Enterococcus faecalis: fatores de virulência relacionados aos processos de natureza endodôntica

O objetivo principal deste estudo foi investigar a interação de 24 cepas de E. faecalis isoladas de infecções endodônticas primárias às proteínas de matriz dentinária, como também a moléculas de matriz presentes em lesões de endocardites. A análise desta interação foi feita através de técnica enzimática, com confirmação pela técnica de fluorescência. Além disto, foi realizada a confirmação do isolamento da espécie E. faecalis, através da técnica de PCR para o gene 16SrRNA e a análise da presença de genes de virulência da referida espécie microbiana para aderência às supostas proteínas de matriz incluindo às de ligação ao colágeno (ace, gelE, esp, agg e efaA). O maior padrão de interação das cepas ocorreu com a fibronectina (83,4%), seguido pelo fibrinogênio (62,5%) e colágeno humano tipo I (52%). Curiosamente, a aderência observada para o colágeno do tipo I, foi de pequena magnitude, quando comparado com a amostra padrão da ATCC 29212. As cepas ATCC 29212, A1, A43 e A68 interagiram com todas as proteínas de matriz utilizadas neste estudo. Um percentual expressivo das cepas testadas apresentou amplificação para efaA (86,9%) e para ace (73,9%). Paralelamente, todas as cepas apresentaram amplificação para gelE e foram negativas para os genes agg e esp. Adicionalmente, não houve correlação entre a detecção dos genes de virulência e a interação às proteínas de matriz, evidenciando que, mesmo com a detecção dos genes nas amostras, se faz necessário avaliar a expressão gênica por qPCR.

O refúgio no direito internacional contemporâneo: entre a segurança nacional e a proteção do indivíduo

O direito internacional dos refugiados constitui um dos mais importantes mecanismos de proteção internacional do indivíduo, sendo objeto de Convenção com alto número de ratificações e de legislação nacional ainda mais protetiva. Não obstante o amplo acervo normativo disponível, desenvolvido para lidar com os desafios impostos pelos frequentes fluxos migracionais que marcaram a primeira metade do século XX, fenômenos recentes tornaram evidente a necessidade de revisão, ainda que parcial, de sua estrutura. Políticas de controle de fronteiras adotadas na Europa levaram ao incremento do fluxo de refugiados entre Estados do Sul. Paralelamente, a transferência de parte do controle para fora das águas territoriais europeias fenômeno observado também no sudeste asiático põe o direito internacional dos refugiados em confronto com a regulamentação do direito do mar. Enquanto isto, o Brasil, por não possuir histórico recente relevante de recebimento de migrantes, enfrenta grande dificuldade para garantir até mesmo o reconhecimento da condição de refugiado. Neste contexto, é imprescindível o enfrentamento de tais problemas, compatibilizando o instituto do refúgio com as necessidades das primeiras décadas do século XXI.

Avaliação da influência do manejo agrícola no uso e cobertura das terras através de ferramentas de geoprocessamento e indicadores de qualidade dos solos na bacia hidrográfica do Córrego da Caçada - Paraty/RJ

A avaliação da qualidade dos solos e a redução da Mata Atlântica tem sido alvo de diversas pesquisas no Brasil e no mundo, principalmente quando estes estão atrelados ao recorte espacial de Unidades de Conservação. No entanto, tem sido difícil para os gestores dessas unidades a avaliação dos impactos ambientais gerados ao longo dos anos nas bacias hidrográficas, principalmente pela falta de investimentos. Esta dissertação teve por objetivo geral avaliar o atual estágio de degradação da bacia hidrográfica do Córrego da Caçada pertencente à Área de Proteção Ambiental Federal de Cairuçu, no município de Paraty RJ, analisando quantitativamente e qualitativamente a redução dos fragmentos de Mata Atlântica e estabelecendo relações com a degradação física e química dos solos dentro e fora dos fragmentos florestais. A metodologia utilizada para a redução ou avanço dos fragmentos de Mata Atlântica baseou-se no uso de fotografias aéreas do ano de 1956 e imagens de satélite de 2012, onde possibilitou a avaliação espaço-temporal do uso e cobertura das terras, através da produção de um mapa temático final. Além disso, foram elaborados mapas temáticos de reconhecimento da área de estudo, como o de hipsometria, de declividade, de orientação e forma das encostas, além da geração de perfis topográficos. Para a avaliação da qualidade física, química e biológica dos solos foram determinadas as curvas de distribuição granulométrica, a densidade relativa dos grãos sólidos e a densidade aparente, porosidade total, os limites de liquidez e plasticidade, a estabilidade dos agregados em água, análises morfológicas, a saturação de bases, a capacidade de troca catiônica (CTC), a saturação por alumínio, fósforo, pH e o carbono orgânico. Para tal, foi realizada a abertura de três perfis, sendo um em área de fragmento florestal e dois em áreas de pasto. O resultado das análises permitiu, segundo a Sociedade Brasileira de Ciência do solo, a classificação de dois tipos de solos na bacia, sendo: Cambissolo Háplico Tb Distrófico Típico em área fragmento florestal e em área de pasto, e um Latossolo Amarelo Tb Distrófico Típico em área de pasto. Os resultados de laboratório mostraram que os solos avaliados têm baixa fertilidade e valores variados nos resultados de física do solo. No entanto, além do histórico de uso do solo caracterizado pelas práticas rudimentares do manejo empregado pelos Caiçaras, o clima predominante na região possibilita um regime pluviométrico anual que passa dos 2.000mm de chuva/ano, caracterizando solos muito lixiviados e pobres quimicamente. Portanto, conclui-se que a relação das propriedades físicas e químicas avaliadas junto ao manejo inadequado ao longo dos anos tem apresentado um cenário de grandes dificuldades para a recuperação florestal na bacia hidrográfica do Córrego da Caçada, o que mostra a importância da avaliação dos impactos ambientais não só pelo recorte de bacias hidrográficas, como contextualizar seu posicionamento dentro de Unidades de Conservação, com legislações e objetivos específicos.

Estudo das características fenotípicas e genotípicas de amostras de Corynebacterium pseudotuberculosis

Uma vez que C. pseudotuberculosis é o agente etiológico de processos infecciosos em animais caprinos e ovinos e que também pode ser isolado de processos infecciosos em seres humanos as investigações direcionadas para a espécie em questão são necessárias, visto que a escassez de dados epidemiológicos e de conhecimento relativo ao comportamento do microrganismo em hospedeiros animais e humanos em nosso país dificulta o diagnóstico laboratorial da espécie, à semelhança do observado com outra espécie de transmissão zoonótica, o C. ulcerans. Uma preocupação adicional é o fato da espécie em questão também ser capaz de albergar bacteriófagos codificadores da toxina diftérica, representando uma ameaça à circulação dos bacteriófagos. Assim, o presente estudo tem como objetivo geral analisar as características fenotípicas e genotípicas de amostras de C. pseudotuberculosis. Neste sentido, foram propostos os seguintes objetivos: Avaliar as características bioquímicas das amostras através de testes bioquímicos convencionais; avaliar as características bioquímicas das amostras utilizando o sistema semi-automatizado API Coryne; diferenciar amostras de C. pseudotuberculosis de C. ulcerans utilizando a técnica de PCR multiplex; pesquisar a presença de gene tox. Os resultados demonstraram que amostras de C. diphtheriae, C. ulcerans e C. pseudotuberculosis podem ser caracterizadas por métodos bioquímicos convencionais e por taxonomia numérica (API Coryne System). C. ulcerans e C. pseudotuberculosis, com potencial de circulação zoonótica, da mesma forma que C. diphtheriae são capazes de albergar o gene da toxina diftérica. A reação m-PCR foi capaz de discernir as amostras de C. diphtheriae, C. ulcerans e C. pseudotuberculosis e ainda definir o potencial das amostras em produzir a toxina diftérica. Os dados enfatizam a necessidade da técnica multiplex PCR para o diagnostico e para o controle de espécies associadas a quadros de difteria em populações humana.

ExoU, uma proteína do sistema de secreção do tipo III de Pseudomonas aeruginosa, induz a secreção de eicosanóides por células epiteliais respiratórias. Papel dos corpúsculos lipídicos neste processo

Para pesquisar o papel de ExoU no desencadeamento de resposta inflamatória nas vias aéreas, células epiteliais respiratórias humanas (CERs) da linhagem BEAS-2B foram tratadas com AA radiomarcado e infectadas com a cepa PA103 de P. aeruginosa, que secreta ExoU, e com os mutantes PA103exoU (com deleção do gene exoU), PA103ΔUT/exoU (com deleção de exoU e complementação com o gene funcional) e PA103UT/S142A (com deleção de exoU e complementação com gene com mutagênese sítio-específica no domínio catalítico da enzima). Após 1 hora, a liberação de AA pelas culturas infectadas com as cepas produtoras de ExoU foi significativamente superior à observada em culturas infectadas pelas cepas não-produtoras ou por células controle. O tratamento das bactérias com MAFP, um inibidor de PLA2, resultou em significativa redução na liberação de AA. Células infectadas pelas cepas PA103 e PA103ΔUT/exoU secretaram PGE2 e LTB4 em concentrações significativamente maiores que as secretadas por células infectadas pelas demais cepas ou não infectadas. O tratamento com o MAFP reduziu significativamente a secreção de PGE2. A análise, por citometria de fluxo, de células infectadas e não infectadas tratadas com anticorpo anti-COX-2 mostrou que o percentual de células infectadas por PA103 marcadas foi significativamente superior ao percentual encontrado em culturas controle. Nenhuma diferença foi observada quanto ao percentual de células marcadas em culturas infectadas por PA103ΔexoU. O tratamento das culturas com NS-398 (um inibidor seletivo de COX-2) resultou na diminuição significativa da concentração de PGE2, secretada por células infectadas com PA103, mas não por células infectadas com PA103ΔexoU ou por células controle. Corpúsculos lipídicos (CLs) são domínios citoplasmáticos ricos em COX-2 e outras enzimas responsáveis pelo metabolismo do AA, sede da produção de eicosanóides. Como células infectadas pelas cepas produtoras de ExoU liberam AA livre, formulamos a hipótese de que a maior produção de eicosanóides por estas células seria dependente da indução do aumento no número dos CLs. No entanto, a análise por citometria de fluxo de células tratadas com uma sonda lipofílica com afinidade com os CLs mostrou que o percentual de células marcadas em culturas infectadas pelas cepas produtoras de ExoU foi significativamente inferior ao percentual em culturas controle ou infectadas pelas outras 2 cepas bacterianas. O tratamento das células com MAFP inibiu significativamente a redução do percentual de células contendo CLs. A análise, por citometria de fluxo, de células controle ou infectadas tratadas simultaneamente com a sonda lipofílica e com o anticorpo anti-PGE2, mostrou, em células infectadas com PA103, a redução da mediana da intensidade de marcação com a sonda lipofílica e o aumento da mediana da intensidade de marcação com o anticorpo anti-PGE2. Nossa hipótese é que a presença de ExoU nas células infectadas com a cepa PA103 resulte no metabolismo de glicerofosfolipídios presente nos CLs levando à diminuição da afinidade dos CLs pela sonda lipofílica e à síntese local de PGE2.

An overview of 1000 years of tropical climatic variability from ice cores from the Andes of southern Peru [abstract]

EXTRACT (SEE PDF FOR FULL ABSTRACT): Each summer between 1976 and 1984 research was conducted on the Quelccaya Ice Cap with one central objective, to recover an ice core to bedrock from which an approximate 1000 year climatic history for tropical South America could be reconstructed. In 1983 that central objective was accomplished by recovering one core 155 meters in length containing 1350 years and a second core of 163.6 meters containing more than 1500 years of climatic history. ... The most significant climatic event in tropical South America over the last 1500 years was the "Little Ice Age" which is recorded between 1490 to 1880 A.D. in these ice core records. Records from the summit of the Quelccaya Ice Cap show that during the "Little Ice Age" period there was (1) a general increase in particulates (both insoluble and soluble, starting around 1490 A.D. and ending abruptly in 1880 A.D.; (2) an initial increase in net accumulation (1500-1720 A.D.) followed by a period of decreased net accumulation (1720-1860 A.D.); (3) more negative delta-O-18 values beginning in the 1520's and ending around 1880 A.D. The "Little Ice Age" event is evident as a perturbation in all five ice core parameters.

库布齐沙漠两个不同土地利用类型生态系统呼吸比较研究

陆地生态系统的呼吸作用是全球碳循环的一个主要通量和响应全球变化的一个潜在的重要正反馈机制。研究陆地生态系统的呼吸作用特征及其对生物环境因子的响应具有重要意义。本实验利用涡度相关技术对内蒙古库布齐沙漠两个不同土地利用类型的生态系统（人工种植杨树林和天然的油蒿灌丛）2006年生长季（4-10月）的生态系统呼吸特征进行比较研究，并分析了控制生态系统呼吸（Re）的生物与环境因子。结果表明：在这两种生态系统中Re存在着显著的日变化和季节变化，两个生态系统之间Re也存在着显著差异。Re日平均最大值分别2.0 mol CO2 m-2 s-1和1.7 mol CO2 m-2 s-1，都显著低于其他类似生态系统。杨树林和油蒿灌丛的生态系统Re与空气温度都表现出明显的指数相关关系，温度敏感指数Q10分别为1.11和1.12。两个生态系统的Re都与土壤水分含量呈显著的线性正相关关系，表明库布齐沙漠的生态系统的Re受到了土壤水分条件的限制。杨树林和油蒿灌丛生态系统呼吸Re都与叶面积指数的有线性回归关系，说明叶面积指数对生态系统呼吸有很好的指示作用。 本文还选择了两个生态系统内四种常见的土壤覆盖类型（分别是：杨树林生态系统的沙地SL和低洼地BL;油蒿灌丛生态系统的灌丛间BS和灌丛内WS），利用动态密闭气室测定了5-9月土壤呼吸的季节动态以及植株尺度的小尺度空间异质性。结果表明：1）不同土壤覆盖类型的土壤呼吸存在着很大的差异，其中低洼地BL和沙地SL分别有着最大和最小值，灌丛内WS的土壤呼吸要明显高于灌丛外BS。根生物量是导致它们之间差异的主要原因。2）土壤呼吸与土壤含水量之间的线性关系表明，土壤水分是两个生态系统土壤呼吸的限制因子。3）两个生态系统土壤呼吸存在着明显的小尺度差异，在靠近植株（0.5m内）地方的土壤呼吸的值明显高于距植株0.5m外的值，而0.5m外的土壤呼吸没有显著差异。小尺度土壤呼吸与根生物量之间明显的线性关系，说明根生物量是导致小尺度土壤呼吸差异的原因。本实验对沙漠生态系统的土壤呼吸和生态系统呼吸特征及其影响因子的研究，对准确的估计这一地区的碳收支有很大的帮助，为深入的理解干旱半干旱地区的生态系统碳循环提供了有价值的信息。

赤麂Sty基因的定位及Y染色体的鉴别

应用流式细胞仪分离赤麂的1，Yl，Y2染色体，通过简并寡核苷酸引物聚合 酶链武反应(DOP-PCR)增加模板数量．用人的性别决定基因HMG框内设计1对引 物进行PCR扩增．在雄性赤麂Y2染色体DOP-PCR产物中扩增出与人SRY基因同源 的Sly基因片段，经克隆测序后，初步证明赤麂Y2染色体是真正的Y染色体，同时对 赤麂s珂基因进行了初步定位．

Bayesian estimation of simultaneous musical notes based on frequency domain modelling

This paper proposes a Bayesian method for polyphonic music description. The method first divides an input audio signal into a series of sections called snapshots, and then estimates parameters such as fundamental frequencies and amplitudes of the notes contained in each snapshot. The parameter estimation process is based on a frequency domain modelling and Gibbs sampling. Experimental results obtained from audio signals of test note patterns are encouraging; the accuracy is better than 80% for the estimation of fundamental frequencies in terms of semitones and instrument names when the number of simultaneous notes is two.

Factor analysis based VTS and JUD noise estimation and compensation

Model based compensation schemes are a powerful approach for noise robust speech recognition. Recently there have been a number of investigations into adaptive training, and estimating the noise models used for model adaptation. This paper examines the use of EM-based schemes for both canonical models and noise estimation, including discriminative adaptive training. One issue that arises when estimating the noise model is a mismatch between the noise estimation approximation and final model compensation scheme. This paper proposes FA-style compensation where this mismatch is eliminated, though at the expense of a sensitivity to the initial noise estimates. EM-based discriminative adaptive training is evaluated on in-car and Aurora4 tasks. FA-style compensation is then evaluated in an incremental mode on the in-car task. © 2011 IEEE.

Speaker and noise factorisation on the AURORA4 task

For many realistic scenarios, there are multiple factors that affect the clean speech signal. In this work approaches to handling two such factors, speaker and background noise differences, simultaneously are described. A new adaptation scheme is proposed. Here the acoustic models are first adapted to the target speaker via an MLLR transform. This is followed by adaptation to the target noise environment via model-based vector Taylor series (VTS) compensation. These speaker and noise transforms are jointly estimated, using maximum likelihood. Experiments on the AURORA4 task demonstrate that this adaptation scheme provides improved performance over VTS-based noise adaptation. In addition, this framework enables the speech and noise to be factorised, allowing the speaker transform estimated in one noise condition to be successfully used in a different noise condition. © 2011 IEEE.