Projecte OntoTrauma : Definició d'una ontologia d'aprenentatge en l'àrea de cirurgia traumatològica

Aquest treball fa una revisió de les principals tecnologies implicades en la web semàntica i fa ús d'elles per obtenir una base de dades semàntica de coneixement dins del domini de les operacions quirúrgiques traumatològiques.

Ontologia d'aprenentatge en l'àrea de la cirurgia traumatològica

Creació d'una wiki semàntica per l'aprenentatge en l'àrea de la cirurgia traumatològica amb OntoWiki i Semantic MediaWiki.

Developmental and Anatomical Constraints on Vertebrate Genome Evolution

Pendant ma thèse de doctorat, j'ai utilisé des espèces modèles, comme la souris et le poisson-zèbre, pour étudier les facteurs qui affectent l'évolution des gènes et leur expression. Plus précisément, j'ai montré que l'anatomie et le développement sont des facteurs clés à prendre en compte, car ils influencent la vitesse d'évolution de la séquence des gènes, l'impact sur eux de mutations (i.e. la délétion du gène est-elle létale ?), et leur tendance à se dupliquer. Où et quand il est exprimé impose à un gène certaines contraintes ou au contraire lui donne des opportunités d'évoluer. J'ai pu comparer ces tendances aux modèles classiques d'évolution de la morphologie, que l'on pensait auparavant refléter directement les contraintes s'appliquant sur le génome. Nous avons montré que les contraintes entre ces deux niveaux d'organisation ne peuvent pas être transférées simplement : il n'y a pas de lien direct entre la conservation du génotype et celle de phénotypes comme la morphologie. Ce travail a été possible grâce au développement d'outils bioinformatiques. Notamment, j'ai travaillé sur le développement de la base de données Bgee, qui a pour but de comparer l'expression des gènes entre différentes espèces de manière automatique et à large échelle. Cela implique une formalisation de l'anatomie, du développement et de concepts liés à l'homologie grâce à l'utilisation d'ontologies. Une intégration cohérente de données d'expression hétérogènes (puces à ADN, marqueurs de séquence exprimée, hybridations in situ) a aussi été nécessaire. Cette base de données est mise à jour régulièrement et disponible librement. Elle devrait contribuer à étendre les possibilités de comparaison de l'expression des gènes entre espèces pour des études d'évo-devo (évolution du développement) et de génomique. During my PhD, I used model species of vertebrates, such as mouse and zebrafish, to study factors affecting the evolution of genes and their expression. More precisely I have shown that anatomy and development are key factors to take into account, influencing the rate of gene sequence evolution, the impact of mutations (i.e. is the deletion of a gene lethal?), and the propensity of a gene to duplicate. Where and when genes are expressed imposes constraints, or on the contrary leaves them some opportunity to evolve. We analyzed these patterns in relation to classical models of morphological evolution in vertebrates, which were previously thought to directly reflect constraints on the genomes. We showed that the patterns of evolution at these two levels of organization do not translate smoothly: there is no direct link between the conservation of genotype and phenotypes such as morphology. This work was made possible by the development of bioinformatics tools. Notably, I worked on the development of the database Bgee, which aims at comparing gene expression between different species in an automated and large-scale way. This involves the formalization of anatomy, development, and concepts related to homology, through the use of ontologies. A coherent integration of heterogeneous expression data (microarray, expressed sequence tags, in situ hybridizations) is also required. This database is regularly updated and freely available. It should contribute to extend the possibilities for comparison of gene expression between species in evo-devo and genomics studies.

XML i Web Semàntica

En aquest treball es realitza una descripció dels llenguatges que constitueixen la base de la construcció de la Web Semàntica: l'XML, l'RDF i l'OWL. En concret, es realitza un estudi de la base de dades lèxica WordNet. Finalment, es presenta el disseny i la implementació d'una ontologia per representar les relacions lèxiques dels mots del català. A partir d'aquesta ontologia es crea una petita base de dades basada en la temàtica dels animals de companyia. Aquest cas pràctic permet extreure conclusions sobre els avantatges d'introduir metadades en els documents electrònics, i sobre les facilitats que ofereixen les aplicacions actuals pel desenvolupament d'aquest tipus de documents.

Aplicació de la Web Semàntica : Anotació semàntica de pàgines Web

Aquest treball, basant-se en una aplicació concreta d'aquest concepte de web semàntic anomenada anotació semàntica de pàgines web, presenta els conceptes i els elements propis, com ara les ontologies i els llenguatges semàntics, i també un cas pràctic de disseny i desenvolupament d'una ontologia i una anotació semàntica de les pàgines d'un web a partir de l'ontologia creada.

Creació d'una ontologia universal

Aquest treball consisteix en el disseny d'una ontologia universal sobre el domini de l'alimentació. L'ontologia es definirà utilitzant les eines necessàries proposades pel W3C per a la construcció de la web semàntica.

Ontologías Turísticas Geográficas : creación de una ontología sobre rutas turísticas (a Pie o en Bicicleta) por espacios naturales

El turismo es un área en constante crecimiento en la cual, la aparición de las nuevas tecnologías y, fundamentalmente, de Internet, ha tenido un gran impacto en los procedimientos internos de los agentes turísticos y en los métodos de contratación y de búsqueda de información por parte de los usuarios. Por otro lado, la cantidad ingente de información disponible en Internet y el gran desorden existente, provoca la aparición del concepto de Web semántica, una tecnología que dota a las máquinas de un nivel de compresión de la Web suficiente como para hacer de la búsqueda y el acceso a la información una tarea sencilla y natural. Este artículo trata, en primer lugar, de analizar el estado del arte de la Web semántica relacionada con el ámbito del turismo, presentando las ontologías turísticas disponibles en la actualidad para, a continuación, describir el desarrollo de una ontología específica dentro del dominio de las rutas turísticas. Con esta ontología, a través de un ejemplo, se trata de demostrar la utilidad de esta tecnología a la hora de catalogar información relacionada, disponible y dispersa por páginas Web en Internet.

Creació d'un plug-in de Protégé per a podar ontologies

La creació d'una ontologia partint de zero és una feina llarga i feixuga que pot simplificar-se si, partint d'una ontologia més general, es poden podar les parts que no formen part del domini de context. Aquesta memòria té una doble vessant: d'un costat l'estudi de l'estat de l'art de les ontologies (història, aplicacions, línies de treball, etc) i de l'altra l'anàlisi i disseny d'un plug-in en java per a Protégé que implementi l'algorisme de poda.

Ontologías turísticas geográficas

Definición de una ontología que permita representar los aspectos relacionados con el ámbito turístico permitiendo definir la latitud y longitud de la información asociada.

Ontologies geogràfiques turístiques de punts d'interès i documents associats

Aquest document exposa la elaboració del Projecte de fi de carrera "Ontologies Turístiques Geogràfiques", corresponent a l'àrea de XML i Web semàntica dels estudis d'Enginyeria Informàtica de la Universitat Oberta de Catalunya que tracta de la creació d'una ontologia turística geogràfica que permeti etiquetar els fitxers que contenguin informació sobre els punts d'interès per a poder representar els aspectes de l'àmbit turístic.

Implementación de un generador de contenido web semántico con posiciones didácticas de ajedrez

Análisis, diseño y desarrollo de un aplicativo que a partir de un fichero con formato "PGN" genere dos tipos distintos de fichero, el primero será una página HTML con contenido gráfico que represente las posiciones, soluciones y datos complementarios de cada posición, y el segundo fichero contendrá una base de conocimiento en formato OWL, ontología compuesta de clases y propiedades, previamente definidas con Protégé, y de individuos que serán creados dinámicamente a partir de la información contenida en el fichero PGN de entrada.

Ontologies turístiques geogràfiques

En els propers anys, la Web semàntica i les tecnologies que porta associades sembla que constituiran els eixos vertebradors d'una nova manera d'entendre la Xarxa. Aquesta deixarà de ser un mer repositori d'informació per a convertir-se en un ens capaç de generar coneixement per si sol, on màquines i usuaris treballin de manera col·laborativa. En aquest treball s'analitzarà l'evolució que ha sofert el mitjà i el significat d'una Web semàntica, passant per algunes de les tecnologies que hi donen suport. Per a entendre com es confereix significat a l'estructura d'una web, s'estudiaran de manera incremental els diferents llenguatges que permeten construir-la: XML, RDF i OWL. L'estructura conceptual que pren la informació, la representació de la qual és codificada amb els llenguatges mencionats anteriorment, es tractarà tant en un vessant teòric com en un de pràctic. Així, s'analitzarà el concepte i el procés de creació d'una ontologia i, mitjançant el programari Protégé, es crearà una taxonomia adequada en l'àmbit del turisme o lleure de muntanya. Un altre aspecte que s'analitzarà en el document és la nova generació de bases de dades que ha sorgit com a conseqüència del nou suport de la informació, on preval la relació que s'estableix entre les dades per sobre d'aquestes. Així doncs, s'estudiaran les característiques bàsiques de les bases de dades XML natives i es farà una breu introducció als llenguatges de modificació i consulta que suporten. Aquests aspectes s'aplicaran de manera pràctica sobre la base de dades eXist, mitjançant l'ús de les instàncies de l'ontologia creada. Finalment es desenvoluparà una aplicació web que permeti portar a la pràctica algunes de les tecnologies estudiades. El context en què se centrarà el cas pràctic serà el mateix que s'ha representat mitjançant l'ontologia i permetrà comprovar el funcionament d'una web explotada de manera semàntica.

petraCAT

Creació d'una ontologia sobre el món de l'escalada i una aplicació Android per a consultar-la.

TFC: Ontología turística geográfica

Este trabajo muestra una ontología de carácter turístico que relaciona puntos de interés turístico con documentos digitales en Internet. El proyecto también incluye un prototipo de buscador para mostrar el funcionamiento de la ontología

Generación de metadatos semánticos mediante juegos on-line

Actualmente se pretende que los ordenadores puedan entender la semántica de la información que hay en la Web y que sea posible integrar diversas fuentes de información independientemente de la procedencia y formato de éstas, haciendo así una Web Semántica. Uno de los mayores problemas que tiene la Web Semántica es la falta de contenidos semánticos, principalmente debido a la falta de métodos de anotación automáticos existentes. Una forma de resolver este problema se basa en esconder tras aplicaciones que la gente usa diariamente, como los juegos on-line, estos procesos de generación de metadatos semánticos. El objetivo de este proyecto es estudiar diferentes iniciativas que tratan de enmascarar la generación de metadatos semánticos a través de los juegos on-line y el desarrollo de un prototipo de casual game para anotar semánticamente recursos. Se trata de un juego sencillo de pregunta-respuesta, donde dos usuarios concurrentes contestan a preguntas preestablecidas y definidas dentro de una ontología de dominio, obteniendo puntos en aquellas preguntas donde hayan dado la misma respuesta.