Computational differentiation of N-terminal signal peptides and transmembrane helices

Signal peptides and transmembrane helices both contain a stretch of hydrophobic amino acids. This common feature makes it difficult for signal peptide and transmembrane helix predictors to correctly assign identity to stretches of hydrophobic residues near the N-terminal methionine of a protein sequence. The inability to reliably distinguish between N-terminal transmembrane helix and signal peptide is an error with serious consequences for the prediction of protein secretory status or transmembrane topology. In this study, we report a new method for differentiating protein N-terminal signal peptides and transmembrane helices. Based on the sequence features extracted from hydrophobic regions (amino acid frequency, hydrophobicity, and the start position), we set up discriminant functions and examined them on non-redundant datasets with jackknife tests. This method can incorporate other signal peptide prediction methods and achieve higher prediction accuracy. For Gram-negative bacterial proteins, 95.7% of N-terminal signal peptides and transmembrane helices can be correctly predicted (coefficient 0.90). Given a sensitivity of 90%, transmembrane helices can be identified from signal peptides with a precision of 99% (coefficient 0.92). For eukaryotic proteins, 94.2% of N-terminal signal peptides and transmembrane helices can be correctly predicted with coefficient 0.83. Given a sensitivity of 90%, transmembrane helices can be identified from signal peptides with a precision of 87% (coefficient 0.85). The method can be used to complement current transmembrane protein prediction and signal peptide prediction methods to improve their prediction accuracies. (C) 2003 Elsevier Inc. All rights reserved.

Acute liver failure in children: A regional experience

Objective: To review the outcome of acute liver failure (ALF) and the effect of liver transplantation in children in Australia. Methodology: A retrospective review was conducted of all paediatric patients referred with acute liver failure between 1985 and 2000 to the Queensland Liver Transplant Service, a paediatric liver transplant centre based at the Royal Children's Hospital, Brisbane, that is one of three paediatric transplant centres in Australia. Results: Twenty-six patients were referred with ALF. Four patients did not require transplantation and recovered with medical therapy while two were excluded because of irreversible neurological changes and died. Of the 20 patients considered for transplant, three refused for social and/or religious reasons, with 17 patients listed for transplantation. One patient recovered spontaneously and one died before receiving a transplant. There were 15 transplants of which 40% (6/15) were < 2 years old. Sixty-seven per cent (10/15) survived > 1 month after transplantation. Forty per cent (6/15) survived more than 6 months after transplant. There were only four long-term survivors after transplant for ALF (27%). Overall, 27% (6/22) of patients referred with ALF survived. Of the 16 patients that died, 44% (7/16) were from neurological causes. Most of these were from cerebral oedema but two patients transplanted for valproate hepatotoxicity died from neurological disease despite good graft function. Conclusions: Irreversible neurological disease remains a major cause of death in children with ALF. We recommend better patient selection and early referral and transfer to a transplant centre before onset of irreversible neurological disease to optimize outcome of children transplanted for ALF.

A practical guide to exercise training for heart failure patients

Background: Exercise training has been shown to improve exercise capacity in patients with heart failure. We sought to examine the optimal strategy of exercise training for patients with heart failure. Methods: Review of the published data on the characteristics of the training program, with comparison of physiologic markers of exercise capacity in heart failure patients and healthy individuals and comparison of the change in these characteristics after all exercise training program. Results: Many factors, including the duration, supervision, and venue of exercise training; the volume of working muscle; the delivery mode (eg, continuous vs. intermittent exercise), training intensity; and the concurrent effects of medical treatments may influence the results of exercise training in heart failure. Starting in an individually prescribed and safely monitored hospital-based program, followed by progression to an ongoing and progressive home program of exercise appears to be the best solution to the barriers of anxiety, adherence, and ease of access encountered by the heart failure patient. Conclusions: Various exercise training programs have been shown to improve exercise capacity and symptom status in heart failure, but these improvements may only be preserved with an ongoing maintenance program.

Biaxial failure model for fiber reinforced concrete

Steel fiber reinforced concrete (SFRC) is widely applied in the construction industry. Numerical elastoplastic analysis of the macroscopic behavior is complex. This typically involves a piecewise linear failure curve including corner singularities. This paper presents a single smooth biaxial failure curve for SFRC based on a semianalytical approximation. Convexity of the proposed model is guaranteed so that numerical problems are avoided. The model has sufficient flexibility to closely match experimental results. The failure curve is also suitable for modeling plain concrete under biaxial loading. Since this model is capable of simulating the failure states in all stress regimes with a single envelope, the elastoplastic formulation is very concise and simple. The finite element implementation is developed to demonstrate the conciseness and the effectiveness of the model. The computed results display good agreement with published experimental data.

Left ventricular dyssynchrony predicts benefit of cardiac resynchronization therapy in patients with end-stage heart failure before pacemaker implantation

We evaluated patients with end-stage heart failure who have a high likelihood of response to cardiac resynchronization therapy (biventricular pacing). It appears that 20% of patients do not respond to this expensive therapy despite the use of selection criteria (dilated cardiomyopathy, heart failure, New York Heart Association class II or IV, left ventricular election fraction 120 ms). The presence of left ventricular dys-synchrony is needed to result in improvement after cardiac resynchronization therapy. (C)2003 by Excerpta Medica, Inc.

Mechanisms of exercise training in patients with heart failure

Background The reduction of exercise capacity because of fatigue and dyspnea in patients with heart failure can be improved with exercise training. We sought to examine the mechanisms of exercise training, as an adjunctive treatment strategy for patients with heart failure. Methods a reviewed the published data on the possible mechanisms of effect of exercise training in heart failure. Results Symptoms of heart failure may be explained on the basis of abnormal skeletal muscle perfusion and structure and endothelial function. Exercise training has been shown to engender changes in muscle structure and biochemistry and vascular function, although effects on cardiac function have not been detected uniformly and may require longer training periods. Conclusions A suitable, long-term program of exercise training may reverse unfavorable interactions among the heart, vessels, and skeletal muscles. These improvements may be preserved with an ongoing maintenance program.

A crise do transporte a??reo no Brasil: 2006-2007

Este estudo de caso aborda a crise vivida pelo setor de transporte a??reo brasileiro nos anos de 2006 e 2007. Deflagrada por um acidente de vulto, a crise teve como protagonistas os controladores de tr??fego a??reo, que, sob suspeita de falha funcional e comunica????o dif??cil com as autoridades do setor, reagiram por meio de uma estrat??gia de opera????o-padr??o (greve branca). Essa situa????o, somada ?? escassez de pessoal, provocou, de novembro de 2006 at?? meados de 2007, o descontrole operacional dos principais aeroportos do pa??s, com grandes preju??zos aos usu??rios. Um novo acidente a??reo, no decorrer da crise, agravou ainda mais a situa????o do setor, expondo defici??ncias estruturais e profissionais ?? opini??o p??blica brasileira, em uma ??rea at?? ent??o considerada segura. O caso relata as tentativas de equacionamento da crise por parte das autoridades respons??veis pela pol??tica de transporte a??reo, frente ao descontentamento e ??s reivindica????es dos controladores de tr??fego a??reo e ?? indigna????o da sociedade. O objetivo do estudo de caso ?? ilustrar uma situa????o de crise e de processo de negocia????o, tendo sido originalmente utilizado em uma oficina sobre negocia????es no setor p??blico. O caso pode ser utilizado como material de apoio em cursos que abordem, entre outros, os seguintes t??picos: negocia????o, gest??o de crises, comunica????o e planejamento estrat??gico

Caixas receptoras de correspond??ncias confeccionadas com material recicl??vel

Os Correios t??m como miss??o facilitar as rela????es pessoais e empresariais mediante a oferta de servi??os de correios com ??tica, competitividade, lucratividade e responsabilidade social. Fundamentada em objetivos estrat??gicos, como o de obter padr??es de qualidade e produtividade requeridos pelas partes interessadas e aumentar a percep????o da sociedade em rela????o ?? atua????o da ECT como empresa socialmente respons??vel, a Ag??ncia de Conchas/DR/SPI implantou a????o socioambiental e educacional com a comunidade: a instala????o de caixas receptoras de correspond??ncia em suas resid??ncias, utilizando materiais recicl??veis. O projeto proporcionou ganhos significativos para a Ag??ncia e para os mun??cipes na presta????o de um servi??o com maior qualidade e agilidade a partir da melhoria gradativa das condi????es de entrega nos novos bairros atendidos pelo servi??o, al??m da satisfa????o e do reconhecimento da sociedade com a a????o de inclus??o social

Curso de administra????o de material

O material abrange os seguintes t??picos: t??cnicas modernas de administra????o de materiais;estrutura; funcionamento e desenvolvimento do organismo de material da Administra????o P??blica Federal

Mesa-redonda de pesquisa-a????o em gest??o por compet??ncias: material do participante

A Escola Nacional de Administra????o P??blica, ENAP, em parceria com a Canada School of Public Service, CSPS, vem implementando novas metodologias de abordagem de temas importantes para a melhoria da administra????o p??blica. Em 09 de novembro de 2004 foi instalada a primeira Mesa-redonda de Pesquisa-A????o, ferramenta de pesquisa que tem por objetivo reunir profissionais e especialistas para encontrar solu????es para os desafios enfrentados no servi??o p??blico. O resultado dos debates ?? a publica????o de um material que possa ser ??til a servidores e dirigentes no desempenho de tarefas ou na implementa????o de novas ferramentas de trabalho. A ENAP, cumprindo seu papel de auxiliar na difus??o de conhecimentos no setor p??blico federal, pretende realizar novas mesas periodicamente.

Mesa-redonda de pesquisa-a????o em educa????o a dist??ncia: material do participante

A Escola Nacional de Administra????o P??blica, ENAP, em parceria com a Canada School of Public Service, CSPS, vem implementando novas metodologias de abordagem de temas importantes para a melhoria da administra????o p??blica. Em 09 de novembro de 2004 foi instalada a primeira Mesa-redonda de Pesquisa-A????o, ferramenta de pesquisa que tem por objetivo reunir profissionais e especialistas para encontrar solu????es para os desafios enfrentados no servi??o p??blico. O resultado dos debates ?? a publica????o de um material que possa ser ??til a servidores e dirigentes no desempenho de tarefas ou na implementa????o de novas ferramentas de trabalho. A ENAP, cumprindo seu papel de auxiliar na difus??o de conhecimentos no setor p??blico federal, pretende realizar novas mesas periodicamente.

Variabilidade genética em famílias de meios-irmãos de cafeeiro robusta

O cultivo do café é uma das atividades do agronegócio de maior importância socioeconômica dentre as diferentes atividades ligadas ao comércio agrícola mundial. Uma das maiores contribuições da genética quantitativa para o melhoramento genético é a possibilidade de prever ganhos genéticos. Quando diferentes critérios de seleção são considerados, a predição de ganhos referentes a cada critério tem grande importância, pois indica os melhoristas sobre como utilizar o material genético disponível, visando obter o máximo de ganhos possível para as características de interesse. O presente trabalho foi instalado em julho de 2004, na Fazenda Experimental de Bananal do Norte, conduzida pelo Incaper, no distrito de Pacotuba, município de Cachoeiro de Itapemirim, região Sul do Estado, com o objetivo de selecionar as melhores plantas entre e dentro de progênies de meios- irmãos de Coffea canephora, por meio de diferentes critérios de seleção. Foram realizadas análises de variância individuais e conjuntas para 26 progênies de meios- irmãos Coffea canephora. O delineamento experimental utilizado foi em blocos ao acaso com quatro testemunhas adicionais com quatro repetições e parcela composta por cinco plantas, com o espaçamento de 3,0 m x 1,2 m. Neste trabalho, considerou-se os dados das últimas cinco colheitas. As características mensuradas foram: florescimento, maturação, tamanho do grão, peso, porte, vigor, ferrugem, mancha cercóspora, seca de ponteiros, escala geral, porcentagem de frutos boia e bicho mineiro. Todas as análises estatísticas foram realizadas com o aplicativo computacional em genética e estatística (GENES). Foram estimados os ganhos de seleção em função da porcentagem de seleção de 20% entre e dentro, sendo as mesmas mantidas para todas as características. Todas as características foram submetidas a seleção no sentido positivo, exceto para florescimento, porte, ferrugem, mancha cercóspora, seca de ponteiros, porcentagem de frutos boia e bicho mineiro, para obter decréscimo em suas médias originais. Os critérios de seleção estudados foram: seleção convencional entre e dentro das famílias, índice de seleção combinada, seleção massal e seleção massal estratificada. Esta dissertação é composta por dois capítulos, em que foram realizadas análises biométricas, como a obtenção de estimativas de parâmetros genéticos. Na maioria das características estudadas, verificaram-se diferenças significativas (P<0,05) para genótipos que, associados aos coeficientes de variação genotípicos e também ao coeficiente de determinação genotípico e à relação CVg/CVe, indicam a existência de variabilidade genética nos materiais genéticos para a maioria das características e condições favoráveis para obtenção de ganhos genéticos pela seleção. Essas características também foram correlacionadas. Os dados foram submetidos às análises de variância e multivariada, aplicando-se a técnica de agrupamento e UPGMA, teste de médias e estudo de correlações. Na técnica de agrupamento, foi utilizada a distância generalizada de Mahalanobis como medida de dissimilaridade, e na delimitação dos grupos, o método de Tocher. Foi encontrada diversidade genética para as características associadas à qualidade fisiológica, mobilização de reserva das sementes, dimensões e biomassa das plântulas. Quatro grupos de genótipos puderam ser formados. Peso de massa seca de sementes, redução de reserva de sementes e peso de massa seca de plântulas estão positivamente correlacionados entre si, enquanto a redução de reserva das sementes e a eficiência na conversão dessas reservas em plântulas estão negativamente correlacionadas. De acordo com os resultados obtidos, verificou-se que todas as características apresentaram níveis diferenciados de variabilidade genética e os critérios de seleção utilizados mostraram-se eficientes para o melhoramento, no qual o índice de seleção combinada é o critério de seleção que apresentou os melhores resultados em termos de ganhos, sendo indicado como critério mais apropriado para o melhoramento genético da população estudada. Nos estudos de correlações, em 70% dos casos, a correlação fenotípica foi superior à genotípica, mostrando maior influência dos fatores ambientais em relação aos genotípicos e condições propícias ao melhoramento dos diferentes caracteres. No estudo de divergência genética, observou-se que pelo agrupamento de genótipos, pela técnica de Tocher, indicou que os genótipos foram distribuídos em três grupos.

Análise numérico-experimental do comportamento da aderência aço-concreto

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Civil e Ambiental, 2016.

Fadiga e comportamento tensão-deformação cíclico da liga de alumínio 7050-T7451

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Mecânica, 2016.