Blind docking of 260 protein-ligand complexes with EADock 2.0.

Molecular docking softwares are one of the important tools of modern drug development pipelines. The promising achievements of the last 10 years emphasize the need for further improvement, as reflected by several recent publications (Leach et al., J Med Chem 2006, 49, 5851; Warren et al., J Med Chem 2006, 49, 5912). Our initial approach, EADock, showed a good performance in reproducing the experimental binding modes for a set of 37 different ligand-protein complexes (Grosdidier et al., Proteins 2007, 67, 1010). This article presents recent improvements regarding the scoring and sampling aspects over the initial implementation, as well as a new seeding procedure based on the detection of cavities, opening the door to blind docking with EADock. These enhancements were validated on 260 complexes taken from the high quality Ligand Protein Database [LPDB, (Roche et al., J Med Chem 2001, 44, 3592)]. Two issues were identified: first, the quality of the initial structures cannot be assumed and a manual inspection and/or a search in the literature are likely to be required to achieve the best performance. Second the description of interactions involving metal ions still has to be improved. Nonetheless, a remarkable success rate of 65% was achieved for a large scale blind docking assay, when considering only the top ranked binding mode and a success threshold of 2 A RMSD to the crystal structure. When looking at the five-top ranked binding modes, the success rate increases up to 76%. In a standard local docking assay, success rates of 75 and 83% were obtained, considering only the top ranked binding mode, or the five top binding modes, respectively.

Relation between sequence and structure of HIV-1 protease inhibitor complexes: a model system for the analysis of protein flexibility.

The flexibility of different regions of HIV-1 protease was examined by using a database consisting of 73 X-ray structures that differ in terms of sequence, ligands or both. The root-mean-square differences of the backbone for the set of structures were shown to have the same variation with residue number as those obtained from molecular dynamics simulations, normal mode analyses and X-ray B-factors. This supports the idea that observed structural changes provide a measure of the inherent flexibility of the protein, although specific interactions between the protease and the ligand play a secondary role. The results suggest that the potential energy surface of the HIV-1 protease is characterized by many local minima with small energetic differences, some of which are sampled by the different X-ray structures of the HIV-1 protease complexes. Interdomain correlated motions were calculated from the structural fluctuations and the results were also in agreement with molecular dynamics simulations and normal mode analyses. Implications of the results for the drug-resistance engendered by mutations are discussed briefly.

La mort en el món actual i el seu tracte des del treball social

Aquest treball és un aprofundiment teòric sobre la mort en la realitat actual i un anàlisi de com es tractada des del Treball Social. La mort forma part de la vida i vivim en una societat on hi ha la percepció de que es fa negació de la mateixa. A través d'aquest projecte he volgut esbrinar si aquest fet, es veu reflexat en els recursos amb els que els/les treballadors/es socials fan la seva tasca amb persones properes a la mort. La visió de la mort en l’actualitat té moltes definicions i també està lligada al fet de com s'ha viscut al llarg de la història

La renda mínima d'inserció: una eina útil d’inserció social en el món local

La crisi actual ha agreujat la situació socioeconòmica de nombroses persones i famílies , esdevenint una realitat social cada vegada més complexa . Aquest nou context, ha portat a que aquesta nova bossa de persones hagin de recórrer a demanar suport als serveis socials bàsics. Persones que fins aquest moment havien estat en una situació normalitzada i en aquests moments estan en el llindar de l’exclusió social. El treball Sorgeix de la necessitat del món local, concretament de l’Àrea Bàsica de Serveis Socials del Consell Comarcal de l’Alt Penedès, de disposar d’eines d’inserció social per a les persones perceptores de la renda mínima d’inserció de la comarca, que formen part d’aquest col·lectiu en risc d’exclusió. Planteja la importància que des del món local es creïn aliances amb entitats , associacions diverses i de diferents àmbits , per tal d’adequar les respostes i les mesures d’inserció social segons la realitat de cada persona i família a través de diferents tasques col·laboratives, dins la seva comunitat, el seu entorn més immediat. Presenta la renda mínima com una via útil i necessària per lluitar contra la pobresa i a favor de la inclusió social

Reliability of the density functional approximation to describe the charge transfer and electrostatic complexes involved in the modeling of organic conducting polymers

Both the intermolecular interaction energies and the geometries for M ̄ thiophene, M ̄ pyrrole, M n+ ̄ thiophene, and M n+ ̄ pyrrole ͑with M = Li, Na, K, Ca, and Mg; and M n+ = Li+ , Na+ , K+ , Ca2+, and Mg2+͒ have been estimated using four commonly used density functional theory ͑DFT͒ methods: B3LYP, B3PW91, PBE, and MPW1PW91. Results have been compared to those provided by HF, MP2, and MP4 conventional ab initio methods. The PBE and MPW1PW91 are the only DFT methods able to provide a reasonable description of the M ̄ complexes. Regarding M n+ ̄ ␲ complexes, the four DFT methods have been proven to be adequate in the prediction of these electrostatically stabilized systems, even though they tend to overestimate the interaction energies.

Les transformacions del món rural de les terres de Lleida. Els límits d'un creixement, segle XVIII

En aquest treball analitzem les aportacions que féu Pierre Vilar sobre les terres de Lleida i els nous resultats obtinguts posteriorment per altres historiadors. Vilar precisa les transformacions agràries del segle XVIII, entre les quals destaquen els progressos demogràfics i agraris, i les seves limitacions, així com les tensions socials que els acompanyen i els avenços en la intensificació de les relacions comercials de les terres de Lleida dins el conjunt de Catalunya. Els nous treballs, emprant sovint fonts de la zona, han permès matisar les cronologies demogràfica i agrària i comprendre el paper de fórmules contractuals precàries en uns espais, especialment al Segrià, que havien estat novament en mans senyorials des del despoblament del segle XVII, el reforçament de les banalitats i la resistència de la renda senyorial real a perdre vitalitat en el marc de l’expansió agrària del set-cents. Les dificultats de la pagesia per reproduir la unitat familiar en un espai productiu amb moltes limitacions, s’intentaven superar parcialment amb la venda al mercat de productes per a l’alimentació –fonamentalment blat. Aquestes oportunitats no van poder ser aprofitades per amplis sectors d’una pagesia endeutada i sotmesa al pagament de rendes senyorials. L’acumulació de rendes per part dels senyors i de la incipient burgesia agrària i comercial serà l’altre component del procés.

Disponibilitat per a les plantes de Mn, Cu, Zn i Cd en els sòls de diferents sistemes agrícoles a Catalunya

Es va avaluar el contingut del sòl en Mn, Cu, Zn, Ni i Cd fent una extracció amb DTPA, segons el mètode de Lindsay i Norvell (1969). Les mostres analitzades procedien de parcel·les agrícoles d'arreu de Catalunya, conservades al Banc de Mostres de Sòls del Mapa de Sòls de Catalunya del DARP. Els resultats es van agrupar per sistemes agrícoles en funció de l'origen de les mostres, ja que dins de cada un es pot assumir una reducció important en l'interval de variació de diferents factors. Es va realitzar una comparació estadística entre els valors mitjans dels diferents sistemes agrícoles, entre els valors mitjans de les dues profunditats de sòl considerades, i una interpretació agronòmica. Els resultats van indicar que els sòls procedents d'horticultura intensiva del Maresme són els que tenen continguts disponibles més elevats dels metalls considerats. D'altra banda, es fa palès que els valors estan condicionats tant pel material originari del sòl com per l'acció antròpica. Per al Cu i el Zn en les mostres de sòls del Maresme els continguts trobats estan molt per sobre dels mínims considerats com a agronòmicament satisfactoris.

El món rural i urbà en la Lleida islàmica (S. XI-XII): Lleida i l'est del districte: Castelldans i el pla del Mascançà

Lleida i el seu territori s’integraren a Alandalús des del 713-714 fins al 1149. Durant aquest període força dilatat en la història, una civilització, la islàmica, ocupà i explotà el pai-satge que avui coneixem com les comarques del pla de Lleida. Certament, la seva empremta és ben visible en forma de to-pònims, fortaleses, eixos viaris, regadius, aliments i vocables que avui encara són usats. A més, si cal destacar una carac-terística de la societat islàmica lleidatana és la seva capacitat d’adaptar-se al medi natural i transformar-lo d’acord amb les seves necessitats culturals. Aquest llibre presenta les hipòtesis i conclusions de la recerca focalitzada en l’estudi del món urbà i rural islàmic del distric-te andalusí de Lleida. Concretament, s’ha centrat l’atenció a estudiar l’àrea de Castelldans i el pla del Mascançà.

Modelització i simulació de processos dinàmics en xarxes complexes adaptatives

El 1736, Leonhard Euler va ser pioner en l'estudi de la teoria de grafs, i des de llavorsmúltiples autors com Kirchoff, Seymour, etc. continuaren amb l'estudi de la teoria i topologiade grafs. La teoria de xarxes, part de la teoria de grafs, també ha estat estudiada abastament.D'altra banda, la dinàmica de xarxes fou popularitzada per Dan Gillespie el 1977, en el qual proposà un algorisme que permet la simulació discreta i estocàstica d'un sistema de partícules, el qual és la base del treball ja que serveix per dur a terme les simulacions de processos sobre les xarxes complexes. El camp de l'anàlisi de la dinàmica de xarxes, de fet, és un campemergent en l'actualitat; comprèn tant l'anàlisi estadística com la utilització de simulacions persolucionar problemes de la mateixa dinàmica.Les xarxes complexes (xarxes de característiques complexes, sovint xarxes reals) també sónobjecte d'estudi de l'actualitat, sobretot a causa de l'aparició de les xarxes socials. S'han convertiten un paradigma per l'estudi de processos dinàmics en sistemes formats per molts componentsque interactuen entre si de manera molt homogèniaL'objectiu del treball és triple:1. Estudiar i entendre els conceptes bàsics i la topologia de les xarxes complexes, així comdiferents tipus de dinàmiques de processos sobre elles.2. Programar un simulador estocàstic en llenguatge C++ capaç de generar trajectòries mitjantçant l'algorisme de Gillespie tant pel model epidèmic com pel model de dinàmicad'enllaços amb reconnexió.3. Utilitzar el simulador tant per estudiar casos que ja han estat tractats en la literatura comcasos nous que no han estat tractats i que poden ser assimilables a xarxes reals com, perexemple, xarxes socials

Dades obertes enllaçades (Linked Open Data) en el món de l'educació : Una visió de l'estat de l'art d'aquesta tecnologia aplicada a l'ensenyament i l'aprenentatge

En el present treball hem tractat d'aportar una visió actual del món de les dades obertes enllaçades en l'àmbit de l'educació. Hem revisat tant les aplicacions que van dirigides a implementar aquestes tecnologies en els repositoris de dades existents (pàgines web, repositoris d'objectes educacionals, repositoris de cursos i programes educatius) com a ser suport de nous paradigmes dins del món de l'educació.

Complexes of Pd(II) and Pt(II) with 9-aminoacridine: reactions with DNA and study of their antiproliferative activity

Four new metal complexes {M = Pd(II) or Pt(II)} containing the ligand 9-aminoacridine (9AA) were prepared. The compounds were characterized by FT-IR and 1H, 13C, and 195Pt NMR spectroscopies. Crystal structure of the palladium complex of formulae [Pd(9AA)(μ-Cl)]2 · 2DMF was determined by X-ray diffraction. Two 9-acridine molecules in the imine form bind symmetrically to the metal ions in a bidentate fashion through the imine nitrogen atom and the C(1) atom of the aminoacridine closing a new five-membered ring. By reaction with phosphine or pyridine, the Cl bridges broke and compounds with general formulae [Pd(9AA)Cl(L)] (where L = PPh3 or py) were formed. A mononuclear complex of platinum of formulae [Pt(9AA)Cl(DMSO)] was also obtained by direct reaction of 9-aminoacridine and the complex [PtCl2(DMSO)2]. The capacity of the compounds to modify the secondary and tertiary structures of DNA was evaluated by means of circular dichroism and electrophoretic mobility. Both palladium and platinum compounds proved active in the modification of both the secondary and tertiary DNA structures. AFM images showed noticeable modifications of the morphology of the plasmid pBR322 DNA by the compounds probably due to the intercalation of the complexes between base pairs of the DNA molecule. Finally, the palladium complex was tested for antiproliferative activity against three different human tumor cell lines. The results suggest that the palladium complex of formula [Pd(9AA)(μ-Cl)]2 has significant antiproliferative activity, although it is less active than cisplatin.

Complexes of Pd(II) and Pt(II) with 9-aminoacridine: reactions with DNA and study of their antiproliferative activity

Four new metal complexes {M = Pd(II) or Pt(II)} containing the ligand 9-aminoacridine (9AA) were prepared. The compounds were characterized by FT-IR and 1H, 13C, and 195Pt NMR spectroscopies. Crystal structure of the palladium complex of formulae [Pd(9AA)(μ-Cl)]2 · 2DMF was determined by X-ray diffraction. Two 9-acridine molecules in the imine form bind symmetrically to the metal ions in a bidentate fashion through the imine nitrogen atom and the C(1) atom of the aminoacridine closing a new five-membered ring. By reaction with phosphine or pyridine, the Cl bridges broke and compounds with general formulae [Pd(9AA)Cl(L)] (where L = PPh3 or py) were formed. A mononuclear complex of platinum of formulae [Pt(9AA)Cl(DMSO)] was also obtained by direct reaction of 9-aminoacridine and the complex [PtCl2(DMSO)2]. The capacity of the compounds to modify the secondary and tertiary structures of DNA was evaluated by means of circular dichroism and electrophoretic mobility. Both palladium and platinum compounds proved active in the modification of both the secondary and tertiary DNA structures. AFM images showed noticeable modifications of the morphology of the plasmid pBR322 DNA by the compounds probably due to the intercalation of the complexes between base pairs of the DNA molecule. Finally, the palladium complex was tested for antiproliferative activity against three different human tumor cell lines. The results suggest that the palladium complex of formula [Pd(9AA)(μ-Cl)]2 has significant antiproliferative activity, although it is less active than cisplatin.

Complexes of Pd(II) and Pt(II) with 9-aminoacridine: reactions with DNA and study of their antiproliferative activity

Four new metal complexes {M = Pd(II) or Pt(II)} containing the ligand 9-aminoacridine (9AA) were prepared. The compounds were characterized by FT-IR and 1H, 13C, and 195Pt NMR spectroscopies. Crystal structure of the palladium complex of formulae [Pd(9AA)(μ-Cl)]2 · 2DMF was determined by X-ray diffraction. Two 9-acridine molecules in the imine form bind symmetrically to the metal ions in a bidentate fashion through the imine nitrogen atom and the C(1) atom of the aminoacridine closing a new five-membered ring. By reaction with phosphine or pyridine, the Cl bridges broke and compounds with general formulae [Pd(9AA)Cl(L)] (where L = PPh3 or py) were formed. A mononuclear complex of platinum of formulae [Pt(9AA)Cl(DMSO)] was also obtained by direct reaction of 9-aminoacridine and the complex [PtCl2(DMSO)2]. The capacity of the compounds to modify the secondary and tertiary structures of DNA was evaluated by means of circular dichroism and electrophoretic mobility. Both palladium and platinum compounds proved active in the modification of both the secondary and tertiary DNA structures. AFM images showed noticeable modifications of the morphology of the plasmid pBR322 DNA by the compounds probably due to the intercalation of the complexes between base pairs of the DNA molecule. Finally, the palladium complex was tested for antiproliferative activity against three different human tumor cell lines. The results suggest that the palladium complex of formula [Pd(9AA)(μ-Cl)]2 has significant antiproliferative activity, although it is less active than cisplatin.