Hepatocyte gene therapy in a large animal: A neonatal bovine model of citrullinemia

The development of gene-replacement therapy for inborn errors of metabolism has been hindered by the limited number of suitable large-animal models of these diseases and by inadequate methods of assessing the efficacy of treatment. Such methods should provide sensitive detection of expression in vivo and should be unaffected by concurrent pharmacologic and dietary regimens. We present the results of studies in a neonatal bovine model of citrullinemia, an inborn error of urea-cycle metabolism characterized by deficiency of argininosuccinate synthetase and consequent life-threatening hyperammonemia. Measurements of the flux of nitrogen from orally administered 15NH4 to [15N]urea were used to determine urea-cycle activity in vivo. In control animals, these isotopic measurements proved to be unaffected by pharmacologic treatments. Systemic administration of a first-generation E1-deleted adenoviral vector expressing human argininosuccinate synthetase resulted in transduction of hepatocytes and partial correction of the enzyme defect. The isotopic method showed significant restoration of urea synthesis. Moreover, the calves showed clinical improvement and normalization of plasma glutamine levels after treatment. The results show the clinical efficacy of treating a large-animal model of an inborn error of hepatocyte metabolism in conjunction with a method for sensitively measuring correction in vivo. These studies will be applicable to human trials of the treatment of this disorder and other related urea-cycle disorders.

TAK, an HIV Tat-associated kinase, is a member of the cyclin-dependent family of protein kinases and is induced by activation of peripheral blood lymphocytes and differentiation of promonocytic cell lines

We have previously identified a cellular protein kinase activity termed TAK that specifically associates with the HIV types 1 and 2 Tat proteins. TAK hyperphosphorylates the carboxyl-terminal domain of the large subunit of RNA polymerase II in vitro in a manner believed to activate transcription [Herrmann, C. H. & Rice, A. P. (1995) J. Virol. 69, 1612–1620]. We show here that the catalytic subunit of TAK is a known human kinase previously named PITALRE, which is a member of the cyclin-dependent family of proteins. We also show that TAK activity is elevated upon activation of peripheral blood mononuclear cells and peripheral blood lymphocytes and upon differentiation of U1 and U937 promonocytic cell lines to macrophages. Therefore, in HIV-infected individuals TAK may be induced in T cells following activation and in macrophages following differentiation, thus contributing to high levels of viral transcription and the escape from latency of transcriptionally silent proviruses.

Apoptosis mediated by HIV protease is preceded by cleavage of Bcl-2.

Expression of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV) protease in cultured cells leads to apoptosis, preceded by cleavage of bcl-2, a key negative regulator of cell death. In contrast, a high level of bcl-2 protects cells in vitro and in vivo from the viral protease and prevents cell death following HIV infection of human lymphocytes, while reducing the yields of viral structural proteins, infectivity, and tumor necrosis factor alpha. We present a model for HIV replication in which the viral protease depletes the infected cells of bcl-2, leading to oxidative stress-dependent activation of NF kappa B, a cellular factor required for HIV transcription, and ultimately to cell death. Purified bcl-2 is cleaved by HIV protease between phenylalanine 112 and alanine 113. The results suggest a new option for HIV gene therapy; bcl-2 muteins that have noncleavable alterations surrounding the HIV protease cleavage site.

Ensaio clínico randomizado do uso do curativo gel de clorexidina para a prevenção da colonização do cateter venoso central em pacientes adultos críticos

Os acessos venosos são indispensáveis para assistência do paciente em situação crítica. O cateter venoso central (CVC) é um acesso que viabiliza a terapêutica dessa clientela, mas o seu uso pode levar à infecções. Estas infecções ocasionam maior permanência hospitalar, elevam os custos totais das instituições e aumentam a morbidade e a mortalidade do paciente. O uso de curativos como cobertura do sítio de saída do CVC é eficaz na prevenção das infecções relacionadas a estes cateteres, em particular, o uso de curativos impregnados com antissépticos como o curativo gel de clorexidina. Este estudo teve como objetivo comparar a efetividade do curativo gel de clorexidina com a do filme transparente de poliuretano na prevenção da colonização do cateter venoso central em pacientes adultos críticos. Trata-se de estudo experimental, do tipo ensaio clínico randomizado, com tratamentos em paralelo, prospectivo e monocêntrico, realizado de acordo com as recomendações do Consolidated Standards of Reporting Trials (CONSORT). O estudo foi realizado na Unidade de Terapia Intensiva e na Unidade Coronariana de um hospital de ensino do interior do Estado de São Paulo. Participaram do estudo 102 indivíduos hospitalizados nestes locais, divididos aleatoriamente em dois grupos: grupo intervenção, no qual o tipo de cobertura utilizada foi o curativo de gel de clorexidina e grupo controle, que utilizou como cobertura o filme transparente de poliuretano. O desfecho primário mensurado foi a colonização do cateter e os desfechos secundários foram a infecção clínica do sítio de saída, a infecção microbiológica do sítio de saída e a infecção da corrente sanguínea relacionada ao cateter. Para a coleta de dados foi elaborado um instrumento, e este validado quanto ao seu conteúdo e forma por 13 enfermeiros pertencentes aos locais do estudo. Estes profissionais foram treinados para a realização dos curativos e coleta das pontas dos cateteres centrais, swabs dos sítios de saída e hemoculturas. Análises descritivas foram usadas para todas as variáveis do estudo. O teste Exato de Fisher foi utilizado para comparar as proporções de cada desfecho nos grupos de intervenção e controle, e a regressão logística para explorar se a colonização no CVC poderia ser associada com o tempo de uso do cateter e com o Acute Physiology and Chronic Health Evaluation II (APACHE II) dos pacientes do estudo. De acordo com os resultados não houve diferença estatisticamente significante entre a colonização nos dois grupos (p valor = 1.00), para a infecção microbiológica do sítio de saída (p valor = 0.08), para a infecção clínica do sítio de saída (p valor = 0.77) e para as infecções da corrente sanguínea relacionadas ao cateter (p valor = 1,00). Conclui-se que o presente estudo pode contribuir para que as unidades de saúde tenham subsídios para realizar a escolha do tipo de curativo baseado em suas necessidades institucionais e no desenvolvimento de protocolos relacionados à medidas de inserção e manutenção do cateter, bem como medidas educativas permanentes

Avaliação da capacidade funcional de pacientes vítimas de trauma um ano após alta hospitalar

Objetivos: Avaliar a capacidade funcional de pacientes vítimas de trauma um ano após alta hospitalar e verificar associação da capacidade funcional com fatores relacionados ao trauma e à internação hospitalar. Metodologia: Estudo de coorte prospectivo, com pacientes vítimas de trauma grave (Injury Severity Score - ISS >=16), internados entre Junho e Setembro de 2010 em unidade de terapia intensiva (UTI) cirúrgica especializada em paciente politraumatizado de um hospital público de grande porte na cidade de São Paulo, Brasil. Variáveis de interesse como idade, sexo, escore de Glasgow, Acute Physiology and Chronic Health Disease Classification System II (APACHE II), mecanismos de trauma, número de lesões, região corpórea afetada, número de cirurgias, duração da ventilação mecânica (VM) e tempo de internação hospitalar foram coletadas dos prontuários médicos. A capacidade funcional foi avaliada um ano após alta hospitalar utilizando as escalas Glasgow Outcome Scale (GOS) e Escala de Atividades Instrumentais de Vida Diária de Lawton (AIVDL). Os pacientes também foram questionados se haviam retornado ao trabalho ou estudo. Resultados: O seguimento um ano após trauma foi completo em 49 indivíduos, a maioria composta por jovens (36±11 anos), do sexo masculino (81,6%) e vítimas de acidentes de trânsito (71,5%). Cada indivíduo sofreu aproximadamente 4 lesões corporais, acarretando uma média no ISS de 31 ± 14,4. O traumatismo cranioencefálico foi o tipo de lesão mais comum (65,3%). De acordo com a GOS, a maioria dos pacientes apresentou disfunção moderada (43%) ou disfunção leve ou ausente (37%) um ano após o trauma. A escala AIVDL apresentou pontuação média de 12±4 com aproximadamente 60- 70% dos indivíduos capazes de realizar de forma independente a maioria das atividades avaliadas. Escore de Glasgow, APACHE II, duração da VM e tempo de internação hospitalar foram associadas com a capacidade funcional um ano após lesão. A regressão linear múltipla considerando todas as variáveis significativas revelou associação entre a pontuação da escala AIVDL e o tempo de internação hospitalar. Apenas 32,6% dos indivíduos retornaram ao trabalho ou estudo. Conclusões: A maioria dos pacientes vítimas de trauma grave foi capaz de realizar as atividades avaliadas com independência; apenas um terço deles retornou ao trabalho e/ou estudo um ano após alta hospitalar. O tempo de internação hospitalar foi revelado como preditor significativo para a recuperação da capacidade funcional um ano após lesão grave

Assistência de fisioterapia na UTI está relacionada a redução de custos de internação?

Introdução: A unidade de terapia intensiva (UTI) é conhecida por ser um setor de alta complexidade dos pacientes e por seu alto custo ao sistema hospitalar. A gravidade da doença, o tempo de internação na UTI e a necessidade de ventilação mecânica invasiva (VMI) são fatores conhecidos como influenciadores no custo destas unidades, sendo que aproximadamente 30% dos pacientes internados em UTI necessitam de VMI. Os objetivos deste estudo foram avaliar os custos de internação em UTI comparando unidades com assistência de fisioterapia 24 horas e unidades com assistência de fisioterapia 12 horas e analisar o impacto da fisioterapia nos referidos custos. Método: Este é um estudo observacional, prospectivo, realizado em um hospital geral, público e de grande porte, localizado na cidade de São Paulo. Foram incluídos pacientes clínicos e cirúrgicos com 18 anos de idade ou mais, que estiveram em VMI por um período >= 24 horas e que receberam alta da UTI para a enfermaria. A coleta de dados incluiu diagnóstico de internação hospitalar, diagnóstico de admissão na UTI, gravidade do paciente no momento da admissão na UTI através do Acute Physiology and Chronic Health Disease Classification (APACHE II), tempo de VMI e tempo de internação na UTI; para a análise de custos utilizamos a ferramenta Omega French Score. Um modelo de regressão linear múltipla foi construído para verificar a associação entre o custo de internação em UTI com o turno diário de assistência fisioterapêutica. Resultados: Foram incluídos na amostra 815 pacientes, distribuídos em dois grupos conforme o turno de fisioterapia existente na UTI: 332 pacientes em UTI\'s com 24 horas de assistência fisioterapêutica (PT-24) e 483 pacientes em UTI\'s com 12 horas de assistência fisioterapêutica (PT-12). Os grupos não apresentaram diferença quanto ao APACHE II (p=0,65); comparado ao grupo PT-12 o grupo PT-24 era mais velho (p < 0,001), apresentou menor tempo de VMI (p < 0,001) e de internação na UTI (p=0,013). Quanto a análise de custos o grupo PT-24 apresentou custos menores indicados pela menor pontuação no Omega 3 (p=0,005) e Omega Total (p=0,010), menor custo direto, custo com equipe médica e enfermagem (p=0,010). A análise de regressão linear múltipla indicou associação do custo da internação em UTI com as variáveis APACHE II (p < 0,001), tempo de internação da UTI (p < 0,001) e assistência fisioterapêutica em turnos de 24 horas (p=0,05). Conclusão: O grupo com assistência de fisioterapia em turnos de 24 horas apresentou custos menores sendo que a severidade da doença, o tempo de internação na UTI e a assistência de fisioterapia foram variáveis preditoras para redução de custo de internação na UTI

Desfechos tardios de sobreviventes de ensaio clínico randomizado controlado (protocolo ARDSnet vs. Open Lung Approach para o manejo ventilatório da síndrome do desconforto respiratório agudo moderado-grave)

Apesar da utilização da ventilação mecânica protetora como estratégia para o tratamento da síndrome do desconforto respiratório agudo, ao menos um quarto dos pacientes com essa síndrome ainda apresentam redução na função pulmonar após 6 meses de seguimento. Não se sabe se esta redução está relacionada com a gravidade da síndrome ou associada com a forma de ventilar o paciente. Nosso objetivo neste trabalho foi avaliar a associação entre alterações funcionais e estruturais do pulmão com parâmetros de gravidade clínica e de ventilação mecânica. Foi realizada uma análise secundária dos dados obtidos em estudo randomizado e controlado que incluiu pacientes com síndrome do desconforto respiratório agudo moderada/grave, internados em seis unidades de terapia intensiva em um hospital terciário da cidade de São Paulo. Foram analisados dados de pacientes que tinham ao menos um teste de função pulmonar no seguimento. O teste funcional incluiu a medida da capacidade vital forçada, volumes pulmonares e a capacidade de difusão do monóxido de carbono após 1, 2 e 6 meses de seguimento. Foram considerados variáveis independentes o volume corrente, a pressão de distensão e a pressão positiva ao final da expiração (todos medidos após 24 horas da randomização) e um sistema de classificação de prognóstico (APACHE II), a relação PaO2/FIO2 e a complacência respiratória estática (todos medidos antes da randomização). Também foi realizada tomografia de alta resolução do tórax juntamente com os testes de função pulmonar, e posterior análise quantitativa das imagens. Na avaliação de 6 meses também foi realizado teste de caminhada de 6 minutos e um questionário de qualidade de vida (SF-36). Um total de 21 pacientes realizaram o teste de função pulmonar após 1 mês e 15 pacientes realizaram após 2 e 6 meses de seguimento. A capacidade vital forçada foi relacionada inversamente com a pressão de distensão na avaliação de 1, 2 e 6 meses (p < 0,01). A capacidade de difusão do monóxido de carbono relacionou-se inversamente com a pressão de distensão e com o APACHE II (ambos p < 0,01) na avaliação de 1 e 2 meses. Após 6 meses de seguimento, houve correlação inversa entre a pressão de distensão e a capacidade vital forçada independente do volume corrente, da pressão de platô e da complacência estática respiratória após ajustes (R2 = 0,51, p = 0,02). A pressão de distensão também se relacionou com o volume pulmonar total, a densidade pulmonar media e a porcentagem de volume pulmonar não aerado ou pobremente aerado medidos através da análise quantitativa da tomografia computadorizada de tórax realizada na avaliação de 6 meses. Também foi observada relação entre a qualidade de vida após 6 meses de seguimento e a pressão de distensão considerando o domínio estado geral de saúde. Nós concluímos que mesmo em pacientes ventilados com reduzido volume corrente e pressão de platô limitada, maiores valores de pressão de distensão relacionaram-se com menores valores de função pulmonar no seguimento de longo prazo

Multi-objective adaptive evolutionary strategy for tuning compilations

Tuning compilations is the process of adjusting the values of a compiler options to improve some features of the final application. In this paper, a strategy based on the use of a genetic algorithm and a multi-objective scheme is proposed to deal with this task. Unlike previous works, we try to take advantage of the knowledge of this domain to provide a problem-specific genetic operation that improves both the speed of convergence and the quality of the results. The evaluation of the strategy is carried out by means of a case of study aimed to improve the performance of the well-known web server Apache. Experimental results show that a 7.5% of overall improvement can be achieved. Furthermore, the adaptive approach has shown an ability to markedly speed-up the convergence of the original strategy.

La realidad de las transiciones

Los intentos de abordar las causas detonantes de los desplazamientos forzados y de ofrecer soluciones sostenibles para los refugiados, desplazados internos y retornados requieren de un entendimiento más matizado de los detonantes de la violencia y de la transición de la guerra a la paz.

An Exploration of the challenges associated with software logging in large systems

Thesis (Master, Computing) -- Queen's University, 2016-05-29 18:11:34.114

Lightweight Internet Traffic Classification - A Subject Based Solution with Word Embeddings

Internet traffic classification is a relevant and mature research field, anyway of growing importance and with still open technical challenges, also due to the pervasive presence of Internet-connected devices into everyday life. We claim the need for innovative traffic classification solutions capable of being lightweight, of adopting a domain-based approach, of not only concentrating on application-level protocol categorization but also classifying Internet traffic by subject. To this purpose, this paper originally proposes a classification solution that leverages domain name information extracted from IPFIX summaries, DNS logs, and DHCP leases, with the possibility to be applied to any kind of traffic. Our proposed solution is based on an extension of Word2vec unsupervised learning techniques running on a specialized Apache Spark cluster. In particular, learning techniques are leveraged to generate word-embeddings from a mixed dataset composed by domain names and natural language corpuses in a lightweight way and with general applicability. The paper also reports lessons learnt from our implementation and deployment experience that demonstrates that our solution can process 5500 IPFIX summaries per second on an Apache Spark cluster with 1 slave instance in Amazon EC2 at a cost of $ 3860 year. Reported experimental results about Precision, Recall, F-Measure, Accuracy, and Cohen's Kappa show the feasibility and effectiveness of the proposal. The experiments prove that words contained in domain names do have a relation with the kind of traffic directed towards them, therefore using specifically trained word embeddings we are able to classify them in customizable categories. We also show that training word embeddings on larger natural language corpuses leads improvements in terms of precision up to 180%.

Tecnologie per l’analisi in tempo reale di Big Data: prestazioni a confronto

Lo scopo di questo l'elaborato è l'analisi,lo studio e il confronto delle tecnologie per l'analisi in tempo reale di Big Data: Apache Spark Streaming, Apache Storm e Apache Flink. Per eseguire un adeguato confronto si è deciso di realizzare un sistema di rilevamento e riconoscimento facciale all’interno di un video, in maniera da poter parallelizzare le elaborazioni necessarie sfruttando le potenzialità di ogni architettura. Dopo aver realizzato dei prototipi realistici, uno per ogni architettura, si è passati alla fase di testing per misurarne le prestazioni. Attraverso l’impiego di cluster appositamente realizzati in ambiente locale e cloud, sono state misurare le caratteristiche che rappresentavano, meglio di altre, le differenze tra le architetture, cercando di dimostrarne quantitativamente l’efficacia degli algoritmi utilizzati e l’efficienza delle stesse. Si è scelto quindi il massimo input rate sostenibile e la latenza misurate al variare del numero di nodi. In questo modo era possibile osservare la scalabilità di architettura, per analizzarne l’andamento e verificare fino a che limite si potesse giungere per mantenere un compromesso accettabile tra il numero di nodi e l’input rate sostenibile. Gli esperimenti effettuati hanno mostrato che, all’aumentare del numero di worker le prestazioni del sistema migliorano, rendendo i sistemi studiati adatti all’utilizzo su larga scala. Inoltre sono state rilevate sostanziali differenze tra i vari framework, riportando pro e contro di ognuno, cercando di evidenziarne i più idonei al caso di studio.

Report to the Jamaica chamber of commerce on the sugar duties question in England, as the same might affect the future cultivation of the British West India colonies.

"Memorial to the Honorable the Lords commissioners of Her Majesty's treasury": p. [17]-19.

The Hall of Panels in the house of Sir Lawrence Alma-Tadema, R.A. /

Mode of access: Internet.