"In vitro" reconstitution of the fragmentation of vacuoles

Résumé La fragmentation des membranes est un processus commun à beaucoup d'organelles dans une cellule. Les mitochondries, le noyau, le réticulum endoplasmique, les phagosomes, les peroxisomes, l'appareil de Golgi et les lysosomes (vacuoles chez la levure) se fragmentent en plusieurs copies en réponse à des sitmulis environnementaux, tels que des stresses, ou dans une situtation normale durant le cycle cellulaire, afin d' être transférer dans les cellules filles. La fragmentation des membranes est également observée pendant le processus d'endocytose, lors de la formation de vésicules endocytiques, mais également dans tout le traffic intracellulaire, lors de la genèse d'une vésicule de transport. Le processus de fragmentation est donc généralement important. La découverte en 1991 d'une dynamin-like GTPase comme protéine impliquée dans la fragmentation de la membrane plasmique durant l'endocytose a ouvert ce domaine de recherche. Dès lors des dynamines ont été découvertes sur la pluspart des organelles, ce qui suggère un processus de fragmentation des membranes commun à l'ensemble de la cellule. Cependant, l'ensemble des protéines impliquées ainsi que le mécanisme de la fragmentation reste encore à élucider. Mon projet de thèse était d'établir un test in vitro de fragmentation des vacuoles utile à la compréhension du mécanisme de ce processus. Le choix de ce système est judicieux pour plusieurs raisons; premièrement les vacuoles fragmentent naturellement durant le cycle cellulaire, deuxièment leur taille permet de visualiser facilement leur morphologie par simple microscopie optique, finalement elles peuvent être isolées en quantité intéressante avec un haut degré de pureté. In vivo, les vacuoles peuvent être facilement fragmentées par un stress osmotique. Un tel test permet d'identifier des protéines impliquées dans le mécanisme comme dans le criblage que j'ai effectué sur l'ensemble de la collection de délétions des gènes non-essentiels chez la levure. Cependant un test in vitro est ensuite indispensable pour jouer avec les protéines découvertes afin d'en élucider le mécanisme. Avec mon test in vitro, j'ai confirmé l'implication des protéines SNAREs dans la fragmentation et j'ai permis de comprendre la régulation de la quantité de vacuoles et de leur taille par le complexe TORC1 dans une situation de stress. 7 Résumé large public Les cellules de chaque organisme sont composées de différents compartiments appelés organelles. Chacun possède une fonction bien définie afin de permettre la vie et la croissance de la cellule. Ils sont entourés de membrane, qui joue le role de barrière spécifiquement perméable, afin de garder l'intégrité de chacun. Dans des conditions de croissance normale, les cellules prolifèrent. Durant la division cellulaire amenant à la formation d'une nouvelle cellule, chaque organelle doit se diviser afin de fournir l'ensemble des organelles à la cellule fille. La division de chaque organelle nécessite la fragmentation de la membrane les entourant. Des protéines dynamine-like GTPase ont été découvertes sur presque l'ensemble des organelles d'une cellule. Elles sont impliquées dans les processus de fragmentation des membranes. Dès lors l'idée d'un mécanisme commun est apparu. Cependant cette réaction, par sa complexité, ne peut pas impliquer une protéine unique. La découverte d'autres facteurs et la compréhension du mécanisme reste à faire. La première étape peut se faire par étude in vivo, c'est-à-dire avec des cellules entières, la deuxième étape, quant à elle, nécessite d'isoler les protéines impliquées et de jouer avec les différents paramètres, ce qui signifie donc un travail in vitro, séparé des cellules. Mon travail a constisté à établir un procédé expérimental in vitro pour étudier la fragmentation des membranes. Je travaille avec des vacuoles de levures pour étudier les réactions membranaires. Les vacuoles sont les plus grandes organelles présentes dans les levures. Elles sont impliquées principalement dans la digestion. Comme toute organelle, elles se fragmentent durant la division cellulaire. Le procédé expérimental comporte une première étape, l'isolation des vacuoles et, deuxièmement, l'incubation de celles-ci avec des composés essentiels à la réaction. En parallèle, j'ai mis en évidence, par un travail in vivo, de nouvelles protéines impliquées dans le processus de fragmentation des membranes. Ceci a été fait en réalisant un criblage par microscopie d'une collection de mutants. Parmi ces mutants, j'ai cherché ceux qui présentaient un défaut dans la fragmentation des vacuoles. Ces deux procédés expérimentaux, in vitro et in vivo, m'ont permis de découvrir de nouvelles protéines impliquées dans cette réaction, ainsi que de mettre en évidence un mécanisme utlilisé par la cellule pour réguler la fragmentation des vacuoles. 8 Summary Fragmentation of membranes is common for many organelles in a cell. Mitochondria, nucleus, endoplasmic reticulum, phagosomes, peroxisomes, Golgi and lysosomes (vacuoles in yeast) fragment into multiple copies in response to environmental stimuli, such as stresses, or in a normal situation during the cell cycle in order to be transferred into the daughter cell. Fragmentation of membrane occurs during endocytosis, at the latest step in endocytic vesicle formation, and also in intracellular trafficking, when traffic vesicles bud. This field of research was opened in 1991 when a dynamin-like GTPase was found to be involved in fragmentation of the plasma membrane during endocytosis. Since dynamin-like GTPases have been found on most organelles, similarities in their mechanisms of fragmentation might exist. However, many proteins involved in the mechanism of fragmentation remain unknown. My thesis project was to establish an in vitro assay for membrane fragmentation in order to create a tool to study the mechanism of this process. I chose vacuoles as a model organelle for several reasons: first of all, vacuoles fragment under physiological conditions during cell cycle, secondly their size makes their morphology easily visible under the light microscope, and finally vacuoles can be isolated in good amounts with relatively high degrees of purity. In vivo, vacuole fragmentation can be induced with an osmotic shock. Such a simple assay facilitates the identification of new proteins involved in the process. I used this tool to screen of the entire knockout collection of non-essential genes in Saccharomyces cerevisiae for mutants defective in vacuole fragmentation. The in vitro system will be useful to characterize the mutants and to study the mechanism of fragmentation in detail. I used my in vitro assay to confirm the involvement of vacuolar SNARE proteins in fragmentation of the organelle and to uncover that number and size of vacuoles in the cell is regulated by the TORC1 complex via selective stimulation of fragmentation activity.

Neutrophils and TNF: two key players in the immune response induced by "Leishmania major" infection

Summary Resolution of the inflammation is as important as its induction. In this thesis, we investigated the contributions of two prominent factors involved in inflammation, Tumour Necrosis Factor (TNF) and neutrophils. We studied their role in the resolution óf the inflammatory lesion induced by the infection with the protozoan parasite Leishmania major. In mice susceptible to infection with L. major, unhealing lesions are characterized by an elevated number and sustained presence of inflammatory neutrophils in the infected tissue, illustrating an acute inflammatory process. In contrast, mice from resistant strains, which resolve their lesions, can control the presence of neutrophils at the site of infection. Neutrophil persistence in the infected tissue may result from several events including an increased survival of neutrophils mediated by factors produced by the pathogen or the microenvironment. Following infection with L. major, the cellular composition of the inflammatory lesion differs significantly between susceptible and resistant mice and a higher proportion of macrophages is present in the lesions of resistant strains. In an attempt to clarify the factors involved in neutrophil persistence, we investigated the mechanisms modulating neutrophil cell death. We demonstrated that macrophages could induce neutrophil apoptosis in a process involving TNF. TNF is an essential cytokine with pro- and anti-inflammatory properties, which is expressed as a transmembrane protein that can be cleaved releasing the secreted form. Our data show the essential role of the transmembrane form of TNF (mTNF) in the induction of neutrophil apoptosis by macrophages, revealing macrophages and mTNF as important regulators of neutrophil apoptosis. TNF is critical in the resolution of the inflammatory lesion induced by L. major infection, and in L. major resistant strains its absence results in increased swelling of the lesions. We investigated the contribution of mTNF in the outcome of L. major infection. Our data demonstrate that following infection with L. major, mTNF is sufficient to support the resolution of the inflammatory lesion and optimal parasite killing. In addition, we show that the presence of mTNF is essential to induce neutrophil clearance in the infected tissue. While the persistence of neutrophils is deleterious for the host, we could demonstrate an early anti-inflammatory role of neutrophils. Altogether, this study demonstrates the importance of mTNF in the induction of neutrophil apoptosis, a process involved in the resolution of the inflammatory lesion induced by L. major infection. Résumé La résolution de l'inflammation est toute aussi importante que son initiation. Durant ce travail de thèse, nous avons étudié les contributions de deux facteurs importants impliqués dans l'inflammation, le TNF (Facteur Nécrosant des Tumeurs) et les neutrophiles, dans la résolution de la lésion inflammatoire induite par l'infection avec le parasite protozoaire Leishmania major. Chez les souris sensibles à l'infection avec L. major, des lésions importantes qui ne guérissent pas se développent ; celles-ci sont caractérisées par un nombre élevé et une présence soutenue de neutrophiles dans les tissus infectés, ce qui illustre un processus inflammatoire aigu. Au contraire, les souris résistantes à l'infection qui guérissent leurs lésions, sont capables de contrôler la présence des neutrophiles au site d'infection. La persistance des neutrophiles dans la lésion inflammatoire peut être la conséquence de plusieurs événements, dont une augmentation de la survie des neutrophiles induite par des facteurs produits par le pathogène ou le micro-environnement. Suite à l'infection avec L. major, la composition cellulaire de la lésion inflammatoire est significativement différente entre les souris sensibles et résistantes à l'infection, et une plus grande proportion de macrophages est présente dans les lésions des souris résistantes. Dans l'objectif de clarifier les facteurs impliqués dans la persistance des neutrophiles dans les tissus infectés par L. major, nous avons étudié les mécanismes de régulation de la mort des neutrophiles. Nous avons démontré que les macrophages pouvaient induire l'apoptose des neutrophiles dans un procédé impliquant le TNF. Le TNF est une cytokine aux propriétés pro- et anti-inflammatoires, exprimée sous une forme transmembranaire qui peut être clivée pour relâcher la forme sécrétée. Nos expériences illustrent le rôle essentiel de la forme transmembranaire du TNF (mTNF) dans l'induction de l'apoptose des neutrophiles par les macrophages. Lé TNF est une cytokine importante dans la résolution de la réaction inflammatoire induite par L. major, et chez les souris résistantes l'absence de TNF provoque des lésions inflammatoires plus importantes. Nous avons étudié la contribution du mTNF dans la résolution de l'infection avec L. major. Nos résultats démontrent que suite à une infection avec le parasite, la présence du mTNF est suffisante pour guérir la lésion inflammatoire et contrôler efficacement la réplication du parasite. De plus, le mTNF joue un rôle essentiel dans l'élimination des neutrophiles du tissu infecté. Alors que la persistance des neutrophiles est nocive pour l'hôte, nous avons montré que les neutrophiles avaient un rôle précoce anti-inflammatoire. En résumé, cette étude révèle l'importance du mTNF dans l'induction de l'apoptose des neutrophiles par les macrophages, un procédé impliqué dans la résolution de la lésion inflammatoire induite par l'infection avec L. major.

A general definition and nomenclature for alternative splicing events

Understanding the molecular mechanisms responsible for the regulation of the transcriptome present in eukaryotic cells isone of the most challenging tasks in the postgenomic era. In this regard, alternative splicing (AS) is a key phenomenoncontributing to the production of different mature transcripts from the same primary RNA sequence. As a plethora ofdifferent transcript forms is available in databases, a first step to uncover the biology that drives AS is to identify thedifferent types of reflected splicing variation. In this work, we present a general definition of the AS event along with anotation system that involves the relative positions of the splice sites. This nomenclature univocally and dynamically assignsa specific ‘‘AS code’’ to every possible pattern of splicing variation. On the basis of this definition and the correspondingcodes, we have developed a computational tool (AStalavista) that automatically characterizes the complete landscape of ASevents in a given transcript annotation of a genome, thus providing a platform to investigate the transcriptome diversityacross genes, chromosomes, and species. Our analysis reveals that a substantial part—in human more than a quarter—ofthe observed splicing variations are ignored in common classification pipelines. We have used AStalavista to investigate andto compare the AS landscape of different reference annotation sets in human and in other metazoan species and found thatproportions of AS events change substantially depending on the annotation protocol, species-specific attributes, andcoding constraints acting on the transcripts. The AStalavista system therefore provides a general framework to conductspecific studies investigating the occurrence, impact, and regulation of AS.

Tumor necrosis factor and transforming growth factor β regulate clock genes by controlling the expression of the cold inducible RNA-binding protein (CIRBP).

The circadian clock drives the rhythmic expression of a broad array of genes that orchestrate metabolism, sleep wake behavior, and the immune response. Clock genes are transcriptional regulators engaged in the generation of circadian rhythms. The cold inducible RNA-binding protein (CIRBP) guarantees high amplitude expression of clock. The cytokines TNF and TGFβ impair the expression of clock genes, namely the period genes and the proline- and acidic amino acid-rich basic leucine zipper (PAR-bZip) clock-controlled genes. Here, we show that TNF and TGFβ impair the expression of Cirbp in fibroblasts and neuronal cells. IL-1β, IL-6, IFNα, and IFNγ do not exert such effects. Depletion of Cirbp is found to increase the susceptibility of cells to the TNF-mediated inhibition of high amplitude expression of clock genes and modulates the TNF-induced cytokine response. Our findings reveal a new mechanism of cytokine-regulated expression of clock genes.

Long-term outcome of congenital aortic valve stenosis : predictors of reintervention

Objectif Evaluer l'évolution à long-terme d'une population de patients pédiatriques souffrant de sténose aortique congénitale et ayant subi une intervention chirurgicale sur cette valve, et déterminer les facteurs de risques associés à une ré-intervention. Patients et méthode De 1985 à 2009, 77 patients, en moyenne âgés de 5.8 ± 5-6 ans, ont été suivis dans notre Service durant 14.8 ± 9-1 années. Résultats La première intervention montre d'excellents résultats avec 86% des patients ayant un gradient aortique résiduel < 50 mmHg et seulement 7% avec une nouvelle fuite aortique >1. La survie à long terme est de 91% A 25 ans. A un intervalle de 7.6 ± 5-3 ans, 30 patients 011t nécessité une ré-intervention (39%), principalement à cause d'une récidive de la sténose aortique. Le pourcentage de patients libre de ré¬intervention était de 97, 89, 75, 53, and 42% à respectivement 1, 10,15, 20, et 25 ans. Les facteurs de risques cle ré-interventions étaient le gradient aortique residuel plus élevé (p=0.00 01), la fuite aortique post-intervention >1 (p=0.02), la valvuloplasty au ballon préalable (p-0.04) et l'épaisseur augmentée de la paroi postérieure du ventricule gauche (p=o.i). Conclusions L'intervention chirurgicale sur la valve aortique est un procédé sûr et efficace pour les sténoses aortiques congénitales et démontre d'excellents résultats au niveau de la survie. Cependant le taux de ré-intervention est élevé et influencé par le gradient aortique résiduel plus élevé, la fuite aortique post-intervention >1, la valvuloplasty au ballon préalable et l'épaisseur augmentée de la paroi postérieure du ventricule gauche. L'étude démontre qu'un suivi à long-terme est recommandé pour ces patients.

Characterization of N-cadherin association to lipid rafts in melanoma

RESUME La peau est un organe complex composé de deux parties distinctes: l'épiderme et le derme, séparé par une membrane basale. Dans la couche basale de l'épiderme, les melanocytes synthétisent la mélanine dans des mélanosomes. Les mélanosomes sont ensuite transportés des mélanocytes vers les kératinocytes, protégeant ainsi la peau des dégâts dus aux radiations U.V. La E-cadhérine assure l'adhésion entre les mélanocytes et les kératinocytes. Au cours de la transformation du mélanocyte en cellule malignes, les mélanocytes perdent l'expression de la E-cadhérine et, simultanément, se mettent à exprimer la N-cadhérine, ce phénomène est nommé « cadherin switch ». La perte de l'expression de la E-cadhérine permet au mélanocytes d'échapper au contrôle des kératinocytes, tandis que l'expression de la N-cadhérine promeut l'invasion métastasique des cellules de mélanome. Préalablement, nous avons trouvé qu'une fraction de la N-cadhérine était localisée les microdomaines membranaires spécialisés, enrichi en cholestérol et en glycosphingolipides, appelés « lipid rafts ». Une des particularité des « lipid rafts » est qu'ils sont riches en molécules permettant la transmission de signaux d'activation. De plus, des travaux récents rapportent qu'un sous-type de « lipid rafts » appelé caveolae pourrai contribuer à la progression tumorale. S'appuyant sur le rôle prépondérant de la N-cadhérine dans la progression du mélanome ainsi que sur sa présence dans les « lipid rafts », nous avons émis l'hypothèse que l'association de la N-cadhérine avec les « lipid rafts » pourrai contribuer à la progression du mélanome. Le but de ce projet à été de caractériser l'association de la Ncadhérine avec les « lipid rafts » au cours de la progression du mélanome. Au moyen de lignées cellulaires humaines, dérivées de mélanomes à différents stades de progression, nous avons trouvé que (1) la N-cadhérine est partiellement associée aux «lipid rafts » dans six lignées dérivées de mélanome en phase avancée de progression et dans des tumeurs expérimentales, mais pas dans deux lignées dérivées de mélanome à un stade plus précoce ; (2) l'association de la N-cadhérine dans les « lipid rafts » ne dépent pas de son niveau d'expression ; (3) la E-cadhérine n'est pas présente dans les « lipid rafts »d'une lignée de cellule de mélanome ayant conservé l'expression de la E-cadhérine ; (4) la localisation de la N-cadhérine dans les « lipid rafts »n'est pas modulée par les facteurs de croissance bFGF, IGF-I, et HRG1-β1, ni par des voies de signalisation impliquant MEK, PKA, les kinases de la famille Src, et PI3K ; (5) l'association de la N-cadhérine avec les « lipid rafts » n'est pas requise pour la stabilisation des jonctions adhérentes et n'est pas perturbée par la destruction de ces dernières ; (6) la N-cadhérine dans les « lipid rafts » forme un complexe avec β-caténine, p 120ctn et α-caténine. En conclusion, cette étude originale montre pour la première fois que dans des cellules de mélanome agressifs, une fraction de la N-cadhérine est localisée dans les « lipid rafts » en association avec β-caténine, p 120ctn et α-caténine. Comme la présence de la N-cadhérine dans les « lipid rafts » ne contribue pas à la formation de jonction adhérentes, cette étude suggère une nouvelle fonction pour la N-cadhérine dans les « lipid rafts ». SUMMARY Human skin is a complex organ composed of two layers separated by a basement membrane: the epidermis and the dermis. In the basal layer of the epidermis, the melanin-producing cells of the skin, the melanocytes deliver melanin-containing melanosomes to keratinocytes, thereby protecting the epidermis and the dermis from the deleterious effects of ultraviolet light. Melanocytes physically interact with keratinocytes through E-cadherin-mediated adhesion. During malignant transformation into melanoma cells, melanocytes lose E-cadherin expression and concomitantly gain expression of N-cadherin, a phenomenon referred to as "cadherin switch". Loss of E-cadherin allows melanocytes to escape the regulatory effects of neighbouring keratinocytes, while gain of N-cadherin expression promotes migration, invasion and metastatic abilities of melanoma cells. In preliminary experiments, we found that a fraction of N-cadherin localized to specialized membrane microdomains enriched in cholesterol- and glycosphingolipid, called lipid rafts. One particular feature of lipid rafts is that they are rich in signalling molecules and they possibly modulate transmembrane signalling events. Moreover, recent reports suggested that a specialized type of rafts called caveolae might contribute to tumor progression. Based on the documented role of N-cadherin in melanoma progression and its presence in lipid rafts of melanoma cells, we raised the hypothesis that the association of N-cadherin with lipid rafts might be relevant to melanoma progression. The aim of this project was to characterize N-cadherin associated to lipid rafts during melanoma progression. Using human melanoma cell lines derived from melanoma at different stages of progression, we found that (1) N-cadherin is partly associated to lipid rafts in six cell lines derived from melanomas at late stages of progression and in experimental tumors, but not in two melanoma cell lines derived from early stages; (2) N-cadherin targeting to lipid rafts does not depend on its expression level; (3) E-cadherin is not localized in lipid rafts of a melanoma cell line that retained E-cadherin expression; (4) N-cadherin localization to lipid rafts is not modulated by the growth factors bFGF, IGF-I, and HRG1-β1, nor by MEK-, PKA-, Src family kinases-, and PI3K-mediated signalling events; (5) the association of N-cadherin with lipid rafts is not required for adherens junctions stability nor it is perturbed by adherens junctions disruption; (6) N-cadherin in lipid rafts is in complex with β-catenin, p 120ctm and α-catenin. In conclusion, this study provides original evidence that in aggressive melanoma cells a pool of N-cadherin is localized in lipid rafts in association with β-catenin, p 120 and α-catenin. The presence of N-cadherin in lipid rafts independently of its involvement in adherens junctions formation, suggests a possible new role for N-cadherin recruited to lipid rafts. Further studies investigating the biological meaning of this localization promise to uncover new properties of this molecule.

En voyage pour Monseigneur. Ambassadeurs, officiers et messagers à la cour de Savoie (1391-1465)

Résumé Amédée VIII, premier comte de Savoie à accéder au titre ducal en 1416, est bien connu pour avoir édicté les Statuta Sabaudie en 1430, pour être devenu ermite à Ripaille près de Thonon en 1434 et, enfin, pour avoir été élu antipape en 1439 sous le nom de Félix V. Mais ce sont surtout ses capacités de fin diplomate qui émergent de l'historiographie. Amédée VIII a en effet su rester en dehors de la guerre de Cent Ans en arbitrant les différentes parties entre 1407 et 1435, puis en continuant son oeuvre d'intermédiaire en Italie jusqu'en 1438. Loin d'être désintéressée, cette activité diplomatique a été utilisée à bon escient pour les propres intérêts du duché. Cette importante activité diplomatique s'est traduite par un nombre élevé d'ambassades envoyées auprès des protagonistes des différents conflits. La politique matrimoniale d'Amédée VIII, visant à un potentiel agrandissement du duché, a généré un tout aussi considérable va-et-vient. Néanmoins, les acteurs des négociations, qu'il s'agisse d'ambassadeurs, d'officiers ou de messagers, ainsi que les modalités pratiques et matérielles de leurs missions, ont totalement été négligés, les historiens s'étant surtout attelés à reconstituer les événements politiques et à vanter l'habileté diplomatique d'Amédée VIII. En étudiant l'exceptionnelle série de comptes conservée aux Archives d'Etat de Turin, les documents émanant des notaires ducaux ou de la Chambre, ainsi que les recueils d'instructions, il résulte qu'Amédée VIII a organisé les voyages de ses officiers au niveau législatif, administratif, financier et pratique, afin d'en faire un instrument de pouvoir et de gouvernement maîtrisé et performant. L'enjeu est en effet fondamental: au niveau international, les ambassadeurs permanents n'existant pas encore, chaque négociation est tributaire d'un voyage pour faire valoir ses droits, protéger ou élargir ses frontières, négocier un mariage, s'assurer une aide militaire ou signer un traité de paix. Les Statuta Sabaudiae sont ainsi les premiers édits savoyards conservés à évoquer les ambassadeurs. La création de dossiers diplomatiques organisés autour des négociations avec un Etat, notamment Milan, met aussi en lumière cette nécessité de contrôler l'intense activité diplomatique déployée par Amédée VIII. La bonne gestion de la diplomatie passe donc également par un important effort de classification de la documentation qu'elle génère en de véritables archives diplomatiques. De même, il ressort très clairement que la diplomatie d'Amédée VIII s'appuie sur une utilisation particulièrement ciblée de ses officiers. Le duc utilise ainsi au mieux les compétences de chacun, qu'il soit question d'ambassadeurs devant traiter de négociations capitales ou de simples chevaucheurs. Dans le cas des légats, c'est principalement dans l'entourage direct du prince qu'ils sont choisis, parmi les conseillers ou les officiers. Ils bénéficient de la confiance de leur seigneur et sont en plus au fait de la situation politique environnante. Les ambassades savoyardes sont d'ailleurs principalement composées d'après un modèle alliant le prestige de la noblesse aux capacités juridiques. Dans ce sens, les légations unissant un officier noble à un juriste sont monnaie courante. Le premier pourra briller au sein de la cour par sa maîtrise du cérémonial, tandis que le second veillera aux problèmes liés au droit et à la rédaction des actes. Amédée VIII pratique également une diplomatie de continuité en envoyant régulièrement les mêmes ambassadeurs auprès d'un seigneur. Ce procédé tend à instaurer un climat de confiance entre les deux parties, le souvenir personnel étant un facteur parfois fondamental lors de négociations. Il donne en outre aux envoyés du duc l'avantage de suivre un même dossier sur une longue période et, ainsi, d'en maîtriser les moindres aspects. Au fil des missions naissent ainsi de véritables spécialistes d'un Etat ou d'affaires particulières. Ces derniers ne sont toutefois pas cantonnés à gérer un seul type de négociation, bien que l'on puisse définir des traits particuliers. Devenu pape, Amédée VIII gardera néanmoins, jusqu'à sa mort en 1451, une influence prépondérante sur son fils Louis dépourvu de son sens aigu de la diplomatie. Le principat de Louis ne peut donc être envisagé séparément de celui de son père. Louis conservera d'ailleurs les supports établis par Amédée VIII pour son appareil diplomatique. Le nouveau duc devra cependant affronter de lourds déboires financiers et une grande instabilité du personnel administratif qui déboucheront in fine sur un refus du voyage diplomatique de la part de certains officiers, remettant ainsi en cause le service du prince.

Early neutralizing antibody response against mouse mammary tumor virus: critical role of viral infection and superantigen-reactive T cells.

Infectious mouse mammary tumor virus (MMTV) is a retrovirus that expresses a superantigen shortly after infection of B cells. The superantigen first drives the polyclonal activation and proliferation of superantigen-reactive CD4+ T cells, which then induce the infected B cells to proliferate and differentiate. Part of the MMTV-induced B cell response leads to the production of Abs that are specific for the viral envelope protein gp52. Here we show that this Ab response has virus-neutralizing activity and confers protection against superinfection by other MMTV strains in vivo as soon as 4 to 7 days after infection. A protective Ab titer is maintained lifelong. Viral infection as well as the superantigen-induced T-B collaboration are required to generate this rapid and long lasting neutralizing Ab response. Polyclonal or superantigen-independent B cell activation, on the contrary, does not lead to detectable virus neutralization. The early onset of this superantigen-dependent neutralizing response suggests that viral envelope-specific B cells are selectively recruited to form part of the extrafollicular B cell response and are subsequently amplified and maintained by superantigen-reactive Th cells.

Shifts in species and phylogenetic diversity between sapling and tree communities indicate negative density dependence in a lowland rain forest

1. As trees in a given cohort progress through ontogeny, many individuals die. This risk of mortality is unevenly distributed across species because of many processes such as habitat filtering, interspecific competition and negative density dependence. Here, we predict and test the patterns that such ecological processes should inscribe on both species and phylogenetic diversity as plants recruit from saplings to the canopy. 2. We compared species and phylogenetic diversity of sapling and tree communities at two sites in French Guiana. We surveyed 2084 adult trees in four 1-ha tree plots and 943 saplings in sixteen 16-m2 subplots nested within the tree plots. Species diversity was measured using Fisher's alpha (species richness) and Simpson's index (species evenness). Phylogenetic diversity was measured using Faith's phylogenetic diversity (phylogenetic richness) and Rao's quadratic entropy index (phylogenetic evenness). The phylogenetic diversity indices were inferred using four phylogenetic hypotheses: two based on rbcLa plastid DNA sequences obtained from the inventoried individuals with different branch lengths, a global phylogeny available from the Angiosperm Phylogeny Group, and a combination of both. 3. Taxonomic identification of the saplings was performed by combining morphological and DNA barcoding techniques using three plant DNA barcodes (psbA-trnH, rpoC1 and rbcLa). DNA barcoding enabled us to increase species assignment and to assign unidentified saplings to molecular operational taxonomic units. 4. Species richness was similar between saplings and trees, but in about half of our comparisons, species evenness was higher in trees than in saplings. This suggests that negative density dependence plays an important role during the sapling-to-tree transition. 5. Phylogenetic richness increased between saplings and trees in about half of the comparisons. Phylogenetic evenness increased significantly between saplings and trees in a few cases (4 out of 16) and only with the most resolved phylogeny. These results suggest that negative density dependence operates largely independently of the phylogenetic structure of communities. 6. Synthesis. By contrasting species richness and evenness across size classes, we suggest that negative density dependence drives shifts in composition during the sapling-to-tree transition. In addition, we found little evidence for a change in phylogenetic diversity across age classes, suggesting that the observed patterns are not phylogenetically constrained.

Taajuusmuuttajien suorituskyvyn automaattinen testausympäristö

Tämä insinöörityö tehtiin ABB Oy, Drivesin Product AC -tulosyksikön tuotekehitysosastolle Helsingissä. Työssä kehitettiin taajuusmuuttajien suorituskyvyn automaattinen testausympäristö. ABB:n taajuusmuuttajien suorituskykytestejä ei ole aikaisemmin automatisoitu. Testit on tehty käsin ja niiden suorittamiseen ja tulosten käsittelyyn on kulunut paljon aikaa. Automaattisella testauksella pyrittiin testien suorittamiseen ja tulosten käsittelyyn kuluvan ajan huomattavaan pienentymiseen. Työssä ei ollut tarkoituksena tehdä suorituskykytestejä vaan kehittää automaattinen testausympäristö eli suorituskykytestipenkki, jossa suorituskykytestit on mahdollista suorittaa. Työssä keskityttiin taajuusmuuttajan nopeus- ja momenttisäätäjien suorituskykyyn. Työ toteutettiin suunnittelu- ja ohjelmointityönä. Testausympäristön laitteisto perustuu ABB:n tuotekehityslaboratorioiden olemassaoleviin testipaikkoihin. Testausympäristössä käytetään taajuusmuuttajien lisäksi pääasiassa kolmivaiheisia oikosulkumoottoreita. Lisäksi laitteistoon kuuluu ACS800-sarjan taajuusmuuttaja kuormakäyttönä, momenttianturi ja takometri eli kierrosnopeusmittari. Ohjelmointi tehtiin National Instrumentsin LabVIEW-ohjelmointiympäristön versiolla 8.0. Testausympäristön käyttöliittymänä toimii saman yrityksen TestStand-testausohjelmiston versio 3.5. Testattavien taajuusmuuttajien ohjausta ja momenttianturin lukemista varten ohjelmoitiin virtuaali-instrumentteja. Virtuaali-instrumentteja kutsutaan TestStand-testisekvensseistä. Testisekvenssit luodaan TestStandin sekvenssieditorilla ja suoritetaan sekvenssieditorissa tai operaattorin käyttöliittymässä. Työn tuloksena syntyi taajuusmuuttajien suorituskyvyn automaattinen testausympäristö. Testausympäristöä voidaan hyödyntää sekä nykyisen että seuraavan sukupolven taajuusmuuttajien testauksessa. Sillä on mahdollista suorittaa yleisimmät taajuusmuuttajien suorituskykytestit, kuten nopeus- ja momenttisäätöjen staattinen ja dynaaminen tarkkuus, hyvin kattavasti. Testit voidaan automaattisesti suorittaa koko testikäytön sallimalla pyörimisnopeus- ja kuormitusalueella. Näytteenottotaajuus voi olla enintään 1 kHz luettaessa pyörimisnopeutta ACS800-sarjan taajuusmuuttajan kautta ja momenttianturia samanaikaisesti. Virtuaali-instrumenteista koostuvia testisekvenssejä voidaan vapaasti muokata ja kehittää testejä edelleen tai luoda kokonaan uusia testejä. Testausympäristö perustuu teollisuudessa yleisesti käytettyihin ohjelmistoihin ja tarjoaa hyvät mahdollisuudet jatkokehitykselle.

Élaboration et Validation D`Un Outil de Dépistage du Diabète Chez L´Adulte et L´Aîné au CAp-Vert, Afrique

Cette thèse de maîtrise est présentée sous forme d’un article scientifique. Cet article sera soumis à la « Revue Canadienne de la pratique et de la recherche en diététique». Toutes les parties de la thèse sont rédigées en français conformément aux règlements de l’Université de Moncton. Les différentes sections qui composent cette thèse sont le Chapitre I : Recension des écrits, le Chapitre II: Cadre de la Recherche, le Chapitre III: Devis de recherche et le Chapitre IV: Article scientifique. Les conclusions et les recommandations de l’étude sont présentées à la fin de ces chapitres, suivies par les références et les annexes. La présente étude a été réalisée par l’étudiante à la maîtrise Edith Pereira sous la supervision de Mme Lita Villalon, Ph. D., directrice de thèse et professeure titulaire à l’École des Sciences des aliments, de nutrition et d’études familiales de l’Université de Moncton. L’étudiante à la maîtrise avait la responsabilité de faire les démarches nécessaires en vue de l’approbation du projet de recherche par le Comité national d’éthique en recherche pour la santé du Cap-Vert. Elle était aussi responsable de la cueillette des données. Ceci consistait en la prise de mesures anthropométriques, biochimiques et alimentaires auprès de l’échantillon à l’étude. De plus, l’étudiante a procédé à la compilation de toutes les données pour ensuite les analyser et les interpréter. Finalement, l’étudiante à la maîtrise a rédigé cette thèse ainsi que l’article scientifique. Le tout a été réalisé sous la supervision de Mme Lita Villalon, Ph.D.

STRATEGIES TO SURPASS THE VULNERABILITY OF THE SMALL ISLAND STATES WITH FEW RESOURCES: THE CASE OF CAPE VERDE

The problem of small Island Developing States (SIDS) is quite recent, end of the 80s and 90s, still looking for a theoretical consolidation. SIDS, as small states in development, formed by one or several islands geographically dispersed, present reduced population, market, territory, natural resources, including drinkable water, and, in great number of the cases, low level of economic activity, factors that together, hinder the gathering of scale economies. To these diseconomies they come to join the more elevated costs in transports and communications which, allies to lower productivities, to a smaller quality and diversification of its productions, which difficult its integration in the world economy. In some SIDS these factors are not dissociating of the few investments in infrastructures, in the formation of human resources and in productive investments, just as it happens in most of the developing countries. In ecological terms, many of them with shortage of natural resources, but integrating important ecosystems in national and world terms, but with great fragility relatively to the pollution action, of excessive fishing, of uncontrolled development of tourism, factors that, conjugated and associated to the stove effect, condition the climate and the slope of the medium level of the sea water and therefore could put in cause the own survival of some of them. The drive to the awareness of the international community towards its problems summed up with the accomplishment by the United Nations in the Barbados’s Conference, 1994 where the right to the development was emphasized, through the going up the appropriate strategies and the Programme of Action for the Sustainable Development of the SIDS. The orientation of the regional and international cooperation in that sense, sharing technology (namely clean technology and control and administration environmental technology), information and creation of capacity-building, supplying means, including financial resources, creating non discriminatory and just trade rules, it would drive to the establishment of a world system economically more equal, in which the production, the consumption, the pollution levels, the demographic politics were guided towards the sustainability. It constituted an important step for the recognition for the international community on the specificities of those states and it allowed the definition of a group of norms and politics to implement at the national, regional and international level and it was important that they continued in the sense of the sustainable development. But this Conference had in its origin previous summits: the Summit of Rio de Janeiro about Environment and Development, accomplished in 1992, which left an important document - the Agenda 21, in the Conference of Stockholm at 1972 and even in the Conference of Ramsar, 1971 about “Wetlands.” CENTRO DE ESTUDOS AFRICANOS Occasional Papers © CEA - Centro de Estudos Africanos 4 Later, the Valletta Declaration, Malta, 1998, the Forum of Small States, 2002, get the international community's attention for the problems of SIDS again, in the sense that they act to increase its resilience. If the definition of “vulnerability” was the inability of the countries to resist economical, ecological and socially to the external shocks and “resilience” as the potential for them to absorb and minimize the impact of those shocks, presenting a structure that allows them to be little affected by them, a part of the available studies, dated of the 90s, indicate that the SIDS are more vulnerable than the other developing countries. The vulnerability of SIDS results from the fact the they present an assemblage of characteristics that turns them less capable of resisting or they advance strategies that allow a larger resilience to the external shocks, either anthropogenic (economical, financial, environmental) or even natural, connected with the vicissitudes of the nature. If these vulnerability factors were grouped with the expansion of the economic capitalist system at world level, the economic and financial globalisation, the incessant search of growing profits on the part of the multinational enterprises, the technological accelerated evolution drives to a situation of disfavour of the more poor. The creation of the resilience to the external shocks, to the process of globalisation, demands from SIDS and of many other developing countries the endogen definition of strategies and solid but flexible programs of integrated development. These must be assumed by the instituted power, but also by the other stakeholders, including companies and organizations of the civil society and for the population in general. But that demands strong investment in the formation of human resources, in infrastructures, in investigation centres; it demands the creation capacity not only to produce, but also to produce differently and do international marketing. It demands institutional capacity. Cape Verde is on its way to this stage.

Characterization of Epstein-Barr virus-specific immune responses and of the novel cytokine interleukin-26 in patients with multiple sclerosis

RÉSUMÉ La sclérose en plaques (SEP) est une maladie démyélinisante du système nerveux central (SNC) qui touche le plus souvent de jeunes femmes. Bien qu'elle ait été décrite pour la première fois il y a plus de 200 ans, son étiologie n'est pas encore complètement comprise. Contrairement à d'autres maladies purement génétiques, l'épidémiologie de la SEP ne peut être que partiellement expliquée par des facteurs génétiques. Ceci suggère que des facteurs environnementaux pourraient être impliqués dans la pathogenèse de la SEP. Parmi ceux-ci, le virus d'Epstein-Barr (EBV) est un excellent candidat, comme cela a été démontré par de larges études séroépidémiologiques ainsi que pax l'évaluation de la réponse cellulaire dans le sang. Bien que le SNC soit en fait la cible des réponses immunitaires anormales dans la SEP, peu d'études ont été accomplies sur les réponses immunitaires spécifiques à EBV dans ce compartiment. Ceci est particulièrement vrai chez des patients vivants chez lesquels des biopsies sont rarement effectuées, ainsi que pour les réponses cellulaires car très peu de cellules immunitaires peuvent être obtenues du SNC. Nous avons donc développé des conditions de cultures et un readout nous permettant d'étudier le nombre réduit de cellules disponibles dans le liquide céphalo-rachidien (LCR), qui représente le seul matériel pouvant être obtenu du SNC de patients SEP vivants. Nous avons trouvé que les réponses cellulaires et humorales spécifiques à EBV étaient augmentées dans le LCR des patients SEP comparé à du sang pairé, ainsi que par rapport à des patients avec d'autres maladies neurologiques inflammatoires et noninflammatoires. Afin de déterminer si les réponses immunitaires augmentées contre EBV étaient spécifiques à ce virus ou si elles reflétaient simplement une hyperactivation immunitaire aspécifique, nous avons comparé les réponses spécifiques à EBV avec celles spécifiques au cytomegalovirus (CNN). En effet, comme EBV, CNN est un herpesvirus neurotropique qui peut établir des infections latentes, mais ce dernier n'est pas considéré comme étant associé à la SEP. De façon intéressante, les réponses immunitaires spécifiques à CNN trouvées dans le LCR étaient plus basses que dans le sang, et ceci dans toutes les catégories de patients. Ces données suggèrent qu'une réactivation d'EBV pourrait avoir lieu dans le SNC des patients SEP à un stade précoce de la maladie et renforcent fortement l'hypothèse qu'EBV pourrait avoir un rôle déclencheur dans cette maladie. Ainsi, il pourrait être intéressant d'explorer si un traitement ou un vaccin efficace contre EBV peut prévenir le développement de la SEP. On ne connaît toujours pas la raison pour laquelle les réponses immunitaires spécifiques à EBV sont augmentées chez les patients SEP. Une hypothèse est que la réponse immunitaire est qualitativement différente chez les patients SEP par rapports aux contrôles. Pour examiner ceci, nous avons évalué le profile cytokinique de lymphocytes T CD4+ et CD8+ stimulés par EBV, mais nous n'avons pas pu mettre en évidence de différence remarquable entre patients SEP et sujets sains. Cette question reste donc ouverte et d'autres études sont justifiées. Il n'existe pas de marqueur fiable de la SEP. Ici, nous avons trouvé que la cytokine IL-26, récemment décrite, était augmentée dans les lymphocytes T CD8+ des patients avec une SEP secondairement progressive comparé à des patients SEP en poussée, des patients avec une SEP primairement progressive, des patients avec d'autres maladies neurologiques inflammatoires, ou des sujets sains. De plus, nous avons identifié des types de cellules dérivées du cerveau (astrocytes, oligodendrocytes et neurones) qui exprimaient le récepteur de l'IL-26. Ceci ouvre la voie à d'autres études afin de mieux comprendre la fonction de l'II.-26 et son interaction avec la. SEP. SUMMARY : Multiple sclerosis (MS) is a demyelinating disease affecting the central nervous system (CNS), mostly in young female adults. Although it was first described 200 years ago, its etiology is still not completely understood. Contrary to other purely genetic diseases, genetics can explain only part of MS epidemiology. Therefore, environmental factors that might be involved in MS pathogenesis were searched for. Among them, Epstein-Barr virus (EBV) is a strong potential candidate, such as shown by large seroepidemiological studies and cellular immune response assessments in the blood. Although the CNS is the actual target of abnormal immune responses in MS, few studies have been performed on EBV-specific immune responses in this compartment. This is particularly true for live patients, from which biopsy material is almost never available, and for cellular immune responses, since very few immune cells are available from the CNS. We therefore developed culture conditions and a readout that were compatible with the study of the reduced number of cells found in the cerebrospinal fluid (CSF), the only readily available material from the CNS of live ' MS patients. We found that EBV-specific cellular and humoral immune responses were increased in the CSF of MS patients as compared with paired blood, as well as compared with the CSF of patients with other inflammatory and non-inflammatory neurological diseases. To determine whether the enhanced immune responses against EBV were specific of this virus or simply reflected an aspecific immune hyperactivation, we compared the EBV- with the cytomegalovirus (CMV)-specific immune responses. Indeed, like EBV, CMV is a neurotrophic herpesvirus that can establish latent infections, but the latter is not considered to be associated with MS. Interestingly, CSF CMV-specific immune responses were lower than blood ones and this, in all patient categories. These findings suggest that EBV reactivation may be taking place in the CNS of patients at the early stages of MS and strengthen the hypothesis that EBV may have a triggering role in this disease. Therefore, it might be interesting to explore whether an efficient anti-EBV drug or vaccine is able to prevent MS development. The reason why EBV-specific immune responses are increased in MS patients is still missing. One hypothesis might be that the immune response against EBV is qualitatively different in MS patients as compared with controls. To examine this, we assessed the cytokine mRNA profile of EBV-stimulated CD4+ and CD8+ T cells, but could not find any remarkable difference between MS patients and healthy controls. Therefore, this question remains open and fiirther studies are warranted. Reliable disease markers are lacking for MS. Here, we found that the recently described cytokine IL-26 was increased in CD8+ T cells of patients with secondary progressive MS as compared with relapsing MS, primary progressive MS, other inflammatory neurological diseases and healthy controls. Moreover, we identified brain cell types (astrocytes, oligodendrocytes and neurons) that expressed the IL-26 receptor, paring the way for further studies to understand IL-26 function and its interaction with MS.

A model of shadow banking

We present a model of shadow banking in which financial intermediaries originate and trade loans, assemble these loans into diversified portfolios, and then finance these portfolios externally with riskless debt. In this model: i) outside investor wealth drives the demand for riskless debt and indirectly for securitization, ii) intermediary assets and leverage move together as in Adrian and Shin (2010), and iii) intermediaries increase their exposure to systematic risk as they reduce their idiosyncratic risk through diversification, as in Acharya, Schnabl, and Suarez (2010). Under rational expectations, the shadow banking system is stable and improves welfare. When investors and intermediaries neglect tail risks, however, the expansion of risky lending and the concentration of risks in the intermediaries create financial fragility and fluctuations in liquidity over time.

Evolution of intraspecific variation : a comparative phylogenetic approach

Understanding the evolution of intraspecific variance is a major research question in evolutionary biology. While its importance to processes operating at individual and population levels is well-documented, much less is known about its role in macroevolutionary patterns. Nevertheless, both experimental and theoretical evidence suggest that the intraspecific variance is susceptible to selection, can transform into interspecific variation and, therefore, is crucial for macroevolutionary processes. The main objectives of this thesis were: (l) to investigate which factors impact evolution of intraspecific variation in Polygonaceae and determine if evolution of intraspecific variation influences species diversification; and (2) to develop a novel comparative phylogenetic method to model evolution of intraspecific variation. Using the buckwheat family, Polygonaceae, as a study system, I demonstrated which life-history and ecological traits are relevant to the evolution of intraspecific variation. I analyzed how differential intraspecific variation drives species diversification patterns. I showed with computer simulations the shortcomings of existing comparative methods with respect to intraspecific variation. I developed a novel comparative model that readily incorporates the intraspecific variance into phylogenetic comparative methods. The obtained results are complimentary, because they affect both empirical and methodological aspects of comparative analysis. Overall, I highlight that intraspecific variation is an important contributor to the macroevolutionary patterns and it should be explicitly considered in the comparative phylogenetic analysis. - En biologie évolutive comprendre l'évolution de la variance intraspécifique est un axe de recherche majeur. Bien que l'importance de cette variation soit bien documentée au niveau individuel et populationnel, on en sait beaucoup moins sur son rôle au niveau macroévolutif. Néanmoins, des preuves expérimentales et théoriques suggèrent que la variance intraspécifique est sensible à la sélection et peut se transformer en variation interspécifique. Par conséquent, elle est cruciale pour mieux comprendre les processus macroévolutifs. Les principaux objectifs de ma thèse étaient : (i) d'enquêter sur les facteurs qui affectent l'évolution de la variation intraspécifique chez les Polygonaceae et de déterminer si l'évolution de cette dernière influence la diversification des espèces, et (2) de développer une nouvelle méthode comparative permettant de modéliser l'évolution de la variation intraspécifique dans un cadre phylogénétique. En utilisant comme système d'étude la famille du sarrasin, les Polygonacées, je démontre que les traits d'histoire de vie sont pertinents pour comprendre l'évolution de la variation intraspécifique. J'ai également analysé l'influence de la variation intraspécifique au niveau de la diversification des espèces. J'ai ensuite démontré avec des données simulées les limites des méthodes comparatives existantes vis à vis de la variation intraspécifique. Finalement, j'ai développé un modèle comparatif qui intègre facilement la variance intraspécifique dans les méthodes comparatives phylogénétiques existantes. Les résultats obtenus lors de ma thèse sont complémentaires car ils abordent aspects empiriques et méthodologiques de l'analyse comparative. En conclusion, je souligne que la variation intraspécifique est un facteur important en macroévolution et qu'elle doit être explicitement considérée lors d'analyses comparatives phylogénétiques.