Advanced Videoconferencing based on WebRTC

Lately, videoconference applications have experienced an evolution towards the World Wide Web. New technologies have given browsers real-time communications capabilities. In this context, WebRTC aims to provide this functionality by following and defining standards. Being a new effort, WebRTC still lacks advanced videoconferencing services such as session recording, media mixing and adjusting to varying network conditions. This paper analyzes these challenges and proposes an architecture based on a traditional communications entity, the Multipoint Control Unit or MCU as a solution.

Semantic evaluation at large scale (SEALS)

This paper describes the main goals and outcomes of the EU-funded Framework 7 project entitled Semantic Evaluation at Large Scale (SEALS). The growth and success of the Semantic Web is built upon a wide range of Semantic technologies from ontology engineering tools through to semantic web service discovery and semantic search. The evaluation of such technologies ? and, indeed, assessments of their mutual compatibility ? is critical for their sustained improvement and adoption. The SEALS project is creating an open and sustainable platform on which all aspects of an evaluation can be hosted and executed and has been designed to accommodate most technology types. It is envisaged that the platform will become the de facto repository of test datasets and will allow anyone to organise, execute and store the results of technology evaluations free of charge and without corporate bias. The demonstration will show how individual tools can be prepared for evaluation, uploaded to the platform, evaluated according to some criteria and the subsequent results viewed. In addition, the demonstration will show the flexibility and power of the SEALS Platform for evaluation organisers by highlighting some of the key technologies used.

Diseño de una herramienta de inferencia de esquemas XML

A día de hoy, XML (Extensible Markup Language) es uno de los formatos más utilizados para el intercambio y almacenamiento de información estructurada en la World Wide Web. Es habitual que las aplicaciones que utilizan archivos XML presupongan en ellos una estructura determinada, pudiendo producirse errores si se intentase emplear documentos que no la cumplan. A fin de poder expresar este tipo de limitaciones y poder verificar que un documento las cumple, se definió en el mismo estándar XML el DTD, si bien pronto se mostró bastante limitado en cuanto a su capacidad expresiva. Es por este motivo que se decidió crear el XML Schema, un lenguaje XML para definir qué estructura deben tener otros documentos XML. Contar con un esquema tiene múltiples ventajas, siendo la principal de ellas el poder validar documentos contra él para comprobar si su estructura es correcta u otras como la generación automática de código. Sin embargo, definir una estructura común a varios documentos XML de una manera óptima puede convertirse en una tarea ardua si se hace de manera manual. Este problema puede salvarse contando con una herramienta que automatice el proceso de creación de dichos XSDs. En este proyecto, desarrollaremos una herramienta en Java que, a partir de una serie de documentos XML de entrada, inferirá automáticamente un esquema contra el que validen todos ellos, expresando su estructura de manera completa y concisa. Dicha herramienta permitirá elegir varios parámetros de inferencia, a fin de que el esquema generado se adapte lo más posible a los propósitos del usuario. Esta herramienta generará también una serie de estadísticas adicionales, que permitirán conocer más información sobre los ficheros de entrada.

CloudRoom: una plataforma universitaria social, semántica y ubicua

Estamos viviendo la era de la Internetificación. A día de hoy, las conexiones a Internet se asumen presentes en nuestro entorno como una necesidad más. La Web, se ha convertido en un lugar de generación de contenido por los usuarios. Una información generada, que sobrepasa la idea con la que surgió esta, ya que en la mayoría de casos, su contenido no se ha diseñado más que para ser consumido por humanos, y no por máquinas. Esto supone un cambio de mentalidad en la forma en que diseñamos sistemas capaces de soportar una carga computacional y de almacenamiento que crece sin un fin aparente. Al mismo tiempo, vivimos un momento de crisis de la educación superior: los altos costes de una educación de calidad suponen una amenaza para el mundo académico. Mediante el uso de la tecnología, se puede lograr un incremento de la productividad, y una reducción en dichos costes en un campo, en el que apenas se ha avanzado desde el Renacimiento. En CloudRoom se ha diseñado una plataforma MOOC con una arquitectura ajustada a las últimas convenciones en Cloud Computing, que implica el uso de Servicios REST, bases de datos NoSQL, y que hace uso de las últimas recomendaciones del W3C en materia de desarrollo web y Linked Data. Para su construcción, se ha hecho uso de métodos ágiles de Ingeniería del Software, técnicas de Interacción Persona-Ordenador, y tecnologías de última generación como Neo4j, Redis, Node.js, AngularJS, Bootstrap, HTML5, CSS3 o Amazon Web Services. Se ha realizado un trabajo integral de Ingeniería Informática, combinando prácticamente la totalidad de aquellas áreas de conocimiento fundamentales en Informática. En definitiva se han ideado las bases de un sistema distribuido robusto, mantenible, con características sociales y semánticas, que puede ser ejecutado en múltiples dispositivos, y que es capaz de responder ante millones de usuarios. We are living through an age of Internetification. Nowadays, Internet connections are a utility whose presence one can simply assume. The web has become a place of generation of content by users. The information generated surpasses the notion with which the World Wide Web emerged because, in most cases, this content has been designed to be consumed by humans and not by machines. This fact implies a change of mindset in the way that we design systems; these systems should be able to support a computational and storage capacity that apparently grows endlessly. At the same time, our education system is in a state of crisis: the high costs of high-quality education threaten the academic world. With the use of technology, we could achieve an increase of productivity and quality, and a reduction of these costs in this field, which has remained largely unchanged since the Renaissance. In CloudRoom, a MOOC platform has been designed with an architecture that satisfies the last conventions on Cloud Computing; which involves the use of REST services, NoSQL databases, and uses the last recommendations from W3C in terms of web development and Linked Data. For its building process, agile methods of Software Engineering, Human-Computer Interaction techniques, and state of the art technologies such as Neo4j, Redis, Node.js, AngularJS, Bootstrap, HTML5, CSS3 or Amazon Web Services have been used. Furthermore, a comprehensive Informatics Engineering work has been performed, by combining virtually all of the areas of knowledge in Computer Science. Summarizing, the pillars of a robust, maintainable, and distributed system have been devised; a system with social and semantic capabilities, which runs in multiple devices, and scales to millions of users.

WWM...&E?

Su propio nombre ya pretende ser significativo: "World Wide Web", o Telaraña de Ámbito Mundial. De esta forma se trata de representar plásticamente esa creciente red de ordenadores que llamamos Internet. Sin embargo, comparar la WWW con una telaraña parece un exceso de optimismo: al fin y al cabo, una telaraña tiene un orden, un patrón que la hace crecer de una forma más o menos organizada. Una telaraña es el producto del trabajo de un ser que persigue un objetivo. Hay un orden tras el aparente enredo de una telaraña. O, en otras palabras, la complejidad estructural de una red de araña no es tan elevada como puede parecer a primera vista.

Obtención de cartografía derivada empleando servicios OGC : exploración y ejemplo de aplicación.

El objetivo principal de este proyecto será la obtención de una cartografía derivada empleando servicios OGC. Dado que se desconoce la funcionalidad y disponibilidad de dichos servicios se tendrá que hacer un análisis a priori de dichos servicios y a partir de este se seleccionará una zona de trabajo, objetivo y escala adecuada del mapa final. Objetivos Específicos: - Exploración y análisis de las diferentes IDEs dependientes de organizaciones oficiales. - Analizar la disponibilidad real de datos en sus correspondientes servicios de WFS, así como sus posibilidades de descarga y necesidad de registro. - Elección de una zona de trabajo, fin del mapa y escala adecuada. - Creación de una cartografía base. - Creación del mapa del Camino de Santiago a su paso por La Rioja y Navarra, relacionado con los monumentos y bodegas de la zona. - Impresión y maquetación.na de trabajo, objetivo y escala adecuada del mapa final. El Open Geospatial Consortium (OGC) fue creado en 1994 y agrupa (en febrero de 2009) a 372 organizaciones públicas y privadas. Su fin es la definición de estándares abiertos e interoperables dentro de los Sistemas de Información Geográfica y de la World Wide Web. Persigue acuerdos entre las diferentes empresas del sector que posibiliten la interoperación de sus sistemas de geoprocesamiento y facilitar el intercambio de la información geográfica en beneficio de los usuarios. Facilitar el acceso del público en general a productos cartográficos y descargas de información geográfica de gran calidad, siempre actualizados y cumpliendo requisitos de interoperabilidad. En este análisis tenemos en cuenta los siguientes servicios: - Web Map Service (WMS), o Servicios Web de Mapas - Web Feature Services (WFS), o Servicios Web de Entidades vectoriales - Web Coverage Services (WCS), o Servicios Web de Coberturas ráster.

Análisis de características estáticas de ficheros ejecutables para la clasificación de Malware

El Malware es una grave amenaza para la seguridad de los sistemas. Con el uso generalizado de la World Wide Web, ha habido un enorme aumento en los ataques de virus, haciendo que la seguridad informática sea esencial para todas las computadoras y se expandan las áreas de investigación sobre los nuevos incidentes que se generan, siendo una de éstas la clasificación del malware. Los “desarrolladores de malware” utilizan nuevas técnicas para generar malware polimórfico reutilizando los malware existentes, por lo cual es necesario agruparlos en familias para estudiar sus características y poder detectar nuevas variantes de los mismos. Este trabajo, además de presentar un detallado estado de la cuestión de la clasificación del malware de ficheros ejecutables PE, presenta un enfoque en el que se mejora el índice de la clasificación de la base de datos de Malware MALICIA utilizando las características estáticas de ficheros ejecutables Imphash y Pehash, utilizando dichas características se realiza un clustering con el algoritmo clustering agresivo el cual se cambia con la clasificación actual mediante el algoritmo de majority voting y la característica icon_label, obteniendo un Precision de 99,15% y un Recall de 99,32% mejorando la clasificación de MALICIA con un F-measure de 99,23%.---ABSTRACT---Malware is a serious threat to the security of systems. With the widespread use of the World Wide Web, there has been a huge increase in virus attacks, making the computer security essential for all computers. Near areas of research have append in this area including classifying malware into families, Malware developers use polymorphism to generate new variants of existing malware. Thus it is crucial to group variants of the same family, to study their characteristics and to detect new variants. This work, in addition to presenting a detailed analysis of the problem of classifying malware PE executable files, presents an approach in which the classification in the Malware database MALICIA is improved by using static characteristics of executable files, namely Imphash and Pehash. Both features are evaluated through clustering real malware with family labels with aggressive clustering algorithm and combining this with the current classification by Majority voting algorithm, obtaining a Precision of 99.15% and a Recall of 99.32%, improving the classification of MALICIA with an F-measure of 99,23%.

Seven challenges for RESTful transaction models

The REpresentational State Transfer (REST) architectural style describes the design principles that made the World Wide Web scalable and the same principles can be applied in enterprise context to do loosely coupled and scalable application integration. In recent years, RESTful services are gaining traction in the industry and are commonly used as a simpler alternative to SOAP Web Services. However, one of the main drawbacks of RESTful services is the lack of standard mechanisms to support advanced quality-ofservice requirements that are common to enterprises. Transaction processing is one of the essential features of enterprise information systems and several transaction models have been proposed in the past years to fulfill the gap of transaction processing in RESTful services. The goal of this paper is to analyze the state-of-the-art RESTful transaction models and identify the current challenges.

Formalisation and experiences of R2RML-based SPARQL to SQL query translation using Morph

R2RML is used to specify transformations of data available in relational databases into materialised or virtual RDF datasets. SPARQL queries evaluated against virtual datasets are translated into SQL queries according to the R2RML mappings, so that they can be evaluated over the underlying relational database engines. In this paper we describe an extension of a well-known algorithm for SPARQL to SQL translation, originally formalised for RDBMS-backed triple stores, that takes into account R2RML mappings. We present the result of our implementation using queries from a synthetic benchmark and from three real use cases, and show that SPARQL queries can be in general evaluated as fast as the SQL queries that would have been generated by SQL experts if no R2RML mappings had been used.

Desarrollo de un portal de monitorización y análisis de estadísticas de sesiones de comunicación en tiempo real

En este Trabajo de Fin de Grado se va a explicar el procedimiento seguido a la hora de estudiar, diseñar y desarrollar Ackuaria, un portal de monitorización y análisis de estadísticas de comunicaciones en tiempo real. Después, se mostrarán los resultados obtenidos y la interfaz gráfica desarrollada para una mejor experiencia de usuario. Ackuaria se apoyará en el uso de Licode, un proyecto de código libre desarrollado en la Universidad Politécnica de Madrid, más concretamente en el Grupo de Internet de Nueva Generación de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros de Telecomunicación. Licode ofrece la posibilidad de crear un servicio de streaming y videoconferencia en la propia infraestructura del usuario. Está diseñado para ser totalmente escalable y su uso está orientado principalmente al Cloud, aunque es perfectamente utilizable en una infraestructura física. Licode a su vez se basa en WebRTC, un protocolo desarrollado por la W3C (World Wide Web Consortium) y el IETF (Internet Engineering Task Force) pensado para poder transmitir y recibir flujos de audio, video y datos a través del navegador. No necesita ninguna instalación adicional, por lo que establecer una sesión de videoconferencia Peer-to-Peer es realmente sencillo. Con Licode se usa una MCU (Multipoint Control Unit) para evitar que todas las conexiones entre los usuarios sean Peer-To-Peer. Actúa como un cliente WebRTC más por el que pasan todos los flujos, que se encarga de multiplexar y redirigir donde sea necesario. De esta forma se ahorra ancho de banda y recursos del dispositivo de una forma muy significativa. Existe la creciente necesidad de los usuarios de Licode y de cualquier servicio de videoconferencia en general de poder gestionar su infraestructura a partir de datos y estadísticas fiables. Sus objetivos son muy variados: desde estudiar el comportamiento de WebRTC en distintos escenarios hasta monitorizar el uso de los usuarios para poder contabilizar después el tiempo publicado por cada uno. En todos los casos era común la necesidad de disponer de una herramienta que permitiese conocer en todo momento qué está pasando en el servicio de Licode, así como de almacenar toda la información para poder ser analizada posteriormente. Para conseguir desarrollar Ackuaria se ha realizado un estudio de las comunicaciones en tiempo real con el objetivo de determinar qué parámetros era indispensable y útil monitorizar. A partir de este estudio se ha actualizado la arquitectura de Licode para que obtuviese todos los datos necesarios y los enviase de forma que pudiesen ser recogidos por Ackuaria. El portal de monitorización entonces tratará esa información y la mostrará de forma clara y ordenada, además de proporcionar una API REST al usuario.

Guidelines for Linked Data generation and publication: an example in building energy consumption

Linked Data is the key paradigm of the Semantic Web, a new generation of the World Wide Web that promises to bring meaning (semantics) to data. A large number of both public and private organizations have published their data following the Linked Data principles, or have done so with data from other organizations. To this extent, since the generation and publication of Linked Data are intensive engineering processes that require high attention in order to achieve high quality, and since experience has shown that existing general guidelines are not always sufficient to be applied to every domain, this paper presents a set of guidelines for generating and publishing Linked Data in the context of energy consumption in buildings (one aspect of Building Information Models). These guidelines offer a comprehensive description of the tasks to perform, including a list of steps, tools that help in achieving the task, various alternatives for performing the task, and best practices and recommendations. Furthermore, this paper presents a complete example on the generation and publication of Linked Data about energy consumption in buildings, following the presented guidelines, in which the energy consumption data of council sites (e.g., buildings and lights) belonging to the Leeds City Council jurisdiction have been generated and published as Linked Data.

Strong Connectivity in Directed Hypergraphs and its Application to the Atomic Decomposition of Ontologies

Los hipergrafos dirigidos se han empleado en problemas relacionados con lógica proposicional, bases de datos relacionales, linguística computacional y aprendizaje automático. Los hipergrafos dirigidos han sido también utilizados como alternativa a los grafos (bipartitos) dirigidos para facilitar el estudio de las interacciones entre componentes de sistemas complejos que no pueden ser fácilmente modelados usando exclusivamente relaciones binarias. En este contexto, este tipo de representación es conocida como hiper-redes. Un hipergrafo dirigido es una generalización de un grafo dirigido especialmente adecuado para la representación de relaciones de muchos a muchos. Mientras que una arista en un grafo dirigido define una relación entre dos de sus nodos, una hiperarista en un hipergrafo dirigido define una relación entre dos conjuntos de sus nodos. La conexión fuerte es una relación de equivalencia que divide el conjunto de nodos de un hipergrafo dirigido en particiones y cada partición define una clase de equivalencia conocida como componente fuertemente conexo. El estudio de los componentes fuertemente conexos de un hipergrafo dirigido puede ayudar a conseguir una mejor comprensión de la estructura de este tipo de hipergrafos cuando su tamaño es considerable. En el caso de grafo dirigidos, existen algoritmos muy eficientes para el cálculo de los componentes fuertemente conexos en grafos de gran tamaño. Gracias a estos algoritmos, se ha podido averiguar que la estructura de la WWW tiene forma de “pajarita”, donde más del 70% del los nodos están distribuidos en tres grandes conjuntos y uno de ellos es un componente fuertemente conexo. Este tipo de estructura ha sido también observada en redes complejas en otras áreas como la biología. Estudios de naturaleza similar no han podido ser realizados en hipergrafos dirigidos porque no existe algoritmos capaces de calcular los componentes fuertemente conexos de este tipo de hipergrafos. En esta tesis doctoral, hemos investigado como calcular los componentes fuertemente conexos de un hipergrafo dirigido. En concreto, hemos desarrollado dos algoritmos para este problema y hemos determinado que son correctos y cuál es su complejidad computacional. Ambos algoritmos han sido evaluados empíricamente para comparar sus tiempos de ejecución. Para la evaluación, hemos producido una selección de hipergrafos dirigidos generados de forma aleatoria inspirados en modelos muy conocidos de grafos aleatorios como Erdos-Renyi, Newman-Watts-Strogatz and Barabasi-Albert. Varias optimizaciones para ambos algoritmos han sido implementadas y analizadas en la tesis. En concreto, colapsar los componentes fuertemente conexos del grafo dirigido que se puede construir eliminando ciertas hiperaristas complejas del hipergrafo dirigido original, mejora notablemente los tiempos de ejecucion de los algoritmos para varios de los hipergrafos utilizados en la evaluación. Aparte de los ejemplos de aplicación mencionados anteriormente, los hipergrafos dirigidos han sido también empleados en el área de representación de conocimiento. En concreto, este tipo de hipergrafos se han usado para el cálculo de módulos de ontologías. Una ontología puede ser definida como un conjunto de axiomas que especifican formalmente un conjunto de símbolos y sus relaciones, mientras que un modulo puede ser entendido como un subconjunto de axiomas de la ontología que recoge todo el conocimiento que almacena la ontología sobre un conjunto especifico de símbolos y sus relaciones. En la tesis nos hemos centrado solamente en módulos que han sido calculados usando la técnica de localidad sintáctica. Debido a que las ontologías pueden ser muy grandes, el cálculo de módulos puede facilitar las tareas de re-utilización y mantenimiento de dichas ontologías. Sin embargo, analizar todos los posibles módulos de una ontología es, en general, muy costoso porque el numero de módulos crece de forma exponencial con respecto al número de símbolos y de axiomas de la ontología. Afortunadamente, los axiomas de una ontología pueden ser divididos en particiones conocidas como átomos. Cada átomo representa un conjunto máximo de axiomas que siempre aparecen juntos en un modulo. La decomposición atómica de una ontología es definida como un grafo dirigido de tal forma que cada nodo del grafo corresponde con un átomo y cada arista define una dependencia entre una pareja de átomos. En esta tesis introducimos el concepto de“axiom dependency hypergraph” que generaliza el concepto de descomposición atómica de una ontología. Un modulo en una ontología correspondería con un componente conexo en este tipo de hipergrafos y un átomo de una ontología con un componente fuertemente conexo. Hemos adaptado la implementación de nuestros algoritmos para que funcionen también con axiom dependency hypergraphs y poder de esa forma calcular los átomos de una ontología. Para demostrar la viabilidad de esta idea, hemos incorporado nuestros algoritmos en una aplicación que hemos desarrollado para la extracción de módulos y la descomposición atómica de ontologías. A la aplicación la hemos llamado HyS y hemos estudiado sus tiempos de ejecución usando una selección de ontologías muy conocidas del área biomédica, la mayoría disponibles en el portal de Internet NCBO. Los resultados de la evaluación muestran que los tiempos de ejecución de HyS son mucho mejores que las aplicaciones más rápidas conocidas. ABSTRACT Directed hypergraphs are an intuitive modelling formalism that have been used in problems related to propositional logic, relational databases, computational linguistic and machine learning. Directed hypergraphs are also presented as an alternative to directed (bipartite) graphs to facilitate the study of the interactions between components of complex systems that cannot naturally be modelled as binary relations. In this context, they are known as hyper-networks. A directed hypergraph is a generalization of a directed graph suitable for representing many-to-many relationships. While an edge in a directed graph defines a relation between two nodes of the graph, a hyperedge in a directed hypergraph defines a relation between two sets of nodes. Strong-connectivity is an equivalence relation that induces a partition of the set of nodes of a directed hypergraph into strongly-connected components. These components can be collapsed into single nodes. As result, the size of the original hypergraph can significantly be reduced if the strongly-connected components have many nodes. This approach might contribute to better understand how the nodes of a hypergraph are connected, in particular when the hypergraphs are large. In the case of directed graphs, there are efficient algorithms that can be used to compute the strongly-connected components of large graphs. For instance, it has been shown that the macroscopic structure of the World Wide Web can be represented as a “bow-tie” diagram where more than 70% of the nodes are distributed into three large sets and one of these sets is a large strongly-connected component. This particular structure has been also observed in complex networks in other fields such as, e.g., biology. Similar studies cannot be conducted in a directed hypergraph because there does not exist any algorithm for computing the strongly-connected components of the hypergraph. In this thesis, we investigate ways to compute the strongly-connected components of directed hypergraphs. We present two new algorithms and we show their correctness and computational complexity. One of these algorithms is inspired by Tarjan’s algorithm for directed graphs. The second algorithm follows a simple approach to compute the stronglyconnected components. This approach is based on the fact that two nodes of a graph that are strongly-connected can also reach the same nodes. In other words, the connected component of each node is the same. Both algorithms are empirically evaluated to compare their performances. To this end, we have produced a selection of random directed hypergraphs inspired by existent and well-known random graphs models like Erd˝os-Renyi and Newman-Watts-Strogatz. Besides the application examples that we mentioned earlier, directed hypergraphs have also been employed in the field of knowledge representation. In particular, they have been used to compute the modules of an ontology. An ontology is defined as a collection of axioms that provides a formal specification of a set of terms and their relationships; and a module is a subset of an ontology that completely captures the meaning of certain terms as defined in the ontology. In particular, we focus on the modules computed using the notion of syntactic locality. As ontologies can be very large, the computation of modules facilitates the reuse and maintenance of these ontologies. Analysing all modules of an ontology, however, is in general not feasible as the number of modules grows exponentially in the number of terms and axioms of the ontology. Nevertheless, the modules can succinctly be represented using the Atomic Decomposition of an ontology. Using this representation, an ontology can be partitioned into atoms, which are maximal sets of axioms that co-occur in every module. The Atomic Decomposition is then defined as a directed graph such that each node correspond to an atom and each edge represents a dependency relation between two atoms. In this thesis, we introduce the notion of an axiom dependency hypergraph which is a generalization of the atomic decomposition of an ontology. A module in the ontology corresponds to a connected component in the hypergraph, and the atoms of the ontology to the strongly-connected components. We apply our algorithms for directed hypergraphs to axiom dependency hypergraphs and in this manner, we compute the atoms of an ontology. To demonstrate the viability of this approach, we have implemented the algorithms in the application HyS which computes the modules of ontologies and calculate their atomic decomposition. In the thesis, we provide an experimental evaluation of HyS with a selection of large and prominent biomedical ontologies, most of which are available in the NCBO Bioportal. HyS outperforms state-of-the-art implementations in the tasks of extracting modules and computing the atomic decomposition of these ontologies.

AS INOVAÇÕES TECNOLÓGICAS E OS INTERMEDIÁRIOS DA PRODUÇÃO E DO ACESSO À INFORMAÇÃO JORNALÍSTICA

O jornalismo é um dos principais meios de oferta de temas para a discussão e formação da opinião pública, porém depende de um sistema técnico para ser transmitido. Durante mais de cem anos as informações produzidas pela imprensa foram emitidas, armazenadas, transmitidas e recebidas pelos chamados veículos de comunicação de massa que utilizam a rede centralizada cujas características estão na escassez material, produção em série e massificação. Esse sistema separa no tempo e no espaço emissores e receptores criando uma relação desigual de força em que as grandes empresas controlaram o fluxo informativo, definindo quais fatos seriam veiculados como notícia. Em 1995, a internet cuja informação circula sob a tecnologia da rede distribuída, foi apropriada pela sociedade, alterando a forma de produção, armazenamento e transmissão de informação. A tecnologia despertou a esperança de que esta ferramenta poderia proporcionar uma comunicação mais dialógica e democrática. Mas aos poucos pode-se perceber novas empresas se apropriando da tecnologia da rede distribuída sob a qual circula a internet, gerando um novo controle do fluxo informativo. Realizou-se nessa pesquisa um levantamento bibliográfico para estabelecer uma reflexão crítica dos diferentes intermediários entre fato e a notícia tanto da rede centralizada como na rede distribuída, objetivando despertar uma discussão que possa oferecer novas ideias para políticas, bem como alternativas para uma comunicação mais democrática e mais libertária.

Computerized polymorphic marker identification: Experimental validation and a predicted human polymorphism catalog

A computational system for the prediction of polymorphic loci directly and efficiently from human genomic sequence was developed and verified. A suite of programs, collectively called pompous (polymorphic marker prediction of ubiquitous simple sequences) detects tandem repeats ranging from dinucleotides up to 250 mers, scores them according to predicted level of polymorphism, and designs appropriate flanking primers for PCR amplification. This approach was validated on an approximately 750-kilobase region of human chromosome 3p21.3, involved in lung and breast carcinoma homozygous deletions. Target DNA from 36 paired B lymphoblastoid and lung cancer lines was amplified and allelotyped for 33 loci predicted by pompous to be variable in repeat size. We found that among those 36 predominately Caucasian individuals 22 of the 33 (67%) predicted loci were polymorphic with an average heterozygosity of 0.42. Allele loss in this region was found in 27/36 (75%) of the tumor lines using these markers. pompous provides the genetic researcher with an additional tool for the rapid and efficient identification of polymorphic markers, and through a World Wide Web site, investigators can use pompous to identify polymorphic markers for their research. A catalog of 13,261 potential polymorphic markers and associated primer sets has been created from the analysis of 141,779,504 base pairs of human genomic sequence in GenBank. This data is available on our Web site (pompous.swmed.edu) and will be updated periodically as GenBank is expanded and algorithm accuracy is improved.

Prediction of operons in microbial genomes

Operon structure is an important organization feature of bacterial genomes. Many sets of genes occur in the same order on multiple genomes; these conserved gene groupings represent candidate operons. This study describes a computational method to estimate the likelihood that such conserved gene sets form operons. The method was used to analyze 34 bacterial and archaeal genomes, and yielded more than 7600 pairs of genes that are highly likely (P ≥ 0.98) to belong to the same operon. The sensitivity of our method is 30–50% for the Escherichia coli genome. The predicted gene pairs are available from our World Wide Web site http://www.tigr.org/tigr-scripts/operons/operons.cgi.