Ubiquitin Ligases of the N-End Rule Pathway: Assessment of Mutations in UBR1 That Cause the Johanson-Blizzard Syndrome.

Background: Johanson-Blizzard syndrome (JBS; OMIM 243800) is an autosomal recessive disorder that includes congenital exocrine pancreatic insufficiency, facial dysmorphism with the characteristic nasal wing hypoplasia, multiple malformations, and frequent mental retardation. Our previous work has shown that JBS is caused by mutations in human UBR1, which encodes one of the E3 ubiquitin ligases of the N-end rule pathway. The N-end rule relates the regulation of the in vivo half-life of a protein to the identity of its N-terminal residue. One class of degradation signals (degrons) recognized by UBR1 are destabilizing N-terminal residues of protein substrates.Methodology/Principal Findings: Most JBS-causing alterations of UBR1 are nonsense, frameshift or splice-site mutations that abolish UBR1 activity. We report here missense mutations of human UBR1 in patients with milder variants of JBS. These single-residue changes, including a previously reported missense mutation, involve positions in the RING-H2 and UBR domains of UBR1 that are conserved among eukaryotes. Taking advantage of this conservation, we constructed alleles of the yeast Saccharomyces cerevisiae UBR1 that were counterparts of missense JBS-UBR1 alleles. Among these yeast Ubr1 mutants, one of them (H160R) was inactive in yeast-based activity assays, the other one (Q1224E) had a detectable but weak activity, and the third one (V146L) exhibited a decreased but significant activity, in agreement with manifestations of JBS in the corresponding JBS patients.Conclusions/Significance: These results, made possible by modeling defects of a human ubiquitin ligase in its yeast counterpart, verified and confirmed the relevance of specific missense UBR1 alleles to JBS, and suggested that a residual activity of a missense allele is causally associated with milder variants of JBS.

Needs, expectations, and concerns of medical students regarding end-of-life issues before the introduction of a mandatory undergraduate palliative care curriculum.

BACKGROUND: In the past, implementation of effective palliative care curricula has emerged as a priority in medical education. In order to gain insight into medical students' needs and expectations, we conducted a survey before mandatory palliative care education was introduced in our faculty. METHODS: Seven hundred nine students answered a questionnaire mainly consisting of numeric rating scales (0-10). RESULTS: Participants attributed a high importance to palliative care for their future professional life (mean, 7.51 ± 2.2). For most students, symptom control was crucial (7.72 ± 2.2). However, even higher importance was assigned to ethical and legal issues (8.16 ± 1.9). "Self-reflection regarding their own role as a physician caring for the terminally ill along with psychological support" was also regarded as highly important (7.25 ± 2.4). Most students were moderately concerned at the prospect of being confronted with suffering and death (5.13 ± 2.4). This emotional distress was rated significantly higher by female students (5.4 ± 2.4 versus 4.6 ± 2.4; p < 0.001). Seventeen percent of all students rated their distress as being 7 of 10 or higher, which indicates a considerable psychological strain in terms of dealing with end-of-life issues in the future. Professional or personal experience with terminally ill persons lowered these anxieties significantly (4.99 ± 2.34 versus 5.47 ± 2.5, p < 0.05). CONCLUSIONS: Medical students stated a remarkably high interest in learning palliative care competencies. Responding to their specific concerns and needs-especially with regard to the acquisition of emotional coping skills-may be key for the development of successful palliative care curricula.

A regulatory role for the cohesin loader NIPBL in nonhomologous end joining during immunoglobulin class switch recombination.

DNA double strand breaks (DSBs) are mainly repaired via homologous recombination (HR) or nonhomologous end joining (NHEJ). These breaks pose severe threats to genome integrity but can also be necessary intermediates of normal cellular processes such as immunoglobulin class switch recombination (CSR). During CSR, DSBs are produced in the G1 phase of the cell cycle and are repaired by the classical NHEJ machinery. By studying B lymphocytes derived from patients with Cornelia de Lange Syndrome, we observed a strong correlation between heterozygous loss-of-function mutations in the gene encoding the cohesin loading protein NIPBL and a shift toward the use of an alternative, microhomology-based end joining during CSR. Furthermore, the early recruitment of 53BP1 to DSBs was reduced in the NIPBL-deficient patient cells. Association of NIPBL deficiency and impaired NHEJ was also observed in a plasmid-based end-joining assay and a yeast model system. Our results suggest that NIPBL plays an important and evolutionarily conserved role in NHEJ, in addition to its canonical function in sister chromatid cohesion and its recently suggested function in HR.

Dimensões dos ensaios e estimativas do tamanho ótimo de parcela em batata

O objetivo deste trabalho foi estimar a relação entre dimensões da área dos ensaios em branco, as estimativas do tamanho ótimo de parcela e a precisão de experimentos com a cultura da batata. O ensaio de uniformidade foi conduzido na área de produção de batata, da Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, em Júlio de Castilhos, RS. A produtividade de tubérculos de batata em 3.456 covas (24 linhas de 144 covas) foi usada para planejar dez ensaios com variações no número de linhas (largura) e de covas por linha (comprimento). Em cada ensaio, foram estimados o tamanho ótimo de parcela e a diferença entre médias de tratamentos. As análises de correlação linear e de trilha permitiram verificar que o tamanho dos ensaios com a cultura da batata, medido em número de covas, não influencia a estimativa do índice de heterogeneidade do solo e a estimativa do tamanho ótimo de parcela. Áreas experimentais com maior número de covas por linha permitem planejar experimentos mais precisos quanto à avaliação da produtividade de tubérculos de batata. Parcelas com seis covas na linha e a adoção da linha como bloco aumentam a precisão dos experimentos com batata.

Estatísticas de avaliação da precisão experimental em ensaios de cultivares de milho

Foram usados dados de produtividade de grãos, de 101 ensaios de competição de cultivares de milho (Zea mays L.), realizados no Estado do Rio Grande do Sul, nos anos agrícolas 2002/2003, 2003/2004 e 2004/2005, com o objetivo de avaliar estatísticas para a classificação da precisão experimental. O coeficiente de variação e a diferença mínima significativa, entre as cultivares pelo teste de Tukey expresso em porcentagem da média, estão associadas à média e à variância residual e são estatísticas adequadas para a classificação de experimentos com médias semelhantes. Os maiores valores das estatísticas herdabilidade, coeficiente de determinação, valor do teste F para cultivar, e o índice de diferenciação de Fasoulas estão associados a maiores variabilidades genéticas e menores variâncias residuais, e independem da média do ensaio; estas estatísticas são adequadas para a classificação da precisão de experimentos.

Laboratory Investigation of Concrete Beam-End Treatments, RB08-013, 2015

The ends of prestressed concrete beams under expansion joints are often exposed to moisture and chlorides. Left unprotected, the moisture and chlorides come in contact with the ends of the prestressing strands and/or the mild reinforcing, resulting in corrosion. Once deterioration begins, it progresses unless some process is employed to address it. Deterioration can lead to loss of bearing area and therefore a reduction in bridge capacity. Previous research has looked into the use of concrete coatings (silanes, epoxies, fiber-reinforced polymers, etc.) for protecting prestressed concrete beam ends but found that little to no laboratory research has been done related to the performance of these coatings in this specific type of application. The Iowa Department of Transportation (DOT) currently specifies coating the ends of exposed prestressed concrete beams with Sikagard 62 (a high-build, protective, solvent-free, epoxy coating) at the precast plant prior to installation on the bridge. However, no physical testing of Sikagard 62 in this application has been completed. In addition, the Iowa DOT continues to see deterioration in the prestressed concrete beam ends, even those treated with Sikagard 62. The goals of this project were to evaluate the performance of the Iowa DOT-specified beam-end coating as well as other concrete coating alternatives based on the American Association of State Highway and Transportation Officials (AASHTO) T259-80 chloride ion penetration test and to test their performance on in-service bridges throughout the duration of the project. In addition, alternative beam-end forming details were developed and evaluated for their potential to mitigate and/or eliminate the deterioration caused by corrosion of the prestressing strands on prestressed concrete beam ends used in bridges with expansion joints. The alternative beam-end details consisted of individual strand blockouts, an individual blockout for a cluster of strands, dual blockouts for two clusters of strands, and drilling out the strands after they are flush cut. The goal of all of the forming alternatives was to offset the ends of the prestressing strands from the end face of the beam and then cover them with a grout/concrete layer, thereby limiting or eliminating their exposure to moisture and chlorides.

Utilização do método de Papadakis na melhoria da qualidade experimental de ensaios com soja

O trabalho teve como objetivo verificar as modificações na análise estatística, em relação ao atendimento aos pressupostos do modelo matemático e aos diferentes indicadores de precisão, que podem ser atribuídas à aplicação do método de Papadakis, na análise dos ensaios de competição de genótipos de soja. Foram usados os resultados da produção de grãos de soja de 226 ensaios de competição de genótipos, executados no delineamento de blocos completos ao acaso. Em cada ensaio, foram realizados: a verificação dos pressupostos, a análise da variância, os testes de hipóteses e outras estatísticas para identificação da precisão. Para verificar os ganhos em precisão, os mesmos dados foram analisados pelo método de Papadakis. Os pressupostos não foram violados em nenhum dos dois métodos de análise. A média do índice de diferenciação de Fasoulas aumentou de 5 para 12,43, em blocos homogêneos, e para 13,85, em blocos heterogêneos. O coeficiente de determinação, adequado para a classificação de precisão de experimentos, foi aproximadamente 10% superior com o uso do método de Papadakis, independentemente da eficiência do uso de blocos. A eficiência do método de Papadakis independe da eficiência do uso dos blocos e permite melhorias nos indicadores de precisão experimental.

Medidas do grau de precisão experimental em ensaios de competição de cultivares de milho

O objetivo deste trabalho foi avaliar a adequação de algumas estatísticas como medidas do grau de precisão experimental, e as relações entre elas. Foram usados os dados de produtividade de grãos de 101 ensaios de competição de cultivares de milho (Zea mays L.), realizados no Estado do Rio Grande do Sul, nos anos agrícolas 2002/2003, 2003/2004 e 2004/2005. Foi estudada a relação entre 12 estatísticas, estimadas para cada ensaio, e as análises de correlação de trilha e de agrupamento foram realizadas com base nessas estatísticas. Os limites de classe estabelecidos, a partir das estatísticas acurácia seletiva, herdabilidade, coeficiente de determinação e valor do teste F para cultivar, mostraram-se adequados para estimar o grau de precisão experimental de ensaios de competição de cultivares de milho. Por essas estatísticas, 89% dos ensaios de competição de cultivares de milho apresentaram precisão alta ou muito alta e 5% dos ensaios poderiam ser escartados em razão da insuficiência na precisão experimental. As estatísticas acurácia seletiva, herdabilidade, coeficiente de determinação e valor do teste F para cultivar têm relação direta entre si e são mais adequadas do que o coeficiente de variação e a diferença mínima significativa pelo teste de Tukey, em percentagem da média, para avaliação da precisão experimental em ensaios de competição de cultivares de milho.

Medidas da precisão experimental em ensaios com genótipos de feijão e de soja

O objetivo deste trabalho foi avaliar a adequação das estatísticas herdabilidade, coeficiente de determinação, valor do teste F para genótipo, índice de diferenciação de Fasoulas e acurácia seletiva, como medidas do grau de precisão experimental em conjuntos de ensaios de competição de genótipos de feijão (Phaseolus vulgaris) e de soja (Glycine max). Foram usados os dados de produtividade de grãos de 72 e 216 ensaios de competição de genótipos de feijão e de soja, respectivamente, realizados no Estado do Rio Grande do Sul. Com base em 12 estatísticas, estimadas para cada ensaio, foram realizadas análises de correlação, de trilha e de agrupamento, e foi calculada a frequência de ensaios em cada classe de precisão experimental. As estatísticas acurácia seletiva, herdabilidade, coeficiente de determinação e valor do teste F para genótipo são mais adequadas do que o coeficiente de variação e a diferença mínima significativa pelo teste de Tukey, em percentagem da média, para se avaliar a precisão experimental, em ensaios de competição de genótipos de feijão e de soja. Por essas estatísticas, 88,89% dos ensaios de competição de genótipos de feijão e 75% dos ensaios de competição de genótipos de soja apresentaram precisão alta ou muito alta. Contudo, 2,78 e 10,19% dos ensaios de competição de genótipos de feijão e de soja, respectivamente, poderiam ser descartados, em razão da insuficiência na precisão experimental.

Métodos não destrutivos para estimativa de densidade de área foliar em mangueira

O objetivo deste trabalho foi estimar o número de folhas de ramos do dossel de cultivares de mangueira e estimar a densidade de área foliar utilizando, respectivamente, uma relação alométrica e um modelo de interceptação de luz. O trabalho foi conduzido com as cultivares Alfa, Roxa e Malind, na fazenda experimental da Universidade Federal de Mato Grosso, no Município de Santo Antônio do Leverger, MT. As equações testadas para a determinação do número de folhas apresentaram desempenho ótimo, com índices de confiança que variaram entre 0,85 e 0,94, e podem ser utilizadas como alternativa para a estimativa da área foliar das três cultivares. O modelo de interceptação da luz também apresentou desempenho ótimo e bom na estimativa da densidade foliar, com índices de confiança que variaram entre 0,97 e 0,99 e 0,68 e 0,95 para as cultivares de mangueira Roxa e Malind, respectivamente.

Precisão experimental de ensaios de feijão analisada pelo método de Papadakis

O objetivo deste trabalho foi verificar se o uso do método de Papadakis na análise dos resultados dos ensaios de competição de cultivares de feijão modifica os pressupostos do modelo matemático e as medidas de precisão experimental. Foram utilizados dados de produtividade de grãos de feijão de 26 ensaios de competição de cultivares, conduzidos em delineamento de blocos ao acaso. Para cada ensaio, sem e com uso do método de Papadakis, foram realizados verificação dos pressupostos, análise de variância e testes de hipóteses, e calculadas as estatísticas para identificação da precisão experimental. Os pressupostos não foram violados por nenhum dos métodos de análise (sem e com Papadakis). O índice de diferenciação de Fasoulas aumentou de 5,9 para 13,9, e a acurácia seletiva de 0,82 para 0,89, com uso do método de Papadakis. Esse método permitiu que se obtivesse 80% de precisão na identificação de cultivares de feijão superiores quanto à produtividade de grãos com uso de apenas quatro repetições; enquanto que, na análise sem uso de Papadakis, foram necessárias sete repetições para manter a precisão de 80%. O método de Papadakis melhora os índices das medidas de precisão experimental e reduz o número de repetições necessário para a predição do desempenho de cultivares de feijão, em termos de produtividade de grãos.

Medidas de precisão experimental e número de repetições em ensaios de genótipos de arroz irrigado

O objetivo deste trabalho foi avaliar a adequação das estatísticas acurácia seletiva e valor do teste F para genótipo, como medidas do grau de precisão experimental, e determinar o número de medições (repetições) necessário à predição do desempenho de genótipos de arroz (Oryza sativa) irrigado. Foram utilizados dados de produtividade de grãos de 175 ensaios de competição de genótipos de arroz irrigado por alagamento. Os ensaios foram realizados no Estado do Rio Grande do Sul, de 1998 a 2011. Utilizou-se o delineamento de blocos ao acaso, com quatro repetições e número de genótipos entre 5 e 36. Foram realizadas análises de correlação e de trilha, e calculada a frequência de ensaios em cada classe de precisão experimental. Foram estimados os coeficientes de repetibilidade e calculado o número de repetições necessárias para predizer o valor real dos genótipos. As estatísticas acurácia seletiva e valor do teste F para genótipo são adequadas para avaliar a precisão experimental em ensaios de competição de genótipos de arroz irrigado. Ensaios com cinco repetições identificam genótipos superiores de arroz irrigado, com 82% de exatidão no prognóstico de seu valor real.

Medidas de precisão experimental e número de repetições em ensaios de genótipos de cana-de-açúcar

O objetivo deste trabalho foi avaliar a adequação das estatísticas acurácia seletiva e valor do teste F para genótipo como medidas do grau de precisão experimental, e determinar o número de medições (repetições) necessário à predição do desempenho de genótipos de cana-de-açúcar (Saccharum officinarum). Foram utilizados dados de produtividade de colmos, de três colheitas realizadas em 68 ensaios de competição de genótipos de cana-de-açúcar. Em todos os ensaios, os genótipos foram avaliados no delineamento de blocos ao acaso, com três repetições e número de genótipos entre 16 e 28. Foram realizadas análises de correlação e de trilha e calculada a frequência de ensaios em cada classe de precisão experimental. Foram estimados os coeficientes de repetibilidade e calculado o número de repetições necessárias para predizer o valor real dos genótipos. As estatísticas acurácia seletiva e valor do teste F para genótipo são adequadas para avaliar a precisão experimental, em ensaios de competição de genótipos de cana-de-açúcar. Ensaios com três repetições identificam genótipos superiores de cana-de-açúcar, com 80% de exatidão no prognóstico de seu valor real.

Precisão experimental de ensaios de trigo em regiões homogêneas de adaptação

O objetivo deste trabalho foi avaliar a adequação de estatísticas de precisão experimental em conjuntos de ensaios de competição de genótipos de trigo (Triticum aestivum), realizados em regiões homogêneas de adaptação. As estatísticas herdabilidade, coeficiente de determinação, valor do teste F para genótipo, índice de diferenciação de Fasoulas, acurácia seletiva e coeficiente de repetibilidade foram calculadas a partir de resultados de produtividade de grãos de trigo de 572 ensaios de competição com 25 genótipos, em quatro regiões homogêneas de adaptação, nas safras de 2007 a 2011. Foram estimadas as correlações lineares entre as estatísticas e realizada a análise de trilha. As estatísticas foram agrupadas pelo método hierárquico de Ward. As médias das estatísticas de cada região de adaptação foram comparadas pelo teste t "bootstrap". As estatísticas acurácia seletiva, coeficiente de determinação, coeficiente de herdabilidade e coeficiente de repetibilidade apresentam relação algébrica e são adequadas para avaliar a precisão experimental de ensaios de competição de trigo em diferentes regiões de adaptação. As regiões utilizadas para avaliação do valor de cultivo e uso do trigo diferem quanto à acurácia seletiva e ao coeficiente de repetibilidade.