Optimisation de la cryo microscopie électronique pour les études des minicercles d'ADN

RESUME : Bien que les propriétés physiques de la structure de l'ADN aient été intensivement étudiées pendant plus de 50 ans il y a encore beaucoup de questions importantes qui attendent des réponses. Par exemple, qu'arrive-t-il à la structure de la double hélice d'ADN nue (sans protéines liées) lorsqu'elle est fortement courbée, de la même manière que dans les nucléosomes? Cet ADN nu est-il facilement plié (il reste dans le régime élastique) ou réduit-il la contrainte de flexion en formant des sites hyperflexibles «kinks» (il sort du régime élastique en cassant l'empilement des paires de bases à certains endroits) ? La microscopie électronique peut fournir une réponse à cette question par visualisation directe des minicercles d'ADN de la longueur d'un tour de nucléosome (environ 90 paires de bases). Pour que la réponse soit scientifiquement valide, on doit observer les molécules d'ADN lorsqu'elles sont en suspension dans la solution d'intérêt et sans que des colorations, produits chimiques ou fixatifs n'aient été ajoutés, étant donné que ceux-ci peuvent changer les propriétés de l'ADN. La technique de la cryo-microscopie électronique (cryo-EM) développée par le groupe de Jacques Dubochet au début des années 80, permet la visualisation directe des molécules d'ADN suspendues dans des couche minces vitrifiées de solutions aqueuses. Toutefois, le faible contraste qui caractérise la cryo-EM combinée avec la très petite taille des minicercles d'ADN rendent nécessaire l'optimisation de plusieurs étapes, aussi bien dans la préparation des échantillons que dans le processus d'acquisition d'images afin d'obtenir deux clichés stéréo qui permettent la reconstruction 3-D des minicercles d'ADN. Dans la première partie de ma thèse, je décris l'optimisation de certains paramètres pour la cryoEM et des processus d'acquisition d'image utilisant comme objets de test des plasmides et d'autres molécules d'ADN. Dans la deuxième partie, je .décris comment j'ai construit les minicercles d'ADN de 94 bp et comment j'ai introduit des modifications structurelles comme des coupures ou des lacunes. Dans la troisième partie, je décris l'analyse des reconstructions des rninicercles d'ADN. Cette analyse, appuyée par des tests biochimiques, indique fortement que des molécules d'ADN sont capables de former de petites molécules circulaires de 94 bp sans dépasser les limites d'élasticité, indiquant que les minicercles adoptent une forme circulaire régulière où la flexion est redistribuée le long la molécule. ABSTRACT : Although physical properties of DNA structure have been intensively studied for over 50 years there are still many important questions that need to be answered. For example, what happens to protein-free double-stranded DNA when it is strongly bent, as in DNA forming nucleosomes? Is such protein-free DNA smoothly bent (i.e. it remains within elastic limits of DNA rigidity) or does it release its bending stress by forming sharp kinks (i.e. it exits the elastic regime and breaks the stacking between neighbouring base-pairs in localized regions)? Electron microscopy can provide an answer to this question by directly visualizing DNA minicircles that have the size of nucleosome gyres (ca 90 bp). For the answer to be scientifically valid, one needs to observe DNA molecules while they are still suspended in the solution of interest and no staining chemicals or fixatives have been added since these can change the properties of the DNA. CryoEM techniques developed by Jacques Dubochet's group beginning in the 1980's permit direct visualization of DNA molecules suspended in cryo-vitrified layers of aqueous solutions. However, a relatively weak contrast of cryo-EM preparations combined with the very small size of the DNA minicircles made it necessary to optimize many of the steps and parameters of the cryo-EM specimen preparation and image acquisition processes in order to obtain stereo-pairs of images that permit the 3-D reconstruction of the observed DNA minicircles. In the first part of my thesis I describe the optimization of the cryo-EM preparation and the image acquisition processes using plasmid size DNA molecules as a test object. In the second part, I describe how I formed the 94 by DNA minicircles and how I introduced structural modifications like nicks or gaps. In the third part, I describe the cryo-EM analysis of the constructed DNA minicircles. That analysis, supported by biochemical tests, strongly indicates that DNA minicircles as small as 94 by remain within the elastic limits of DNA structure, i.e. the minicircles adopt a regular circular shape where bending is redistributed along the molecules.

Les stratégies politiques et foncières des grands propriétaires fonciers en action : études de cas

Ce cahier présente une analyse comparée de quatre études de cas menées au sein du projet consacré aux stratégies politiques et foncières des grands propriétaires fonciers suisses à l'IDHEAP en 2007-2008. Ces études de cas concernent le complexe immobilier de « La Maladière » à Neuchâtel, le pôle de développement économique du Wankdorf à Berne, le « Centre Boujean » à Bienne ainsi que la place d'armes de Thoune. De chacun de ces cas sont présentés la chronologie des événements, les étapes et régimes du projet, les configurations et stratégies des acteurs, les impacts sur la durabilité ainsi qu'une discussion des résultats à la lumière des hypothèses du projet. L'analyse comparée fait le point des configurations et stratégies des acteurs qui sont ensuite mises en relation avec les régimes institutionnels et la durabilité des usages du sol. L'un des messages principaux est que, aujourd'hui, on ne peut plus séparer l'aménagement du territoire du foncier si l'on veut atteindre les objectifs politiques du développement du territoire. Die vorliegende Publikation enthält eine vergleichende Analyse von vier Fallstudien, die im Rahmen des Projektes zu den Strategien der grossen Grundeigentümer der Schweiz im Bereich der Ausübung ihrer Eigentumsrechte und ihrer Interventionen auf der Ebene der Raumplanung durchgeführt wurden. Sie betreffen den Immobilienkomplex ,,La Maladière" in Neuenburg, den Entwicklungsschwerpunkt Wankdorf in Bern, das ,,Centre Boujean" in Biel und den Waffenplatz Thun. Die Zusammenfassungen der Fallstudien enthalten Angaben zur Chronologie der Ereignisse, zu den verschiedenen Etappen der Projektentwicklung und der entsprechenden Regime, zu den Akteurkonfigurationen und -strategien, zu den Auswirkungen der Projekte auf die nachhaltige Entwicklung sowie eine Diskussion der empirischen Befunde im Lichte der Projekthypothesen. Die vergleichende Analyse nimmt eine Typologie der Akteurkonfigurationen vor und diskutiert deren Folgen für die institutionellen Regime und für die nachhaltige Entwicklung der Ressource Boden. Eines der Hauptergebnisse liegt in der Feststellung, dass sich heute Raumplanung mehr den je mit den Bodeneigentumsverhältnissen befassen muss, um die beabsichtigten politischen Entwicklungsziele zu erreichen.

Le fantastique hante-t-il les études théâtrales ? Histoire et théorie d'une disparition

En France, dans la seconde moitié du XXe siècle, les études sur le fantastique oublient le théâtre. Cet article propose d'abord une brève histoire de la disparition -dans l'histoire littéraire et théâtrale- du théâtre fantastique. Il montre ensuite la correspondance entre cette disparition et l'évolution des théories sur le fantastique. Il explore enfin les modalités et les lieux actuels de hantise du théâtre fantastique, fantôme (provisoire ?) de l'histoire du théâtre.

Théâtre (études et copies). Hamlet, Falstaff, Paroles : d'après Shakespeare / Paul Meurice

Comprend : Hamlet, prince de Danemark : [drame en 10 parties] / en collaboration avec Alexandre Dumas - Falstaff : tiré de Henri IV : [pièce en 7 parties, en vers] : [Paris, Odéon, 2 octobre 1842] / en collaboration avec Auguste Vacquerie - Paroles : tiré de Tout est bien qui finit bien : [pièce en 1 acte, en vers] : [Paris, Odéon, février 1843] / en collaboration avec Auguste Vacquerie