Gene Ontology Function prediction in Mollicutes using Protein-Protein Association Networks

Abstract Background: Many complex systems can be represented and analysed as networks. The recent availability of large-scale datasets, has made it possible to elucidate some of the organisational principles and rules that govern their function, robustness and evolution. However, one of the main limitations in using protein-protein interactions for function prediction is the availability of interaction data, especially for Mollicutes. If we could harness predicted interactions, such as those from a Protein-Protein Association Networks (PPAN), combining several protein-protein network function-inference methods with semantic similarity calculations, the use of protein-protein interactions for functional inference in this species would become more potentially useful. Results: In this work we show that using PPAN data combined with other approximations, such as functional module detection, orthology exploitation methods and Gene Ontology (GO)-based information measures helps to predict protein function in Mycoplasma genitalium. Conclusions: To our knowledge, the proposed method is the first that combines functional module detection among species, exploiting an orthology procedure and using information theory-based GO semantic similarity in PPAN of the Mycoplasma species. The results of an evaluation show a higher recall than previously reported methods that focused on only one organism network.

Fastidious intracellular bacteria as causal agents of community-acquired pneumonia.

Intracellular bacteria are common causes of community-acquired pneumonia that grow poorly or not at all on standard culture media and do not respond to beta-lactam antibiotic therapy. Apart from well-established agents of pneumonia such as Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia psittaci and Coxiella burnetii, some new emerging pathogens have recently been recognized, mainly Parachlamydia acanthamoebae and Simkania negevensis, two Chlamydia-related bacteria. Most of them are causes of benign and self-limited infections. However, they may cause severe pneumonia in some cases (i.e., Legionnaires' disease) and they may cause outbreaks representing a public health problem deserving prompt recognition and appropriate therapy. Although extrapulmonary manifestations are often present, no clinical features allow them to be distinguished from classical bacterial agents of pneumonia such as Streptococcus pneumoniae. Thus, specific molecular diagnostic tools are very helpful for early recognition of the offending bacteria, whereas serology often only allows retrospective or late diagnosis. Macrolides remain the best empirical treatment of intracellular respiratory pathogens, although some observational studies suggest that quinolones may be superior for the treatment of legionellosis.

A survey of potential vectors of apricot chlorotic leaf roll

A comparative survey was done in leafhopper populations captured in apricot orchards in two areas of Valencia, one with considerable natural spread of apricot chlorotic leaf roll (ACLR), and the other where such natural spread is virtually nonexistent. An identification of the leafhopper species found in the first and in the second area suggest that Neoaliturus haematoceps and/or Neoaliturus fertestratus are the potential vectors of ACLR, at least under the conditions of Valencia province. Psammotettix striatus and Austroagallia sinuata are potential secondary vextors of ACLR.

Investigaciones sobre la detección, difusión natural y control del enrollamiento clorótico del albaricoquero

Se ha aplicado la técnica de la tinción con el fluorocromo DAPI (4'-6- diamidino- 2-fenilindol) a la detección de organismos del tipo micoplasma («mycoplasma-like organisms» o MLOs) y al seguimiento, a lo largo de un año, de la distribución de MLOs en albaricoqueros enfermos de enrollamiento clorótico («apricot chloroiic leaf roll» o ACLR). Los resultados obtenidos confirman la poca fiabilidad de esta técnica para la detección precoz de micoplasmosis en árboles frutales, a causa de la baja concentración e irregular distribución de MLOs dentro de los árboles enfermos. Én cambio, la tinción con DAPI es útil para la observación a lo largo del año de la distribución de MLOs en diferentes partes de los árboles infectados por ACLR. A lo largo del invierno y la primavera, los MLOs fueron detectados solamente en las raíces y en los ramos formados el año anterior. La presencia de MLOs en los nuevos brotes no pudo ser detectada hasta el principio del verano. En trabajos previos se observaron grandes variaciones en la difusión natural del ACLR, incluso entre áreas próximas de la misma provincia de Valencia. Las investigaciones efectuadas ahora sobre las poblaciones de cicadélidos han mostrado que tanto el número de especies como el de individuos capturados son superiores en un área con una importante difusión natural del ACLR que en otra zona donde la difusión de la enfermedad es prácticamente nula. Las diferencias entre los cicadélidos capturados en estas dos áreas han proporcionado indicaciones acerca de las especies que tienen más probabilidades de ser vectores del ACLR. Se ha estudiado también, durante tres años, la influencia de tratamientos insecticidas y herbicidas sobre la difusión natural del ACLR en una plantación de albaricoqueros. En la mitad de la plantación que se dejó sin tratar, el número de cicadélidos capturados, así como el de nuevos árboles con síntomas de ACLR fue mayor que en la parte de la plantación que había sido tratada.

Approches diagnostiques des bactéries intracellulaires et des germes fastidieux [Diagnostic approach of intracellular bacteria and fastidious microorganisms].

Obligate or facultative intracellular bacteria are fastidious organisms that do not or poorly grow on conventional culture media. Some of them may be the cause of frequent and potentially severe infections, such as tuberculosis (Myco- bacterium tuberculosis), community-acquired respiratory infections (Legionella spp., Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae) or blood culture-negative endocarditis (Coxiella burnetii, Bartonella spp., Tropheryma whipplei). The objective of this paper is to provide a comprehensive summary of the available and recommended diagnostic tests for the detection of these fastidious organisms in clinical practice.

Pienen lapsen uloshengitysvaikeus

Tausta: Uloshengitysvaikeus on pienten lasten tavallinen sairaus. Monissa tutkimuksissa sen yleisimmäksi aiheuttajaksi on todettu respiratory syncytial virus infektio (RSV). Muiden virusten ja bakteereiden merkitys on vähemmän tunnettu. Pienten lasten uloshengitysvaikeuden hoito on vakiintumaton. Systeemisen prednisolonihoidon tehoa uloshengitysvaikeuksissa ei ole tutkittu muiden virusinfektioiden kuin RSV:n yhteydessä. Tavoitteet: Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää lasten sairaalahoitoa edellyttäneen uloshengitysvaikeuden virusetiologia ja siihen liittyvät bakteeri-infektiot sekä systeemisen prednisolonihoidon teho suhteessa eri viruksiin. Lisäksi tavoitteena oli etsiä toistuvan uloshengitysvaikeuden riskitekijöitä ja selvittää prednisolonin teho riskiryhmiin kuuluvilla lapsilla. Menetelmät: Vuosien 2000–2002 aikana selvitettiin Turun yliopistollisessa keskussairaalassa uloshengitysvaikeuden vuoksi hoidetun 293 iältään 3 kuukauden - 16 vuotiaan lapsen tautietiologia. Nenänielun imulimanäytteestä tutkittiin viruksia viljelyn, antigeenin osoituksen sekä genomin monistustekniikan (PCR) avulla. Taudin akuutissa ja toipilasvaiheessa analysoitiin seeruminäytteistä vasta-ainepitoisuudet viruksia ja bakteereita vastaan. Bakteeri-infektioita etsittiin myös kliinisten, hematologisten ja radiologisten tutkimusten avulla. Satunnaistetulla, kaksoissokolla lumekontrolloidulla tutkimuksella selvitettiin prednisolonin kliinistä tehoa RSV- ja rinovirusinfektioissa alle 3 vuoden ikäisillä lapsilla. Toistuvan uloshengitysvaikeuden esiintymistä selvitettiin seuraamalla vuoden ajan 118 lasta, joilla oli ollut ensimmäinen uloshengitysvaikeuskohtaus. Tulokset: Todennäköinen uloshengitysvaikeuden aiheuttava virus löytyi 88 %:lta lapsista. Yleisimmät virukset olivat RSV (27 %) ja rinovirus (24 %). Kahden tai kolmen viruksen infektio todettiin 19 %:lla lapsista. Yleisin todennäköinen bakteeri-infektio oli akuutti välikorvatulehdus, joka todettiin 44 %:lla lapsista. Bakteeri-infektion serologinen osoitus saatiin 18 %:lla lapsista. Tavallisimmat bakteerit olivat Streptococcus pneumoniae (8 %) ja Mycoplasma pneumoniae (5 %). Nenän sivuontelotulehdus todettiin 17 %:lla ja alveolaarinen keuhkokuume 3 %:lla lapsista. Prednisolonihoito ei vaikuttanut lasten sairaalahoitoajan pituuteen, mutta se vähensi uusien kohtausten määrää lapsilla, joilla oli rinovirusinfektio ja sairaalaan tulohetkellä veren eosinofiilisten solujen määrä  0,2 • 109/l. Toistuvan uloshengitysvaikeuden riskitekijöitä olivat alle vuoden ikä, atopia ja äidin astma. Prednisoloni vähensi merkitsevästi toistuvan uloshengitysvaikeuden esiintymistä lapsilla, joilla oli rinovirusinfektio (HR = 0,19; 95 %:n LV, 0,05 – 0,71) tai lääkärin toteama ihottuma (0,15; 95 %:n LV, 0,04 – 0,63). Päätelmät: Lähes kaikilla lapsilla on todettavissa virusinfektio uloshengitysvaikeuden aikana. Tavallisin pienten lasten kliininen bakteerikomplikaatio on akuutti välikorvatulehdus. Prednisolonihoidolla ei ole vaikutusta sairaalahoidon pituuteen, mutta se näyttäisi vähentävän uusien kohtausten esiintymistä rinoviruspositiivisilla ja ihottumaisilla lapsilla.

Etiologia das infecções intramamárias em vacas primíparas no período pós-parto

Foram analisadas 664 amostras de leite de 83 vacas primíparas da raça Holandesa. As amostras foram colhidas no primeiro e no sétimo dia após o parto. Das 664 amostras analisadas, 488 (73,50%) foram bacteriologicamente negativas e 176 (26,50%), positivas para microrganismos aeróbios. Foi observado um alto índice de mastite clínica (20,48%). Os agentes isolados com maior freqüência foram os Staphylococcus spp coagulase negativo (64,20%), Staphylococcus spp coagulase positivo (8,52%), Streptococcus spp (7,96%), Actinomyces pyogenes (4,55%), Mycoplasma bovigenitalium (3,40%) e Escherichia coli (2,84%). Foi observado um maior índice de isolamento de patógenos no primeiro dia (17,62%) em relação ao sétimo (8,88%).

Estudos complementares da infecção por Mannheimia granulomatis (lechiguana) em bovinos

Vários experimentos foram realizados para demonstrar a participação de Dermatobia hominis na etiologia da lechiguana: (1) Lesões experimentais causadas por larvas da mosca em um bovino foram infectadas com Mannheimia granulomatis. Foram realizadas biópsias em duas lesões produzidas pela larva. Em uma dessas biópsias foi observada linfangite eosinofílica e proliferação de tecido conectivo, similares às encontradas na lechiguana. (2) Com o objetivo de detectar a possível participação de Dermatobia hominis como vetor de Mannheimia granulomatis, foi realizado o estudo bacteriológico de 72 larvas e o mesmo número de exsudatos, provenientes de lesões de Dermatobia hominis, não tendo sido isolada a bactéria em nenhuma oportunidade. (3) Lesões espontâneas da mosca foram infectadas com uma suspensão da bactéria em 9 bovinos, sendo que um dos animais desenvolveu uma lesão de lechiguana 3 meses após a inoculação. (4) Foram estudadas duas lesões fibroproliferativas, clinicamente similares a lechiguana, causadas pela larva de Dermatobia hominis. Histologicamente estas lesões caracterizam-se por proliferação de tecido fibroso com presença de granulomas focais, diferenciando-se da lechiguana por não apresentar linfangite eosinofílica e calcificação de fibras colágenas. O fato de Dermatobia hominis, ocasionalmente, produzir uma reação fibrogranulomatosa, sugere que esta poderia ser a lesão inicial da lechiguana, se infectada por Mannheimia granulomatis. (5 e 6) Dois experimentos foram realizados para detectar se bovinos sadios podem ser portadores de Mannheimia granulomatis. A bactéria não foi isolada de amígdalas de 153 bovinos e a técnica de imunodifusão radial utilizada para a detecção de anticorpos não apresentou sensibilidade suficiente para identificar animais portadores. (7) Foram estudados 17 novos casos da doença, e em todos os casos, as características clínicas e patológicas foram similares às observadas em casos anteriores. Quatorze casos foram provenientes do sul do Rio Grande do Sul, três do Estado de Santa Catarina e um do Paraná.

Erradicação ou manejo integrado das miíases neotropicais das Américas?

A erradicação da bicheira, Cochliomyia hominivorax dos EUA, da América Central e do Norte da África tornou-se uma realidade criando e liberando machos estéreis. Por que nos não decidimos também erradicar este inseto da América do Sul? Antes de tomar uma atitude corajosa, nós discutiremos neste trabalho as razões científicas, ecológicas e econômicas. O berne, Dermatobia hominis não tem sido erradicado de nenhum pais, devido a que não dispomos de técnicas para sua criação massal em dietas artificiais. Estão faltando também estudos sobre a dispersão, comportamento sexual e sítios de agregação dos adultos no campo. Devido a que as miíases continuarão sendo controladas basicamente com inseticidas, recomendações para manejar a resistência aos inseticidas e estudos sobre métodos alternativos são discutidos visando um Manejo Integrado do berne e da bicheira com fundamentos ecológicos.

Pneumonia enzoótica em javalis (Sus scrofa)

O objetivo desse estudo foi descrever o quadro clínico e epidemiológico, os achados patológicos, bacteriológicos e imuno-histoquímicos de um surto de pneumonia em uma granja de Javalis do Distrito Federal, Brasil. Em um período de cinco meses, morreram 90 javalis. Desses, 63 tinham lesões pulmonares. Clinicamente apresentavam atraso no desenvolvimento corporal, diminuição do apetite, letargia, tosse e dificuldade respiratória, principalmente quando movimentados. Constatou-se elevação da temperatura, 40ºC em média. Na auscultação, havia crepitações e estertores pulmonares de intensidade moderada. As alterações macroscópicas nos pulmões analisados eram típicas de broncopneumonia lobular. As lesões caracterizavam-se por consolidação crânio-ventral na maioria dos pulmões. A coloração variava de difusamente vermelho-escuro a um padrão mosaico (lóbulos vermelho-escuros intercalados por lóbulos cinzas) ou difusamente acinzentados. Na maioria dos pulmões observou-se exsudato mucopurulento na luz dos brônquios e fluindo do parênquima. Histologicamente, as alterações eram de broncopneumonia purulenta e histiocitária com focos de necrose. Em alguns animais havia também hiperplasia do BALT e, na maioria dos animais, infiltração linfocítica perivascular e peribronquial. Bordetella bronchiseptica e Streptococcus spp. foram as principais bactérias isoladas. A imuno-histoquímica demonstrou a bactéria Mycoplasma hyopneumoniae no epitélio bronquiolar e bronquial e o DNA desta bactéria foi detectado pela PCR. Este é o primeiro relato de broncopneumonia em Javalis associado à infecção por M. hyopneumoniae.

Avaliação microbiológica e molecular de líquidos articulares e peri-articulares de suínos

No presente estudo coletaram-se 115 amostras de líquido articular e peri-articular de suínos com suspeita clínica de doença articular oriundos de maternidade (30,43%), creche (44,35%) e crescimento/terminação (25,22%) de Sistemas Intensivos de Produção de Suínos (SIPs) para avaliação microbiológica e molecular. Observaram-se 57 (49,5%) amostras positivas em pelo menos uma das técnicas. No isolamento microbiano, 39,13% das amostras foram positivas, sendo Streptococcus spp. (19,72%), Arcabobacterium pyogenes (18,13%) e Escherichia coli (12,68%) os mais frequentes, havendo também a presença de Candida sp. (2,6%). Na técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), em 20% das amostras foram detectados microrganismos com uma maior ocorrência de Mycoplasma hyosinoviae (34,09%), Erysipelotrix tonsilarum (20,45%) e Haemophilus parasuis (15,90%). Os microrganismos mais frequentemente isolados em animais com artrite, apresentaram distribuição em todas as faixas etárias, entretanto a fase de crescimento/terminação apresentou maior percentual (69%) de amostras positivas. Streptococcus spp. ocorreu em todas as fases sendo o microrganismo mais detectado. M. hyosinoviae foi observado principalmente em animais de creche. Na fase de crescimento/terminação as bactérias predominantes foram A. pyogenes, H. parasuis e E. tonsilarum. Aproximadamente metade dos casos foi negativo o que indica a provável ocorrência de processos degenerativos como a osteocondrose, embora a participação de infecções articulares e peri-articulares possam representar grandes perdas com menor ou maior impacto dependendo da fase de criação. Problemas articulares e/ou peri-articulares de origem infecciosas foram encontrados em todas as propriedades estudadas. O principal agente foi M. hyosynoviae, principalmente na creche, porém não se pode descartar o envolvimento de problemas degenerativos em associação.

Antimicrobial resistance and detection of mecA and blaZ genes in coagulase-negative Staphylococcus isolated from bovine mastitis

The present study evaluated the pheno- and genotypical antimicrobial resistance profile of coagulase-negative Staphylococcus (CNS) species isolated from dairy cows milk, specially concerning to oxacillin. Of 100 CNS isolates, the S. xylosus was the prevalent species, followed by S. cohnii, S. hominis, S. capitis and S. haemolyticus. Only 6% were phenotypically susceptible to the antimicrobial agents tested in disk diffusion assay. Penicillin and ampicillin resistance rates were significantly higher than others antimicrobials. Four isolates were positive to mecA gene (4%), all represented by the S. xylosus species. The blaZ gene was detected in 16% of the isolates (16/100). It was noticed that all mecA + were also positive to this gene and the presence of both genes was correlated to phenotypic beta-lactamic resistance. We conclude that CNS species from bovine milk presented significantly distinct antimicrobial resistance profiles, evaluated by phenotypic and genotypic tests, which has implications for treatment and management decisions.