Analysis of a Local HIV-1 Epidemic in Portugal Highlights Established Transmission of non-B and -G Subtypes

Existing data supports Portugal as the Western Europe country with highest HIV-1 subtype diversity. However, detailed phylogenetic studies of Portuguese HIV-1 epidemics are still scarce. Thus, our main goal was to analyze the phylodynamics of a local HIV-1 infection in the Portuguese region of Minho. Molecular epidemiological analysis was applied to data from 289 HIV-1 infected individuals followed in the reference Hospital of the province of Minho, Portugal, in which isolated viruses had been sequenced between 2000 and 2012. Viruses of the G (29.1%) and B (27.0%) subtypes were the most frequent, followed by recombinant forms (17.6%), C (14.5%), F1 (7.3%) and A1 (4.2%) subtypes. Multinomial logistic regression revealed that the odds of being infected with A1 and F1 subtype increased over the years when compared with B, G, C or recombinant viruses. As expected, polyphyletic patterns suggesting multiple and old introductions of subtypes B and G were found. However, transmission clusters of non-B and -G viruses among native individuals were also found with the dates of the most recent common ancestor estimated to the early 2000s. Our study supports that the HIV-1 subtype diversity in the Portuguese region of Minho is high and has been increasing in a manner that is apparently driven by factors other than immigration and international travel. Infections with A1 and F1 viruses in the region of Minho are becoming established and were mainly found in sexually transmitted clusters, reinforcing the need for more efficacious control measures targeting this infection route.

Patterns of Mycobacterium tuberculosis-complex excretion and characterization of super-shedders in naturally-infected wild boar and red deer

Wild boar (Sus scrofa) and red deer (Cervus elaphus) are the main maintenance hosts for bovine tuberculosis (bTB) in continental Europe. Understanding Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) excretion routes is crucial to define strategies to control bTB in free-ranging populations, nevertheless available information is scarce. Aiming at filling this gap, four different MTC excretion routes (oronasal, bronchial-alveolar, fecal and urinary) were investigated by molecular methods in naturally infected hunter-harvested wild boar and red deer. In addition MTC concentrations were estimated by the Most Probable Number method. MTC DNA was amplified in all types of excretion routes. MTC DNA was amplified in at least one excretion route from 83.0% (CI95 70.8-90.8) of wild ungulates with bTB-like lesions. Oronasal or bronchial-alveolar shedding were detected with higher frequency than fecal shedding (p < 0.001). The majority of shedders yielded MTC concentrations <10(3) CFU/g or mL. However, from those ungulates from which oronasal, bronchial-alveolar and fecal samples were available, 28.2% of wild boar (CI95 16.6-43.8) and 35.7% of red deer (CI95 16.3-61.2) yielded MTC concentrations >10(3) CFU/g or mL (referred here as super-shedders). Red deer have a significantly higher risk of being super-shedders compared to wild boar (OR = 11.8, CI95 2.3-60.2). The existence of super-shedders among the naturally infected population of wild boar and red deer is thus reported here for the first time and MTC DNA concentrations greater than the minimum infective doses were estimated in excretion samples from both species.

Polychromatism of populations of Corallus hortulanus (Squamata: Boidae) from the southern Amazon Basin, Brazil

The Amazon tree boa Corallus hortulanus is known for featuring a wide variation in color pattern and design markings. Although there are studies on its polychromatism, none of them addresses the geographic variation in the color pattern of this species. The aim of this study was to describe the chromatic variation found in the populations of C. hortulanus from the southern Amazon Basin and its relationship with geographic distribution of the species. Analysis of both design markings and color patterns on 112 C. hortulanus specimens from the southern Amazon Basin interfluves resulted in the identification of six distinct morphotypes. Grayish-brown coloration and elongated diamond-shaped patterns were the most frequent patterns. Two morphotypes showed a tendency of correlation with the geographical distribution of those species found in Madeira and Juruá Rivers. The small sample size does not allow for a robust conclusion on the possible cause of geographic variation. The distribution of morphological patterns of C. hortullanus in the Amazon Basin suggest that there is gene flow between populations, regardless of geographical distance and natural barriers. The variation in color pattern and markings may represent a phenotypic response to the characteristics of different habitats occupied by the species.

Echocardiographic assessment of the different left ventricular geometric patterns in hypertensive patients

OBJECTIVE: To identiy left ventricular geometric patterns in hypertensive patients on echocardiography, and to correlate those patterns with casual blood pressure measurements and with the parameters obtained on a 24-hour ambulatory blood pressure monitoring. METHODS: We studied sixty hypertensive patients, grouped according to the Joint National Committee stages of hypertension.. Using the single- and two-dimensional Doppler Echocardiography, we analyzed the left ventricular mass and the geometric patterns through the correlation of left ventricular mass index and relative wall thickness. On ambulatory blood pressure monitoring we assessed the means and pressure loads in the different geometric patterns detected on echocardiography RESULTS: We identified three left ventricular geometric patterns: 1) concentric hypertrophy, in 25% of the patients; 2) concentric remodeling, in 25%; and 3) normal geometry, in 50%. Casual systolic blood pressure was higher in the group with concentric hypertrophy than in the other groups (p=0.001). Mean systolic pressure in the 24h, daytime and nighttime periods was also higher in patients with concentric hypertrophy, as compared to the other groups (p=0.003, p=0.004 and p=0.007). Daytime systolic load and nighttime diastolic load were higher in patients with concentric hypertrophy ( p=0.004 and p=0.01, respectively). CONCLUSIONS: Left ventricular geometric patterns show significant correlation with casual systolic blood pressure, and with means and pressure loads on ambulatory blood pressure monitoring.

Distribution of cardiac geometric patterns on echocardiography in essential hypertension. Impact of two criteria of stratification

PURPOSE: To evaluate 2 left ventricular mass index (LVMI) normality criteria for the prevalence of left ventricular geometric patterns in a hypertensive population ( HT ) . METHODS: 544 essential hypertensive patients, were evaluated by echocardiography, and different left ventricular hypertrophy criteria were applied: 1 - classic : men - 134 g/m² and women - 110 g/m² ; 2- obtained from the 95th percentil of LVMI from a normotensive population (NT). RESULTS: The prevalence of 4 left ventricular geometric patterns, respectively for criteria 1 and 2, were: normal geometry - 47.7% and 39.3%; concentric remodelying - 25.4% and 14.3%; concentric hypertrophy - 18.4% and 27.7% and excentric hypertrophy - 8.8% and 16.7%, which confered abnormal geometry to 52.6% and 60.7% of hypertensive. The comparative analysis between NT and normal geometry hypertensive group according to criteria 1, detected significative stuctural differences,"( *p < 0.05):LVMI- 78.4 ± 1.50 vs 85.9 ±0.95 g/m² *; posterior wall thickness -8.5 ± 0.1 vs 8.9 ± 0.05 mm*; left atrium - 33.3 ± 0.41 vs 34.7 ± 0.30 mm *. With criteria 2, significative structural differences between the 2 groups were not observed. CONCLUSION: The use of a reference population based criteria, increased the abnormal left ventricular geometry prevalence in hypertensive patients and seemed more appropriate for left ventricular hypertrophy detection and risk stratification.

Block of the Mitral-pulmonary Isthmus During Ablation of a Single Left-sided Accessory Pathway Causing Different Patterns of Retrograde Atrial Activation

The case of a 16-year-old patient with atrioventricular tachycardia caused by a single left anterolateral accessory pathway is reported. When the patient underwent radiofrequency ablation, a lesion on the mitral annulus lateral wall produced changes in the retrograde atrial activation pattern determined by that pathway; changes ranged from a delay in depolarization of the annulus posterior portions to full left atrium counterclockwise activation. Such phenomena were probably caused by a block in the isthmus between the annulus and the lower left pulmonary vein ostium. This case illustrates the importance of the mitral-pulmonary isthmus in the process of left atrium activation, an alert to changes induced by its unintentional block during accessory pathway ablation.

Epidemiological study of congenital heart defects in children and adolescents: analysis of 4,538 cases

OBJECTIVE: To analyze the frequency and prevalence of congenital heart defects in a tertiary care center for children with heart diseases. METHODS: We carried out an epidemiological assessment of the first medical visit of 4,538 children in a pediatric hospital from January 1995 to December 1997. All patients with congenital heart defects had their diagnoses confirmed at least on echocardiography. The frequency and prevalence of the anomalies were computed according to the classification of sequential analysis. Age, weight, and sex were compared between the groups of healthy individuals and those with congenital heart defects after distribution according to the age group. RESULTS: Of all the children assessed, 2,017 (44.4%) were diagnosed with congenital heart disease, 201 (4.4%) with acquired heart disease, 52 (1.2%) with arrhythmias, and 2,268 (50%) were healthy children. Congenital heart diseases predominated in neonates and infants, corresponding to 71.5% of the cases. Weight and age were significantly lower in children with congenital heart defects. Ventricular septal defect was the most frequent acyanotic anomaly, and tetralogy of Fallot was the most frequent cyanotic anomaly. CONCLUSION: Children with congenital heart defects are mainly referred during the neonatal period and infancy with impairment in gaining weight. Ventricular septal defect is the most frequent heart defect.

Perfil neuropsicológico y sesgos cognitivos de adolescentes con diferentes patrones de consumo de alcohol. Neuropsychological profile and cognitive bias in adolescents with different alcohol consumption patterns.

Identificación y caracterización del problema objeto de estudio: Diversas investigaciones señalan que el uso o consumo de alcohol comienza durante la adolescencia. En este periodo del desarrollo típicamente se han reportado deterioros asociados con el consumo de alcohol sobre diversas funciones cognitivas. Sin embargo, los hallazgos no siempre han sido concluyentes. Hipótesis: a) Existe una mayor cantidad de déficits neuropsicológicos (especialmente en los dominios asociados con la toma de decisiones) en los grupos de adolescentes que presentan patrones de consumo elevados o tipo binge y en los adolescentes bajo tratamiento; b) Existen sesgos cognitivos de tipo implícito en los adolescentes expuestos a publicidades referidas a bebidas alcohólicas; y c) Existe mayor presencia de expectativas negativas en el grupo conformado por niños, así como una mayor presencia de expectativas positivas en el grupo conformado por adolescentes. Planteo de Objetivos: se pretende lograr un perfil neuropsicológico de adolescentes de ambos sexos en función de patrones de consumo de alcohol bien diferenciados. Asimismo, se intentará determinar la presencia de sesgos cognitivos hacia estímulos asociados con el alcohol en función de las expectativas hacia el psicotrópico y el tipo de consumo del mismo que presenta la población bajo estudio. Finalmente, se buscará determinar si existen cambios evolutivos en las expectativas hacia el alcohol que pudieran indicar la presencia de mayor vulnerabilidad al consumo de alcohol. Materiales y métodos a utilizar: Se utilizarán pruebas neuropsicológicas (IGT, WCST, otras) y cognitivas (AEQ o similares). Se apelará al uso de diseños ex post facto prospectivos de tipo simple o factoriales, diseños factoriales, estudios instrumentales y estudios descriptivos de poblaciones mediante encuestas. Resultados esperados: 1) Se espera encontrar una mayor cantidad de déficits neuropsicológicos (especialmente en los dominios asociados con la toma de decisiones) en los grupos de adolescentes con patrones de consumo de alcohol elevados y binge, así como en el grupo de adolescentes bajo tratamiento. 2) Se espera encontrar la presencia de sesgos cognitivos implícitos en aquellos adolescentes expuestos a publicidades referidas a bebidas alcohólicas en contraposición a los adolescentes expuestos a publicidades de bebidas no-alcohólicas. 3) Se espera encontrar una mayor presencia de expectativas negativas en el grupo conformado por niños, y una mayor presencia de expectativas positivas en el grupo conformado por adolescentes, con lo que se verificaría el supuesto que señala que las EA se modifican a lo largo del desarrollo. Asimismo, se espera confirmar que las EA cambian en función de la experiencia de consumo de alcohol. Importancia del proyecto: En el ámbito local no se han realizado estudios sistemáticos de esta naturaleza, la información que se obtenga permitirá evaluar el impacto del uso y abuso de alcohol durante la adolescencia así como diseñar y ejecutar mejores estrategias de prevención y de rehabilitación y, al mismo tiempo, facilitará la toma de decisiones en el campo de la planificación de políticas sanitarias dirigidas a los adolescentes.

Patrones dinámicos de abundancia y dispersión de una plaga en un paisaje heterogéneo. Dynamic patterns of abundance and dispersion of a pest in a heterogeneous landscape.

El desarrollo de conocimiento empírico sobre cómo la heterogeneidad espacial de un paisaje afecta los patrones de movimiento de una especie animal es considerado una prioridad para el manejo y la conservación de las especies y sus hábitats. En el caso de los insectos plaga, estos estudios resultan importantes ya que aportan las bases teóricas y empíricas fundamentales para su manejo. La persistencia de éstas especies en un paisaje modificado depende de la interrelación entre procesos ecológicos y la estructura del paisaje, tales como la interacción entre especies, la disponibilidad de parches hábitat y la influencia de las prácticas de manejo. El análisis de éstos procesos en un agroecosistema permite simplificar los modelos de heterogeneidad espacial, debido a que los lotes de cultivo son internamente homogéneos y los disturbios antropogénicos generalmente ocurren a la escala de parche, permitiendo determinar las respuestas de los insectos a dicha escala. La alfalfa (Medicago sativa) es un recurso fundamental para la producción agropecuaria y en Argentina, es el recurso forrajero más importante, constituyendo la base de la producción ganadera del país. Actualmente se cultivan alrededor de 5 millones de hectáreas, de las cuales un millón se siembran en la provincia de Córdoba. Además, cumple un rol importante en la sustentabilidad de los sistemas de producción por su función de recuperación de la fertilidad y estabilidad edáfica. La isoca de la alfalfa (Colias lesbia) es la plaga principal del cultivo, produciendo en promedio la pérdida de un corte por año. La hipótesis principal de nuestro trabajo es que los patrones de abundancia y movilidad de la isoca de la alfalfa son afectados por la estructura del paisaje y las prácticas de manejo. Los objetivos específicos del proyecto son: (a) Establecer el efecto de la estructura del paisaje y y el manejo del cultivo en la abundancia de los distintos estadios de Colias lesbia. (b) Determinar los patrones de dispersión de Colias lesbia en relación a la heterogeneidad espacial del paisaje (c) Generar un modelo predictivo de la abundancia de Colias lesbia según la estructura espacial del paisaje, el clima y el manejo del cultivo. (d) Desarrollar un conjunto de recomendaciones de manejo a escala regional para el control de la isoca de la alfalfa. Para ello se elegirán lotes de alfalfa en la región este de la provincia de Córdoba, en el departamento de San Justo, donde se realizará un relevamiento inicial del área de estudio y se dialogará con los productores. Paralelamente, se realizará una clasificación supervisada del área de estudio a partir de escenas de imágenes Landsat TM. En los parches seleccionados, durante 3 años y durante los meses de verano, se muestrearán quincenalmente los distintos estadios de Colias lesbia. Se realizarán análisis de correlación y regresión entre las variables independientes (métricas de la configuración y dinámica del paisaje) y las variables dependientes, (abundancia media de los diferentes estadios de las poblaciones). Asimismo, se realizarán experimentos de marcado-liberación-recaptura para determinar cómo el movimiento de la especie depende de la estructura del paisaje. Para modelar el movimiento inherente de la especie se combinará la información obtenida en el campo con un modelo de difusión utilizando métodos bayesianos. Se espera obtener modelos que permitan comprender los mecanismos que generan los patrones observados. Con esta información se propondrán lineamientos generales y específicos para un manejo de la isoca de la alfalfa a escala regional. En tal sentido, se espera aportar información para restringir la dispersión de la plaga, y reducir los costos y perjuicios del control químico que podrían evitarse con la aplicación de prácticas de manejo integrado y de "manejo de área" que minimicen el impacto de la plaga como también contribuir al conocimiento general de la ecología de insectos.

Apoptosis y expresión de receptores de reconocimiento de patrones en Polimorfonucleares Neutrófilos de individuos con infección VIH/SIDA. Apoptosis and recognition patterns receptors expression in Polymorphonuclear Neutrophils of individuals with HIV/AIDS infection.

El Virus de la Inmunodeficiencia Humana tipo 1 (VIH-1) afecta principalmente a la respuesta inmune específica causando una pérdida progresiva de los linfocitos T CD4+. Sin embargo, este virus también afecta a células del sistema inmune innato, tales como los Polimorfonucleares Neutrófilos (PMN). Existen evidencias de alteraciones funcionales de los PMN durante la progresión de la infección por VIH y una de las explicaciones de estos defectos, la atribuye a una muerte celular programada o apoptosis constitutiva incrementada. El compromiso de la apoptosis de los PMN en la infección por VIH no está totalmente dilucidado, por ello, los objetivos de este proyecto son investigar el efecto de la infección por VIH sobre la apoptosis de PMN, analizar la expresión de moléculas y receptores de patrones de reconocimiento en estas células y evaluar el impacto de la terapia antirretroviral sobre la apoptosis y expresión de moléculas y receptores en PMN. Se incluirán individuos en distintos estadios clínicos e inmunológicos de la infección con o sin tratamiento antirretroviral y se determinarán parámetros hematológicos, inmunológicos y virológicos a fin de correlacionar el nivel de apoptosis y expresión de moléculas y receptores con el nivel de linfocitos T CD4+ y carga viral. La importancia de los PMN en el control de la infección por el VIH es actualmente un área de mucho interés, ya pueden ejercer un efecto anti-VIH directo, y al mismo tiempo, ser blancos de la infección viral. Los mecanismos que conducen a la muerte acelerada de los PMN no han sido totalmente dilucidados, por ello, su estudio permitirá entender las bases bioquímicas de los cambios morfológicos y determinar los mecanismos que definen su iniciación y regulación. En el presente proyecto, el estudio de la apoptosis de PMN de pacientes con infección VIH/SIDA posibilitará caracterizar la sobrevida de éstas células y su relación con el estado inmunológico, virológico y la terapia antirretroviral. Además, el estudio de los receptores reconocedores de patrones moleculares asociados a patógenos permitirá aclarar algunos aspectos de la activación de la respuesta inmune innata y su conexión con la inmunidad adaptativa. Comprender aspectos claves de la cascada de la apoptosis de PMN y de la expresión de receptores reconocedores de patrones moleculares en la infección VIH/SIDA podría en un futuro aportar posibles blancos terapéuticos para restaurar la función de estas células durante esta infección.

SQL based frequent pattern mining

Data mining, frequent pattern mining, database mining, mining algorithms in SQL

Discovery and visualization of interesting patterns

Die Preise für Speicherplatz fallen stetig, da verwundert es nicht, dass Unternehmen riesige Datenmengen anhäufen und sammeln. Diese immensen Datenmengen müssen jedoch mit geeigneten Methoden analysiert werden, um für das Unternehmen überlebensnotwendige Muster zu identifizieren. Solche Muster können Probleme aber auch Chancen darstellen. In jedem Fall ist es von größter Bedeutung, rechtzeitig diese Muster zu entdecken, um zeitnah reagieren zu können. Um breite Nutzerschichten anzusprechen, müssen Analysemethoden ferner einfach zu bedienen sein, sofort Rückmeldungen liefern und intuitive Visualisierungen anbieten. Ich schlage in der vorliegenden Arbeit Methoden zur Visualisierung und Filterung von Assoziationsregeln basierend auf ihren zeitlichen Änderungen vor. Ich werde lingustische Terme (die durch Fuzzymengen modelliert werden) verwenden, um die Historien von Regelbewertungsmaßen zu charakterisieren und so eine Ordnung von relevanten Regeln zu generieren. Weiterhin werde ich die vorgeschlagenen Methoden auf weitereModellarten übertragen, die Software-Plattformvorstellen, die die Analysemethoden dem Nutzer zugänglich macht und schließlich empirische Auswertungen auf Echtdaten aus Unternehmenskooperationen vorstellen, die die Wirksamkeit meiner Vorschläge belegen.

Episodes of the life and death of thin fluid membranes : patterns and dynamics at the cross-over from two to three dimensions

Otto-von Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Naturwissenschaften, Dissertation, 2016

Patterns of snake evolution suggested by their proteins : a contribution in celebration of the distinguished scholarship of Robert F. Inger on the occasion of his sixty-fifth birthday / Herbert C. Dessauer, John E. Cadle, Robin Lawson.

n.s. no.34(1987)

Patterns of geographic variation in allozymes of the Olympic salamander, Rhyacotriton Olympicus (Caudata: Dicamptodontidae) : a contribution in celebration of the distinguished scholarship of Robert F. Inger on the occasion of his sixty-fifth birthday / David A. Good, Gloria Z. Wurst [and] David B. Wake.

n.s. no.32(1987)