The sequence and de novo assembly of the giant panda genome

Using next-generation sequencing technology alone, we have successfully generated and assembled a draft sequence of the giant panda genome. The assembled contigs (2.25 gigabases (Gb)) cover approximately 94% of the whole genome, and the remaining gaps (0.05 Gb) seem to contain carnivore-specific repeats and tandem repeats. Comparisons with the dog and human showed that the panda genome has a lower divergence rate. The assessment of panda genes potentially underlying some of its unique traits indicated that its bamboo diet might be more dependent on its gut microbiome than its own genetic composition. We also identified more than 2.7 million heterozygous single nucleotide polymorphisms in the diploid genome. Our data and analyses provide a foundation for promoting mammalian genetic research, and demonstrate the feasibility for using next-generation sequencing technologies for accurate, cost-effective and rapid de novo assembly of large eukaryotic genomes.

De novo RNA synthesis and homology modeling of the classical swine fever virus RNA polymerase

Classical swine fever virus (CSFV) non-structural protein 5B (NS5B) encodes an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), a key enzyme which initiates RNA replication by a de novo mechanism without a primer and is a potential target for anti-virus therapy. We expressed the NS5B protein in Escherichia coli. The rGTP can stimulate de novo initiation of RNA synthesis and mutation of the GDD motif to Gly-Asp-Asp (GAA) abolishes the RNA synthesis. To better understand the mechanism of viral RNA synthesis in CSFV, a three-dimensional model was built by homology modeling based on the alignment with several virus RdRps. The model contains 605 residues folded in the characteristic fingers, palm and thumb domains. The fingers domain contains an N-terminal region that plays an important role in conformational change. We propose that the experimentally observed promotion of polymerase efficiency by rGTP is probably due to the conformational changes of the polymerase caused by binding the rGTP. Mutation of the GDD to GAA interferes with the interaction between the residues at the polymerase active site and metal ions, and thus renders the polymerase inactive. (c) 2005 Elsevier B.V. All rights reserved.

Surtos da mosca-dos-estábulos, Stomoxys calcitrans, em Mato Grosso do Sul: novo problema para as cadeias produtivas da carne e sucroalcooleira?

No presente documento é registrada a ocorrência de infestações preocupantes pela mosca-dos-estábulos, Stomoxys calcitrans L. (Diptera: Muscidae), em propriedades pecuárias próximas de usinas sucroalcooleiras na região Sul de Mato Grosso do Sul, no ano de 2009. A biologia do inseto; sua importância epidemiológica, econômica e veterinária e; possíveis alternativas de controle são apresentadas e discutidas. Entre as alternativas de controle sugere-se, em especial, o revolvimento completo duas vezes por semana do material de compostagem nas usinas e a drenagem do local onde é executada, assim como o enterrio parcial da palha pós-colheita da cana-de-açúcar com uso de cultivador. Nas propriedades pecuárias recomenda-se a limpeza de locais de criação da mosca, representado por acúmulo de dejetos de animais domésticos e ou de resíduos alimentares, especialmente em confinamentos e leiterias, dentre outras recomendações. Somente com ações integradas será possível resolver o problema e contribuir para o desenvolvimento sustentável de duas importantes cadeias produtivas do agronegócio brasileiro.

Você tem sede de quê? Ecologia: crescimento do mercado consumidor de água aponta para a necessidade de planejar melhor o uso desse mineral essencial para a vida na terra.

2008

Avaliação de impacto ambiental de atividades em estabelecimentos familiares do novo rural.

Uma avaliação do desempenho ambiental de atividades rurais representadas pela horticultura orgânica e convencional, pelo agroturismo, e pelos pesque-pagues, foi procedida com o sistema de Avaliação Ponderada de Impacto Ambiental de Atividades do Novo Rural (APOIA-NovoRural). Este sistema consiste de um conjunto de planilhas eletrônicas que integram sessenta e dois indicadores do desempenho ambiental da atividade, no âmbito de um estabelecimento rural. Cinco dimensões de avaliação são consideradas: i. Ecologia da Paisagem, ii. Qualidade dos Compartimentos Ambientais (atmosfera, água e solo), iii. Valores Socioculturais, iv. Valores Econômicos e v. Gestão e Administração. Os resultados indicam que, em relação à horticultura, ao melhorar a conservação dos recursos naturais e as condições de gestão do estabelecimento, o manejo orgânico apresenta melhor desempenho ambiental que o manejo convencional (19% na Ecologia da Paisagem, 13% na Qualidade da Água e 74% na Gestão e Administração). Nos estabelecimentos dedicados a pesque-pague, a recomposiçãoda paisagem e dos habitats naturais, assim como melhores condições de gestão e administração do estabelecimento, são as principais medidas a serem adotadas para melhoria do desempenho ambiental da atividade. Finalmente, com excelente desempenho econômico e em termos de conservação da qualidade da água, o agroturismo carece de atenção nos aspectos de recuperação dos habitats naturais e da paisagem, bem como melhorias na gestão e administração. A aplicação do sistema APOIA-NovoRural permite melhorar a gestão ambiental de atividades no meio rural, indicando os pontos críticos para correção do manejo, bem como os aspectos favoráveis das atividades, contribuindo para o desenvolvimentolocal sustentável.

Bioeletricidade no setor sucroalcooleiro paulista: participação no mercado de carbono, perspectivas e sustentabilidade.

2009

Novo produto piretróide para o controle do Sitophilus zeamais em milho armazenado.

2005

Cultivares de milho disponíveis no mercado de sementes do Brasil para a safra 2005/06.

2005

Novo produto para o controle das pragas que atacam o milho armazenado em paiol.

2005

Novo produto piretróide para o controle de Rhyzopertha dominica e tribolium castaneum, em trigo armazenado.

2005

Levantamento de reconhecimento de alta intensidade dos solos e avaliação da aptidão agrícola das terras da área de Novo Paraíso, Roraima.

1999

Solos do campo experimental da Embrapa Milho e Sorgo: suas características e classificação no novo sistema brasileiro.

2002

Desenvolvimento, mercado, rentabilidade da soja brasileira.

O agronegócio e o desenvolvimento da soja no Brasil. O agronegócio brasileiro no contexto global. O Brasil na produção de alimentos e de bioenergia. O Brasil e alta do preço dos alimentos. A soja no mundo. A soja no Brasil. Mercado e rentabilidade da soja.

Mercado brasileiro de uvas e vinhos.

2000

Análise da orientação para o mercado na indústria vinícola gaúcha.

2001