Expanding the Toolkit for Synthetic Biology: Frameworks for Native-like Non-natural Gene Circuits

Synthetic biology combines biological parts from different sources in order to engineer non-native, functional systems. While there is a lot of potential for synthetic biology to revolutionize processes, such as the production of pharmaceuticals, engineering synthetic systems has been challenging. It is oftentimes necessary to explore a large design space to balance the levels of interacting components in the circuit. There are also times where it is desirable to incorporate enzymes that have non-biological functions into a synthetic circuit. Tuning the levels of different components, however, is often restricted to a fixed operating point, and this makes synthetic systems sensitive to changes in the environment. Natural systems are able to respond dynamically to a changing environment by obtaining information relevant to the function of the circuit. This work addresses these problems by establishing frameworks and mechanisms that allow synthetic circuits to communicate with the environment, maintain fixed ratios between components, and potentially add new parts that are outside the realm of current biological function. These frameworks provide a way for synthetic circuits to behave more like natural circuits by enabling a dynamic response, and provide a systematic and rational way to search design space to an experimentally tractable size where likely solutions exist. We hope that the contributions described below will aid in allowing synthetic biology to realize its potential.

Uma cidade partida: Itacaré e os dilemas da desterritorialização pelo turismo

Este trabalho iniciou-se a partir das inquietações que surgiram por ocasião da primeira visita ao município de Itacaré, no litoral sul da Bahia, onde trabalhamos com alfabetização de jovens e adultos, em função das muitas vozes que se fizeram ouvir. Itacaré, rica em belezas naturais, com praias, rios e cachoeiras lindíssimas, vem sofrendo, segundo a população nativa da região, muitas transformações em nome do progresso e da globalização, via processo de turistificação. Precisamente, nos últimos cinco anos as mudanças são tantas, com a chegada dos turistas das mais variadas regiões, que moradores já se percebem desterritorializados, bem como já se torna visível por intermédio das vozes ouvidas, que o processo de desconstrução de identidades é uma realidade inconteste. Desta forma, tentando entender o processo de desterritorialização que se generaliza, como também o de desconstrução de identidades, nos propusemos a entender as especificidades deste município permeadas pelos desdobramentos do turismo e suas consequências, desvelando as memórias coletivas e as representações sociais, através das histórias da população local que apontam, de certa forma, a usurpação daquilo que, segundo eles, são os seus maiores bens: a dignidade e o respeito aos filhos da terra, pois que boa parcela da população local está perdendo o seu espaço na medida em que as preocupações do poder público local se solidificam nos privilégios aos estrangeiros. Buscou-se o Serviço Social como o lugar da discussão na medida em que neste vislumbramos de forma mais adensada a preocupação com políticas sociais que deem conta de grande parcela da população excluída ou incluída perversamente.

The interactions of basic proteins and DNA

I. ELECTROPHORESIS OF THE NUCLEIC ACIDS

A zone electrophoresis apparatus using ultraviolet optics has been constructed to study nucleic acids at concentrations less than 0.004%. Native DNA has a mobility about 15% higher than denatured DNA over a range of conditions. Otherwise, the electrophoretic mobility is independent of molecular weight, base composition or source. DNA mobilities change in the expected way with pH but the fractional change in mobility is less than the calculated change in charge. A small decrease in mobility accompanies an increase in ionic strength. RNA’s from various sources have mobilities slightly lower than denatured DNA except for s-RNA which travels slightly faster. The important considerations governing the mobility of nucleic acids appear to be the nature of the hydrodynamic segment, and the binding of counterions. The differences between electrophoresis and sedimentation stem from the fact that all random coil polyelectrolytes are fundamentally free draining in electrophoresis.

II. THE CYTOCHROME C/DNA COMPLEX

The basic protein, cytochrome c, has been complexed to DNA. Up to a cytochrome:DNA mass ratio of 2, a single type of complex is formed. Dissociation of this complex occurs between 0.05F and 0.1F NaCl. The complexing of cytochrome to DNA causes a slight increase in the melting temperature of the DNA, and a reduction of the electrophoretic mobility proportional to the decrease in net charge. Above a cytochrome:DNA mass ratio of 2.5, a different type of complex is formed. The results suggest that complexes such as are formed in the Kleinschmidt technique of electron microscopy would not exist in bulk solution and are exclusively film phenomena.

III. STUDIES OF THE ELECTROPHORESIS AND MELTING BEHAVIOUR OF NUCLEOHISTONES

Electrophoresis studies on reconstituted nucleohistones indicate that the electrophoretic mobility for these complexes is a function of the net charge of the complex. The mobility is therefore dependent on the charge density of the histone complexing the DNA, as well as on the histone/DNA ratio. It is found that the different histones affect the transition from native to denatured DNA in different ways. It appears that histone I is exchanging quite rapidly between DNA molecules in 0.01 F salt, while histone II is irreversibly bound. Histone III-IV enhances the capacity of non-strand separated denatured DNA to reanneal. Studies on native nucleoproteins indicate that there are no gene-sized uncomplexed DNA regions in any preparations studied.

IV. THE DISSOCIATION OF HISTONE FROM CALF THYMUS CROMATIN

Calf thymus nucleoprotein was treated with varying concentrations of NaCl. The identity of the histones associated and dissociated from the DNA at each salt concentration was determined by gel electrophoresis. It was found that there is no appreciable histone dissociation below 0.4 F NaCl. The lysine rich histones dissociate between 0.4 and 0.5 F NaCl. Their dissociation is accompanies by a marked increase in the solubility of the chromatin. The moderately lysine rich histones dissociate mainly between 0.8 and 1.1 F NaCl. There are two arginine rich histone components: the first dissociates between 0.8 F and 1.1 F NaCl, but the second class is the very last to be dissociated from the DNA (dissociation beginning at 1.0 F NaCl). By 2.0 F NaCl, essentially all the histones are dissociated.

The properties of the extracted nucleoprotein were studied. The electrophoretic mobility increases and the melting temperature decreases as more histones are dissociated from the DNA. A comparison with the dissociation of histones from DNA in NaClO₄ shows that to dissociate the same class of histones, the concentration of NaCl required is twice that of NaClO₄.

Living on the hyphen: diaspora, identity and memory in Jamaica Kincaids Annie John / Lucy and Esmeralda Santiagos When I was Puerto Rican / Almost a woman

Esta dissertação tem por objetivo investigar o desenvolvimento de identidades de sujeitos diaspóricos em formas de narrativas nas quais a memória tem um papel crucial. As autobiografias e os memoirs têm despertado a curiosidade de muitas pessoas interessadas nos processos de construção de identidade de indivíduos que vivem em realidades singulares e nos relatos que dão sobre suas próprias vidas. Assim, o crescente interesse em diásporas e nos decorrentes deslocamentos fragmentários, provocados pelo distanciamento de raízes individuais e pelo contato com diferentes códigos culturais, poderiam legitimar as narrativas autobiográficas como maneiras estratégicas de sintetizar os nichos de identificação de autores e autoras que experimentaram uma ruptura diaspórica. Desta forma, ao analisar estes tipos de narrativas, deve-se estar atento às especificidades de algumas escritoras que passaram por processos diaspóricos e a como elas recorreram as suas memórias pessoais para, em termos literários, expressar suas subjetividades. Considerando todas essas idéias, tenciono usar Annie John e Lucy, de Jamaica Kincaid e When I Was Puero Rican e Almost a Woman, de Esmeralda Santiago como fontes de análise e amostras do desenvolvimento de identidades diaspóricas em narrativas autobiográficas

Diasporization and family relations in Nella Larsens Quicksand and Jamaica Kincaids Lucy: the construction of female identity

O principal objetivo desta dissertação é investigar e analisar como os movimentos diaspóricos e as relações familiares exercem influência na construção das identidades das mulheres em Quicksand, de Nella Larsen, e Lucy, de Jamaica Kincaid. As questões a que pretendo responder são: Como as personagens principais, Helga Crane e Lucy, lidam com as diferentes culturas que encontram nas suas trajetórias ? ; Como essas diferentes culturas lidam com essas mesmas personagens?; e Como o encontro entre essas diferentes culturas e as relações familiares são descritos e influenciam na construção da identidade feminina nessas obras?. Minha hipótese é que encontraremos nas obras selecionadas duas jornadas, portadoras tanto de aspectos comuns quanto distintos, que começam com o desejo das personagens principais de escapar da opressão patriarcal. Isto é, Helga Crane e Lucy passam por um período de muitas descobertas sobre elas mesmas e as sociedades com que têm que lidar, o que determina dois produtos diferentes: a construção das identidades híbridas de Lucy, em meio a sua solidão, na obra de Kincaid, e a construção e o sufocamento das identidades de Helga pela religião, o patriarcado e as relações familiares, na obra de Larsen

Physiological Determinants of Invasive Success Linking Distribution Patterns to Metabolic Physiology in Native and Invasive Blue Mussels (genus Mytilus)

In the early 20th century, a blue mussel species from the Mediterranean invaded the California coast and subsequently out-competed the native species south of Monterey Bay. Like other invasive species, Mytilus galloprovincialis has physiological traits that make it successful in habitats formerly occupied by the native M. trossulus, namely its adaptation to warm sea surface temperatures. This study looks at the current genotype distributions and enzymatic activities of field-acclimatized mussels within the hybrid zone where the species co-occur as well as mussels that have been acclimated for four weeks to different temperature and salinity conditions. In the field-acclimatized and laboratory-acclimated mussels, the native species exhibited significantly higher enzyme rates, which may reflect an evolutionary adaptation to compensate to low habitat temperatures. Indeed, the results of the laboratory acclimation indicate that these differences are genetically based. Whether an acclimation capacity exists may require even longer-term acclimation to different temperatures. Current findings suggest that the further spread of the invasive species is likely to be governed in large measure by the potentially counteracting effects of rising temperatures, which would favor the northerly spread of M. galloprovincialis, and increased winter precipitation, which would favor the persistence of M. trossulus. However, the success of M. galloprovincialis during acclimation to ‘dilute’ salinity (25 ppt) suggests that the invasive species can tolerate a greater salinity range than previously thought. Thus, further investigation is needed to build a comprehensive predictive model of the movement of M. galloprovincialis and the hybrid zone along the California coast.

Representações sociais e construção da identidade de cabo-verdianos no Rio de Janeiro: estudantes, imigrantes e descendentes

A presente pesquisa que ora se apresenta trata das representações sociais da comunidade cabo-verdiana residente no Rio de Janeiro sobre diversos objetos que estão implicados no processo de construção de suas identidades, no entrecruzamento das culturas e identidades cabo-verdianas e brasileiras. Nesse sentido, realizou-se um estudo comparativo entre três grupos de cabo-verdianos residentes no Rio de Janeiro. As entrevistas realizadas com 20 estudantes, 20 imigrantes e 10 brasileiros filhos de cabo-verdianos residentes no Brasil permitiram identificar conteúdos mais específicos, diversificados e detalhados das representações formadas por eles acerca do Brasil e do povo brasileiro, bem como das suas próprias relações com os países de origem e de acolhimento, bem como com os seus respectivos povos, o que, em última análise, consubstancia as identidades sociais próprias que terão reconstruído durante a sua permanência aquém do ou melhor, de parte do Oceano Atlântico. A teoria das Representações Sociais, desenvolvida por Serge Moscovici (1961) se constituiu em uma valiosa sustentação teórica para o presente estudo. Por meio da pesquisa comparativa das representações sociais dos distintos grupos de cabo-verdianos no Rio de Janeiro acerca de variados aspectos dos seus contextos sócio-culturais de origem e de acolhimento, foi possível compreender o complexo processo de construção, reconstrução e atualização das suas respectivas identidades. É isso que se acredita ter aqui demonstrado no que se refere às trajetórias dos estudantes e imigrantes cabo-verdianos, bem como às histórias de vida dos filhos destes, no Brasil e, em especial, no Rio de Janeiro. É nessa perspectiva que os cabo-verdianos no Rio de Janeiro tomados tanto como sujeitos quanto como objetos de representação, na presente pesquisa têm construído um conhecimento ao mesmo tempo, prático e reflexivo da sua inserção nos contextos brasileiro e carioca, através do contato face a face com a sociedade receptora e, no caso de dois desses grupos (estudantes e imigrantes), a partir das representações que já haviam elaborado no país de origem, sob a influência dos meios de comunicação de massa. Assim, com base na hibridização cultural e identitária dos cabo-verdianos, procurou-se compreender de forma mais ampla e circunstanciada o processo de (re) construção das identidades dos estudantes, imigrantes e dos descendentes destes no Rio de Janeiro. Tais mudanças mostraram-se mais visíveis nos convívios sociais em que os grupos cabo-verdianos participam em diferentes espaços sociais desta cidade, nas próprias residências, nas sedes de associações, as quais participam, não só cabo-verdianos, mas, também, alguns brasileiros e outros africanos. Nestes convívios, notam-se diferenças de relacionamento entre eles, estruturam-se em pequenos grupos, ocorrendo uma intensificação das aproximações identitárias e representacionais. As mudanças que foram observadas superficialmente entre os estudantes são, por conseguinte, mais intensas entre os cabo-verdianos imigrantes, em virtude do maior tempo e freqüência cotidiana da comunicação e da troca de experiências com mais variados estratos da população brasileira, o que se aproxima a uma autêntica fusão cultural. Não obstante, constatou-se que, nesse processo, a comunidade imigrante perdeu alguns elementos importantes da cultura cabo-verdiana, o principal dos quais foi a língua crioula. A perda do crioulo representa uma descontinuidade na reprodução da identidade cabo-verdiana pelos imigrantes no Brasil. Nesse sentido, os brasileiros filhos de pais cabo-verdianos não tiveram acesso a esse poderoso instrumento de comunicação e de preservação da cultura cabo-verdiana. Esses cabo-verdianos imigrantes consideram-se bem sucedidos e avaliam positivamente a sua trajetória de vida enquanto imigrantes no Brasil. De igual modo, os estudantes se consideram realizados, devido à oportunidade de estudar no Brasil, o que representa a concretização de um desejo coletivo, uma vez que a instrução escolar é amplamente valorizada no país de origem.

Obasan, by Joy Kogawa, and Alias Grace, by Margaret Atwood: fictional representations of Canadian identity and History

Esta dissertação investiga de que maneiras a representação do sujeito canadense pode ser encontrada em dois romances representativos da literatura canadense contemporânea: Obasan, de Joy Kogawa, e Alias Grace, de Margaret Atwood. Esta investigação também demonstra que a busca pela definição da identidade canadense tem sido tema constante e relevante da cultura deste país. A indefinição quanto ao que significa ser canadense também tem permeado a literatura canadense ao longo dos séculos, notadamente desde o século XIX. A fim de observar a representação literária da busca pela definição da identidade canadense, esta investigação aborda os conceitos relativos à representação de grupos subalternos tradicionalmente silenciados. A análise comparativa dos romances citados contempla a relação entre memória e trauma autobiográficos, assim como as semelhanças narrativas entre ficção e história. Esta investigação também verifica de que maneiras a literatura pós-moderna emprega documentação oficial, relatos históricos e dados (auto) biográficos a serviço da reescrita da história através da metaficção historiográfica

Acima de tudo eu sou professora, educadora, e posso mostrar para eles que eu faço com muito amor": um estudo das representações do professor de inglês sobre seu fazer por meio do Sistema da Avaliatividade

Este trabalho tem por objetivo investigar as representações de professores de língua inglesa de um curso livre de idiomas no Rio de Janeiro, acerca de sua própria profissão e de outros aspectos relacionados ao ensino desta disciplina, procurando identificar a maneira como o discurso destes profissionais constrói suas identidades. Buscamos apontar como são construídas e negociadas no discurso características identitárias dos professores de inglês a fim de compreender como estes professores se veem ou constroem uma imagem de um bom professor de inglês. Para realizar a análise recorremos ao Sistema de Avaliatividade proposto por Martin & White (2005), cujos princípios têm origem na metafunção interpessoal da Linguística Sistêmico Funcional (Halliday, 2004), além de algumas importantes noções da Análise do Discurso Crítica (Fairclough, 2003), especialmente no que diz respeito à concepção de linguagem, discurso e sua relação com as práticas sociais. O conceito de representação utilizado nesta pesquisa foi fundamentado em Minayo (1994) e Fairclough (2003) e a noção de identidade baseia-se em Fairclough (2003) e Hall (2000), observando que as identidades não são apenas representadas no discurso, mas construídas nele, além de terem um caráter instável, mutável, multifacetado e inacabado. O Corpus analisado consiste em transcrição de uma discussão entre oito professores de inglês e foi coletado através da técnica de Grupo Focal. Foram selecionados 20 trechos de falas desta discussão e agrupadas em três temas: a) O professor nativo / Experiência no exterior; b) Ser professor de língua inglesa / O valor da profissão; e c) Como me vejo como professor/a de inglês. Analisamos as avalições feitas segundo os subsistemas de Atitude e Engajamento. Os resultados da análise mostraram que este grupo de professores utiliza preferencialmente avaliações negativas de julgamento de capacidade quando se trata de avaliar o professor nativo, avaliações positivas de julgamento de capacidade e tenacidade quando se trata de avaliar o professor de inglês não nativo e, principalmente, avaliações positivas do tipo Afeto quando se trata de avaliar a profissão ou a sua prática diária. Somados a outros itens recorrentes, estes resultados apontam para o perfil de um bom professor na visão do grupo de sujeitos participantes

Building TRACE (translations censored) theatre corpus: some methodological questions on text selection

Editores:Micaela Muñoz-Calvo; Carmen Buesa-Gómez

Apurando os sentidos: sonoridades, performance e imagens nos rituais de Umbanda em Corumbá

O principal objetivo deste trabalho é investigar o ponto de vista nativo do conceito de sonoridades que constituem os rituais de Umbanda em Corumbá, município situado no Estado de Mato Grosso do Sul, Centro-Oeste brasileiro, pouco presente na literatura sobre o tema. Para a execução da pesquisa, foi utilizada a concepção de Seeger, na qual é preciso observar todo o contexto em que a manifestação musical ocorre, ou seja, o fato social musical total, com o intuito de compreender mais profundamente seus significados. Como metodologia, a pesquisa lançou mão da observação participante e entrevistas em profundidade com alguns dos importantes personagens inseridos no contexto umbandista local. O campo foi, igualmente, registrado por meio de fotografias, vídeos e gravações em áudio, a fim de viabilizar a criação de um acervo e, ainda, facilitar a transcrição e análise do material coletado e quiçá, viabilizar desdobramentos deste trabalho. Concluiu-se que a sua matéria-prima, as frequências sonoras, representam um instrumento ideal para a Umbanda, pelas seguintes razões: em primeiro lugar, as sonoridades, por sua natureza etérea, podem, assim como os orixás e as entidades espirituais, constituir vibrações invisíveis aos olhos dos leigos, mas não dos fiéis, que penetram os corpos e podem ser percebidos tanto no mundo espiritual quanto no mundo físico; em segundo lugar e, em decorrência do primeiro aspecto, é um perfeito meio para a comunicação tanto partindo do mundo espiritual em direção aos seus adeptos quanto vice-versa. É por meio das curimbas ou pontos que os orixás cantam as suas dijinas, ou seja, os seus nomes, realizando a continuidade de uma tradição ancestral. A pulsação promovida pelas vibrações sonoras traz consigo toda a simbologia cosmológica presente na Umbanda, revestida por um complexo e belo universo de narrativas, vestimentas, cores, cheiros, coreografias, afetos, intenções, realizações e afirmações identitárias dos componentes dos rituais vivenciados. Chegou-se, ainda, à conclusão de que podemos considerar o que os umbandistas da Tenda Nossa Senhora da Guia, principal grupo estudado, entendem por sonoridade, um fato social total, clássico conceito cunhado por Mauss. Estrategicamente e borrando as fronteiras entre resistência e comunhão com a comunidade maior em que está inserida na cidade, a Tenda aprofunda a cada dia as suas raízes, fincadas por Maria Theodora Gonçalves de Paula nos idos de 1920, ainda escrava. Apesar de ter findado oficialmente em 1888, a escravidão permaneceu nos rincões do País que resistia às mudanças sociais, econômicas e políticas que ocorriam em território nacional. A Tenda, hoje, é uma instituição que estabelece importantes trocas simbólicas, econômicas, políticas, sociais, culturais e espirituais, a partir de um território quilombola reconhecido pela Fundação Palmares e na esfera religiosa, pela a Federação dos Cultos Afro-Brasileiros e Ameríndios de Mato Grosso do Sul (FECAMS)