Gene expression regulation and lineage evolution: the North and South tale of the hybrid polyploid Squalius alburnoides complex

The evolution of hybrid polyploid vertebrates, their viability and their perpetuation over evolutionary time have always been questions of great interest. However, little is known about the impact of hybridization and polyploidization on the regulatory networks that guarantee the appropriate quantitative and qualitative gene expression programme. The Squalius alburnoides complex of hybrid fish is an attractive system to address these questions, as it includes a wide variety of diploid and polyploid forms, and intricate systems of genetic exchange. Through the study of genome-specific allele expression of seven housekeeping and tissue-specific genes, we found that a gene copy silencing mechanism of dosage compensation exists throughout the distribution range of the complex. Here we show that the allele-specific patterns of silencing vary within the complex, according to the geographical origin and the type of genome involved in the hybridization process. In southern populations, triploids of S. alburnoides show an overall tendency for silencing the allele from the minority genome, while northern population polyploids exhibit preferential biallelic gene expression patterns, irrespective of genomic composition. The present findings further suggest that gene copy silencing and variable expression of specific allele combinations may be important processes in vertebrate polyploid evolution.

Relatório de estágio em gabinete de engenharia na componente de climatização

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica com especialização em Energia, Climatização e Refrigeração

Towards a complex model of cooperative learning

Este artigo é uma introdução à teoria do paradigma desconstrutivo de aprendizagem cooperativa. Centenas de estudos provam com evidências o facto de que as estruturas e os processos de aprendizagem cooperativa aumentam o desempenho académico, reforçam as competências de aprendizagem ao longo da vida e desenvolvem competências sociais, pessoais de cada aluno de uma forma mais eficaz e usta, comparativamente às estruturas tradicionais de aprendizagem nas escolas. Enfrentando os desafios dos nossos sistemas educativos, seria interessante elaborar o quadro teórico do discurso da aprendizagem cooperativa, dos últimos 40 anos, a partir de um aspeto prático dentro do contexto teórico e metodológico. Nas últimas décadas, o discurso cooperativo elaborou os elementos práticos e teóricos de estruturas e processos de aprendizagem cooperativa. Gostaríamos de fazer um resumo desses elementos com o objetivo de compreender que tipo de mudanças estruturais podem fazer diferenças reais na prática de ensino e aprendizagem. Os princípios básicos de estruturas cooperativas, os papéis de cooperação e as atitudes cooperativas são os principais elementos que podemos brevemente descrever aqui, de modo a criar um quadro para a compreensão teórica e prática de como podemos sugerir os elementos de aprendizagem cooperativa na nossa prática em sala de aula. Na minha perspetiva, esta complexa teoria da aprendizagem cooperativa pode ser entendida como um paradigma desconstrutivo que fornece algumas respostas pragmáticas para as questões da nossa prática educativa quotidiana, a partir do nível da sala de aula para o nível de sistema educativo, com foco na destruição de estruturas hierárquicas e antidemocráticas de aprendizagem e, criando, ao mesmo tempo, as estruturas cooperativas.

A molecular perspective of the Laurencia complex (Ceramiales, Rhodophyta) in Macaronesia region

IV Congress of Marine Sciences. Las Palmas de Gran Canaria, June 11th to 13th 2014.

Contrastive terminology: semitic, anglo-germanic and latin concept building through complex terms. (avoiding one-way method procedures in translation

This paper aims to present a contrastive approach between three different ways of building concepts after proving the similar syntactic possibilities that coexist in terms. However, from the semantic point of view we can see that each language family has a different distribution in meaning. But the most important point we try to show is that the differences found in the psychological process when communicating concepts should guide the translator and the terminologist in the target text production and the terminology planning process. Differences between languages in the information transmission process are due to the different roles the different types of knowledge play. We distinguish here the analytic-descriptive knowledge and the analogical knowledge among others. We also state that none of them is the best when determining the correctness of a term, but there has to be adequacy criteria in the selection process. This concept building or term building success is important when looking at the linguistic map of the information society.

Simulação, em software adequado, da sintomatologia vibracional de avarias mecânicas de máquinas rotativas

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica na Área de Manutenção e Produção

On cluster analysis of complex and heterogeneous data

3rd SMTDA Conference Proceedings, 11-14 June 2014, Lisbon Portugal.

Complementarity of conventional and molecular methods in the assessment of fungal contamination caused by Aspergillus fumigatus complex in one Portuguese composting plant

The handling of waste and compost that occurs frequently in composting plants (compost turning, shredding, and screening) has been shown to be responsible for the release of dust and air borne microorganisms and their compounds in the air. Thermophilic fungi, such as A. fumigatus, have been reported and this kind of contamination in composting facilities has been associated with increased respiratory symptoms among compost workers. This study intended to characterize fungal contamination in a totally indoor composting plant located in Portugal. Besides conventional methods, molecular biology was also applied to overcome eventual limitations.

Novos receptores moleculares baseados em calix[4]arenos: aplicação à química sensorial

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Química

Desenvolvimento de metodologias analíticas para a determinação de resíduos de pesticidas em Vinhos do Douro e Vinhos do Porto

A produção de vinho é uma actividade de elevada importância ao nível económico, ambiental e social. Como tal, a protecção da vinha e/ou da uva através da utilização de pesticidas assume um papel fundamental nesta actividade, permitindo um aumento no rendimento da produção. No entanto, a transferência destes compostos da uva para o vinho é inevitável, ocorrendo, na maioria dos casos, em quantidades reduzidas. Apesar de, geralmente, a quantidade de pesticidas que pode ser transferida para o vinho não apresentar problemas relevantes para a saúde pública, o desenvolvimento de metodologias que permitam garantir um controlo rigoroso da qualidade do vinho é de elevada importância. O controlo deste produto, assim como de qualquer produto alimentar, não deve ser de certa forma virtual, levando a uma desconfiança crescente do consumidor. Ao longo deste trabalho foram desenvolvidos dois métodos para a determinação de pesticidas em diferentes tipos de vinhos, por SPME-GC-MS/MS. O primeiro método desenvolvido visa a determinação de 8 pesticidas organofosforados e o segundo método permite a determinação de 7 pesticidas, 4 organoclorados e 3 dicarboximidas. Foram estudadas quatro matrizes diferentes: vinho branco do Douro, vinho tinto do Douro, vinho branco do Porto e vinho tinto do Porto. As metodologias adoptadas permitiram a obtenção de bons resultados, apesar das condições adoptadas não serem as mais vantajosas para alguns dos compostos estudados. Dada a complexidade das matrizes, a detecção por espectrometria de massa mostrou ser fundamental para a identificação inequívoca de cada um dos pesticidas. Verificaram-se, de um modo geral, bons resultados ao nível da linearidade, para as gamas de concentrações escolhidas, para os dois métodos. Obtiveram-se também bons resultados para os limites de detecção e quantificação, cujos valores se situam abaixo dos limites máximos de resíduos para as uvas, impostos pela regulamentação europeia, para a maioria dos compostos. No caso dos organofosforados, os limites de detecção variam entre 0,05 μg/L e 13,00 μg/L para os pesticidas clorpirifos-metilo e metidatião, respectivamente. Os limites de quantificação variam entre 0,18 μg/L e 43,32 μg/L, também para os pesticidas clorpirifos-metilo e metidatião. No que se refere ao método para os pesticidas organoclorados e dicarboximidas, foram calculados vários limites de detecção para cada composto, em cada matriz estudada, a partir das rectas de calibração diárias, resultando num conjunto de valores com variações significativas entre cada um, para o mesmo pesticida e na mesma matriz. No entanto, apenas os limites de quantificação foram validados, recorrendo-se aos estudos de repetibilidade e precisão intermédia. Obtiveram-se os seguintes limites de quantificação: captana 52,10 μg/L; clortalonil 20,95 μg/L; dicofol 4,37 μg/L; folpete 93,60 μg/L; iprodiona 274,70 μg/L; procimidona 76,04 μg/L e vinclozolina 10,03 μg/L. Os pesticidas metidatião e captana apresentam-se como os compostos mais problemáticos, uma vez que os limites de quantificação obtidos não permitem a garantia do cumprimento dos limites máximos de resíduos regulamentados. Demonstra-se também que, apesar do efeito de matriz ser significativo na determinação de todos os compostos analisados, o mesmo pode ser atenuado, procedendo-se às calibrações nas respectivas matrizes. Observaram-se variações significativas ao nível da resposta do equipamento ao longo do tempo, quer pela alteração das condições operatórias, quer pela decomposição de alguns compostos ao longo do tempo. Este efeito, evidenciado nos estudos das precisões intermédias e repetibilidades, levou à adopção de um método de validação diferente para a determinação de pesticidas organoclorados e dicarboximidas, recorrendo-se então a calibrações diárias e sequências de trabalho mais pequenas.

Neural-network approach to modeling liquid crystals in complex confinement

Finding the structure of a confined liquid crystal is a difficult task since both the density and order parameter profiles are nonuniform. Starting from a microscopic model and density-functional theory, one has to either (i) solve a nonlinear, integral Euler-Lagrange equation, or (ii) perform a direct multidimensional free energy minimization. The traditional implementations of both approaches are computationally expensive and plagued with convergence problems. Here, as an alternative, we introduce an unsupervised variant of the multilayer perceptron (MLP) artificial neural network for minimizing the free energy of a fluid of hard nonspherical particles confined between planar substrates of variable penetrability. We then test our algorithm by comparing its results for the structure (density-orientation profiles) and equilibrium free energy with those obtained by standard iterative solution of the Euler-Lagrange equations and with Monte Carlo simulation results. Very good agreement is found and the MLP method proves competitively fast, flexible, and refinable. Furthermore, it can be readily generalized to the richer experimental patterned-substrate geometries that are now experimentally realizable but very problematic to conventional theoretical treatments.

Complex question answering on semi-structured repositories: a user centric process enhanced with context

A Teia Mundial (Web) foi prevista como uma rede de documentos de hipertexto interligados de forma a criar uma espaço de informação onde humanos e máquinas poderiam comunicar. No entanto, a informação contida na Web tradicional foi/é armazenada de forma não estruturada o que leva a que apenas os humanos a possam consumir convenientemente. Consequentemente, a procura de informações na Web sintáctica é uma tarefa principalmente executada pelos humanos e nesse sentido nem sempre é fácil de concretizar. Neste contexto, tornou-se essencial a evolução para uma Web mais estruturada e mais significativa onde é dado significado bem definido à informação de forma a permitir a cooperação entre humanos e máquinas. Esta Web é usualmente referida como Web Semântica. Além disso, a Web Semântica é totalmente alcançável apenas se os dados de diferentes fontes forem ligados criando assim um repositório de Dados Abertos Ligados (LOD). Com o aparecimento de uma nova Web de Dados (Abertos) Ligados (i.e. a Web Semântica), novas oportunidades e desafios surgiram. Pergunta Resposta (QA) sobre informação semântica é actualmente uma área de investigação activa que tenta tirar vantagens do uso das tecnologias ligadas à Web Semântica para melhorar a tarefa de responder a questões. O principal objectivo do projecto World Search passa por explorar a Web Semântica para criar mecanismos que suportem os utilizadores de domínios de aplicação específicos a responder a questões complexas com base em dados oriundos de diferentes repositórios. No entanto, a avaliação feita ao estado da arte permite concluir que as aplicações existentes não suportam os utilizadores na resposta a questões complexas. Nesse sentido, o trabalho desenvolvido neste documento foca-se em estudar/desenvolver metodologias/processos que permitam ajudar os utilizadores a encontrar respostas exactas/corretas para questões complexas que não podem ser respondidas fazendo uso dos sistemas tradicionais. Tal inclui: (i) Ultrapassar a dificuldade dos utilizadores visionarem o esquema subjacente aos repositórios de conhecimento; (ii) Fazer a ponte entre a linguagem natural expressa pelos utilizadores e a linguagem (formal) entendível pelos repositórios; (iii) Processar e retornar informações relevantes que respondem apropriadamente às questões dos utilizadores. Para esse efeito, são identificadas um conjunto de funcionalidades que são consideradas necessárias para suportar o utilizador na resposta a questões complexas. É também fornecida uma descrição formal dessas funcionalidades. A proposta é materializada num protótipo que implementa as funcionalidades previamente descritas. As experiências realizadas com o protótipo desenvolvido demonstram que os utilizadores efectivamente beneficiam das funcionalidades apresentadas: ▪ Pois estas permitem que os utilizadores naveguem eficientemente sobre os repositórios de informação; ▪ O fosso entre as conceptualizações dos diferentes intervenientes é minimizado; ▪ Os utilizadores conseguem responder a questões complexas que não conseguiam responder com os sistemas tradicionais. Em suma, este documento apresenta uma proposta que comprovadamente permite, de forma orientada pelo utilizador, responder a questões complexas em repositórios semiestruturados.

Electroanalytical determination of oxadiazon and characterization of its base-catalyzed ring-opening products

The electrochemical behavior of the hydrolysis products of oxadiazon was studied by cyclic and square-wave voltammetry using a glassy carbon electrode. Maximum currents were obtained at pH 12.8 in an aqueous electrolyte solution containing 30% ethanol and the current did not decrease with time showing that there was little adsorption of the reaction products on the electrode surface. The hydrolysis products of oxadiazon were identi®ed, after isolation and puri®cation, as 1-trimethylacetyl-2-(2,4-dichloro-5-isopropoxyphenyl)-2-ethoxycarbonylhydrazine (Oxa1) and 1-trimethylacetyl-2-(2,4-dichloro-5-isopropoxyphenyl) hydrazine (Oxa2) with redox potentials 0.6Vand 70.1V (vs. Ag=AgCl), respectively. Based on the electrochemical behavior of 1-trimethylacetyl-2-(2,4-dichloro-5-isopropoxyphenyl) hydrazine (Oxa2) a simple electroanalytical procedure was developed for the determination of oxadiazon in commercial products used in the treatment of rice crops in Portugal that contain oxadiazon as the active ingredient. The detection limit was 161074 M, the mean content and relative standard deviation obtained for seven samples of two different commercial products by the electrochemical method were 28.4 0.8% (Ronstar) and 1.9 0.2% (Ronstar GR), and the recoveries were 100.3 5.4% and 101.1 5.3 %, respectively.

Electrochemical determination of citalopram by adsorptive stripping voltammetry–determination in pharmaceutical products

The electrochemical behavior of citalopram was studied by square-wave and square-wave adsorptive-stripping voltammetry (SWAdSV). Citalopram can be reduced and accumulated at a mercury drop electrode, with a maximum peak current intensity being obtained at a potential of approximately -1.25V vs. AgCl/Ag, in an aqueous electrolyte solution of pH 12. A SWAdSV method has been developed for the determination of citalopram in pharmaceutical preparations. The method shows a linear range between 1.0x10-7 and 2.0x10-6 mol L-1 with a limit of detection of 5x10-8 mol L-1 for an accumulation time of 30 s. The precision of the method was evaluated by assessing the repeatability and intermediate precision, achieving good relative standard deviations in all cases (≤2.3%). The proposed method was applied to the determination of citalopram in five pharmaceutical products and the results obtained are in good agreement with the labeled values.

Antitumor activity of hierridin B, a cyanobacterial secondary metabolite found in both filamentous and unicellular marine strains

Cyanobacteria are widely recognized as a valuable source of bioactive metabolites. The majority of such compounds have been isolated from so-called complex cyanobacteria, such as filamentous or colonial forms, which usually display a larger number of biosynthetic gene clusters in their genomes, when compared to free-living unicellular forms. Nevertheless, picocyanobacteria are also known to have potential to produce bioactive natural products. Here, we report the isolation of hierridin B from the marine picocyanobacterium Cyanobium sp. LEGE 06113. This compound had previously been isolated from the filamentous epiphytic cyanobacterium Phormidium ectocarpi SAG 60.90, and had been shown to possess antiplasmodial activity. A phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene from both strains confirmed that these cyanobacteria derive from different evolutionary lineages. We further investigated the biological activity of hierridin B, and tested its cytotoxicity towards a panel of human cancer cell lines; it showed selective cytotoxicity towards HT-29 colon adenocarcinoma cells.