Microelectrode Voltammetry of Dioxygen Reduction in a Phosphonium Cation-Based Room-Temperature Ionic Liquid: Quantitative Studies

Microelectrode voltammetry is used to study the electrochemical reduction of dioxygen, O-2, in the room-temperature ionic liquid trihexyl(tetradecyl)phosphonium trifluorotris(pentafluoroethyl)phosphate [P6,6,6,14][FAP]. The nature of the unusual voltammetric waves is quantitatively modeled via digital simulation with the aim of clarifying apparent inconsistencies in the literature. The reduction is shown to proceed via a two-electron reaction and involve the likely capture of a proton from the solvent system. The oxidative voltammetric signals seen at fast scan rates are interpreted as resulting from the reoxidation of HO2 center dot. In the presence of large amounts of dissolved carbon dioxide the reductive currents decrease by a factor of ca. two, consistent with the trapping of the superoxide radical, O-2(center dot), intermediate in the two-electron reduction process.

On the Performances of Ionic Liquid-Based Electrolytes for Li-NMC Batteries

Herein, the N-butyl-N-methylpyrrolidinium bis(fluorosulfonyl)amide and the N-propyl-N-methylpyrrolidinium bis(fluorosulfonyl)amide room temperature ionic liquids, combined with the lithium bis(trifluoromethanesulfonyl)amide salt, are investigated as electrolytes for Li/LiNi1/3Mn1/3Co1/3O2 (Li/NMC) batteries. To conduct this study, volumetric properties, ionic conductivity and viscosity of the pure ionic liquids and selected electrolytes were firstly determined as a function of temperature and composition in solution. These data were then compared with those measured in the case of the standard alkyl carbonate-based electrolyte: e.g. the EC/PC/3DMC + 1 mol·L−1 LiPF6. The compatibility of the selected electrolytes with the lithium electrode was then investigated by following the evolution of Li/electrolyte interfaces through impedance measurements. Interestingly, the impedances of the investigated Li/electrolyte interfaces were found to be more than three times lower than that measured using the standard electrolyte. Finally, electrochemical performances of the ionic liquid-based electrolytes were investigated using galvanostatic charge and discharge and cyclic voltammetry of each Li/NMC cell. Using these electrolytes, each tested Li cell reaches up to 145 mA·h·g−1 at C/10 and 110 mA·h·g−1 at C with a coulombic efficiency close to 100 %.

Finite element modelling of cyclic behaviour of cold-formed steel bolted moment-resisting connections

This paper investigates the accuracy of new finite element modelling approaches to predict the behaviour of bolted moment-connections between cold-formed steel members, formed by using brackets bolted to the webs of the section, under low cycle fatigue. ABAQUS software is used as a modelling platform. Such joints are used for portal frames and potentially have good seismic resisting capabilities, which is important for construction in developing countries. The modelling implications of a two-dimensional beam element model, a three-dimensional shell element model and a three-dimensional solid element model are reported. Quantitative and qualitative results indicate that the three-dimensional quadratic S8R shell element model most accurately predicts the hysteretic behaviour and energy dissipation capacity of the connection when compared to the test results.

Cyclic behaviour of RC elements with plain reinforcing bars

O comportamento cíclico das estruturas de betão armado é fortemente condicionado pelo mecanismo de aderência entre o betão e o aço. O escorregamento relativo entre os dois materiais, resultante da degradação progressiva da aderência em elementos solicitados por ações cíclicas, é uma causa frequente de danos graves e até do colapso de estruturas devido à ocorrência de sismos. Entre as estruturas existentes de betão armado que foram dimensionadas e construídas antes da entrada em vigor dos regulamentos sísmicos atuais, muitas foram construídas com armadura lisa, e portanto, possuem fracas propriedades de aderência. A informação disponível na literatura sobre o comportamento cíclico de elementos estruturais de betão armado com armadura lisa é reduzida e a influência das propriedades da aderência associadas a este tipo de armadura no comportamento cíclico das estruturas existentes não se encontra ainda devidamente estudada. O objectivo principal desta tese foi estudar a influência do escorregamento na resposta cíclica de elementos estruturais de betão armado com armadura lisa. Foram realizados ensaios cíclicos em elementos do tipo nó viga-pilar, construídos à escala real, representativos de ligações interiores em edifícios existentes sem pormenorização específica para resistir às ações sísmicas. Para comparação, foi realizado o ensaio de um nó construído com armadura nervurada. Foi ainda realizado o ensaio cíclico de uma viga de betão armado recolhida de uma estrutura antiga. Foram elaborados modelos numéricos não-lineares para simular a resposta dos elementos ensaiados, concentrando especial atenção no mecanismo do escorregamento. Os resultados obtidos no âmbito desta tese contribuem para o avanço do conhecimento sobre o comportamento cíclico de elementos estruturais de betão armado com armadura lisa. As análises numéricas realizadas comprovam a necessidade de incluir os efeitos do escorregamento na modelação numérica deste tipo de estruturas de forma a representar com rigor a sua resposta às ações cíclicas.

Identification of protein complexes in Alzheimer's disease

A Doença de Alzheimer (AD) é a maior doença neurodegenerativa a nível mundial, e a principal causa de demência na população idosa. O processamento da proteína precursora de amilóide (APP) pelas β- e g- secretases origina o peptídeo Aβ, que agrega em oligómeros neurotóxicos e em placas senis. Estes são eventos-chave na patogénese da DA que levam à rutura da neurotransmissão sináptica, morte neuronal e inflamação neuronal do hipocampo e córtex cerebral, causando perda de memória disfunção cognitiva geral. Apesar dos grandes avanços no conhecimento do papel do processamento da APP na DA, a sua função fisiológica ainda não foi totalmente elucidada. Os mapas de interações proteína-proteína (PPI) humanos têm desempenhado um papel importante na investigação biomédica, em particular no estudo de vias de sinalização e de doenças humanas. O método dois-híbrido em levedura (YTH) consiste numa plataforma para a produção rápida de redes de PPI em larga-escala. Neste trabalho foram realizados vários rastreios YTH com o objetivo de identificar proteínas específicas de cérebro humano que interagissem com a APP, ou com o seu domínio intracelular (AICD), tanto o tipo selvagem como com os mutantes Y687F, que mimetizam o estado desfosforilado do resíduo Tyr-687. De facto, a endocitose da APP e a produção de Aβ estão dependentes do estado de fosforilação da Tyr-687. Os rastreios YTH permitiram assim obter de redes proteínas que interagem com a APP, utilizando como “isco” a APP, APPY687F e AICDY687F. Os clones positivos foram isolados e identificados através de sequenciação do cDNA. A maior parte dos clones identificados, 118, correspondia a sequências que codificam para proteínas conhecidas, resultando em 31 proteínas distintas. A análise de proteómica funcional das proteínas identificadas neste estudo e em dois projetos anteriores (AICDY687E, que mimetiza a fosforilação, e AICD tipo selvagem), permitiram avaliar a relevância da fosforilação da Tyr-687. Três clones provenientes do rastreio YTH com a APPY687F foram identificados como um novo transcrito da proteína Fe65, resultante de splicing alternativo, a Fe65E3a (GenBank Accession: EF103274), que codifica para a isoforma p60Fe65. A p60Fe65 está enriquecida no cérebro e os seus níveis aumentam durante a diferenciação neuronal de células PC12, evidenciando o potencial papel que poderá desempenhar na patologia da DA. A RanBP9 é uma proteína nuclear e citoplasmática envolvida em diversas vias de sinalização celulares. Neste trabalho caracterizou-se a nova interação entre a RanBP9 e o AICD, que pode ser regulada pela fosforilação da Tyr-687. Adicionalmente, foi identificada uma nova interação entre a RanBP9 e a acetiltransferase de histonas Tip60. Demonstrou-se ainda que a RanBP9 tem um efeito de regulação inibitório na transcrição mediada por AICD, através da interação com a Tip60, afastando o AICD dos locais de transcrição ativos. O estudo do interactoma da APP/AICD, modelado pela fosforilação da Tyr-687, revela que a APP poderá estar envolvida em novas vias celulares, contribuindo não só para o conhecimento do papel fisiológico da APP, como também auxilia a revelar as vias que levam à agregação de Aβ e neurodegeneração. A potencial relevância deste trabalho relaciona-se com a descoberta de algumas interações proteicas/vias de sinalização que podem que podem ser relevantes para o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas na DA.

Characterisation of the cyclic behaviour of reinforced concrete elements with plain bars

Sismos recentes comprovam a elevada vulnerabilidade dos edifícios existentes de betão armado. A resposta das estruturas aos sismos é fortemente condicionada pelas características da aderência aço-betão, que exibe degradação das propriedades iniciais quando sujeitas a carregamentos cíclicos e alternados. Este fenómeno é ainda mais gravoso para elementos com armadura lisa, predominantes na maioria das estruturas construídas até à década de 70 nos países do sul da Europa. A prática corrente de conceção, dimensionamento e pormenorização das estruturas antigas leva a que tenham características de comportamento e níveis de segurança associados não compatíveis com as exigências atuais. Os estudos realizados sobre o comportamento cíclico de elementos estruturais de betão armado com armadura lisa são ainda insuficientes para a completa caracterização deste tipo de elementos. Esta tese visou a caraterização da relação tensão de aderência versus escorregamento para elementos estruturais com armadura lisa e o estudo da resposta cíclica de pilares e nós viga-pilar de betão armado com armadura lisa. Foram realizados dez séries de ensaios de arrancamento (nove monotónicos e um cíclico) em provetes com varões lisos. Os resultados destes ensaios permitiram propor novas expressões empíricas para a estimativa dos parâmetros usados num modelo disponível na literatura para representação da relação tensão de aderência versus escorregamento. É ainda proposto um novo modelo monotónico para a relação tensão de aderência versus escorregamento que representa melhor a resposta após a resistência máxima de aderência. Uma campanha de ensaios unidirecionais em pilares e nós viga-pilar foi também realizada com o objetivo principal de caracterizar o comportamento cíclico deste tipo de elementos. No total foram realizados oito ensaios em pilares, sete ensaios em nós viga-pilar interiores e seis ensaios em nós viga-pilar exteriores representativos de estruturas antigas de betão armado com armadura lisa. Os resultados experimentais permitiram avaliar a influência do escorregamento e estudar o mecanismo de corte em nós e a evolução dos danos para elementos com armadura lisa. Com base nos resultados experimentais foi proposta uma adaptação na expressão do Eurocódigo 8-3 para o cálculo da capacidade última de rotação de elementos com armadura lisa. Foi também desenvolvido um estudo paramétrico, com diferentes estratégias de modelação não linear, para a simulação da resposta de pilares considerando o escorregamento da armadura lisa. Por último, foi proposto um novo modelo simplificado trilinear para o aço que contempla o efeito do escorregamento da armadura lisa.

Effects of copper in plasma, gills, liver and muscle of seabream (Sparus aurata, Linnaeus 1758) juveniles

Dissertação de Mestrado, Aquacultura e Pescas, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Universidade do Algarve, 2006

Systematic analysis of protein complexes involved in the human RNA polymerase II machinery

La transcription, la maturation d’ARN, et le remodelage de la chromatine sont tous des processus centraux dans l'interprétation de l'information contenue dans l’ADN. Bien que beaucoup de complexes de protéines formant la machinerie cellulaire de transcription aient été étudiés, plusieurs restent encore à identifier et caractériser. En utilisant une approche protéomique, notre laboratoire a purifié plusieurs composantes de la machinerie de transcription de l’ARNPII humaine par double chromatographie d’affinité "TAP". Cette procédure permet l'isolement de complexes protéiques comme ils existent vraisemblablement in vivo dans les cellules mammifères, et l'identification de partenaires d'interactions par spectrométrie de masse. Les interactions protéiques qui sont validées bioinformatiquement, sont choisies et utilisées pour cartographier un réseau connectant plusieurs composantes de la machinerie transcriptionnelle. En appliquant cette procédure, notre laboratoire a identifié, pour la première fois, un groupe de protéines, qui interagit physiquement et fonctionnellement avec l’ARNPII humaine. Les propriétés de ces protéines suggèrent un rôle dans l'assemblage de complexes à plusieurs sous-unités, comme les protéines d'échafaudage et chaperonnes. L'objectif de mon projet était de continuer la caractérisation du réseau de complexes protéiques impliquant les facteurs de transcription. Huit nouveaux partenaires de l’ARNPII (PIH1D1, GPN3, WDR92, PFDN2, KIAA0406, PDRG1, CCT4 et CCT5) ont été purifiés par la méthode TAP, et la spectrométrie de masse a permis d’identifier de nouvelles interactions. Au cours des années, l’analyse par notre laboratoire des mécanismes de la transcription a contribué à apporter de nouvelles connaissances et à mieux comprendre son fonctionnement. Cette connaissance est essentielle au développement de médicaments qui cibleront les mécanismes de la transcription.

The Technology of Copper Alloys, Particularly Leaded Bronze, in Greece, its Colonies, and in Etruria during the Iron Age

L’objet de la présente étude est le développement, l’application et la diffusion de la technologie associée à divers types d’alliages de cuivre, en particulier l’alliage du plomb-bronze, en Grèce ancienne, dans ses colonies, ainsi qu’en Étrurie. Le plomb-bronze est un mélange de diverses proportions d’étain, de cuivre et de plomb. Le consensus général chez les archéométallurgistes est que le plomb-bronze n’était pas communément utilisé en Grèce avant la période hellénistique; par conséquent, cet alliage a reçu très peu d’attention dans les documents d’archéologie. Cependant, les analyses métallographiques ont prouvé que les objets composés de plomb ajouté au bronze ont connu une distribution étendue. Ces analyses ont aussi permis de différencier la composition des alliages utilisés dans la fabrication de divers types de bronzes, une preuve tangible que les métallurgistes faisaient la distinction entre les propriétés du bronze d’étain et celles du plomb-bronze. La connaissance de leurs différentes caractéristiques de travail permettait aux travailleurs du bronze de choisir, dans bien des cas, l’alliage approprié pour une utilisation particulière. L’influence des pratiques métallurgiques du Proche-Orient a produit des variations tant dans les formes artistiques que dans les compositions des alliages de bronze grecs durant les périodes géométrique tardive et orientalisante. L’utilisation du plomb-bronze dans des types particuliers d’objets coulés montre une tendance à la hausse à partir de la période orientalisante, culminant dans la période hellénistique tardive, lorsque le bronze à teneur élevée en plomb est devenu un alliage commun. La présente étude analyse les données métallographiques de la catégorie des objets coulés en bronze et en plomb-bronze. Elle démontre que, bien que l’utilisation du plomb-bronze n’était pas aussi commune que celle du bronze d’étain, il s’agissait néanmoins d’un mélange important d’anciennes pratiques métallurgiques. Les ères couvertes sont comprises entre les périodes géométrique et hellénistique.

The Role of Specific Amino Acids in the Formation of Ternary Complexes in Nitrogenase Regulation in the Photosynthetic Bacterium Rhodobacter capsulatus

L'azote est l'un des éléments les plus essentiels dans le monde pour les êtres vivants, car il est essentiel pour la production des éléments de base de la cellule, les acides aminés, les acides nucléiques et les autres constituants cellulaires. L’atmosphère est composé de 78% d'azote gazeux, une source d'azote inutilisable par la plupart des organismes à l'exception de ceux qui possèdent l’enzyme nitrogénase, tels que les bactéries diazotrophique. Ces micro-organismes sont capables de convertir l'azote atmosphérique en ammoniac (NH3), qui est l'une des sources d'azote les plus préférables. Cette réaction exigeant l’ATP, appelée fixation de l'azote, est catalysée par une enzyme, nitrogénase, qui est l'enzyme la plus importante dans le cycle de l'azote. Certaines protéines sont des régulateurs potentiels de la synthèse de la nitrogénase et de son activité; AmtB, DraT, DraG, les protéines PII, etc.. Dans cette thèse, j'ai effectué diverses expériences afin de mieux comprendre leurs rôles détailés dans Rhodobacter capsulatus. La protéine membranaire AmtB, très répandue chez les archaea, les bactéries et les eucaryotes, est un membre de la famille MEP / Amt / Rh. Les protéines AmtB sont des transporteurs d'ammonium, importateurs d'ammonium externe, et ont également été suggéré d’agir comme des senseurs d'ammonium. Il a été montré que l’AmtB de Rhodobacter capsulatus fonctionne comme un capteur pour détecter la présence d'ammonium externe pour réguler la nitrogénase. La nitrogénase est constituée de deux métalloprotéines nommées MoFe-protéine et Fe-protéine. L'addition d'ammoniaque à une culture R. capsulatus conduit à une série de réactions qui mènent à la désactivation de la nitrogénase, appelé "nitrogénase switch-off". Une réaction critique dans ce processus est l’ajout d’un groupe ADP-ribose à la Fe-protéine par DraT. L'entrée de l'ammoniac dans la cellule à travers le pore AmtB est contrôlée par la séquestration de GlnK. GlnK est une protéine PII et les protéines PII sont des protéines centrales dans la régulation du métabolisme de l'azote. Non seulement la séquestration de GlnK par AmtB est importante dans la régulation nitrogénase, mais la liaison de l'ammonium par AmtB ou de son transport partiel est également nécessaire. Les complexes AmtB-GlnK sont supposés de lier DraG, l’enzyme responsable pour enlever l'ADP-ribose ajouté à la nitrogénase par DraT, ainsi formant un complexe ternaire. Dans cette thèse certains détails du mécanisme de transduction du signal et de transport d'ammonium ont été examinés par la génération et la caractérisation d’un mutant dirigé, RCZC, (D335A). La capacité de ce mutant, ainsi que des mutants construits précédemment, RCIA1 (D338A), RCIA2 (G344C), RCIA3 (H193E) et RCIA4 (W237A), d’effectuer le « switch-off » de la nitrogénase a été mesurée par chromatographie en phase gazeuse. Les résultats ont révélé que tous les résidus d'acides aminés ci-dessus ont un rôle essentiel dans la régulation de la nitrogénase. L’immunobuvardage a également été effectués afin de vérifier la présence de la Fe-protéine l'ADP-ribosylée. D335, D388 et W237 semblent être cruciales pour l’ADP-ribosylation, puisque les mutants RCZC, RCIA1 et RCIA4 n'a pas montré de l’ADP-ribosylation de la Fe-protéine. En outre, même si une légère ADP-ribosylation a été observée pour RCIA2 (G344C), nous le considérons comme un résidu d'acide aminé important dans la régulation de la nitrogénase. D’un autre coté, le mutant RCIA3 (H193E) a montré une ADP-ribosylation de la Fe-protéine après un choc d'ammonium, par conséquent, il ne semble pas jouer un rôle important dans l’ADP-ribosylation. Par ailleurs R. capsulatus possède une deuxième Amt appelé AmtY, qui, contrairement à AmtB, ne semble pas avoir des rôles spécifiques. Afin de découvrir ses fonctionnalités, AmtY a été surexprimée dans une souche d’E. coli manquant l’AmtB (GT1001 pRSG1) (réalisée précédemment par d'autres membres du laboratoire) et la formation des complexes AmtY-GlnK en réponse à l'addition d’ammoniac a été examinée. Il a été montré que même si AmtY est en mesure de transporter l'ammoniac lorsqu'il est exprimé dans E. coli, elle ne peut pass’ associer à GlnK en réponse à NH4 +.

Synthesis and Spectral Characterization of Lanthanide Complexes with Sulfamethoxazole and Their Antibacterial Activity

A series of nonelectrolytic lanthanide(III) complexes, [ ML 2 Cl 3 ] · 2 H 2 O, where M is lanthanum(III), praseodymium(III), neodymium(III), samarium(III), gadolinium(III), terbium(III), dysprosium(III), and yttrium(III), containing sulfamethoxazole ligand (L) are prepared. The structure and bonding of the ligand are studied by elemental analysis, magnetic susceptibility measurements, IR, 1 H NMR, TG / DTA , X-ray diffraction studies, and electronic spectra of the complexes. The stereochemistry around the metal ions is a monocapped trigonal prism in which four of the coordination sites are occupied by two each from two chelating ligands, sulfonyl oxygen, and nitrogen of the amide group and the remaining three positions are occupied by three chlorines. The ligand and the new complexes were tested in vitro to evaluate their activity against the bacteria Escherichia coli and Staphylococcus aureus.

STUDIES ON HAEMOLYMPH CONSTITUENTS OF INDOPLANORBIS EXUSTUS (DESHAYES) AND LYMNAEA ACUMINATA (LAMARCK) F.RUFESCENS (GRAY) AND THE EFFECTS OF COPPER ON THE ACTIVITY PATTERN OF SELECTED TRANSAMINASES AND PHOSPHATASES

The problem investigated is on the haematological aspects of two freshwater pulmonate snails, Indoplanorbis exustus (Deshayes),and Lymnaea acuminata f.rufescens (Gray). An important aspect of the present investigation is to emphasize the utilization of freshwater organisms as models for research directed at understanding the basic biomedical problems that remain unresolved. Another aspect is to demonstrate how haemolymph can be treated as a tissue because of late, it has been shown that several parameters of blood can be taken as reliable indicators for diagnostic purposes, and also to monitor environmental pollution. The various haematological parameters studied are total haemocyte number,packed cell volume, haemoglobin, and inorganic as well organic constituents in three size groups of both the snail species. The effect of copper toxicity was measured in terms of total haemocyte count, and the activity pattern of selected phosphatases and transaminases.The study concluded that enzyme activity levels can be taken as reliable indicators to monitor pollution. Age is a factor that determines several of the physiological, biochemical and metabolic activities. This study also indicates that haemolymph can be taken as an organ system to study the various changes taking place at organ systems levels.

Electron-Phonon Interaction Within the Framework of the Fluctuating Valence of Copper Atoms — a Theoretical Model for High Temperature Superconductivity

Electron-phonon interaction is considered within the framework of the fluctuating valence of Cu atoms. Anderson's lattice Hamiltonian is suitably modified to take this into account. Using Green's function technique tbe possible quasiparticle excitations' are determined. The quantity 2delta k(O)/ kB Tc is calculated for Tc= 40 K. The calculated values are in good agreement with the experimental results.

Toxicological effects of Copper and Mercury on the fish Macrones gulio (Hamilton-Buchanan)

Asha M. R This thesis Entitled Toxicological effects of copper and mercury on the fish macerones gulio (hamiloton – buchanan).Chapter 1. In this chapter, a broad outline of heavy metal uptake, requirement of a suitable bio — monitoring organism, criteria for a standard test fish, and suitability of Macrones gulig for the toxicological study are given. Chapter 2. This chapter deals with the lethal toxicity bioassays to find the 96 hr LC 50 of copper and mercury for the fish Macrones gglig. The experimental results indicated that of the two metals tested, copper was more toxic than mercury.Chapter 3. The effect of copper and mercury on the haemoglobin, haematocrit, erythrocyte count, MCV, MCH and MCHC was studied.Chapter 4. The glycogen and protein contents of liver and muscle after exposure to copper and mercury were studied. There was a significant decrease of glycogen in the liver and muscle of metal treated fishes.Chapter 5. The histopathological changes of the tissues like liver, kidney and gill after exposure to copper and mercury were studied.