The performance of an in-house nested-PCR technique for pleural tuberculosis diagnoses

Introduction This study evaluated the performance of an in-house nested-PCR system for the detection of the Mycobacterium tuberculosis complex in pleural fluid, blood and urine samples from pleural effusion tuberculosis patients by health services physicians in Pernambuco, Brazil. Methods A prospective double-blind study with 37 hospitalized patients of both sexes, aged over 15, was used to investigate the diagnosis of pleural effusion. The criteria used to define the cases included the demonstration of bacillus in biological samples by smear or culture or by a granulomatous finding in the histopathological examination, associated with an evident response to specific treatments to each clinical situation. Pleural fluid, blood and urine samples were collected and subjected to routine tests and the nested PCR technique to assess for M. tuberculosis amplification. Results In total, 37 pleural effusion patients took part in the study, of whom 19 (51.3%) had tubercular etiologies and 18 (48.7%) had etiologies from other causes. When the pleural fluid, blood and/or urine sample in-house nested-PCR sensitivities were evaluated simultaneously, the results were positive regardless of the biological specimen (the sensitivity was 84.2%); however, when the blood and/or urine samples were analyzed together, the sensitivity was 72.2%. When the pleural fluid samples were evaluated alone, the sensitivity was only 33.3%. Conclusions The performance of the diagnostic pleural tuberculosis nested-PCR was directly related to the diversity of the samples collected from the same patient. Additionally, this study may identify a need to prioritize non-invasive blood and urine collection for this diagnosis.

Minimum detection limit of an in-house nested-PCR assay for herpes simplex virus and varicella zoster virus

Introduction Herpes simplex virus (HSV) and varicella zoster virus (VZV) are responsible for a variety of human diseases, including central nervous system diseases. The use of polymerase chain reaction (PCR) techniques on cerebrospinal fluid samples has allowed the detection of viral DNA with high sensitivity and specificity. Methods Serial dilutions of quantified commercial controls of each virus were subjected to an in-house nested-PCR technique. Results The minimum detection limits for HSV and VZV were 5 and 10 copies/µL, respectively. Conclusions The detection limit of nested-PCR for HSV and VZV in this study was similar to the limits found in previous studies.

An optimized one-tube, semi-nested PCR assay for Paracoccidioides brasiliensis detection

Introduction Herein, we report a one-tube, semi-nested-polymerase chain reaction (OTsn-PCR) assay for the detection of Paracoccidioides brasiliensis. Methods We developed the OTsn-PCR assay for the detection of P. brasiliensis in clinical specimens and compared it with other PCR methods. Results The OTsn-PCR assay was positive for all clinical samples, and the detection limit was better or equivalent to the other nested or semi-nested PCR methods for P. brasiliensis detection. Conclusions The OTsn-PCR assay described in this paper has a detection limit similar to other reactions for the molecular detection of P. brasiliensis, but this approach is faster and less prone to contamination than other conventional nested or semi-nested PCR assays.

Aplicação da teoria moderna do portfólio à selecção de canais de marketing digital

O intuito desta dissertação é investigar em que medida a Teoria Moderna do Portfólio pode ser aplicada à selecção de um portfólio de canais ou de tácticas de Marketing Digital, de modo a obter o melhor compromisso entre o retorno esperado do investimento e o respectivo risco. Anteriores aplicações da teoria do portfólio ao Marketing, enquanto meio de racionalizar a selecção do portfólio, concentraram-se no uso deste modelo em decisões relacionadas com portfólios de produtos, de clientes e segmentos de clientes, de formatos de retalho e de promoções de preço. Não se encontraram evidências de que a abordagem proposta neste texto tenha já sido tentada. A evolução tecnológica nas últimas duas décadas trouxe a adopção generalizada de smartphones e tablets e também a revolução da internet, originando a proliferação do e-mail, dos blogs e dos sites de redes sociais. Devido à infinidade de meios para chegar aos consumidores, os marketers enfrentam actualmente grandes desafios no planeamento e na definição das suas estratégias de Marketing. Em resposta, consultoras detêm ferramentas para a análise de portfólios de canais de Marketing que permitem às empresas e aos marketers, em particular, melhorar o desempenho da sua actividade e maximizar o rendimento da sua despesa de Marketing. Contudo, além de dispendiosas e estritamente analíticas, estas ferramentas são muito sofisticadas, baseando-se em algoritmos e raciocínios complexos que nem sempre são evidentes para os marketers, o que dificulta a sua compreensão e consequentemente a sua adopção. Sem uma ferramenta de análise, é frequente os marketers fundamentarem as suas decisões nos resultados das campanhas online anteriores, registados pelas Web Analytics, e na sua experiência profissional. Assim, crê-se que a Teoria Moderna do Portfólio, baseando-se em conceitos estatísticos simples, possa representar para os marketers uma ferramenta útil no apoio à selecção do conjunto de canais ou de tácticas de Marketing Digital que melhor se adequa aos interesses e aos objectivos estratégicos das organizações. A Teoria Moderna do Portfólio tem como principais vantagens a análise e selecção de portfólios com base na sua combinação de retorno esperado e risco de investimento (retorno ajustado ao risco), por oposição a considerar exclusivamente o retorno esperado, e a simplicidade estatística do modelo, por oposição aos softwares das consultoras. O presente estudo fundamentou-se na literatura existente acerca da Teoria Moderna do Portfólio, concebida em 1952 por Harry Markowitz, bem como no conceito de Sharpe Ratio, por William Sharpe, tendo-se revisto também conceitos genéricos de Marketing e Marketing Digital. Dado que a medição do retorno financeiro do investimento em Marketing – central ao estudo – não é tão linear quanto a medição dos retornos de activos financeiros, revelou-se necessário introduzir algumas alterações à teoria do portfólio original. Estas alterações tomaram em consideração as principais conclusões dos estudos anteriores sobre a aplicação do modelo a outras áreas. Para desenvolver o modelo proposto, utilizou-se o Microsoft Excel. Seguidamente, procedeu-se à sua prova de conceito através de uma abordagem empírica, utilizando dados de uma empresa portuguesa de Marketing Digital. Concluiu-se que é possível aplicar a Teoria Moderna do Portfólio à selecção de canais ou tácticas de Marketing Digital de uma empresa, com as devidas adaptações, para determinar as parcelas do orçamento de comunicação de uma organização a alocar a cada tipo de canal ou táctica.

Cutaneous and visceral leishmaniasis co-infection in dogs from Rio de Janeiro, Brazil: evaluation by specific PCR and RFLP-PCR assays

Introduction During a diagnostic evaluation of canine visceral leishmaniasis (VL), two of seventeen dogs were found to be co-infected by Leishmania (Viannia) braziliensis and Leishmania (Leishmania) chagasi. Methods Specific polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism-PCR (RFLP-PCR) assays were performed. Results PCR assays for Leishmania subgenus identification followed by RFLP-PCR analysis in biopsies from cutaneous lesions and the spleen confirmed the presence of Leishmania (Viannia) braziliensis and Leishmania (Leishmania) chagasi in those fragments. Conclusions This report reinforces the importance of using serological and molecular techniques in the epidemiological surveillance of canine populations in endemic areas in which both diseases are known to co-exist. In such cases, a reassessment of the control measures is required.

High similarity of Trypanosoma cruzikDNA genetic profiles detected by LSSP-PCR within family groups in an endemic area of Chagas disease in Brazil

IntroductionDetermining the genetic similarities among Trypanosoma cruzi populations isolated from different hosts and vectors is very important to clarify the epidemiology of Chagas disease.MethodsAn epidemiological study was conducted in a Brazilian endemic area for Chagas disease, including 76 chronic chagasic individuals (96.1% with an indeterminate form; 46.1% with positive hemoculture).ResultsT. cruzi I (TcI) was isolated from one child and TcII was found in the remaining (97.1%) subjects. Low-stringency single-specific-primer-polymerase chain reaction (LSSP-PCR) showed high heterogeneity among TcII populations (46% of shared bands); however, high similarities (80-100%) among pairs of mothers/children, siblings, or cousins were detected.ConclusionsLSSP-PCR showed potential for identifying similar parasite populations among individuals with close kinship in epidemiological studies of Chagas disease.

O Corpo Masculino Queer e Digital na Arte Contemporânea: Ryan Trecartin e Jacolby Satterwhite

Esta dissertação pretende analisar as práticas de dois artistas contemporâneos, Ryan Trecartin e Jacolby Satterwhite, nomeadamente a nível do modo como trabalham a intersecção do vídeo digital e da performance como forma de manifestação de corporalizações queer através do corpo masculino. Mais concretamente, interessa-nos focar processos de “queerificação” e de produção de corpos que emergem intrinsecamente pelo médium digital, e que exploram as possibilidades transformativas do médium tanto a nível de representação, criação e mutação de formas, como a nível comunicacional e de possibilidades de subjectivação e corporalizações múltiplas. Para tal, partimos dos dois campos teóricos que se mostraram mais pertinentes relativamente aos processos artísticos em análise, nomeadamente: a teoria queer pelo modo como definiu o carácter performativo das normas de género e as categorizações identitárias sexuais como suporte da heteronormatividade, identificando estratégias para a sua re-significação; e o pensamento sobre a relação do corpo com o médium digital, pelo modo como delineou processos de corporalização através da tecnologia digital. A análise dos processos artísticos de Ryan Trecartin e Jacolby Satterwhite demonstra como a arte contemporânea é um território fértil não apenas para a exposição de matrizes normativas de opressão, mas também para a criação de mundos radicalmente queer em que, fazendo uso do potencial transformativo do médium digital, se manifestam realidades e corpos onde a normatividade é totalmente implodida.

From "Humanities and Computing" to "Digital Humanities": Digital Humanities in Portugal with a focus on Historical Research

In the following text I will develop three major aspects. The first is to draw attention to those who seem to have been the disciplinary fields where, despite everything, the Digital Humanities (in the broad perspective as will be regarded here) have asserted themselves in a more comprehensive manner. I think it is here that I run into greater risks, not only for what I have mentioned above, but certainly because a significant part, perhaps, of the achievements and of the researchers might have escaped the look that I sought to cast upon the past few decades, always influenced by my own experience and the work carried out in the field of History. But this can be considered as a work in progress and it is open to criticism and suggestions. A second point to note is that emphasis will be given to the main lines of development in the relationship between historical research and digital methodologies, resources and tools. Finally, I will try to make a brief analysis of what has been the Digital Humanities discourse appropriation in recent years, with very debatable data and methods for sure, because studies are still scarce and little systematic information is available that would allow to go beyond an introductory reflection.

Revista de Bordo Digital

A revista de bordo é um produto editorial bem conhecido do passageiro aéreo. Ela faz parte do universo da aviação há várias décadas, servindo tanto o propósito de distrair os passageiros com medo de voar, como o de veicular artigos de viagem de qualidade a amantes deste tipo de narrativa. Mas a crise financeira de 2008 e o aumento do preço do petróleo começaram a mudar a maneira como os gestores das companhias aéreas olham para este produto tão familiar aos passageiros. O novo século traz novos desafios e põe em causa a continuação deste tipo de publicação, pelo custo que representa para as companhias e para o meio ambiente. Mas a evolução da tecnologia e a crise que o próprio jornalismo atravessa na transição para o online podem conter a chave para este problema. Uma publicação de bordo nativa digital pode oferecer potencialidades únicas aos passageiros, ao mesmo tempo que lidera o caminho da inovação jornalística.

Os movimentos sociais na era digital

A onda de protestos globais de 2011 reacendeu o debate sobre as potencialidades e limitações que derivam da incorporação de novas tecnologias de informação e comunicação (TIC) por parte dos movimentos sociais. Que características diferenciam os movimentos sociais tradicionais dos contemporâneos? Quais os efeitos transformativos da apropriação das novas tecnologias por parte dos grupos de ação coletiva? De que modo as tecnologias digitais podem contribuir para o engajamento cívico e político? Esta dissertação pretende refletir sobre estas questões, através da análise de distintos casos de estudo onde que se incluem os mais mediáticos movimentos sociais dos últimos anos: a revolução tunisina e egípcia enquanto exemplos ilustrativos da “Primavera Árabe”; o caso islandês, onde as manifestações culminaram num inovador projeto de e-democracy; e o movimento espanhol 15M/Indignados, que mobilizou milhares de pessoas em prol de uma renovação do sistema democrático.

Single-tube nested PCR assay with in-house DNA extraction for Mycobacterium tuberculosis detection in blood and urine

Abstract: INTRODUCTION : Molecular analyses are auxiliary tools for detecting Koch's bacilli in clinical specimens from patients with suspected tuberculosis (TB). However, there are still no efficient diagnostic tests that combine high sensitivity and specificity and yield rapid results in the detection of TB. This study evaluated single-tube nested polymerase chain reaction (STNPCR) as a molecular diagnostic test with low risk of cross contamination for detecting Mycobacterium tuberculosis in clinical samples. METHODS: Mycobacterium tuberculosis deoxyribonucleic acid (DNA) was detected in blood and urine samples by STNPCR followed by agarose gel electrophoresis. In this system, reaction tubes were not opened between the two stages of PCR (simple and nested). RESULTS: STNPCR demonstrated good accuracy in clinical samples with no cross contamination between microtubes. Sensitivity in blood and urine, analyzed in parallel, was 35%-62% for pulmonary and 41%-72% for extrapulmonary TB. The specificity of STNPCR was 100% in most analyses, depending on the type of clinical sample (blood or urine) and clinical form of disease (pulmonary or extrapulmonary). CONCLUSIONS: STNPCR was effective in detecting TB, especially the extrapulmonary form for which sensitivity was higher, and had the advantage of less invasive sample collection from patients for whom a spontaneous sputum sample was unavailable. With low risk of cross contamination, the STNPCR can be used as an adjunct to conventional methods for diagnosing TB.

Detection of canine visceral leishmaniasis by conjunctival swab PCR

Abstract: INTRODUCTION: Conjunctival swab PCR was evaluated as a tool to diagnose visceral leishmaniasis in dogs. METHODS: Conjunctival swab PCR was compared to indirect immunofluorescence antibody test and blood PCR. RESULTS: Indirect immunofluorescence was significantly correlated with conjunctival swab PCR (p < 0.05), but not with blood PCR (p > 0.05). In addition, conjunctival swab PCR was significantly associated with presence of clinical symptoms (p < 0.05), whereas blood PCR was associated with absence of clinical symptoms (p < 0.05). CONCLUSIONS: Results indicate that conjunctival swab PCR is useful in epidemiological surveys of canine visceral leishmaniasis.

O projecto Imago. A constituição de uma base de dados digital de iconografia medieval

Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT), Fundação Millennium bcp, Direcção Geral do Livro e das Bibliotecas/MC, Instituto de Estudos Medievais – FCSH/UNL

Determinação e comparação de genótipo de Candida albicans pelo Método de PCR com base nos polimorfismos da região 255rDNA e das sequências ALT/RPS

As leveduras da espécie Candida albicans são comensais do ser humano, podendo em certos casos, como a toma prolongada de antibióticos de largo espectro, a diminuição da imunidade, ou a quimioterapia, causar infecções severas. Estas infecções classificam-se em superficiais ou sistémicas, consoante a zona anatómica ou os órgãos afectados. As infecções hospitalares por fungos, nomeadamente as causadas por C. albicans, têm vindo a aumentar nos últimos anos, assim como a mortalidade e a morbilidade associadas, e ainda os custos relacionados com os cuidados de saúde. Torna-se por isso importante a implementação de terapêutica de uma forma rápida, eficaz e correcta. Assim, é imperativo que os laboratórios de microbiologia clínica possuam métodos de diagnóstico rápidos, simples e económicos em relação a uma correcta identificação ao nível de espécie e em relação ao estudo da sensibilidade aos antifúngicos. Contudo, esta identificação ao nível de espécie não permite averiguar a origem das infecções, facto importante para a compreensão da evolução das infecções nosocomiais. Para tal, é necessário realizar um estudo ao nível de estirpe através de métodos moleculares que permitam fazer a distinção acurada entre isolados de C. albicans. Os métodos moleculares têm vindo a desenvolver um papel importante no diagnóstico de infecções: são rápidos, sensíveis, precisos e possuem a vantagem de se poder trabalhar pequenas quantidades de amostra. Têm no entanto a desvantagem de ser métodos caros, por vezes demasiado elaborados para serem instituídos num laboratório de microbiologia clínica com grande volume de amostras diárias. O principal objectivo deste trabalho consistiu na diferenciação de estirpes de C. albicans através de uma metodologia molecular inovadora, nunca antes efectuada no ocidente, simples e rápida, por meio de simples amplificações por PCR. Para tal, foram seleccionados 60 isolados clínicos de leveduras obtidas a partir de amostras clínicas de três localidades: Covilhã (Centro Hospitalar Cova de Beira, E.P.E) Lisboa (Instituto Português de Oncologia e Hospital de Santa Maria, E.P.E) e Viseu (Hospital de São Teotónio). O trabalho baseou-se na genotipagem de isolados clínicos de C. albicans por amplificação por PCR com primers dirigidos às sequências 25S rDNA e às regiões ALT das sequências RPS. Foi possível a sua diferenciação e distinção em estirpes, fazendo deste método um bom recurso para estudos epidemiológicos. Realizou-se ainda um estudo de sensibilidade in vitro das estirpes de C. albicans ao antifúngicos Fluconazol e Voriconazol pelo método de difusão em disco, segundo os procedimentos padronizados e publicados pelo CLSI. Através deste estudo foi verificada elevada susceptibilidade aos antifúngicos estudados. Com este trabalho conclui-se que a diferenciação ao nível de estirpe é muito importante para compreender padrões de surtos de infecções e ainda para averiguar a origem, endógena ou exógena, destas infecções nosocomiais. Como tal, este estudo epidemiológico torna-se essencial para definir um controlo mais rigoroso das infecções.

Cultural journalism in a digital environment : new models, practices and possibilities

Both culture coverage and digital journalism are contemporary phenomena that have undergone several transformations within a short period of time. Whenever the media enters a period of uncertainty such as the present one, there is an attempt to innovate in order to seek sustainability, skip the crisis or find a new public. This indicates that there are new trends to be understood and explored, i.e., how are media innovating in a digital environment? Not only does the professional debate about the future of journalism justify the need to explore the issue, but so do the academic approaches to cultural journalism. However, none of the studies so far have considered innovation as a motto or driver and tried to explain how the media are covering culture, achieving sustainability and engaging with the readers in a digital environment. This research examines how European media which specialize in culture or have an important cultural section are innovating in a digital environment. Specifically, we see how these innovation strategies are being taken in relation to the approach to culture and dominant cultural areas, editorial models, the use of digital tools for telling stories, overall brand positioning and extensions, engagement with the public and business models. We conducted a mixed methods study combining case studies of four media projects, which integrates qualitative web features and content analysis, with quantitative web content analysis. Two major general-interest journalistic brands which started as physical newspapers – The Guardian (London, UK) and Público (Lisbon, Portugal) – a magazine specialized in international affairs, culture and design – Monocle (London, UK) – and a native digital media project that was launched by a cultural organization – Notodo, by La Fábrica – were the four case studies chosen. Findings suggest, on one hand, that we are witnessing a paradigm shift in culture coverage in a digital environment, challenging traditional boundaries related to cultural themes and scope, angles, genres, content format and delivery, engagement and business models. Innovation in the four case studies lies especially along the product dimensions (format and content), brand positioning and process (business model and ways to engage with users). On the other hand, there are still perennial values that are crucial to innovation and sustainability, such as commitment to journalism, consistency (to the reader, to brand extensions and to the advertiser), intelligent differentiation and the capability of knowing what innovation means and how it can be applied, since this thesis also confirms that one formula doesn´t suit all. Changing minds, exceeding cultural inertia and optimizing the memory of the websites, looking at them as living, organic bodies, which continuously interact with the readers in many different ways, and not as a closed collection of articles, are still the main challenges for some media.