Testing the competitive exclusion principle using various niche parameters in a native (Natrix maura) and an introduced (N. tessellata) colubrid

Despite the increase of animal and plant introductions worldwide and the strong augmentation of the reptile trade, few invasive snake populations have been studied. Dice snakes (Natrix tessellata) were introduced to the shores of Lake Geneva (Switzerland) in the early 1920s, and are now well established. This region of introduction was previously inhabited by Viperine snakes (N. maura). Ever since these two species have been under monitoring (which began in 1996) the Viperine snake population has shown drastic decline. We examine here the possibility of trophic competition by analysing diet composition, prey size and trophic niche overlap. Spatial distribution is also assessed in order to address the question of spatial competitive exclusion. We found very similar diets, and thus a high trophic niche overlap, indicating no partitioning of the trophic resource. No arguments in favour of spatial competitive exclusion were found. Our study suggests that trophic competition may occur between the two natricines and that it may give an explanation for the drastic decline of the Viperine snake in this area. Other pathways potentially playing a role in the exclusion of the Viperine snake are discussed.

Success of referral for alcohol dependent patients from a general hospital : predictive value of patient and process characteristics

RESUME: Introduction L'objectif de cette étude prospective de cohorte était d'estimer l'efficacité d'un processus de prise en charge standardisé de patients dépendants de l'alcool dans le contexte d'un hôpital universitaire de soins généraux. Ce modèle de prise en charge comprenait une évaluation multidisciplinaire puis des propositions de traitements individualisées et spécifiques (« projet thérapeutique »). Patients et méthode 165 patients alcoolo-dépendants furent recrutés dans différents services de l'hôpital universitaire, y compris la policlinique de médecine. Ils furent dans un premier temps évalués par une équipe multidisciplinaire (médecin interniste, psychiatre, assistant social), puis un projet thérapeutique spécialisé et individualisé leur fut proposé lors d'une rencontre réunissant le patient et l'équipe. Tous les patients éligibles acceptant de participer à l'étude (n=68) furent interrogés au moment de l'inclusion puis 2 et 6 mois plus tard par une psychologue. Des informations standardisées furent recueillies sur les caractéristiques des patients, le processus de prise en charge et l'évolution à 6 mois. Les critères de succès utilisés à 6 mois furent: l'adhérence au traitement proposé et l'abstinence d'alcool. Résultats Lors de l'évaluation à 6 mois, 43% des patients étaient toujours en traitement et 28% étaient abstinents. Les variables prédictrices de succès parmi les caractéristiques des patients étaient un âge de plus de 45 ans, ne pas vivre seul, avoir un travail et être motivé pour un traitement (RAATE-A <18). Pour les variables dépendantes du processus de prise en charge, un sevrage complet de l'alcool lors de la rencontre multidisciplinaire ainsi que la présence de tous les membres de l'équipe à cette réunion étaient des facteurs associés au succès. Conclusion L'efficacité de ce modèle d'intervention pour patients dépendants de l'alcool en hôpital de soins généraux s'est montrée satisfaisante, en particulier pour le critère de succès adhérence au traitement. Des variables associées au succès ou à l'échec à 6 mois ont pu être mises en évidence, permettant d'identifier des populations de patients évoluant différemment. Des stratégies de prise en charge tenant compte de ces éléments pourraient donc être développées, permettant de proposer des traitements plus adaptés ainsi qu'une meilleure rétention des patients alcooliques dans les programmes thérapeutiques. ABSTRACT. To assess the effectiveness of a multidisciplinary evaluation and referral process in a prospective cohort of general hospital patients with alcohol dependence, alcohol-dependent patients were identified in the wards of the general hospital and its primary care center. They were evaluated and then referred to treatment by a multidisciplinary team; those patients who accepted to participate in this cohort study were consecutively included and followed for 6 months. Not included patients were lost for follow-up, whereas all included patients were assessed at time of inclusion, 2 and 6 months later by a research psychologist in order to collect standardized baseline patients' characteristics, process salient features and patients outcomes (defined as treatment adherence and abstinence). Multidisciplinary evaluation and therapeutic referral was feasible and effective, with a success rate of 43% for treatment adherence and 28% for abstinence at 6 months. Among patients' characteristics, predictors of success were an age over 45, not living alone, being employed and being motivated to treatment (RAATE-A score < 18), whereas successful process characteristics included detoxification of the patient at time of referral and a full multidisciplinary referral meeting. This multidisciplinary model of evaluation and referral of alcohol dependent patients of a general hospital had a satisfactory level of effectiveness. Predictors of success and failure allow the identification of subsets of patients for whom new strategies of motivation and treatment referral should be designed.

Comprehensive analysis of proteins secreted by dermatophytes in a protein medium which to some extent mimic "in vivo" growth parameters

RESUME : Les dermatophytes sont les agents infectieux les plus fréquents responsables de la plupart des mycoses superficielles chez les humains et chez les animaux. Ces infections, dermatophytoses, également appelées tineas ou teignes, sont fréquentes et causent des problèmes de santé publique au niveau mondial. La capacité d'envahir et de progresser au sein des structures kératinisées est probablement liée à la sécrétion de différentes enzymes kératinolytiques, qui sont considérées comme la principale caractéristique liée à la pathogénicité de ces champignons. L'objectif de ma thèse a été premièrement de progresser dans l'identification et la caractérisation des nouvelles protéines sécrétées, afin de mieux comprendre a) la capacité globale des dermatophytes à envahir les structures kératinisées, et b) les différences dans la virulence et la spécificité d'hôte que présentent les espèces étudiées .Pour progresser dans l'identification et la caractérisation de ces nouvelles protéines, les secretomes de six espèces de dermatophytes (Trichophyton rubrum, Trichophyton violaceum, Trichophyton soudanense, Trichophyton equinum, Arthroderma vanbreuseghemii et Trichophyton tonsurans) ont été étudiés. Bien qu'il y ait un niveau globalement élevé de similitude entre les protéases sécrétées, les différentes espèces de dermatophytes sécrètent des profiles protéiques distincts lorsqu'elles sont cultivées dans les mêmes conditions de culture, et donc une signature spécifique a pu être associé à chaque espèce. Ces profiles ont été un outil avantageux pour identifier et cartographier les protéines orthologues aux six espèces et ont aussi permit la discrimination d'espèces très proches comme T. tonsurans et T. equinum qui ne peuvent pas être différenciées par l'ADN ribosomal. Ce travail également présente ce que l'on croit être la première identification global des protéines sécrétées par les dermatophytes dans des conditions de culture que incitent l'activité protéolytique extracellulaire. Ce catalogue de protéines, comprenant des endo- and exo- proteases, autres hydrolases, oxydoreductases et des protéines avec fonction inconnue, représente probablement le spectre d'enzymes qui permettent la dégradation des tissus kératinisés en composés qui peuvent être assimilés par le champignon. Les résultats suggèrent qu'un changement écologique pourrait être associé à une expression différentielle des gènes codant les protéines sécrétées, en particulier, les protéases, plutôt qu'à des divergences génétiques au niveau des gènes codant les protéines orthologues. Une sécrétion différentielle des protéines par les dermatophytes pourrait également être responsable de la variabilité inflammatoire qui causent ces agents infectieux chez les différents hôtes. Par conséquent, les protéines identifiées ici sont également importantes pour faire la lumière sur la réponse immunitaire de l'hôte au cours du processus infectieux. SUMMARY : Dermatophytes are the most common infectious agents responsible for superficial mycosis in humans and animals. Dermatophytoses, also called tineas or ringworm, are frequent and cause public health problems worldwide. The secretion of different keratinolytic enzymes is believed to be a key pathogenicity-related characteristic of these fungi. The aim of this work was first to progress in the identification and characterization of novel secreted proteins, in order to better understand a) the overall capability of dermatophytes to invade keratinised structures, and b) differences in virulence and host-specificity of the investigated species. To progress in the identification and characterization of novel proteins, the secretomes from Trichophyton rubrum, Trichophyton violaceum, Trichophyton soudanense, Trichophyton equinum, Arthroderma vanbreuseghemii and Trichophyton tonsurans were studied. Although there is a high global level of similarity among the secreted proteases, different dermatophyte species produce distinct patterns of proteins when grown in the same culture medium, and so a specific signature could be associated to each species. These patterns were useful to identify and map orthologous proteins among the six species, as well as to discriminate the closely related species T. tonsurans and T. equinum, which cannot be differentiated by ribosomal DNA. This work also presents the first in-depth identification of the major proteins secreted by dermatophytes growing under conditions promoting extracellular proteolytic activity. This catalogue of proteins, which include several endo- and exo- proteases, other hydrolases, oxydoreductases, and proteins of unknown function, probably represents the spectrum of enzymes that allow the degradation of keratinized tissues into compounds which can be assimilated by the fungus. The results suggest that ecological switching could be related to a differential expression of genes encoding secreted proteins, particularly, proteases, rather than genetic divergences of the genes encoding orthologous proteins. Differential secretion of proteins by Dermatophyte species could also be responsible for the variable inflammation caused by the infectious agent within the host. Therefore, the proteins here identified are also important to shed light into the immune response of the host during the infection process.

Basic density and pulp yield relationship with some chemical parameters in eucalyptus trees

The objective of this work was to evaluate the use of basic density and pulp yield correlations with some chemical parameters, in order to differentiate an homogeneous eucalyptus tree population, in terms of its potential for pulp production or some other technological applications. Basic density and kraft pulp yield were determined for 120 Eucalyptus globulus trees, and the values were plotted as frequency distributions. Homogenized samples from the first and fourth density quartiles and first and fourth yield quartiles were submitted to total phenols, total sugars and methoxyl group analysis. Syringyl/guaiacyl (S/G) and syringaldehyde/vanillin (S/V) ratios were determined on the kraft lignins from wood of the same quartiles. The results show the similarity between samples from high density and low yield quartiles, both with lower S/G (3.88-4.12) and S/V (3.99-4.09) ratios and higher total phenols (13.3-14.3 g gallic acid kg-1 ). Woods from the high yield quartile are statistically distinguished from all the others because of their higher S/G (5.15) and S/V (4.98) ratios and lower total phenols (8.7 g gallic acid kg-1 ). Methoxyl group and total sugars parameters are more adequate to distinguish wood samples with lower density.

Transpiration stimulée afin d'améliorer l'équilibre hydro-sodé chez les patients hémodialysés : à propos d'un cas [Stimulated sweating in order to improve the water-and-salt balance in hemodialysis patients. A case report].

Obtaining the desired dry weight in dialysis patients is challenging once residual diuresis has disappeared, considering the trend of increasing dietary salt intake and shortening dialysis time over the last 40 years. We describe the case of a 55-year-old patient of Sudanese origin, who presented excessive interdialytic weight gain and hypertension on maintenance hemodialysis. After failure of conservative measures, a therapy of daily hot water baths of 30minutes each on non-dialysis days was introduced. All clinical parameters improved, including potassium profile. In this article, we review the history, pathophysiological mechanisms, efficacy and possible side effects of this interesting, somewhat forgotten technique.

Raman analysis of multilayer automotive paints in forensic science: measurement variability and depth profile?

The aim of this work is to study the influence of several analytical parameters on the variability of Raman spectra of paint samples. In the present study, microtome thin section and direct (no preparation) analysis are considered as sample preparation. In order to evaluate their influence on the measures, an experimental design such as 'fractional full factorial' with seven factors (including the sampling process) is applied, for a total of 32 experiments representing 160 measures. Once the influence of sample preparation highlighted, a depth profile of a paint sample is carried out by changing the focusing plane in order to measure the colored layer under a clearcoat. This is undertaken in order to avoid sample preparation such a microtome sectioning. Finally, chemometric treatments such as principal component analysis are applied to the resulting spectra. The findings of this study indicate the importance of sample preparation, or more specifically, the surface roughness, on the variability of the measurements on a same sample. Moreover, the depth profile experiment highlights the influence of the refractive index of the upper layer (clearcoat) when measuring through a transparent layer.

Développement de l'interprétation quantitative de la sismique réflexion lacustre : application de l'AVO aux sédiments quaternaires dans le lac Léman

Résumé Des développements antérieurs, au sein de l'Institut de Géophysique de Lausanne, ont permis de développer des techniques d'acquisition sismique et de réaliser l'interprétation des données sismique 2D et 3D pour étudier la géologie de la région et notamment les différentes séquences sédimentaires du Lac Léman. Pour permettre un interprétation quantitative de la sismique en déterminant des paramètres physiques des sédiments la méthode AVO (Amplitude Versus Offset) a été appliquée. Deux campagnes sismiques lacustres, 2D et 3D, ont été acquises afin de tester la méthode AVO dans le Grand Lac sur les deltas des rivières. La géométrie d'acquisition a été repensée afin de pouvoir enregistrer les données à grands déports. Les flûtes sismiques, mises bout à bout, ont permis d'atteindre des angles d'incidence d'environ 40˚ . Des récepteurs GPS spécialement développés à cet effet, et disposés le long de la flûte, ont permis, après post-traitement des données, de déterminer la position de la flûte avec précision (± 0.5 m). L'étalonnage de nos hydrophones, réalisé dans une chambre anéchoïque, a permis de connaître leur réponse en amplitude en fonction de la fréquence. Une variation maximale de 10 dB a été mis en évidence entre les capteurs des flûtes et le signal de référence. Un traitement sismique dont l'amplitude a été conservée a été appliqué sur les données du lac. L'utilisation de l'algorithme en surface en consistante a permis de corriger les variations d'amplitude des tirs du canon à air. Les sections interceptes et gradients obtenues sur les deltas de l'Aubonne et de la Dranse ont permis de produire des cross-plots. Cette représentation permet de classer les anomalies d'amplitude en fonction du type de sédiments et de leur contenu potentiel en gaz. L'un des attributs qui peut être extrait des données 3D, est l'amplitude de la réflectivité d'une interface sismique. Ceci ajoute une composante quantitative à l'interprétation géologique d'une interface. Le fond d'eau sur le delta de l'Aubonne présente des anomalies en amplitude qui caractérisent les chenaux. L'inversion de l'équation de Zoeppritz par l'algorithme de Levenberg-Marquardt a été programmée afin d'extraire les paramètres physiques des sédiments sur ce delta. Une étude statistique des résultats de l'inversion permet de simuler la variation de l'amplitude en fonction du déport. On a obtenu un modèle dont la première couche est l'eau et dont la seconde est une couche pour laquelle V P = 1461 m∕s, ρ = 1182 kg∕m3 et V S = 383 m∕s. Abstract A system to record very high resolution (VHR) seismic data on lakes in 2D and 3D was developed at the Institute of Geophysics, University of Lausanne. Several seismic surveys carried out on Lake Geneva helped us to better understand the geology of the area and to identify sedimentary sequences. However, more sophisticated analysis of the data such as the AVO (Amplitude Versus Offset) method provides means of deciphering the detailed structure of the complex Quaternary sedimentary fill of the Lake Geneva trough. To study the physical parameters we applied the AVO method at some selected places of sediments. These areas are the Aubonne and Dranse River deltas where the configurations of the strata are relatively smooth and the discontinuities between them easy to pick. A specific layout was developed to acquire large incidence angle. 2D and 3D seismic data were acquired with streamers, deployed end to end, providing incidence angle up to 40˚ . One or more GPS antennas attached to the streamer enabled us to calculate individual hydrophone positions with an accuracy of 50 cm after post-processing of the navigation data. To ensure that our system provides correct amplitude information, our streamer sensors were calibrated in an anechoic chamber using a loudspeaker as a source. Amplitude variations between the each hydrophone were of the order of 10 dB. An amplitude correction for each hydrophone was computed and applied before processing. Amplitude preserving processing was then carried out. Intercept vs. gradient cross-plots enable us to determine that both geological discontinuities (lacustrine sediments/moraine and moraine/molasse) have well defined trends. A 3D volume collected on the Aubonne river delta was processed in order ro obtain AVO attributes. Quantitative interpretation using amplitude maps were produced and amplitude maps revealed high reflectivity in channels. Inversion of the water bottom of the Zoeppritz equation using the Levenberg-Marquadt algorithm was carried out to estimate V P , V S and ρ of sediments immediately under the lake bottom. Real-data inversion gave, under the water layer, a mud layer with V P = 1461 m∕s, ρ = 1182 kg∕m3 et V S = 383 m∕s.

Effects of computing parameters and measurement locations on the estimation of 3D NPS in non-stationary MDCT images.

The goal of this study was to investigate the impact of computing parameters and the location of volumes of interest (VOI) on the calculation of 3D noise power spectrum (NPS) in order to determine an optimal set of computing parameters and propose a robust method for evaluating the noise properties of imaging systems. Noise stationarity in noise volumes acquired with a water phantom on a 128-MDCT and a 320-MDCT scanner were analyzed in the spatial domain in order to define locally stationary VOIs. The influence of the computing parameters in the 3D NPS measurement: the sampling distances bx,y,z and the VOI lengths Lx,y,z, the number of VOIs NVOI and the structured noise were investigated to minimize measurement errors. The effect of the VOI locations on the NPS was also investigated. Results showed that the noise (standard deviation) varies more in the r-direction (phantom radius) than z-direction plane. A 25 × 25 × 40 mm(3) VOI associated with DFOV = 200 mm (Lx,y,z = 64, bx,y = 0.391 mm with 512 × 512 matrix) and a first-order detrending method to reduce structured noise led to an accurate NPS estimation. NPS estimated from off centered small VOIs had a directional dependency contrary to NPS obtained from large VOIs located in the center of the volume or from small VOIs located on a concentric circle. This showed that the VOI size and location play a major role in the determination of NPS when images are not stationary. This study emphasizes the need for consistent measurement methods to assess and compare image quality in CT.

Cell-permeable peptides induce dose- and length-dependent cytotoxic effects.

We have explored the threshold of tolerance of three unrelated cell types to treatments with potential cytoprotective peptides bound to Tat(48-57) and Antp(43-58) cell-permeable peptide carriers. Both Tat(48-57) and Antp(43-58) are well known for their good efficacy at crossing membranes of different cell types, their overall low toxicity, and their absence of leakage once internalised. Here, we show that concentrations of up to 100 microM of Tat(48-57) were essentially harmless in all cells tested, whereas Antp(43-58) was significantly more toxic. Moreover, all peptides bound to Tat(48-57) and Antp(43-58) triggered significant and length-dependent cytotoxicity when used at concentrations above 10 microM in all but one cell types (208F rat fibroblasts), irrespective of the sequence of the cargo. Absence of cytotoxicity in 208F fibroblasts correlated with poor intracellular peptide uptake, as monitored by confocal laser scanning fluorescence microscopy. Our data further suggest that the onset of cytotoxicity correlates with the activation of two intracellular stress signalling pathways, namely those involving JNK, and to a lesser extent p38 mitogen-activated protein kinases. These responses are of particular concern for cells that are especially sensitive to the activation of stress kinases. Collectively, these results indicate that in order to avoid unwanted and unspecific cytotoxicity, effector molecules bound to Tat(48-57) should be designed with the shortest possible sequence and the highest possible affinity for their binding partners or targets, so that concentrations below 10 microM can be successfully applied to cells without harm. Considering that cytotoxicity associated to Tat(48-57)- and Antp(43-58) bound peptide conjugates was not restricted to a particular type of cells, our data provide a general framework for the design of cell-penetrating peptides that may apply to broader uses of intracellular peptide and drug delivery.

Construction mechanisms and thermal evolution of upper crustal intrusions : the Saint-Jean-du-Doigt bimodal intrusion (Brittany, France)

Understanding the emplacement and growth of intrusive bodies in terms of mechanism, duration, ther¬mal evolution and rates are fundamental aspects of crustal evolution. Recent studies show that many plutons grow in several Ma by in situ accretion of discrete magma pulses, which constitute small-scale magmatic reservoirs. The residence time of magmas, and hence their capacities to interact and differentiate, are con¬trolled by the local thermal environment. The latter is highly dependant on 1) the emplacement depth, 2) the magmas and country rock composition, 3) the country rock thermal conductivity, 4) the rate of magma injection and 5) the geometry of the intrusion. In shallow level plutons, where magmas solidify quickly, evi¬dence for magma mixing and/or differentiation processes is considered by many authors to be inherited from deeper levels. This work shows however that in-situ differentiation and magma interactions occurred within basaltic and felsic sills at shallow depth (0.3 GPa) in the St-Jean-du-Doigt (SJDD) bimodal intrusion, France. This intrusion emplaced ca. 347 Ma ago (IDTIMS U/Pb on zircon) in the Precambrian crust of the Armori- can massif and preserves remarkable sill-like emplacement processes of bimodal mafic-felsic magmas. Field evidence coupled to high precision zircon U-Pb dating document progressive thermal maturation within the incrementally built ioppolith. Early m-thick mafic sills (eastern part) form the roof of the intrusion and are homogeneous and fine-grained with planar contacts with neighboring felsic sills; within a minimal 0.8 Ma time span, the system gets warmer (western part). Sills are emplaced by under-accretion under the old east¬ern part, interact and mingle. A striking feature of this younger, warmer part is in-situ differentiation of the mafic sills in the top 40 cm of the layer, which suggests liquids survival in the shallow crust. Rheological and thermal models were performed in order to determine the parameters required to allow this observed in- situ differentiation-accumulation processes. Strong constraints such as total emplacement durations (ca. 0.8 Ma, TIMS date) and pluton thickness (1.5 Km, gravity model) allow a quantitative estimation of the various parameters required (injection rates, incubation time,...). The results show that in-situ differentiation may be achieved in less than 10 years at such shallow depth, provided that: (1) The differentiating sills are injected beneath consolidated, yet still warm basalt sills, which act as low conductive insulating screens (eastern part formation in the SJDD intrusion). The latter are emplaced in a very short time (800 years) at high injection rate (0.5 m/y) in order to create a "hot zone" in the shallow crust (incubation time). This implies that nearly 1/3 of the pluton (400m) is emplaced by a subsequent and sustained magmatic activity occurring on a short time scale at the very beginning of the system. (2) Once incubation time is achieved, the calculations show that a small hot zone is created at the base of the sill pile, where new injections stay above their solidus T°C and may interact and differentiate. Extraction of differentiated residual liquids might eventually take place and mix with newly injected magma as documented in active syn-emplacement shear-zones within the "warm" part of the pluton. (3) Finally, the model show that in order to maintain a permanent hot zone at shallow level, injection rate must be of 0.03 m/y with injection of 5m thick basaltic sills eveiy 130yr, imply¬ing formation of a 15 km thick pluton. As this thickness is in contradiction with the one calculated for SJDD (1.5 Km) and exceed much the average thickness observed for many shallow level plutons, I infer that there is no permanent hot zone (or magma chambers) at such shallow level. I rather propose formation of small, ephemeral (10-15yr) reservoirs, which represent only small portions of the final size of the pluton. Thermal calculations show that, in the case of SJDD, 5m thick basaltic sills emplaced every 1500 y, allow formation of such ephemeral reservoirs. The latter are formed by several sills, which are in a mushy state and may interact and differentiate during a short time.The mineralogical, chemical and isotopic data presented in this study suggest a signature intermediate be¬tween E-MORB- and arc-like for the SJDD mafic sills and feeder dykes. The mantle source involved produced hydrated magmas and may be astenosphere modified by "arc-type" components, probably related to a sub¬ducting slab. Combined fluid mobile/immobile trace elements and Sr-Nd isotopes suggest that such subduc¬tion components are mainly fluids derived from altered oceanic crust with minor effect from the subducted sediments. Close match between the SJDD compositions and BABB may point to a continental back-arc setting with little crustal contamination. If so, the SjDD intrusion is a major witness of an extensional tectonic regime during the Early-Carboniferous, linked to the subduction of the Rheno-Hercynian Ocean beneath the Variscan terranes. Also of interest is the unusual association of cogenetic (same isotopic compositions) K-feldspar A- type granite and albite-granite. A-type granites may form by magma mixing between the mafic magma and crustal melts. Alternatively, they might derive from the melting of a biotite-bearing quartz-feldspathic crustal protolith triggered by early mafic injections at low crustal levels. Albite-granite may form by plagioclase cu¬mulate remelting issued from A-type magma differentiation.

Mating system parameters in a high density population of andirobas in the Amazon forest

The objective of this work was to estimate the mating system parameters of a andiroba (Carapa guianensis) population using microsatellite markers and the mixed and correlated mating models. Twelve open‑pollinated progeny arrays of 15 individuals were sampled in an area with C. guianensis estimated density of 25.7 trees per hectare. Overall, the species has a mixed reproductive system, with a predominance of outcrossing. The multilocus outcrossing rate (t m = 0.862) was significantly lower than the unity, indicating that self‑pollination occurred. The rate of biparental inbreeding was substantial (t m ‑ t s = 0.134) and significantly different from zero. The correlation of selfing within progenies was high (r s = 0.635), indicating variation in the individual outcrossing rate. Consistent with this result, the estimate of the individual outcrossing rate ranged from 0.598 to 0.978. The multilocus correlation of paternity was low (r p(m) = 0.081), but significantly different from zero, suggesting that the progenies contain full‑sibs. The coancestry within progenies (Θ = 0.185) was higher and the variance effective size (Ne(v) = 2.7) was lower than expected for true half‑sib progenies (Θ = 0.125; Ne(v) = 4). These results suggest that, in order to maintain a minimum effective size of 150 individuals for breeding, genetic conservation, and environmental reforestation programs, seeds from at least 56 trees must be collected.

Second-order parameter estimation

This work provides a general framework for the design of second-order blind estimators without adopting anyapproximation about the observation statistics or the a prioridistribution of the parameters. The proposed solution is obtainedminimizing the estimator variance subject to some constraints onthe estimator bias. The resulting optimal estimator is found todepend on the observation fourth-order moments that can be calculatedanalytically from the known signal model. Unfortunately,in most cases, the performance of this estimator is severely limitedby the residual bias inherent to nonlinear estimation problems.To overcome this limitation, the second-order minimum varianceunbiased estimator is deduced from the general solution by assumingaccurate prior information on the vector of parameters.This small-error approximation is adopted to design iterativeestimators or trackers. It is shown that the associated varianceconstitutes the lower bound for the variance of any unbiasedestimator based on the sample covariance matrix.The paper formulation is then applied to track the angle-of-arrival(AoA) of multiple digitally-modulated sources by means ofa uniform linear array. The optimal second-order tracker is comparedwith the classical maximum likelihood (ML) blind methodsthat are shown to be quadratic in the observed data as well. Simulationshave confirmed that the discrete nature of the transmittedsymbols can be exploited to improve considerably the discriminationof near sources in medium-to-high SNR scenarios.

Random regression models to estimate genetic parameters for milk production of Guzerat cows using orthogonal Legendre polynomials

The objective of this work was to compare random regression models for the estimation of genetic parameters for Guzerat milk production, using orthogonal Legendre polynomials. Records (20,524) of test-day milk yield (TDMY) from 2,816 first-lactation Guzerat cows were used. TDMY grouped into 10-monthly classes were analyzed for additive genetic effect and for environmental and residual permanent effects (random effects), whereas the contemporary group, calving age (linear and quadratic effects) and mean lactation curve were analized as fixed effects. Trajectories for the additive genetic and permanent environmental effects were modeled by means of a covariance function employing orthogonal Legendre polynomials ranging from the second to the fifth order. Residual variances were considered in one, four, six, or ten variance classes. The best model had six residual variance classes. The heritability estimates for the TDMY records varied from 0.19 to 0.32. The random regression model that used a second-order Legendre polynomial for the additive genetic effect, and a fifth-order polynomial for the permanent environmental effect is adequate for comparison by the main employed criteria. The model with a second-order Legendre polynomial for the additive genetic effect, and that with a fourth-order for the permanent environmental effect could also be employed in these analyses.

Bunch frequency multiplication by RF injection into an isochronous ring

La collaboration CLIC (Compact LInear Collider, collisionneur linéaire compact) étudie la possibilité de réaliser un collisionneur électron-positon linéaire à haute énergie (3 TeV dans le centre de masse) et haute luminosité (1034 cm-2s-1), pour la recherche en physique des particules. Le projet CLIC se fonde sur l'utilisation de cavités accélératrices à haute fréquence (30 GHz). La puissance nécessaire à ces cavités est fournie par un faisceau d'électrons de basse énergie et de haute intensité, appelé faisceau de puissance, circulant parallèlement à l'accélérateur linéaire principal (procédé appelé « Accélération à Double Faisceau »). Dans ce schéma, un des principaux défis est la réalisation du faisceau de puissance, qui est d'abord généré dans un complexe accélérateur à basse fréquence, puis transformé pour obtenir une structure temporelle à haute fréquence nécessaire à l'alimentation des cavités accélératrices de l'accélérateur linéaire principal. La structure temporelle à haute fréquence des paquets d'électrons est obtenue par le procédé de multiplication de fréquence, dont la manipulation principale consiste à faire circuler le faisceau d'électrons dans un anneau isochrone en utilisant des déflecteurs radio-fréquence (déflecteurs RF) pour injecter et combiner les paquets d'électrons. Cependant, ce type de manipulation n'a jamais été réalisé auparavant et la première phase de la troisième installation de test pour CLIC (CLIC Test Facility 3 ou CTF3) a pour but la démonstration à faible charge du procédé de multiplication de fréquence par injection RF dans un anneau isochrone. Cette expérience, qui a été réalisée avec succès au CERN au cours de l'année 2002 en utilisant une version modifiée du pré-injecteur du grand collisionneur électron-positon LEP (Large Electron Positron), est le sujet central de ce rapport. L'expérience de combinaison des paquets d'électrons consiste à accélérer cinq impulsions dont les paquets d'électrons sont espacés de 10 cm, puis à les combiner dans un anneau isochrone pour obtenir une seule impulsion dont les paquets d'électrons sont espacés de 2 cm, multipliant ainsi la fréquence des paquets d'électrons, ainsi que la charge par impulsion, par cinq. Cette combinaison est réalisée au moyen de structures RF résonnantes sur un mode déflecteur, qui créent dans l'anneau une déformation locale et dépendante du temps de l'orbite du faisceau. Ce mécanisme impose plusieurs contraintes de dynamique de faisceau comme l'isochronicité, ainsi que des tolérances spécifiques sur les paquets d'électrons, qui sont définies dans ce rapport. Les études pour la conception de la Phase Préliminaire du CTF3 sont détaillées, en particulier le nouveau procédé d'injection avec les déflecteurs RF. Les tests de haute puissance réalisés sur ces cavités déflectrices avant leur installation dans l'anneau sont également décrits. L'activité de mise en fonctionnement de l'expérience est présentée en comparant les mesures faites avec le faisceau aux simulations et calculs théoriques. Finalement, les expériences de multiplication de fréquence des paquets d'électrons sont décrites et analysées. On montre qu'une très bonne efficacité de combinaison est possible après optimisation des paramètres de l'injection et des déflecteurs RF. En plus de l'expérience acquise sur l'utilisation de ces déflecteurs, des conclusions importantes pour les futures activités CTF3 et CLIC sont tirées de cette première démonstration de la multiplication de fréquence des paquets d'électrons par injection RF dans un anneau isochrone.<br/><br/>The Compact LInear Collider (CLIC) collaboration studies the possibility of building a multi-TeV (3 TeV centre-of-mass), high-luminosity (1034 cm-2s-1) electron-positron collider for particle physics. The CLIC scheme is based on high-frequency (30 GHz) linear accelerators powered by a low-energy, high-intensity drive beam running parallel to the main linear accelerators (Two-Beam Acceleration concept). One of the main challenges to realize this scheme is to generate the drive beam in a low-frequency accelerator and to achieve the required high-frequency bunch structure needed for the final acceleration. In order to provide bunch frequency multiplication, the main manipulation consists in sending the beam through an isochronous combiner ring using radio-frequency (RF) deflectors to inject and combine electron bunches. However, such a scheme has never been used before, and the first stage of the CLIC Test Facility 3 (CTF3) project aims at a low-charge demonstration of the bunch frequency multiplication by RF injection into an isochronous ring. This proof-of-principle experiment, which was successfully performed at CERN in 2002 using a modified version of the LEP (Large Electron Positron) pre-injector complex, is the central subject of this report. The bunch combination experiment consists in accelerating in a linear accelerator five pulses in which the electron bunches are spaced by 10 cm, and combining them in an isochronous ring to obtain one pulse in which the electron bunches are spaced by 2 cm, thus achieving a bunch frequency multiplication of a factor five, and increasing the charge per pulse by a factor five. The combination is done by means of RF deflecting cavities that create a time-dependent bump inside the ring, thus allowing the interleaving of the bunches of the five pulses. This process imposes several beam dynamics constraints, such as isochronicity, and specific tolerances on the electron bunches that are defined in this report. The design studies of the CTF3 Preliminary Phase are detailed, with emphasis on the novel injection process using RF deflectors. The high power tests performed on the RF deflectors prior to their installation in the ring are also reported. The commissioning activity is presented by comparing beam measurements to model simulations and theoretical expectations. Eventually, the bunch frequency multiplication experiments are described and analysed. It is shown that the process of bunch frequency multiplication is feasible with a very good efficiency after a careful optimisation of the injection and RF deflector parameters. In addition to the experience acquired in the operation of these RF deflectors, important conclusions for future CTF3 and CLIC activities are drawn from this first demonstration of the bunch frequency multiplication by RF injection into an isochronous ring.<br/><br/>La collaboration CLIC (Compact LInear Collider, collisionneur linéaire compact) étudie la possibilité de réaliser un collisionneur électron-positon linéaire à haute énergie (3 TeV) pour la recherche en physique des particules. Le projet CLIC se fonde sur l'utilisation de cavités accélératrices à haute fréquence (30 GHz). La puissance nécessaire à ces cavités est fournie par un faisceau d'électrons de basse énergie et de haut courant, appelé faisceau de puissance, circulant parallèlement à l'accélérateur linéaire principal (procédé appelé « Accélération à Double Faisceau »). Dans ce schéma, un des principaux défis est la réalisation du faisceau de puissance, qui est d'abord généré dans un complexe accélérateur à basse fréquence, puis transformé pour obtenir une structure temporelle à haute fréquence nécessaire à l'alimentation des cavités accélératrices de l'accélérateur linéaire principal. La structure temporelle à haute fréquence des paquets d'électrons est obtenue par le procédé de multiplication de fréquence, dont la manipulation principale consiste à faire circuler le faisceau d'électrons dans un anneau isochrone en utilisant des déflecteurs radio-fréquence (déflecteurs RF) pour injecter et combiner les paquets d'électrons. Cependant, ce type de manipulation n'a jamais été réalisé auparavant et la première phase de la troisième installation de test pour CLIC (CLIC Test Facility 3 ou CTF3) a pour but la démonstration à faible charge du procédé de multiplication de fréquence par injection RF dans un anneau isochrone. L'expérience consiste à accélérer cinq impulsions, puis à les combiner dans un anneau isochrone pour obtenir une seule impulsion dans laquelle la fréquence des paquets d'électrons et le courant sont multipliés par cinq. Cette combinaison est réalisée au moyen de structures déflectrices RF qui créent dans l'anneau une déformation locale et dépendante du temps de la trajectoire du faisceau. Les résultats de cette expérience, qui a été réalisée avec succès au CERN au cours de l?année 2002 en utilisant une version modifiée du pré-injecteur du grand collisionneur électron-positon LEP (Large Electron Positon), sont présentés en détail.

Neurophysiologic and proteomic investigations of experience-dependent plasticity in the somatosensory cortex of the adult mouse following chronic whisker stimulation

RESUME Les follicules des vibrisses des rongeurs sont représentés sous la forme d'une carte topographique dans le cortex à tonneaux. Lorsque un groupe de vibrisses est coupé pendant plusieurs jours chez un rongeur adulte, en laissant les autres vibrisses intactes, le champ réceptif des neurones du cortex à tonneaux est modifié, ce qui démontre que les cartes corticales sont plastiques. Dans notre étude, une expérience sensorielle a été induite chez une souris adulte se comportant librement en stimulant chroniquement une de ses vibrisses pendant 24h. Par une analyse des potentiels de champ locaux, nous démontrons que les caractéristiques spatiotemporelles du flux d'excitation évoqué par la vibrisse principale (VP) dans la colonne corticale correspondante à la vibrisse stimulée n'est pas altéré. Par contre, l'enregistrement des potentiels d'actions d'un total de 1041 neurones à travers le cortex à tonneaux révèlent plusieurs modifications de l'activité neuronale. L'activité spontanée ainsi que la réponse évoquée par la VP sont déprimées dans la colonne corticale stimulée (nombre moyen de potentiels d'action évoqués par la VP diminue de 25 % et 36% dans la couche IV et les couches II&III). La réponse des neurones à la vibrisse stimulée diminue également dans les colonnes corticales adjacentes, «non-stimulées». La dépression de l'activité spontanée et de la réponse à la VP est localisée à la colonne corticale stimulée. Dans le tonneau stimulé, la première partie de la réponse à la VP n'est pas affaiblie, démontrant que la dépression de la réponse n'est pas due à un phénomène de plasticité sous-corticale ou thalamocorticale. La stimulation chronique d'une vibrisse entraîne une augmentation du nombre de synapses GABAergiques dans la couche IV du tonneau correspondant (Knott et al, 2002). Dès lors, nos résultats suggèrent qu'une augmentation de l'inhibition dans le tonneau stimulé serait à l'origine de la diminution des potentiels d'action évoqués par la vibrisse stimulée et en conséquence de l'amplitude du flux d'excitation vers les couches II&III puis vers les colonnes corticales adjacentes. Toutes les réponses des neurones du tonneau stimulé ne sont pas déprimées. Les réponses des neurones à la vibrisse voisine caudale à VP diminuent dans la couche IV (42%) et dans les couches II&III (52%) mais pas les réponses aux 7 autres vibrisses voisines. Les entrées synaptiques en provenance de la vibrisse caudale pourraient avoir été spécifiquement déprimées en raison d'une décorrélation prolongée entre l'activité évoquée dans les chemins sensoriels relatifs à la vibrisse stimulée et à la vibrisse caudale, spécificité qui découlerait du fait que, parmi les vibrisses voisines à la VP, la vibrisse caudale génère les réponses les plus fortes dans la colonne corticale. Quatre jours après l'arrêt de la stimulation, l'activité neuronale n'est plus déprimée; au contraire, nous observons une potentiation des réponses à la VP dans la couche IV de la colonne corticale stimulée. De plus, nous montrons que l'expression des protéines GLT-1 et GLAST, deux transporteurs astrocytaires du glutamate, est augmentée de ~2.5 fois dans la colonne corticale stimulée, indiquant l'existence d'une «plasticité gliale» et suggérant que les cellules gliales participent activement à l'adaptation du cerveau à l'expérience. ABSTRACT In the barrel cortex, mystacial whisker follicles are represented in the form of a topographie map. The selective removal of a set of whiskers while sparing others for several days in an adult rodent alters receptive field of barrel cortex neurons, demonstrating experience-dependent plasticity of cortical maps. Here sensory experience was altered by chronic stimulation of a whisker for a 24h period in a freely behaving adult mouse. By means of an evoked local field potential analysis, we show that chronic stimulation does not alter the flow of excitation evoked by the principal whisker (PW) in the stimulated barrel column. However, the recording of neuronal firing from a total of 1041 single units throughout the barrel cortex reveals several changes in neuronal activity. Immediately after chronic stimulation, spontaneous activity as well as PW-responses are depressed in the stimulated barrel column (mean number of spikes per PW-deflection decreases by 25% and 36% in layer IV and layers II&III, respectively). Neuronal responses towards the chronically stimulated whisker are also significantly depressed in layers II&III of the adjacent "non-stimulated" barrel' columns. The depression of both spontaneous activity and PW-responses are restricted to the stimulated ban-el column. The earliest time epoch of the PW-response in the stimulated barrel is not depressed, demonstrating that the decrease of cortical responses is not due to subcortical or thalamocortical plasticity. The depression of PW-response in the stimulated barrel correlates with an increase in the number of GABAergic synapses in layer IV (Knott et al., 2002). Therefore, our results suggest that an increase in inhibition within the stimulated barrel may reduce its excitatory output and accordingly the flow of excitation towards layers and the subsequent horizontal spread into adjacent barrel columns. Not all responses of neurons in the stimulated barrel are depressed. Neuronal responses towards the caudal in-row whisker decrease by 42% in layer IV and 52% in layers MM but responses to the other 7 immediate surround whiskers (SWs) are not affected. The synaptic inputs from the SW that elicit the strongest responses in the stimulated barrel may have been specifically depressed following a prolonged period of diminished coherence between neuronal activity evoked in the pathways from the chronically stimulated whisker and from its surrounding in-row whisker. Four days after the cessation of the stimulation, depression of neuronal activity is no longer present; on the contrary, we observe a small but significant potentiation of PW-responses in layer IV of the stimulated barrel column. Moreover we show that the expression of astrocytic glutamate transporters GLT-1 and GLAST proteins were both upregulated by ~2.5 fold in the stimulated barrel column, which indicates that glial cells exhibit experience-dependent functional changes and could actively take part in the adaptation of the cerebral cortex to experience.