalmente se considera el hábito epigráfico provincial como una herramienta política de autopromoción utilizada por los grupos de poder locales surgidos a partir de la conquista romana. Esta concepción elitista de la epigrafía local parte de la configuración del nuevo sistema social, basado en la desigualdad, impuesto por Roma a las comunidades conquistadas y que se articula a través de la entidad administrativa de referencia: la civitas. Esta nueva organización, que rompe radicalmente con la realidad prerromana local, posibilita la estructuración de un territorio de carácter rural, ajeno al modelo urbano–cívico clásico. Sin embargo, esto no equivale a negar la integración de estas poblaciones en el Imperio, pues la conquista romana supuso un cambio de primer orden en el conjunto de la estructura social y territorial. A partir de un nuevo modelo de datación de las inscripciones propuesto en esta tesis, se puede observar cómo la epigrafía revela unas dinámicas particulares por parte de las aristocracias locales en toda esta zona. Algunos de los centros donde los grupos de poder proyectan su posición a través de la epigrafía durante el siglo I d.C., pasan a un segundo plano a partir de los primeros años del siglo II d.C. Con ello, es posible definir variaciones en los centros de poder, que forman parte de un territorio descentralizado en el que diferentes grupos locales compiten para afianzar y extender su influencia. Precisamente las estelas que se han considerado como características de este populus, el “estilo Picote”, se restringen al área oriental y no se documentan en uno de los principales centros, Castro de Avelãs, el único lugar donde aparece recogido el ordo Zoelarum...