samExploreR: exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files

MOTIVATION: Data from RNA-seq experiments provide us with many new possibilities to gain insights into biological and disease mechanisms of cellular functioning. However, the reproducibility and robustness of RNA-seq data analysis results is often unclear. This is in part attributed to the two counter acting goals of (a) a cost efficient and (b) an optimal experimental design leading to a compromise, e.g., in the sequencing depth of experiments.

RESULTS: We introduce an R package called samExploreR that allows the subsampling (m out of n bootstraping) of short-reads based on SAM files facilitating the investigation of sequencing depth related questions for the experimental design. Overall, this provides a systematic way for exploring the reproducibility and robustness of general RNA-seq studies. We exemplify the usage of samExploreR by studying the influence of the sequencing depth and the annotation on the identification of differentially expressed genes.

AVAILABILITY: Availability: samExploreR is available as an R package from Bioconductor (after acceptance of the paper, download link: http://www.bio-complexity.com/samExploreR_1.0.0.tar.gz).

Caractérisation structurale de l'aptamère du riborégulateur SAM-I

La détermination de la structure d’une molécule dans une cellule est souvent la première étape à la compréhension de son mode d’action. Un exemple flagrant est le riborégulateur, qui est un ARN hautement structuré capable de lier un ligand et de modifier la régulation génique chez les bactéries. Cette étude se penche sur la structure de l’aptamère d’un riborégulateur pouvant se lier au métabolite S-adénosylméthionine (SAM), qui est impliqué dans des réactions de méthylations essentielles dans une cellule. Plus précisément, le modèle sélectionné pour ces travaux provient de la famille SAM-I et est composé de quatre tiges (P1 à P4). En utilisant des techniques biophysiques telles le FRET et le single-molecule FRET (sm-FRET), nous pouvons comprendre plus en détails le dynamisme structural du repliement de l’aptamère qui se passe en deux étapes. La première étape de repliement de l’aptamère est constituée par la formation de l’état intermédiaire induite par la liaison du magnésium. Cet état a été caractérisé grâce à des mutations nucléotidiques bloquant des changements conformationnels spécifiques. Aussi, cette étude a permis d’ajouter des détails biophysiques sur la dernière étape de repliement de l’aptamère induite par la liaison de SAM. La réorganisation finale du site de liaison implique une rotation de la tige P1. D’ailleurs, la formation de la tige P1 permet le contrôle direct de l’expression génétique. Ces deux étapes permettent à l’aptamère du riborégulateur SAM d’adopter sa structure native essentielle à l’arrêt de transcription. En bref, nous décrivons en détail les mécanismes structuraux expliquant le fonctionnement du riborégulateur SAM. Certains de ces mécanismes pourraient être communs à plusieurs classes de riborégulateurs, d’où l’intérêt de prospecter d’autres cibles.

No la toques más, Sam : algunas notas sobre Adorno y el cine

En este artículo se trata de apuntar algunas de las líneas fundamentales que guían la crítica que Th.W. Adorno llevó a cabo sobre el mundo cinematográfico en vinculación a su reflexión sobre la industria cultural. Adorno abordó el cine desde múltiples perspectivas, que van desde el ámbito musicológico (gracias a su trabajo colaborativo con Hanns Eisler) hasta el sociológico (relacionado con textos tan importantes como Dialéctica de la Ilustración, que escribió a cuatro manos con Max Horkheimer). Uno de los objetivos de este artículo es el de relativizar la extendida idea del disgusto que le produjo el cine al filósofo alemán, tratando de justificar su postura con respecto al séptimo arte en el contexto de su obra completa.

Iron(III) Complexes on a Dendrimeric Basis and Various Amine Core Investigated by Mössbauer Spectroscopy

Dendrimers of various generations were synthesized by the divergent method. Starting from various amine cores (G(0a), G(0b), G(0c)) the generations were built by reaction of the amine with acrylnitrile followed by hydrogenation with DIBAL-H. Treatment with salicylaldehyde creates a fivefold coordination sphere for iron in the molecular periphery. The resulting multinuclear coordination compounds are investigated by Mossbauer spectroscopy.

La fiebre del juego ataca a Tío Sam

Fondo Margaritainés Restrepo

Lecture by Sam Hunter, given at Florida International University, October 24, 1997

Sam Hunter explores the theme of the romantic sublime in the late 19th and early 20th century. Introduction by Dahlia Morgan.

Sam Po Toa Lang

From Kekasih Series no. 1

Tjerita Dahoeloe kala di Negri Tjina Terpoengoet dari Tjerita'an Boekoe Menjanji-an Tjina ja-itoe - Sam Pik Ing Taij

5th print

Tjerita dari Boekoe Sam Kok In - Ia itoe di tjeritaken Soema Tong Siang jang Preksa Perkara Gantiken Giam Lo Ong

Cover contains Terkoempoel dari boekoe Roepa-Roepa Tjerita.