Biophotonic Sensing Cells (BICELLs) for label-free biosensing

Label free immunoassay sector is a ferment of activity, experiencing rapid growth as new technologies come forward and achieve acceptance. The landscape is changing in a “bottom up” approach, as individual companies promote individual technologies and find a market for them. Therefore, each of the companies operating in the label-free immunoassay sector offers a technology that is in some way unique and proprietary. However, no many technologies based on Label-free technology are currently in the market for PoC and High Throughput Screening (HTS), where mature labeled technologies have taken the market.

Modelización de las propiedades radiativas e interacción de láseres ultraintensos con la materia

Desde el año 2004 el código ARWEN ha sido utilizado con éxito para simular y diseñar experimentos relacionados con blancos para fusión por confinamiento inercial [146], astrofísica de laboratorio [145], plasmas como amplificadores de láseres de rayos X [107] o plasmas creados por láser para la medición de espectros de transmisión. Para la realización de estas simulaciones es necesario, además de métodos de alto orden precisos y que presenten buenas propiedades conservativas, conocer ciertas propiedades de los plasmas. En el caso de la fluidodinámica y la conducción electrónica necesitaremos conocer la ecuación de estado [94, 49, 36], y para el transporte de la radiación será preciso disponer de los datos de absorción y emisión [104, 95, 40]. Hasta el año 2009 ARWEN dependía de códigos externos para la generación de estas tablas de opacidad, careciendo de control sobre los métodos empleados para su generación. Además estos códigos asumían equilibrio local termodinámico (LTE), limitando su validez a rangos de alta densidad y baja temperatura. En el marco de esta tesis se ha desarrollado el código BIGBART para la generación de tablas detalladas de opacidad y emisividad para su uso en el módulo de transporte de radiación. De esta forma el grupo dispondrá de su propia herramienta de generación de propiedades radiativas. El código desarrollado es capaz de tratar plasmas en estado fuera de equilibrio (non-LTE) mediante el modelo colisional-radiativo, extendiendo así el rango de validez de las tablas generadas. El trabajo desarrollado para implementar un código LTE/non-LTE estacionario es el siguiente Cálculo de estructura y datos atómicos. Se ha acoplado en código FAC a BIGBART, incorporando la capacidad para generar potenciales atómicos para una configuración y el cálculo de funciones de onda de electrones en orbitales ligados y libres. Aproximaciones y métodos para la obtención de tasas y secciones eficaces de procesos. Se han incluido y programado los modelos implementados en FAC para el cálculo de secciones eficaces de fotoionización, y tasas de decaimiento de emisión espontánea y autoionización. Además se ha incluido el modelo Plane-Wave Born (PWBA) para el cálculo de las secciones eficaces de ionización y excitación colisional. Modelos para la obtención de la distribución de estados iónicos dentro del plasma. Se ha programado un solver LTE basado en la ecuación de Saha-Boltzmann con efectos de ionización por presión debida a los iones adyacentes. También se ha implementado un modelo non-LTE colisionalradiativo para la resolución del sistema de ecuaciones que nos permite obtener la densidad de estados iónicos fuera de equilibrio. Modelo non-LTE RADIOM. Se ha implementado el modelo RADIOM para aproximar efectos de no-equilibrio mediante cálculos LTE a una temperatura equivalente, menor o igual que la temperatura electrónica real. Cálculo de las propiedades espectrales de absorción y emisión. Se han implementado los modelos para el cálculo de los perfiles espectrales de absorción y emisión para procesos entre niveles ligados, ligado-libre y librelibre. Aprovechando el trabajo realizado en este sentido, durante el transcurso de esta tesis se amplió el código BIGBART para tratar problemas con dependencia temporal. La extensión para tratar este tipo de problemas se orientó a la simulación numérica de la interacción de láseres ultra intensos en el rango XUV/rayos X. Para ello, además de adaptar el modelo non-LTE colisionalradiativo se incluyeron procesos adicionales asociados a la interacción de la materia con fotones altamente energéticos. También se han incluido modelos para el cálculo de las propiedades ópticas, y por ende las propiedades dieléctricas de la materia irradiada, de gran interés en algunas aplicaciones novedosas de estos láseres intensos. Debido a la naturaleza fuertemente fuera de equilibrio en la interacción de fotones de alta energía con la materia, se incluyó el tratamiento de la distribución de electrones libres fuera de equilibrio en la aproximación de Fokker-Planck, tanto para condiciones degeneradas como no degeneradas. El trabajo desarrollado en el código non-LTE con dependencia temporal es el siguiente Procesos asociados a láseres intensos XUV/rayos X. Se ha implementado el cálculo de procesos radiativos estimulados de absorción y emisión por el láser. También se han incluido procesos asociados a la creación de vacantes en capas internas electrónicas (Shake), además de doble autoionización y doble fotoionización. Cálculo de propiedades ópticas y dieléctricas en blancos sólidos. Se ha implementado un modelo para la absorción por bremsstrahlung inverso en blancos en estado sólido. Con el coeficiente de extinción debido a procesos de fotoabsorción resonante, fotoionización y bremsstrahlung inverso se obtiene el ´ındice de refracción mediante la relación de Kronig-Kramers. Electrones fuera de equilibrio. Se ha tratado la evolución de la distribución de electrones, cuando no está justificado asumir que es Maxwelliana o de Fermi-Dirac, mediante la aproximación de Fokker-Planck para la colisión entre electrones libres. En la resolución de la ecuación de Fokker-Planck se han incluido los procesos inelásticos por colisiones con iones y términos fuente por interacción con el láser y otros procesos. ABSTRACT Since 2004 the ARWEN code has been successfully used to simulate and design targets for inertial confinement fusion experiments [146], laboratory astrophysics [145], plasmas as X-ray lasers amplifiers [107] or laser created plasmas for measuring transmission spectra. To perform these simulations it is necessary, in addition to high order precise methods with good conservative properties, to know certain properties of plasmas. For fluid dynamic and electronic conduction we need to know the equation of state [94, 49, 36], and for radiation transport it will be necessary to have the data of the absorption and emission [104, 95, 40]. Until 2009 ARWEN depended on external codes to generate these opacity tables, lacking of control over the methods used for their generation. Besides, these codes assumed local thermodynamic equilibrium (LTE), limiting their validity ranges to high densities and low temperatures. As part of this thesis it has been developed the BIGBART code for generating detailed opacity and emissivity tables for use in the radiation transport module. This group will have its own tool for the generation of radiative properties. The developed code is capable of treating plasmas out of equilibrium (non-LTE) by means of a collisional-radiative model, extending the range of validity of the generated tables. The work to implement an LTE/non-LTE steady-state code is as follows Calculation of structure and atomic data. the FAC code was coupled to BIGBART, incorporating the ability to generate atomic potentials for calculating configuration wave functions for bound and free electrons. Approaches and methods for obtaining cross sections and processes rates. We have included and reprogrammed in Fortran the models implemented in FAC for calculation of photoionization cross sections and decay rates of spontaneous emission and autoionization. We also included the Plane- Wave Born (PWBA) model to calculate the cross sections of ionization and collisional excitation. Models for the obtention of the distribution of ionic states within the plasma. We programmed a LTE solver based on the Saha-Boltzmann equation with pressure ionization effects due to adjacent ions. It has also been implemented a non-LTE collisional-radiative model for solving the system of equations that allows us to obtain the density of ionic states out of equilibrium. Non-LTE RADIOM model. We have implemented the non-LTE RADIOM model to approximate non-equilibrium effects with LTE data at an equivalent temperature, lower or equal to the actual electronic temperature. Calculation of the spectral absorption and emission properties. Models have been implemented for the calculation of the spectral profiles of absorption and emission processes between bound levels, free-bound and free-free. Taking advantage of the work done in this direction throughout the course of this thesis the code BIGBART was extended to treat time-dependent problems. The extension to treat such problems is oriented to the numerical simulation of the interaction of ultra intense lasers in the XUV/X-ray range. For this range, in addition to adapting the non-LTE collisional-radiative model, additional processes associated with the interaction of matter with high energy photons. We also included models for calculation of the optical properties, and therefore the dielectric properties of the irradiated material, of great interest in some novel applications of these intense lasers. Due to the strong non-equilibrium nature of the interaction of high energy photons with matter, we included the treatment of the distribution of free electrons out of equilibrium in the Fokker-Planck approximation for both degenerate and non-degenerate conditions. The work in the non-LTE time-dependent code is as follows Processes associated with intense XUV/X-ray lasers. We have implemented the calculation of stimulated radiative processes in absorption and emission. Also we included processes associated with the creation of electronic vacancies in inner shells (Shake), double autoionization and double photoionization. Calculation of optical and dielectric properties in solid targets. We have implemented a model for inverse bremsstrahlung absorption in solid targets. With the extinction coefficient from resonant photoabsorption, photoionization and inverse bremsstrahlung the refractive index is obtained by the Kramers-Kronig relation. Electrons out of equilibrium. We treat the evolution of the electron distribution, when it is not justified to assume a Maxwellian or Fermi-Dirac distribution, by the Fokker-Planck approximation for collisions between electrons. When solving the Fokker-Planck equation we included inelastic collision processes with ions and source terms by interaction with the laser and other processes.

Object tracking using direct methods in RGB-D cameras

En esta tesis se presenta un análisis en profundidad de cómo se deben utilizar dos tipos de métodos directos, Lucas-Kanade e Inverse Compositional, en imágenes RGB-D y se analiza la capacidad y precisión de los mismos en una serie de experimentos sintéticos. Estos simulan imágenes RGB, imágenes de profundidad (D) e imágenes RGB-D para comprobar cómo se comportan en cada una de las combinaciones. Además, se analizan estos métodos sin ninguna técnica adicional que modifique el algoritmo original ni que lo apoye en su tarea de optimización tal y como sucede en la mayoría de los artículos encontrados en la literatura. Esto se hace con el fin de poder entender cuándo y por qué los métodos convergen o divergen para que así en el futuro cualquier interesado pueda aplicar los conocimientos adquiridos en esta tesis de forma práctica. Esta tesis debería ayudar al futuro interesado a decidir qué algoritmo conviene más en una determinada situación y debería también ayudarle a entender qué problemas le pueden dar estos algoritmos para poder poner el remedio más apropiado. Las técnicas adicionales que sirven de remedio para estos problemas quedan fuera de los contenidos que abarca esta tesis, sin embargo, sí se hace una revisión sobre ellas.---ABSTRACT---This thesis presents an in-depth analysis about how direct methods such as Lucas- Kanade and Inverse Compositional can be applied in RGB-D images. The capability and accuracy of these methods is also analyzed employing a series of synthetic experiments. These simulate the efects produced by RGB images, depth images and RGB-D images so that diferent combinations can be evaluated. Moreover, these methods are analyzed without using any additional technique that modifies the original algorithm or that aids the algorithm in its search for a global optima unlike most of the articles found in the literature. Our goal is to understand when and why do these methods converge or diverge so that in the future, the knowledge extracted from the results presented here can efectively help a potential implementer. After reading this thesis, the implementer should be able to decide which algorithm fits best for a particular task and should also know which are the problems that have to be addressed in each algorithm so that an appropriate correction is implemented using additional techniques. These additional techniques are outside the scope of this thesis, however, they are reviewed from the literature.

Análisis y prospectiva del sector Desarrollo Rural y Seguridad Alimentaria Nutricional desde el enfoque de la Cooperación Española Internacional al Desarrollo

Esta investigación nace de la necesidad de aunar el máximo conocimiento sobre el sector Desarrollo Rural, Seguridad Alimentaria y Nutrición en la Cooperación Española, tanto desde un punto de vista teórico como práctico, que facilite, por un lado, precisar los límites que abarca el sector, conceptuales y de aplicación, mejorando la eficiencia y eficacia de las intervenciones en él, y por otro, conformar una prospectiva del mismo. La tesis propone una metodología de investigación-acción, puesto que por la propia posición de trabajo de la investigadora en la AECID y en el sector, esta es, a la vez, objeto y actora de la realidad vivida y del cambio a futuro. Para el trabajo de campo se ha contado con un importante grupo de expertos en la materia, que han participado en talleres de reflexión y en la encuesta Delphi, así como con una serie de entrevistas en profundidad. El requisito de contar con un marco teórico en el que se sustente el sector es esencial y el capítulo IV contempla este, partiendo de los antecedentes y marco normativo de la política de cooperación española, substancialmente la Ley de Cooperación Internacional para el Desarrollo, pasando por los principales instrumentos de planificación de esta política: Planes Directores, Estrategias sectoriales y Plan de Actuación Sectorial de Desarrollo Rural y Lucha contra el Hambre. Se puntualiza la cooperación reembolsable en el sector, y se repasan las principales actuaciones que han tenido lugar en el contexto internacional con especial hincapié en la crisis provocada por la subida del precio de los alimentos y las medidas más significativas que se tomaron para combatirla, pasando a continuación al proceso post-2015, los Objetivos de Desarrollo Sostenible y la posición española en él. En el marco conceptual se revisan términos tales como Derecho Humano a la Alimentación, Seguridad Alimentaria y Nutrición, Seguridad alimentaria, Seguridad alimentaria nutricional, Soberanía alimentaria, Seguridad alimentaria como Bien Público Mundial, Desarrollo Rural, Desarrollo Rural Territorial, Enfoque Territorial y Resiliencia, concluyendo este apartado con la búsqueda de las interrelaciones entre Seguridad alimentaria, Derecho Humano a la Alimentación y Desarrollo Rural Territorial. El capítulo termina con un breve repaso de lo que hacen en esta materia las principales agencias de Cooperación Internacional de los donantes más importantes del CAD. En el Marco de Aplicación se acomete una comparación de la evolución de la AOD en el marco temporal de la investigación, del 2000 al 2013, concedida al sector por la Cooperación Española en función de los distintos subsectores y también una comparativa de la ayuda otorgada por los principales donantes del CAD para este mismo periodo. Posteriormente se examinan las intervenciones centrales de la Cooperación Española en Derecho Humano a la Alimentación con la sociedad civil, con la FAO y con el relator especial de NNUU para el Derecho a la Alimentación, Seguridad Alimentaria Nutricional, destacando el Fondo España-ODM y el Programa Especial de Seguridad Alimentaria (PESA)y Desarrollo Rural Territorial , sobre el proyecto EXPIDER I y II (Experiencias de desarrollo local rural en América Latina) , y el proyecto PIDERAL ( Proyecto de políticas innovadoras de desarrollo de los territorios rurales en América Latina ) y tres intervenciones con enfoque regional como son :La Iniciativa América Latina y Caribe sin Hambre (IALCSH), la Estrategia Centroamericana de Desarrollo Rural Territorial (ECADERT) y la intervención de la Cooperación Española apoyando la Política Agraria de la CEDEAO. La investigación empírica esencialmente con un enfoque cualitativo, se examina y detalla en el capítulo VI, reflejándose las principales conclusiones de la misma en el capítulo del mismo nombre, tras haber contrastado las hipótesis formuladas y posteriormente cotejar las aplicaciones prácticas de la tesis y proponer posibles nuevas líneas de investigación. ABSTRACT This research stems from the need to combine the best knowledge about the Rural Development, Food Security and Nutrition sectors in Spanish Cooperation, both from a theoretical and practical point of view, that enables, on the one hand, to specify the limits that the sector covers, both conceptual and of implementation, improving the efficiency and effectiveness of interventions in it, and on the other, shape the future thereof. The thesis proposes a methodology of research-action, which is the AECID researcher´s own position in the sector, being at the same time, both researcher and participant of the reality experienced and future change. The field work benefitted from the support of a major group of experts in the field, who participated in reflection workshops, the Delphi survey and a series of in-depth interviews. The requirement for a theoretical framework that sustains the sector is essential and Chapter IV provides for this, starting with the background and legal framework of the policy of Spanish cooperation, essentially the International Development Cooperation Law, through the main instruments of policy planning: Master Plans; sectorial strategies; the Sectorial Action Plan for Rural Development; Fight against hunger. Refundable cooperation in the sector is specified, and the key actions that have taken place in the international context with special emphasis on the crisis caused by rising food prices and the most significant measures taken to combat it are reviewed. Then continuing with the post-2015 process, the Sustainable Development Objectives and the Spanish position in them. Conceptional framework terms such as Human Right to Food, Food Security and Nutrition, Food Security, Nutritional Food Security, Food Sovereignty, Food Security as a global public good, Rural Development, Rural Regional Development, Regional Approach and Resilience are reviewed, ending this section with the search for the interrelationship between Food Security, Human Right to Food and Rural Regional Development. The chapter ends with a brief overview of what the main agencies for International Cooperation of the major DAC donors do in this area. In the implementation framework, a comparison is provided of the evolution of the ODA within the time frame of the investigation, from 2000 to 2013, granted to the sector by the Spanish Cooperation in terms of the various subsectors and also a comparison is made of the support provided by the DAC's major donors for the same period. Subsequently the core interventions of Spanish Cooperation in the Human Right to Food with civil society, with FAO and the UN Special Rapporteur on the Right to Food, Food Security Nutrition are examined, highlighting the Spain MDG Fund and the Special Programme for Food Security (PESA) and Regional Rural Development on the EXPIDER I and II project (Rural local development experiences in Latin America), and the PIDERAL project (Innovative policy development project of rural areas in Latin America) and three regionally focused interventions such as: the Latin America and Caribbean without Hunger (HFLACI) Initiative, the Central American Strategy for Rural Development (ECADERT) and the intervention of the Spanish Cooperation to support the ECOWAS Agricultural Policy. Empirical research, essentially with a qualitative approach, is examined and detailed in Chapter VI, reflecting the main conclusions of the investigation in the chapter of the same name, after having contrasted the ideas put forward, and then later compares the practical applications of the thesis and proposes possible new lines of research.

Contribución al análisis cinemático y dinámico de manipuladores paralelos

El documento presentado contiene una aproximación a algunos de los diversos problemas actuales existentes en el campo de la robótica paralela. Primeramente se hace una propuesta para el cálculo de los parámetros estructurales de los robots paralelos, mediante el desarrollo de una metodología que combina las herramientas del estudio de mecanismos con el álgebra lineal; en una segunda sección se propone la solución del problema geométrico directo a partir de la definición de ecuaciones de restricción y su respectiva solución usando métodos numéricos, así como la solución para el problema geométrico inverso; en la tercera parte se aborda el problema dinámico tanto directo como inverso y su solución a partir de una metodología basada en el método de Kane o de trabajos virtuales. Para las propuestas metodológicas expuestas se han desarrollado ejemplos de aplicación tanto teóricos como prácticos (simulaciones y pruebas físicas), donde se demuestra su alcance y desempeño, mediante su utilización en múltiples configuraciones para manipuladores paralelos, entre los que se destacan la plataforma Stewart Gough, y el 3-RRR. Todo con el objetivo de extender su aplicación en futuros trabajos de investigación en el área. ABSTRACT The document presented below provides an approach to some of the many current problems existing in the field of parallel robotics. First is maked a proposal for calculating the structural parameters of the parallel robots, through developing a methodology that combines tools to study mechanisms with the linear algebra; a second section contains a direct geometrical problem solution from the definition of constraint equations and their respective solution using numerical methods, as well as the solution to the inverse geometric problem; in the third part, both, direct and inverse dynamic problem and its solution based on methodology Kane or the method of virtual work are propossed. For each of the exposed methodological proposals they were developed examples of both theoretical and practical application (simulations and physical tests), where its scope and performance is demonstrated by its use in multiple configurations for parallel manipulators, among which stand out the platform Stewart Gough, and 3-RRR. All with the goal of extending its application in future research in the area.

Hacia un análisis cuantitativo de la Ciudad Informal: una aproximación desde la Habitabilidad Básica y la experiencia en Makeni (Sierra Leona)

La importantísima expansión urbana que sufren las principales ciudades de los países en vías de desarrollo, es el mayor reto que afronta la habitabilidad a nivel mundial. Dentro de la teoría general de la Habitabilidad Básica (HaB-ETSAM-UPM, 1995) la ordenación del territorio y el planeamiento urbanístico son las herramientas determinantes para orientar coherentemente los procesos de urbanización, como se reconoce también desde las principales esferas técnicas a nivel internacional. Pero tales herramientas deben enfocarse a una construcción eficiente del territorio, actuando desde una aproximación multidisciplinar, flexible y directa, que incida en las prioridades específicas de cada contexto. Para ello, resulta fundamental comprender a fondo las realidades específicas de estos ámbitos. La ciudad es un fenómeno complejo en esencia. El tejido construido, en constante proceso de cambio, es el caparazón visible que alberga una maravillosa mezcla entrelazada de espacios, funciones, flujos, personas.... Cada ciudad, diferente y única, se integra en su medio, se adapta a geografías, contextos y climas distintos, evoluciona según dinámicas propias, en incomprensibles (o casi) procesos evolutivos. El estudio de la ciudad, supone siempre una simplificación de la misma. La realidad urbana, por detallado que sea nuestro análisis, siempre contendrá indescifrables relaciones que se nos escapan. En cambio, necesitamos de métodos analíticos que nos ayuden a comprender algo esa complejidad. Acercarnos en ese análisis, es un paso previo fundamental para la formulación de respuestas. En este plano, de avance en la comprensión del hecho urbano, se sitúa este trabajo. Se pone el acento en el enfoque cuantitativo, profundizando en datos básicos concretos, siempre aceptando de partida que esta información es una componente mínima, pero esperamos que sustantiva, de un fenómeno inabordable. Y es esta búsqueda de comprensión material y cuantitativa de la ciudad, el objetivo esencial de la investigación. Se pretende proporcionar una base detallada de aquéllos aspectos fundamentales, que pueden ser medidos en los entornos urbanos y que nos proporcionan información útil para el diagnóstico y las propuestas. Para ello, se aportan rangos y referencias deseables, a través de una herramienta para la comprensión y la valoración de cada contexto, la Matriz de Indicadores. Esta herramienta se concibe desde la reflexión a la aplicación práctica, a la utilidad directa, al aporte concreto para quien pueda servir. Ésta es la voluntad decidida con la que se aborda este trabajo, centrado en los entornos urbanos donde el aporte técnico es prioritario: la Ciudad Informal. La Ciudad Informal, entendida aquí como aquélla que se desarrolla sin los medios suficientes (técnicos, económicos e institucionales) que proporciona la planificación, aquélla por donde la habitabilidad precaria se extiende. Es la ciudad que predomina en los países en vías de desarrollo, en los contextos de bajos recursos, allí donde, precisamente, se concentran los principales déficits y necesidades a nivel global. El enfoque nace de la teoría de la Habitabilidad Básica, de la definición de mínimos posibles para, desde allí, construir el espacio necesario para el desarrollo humano. Éste es el ámbito genérico objeto del trabajo que, a su vez, se nutre, de forma muy importante, de la experiencia directa en la ciudad de Makeni, en Sierra Leona. Esta ciudad nos sirve de prototipo experimental en un doble sentido. Por un lado, sirve como espacio empírico en el que chequear la metodología de valoración cuantitativa; y, por otro, el conocimiento de esta ciudad de tamaño medio africana, que se ha ido adquiriendo en los últimos cinco años, es una base directa para el desarrollo teórico de la propia metodología, que ayuda a atisbar lo esencial en contextos similares. El encaje de todo este recorrido se ha articulado desde una experiencia académica que, como docente, he coordinado directa e intensamente. Experiencia muy enriquecedora, que ha sumado muchas manos y mucho aprendizaje en este tiempo. Teoría y práctica en planeamiento urbano se alternan en el trabajo, nutriéndose la una de la otra y a la inversa. Trabajo que nace desde la pasión por la ciudad y el urbanismo. Desde la búsqueda por comprender y desde la vocación de actuar, de intentar mejorar y hacer más habitables los entornos urbanos. Especialmente allí donde las dificultades se agolpan y el camino se alarga, se llena de polvo. Acumular preguntas a cada paso. Cada vez más preguntas. Las respuestas, si existen, aparecen entrelazadas en dinámicas indescifrables de las que queremos formar parte. Fundirnos por momentos en la misma búsqueda, acompañarla. Sentirnos cerca de quiénes comienzan de cero casi cada día. Y otra vez, arrancar. Y compartir, desde el conocimiento, si acaso es que se puede. Y la ciudad. Brutal, imponente, asfixiante, maravillosa, imposible. Creación colectiva insuperable, de energías sumadas que se cosen sin patrón aparente. O sin más razón que la del propio pulso de la vida. Así se siente Makeni. ABSTRACT The important urban growth suffering major cities of developing countries, is the biggest challenge facing the global habitability. Within the general theory of Basic Habitability (HAB-ETSAM-UPM, 1995) spatial planning and urban planning are the crucial tools to consistently guide the urbanization process, as also recognized from the main technical areas worldwide. But such tools should focus on an efficient construction of the territory, working from a multidisciplinary, flexible and direct approach, that affects the specific priorities of each context. To do this, it is essential to thoroughly understand the specific realities of these areas. The city is essentially a complex phenomenon. The urban fabric in constant flux, is the visible shell that houses a wonderful mixture interlocking spaces, functions, flows, people.... Every city, different and unique, is integrated into its environment, adapted to geographies, contexts and climates, it evolves according to its own dynamics, along (almost) incomprehensible evolutionary processes. The study of the city, is always a simplification of it. The urban reality, even studied from a detailed analysis, always contain undecipherable relationships that escape us. Instead, we need analytical methods that help us understand something that complexity. Moving forward in this analysis is an essential first step in formulating responses. At this level, progressing in understand the urban reality, is where this work is located. The emphasis on the quantitative approach is placed, delving into specific basic data, starting always accepting that this information is just a minimal component, but we hope that substantive, of an intractable phenomenon. And it is this search for materials and quantitative understanding of the city, the main objective of the research. It is intended to provide a detailed basis of those fundamental aspects that can be measured in urban environments that provide us useful information for the diagnosis and proposals. To do this, desirable ranges and references are provided, through a tool for understanding and appreciation of each context, the Indicator Matrix. This tool is conceived from reflection to practical application, to a direct utility, concrete contribution to who can serve. This is the firm resolve with which this work is addressed, centered in urban environments where the technical contribution is a priority: the Informal City. The Informal City, understood here as the urban areas developed without the sufficient resources (technical, economic and institutional) which planning provides, where it is extended the precarious habitability. It is the city that prevails in developing countries, in low-resource settings, where, precisely, the main gaps and needs in the global context are concentrated. The approach stems from the theory of Basic Habitability, the definition of possible minimum, to build the necessary space for human development. This is the generic scope of the work object, that is also based in the direct experience in the town of Makeni, Sierra Leone. This city serves as an experimental prototype in two ways. On the one hand, it serves as a space where empirically check the quantitative assessment methodology; and, secondly, the knowledge of this African city of medium size, which has been acquired in the last five years, is a direct basis for the theoretical development of the methodology itself, which helps to glimpse the essence in similar contexts. The engagement of this whole journey has been articulated from an academic experience, directly and intensely coordinated as teacher. Enriching experience that has added many hands and much learning at this time. Theory and practice in urban planning are mixed at work, enriching the one of the other and vice versa. Work is born from the passion for the city and urbanism. From the search for understanding and from the vocation of acting, trying to improve and make more livable urban environments. Especially where the difficulties are crowded and the road is so long, full of dust. To accumulate questions at every turn. More and more questions. The answers, if do exist, appears inside indecipherable dynamics in which we want to be involved. Merge at times in the same search. Feel close to those who start from scratch almost every day. And again, move forward. And share, from knowledge, if possible. And the city. Brutal, impressive, suffocating, wonderful, impossible. Unsurpassed collective creation, combined energy mix that are sewn with no apparent pattern. Or for no reason other than the pulse of life itself. As it feels the city of Makeni.

Control remoto de presentaciones mediante Raspberry PI y Android

Este proyecto fin de carrera trata de mejorar los sistemas actuales de control en la visualización de diapositivas. La solución adoptada constará de un sistema con modelo cliente-servidor. El servidor formado por un mini ordenador, en este caso una Raspberry Pi, que estará conectado al proyector de video. Este servidor se mantendrá a la espera de recibir una conexión entrante vía Bluetooth. Una vez se realice la conexión interpretará los comandos mandados por el cliente a través de una API con formato JSON y realizará las acciones indicadas para el control de la presentación. El cliente será una aplicación móvil para dispositivos Android. A través de ella el profesor accederá al servidor escaneando un código QR que será proyectado y una vez conectado enviará los comandos de control de la presentación, tales como abrir una presentación, avanzar y retroceder diapositiva, etc. La solución final deberá ser eficiente, sencilla de utilizar y con un bajo coste para resultar atractiva y ser así útil en el mundo real. Para ello se contará con valores añadidos como el poder iniciar la presentación desde el dispositivo móvil, el mostrar las notas de la diapositiva actual o contar con un temporizador para permitir un mejor control sobre el tiempo disponible para la presentación. ABSTRACT. This final project pursues the improvement of the current presentation control systems. The solution it provides is based on a server-client architecture. The server will be a mini PC, a Raspberry Pi model in this case, that will be connected to a video projector or a screen monitor. This server will remain idle waiting for an incoming Bluetooth connection. Once the connection is accepted the server will parse the commands sent by the client through a JSON API and will execute them accordingly to control the system. The client we decided to develop is an Android application. The speaker will be able to connect with the server by scanning a QR code that will be generated and displayed into the projector or screen monitor. Once the connection is accepted the client will sent the commands to control the slides, such as opening a presentation, move forward and backwards, etc. The adopted solution must be efficient, easy to use and with low cost to be appealing and useful to the real world. To accomplish the task this project will count with improvements over the current systems, such as the possibility to open a presentation from the smartphone, the visualization of the current slide notes from the mobile phone and a countdown timer to have a better control over the available time for the presentation.

A micromachined device provides a new bend on fibroblast traction forces

We have measured the traction forces generated by fibroblasts using a novel micromachined device that is capable of determining the subcellular forces generated by individual adhesive contacts. The front of migrating fibroblasts produced intermittent rearward forces whereas the tail produced larger forward directed forces. None of the forces were steady; they all had periodic fluctuations. The transition between forward and rearward traction forces occurred at the nucleus, not at the rear of the cell or the border between the endoplasm and the ectoplasm. We propose that the coupling of lamella extensions to fluctuating rearward tractions in front of the nuclear region move the front of a fibroblast forward, while force-facilitated release of rear adhesive contacts and anterior-directed tractions allow the region behind the nucleus to advance.

Spectral bifurcations in dispersive wave turbulence

Dispersive wave turbulence is studied numerically for a class of one-dimensional nonlinear wave equations. Both deterministic and random (white noise in time) forcings are studied. Four distinct stable spectra are observed—the direct and inverse cascades of weak turbulence (WT) theory, thermal equilibrium, and a fourth spectrum (MMT; Majda, McLaughlin, Tabak). Each spectrum can describe long-time behavior, and each can be only metastable (with quite diverse lifetimes)—depending on details of nonlinearity, forcing, and dissipation. Cases of a long-live MMT transient state dcaying to a state with WT spectra, and vice-versa, are displayed. In the case of freely decaying turbulence, without forcing, both cascades of weak turbulence are observed. These WT states constitute the clearest and most striking numerical observations of WT spectra to date—over four decades of energy, and three decades of spatial, scales. Numerical experiments that study details of the composition, coexistence, and transition between spectra are then discussed, including: (i) for deterministic forcing, sharp distinctions between focusing and defocusing nonlinearities, including the role of long wavelength instabilities, localized coherent structures, and chaotic behavior; (ii) the role of energy growth in time to monitor the selection of MMT or WT spectra; (iii) a second manifestation of the MMT spectrum as it describes a self-similar evolution of the wave, without temporal averaging; (iv) coherent structures and the evolution of the direct and inverse cascades; and (v) nonlocality (in k-space) in the transferral process.

Keratocytes Generate Traction Forces in Two PhasesV⃞

Forces generated by goldfish keratocytes and Swiss 3T3 fibroblasts have been measured with nanonewton precision and submicrometer spatial resolution. Differential interference contrast microscopy was used to visualize deformations produced by traction forces in elastic substrata, and interference reflection microscopy revealed sites of cell-substratum adhesions. Force ranged from a few nanonewtons at submicrometer spots under the lamellipodium to several hundred nanonewtons under the cell body. As cells moved forward, centripetal forces were applied by lamellipodia at sites that remained stationary on the substratum. Force increased and abruptly became lateral at the boundary of the lamellipodium and the cell body. When the cell retracted at its posterior margin, cell-substratum contact area decreased more rapidly than force, so that stress (force divided by area) increased as the cell pulled away. An increase in lateral force was associated with widening of the cell body. These mechanical data suggest an integrated, two-phase mechanism of cell motility: (1) low forces in the lamellipodium are applied in the direction of cortical flow and cause the cell body to be pulled forward; and (2) a component of force at the flanks pulls the rear margins forward toward the advancing cell body, whereas a large lateral component contributes to detachment of adhesions without greatly perturbing forward movement.

Receptor-mediated Endocytosis in the Caenorhabditis elegans Oocyte

The Caenorhabditis elegans oocyte is a highly amenable system for forward and reverse genetic analysis of receptor-mediated endocytosis. We describe the use of transgenic strains expressing a vitellogenin::green fluorescent protein (YP170::GFP) fusion to monitor yolk endocytosis by the C. elegans oocyte in vivo. This YP170::GFP reporter was used to assay the functions of C. elegans predicted proteins homologous to vertebrate endocytosis factors using RNA-mediated interference. We show that the basic components and pathways of endocytic trafficking are conserved between C. elegans and vertebrates, and that this system can be used to test the endocytic functions of any new gene. We also used the YP170::GFP assay to identify rme (receptor-mediated endocytosis) mutants. We describe a new member of the low-density lipoprotein receptor superfamily, RME-2, identified in our screens for endocytosis defective mutants. We show that RME-2 is the C. elegans yolk receptor.

Symmetries in bacterial motility

Descriptions are given of three kinds of symmetries encountered in studies of bacterial locomotion, and of the ways in which they are circumvented or broken. A bacterium swims at very low Reynolds number: it cannot propel itself using reciprocal motion (by moving through a sequence of shapes, first forward and then in reverse); cyclic motion is required. A common solution is rotation of a helical filament, either right- or left-handed. The flagellar rotary motor that drives each filament generates the same torque whether spinning clockwise or counterclockwise. This symmetry is broken by coupling to the filament. Finally, bacterial populations, grown in a nutrient medium from an inoculum placed at a single point, usually move outward in symmetric circular rings. Under certain conditions, the cells excrete a chemoattractant, and the rings break up into discrete aggregates that can display remarkable geometric order.

Análise de acetona em ar exalado: desenvolvimento de método eletroanalítico e algoritmo para processamento de sinais

Propõe-se método novo e completo para análise de acetona em ar exalado envolvendo coleta com pré-concentração em água, derivatização química e determinação eletroquímica assistida por novo algoritmo de processamento de sinais. Na literatura recente a acetona expirada vem sendo avaliada como biomarcador para monitoramento não invasivo de quadros clínicos como diabetes e insuficiência cardíaca, daí a importância da proposta. Entre as aminas que reagem com acetona para formar iminas eletroativas, estudadas por polarografia em meados do século passado, a glicina apresentou melhor conjunto de características para a definição do método de determinação por voltametria de onda quadrada sem a necessidade de remoção de oxigênio (25 Hz, amplitude de 20 mV, incremento de 5 mV, eletrodo de gota de mercúrio). O meio reacional, composto de glicina (2 mol·L-1) em meio NaOH (1 mol·L-1), serviu também de eletrólito e o pico de redução da imina em -1,57 V vs. Ag|AgCl constituiu o sinal analítico. Para tratamento dos sinais, foi desenvolvido e avaliado um algoritmo inovador baseado em interpolação de linha base por ajuste de curvas de Bézier e ajuste de gaussiana ao pico. Essa combinação permitiu reconhecimento e quantificação de picos relativamente baixos e largos sobre linha com curvatura acentuada e ruído, situação em que métodos convencionais falham e curvas do tipo spline se mostraram menos apropriadas. A implementação do algoritmo (disponível em http://github.com/batistagl/chemapps) foi realizada utilizando programa open source de álgebra matricial integrado diretamente com software de controle do potenciostato. Para demonstrar a generalidade da extensão dos recursos nativos do equipamento mediante integração com programação externa em linguagem Octave (open source), implementou-se a técnica da cronocoulometria tridimensional, com visualização de resultados já tratados em projeções de malha de perspectiva 3D sob qualquer ângulo. A determinação eletroquímica de acetona em fase aquosa, assistida pelo algoritmo baseado em curvas de Bézier, é rápida e automática, tem limite de detecção de 3,5·10-6 mol·L-1 (0,2 mg·L-1) e faixa linear que atende aos requisitos da análise em ar exalado. O acetaldeído, comumente presente em ar exalado, em especial, após consumo de bebidas alcoólicas, dá origem a pico voltamétrico em -1,40 V, contornando interferência que prejudica vários outros métodos publicados na literatura e abrindo possibilidade de determinação simultânea. Resultados obtidos com amostras reais são concordantes com os obtidos por método espectrofotométrico, em uso rotineiro desde o seu aperfeiçoamento na dissertação de mestrado do autor desta tese. Em relação à dissertação, também se otimizou a geometria do dispositivo de coleta, de modo a concentrar a acetona num volume menor de água gelada e prover maior conforto ao paciente. O método completo apresentado, englobando o dispositivo de amostragem aperfeiçoado e o novo e efetivo algoritmo para tratamento automático de sinais voltamétricos, está pronto para ser aplicado. Evolução para um analisador portátil depende de melhorias no limite de detecção e facilidade de obtenção eletrodos sólidos (impressos) com filme de mercúrio, vez que eletrodos de bismuto ou diamante dopado com boro, entre outros, não apresentaram resposta.

Fragilidade e qualidade de vida de idosos com doença renal crônica

Introdução: A expectativa de vida dos brasileiros cresce a cada ano; com isso, os idosos vivem mais, e fatores como, Hipertensão Arterial Sistêmica, Diabetes mellitus e o próprio processo de envelhecimento os tornam suscetíveis à doença renal crônica (DRC). Com a DRC, esses idosos têm maiores chances de desenvolverem a fragilidade e terem consequências desfavoráveis na Qualidade de Vida (QV). Objetivo geral: Analisar a relação entre as variáveis independentes (fragilidade, características sociodemográficas e clínicas) e a variável desfecho (QV) de idosos com DRC em tratamento conservador, hemodiálise (HD) e diálise peritoneal (DP). Material e método: Trata-se de uma pesquisa quantitativa, descritiva e transversal. Participaram idosos com 60 anos ou mais, com DRC em tratamento conservador, HD ou DP, que estavam, no mínimo, há seis meses em tratamento e em acompanhamento em um hospital público de Ribeirão Preto-SP. A coleta de dados ocorreu de outubro/14 a março/15, utilizando-se os seguintes instrumentos: de caracterização sociodemográfica, econômica e clínica adaptado; para avaliar a fragilidade, a Edmonton Frail Scale (EFS); para avaliar a QV, o WHOQOL-BREF e WHOQOL-OLD; para avaliar a cognição, o Mini-Exame do Estado Mental (MEEM). Foram realizadas análises estatísticas descritivas, teste de correlação de Spearman e análise de variância multivariada (MANOVA) para as variáveis de interesse. O nível de significância adotado foi de 5%. O projeto foi aprovado por um Comitê de Ética em Pesquisa com seres humanos com CAAE número 34923214.0.0000.5393; seguiu-se as recomendações da Resolução CNS 466/2012. Resultados: Participaram 77 idosos, sendo 35 em tratamento conservador, 14 em DP e 28 em HD. A maioria era homem (41; 53,2%) e tinha companheiro(a) (51; 66,2%). A média dos escores de fragilidade entre os tratamentos foi: tratamento conservador (7,71±3,10); DP (6,79±2,72) e HD (7,36±2,92). No WHOQOL-BREF, os domínios relações sociais e físico obtiveram maior e menor escores médios, respectivamente, (68,93±17,48) e (55,44±14,11). O WHOQOL-OLD apresentou a maior média na faceta Intimidade (68,67±16,45) e menor média na faceta Morte e morrer (37,66±22,76). Foram encontradas correlações inversas entre a idade e o escore do MEEM (p=0,001) e entre anos de estudo e fragilidade (p=0,016); por outro lado, houve correlações positivas entre os escores do MEEM e anos de estudo (p<0,001), entre número de complicações da DRC e fragilidade (p<0,001) e número de comorbidades e fragilidade (p<0,001). Em relação à QV, houve correlação positiva entre o escore global do WHOQOL-BREF e o escore da faceta global do WHOQOL-OLD, bem como correlação inversa entre os escores globais desses instrumentos com os escores de fragilidade (p<0,00; p=0,023). Na MANOVA, o tipo de tratamento e o número de complicações não influenciaram a QV, porém a fragilidade apresentou relação com o constructo, sendo que, para o aumento de um ponto na escala da fragilidade, a QV apresentou redução média de 1,38 no escore global do WHOQOL-BREF e 0,82 no escore global do WHOQOL-OLD, considerando pertencer ao mesmo tipo de tratamento. Conclusão: os pacientes com DRC apresentaram piores escores médios de QV mediante a maiores escores de fragilidade, independentemente do tipo de tratamento e considerando-se a mesma média de complicações

Rede e apoio social entre idosos atendidos em um ambulatório de Geriatria

O objetivo geral deste estudo foi analisar a relação entre a rede e apoio social, satisfação com o apoio social recebido e as variáveis sociodemográficas, de saúde física e mental, dos idosos atendidos em um Ambulatório de Geriatria de um Hospital Geral Terciário do interior paulista. Trata-se de um estudo descritivo, transversal e exploratório, realizado com 98 idosos atendidos no referido ambulatório. Para a coleta de dados, utilizaram-se o Mini Exame do Estado Mental, um questionário de caracterização sociodemográfica e de saúde, a Escala de Depressão Geriátrica (EDG-15), o Índice de Katz, a Escala de Lawton e Brody, a Escala de medida da rede e apoio social do Medical Outcomes Study e a Escala de Satisfação com o Suporte Social. Os aspectos éticos foram respeitados conforme a Resolução 466/2012 do Conselho Nacional de Saúde. A média de idade dos idosos foi de 80,1 anos, 70,4% eram mulheres, 49,0% viúvos; a média de anos de estudo foi 2,3; 24,5% dos idosos residiam com o cônjuge e filhos ou somente com os filhos; a renda familiar média foi de R$1.773,70. Quanto à capacidade funcional, 80,6% eram independentes para as atividades básicas da vida diária e 88,8% eram parcialmente dependentes para as instrumentais. Os idosos possuíam, em média, 5,3 diagnósticos médicos e os sintomas depressivos estiveram presentes para 61,2% deles. Quanto à rede social, o escore total médio foi de 6,4 pessoas para contato na rede, sendo que 36,7% apresentavam médio contato e participação em atividades sociais. Em relação ao apoio social, o maior escore médio foi para a dimensão material (90,2) e o menor para a interação social positiva (81,8); já para a satisfação com o suporte social, 36,7% e 32,7% apresentaram alta e média satisfação, respectivamente. Foi encontrada correlação inversa entre os escores de todas as dimensões da escala de apoio social e os escores da EDG-15, indicando que quanto maior o apoio social em todas as dimensões, menor é a presença de sintomas depressivos e houve diferenças estatisticamente significativas para todas as dimensões, material (p=0,014), afetiva (p=0,026), interação (p=0,011), emocional (p=0,001) e informação (p=0,005); já a correlação entre os escores das dimensões da escala de apoio social e os escores na escala de Lawton e Brody, foi inversa e fraca para as dimensões material (r=-0,157) e informação (r=-0,027), sugerindo que quanto menor a independência para as AIVDs, maior o apoio social nas referidas dimensões, porém, não houve diferença estatisticamente significativa, material (p=0,121) e informação (p=0,789). A correlação entre os escores da EDG-15 e os escores da escala de satisfação com o apoio social, foi inversa e moderada (r=- 0,467), indicando que quanto maior a satisfação com o apoio social, menor a presença de sintomas depressivos, sendo estatisticamente significativa (p=0,000). Evidencia-se a importância de conhecer se os idosos estão inseridos em rede social e se percebem o apoio social para um melhor direcionamento da assistência prestada ao idoso e para o planejamento e formulação de políticas públicas, programas e projetos voltados a essa população