Standardized evaluation methodology and reference database for evaluating IVUS image segmentation

This paper describes an evaluation framework that allows a standardized and quantitative comparison of IVUS lumen and media segmentation algorithms. This framework has been introduced at the MICCAI 2011 Computing and Visualization for (Intra)Vascular Imaging (CVII) workshop, comparing the results of eight teams that participated. We describe the available data-base comprising of multi-center, multi-vendor and multi-frequency IVUS datasets, their acquisition, the creation of the reference standard and the evaluation measures. The approaches address segmentation of the lumen, the media, or both borders; semi- or fully-automatic operation; and 2-D vs. 3-D methodology. Three performance measures for quantitative analysis have been proposed. The results of the evaluation indicate that segmentation of the vessel lumen and media is possible with an accuracy that is comparable to manual annotation when semi-automatic methods are used, as well as encouraging results can be obtained also in case of fully-automatic segmentation. The analysis performed in this paper also highlights the challenges in IVUS segmentation that remains to be solved.

Structural Insight into the Mode of Action of a Direct Inhibitor of Coregulator Binding to the Thyroid Hormone Receptor.

The development of nuclear hormone receptor antagonists that directly inhibit the association of the receptor with its essential coactivators would allow useful manipulation of nuclear hormone receptor signaling. We previously identified 3-(dibutylamino)-1-(4-hexylphenyl)-propan-1-one (DHPPA), an aromatic β-amino ketone that inhibits coactivator recruitment to thyroid hormone receptor β (TRβ), in a high-throughput screen. Initial evidence suggested that the aromatic β-enone 1-(4-hexylphenyl)-prop-2-en-1-one (HPPE), which alkylates a specific cysteine residue on the TRβ surface, is liberated from DHPPA. Nevertheless, aspects of the mechanism and specificity of action of DHPPA remained unclear. Here, we report an x-ray structure of TRβ with the inhibitor HPPE at 2.3-Å resolution. Unreacted HPPE is located at the interface that normally mediates binding between TRβ and its coactivator. Several lines of evidence, including experiments with TRβ mutants and mass spectroscopic analysis, showed that HPPE specifically alkylates cysteine residue 298 of TRβ, which is located near the activation function-2 pocket. We propose that this covalent adduct formation proceeds through a two-step mechanism: 1) β-elimination to form HPPE; and 2) a covalent bond slowly forms between HPPE and TRβ. DHPPA represents a novel class of potent TRβ antagonist, and its crystal structure suggests new ways to design antagonists that target the assembly of nuclear hormone receptor gene-regulatory complexes and block transcription.

Kaukolämmön pääsäädöt

Työssä keskitytään tarkastelemaan kaukolämmön pääsäätöjä, jotka ovat lämpötilan, paineen ja keskipaineen säädöt. Lisäksi työssä on pintapuolisesti käsitelty myös kaukolämpöön liittyviä perusasioita, toimintaperiaatteita, kaukolämmön erilaisia tuotantotapoja sekä varastointia. Lämpötilan säätöön liittyvät keskeisimmät tekijät ovat menoveden absoluuttisen ala- ja ylärajan määrittäminen, paluuveden alimman optimaalisen arvon määrittäminen, lämpötilan asetusarvon asettaminen, sekä lämpötilan muutosten vaikutus kaukolämmön tuotantoon. Lämpötilan muutoksilla on huomattava vaikutus kaukolämmön tuotannossa. Paine-erolla säädetään kaukolämpöveden virtausmäärää ja tehoa, jolla on merkittävä osuus kaukolämpöjärjestelmässä. Paine-eron säätö Salmisaaren voimalaitoksessa on toteutettu sumeaan logiikkaan perustuvalla tietokoneohjelmalla, joka automaattisesti valvoo paine-eron vaihteluita, säätöpoikkeamaa, säätötasoja ja seuraa paine-eron oloarvoa. Keskipaineen säätäminen on toteutettu siten, että Salmisaaren ja Hanasaaren voimalaitoksissa pystytään keskipainetta säätämään samanaikaisesti. Näin toimien on mahdollistettu suurempi toimintavarmuus ja parempi asetusarvossa pysyminen. Kaukolämpöverkoissa on yleensä vain yksi keskipaineen säätäjä, joten Helsingissä voimassa oleva järjestelmä on ainoa laatuaan. Työ on tehty pääosin haastattelemalla Salmisaaren voimalaitoksen automaatiomestari Guy Lindmania sekä automaatioverstaan muuta henkilöstöä. Työn tavoitteena on ollut saattaa kirjalliseen muotoon toistaiseksi dokumentoimatonta tietoa.