Atypical EPO profiles in anti-doping analyses

Résumé : Erythropoietin (EPO) is a glycoprotein hormone endogenously produced by the kidney, whose main physiological role is the stimulation of erythropoiesis. Since the beginning of the nineties, recombinant human EPO (rhEPO), a potent anti-anaemia treatment drug, has been manufactured by pharmaceutical industries. However, the erythropoiesis stimulating power of rhEPO was rapidly misused by unscrupulous athletes in order to improve their performances in endurance sports. Endogenous EPO has the same amino-acid backbone as most of recombinant forms; the molecules however differ through their respective glycosylation patterns. This difference constitutes the basis of the usual EPO screening test (IEF) developed in 2000 and still currently used in all anti-doping laboratories of the world. Nowadays, 3 EPO generations have been commercialized. The fight against EPO abuse is a continuous challenge for anti-doping laboratories. The diversity of recombinant EPO forms and the continuous development of new ones considerably confuse the identification of EPO doping. Several facets of this fight were investigated in this work. One of the limiting aspects of doping agents screening is the availability of positive samples. Therefore, 2nd and 3rd generation EPOS, namely NESP and C.E.R.A., were injected to healthy subjects in the frame of pilot clinical studies. These latter allowed to review the current EPO identification criteria defined by the World Anti-Doping Agency (WADA) in the case of NESP and to validate and implement a new assay targeting C.E.R.A. in human serum. Both studies resulted in the determination of the respective detection windows of NESP and C.E.R.A. in biological fluids. Following that, Dynepo, a 1st generation EPO presenting similarities with the endogenous form, was also in the centre of a similar clinical study. Our work aimed to overcome the actual identification criteria, which are not adapted to Dynpeo, and to propose an alternative pattern classification method based on the discriminant analysis of IEF EPO profiles. This method might be validated for other EPO forms in the future. The detection window of this molecule was also determined. Under particular conditions, confounding effects can complicate the identification of EPO in biological matrices. For example, athletes having performed a strenuous physical effort can excrete modified isoforms of endogenous EPO, making it very similar to some recombinant forms. Such phenomena, called effort urines, were reproduced under controlled conditions and, after characterization of effort EPO, an urinary biochemical marker was proposed to unequivocally identify effort urines. It also happens that EPO analyses fail to detect endogenous levels of EPO. Such profiles were thoroughly investigated and potential causes identified. Natural reasons relying on urine properties and test specificity were underlined, but the possible addition of adulterant agents in urine samples was also considered. Therefore, a simple biochemical assay targeting the suspected substances was set up. Our work was based on the characterization of atypical EPO profiles from different origins. Therefore, 3 EPO molecules representing the 3 generations of the drug and 2 confounding effects confusing the results interpretation were studied. These studies resulted in tangible applications for the laboratory, the best example of which being the C.E.R.A. assay, but also in scientific findings allowing to improve our comprehension of EPO doping in sport.

La comunidad microalgal durante el verano 2006

Estudia los núcleos de fitoplancton frente a Puerto Pizarro, Atico y Quilca y sur de Punta Mendieta.

Sistema de gestión de reservas orientado a instalaciones deportivas

Sistema de back office i aplicació Windows Phone per a la gestió d'instal·lacions esportives i creació de reserves.

Improved coronary artery definition with T2-weighted, free-breathing, three-dimensional coronary MRA.

BACKGROUND: Three-dimensional (3D) navigator-gated and prospectively corrected free-breathing coronary magnetic resonance angiography (MRA) allows for submillimeter image resolution but suffers from poor contrast between coronary blood and myocardium. Data collected over >100 ms/heart beat are also susceptible to bulk cardiac and respiratory motion. To address these problems, we examined the effect of a T2 preparation prepulse (T2prep) for myocardial suppression and a shortened acquisition window on coronary definition. METHODS AND RESULTS: Eight healthy adult subjects and 5 patients with confirmed coronary artery disease (CAD) underwent free-breathing 3D MRA with and without T2prep and with 120- and 60-ms data-acquisition windows. The T2prep resulted in a 123% (P<0. 001) increase in contrast-to-noise ratio (CNR). Coronary edge definition was improved by 33% (P<0.001). Acquisition window shortening from 120 to 60 ms resulted in better vessel definition (11%; P<0.001). Among patients with CAD, there was a good correspondence with disease. CONCLUSIONS: Free-breathing, T2prep, 3D coronary MRA with a shorter acquisition window resulted in improved CNR and better coronary artery definition, allowing the assessment of coronary disease. This approach offers the potential for free-breathing, noninvasive assessment of the major coronary arteries.

Relationship between motion of coronary arteries and diaphragm during free breathing: lessons from real-time MR imaging.

OBJECTIVE: Diaphragmatic navigators are frequently used in free-breathing coronary MR angiography, either to gate or prospectively correct slice position or both. For such approaches, a constant relationship between coronary and diaphragmatic displacement throughout the respiratory cycle is assumed. The purpose of this study was to evaluate the relationship between diaphragmatic and coronary artery motion during free breathing. SUBJECTS AND METHODS: A real-time echoplanar MR imaging sequence was used in 12 healthy volunteers to obtain 30 successive images each (one per cardiac cycle) that included the left main coronary artery and the domes of both hemidiaphragms. The coronary artery and diaphragm positions (relative to isocenter) were determined and analyzed for effective diaphragmatic gating windows of 3, 5, and 7 mm (diaphragmatic excursions of 0-3, 0-5, and 0-7 mm from the end-expiratory position, respectively). RESULTS: Although the mean slope correlating the displacement of the right diaphragm and the left main coronary artery was approximately 0.6 for all diaphragmatic gating windows, we also found great variability among individual volunteers. Linear regression slopes varied from 0.17 to 0.93, and r2 values varied from .04 to .87. CONCLUSION: Wide individual variability exists in the relationship between coronary and diaphragmatic respiratory motion during free breathing. Accordingly, coronary MR angiographic approaches that use diaphragmatic navigator position for prospective slice correction may benefit from patient-specific correction factors. Alternatively, coronary MR angiography may benefit from a more direct assessment of the respiratory displacement of the heart and coronary arteries, using left ventricular navigators.

Regulador de llum controlat per ordinador

RESUM El llum electric és un tipus d’energia amb la que s’il•lumina tot el món i s’utilitza tant per a il•luminar la nit com per a disposar de llum addicional durant el dia. L’energia es pren directament de la xarxa de subministrament elèctric i permet encendre tot tipus de focus i bombetes. Actualment la necessitat de controlar la intensitat lumínica de focus és de gran utilitat i es poden veure exemples en escenaris de teatres, concerts musicals, domòtica bàsica a vivendes, botigues, restaurants, etc. on s’incorporen aparells òptims per aquest control. Aspectes com la programació d’encesa, apagat i intensitat desitjada de focus a una hora convinguda facilita el fet de fer-ho manualment i disposar de més temps propi. L’objectiu principal d’aquest treball és dissenyar i construir un regulador de llum controlat per ordinador capac de regular la intensitat lumínica de 8 focus independentment l’un de l’altre. El control de regulació s’efectua mitjancant un programa informàtic compatible amb ordinadors que incorporin el sistema operatiu Windows i és programable en el temps permetent seleccionar la intensitat desitjada a diferents hores del dia seleccionat. Com a conclusions es pot destacar un estalvi energètic al regular la intensitat dels focus evitant així la permanent connexio a una tensió màxima de 230 VAC i la oportunitat de construir un regulador de llum amb els documents subministrats.

Control d'un sistema de marcatge làser de caixes

RESUM Avui en dia, l’alta competitivitat que existeix al mercat, fa que les empreses hagin d’esprémer al màxim les seves possibilitats per no quedar-se enrere. Un dels processos en que aquest fet hi és més present és el productiu. L’empresa JCM Technologies també engloba aquest camp i és en un dels seus processos productius on aquest projecte pren part. L’objectiu d’aquest projecte final de carrera ha estat desenvolupar un sistema per poder marcar caixes mitjançant un làser de CO2 i un automatisme manipulador de caixes. D’aquesta manera aquest procés productiu té una durada molt inferior a l’antic procés, que consistia en enganxar una etiqueta al lloc on ara és marcat pel làser. Per satisfer els objectius, s’ha creat una aplicació de Windows que per mitjà d’una interfície gràfica, permet a l’usuari realitzar els passos necessaris per fer el marcatge. Primerament es recullen les dades procedents de la comanda; seguidament es seleccionen les que s’han de marcar a les caixes i s’envien al làser mitjançant comunicació sèrie; una vegada aquesta inicialització ha finalitzat correctament, s’engega la seqüència de marcatge de les caixes, que en marcarà la quantitat indicada. Aquest procés de marcatge consisteix en supervisar l’estat en que es troben certes senyals, procedents de l’automatisme i del làser, i depenent d’aquestes generar-ne unes altres. Aconseguint així realitzar el procés de marcatge de cada caixa. Com a conclusions cal dir, que els objectius s’han complert, ja que s’ha aconseguit un procés de marcatge ràpid i robust. També s’ha aconseguit que les parts de configuració de l’aplicació, i de les caixes siguin de fàcil manipulació. Per tant, amb l’acompliment dels objectius d’aquest projecte, aconseguim completar el sistema de marcatge, i permetre que les caixes siguin marcades de forma correcta, ràpida i eficient.

Gestió de pressupostos per a la construcció

En els últims anys el sector de la construcció ha experimentat un creixement exponencial. Aquest creixement ha repercutit sobre molts aspectes: des de la necessitat de tenir més personal a les obres, la implantació d’unes oficines per a poder gestionar la compatibilitat i portar un control sobre les obres fins a la necessitat d’haver de disposar de programes informàtics específics que ajudin a realitzar la feina de la manera més còmode i àgil possible. El projecte que s’ha dut a terme consisteix a cobrir una d’aquestes necessitats, que és la de la gestió dels pressupostos en les diferents obres que els constructors realitzen. Utilitza la base de dades de l’ITEC (institut de Tecnologia de la Construcció de Catalunya) sobre la qual treballen la immensa majoria dels arquitectes quan dissenyen les obres, però també permet entrar les pròpies dades que el constructor vulgui. L’usuari de l’aplicació podrà fer pressupostos per obres de nova construcció, reformes ... agrupant cada una d’elles per capítols. Aquests capítols els podem entendre com les diferents fases a dur a terme, per exemple: la construcció dels fonaments, l’aixecament de les parets o fer la teulada. Dins dels capítols hi trobem les partides, que és un conjunt de materials i hores de feina i maquinària per a dur a terme una part de l’obra, com per exemple seria fer un envà de separació entre habitacions. En aquest cas hi tindríem els diferents materials que necessitaríem, totxanes, morter; les hores de manobre necessàries per aixecar-la, el transport de tot el material fins a l’obra... Tots aquests paràmetres (materials, hores, transport...) s’anomenen articles i van inclosos a dins de les partides. Aquesta aplicació està dissenyada per funcionar en un entorn client/servidor, utilitzant com a servidor un Linux OpenSuse 10.2 i com a clients estacions de treball amb Windows XP, tot i que també podríem utilitzar d’altres versions dels sistemes operatius de Microsoft. L’entorn de desenvolupament utilitzat és el del llenguatge FDS , el qual ja porta integrat un gestor de fitxers que és el que es farà servir.

Programa de gestió per la Pastisseria Mas

En els últims anys, el món de la informàtica ha evolucionat d'una manera inimaginable, tan a nivell de Hardware com de Software. Aquesta evolució ha donat lloc a la creació de moltes empreses dedicades a la programació, on una de les seves principals feines ha estat la realització de programes de gestió d'empreses. Moltes vegades, però, els programes estàndards no poden satisfer el total de les necessitats dels clients, sinó algunes d’aquestes i realitzar un programa personalitzat té un cost elevat. En el cas de la Pastisseria Mas de Navàs, una empresa familiar, per poder realitzar les tasques administratives utilitzen fulls de càlcul, concretament el Microsoft Excel, que permet portar els comptes d'una manera més o menys senzilla, ja que només són necessàries unes nocions bàsiques d'informàtica. El mateix passa amb les dades dels proveïdors, que les guarden en una Base de Dades del tipus Microsoft Access. Una altra de les mancances és el tema dels encàrrecs que es fa de manera manual. Per tant, l’objectiu d’aquest projecte, és realitzar un programa que els hi faciliti la seva activitat. Aquest programa els permetrà gestionar les dades que utilitzen, com la informació sobre els clients, personal, comandes... També s’ha desenvolupat una web que permet obtenir informació sobre les comandes que s’han realitzat. Aquesta aplicació està dissenyada per funcionar en l’entorn Windows XP i s’ha desenvolupat amb el compilador de CodeGear Rad Studio, concretament el C++ Builder 2009. A nivell de base de dades, he utilitzat MySQL i en el cas de la pàgina web, PHP i lamateixa base de dades. L’anàlisi i el disseny ha estat fet en UML.

Programació d'una aplicació gràfica per l'anàlisi de senyals usant LDB (Local Discriminant Bases) i MLDB (Modified LDB)

Tot seguit presentem un entorn per analitzar senyals de tot tipus amb LDB (Local Discriminant Bases) i MLDB (Modified Local Discriminant Bases). Aquest entorn utilitza funcions desenvolupades en el marc d’una tesi en fase de desenvolupament. Per entendre part d’aquestes funcions es requereix un nivell de coneixement avançat de processament de senyals. S’han extret dels treballs realitzats per Naoki Saito [3], que s’han agafat com a punt de partida per la realització de l’algorisme de la tesi doctoral no finalitzada de Jose Antonio Soria. Aquesta interfície desenvolupada accepta la incorporació de nous paquets i funcions. Hem deixat un menú preparat per integrar Sinus IV packet transform i Cosine IV packet transform, tot i que també podem incorporar-n’hi altres. L’aplicació consta de dues interfícies, un Assistent i una interfície principal. També hem creat una finestra per importar i exportar les variables desitjades a diferents entorns. Per fer aquesta aplicació s’han programat tots els elements de les finestres, en lloc d’utilitzar el GUIDE (Graphical User Interface Development Enviroment) de MATLAB, per tal que sigui compatible entre les diferents versions d’aquest programa. En total hem fet 73 funcions en la interfície principal (d’aquestes, 10 pertanyen a la finestra d’importar i exportar) i 23 en la de l’Assistent. En aquest treball només explicarem 6 funcions i les 3 de creació d’aquestes interfícies per no fer-lo excessivament extens. Les funcions que explicarem són les més importants, ja sigui perquè s’utilitzen sovint, perquè, segons la complexitat McCabe, són les més complicades o perquè són necessàries pel processament del senyal. Passem cada entrada de dades per part de l’usuari per funcions que ens detectaran errors en aquesta entrada, com eliminació de zeros o de caràcters que no siguin números, com comprovar que són enters o que estan dins dels límits màxims i mínims que li pertoquen.

Disseny i creació d'un MMORPG

MMORPG són les sigles de Massive Multiplayer Online Role Playing Game: Joc de Rol Multijugador Online Massiu. Els jugadors connecten a un servidor i poden interactuar entre ells en el món virtual que el joc ofereix. Hi pot haver milers d'usuaris connectats simultàniament al mateix món, generant una població i molt d'ambient si el servidor està ben programat, i latència i/o bloquejos si se supera el límit de jugadors simultanis que el servidor suporta. El més atractiu d'aquest tipus de jocs és que dónen la capacitat de jugar amb i/o contra altra gent real. Resulta molt més emocionant veure intel•ligència real dins el joc, sense que tot sigui intel•ligència artificial. A més d'això hi ha el fet de que pràcticament tots aquests jocs són de l'estil Sandbox o sorral, cosa que significa que el jugador és totalment lliure de fer el que vulgui en un món obert, sense haver de seguir una trama lineal. Durant el principi del segon curs vaig començar a investigar una manera de poder jugar a Lineage 2 des de la residència en la que estava aquí a Vic, ja que la seva connexió a Internet tenia un proxy que bloquejava tots els ports excepte HTTP i algunes poques excepcions més, així que no podia connectar al seu servidor per jugar. I aquí vaig topar amb L2JServer, un projecte open source que emula un servidor de Lineage 2. Només instal•lant una base de dades MySQL, el java JDK i extraient uns arxius a una carpeta, ja podies executar el teu propi servidor d'aquest joc. Per entrar-hi només calia enganyar el programa client redirigint la DNS oficial cap a la teva IP utilitzant el fitxer hosts de windows i ja hi podies entrar.

Teclat virtual amb predicció del llenguatge

L'objectiu de la realització d'aquest treball és la creació d'un teclat virtual destinat a ajudar a persones amb mobilitat reduïda, que no poden utilitzar el teclat físic de l'ordinador, a escriure intentant aconseguir una velocitat d'escriptura raonable per a textos de qualsevol mida. Per aconseguir aquesta velocitat d'escriptura raonable s'ha implementat un sistema de predicció del llenguatge que té dos aspectes. D'una banda es prediuen paraules segons la seva freqüència d'ús en un determinat diccionari i, d'altra banda, es prediuen paraules seguint les regles d'escriptura de la gramàtica catalana. Un altre aspecte important era que el programa creat es pogués utilitzar en diferents sistemes operatius ja que només hi havia versions específiques per a cada un d'ells. El programa creat es pot executar en els sistemes operatius Windows XP, Mac OS i Ubuntu Linux. El programa creat pretén ser una base per a posteriors millores i ampliacions en diferents parts del seu conjunt. No obstant això, com a resultat s'ha obtingut un programa que permet escriure raonablement ràpid i permet a l'usuari gestionar diccionaris i els dos tipus de predicció que s'han implementat.

AssociationViewer: a scalable and integrated software tool for visualization of large-scale variation data in genomic context.

SUMMARY: We present a tool designed for visualization of large-scale genetic and genomic data exemplified by results from genome-wide association studies. This software provides an integrated framework to facilitate the interpretation of SNP association studies in genomic context. Gene annotations can be retrieved from Ensembl, linkage disequilibrium data downloaded from HapMap and custom data imported in BED or WIG format. AssociationViewer integrates functionalities that enable the aggregation or intersection of data tracks. It implements an efficient cache system and allows the display of several, very large-scale genomic datasets. AVAILABILITY: The Java code for AssociationViewer is distributed under the GNU General Public Licence and has been tested on Microsoft Windows XP, MacOSX and GNU/Linux operating systems. It is available from the SourceForge repository. This also includes Java webstart, documentation and example datafiles.

Superfícies geomórficas e atributos de Latossolos em uma seqüência Arenítico-Basáltica da região de Jaboticabal (SP)

Em um segmento de vertente com substrato de arenito em contato com basalto, regionalmente muito freqüente, pretendeu-se não só relacionar as superfícies geomórficas com os atributos físicos, químicos e mineralógicos dos Latossolos nelas encontrados, mas também testar métodos geoestatísticos para localização de limites dessas superfícies. Usando critérios geomorfológicos, três superfícies foram identificadas e topograficamente caracterizadas. Os solos foram amostrados, a intervalos regulares de 25 m, na profundidade de 0,6 a 0,8 m (topo do horizonte B), em uma transeção de 1.700 m perfazendo 109 pontos. Nas amostras, foram analisados: densidade de partículas, granulometria, CTC do solo, CTC da argila, Fe total da argila (ataque por H2SO4) e óxidos de Fe "livres" (por dissolução seletiva). A fração argila desferrificada foi analisada por difração de raios X. Com base na estratigrafia e variações do relevo local, foram identificadas e diferenciadas, no campo, três superfícies geomórficas. Analisaram-se também o perfil altimétrico e o modelo de elevação digital do terreno. Observou-se que as três diferentes superfícies estão bem relacionadas com os atributos físicos, químicos e mineralógicos dos seus respectivos solos. Na parte inferior desta vertente, superfície mais recente e sobre basalto, em Latossolo Vermelho eutroférrico típico, foram encontradas as maiores variabilidades da declividade, da argila e de Fe. As variações da inclinação do terreno, quando analisadas sistematicamente pelo "split moving windows dissimilarity analysis" (análise estatística de dissimilaridade, em segmentos móveis), mostraram que este método estatístico pode ser usado para ajudar a localizar os limites entre superfícies geomórficas. As variações dos solos da transeção, e arredores, mostraram-se relacionadas com idade, inclinação do terreno e litologia. O trabalho geomórfico detalhado forneceu importantes informações para subsidiar os trabalhos de levantamento de solos e de pedogênese.