FastEpistasis: a high performance computing solution for quantitative trait epistasis.

Motivation: Genome-wide association studies have become widely used tools to study effects of genetic variants on complex diseases. While it is of great interest to extend existing analysis methods by considering interaction effects between pairs of loci, the large number of possible tests presents a significant computational challenge. The number of computations is further multiplied in the study of gene expression quantitative trait mapping, in which tests are performed for thousands of gene phenotypes simultaneously. Results: We present FastEpistasis, an efficient parallel solution extending the PLINK epistasis module, designed to test for epistasis effects when analyzing continuous phenotypes. Our results show that the algorithm scales with the number of processors and offers a reduction in computation time when several phenotypes are analyzed simultaneously. FastEpistasis is capable of testing the association of a continuous trait with all single nucleotide polymorphism ( SNP) pairs from 500 000 SNPs, totaling 125 billion tests, in a population of 5000 individuals in 29, 4 or 0.5 days using 8, 64 or 512 processors.

Resiliència i èxit escolar en l’alumnat de secundària de procedència estrangera. Diagnòstic i línies d’intervenció

L’estudi realitzat aborda i caracteritza des de l’enfocament de la resiliència com l’alumnat de procedència estrangera s’enfronta a una etapa d’alt risc d’abandonament escolar com és l’Educació Secundària Obligatòria (ESO) –especialment en el segon cicle– i el moment de transició acadèmica cap a la Postobligatòria (PO). En altres paraules, s’analitzen i valoren els mecanismes resilients desplegats per l’alumnat immigrant que donen llum sobre com aconseguir que processos, a priori, qualificats com a problemàtics o dificultosos per aquests grups degut a la seva situació de major vulnerabilitat esdevinguin una xarxa protectora que afavoreixi trajectòries d’èxit escolar. L’emmarcament conceptual des de la resiliència educativa, en general, ha centrat la seva atenció en la capacitat de l’individu per “compensar” certes limitacions amb altres habilitats. Tanmateix, la definició de resiliència a la qual ens hem aferrat té un caire més ecològic i culturalment sensible. És la definició proposada pel Resilience Research Centre (RRC) i encunyada pel seu co-director Michael Ungar: In the context of exposure to significant adversity, resilience is both the capacity of individuals to navigate their way to the psychological, social, cultural, and physical resources that sustain their well-being, and their capacity individually and collectively to negotiate for these resources to be provided in culturally meaningful ways (Ungar, 2012). Entesa d’aquesta manera, la resiliència és un constructe social que identifica els processos i resultats relacionats amb allò que la gent conceptualitza com a “benestar”. Així, es més probable que la resiliència aparegui quan es proporcionin els serveis, suports i recursos que garanteixen el benestar de tots els nens/es des d’una perspectiva que sigui significativa tant per a l’individu, com per la seva família i comunitat...