Crassaminicella profunda gen. nov., sp nov., an anaerobic marine bacterium isolated from deep-sea sediments

A novel, anaerobic, chemo-organotrophic bacterium, designated strain Ra1766HT, was isolated from sediments of the Guaymas basin (Gulf of California, Mexico) taken from a depth of 2002 m. Cells were thin, motile, Gram-stain-positive, flexible rods forming terminal endospores. Strain Ra1766H(T) grew at temperatures of 25-45 degrees C (optimum 30 degrees C), pH 6.7-8.1 (optimum 7.5) and in a salinity of 5-60 g l(-1) NaCl (optimum 30 g l(-1)). It was an obligate heterotrophic bacterium fermenting carbohydrates (glucose and mannose) and organic acids (pyruvate and succinate). Casamino acids and amino acids (glutamate, aspartate and glycine) were also fermented. The main end products from glucose fermentation were acetate, butyrate, ethanol, H-2 and CO2. Sulfate, sulfite, thiosulfate, elemental sulfur, fumarate, nitrate, nitrite and Fe(III) were not used as terminal electron acceptors. The predominant cellular fatty acids were C-14 : 0, C-16:1 omega 7, C-16:1 omega 7 DMA and C-16:0. The main polar lipids consisted of phosphatidylglycerol, diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine and phospholipids. The G +C content of the genomic DNA was 33.7 molo/o. Phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene sequence indicated that strain Ra1766H(T) was affiliated to cluster XI of the order Clostridia les, phylum Firmicutes. The closest phylogenetic relative of Ra1766H(T) was Geosporobacter subterraneus (94.2% 16S rRNA gene sequence similarity). On the basis of phylogenetic inference and phenotypic properties, strain Ra1766H(T) (=DSM 27501(T)=JCM 19377(T)) is proposed to be the type strain of a novel species of a novel genus, named Crassaminicella pro funda.

Ne bis in idem – hallinnollisen sanktion ja rikosoikeudellisen rangaistuksen välisessä suhteessa erityisesti Euroopan ihmisoikeustuomioistuimen oikeuskäytännön valossa

Käsittelen työssäni ne bis in idem- periaatetta, joka tarkoittaa ei kahdesti samassa asiassa. Kyse on kaksoisrangaistavuuden estämisestä. Periaate liittyy keskeisesti Euroopan ihmisoikeussopimuksen seitsemännen lisäpöytäkirjan 4 artiklaan. Periaatteen oikeutus on perinteisesti nähty siinä, että se antaa turvaa yksilölle viranomaisten mielivaltaa vastaan. Henkilöä, joka on jo kertaalleen tuomittu tai vapautettu syytteestä, ei voida asettaa tuomioistuimessa uudelleen syytteeseen samasta teosta. Periaate on ollut kansallisessa keskustelussa esillä siksi, koska on ilmennyt, ettei kaksijakoinen järjestelmämme erityisesti veroasioissa ole Euroopan ihmisoikeussopimuksen näkökulmasta ongelmaton. Esille on noussut erityisesti kysymys hallinnollisen seuraamuksen vaikutuksesta rikosoikeudellisen rangaistuksen määräämiseen. Ihmisoikeustuomioistuin on ratkaisukäytännössään muodostanut tulkintalinjan, joka poikkeaa kansallisesta oikeuskäytännöstämme. Ihmisoikeustuomioistuimen laaja tulkinta siitä, minkälaisia asioita pidetään rikosasioina arvioitaessa, onko henkilöä vastaan ryhdytty rikosperusteisiin toimiin kahdesti (bis), yhdistettynä laajaan tulkintaan asioiden samuudesta (idem) on aiheuttanut ongelmia nykyisessä seuraamusjärjestelmässämme. Tämän tutkielman tarkoitus on selvittää ne bis in idem – periaatteen sisältöä ja merkitystä. Kirjoituksessa pyritään esittelemään ja analysoimaan Euroopan ihmisoikeustuomioistuimen ne bis in idem- periaatteen tulkintakäytännön aiheuttamia jännitteitä. Aihe ei ole lainkaan niin yksiselitteinen kuin ensi näkemältä vaikuttaa ja arviointi on hyvinkin hankalaa erilaisten tilanteiden paljoudesta sekä lukuisista arvioinnin osatekijöistä johtuen. Raja hallinnollisen sanktion ja rikosoikeudelliseksi rangaistukseksi katsotun hallinnollisen seuraamuksen välillä on häilyvä ja vaikeasti rajattavissa.

Colletotrichum species in Australia

Forty-four species of Colletotrichum are confirmed as present in Australia based on DNA sequencing analyses. Many of these species were identified directly as a result of two workshops organised by the Subcommittee on Plant Health Diagnostics in Australia in 2015 that covered morphological and molecular approaches to identification of Colletotrichum. There are several other species of Colletotrichum reported from Australia that remain to be substantiated by DNA sequence-based methods. This body of work aims to provide a basis from which to critically examine a number of isolates of Colletotrichum deposited in Australian culture collections.

Lukion pitkä matematiikka ja wxMaxima

Tässä tutkielmassa tutkitaan lukion pitkän matematiikan pakollisia kursseja ja on keskitytty juuri sellaisiin matematiikan alueisiin, joita voi ratkaista wxMaximan avulla. Tutkielmassa ei ollenkaan opeteta wxMaximan käyttöä, mutta ohessa on kirjoittajan tekemä kandin työ, wxMaximan pikaopas, jossa neuvotaan wxMaximan käyttöä. Tutkielmasta on kuitenkin jätetty pois geometrian, trigonometrian ja vektorien osuudet, koska kolmioita ja vektoreita on hankala piirtää wxMaximan avulla. Näin ollen myös trigonometriset laskut on jätetty pois raja-arvon, derivaatan ja integraalin yhteydestä. Tutkielmasta on jätetty pois myös lukujonot, lukuteoria ja todistaminen. Sen sijaan tutkielmaan on otettu pitkän matematiikan syventävistä kursseista puolisuunnikassääntö, Newtonin menetelmä ja laajennettu raja-arvon sekä integraalin osa-alueita. Ekstra asiaa kohdissa käsitellään asioita, jotka ovat kokonaan lukion pitkän matematiikan kurssien opetuksen ulkopuolella. Tutkielman toisessa luvussa kerrotaan, mitä lukion opetussuunnitelman perusteet eli OPSin (2015) kurssien sisältöjä, tutkielman luvat vastaavat. Kurssien OPS (2015) tavoitteissa kerrotaan vain se osuus OPSin kurssien sisällöistä, joita tässä tutkielmassa käsitellään. Mukaan on laadittu myös tuntisuunnitelma, kuinka monta tuntia mihinkin lukuun voisi käyttää aikaa, jos tutkielmaa käytettäisiin pitkän matematiikan kertauskurssina lukiossa. Tutkielman lopussa on kaikkiin tehtäviin vastaukset. Ensin löytyy pelkät loppuvastaukset ja sitten on täydelliset vastaukset, jotka on tehty wxMaximalla. Varmaan moniin laskuihin löytyisi toinenkin tapa ratkaista ne. Tällaisen tutkielman tekeminen on ajan kohtainen, sillä vuonna 2019 matematiikan yo-kirjoitukset muuttuvat sähköiseen muotoon. wxMaxima on valittu juuri yhdeksi ohjelmaksi, jota voi käyttää sähköisissä kirjoituksissa.

Ihmisen papilloomaviruksen serologinen diagnostiikka kahdella eri menetelmällä mitattuna

Ihmisen papilloomavirus (HPV) on pieni kaksisäikeinen DNA-virus, joka infektoi erilaistumiseen kykeneviä ihon ja limakalvon epiteelisoluja. Virus leviää sukupuoliyhdynnän välityksellä, mutta sillä on myös muita leviämistapoja. HPV-infektio voi aiheuttaa syöpää genitaalialueiden lisäksi esimerkiksi pään ja kaulan alueella. Tutkimukseni tavoitteena oli selvittää uuden lateral flow –menetelmään perustuvan Prevo-Check-pikatestin (Abviris, Hünfelden, Saksa) herkkyyttä HPV16-vasta-aineiden osoittamiseksi seerumista. Prevo-Check-testi tehdään sormenpäästä otetusta veripisarasta tai seeruminäytteestä. Tutkimuksessa vertasin Prevo-Check-testituloksia aikaisemmin Luminex-pohjaisella menetelmällä saatuihin tuloksiin. Testit perustuvat HPV16L1-proteiinin vasta-aineiden osoittamiseen, mutta niissä käytetyt antigeenit ovat erilaisia. Luminex-menetelmässä tulokset ilmoitettiin keskifluoresenssi-intensiteettinä (MFI), ja raja positiiviselle näytteelle asetettiin arvolle 400 MFI. Prevo-Check-tulokset analysoitiin testitikun värireaktion perusteella. Tutkimusaineistona käytettiin seeruminäytteitä 34 miehestä, jotka olivat osallistuneet suomalaiseen HPV-infektion tartuntatapoja ja luonnollista taudinkulkua selvittävään tutkimukseen (HUPA). Tutkimukseeni valitut seeruminäytteet olivat Luminex-menetelmän perusteella joko pysyvästi HPV16-seropositiivisia tai juuri HPV-serokonvertoituneita. Näytteitä oli yhteensä 40. Jokainen testattiin kuudella eri näytevolyymilla. Prevo-Check-testi antoi positiivisen tuloksen vain noin 15 %:sta Luminex-menetelmällä positiivisiksi diagnosoiduista näytteistä. Näytteet, joista todettiin korkeat HPV-vasta-ainetiitterit Luminex-menetelmällä (MFI >1500), olivat positiivisia myös Prevo-Check-pikatestillä. Lisäksi Prevo-Check-testi tunnisti positiiviseksi yhden näytteen, jonka MFI oli matala (noin 600). Pieni näytevolyymi ja näytteen pitkä reagointiaika antoivat säännöllisesti negatiivisen Prevo-Check-testituloksen. Prevo-Check-testin herkkyys ei lisääntynyt, vaikka seeruminäytteen volyymi viisinkertaistettiin. Luminex- ja Prevo-Check –menetelmien herkkyyserot johtuvat todennäköisesti antigeeninä käytetyn HPV16L1–proteiinin eri muodoista ja niiden erilaisesta kyvystä sitoutua seerumin HPV-vasta-aineeseen. Lisäksi Prevo-Check-testissä seerumin HPV-vasta-aineiden annetaan sitoutua HPVL1-antigeeniin ennen näytteiden analysointia. Mikäli Prevo-Check-pikatesti osoittaisi seropositiivisuuden ainoastaan kliinisesti relevanteissa infektioissa, eli produktiivisissä ja kroonisissa HPV16-infektioissa, sillä olisi suuri merkitys HPV-tartunnan diagnosoinnissa ja leviämisen ehkäisyssä. Pikatestikäyttö edellyttää kuitenkin menetelmän jatkokehittämistä ja sen herkkyyden lisätutkimusta.

RAIMOUEST : la pêcherie française de raies dans le golfe normand-breton

The landing ban of Raja undulata has raised misunderstanding for French fishermen, particularly for those fishing in the Norman‐Breton gulf (Southeast of ICES Division VIIe) where this species is very abundant. In this context, the RAIMOUEST project was launched as a professional and scientist partnership in order to enhance fisheries data on the main ray species caught in the Norman-Breton Gulf (Raja undulata, Raja brachyura, Raja clavata, Raja montagui and Raja microocellata). The French ray fisheries fleet was identified and a sample of fishermen involved in rays fishing was interviewed. Landings and effort data (logbooks), auctions sales and sampling at sea aboard professional fishing vessels were analysed. This working document presents the current results of this study. The French fleet concerned by ray fishing in the Normand-Breton Gulf in 2012 was composed of 289 vessels, mainly coastal trawlers/dredgers and small length size netters and longliners. R. undulata is the main ray species in this area. This species seems to form a local stock in the Normand-Breton Gulf with some continuity in the Eastern English Channel and the Western part of the Western English Channel. Three ways of analysis were used to provide an indicative level of R. undulata stock: French landings before 2009 were estimated at least at 300 tons in the Western English Channel (VIIe) and 160 tons in the Normand-Breton Gulf; sales at auctions of the Basse-Normandie fleet before 2009 were estimated at 235 tons in the western English Channel and 35 tons in the eastern English Channel (VIId); discards by the French bottom trawl fleet in ICES Division VIIe in 2012 and 2013 were estimated at 750 tons. Information on the spatial distribution of the other ray species in the English Channel was also provided. The coastal localisation of nursery for R. undulata and R. clavata was highlighted.

GenoPopTaille. Moving stock assessment into the future

At the ecosystem level, sustainable exploitation of fisheries resources depends not only on the status of target species but also on that of bycatch species, some of which are even more sensitive to exploitation. This is the case for a number of elasmobranchs (skates, rays and sharks) species whose abundance declined during the 20th century. Further, the biology of elamobranchs is still poorly known and traditional fisheries stock assessment methods using fisheries catches and scientific survey data for estimating abundance are expensive or even inapplicable due to the small numbers observed. The GenoPopTaille project attempts to apply to the case of the thornback ray (Raja clavata) recent genetic-based methods for absolute population abundance estimation as well as characterizing its genetic diversity and population structure in the Northeast Atlantic. The poster will present the objectives, challenges and progress made so far by the project.

Anatomical, histochemical and immunohistochemical characterization of the outflow tract of ray hearts (Rajiformes; Chondrichthyes)

Recent work has shown that the cardiac outflow tract of sharks and chimaeras does not consist of a single myocardial component, the conus arteriosus, as classically accepted, but two, namely, the myocardial conus arteriosus and the non-myocardial bulbus arteriosus. However, the anatomical composition of the outflow tract of the batoid hearts remains unknown. The present study was designed to fill this gap. The material examined consisted of hearts of two species of rays, namely, the Mediterranean starry ray (Raja asterias) and sandy ray (Leucoraja circularis). They were studied using scanning electron microscopy, and histochemical and inmunohistochemical techniques. In both species, the outflow tract consists of two components, proximal and distal with regard to the ventricle. The proximal component is the conus arteriosus; it is characterized by the presence of compact myocardium in its wall and several transverse rows of pocket-shaped valves at its luminal side. Each valve consists of a leaflet and its supporting sinus. Histologically, the leaflet has two fibrosas, inner and outer, and a middle coat, the spongiosa. The distal component lacks myocardium. Its wall consists of smooth muscle cells, elastic fibers and collagen. Thus, it shows an arterial-like structure. However, it differs from the aorta because it is covered by the epicardium and crossed by coronary arteries. These findings indicate that the distal component is morphologically equivalent to the bulbus arteriosus of sharks and chimaeras. In contrast to foregoing descriptions, the valves of the first transverse row are distally anchored to the bulbus arteriosus and not to the ventral aorta. Our findings give added support to the notion that presence of a bulbus arteriosus at the arterial pole of the heart is common to all chondrichtyans, and not an apomorphy of actinopterygians as classically thought.

Jeanettte Wintersonin romaanii The Stone Gods

Tämä tutkielma käsittelee Jeanette Wintersonin romaania The Stone Gods. Tutkielma käyttää keskeisenä teoreettisena kontekstinaan posthumanistisen ajattelua. Wintersonin romaani on science fictionia, se kuvaa erilaisia tulevaisuudenkuvia. Tutkielma ei tarkastele teosta ensisijaisesti tieteiskirjallisuutena, mutta hyödyntää alan tutkimuksen käsitteistöä, erityisesti Darko Suvinin novumin käsitettä teoksen narratiivisen fokuksen paikantamisessa. Teos käsittelee monipuolisesti ihmisyyttä ja ihmisen käsitettä suhteessa niin ei-inhimillisiin eläimiin kuin mekaanisiin entiteetteihin, robotteihin. Teos on vahvasti kriittinen erityisesti valistuksen ajattelua ja rationaalisen ihmissubjektin käsitteitä kohtaan. Tutkielma käsittelee teoksen kuvaamia maailmoja, niiden yhteiskuntia ja ajatusmaailmoja näistä näkökulmista. Keskeiseksi tutkimuskysymykseksi nousee ihmisyyden määrittelyn vaikeus ja kriittistä tarkastelua kestämättömät raja-aidat. Tutkielma toteaa, että teos maalaa kokonaisuudessaan varsin lohduttoman kuvan ihmiskunnan mahdollisuuksista selviytyä ja pitää kiinni elävästä ja hyvinvoivasta planeetasta, mikäli ajattelutapoihin ei tule merkittävää muutosta. The Stone Gods edustaa tieteiskirjallisuuden piirissä “Jos tämä kehitys jatkuu” -tarinoiden perinnettä. Vaikka teksti on paljon tämän päivän tieteen ulottumattomissa olevia tai jopa mahdottomia asioita, antaa teos välineitä myös tämän päivän ongelmien käsittelyyn.

Aplicación de la escala de ripasa en historias clínicas de pacientes con diagnóstico de apendicitis aguda. Hospital Homero Castanier Crespo de Azogues, enero a diciembre de 2014

Objetivo general: Aplicar la escala RIPASA (Raja Isteri Pengiran Anak Saleha Apendicitis) en las historias clínicas de pacientes con diagnóstico de apendicitis aguda en el Hospital Homero Castanier Crespo, Azogues enero a diciembre de 2014. Metodología: Se realizó un estudio descriptivo - retrospectivo, cuyo universo fueron las historias clínicas de 266 pacientes con diagnóstico de apendicitis aguda del Hospital Homero Castanier en el 2014. Se aplicaron formularios previamente elaborados. Los datos se analizaron con los programas SPSS 15.0 y Excel, utilizando distribuciones de frecuencia y porcentajes. Resultados: Se estudiaron 266 casos de los cuales el 83.5% fueron menores de 40 años; el 53.8% correspondió a mujeres, siendo en menor porcentaje los casos de hombres con 46.2%. Del total de casos estudiados el 94.7% tuvieron diagnóstico macroscópico, y aplicando la escala de RIPASA, alta probabilidad fueron 157 casos con 59% y diagnóstico de apendicitis aguda fueron 73 casos representando el 27.4%. Conclusiones: RIPASA demostró ser una herramienta útil que nos puede facilitar el diagnóstico de apendicitis aguda ya que tiene mayor sensibilidad y especificidad que otras escalas, y en nuestro estudio observamos que el puntaje correspondiente a alta probabilidad y diagnóstico de apendicitis aguda fue 88.49% de los casos con diagnóstico macroscópico. Además observamos que los signos y síntomas investigados variaron en su frecuencia en comparación con otros estudios, demostrando que en ésta patología la clínica es incierta y por lo tanto de difícil diagnóstico, por lo cual utilizar ésta escala ayudaría al diagnóstico certero

Semi-pelagic Longline and Trammel Net Elasmobranch Catches in Southern Portugal: Catch Composition, Catch Rates and Discards

In Portugal, elasmobranch landings have decreased substantially in recent years. In this work, elasmobranch catches in semi-pelagic longlines (1997 and 1998) were compared with those in trammel nets (2000) in the Algarve, southern Portugal areas. In the semi-pelagic longline fi shery, 7 elasmobranch species represented 33.4% (2 185 specimens) of the total fi sh catches. Among the elasmobranch species, the most abundant were Galeus melastomus (63.3%), Etmopterus pusillus (21.7%) and Scyliorhinus canicula (14.2%). Most of these elasmobranchs were discarded (68.3% in total). In the trammel net fi shery, 16 different elasmobranch species represented 4.3% (597 specimens) of total fi sh catches and the most important species were Raja undulata (43.6%) and S. canicula (10.2%). The majority of the elasmobranchs caught in trammel nets had commercial value, and only 5.4% were discarded. In both fi sheries, intra-specifi c catch rates varied with depth. Length-frequency distributions for the only species with relatively high catches in both fi sheries, S. canicula, showed that, in general, trammel nets catch larger specimens and in a narrower length range than do longlines.