Permanent Genetic Resources added to Molecular Ecology Resources Database 1 August 2010-30 September 2010

This article documents the addition of 229 microsatellite marker loci to the Molecular Ecology Resources Database. Loci were developed for the following species: Acacia auriculiformis x Acacia mangium hybrid, Alabama argillacea, Anoplopoma fimbria, Aplochiton zebra, Brevicoryne brassicae, Bruguiera gymnorhiza, Bucorvus leadbeateri, Delphacodes detecta, Tumidagena minuta, Dictyostelium giganteum, Echinogammarus berilloni, Epimedium sagittatum, Fraxinus excelsior, Labeo chrysophekadion, Oncorhynchus clarki lewisi, Paratrechina longicornis, Phaeocystis antarctica, Pinus roxburghii and Potamilus capax. These loci were cross-tested on the following species: Acacia peregrinalis, Acacia crassicarpa, Bruguiera cylindrica, Delphacodes detecta, Tumidagena minuta, Dictyostelium macrocephalum, Dictyostelium discoideum, Dictyostelium purpureum, Dictyostelium mucoroides, Dictyostelium rosarium, Polysphondylium pallidum, Epimedium brevicornum, Epimedium koreanum, Epimedium pubescens, Epimedium wushanese and Fraxinus angustifolia.

The major genetic determinants of HIV-1 control affect HLA class I peptide presentation.

Infectious and inflammatory diseases have repeatedly shown strong genetic associations within the major histocompatibility complex (MHC); however, the basis for these associations remains elusive. To define host genetic effects on the outcome of a chronic viral infection, we performed genome-wide association analysis in a multiethnic cohort of HIV-1 controllers and progressors, and we analyzed the effects of individual amino acids within the classical human leukocyte antigen (HLA) proteins. We identified >300 genome-wide significant single-nucleotide polymorphisms (SNPs) within the MHC and none elsewhere. Specific amino acids in the HLA-B peptide binding groove, as well as an independent HLA-C effect, explain the SNP associations and reconcile both protective and risk HLA alleles. These results implicate the nature of the HLA-viral peptide interaction as the major factor modulating durable control of HIV infection.

Recurrent deletions and reciprocal duplications of 10q11.21q11.23 including CHAT and SLC18A3 are likely mediated by complex low-copy repeats.

We report 24 unrelated individuals with deletions and 17 additional cases with duplications at 10q11.21q21.1 identified by chromosomal microarray analysis. The rearrangements range in size from 0.3 to 12 Mb. Nineteen of the deletions and eight duplications are flanked by large, directly oriented segmental duplications of >98% sequence identity, suggesting that nonallelic homologous recombination (NAHR) caused these genomic rearrangements. Nine individuals with deletions and five with duplications have additional copy number changes. Detailed clinical evaluation of 20 patients with deletions revealed variable clinical features, with developmental delay (DD) and/or intellectual disability (ID) as the only features common to a majority of individuals. We suggest that some of the other features present in more than one patient with deletion, including hypotonia, sleep apnea, chronic constipation, gastroesophageal and vesicoureteral refluxes, epilepsy, ataxia, dysphagia, nystagmus, and ptosis may result from deletion of the CHAT gene, encoding choline acetyltransferase, and the SLC18A3 gene, mapping in the first intron of CHAT and encoding vesicular acetylcholine transporter. The phenotypic diversity and presence of the deletion in apparently normal carrier parents suggest that subjects carrying 10q11.21q11.23 deletions may exhibit variable phenotypic expressivity and incomplete penetrance influenced by additional genetic and nongenetic modifiers.

Zinc et diarrhées chez les enfants de moins de cinq ans: les recommandations de l'OMS applicables en Suisse [Zinc and diarrhea in children under 5 years: WHO recommendations implemented in Switzerland].

In Europe, acute diarrhea, particularly caused by rotavirus are frequently the cause of epidemics in nurseries, schools, and even hospitals. Studies in many developing countries show that taking 10 to 20 mg per day of zinc for 10 to 14 days, during and after diarrhea, decreases the severity and reduces the number of episodes of diarrhea occurring within 2 to 3 months following the intake of zinc. However, the few studies conducted in developed countries do not confirm or deny its effectiveness in these countries, thereby limiting the global implementation of WHO recommendations for acute diarrhea. The ongoing study at the HEL (Children hospital - Lausanne) aims to promote this additional therapy in children under 5 years of age, perhaps allowing the helvetic application of the new WHO recommendations.

Sistemas consorciados de aveia preta e ervilhaca comum como cobertura de solo e seus efeitos na cultura do milho em sucessão

Com o aumento do cultivo do milho no sistema plantio direto (SPD), várias espécies vegetais de inverno estão sendo avaliadas, visando à obtenção de uma cobertura de solo que beneficie o milho cultivado em sucessão e o SPD. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de três densidades de semeadura de aveia preta e ervilhaca comum em sistemas consorciados e em cultivos isolados e de três níveis de adubação nitrogenada (zero, 60 e 160 kg ha-1) aplicados em cobertura sobre a cultura do milho em sucessão. O experimento foi realizado em campo na Estação Experimental Agronômica da UFRGS em Eldorado do Sul (RS), no ano agrícola 1998/99. O rendimento total de matéria seca da cobertura de solo foi similar entre os sistemas consorciados de aveia e ervilhaca e os cultivos isolados. O aumento da dose de N aplicada no milho e o incremento da proporção de sementes de ervilhaca no consórcio da cobertura de solo elevaram a quantidade de N acumulado por planta de milho. Na produtividade de grãos de milho, percebeu-se interação de doses de N aplicadas e sistemas de cobertura de solo. Sem aplicação de N, houve aumento de 321 kg ha-1 na produtividade de grãos, para cada 10% de substituição de aveia por ervilhaca nos sistemas de consórcio. Com 60 kg ha-1 de N, a resposta foi quadrática; com 160 kg ha-1, não houve efeito das coberturas de solo no inverno sobre a produtividade de grãos. A produtividade de grãos de milho cultivado em sucessão à aveia em cultivo isolado ou em consórcio com ervilhaca aumentou linearmente com o aumento da dose da adubação nitrogenada; em sucessão à ervilhaca em cultivo isolado, não houve resposta do milho à adubação nitrogenada.

Resposta da cultura do milho a modos de aplicação e doses de fósforo, em adubação de manutenção

Os modos de adubação fosfatada mais estudados na cultura do milho são relacionados com a aplicação a lanço e a localizada no sulco de semeadura. No entanto, existe a possibilidade da aplicação intermediária, em sulco duplo, que pode aumentar a fração do solo fertilizada e a eficiência da adubação. Com o objetivo de avaliar os efeitos de modos de aplicação e de doses de fertilizante fosfatado em adubação de manutenção, foi realizado este presente trabalho em Latossolo Vermelho-Escuro, na região do Triângulo Mineiro, em Uberaba (MG), com a cultura do milho, no período de outubro de 1995 a abril de 1996. Os tratamentos foram constituídos pelos modos de aplicação do adubo fosfatado (superfosfato triplo), a lanço, sulco simples e sulco duplo, e pelas doses de 0; 45,0; 67,5; 90,0; 112,5 e 135,0 kg ha-1 de P2O5. As doses de P foram estimadas, tomando por base 0; 0,50; 0,75; 1,00; 1,25; 1,50 vêzes a dose recomendada para a adubação de manutenção, 90 kg ha-1 de P2O5. Verificou-se que: o uso de doses crescentes de P aumentou a produção de grãos de milho; os modos de aplicação do adubo fosfatado em sulco simples e sulco duplo foram mais eficientes que a lanço; dentre os modos de aplicação, destacou-se a aplicação em sulco duplo; o teor foliar de P variou de 2,1 a 2,4 ; 2,1 a 2,7 e de 2,1 a 2,9 g kg-1, respectivamente, para a aplicação a lanço, em sulco simples e em sulco duplo. O incremento na produção do milho foi de 0,45 a 3,04 t ha-1 no sulco simples e de 0,21 a 4,4 t ha-1 no sulco duplo.

Fator erosividade da chuva de Piraju (SP): distribuição, probabilidade de ocorrência, período de retorno e correlação com o coeficiente de chuva

Foram selecionadas 874 chuvas individuais erosivas, de uma série contínua de 23 anos de registros de dados pluviográficos. As chuvas selecionadas foram cotadas, digitalizadas e, posteriormente, analisadas. O índice de erosividade, EI30, médio anual calculado foi de 7.074 MJ mm ha-1 h-1 ano-1. Espera-se que este índice ocorra no local pelo menos uma vez a cada 2,33 anos, com uma probabilidade de 42,92%. Os valores dos índices anuais de erosividade de Piraju, esperados nos períodos de retorno de 2, 5, 10, 20, 50 e 100 anos, foram, respectivamente, de 6.696, 8.730, 10.076, 11.367, 13.039 e 14.292 MJ mm ha-1 h-1 ano-1. Foi observada uma distribuição de 78,5% do total da erosividade anual durante o semestre de outubro a março, indicando que, nesse período, era esperada a maior parte das perdas de solo por erosão. Observou-se elevada correlação entre o índice de erosividade, EI30, médio mensal e o coeficiente de chuva. Portanto, a equação de regressão determinada permite que seja estimado, com boa margem de segurança, o EI30 para outros locais que não possuam dados pluviográficos, mas que disponham de dados pluviométricos e condições climáticas semelhantes às de Piraju (SP).

Uso alternativo da grade aradora superpesada na correção da acidez do solo em profundidade e na produção da aveia preta

A máxima eficiência da calagem depende, além da qualidade do material corretivo, de uma incorporação adequada quanto à profundidade e homogeneidade. Diante disto, objetivou-se avaliar o efeito dos modos de incorporação de calcário na produção da aveia preta e na correção da acidez no perfil do solo. Para isto, foi realizado um experimento em um Latossolo Vermelho distrófico textura argilosa, na região do Triângulo Mineiro, em Uberlândia (MG), no período de maio de 1995 a fevereiro de 1996. O delineamento experimental foi em parcelas subdivididas, com as parcelas principais organizadas em blocos, com três repetições. As parcelas foram constituídas pelos modos de incorporação do calcário: grade aradora pesada e grade niveladora GP+GN (14x34"); modo tradicional, com aração (4x26") e grade niveladora A+GN (60x22"); grade aradora superpesada e grade niveladora GSP+GN (14x34"); nas subparcelas, pelas doses de calcário dolomítico, como se segue: D0 = zero de calcário; D1 = dose para elevar V = 70%; D2 = dose para elevar V = 100%, que corresponderam a 0; 6,0 e 9,2tha-1, respectivamente. O modo de incorporação do calcário influiu na eficiência da calagem no perfil do solo. A gradagem pesada não foi adequada para a incorporação do calcário. O arado de disco mais a gradagem niveladora tiveram desempenho satisfatório, atingindo até 0,20m de profundidade. A gradagem superpesada proporcionou maior uniformidade e profundidade de incorporação, com neutralização da acidez do solo até 0,30m de profundidade.

Sistemas de aplicação de nitrogênio e seus efeitos sobre o acúmulo de N na planta de milho

O acúmulo de nitrogênio na planta de milho é influenciado pelo teor no solo e pela taxa de absorção deste nutriente pela planta em dado período de desenvolvimento. O objetivo deste experimento foi comparar a eficiência de sistemas de aplicação de N na cultura do milho, implantado em semeadura direta após aveia preta, em situações de adequada e excessiva disponibilidade hídrica, quanto ao acúmulo de N e à produção de massa seca por planta de milho. O experimento foi realizado na EEA-UFRGS, em Eldorado do Sul (RS), no ano agrícola de 1998/99. Os tratamentos constaram da aplicação de dois níveis de disponibilidade hídrica, um adequado às exigências da cultura do milho e outro com excesso hídrico, e de sete sistemas de aplicação de N. Os sistemas de aplicação de N constituíram-se da aplicação de: 150 kg ha-1 em cobertura; 150 kg ha-1 em pré-semeadura; 75 kg ha-1 em pré-semeadura + 75 kg ha-1 em cobertura; 60 kg ha-1 em cobertura; 60 kg ha-1 em pré-semeadura; 30 kg ha-1 em pré-semeadura + 30 kg ha-1 em cobertura e uma testemunha sem aplicação de N em pré-semeadura e cobertura. Em todos os sistemas, foram aplicados 30 kg ha-1 na semeadura. A fonte de N utilizada em todos os sistemas foi a uréia. A adubação nitrogenada em cobertura foi feita manualmente, em linha (5 cm da linha de milho), sem incorporação. Para acúmulo de N e produção de MS por planta de milho não houve interação significativa de níveis hídricos aplicados e sistemas de aplicação de N. No sistema com aplicação total de N no momento da dessecação da aveia (pré-semeadura), as plantas acumularam menos N em relação ao com total de N aplicado em cobertura, tendo aumentado as diferenças à medida que a planta avançou em seu desenvolvimento, independentemente do nível de disponibilidade hídrica.