Microsatellite analysis of pacu broodstocks used in the stocking program of Paranapanema River, Brazil

O monitoramento da diversidade genética é fundamental em um programa de repovoamento. Avaliouse a diversidade genética de pacu Piaractus mesopotamicus (Holmberg, 1887) em duas estações de piscicultura em Andirá -Paraná, Brasil, utilizadas no programa de repovoamento do Rio Paranapanema. Foram amplificados seis loci microssatélite para avaliar 60 amostras de nadadeira. O estoque de reprodutores B apresentou maior número de alelos e heterozigose (alelos: 22 e H O: 0,628) que o estoque de reprodutores A (alelos: 21 e H O: 0,600). Alelos com baixos níveis de frequência foram observados nos dois estoques. Os coeficientes positivos de endogamia no locus Pme2 (estoque A: F IS = 0,30 e estoque B: F IS = 0,20), Pme5 (estoque B: F IS = 0,15), Pme14 (estoque A: F IS = 0,07) e Pme28 (estoque A: F IS = 0,24 e estoque B: F IS = 0,20), indicaram deficiência de heterozigotos. Foi detectada a presença de um alelo nulo no lócus Pme2. As estimativas negativas nos loci Pme4 (estoque A: F IS = -0,43 e estoque B: F IS= -0,37), Pme5 (estoque A: F IS = - 0,11), Pme14 (estoque B: F IS = - 0,15) e Pme32 (estoque A: F IS = - 0,93 e estoque B: F IS = - 0,60) foram indicativas de excesso de heterozigotos. Foi evidenciado desequilíbrio de ligação e riqueza alélica baixa só no estoque A. A diversidade genética de Nei foi alta nos dois estoques. A distância (0,085) e identidade (0,918) genética mostraram similaridade entre os estoques, o qual reflete uma possível origem comum. 6,05% da variância genética total foi devida a diferenças entre os estoques. Foi observado um recente efeito gargalo nos dois estoques. Os resultados indicaram uma alta diversidade genética nos estoques de reprodutores e baixa diferenciação genética entre eles, o que foi causado pelo manejo reprodutivo das pisciculturas, redução do tamanho populacional e intercâmbio genético entre as pisciculturas.

CONTRIBUTO PARA O DISCERNIMENTO ATUAL DAS ORIGENS DA RAÇA CAPRINA SERPENTINA

Em Portugal, apesar da sua reduzida diferenciação genética, existem 6 raças de caprinos: Algarvia, Bravia, Charnequeira, Preta de Montesinho, Serpentina e Serrana. É plausível que estas raças tenham origem em animais provenientes de diversas regiões da Península Ibérica (considerando a ocorrência histórica de transumância) e do Norte de África, com possível influência de populações/raças de outras regiões (e.g. populações/raças comerciais transfronteiriças). Este trabalho teve como objetivo uma reflexão sobre dados históricos, bem como resultados de estudos de diversidade genética realizados recentemente por diversos autores (ADN mitocondrial, microssatélites e cromossoma Y), no sentido de discutir as possíveis origens da raça Serpentina. Com solar na região do Alentejo, a raça Serpentina, de aptidão mista carne/leite, tem características fenotípicas distintas das outras raças autóctones Portuguesas. De pelagem branca com listão e cabos pretos, foi conhecida no passado por Espanhola, Castelhana e Raiana, apresentando semelhanças morfológicas evidentes com a raça Blanca Celtibérica do Centro-Sul de Espanha, nomeadamente com o ecótipo onde surgem animais com pelagem idêntica, chamados “Rayados”. No seu conjunto os dados atuais refletem as introduções de animais efetuadas ao longo do tempo nos efetivos. Os estudos de diversidade genética dos caprinos Ibéricos baseados em marcadores moleculares neutros (i.e., microssatélites) ilustram a proximidade entre estas duas raças, mas não refletem a totalidade das diferenças genéticas associadas à seleção de animais com base em caracteres produtivos. Revela-se importante considerar análises genómicas de forma a incorporar informação de caracteres morfológicos como, por exemplo, a coloração da pelagem na avaliação das relações genéticas entre raças caprinas.

CONTRIBUTO PARA UM MELHOR ENTENDIMENTO DAS ORIGENS DA RAÇA CAPRINA SERPENTINA

Em Portugal, apesar da sua reduzida diferenciação genética, existem 6 raças de caprinos: Algarvia, Bravia, Charnequeira, Preta de Montesinho, Serpentina e Serrana. É plausível que estas raças tenham origem em animais provenientes de diversas regiões da Península Ibérica (considerando a ocorrência histórica de transumância) e do Norte de África, com possível influência de raças de outras regiões (e.g. raças comerciais transfronteiriças). Este trabalho teve como objectivo uma reflexão sobre dados históricos, bem como resultados de estudos de diversidade genética realizados recentemente por diversos autores (ADN mitocondrial, microssatélites e cromossoma Y), no sentido de discutir as possíveis origens da raça Serpentina. Com solar na região do Alentejo, a raça Serpentina, de aptidão mista carne/leite, tem características fenotípicas distintas das outras raças autóctones Portuguesas. De pelagem branca com listão e cabos pretos, foi conhecida no passado por Espanhola, Castelhana e Raiana, apresentando semelhanças morfológicas evidentes com a raça Blanca Celtibérica do Centro-Sul de Espanha, nomeadamente com o ecótipo onde surgem animais com pelagem idêntica, chamados “Rayados”. No seu conjunto os dados actuais refletem as introduções de animais efectuadas ao longo do tempo nos efectivos. Os estudos de diversidade genética dos caprinos Ibéricos baseados em marcadores moleculares neutros (i.e. microssatélites) ilustram a proximidade entre estas duas raças, mas não refletem a totalidade das diferenças genéticas associadas à selecção de animais com base em caracteres produtivos. Revela-se importante considerar análises genómicas de forma a incorporar informação de caracteres morfológicos como, por exemplo, a coloração da pelagem na avaliação das relações genéticas entre raças caprinas.

Caracterização genética da pimenta-do-reino e do cupuaçu através de isoenzimas.

O objetivo da pesquisa foi analisar a variação isoenzimática presente em híbridos e cultivares de pimenta-do-reino (Piper nigrum) e acessos de cupuaçu (Theobroma grandiflorum). O material utilizado foi proveniente dos bancos de germoplasma da Embrapa Amazônia Oriental. As metodologias para a extração das enzimas, formulação de tampões do gel e da cuba e para os procedimentos de coloração foram os descritos por Tsumura, 1990, modificado. Foram testados dezoito sistemas enzimáticos: FUM, ACP; PGI; SKDH; ACO; GOT; G6PD ; 6PGD; DIA; MNR; ME; MDH; GDH; PGM; TZO; ADH; LAP e SoDH. As interpretações genéticas foram feitas de acordo com o método descrito por Alfenas et al., 1991. Concluiu-se, através dos padrões eletroforéticos encontrados, que seis sistemas empregados apresentaram polimorfismo enzimático para a pimenta-do-reino e quatro para o cupuaçu. A presença de heterozigosidade nos materiais estudados significa variabilidade a ser explorada no programa de melhoramento genetic° destas espécies. A resolução obtida nestes sistemas com bandas bem nítidas indica a presença de atividade enzimática em folhas jovens de pimenta-do-reino e cupuaçu.

RAPD em pau-rosa (Aniba rosaeodora Ducke): adaptação do método para coleta de amostras in situ, ajuste das condições de PCR e apresentação de um processo para selecionar bandas reprodutíveis.

Os objetivos deste trabalho foram: (1) validar um método para a coleta de material vegetal de pau-rosa; (2) selecionar um método para a extração de DNA de folhas de pau-rosa, em quantidade e com qualidade adequadas para a obtenção de padrões RAPD e (3) desenvolver e validar um critério, baseado no grau de reprodutibilidade para selecionar bandas RAPD para as análises genéticas.

O murucizeiro [Byrsonima crassifolia (L.) H.B.K.]: avanços no conhecimento e ações de pré-melhoramento.

Propagação do murucizeiro; Recursos genéticos e pré-melhoramento do murucizeiro; Aplicações de marcadores moleculares em Byrsonima crassifolia.

Identification of sources of resistance to anthracnose stalk rot in maize.

O uso de cultivares resistentes é a principal medida para o manejo da antracnose do colmo em milho. Neste trabalho, objetivou-se identificar linhagens com níveis de resistência à antracnose do colmo, similar ao híbrido 2B710, considerado resistente. Dois experimentos foram conduzidos na Embrapa Milho e Sorgo. No primeiro experimento, foram avaliados 234 linhagens e os híbridos BRS1010 (suscetível) e 2B710 (resistente). Foi realizada inoculação artificial com um isolado de C. graminicola, na fase de pré-pendoamento e, após 30 dias, foi realizada a avaliação da severidade da antracnose no colmo. O segundo experimento foi conduzido com 48 linhagens e os híbridos inoculados com dois isolados de C. graminicola. No primeiro experimento, os genótipos formaram oito grupos com base na severidade da doença e as linhagens do último grupo foram consideradas as mais resistentes, incluindo o híbrido 2B710, em que os genótipos apresentaram valores de severidade entre 11,50 a 23%. No segundo experimento, houve interação entre os fatores linhagens e isolados e, de modo geral, as linhagens apresentaram a mesma tendência de reação obtida no primeiro experimento, no entanto, a severidade da doença foi maior para a maioria das linhagens, mesmo quando utilizado o outro isolado. Com isso, foi possível realizar a seleção de linhagens com bons níveis de resistência, as quais podem ser utilizadas em programas de melhoramento, em estudos de herança, desenvolvimento de híbridos e identificação de marcadores moleculares, associados com resistência à antracnose do colmo.

Distancias genéticas entre perfiles moleculares obtenidos desde marcadores multilocus multialélicos

Para expresar la magnitud de la identidad genética (similaridad) o su complemento (distancia) entre dos individuos caracterizados molecularmente a través de marcadores del tipo microsatélites (SSR), que son multilocusmultialélicos, es necesario elegir una métrica acorde con la naturaleza multivariada de los datos. Comúnmente, las métricas de distancias genéticas son diseñadas para expresar, en un único número, la diferencia genética entre dos poblaciones y son expresadas como función de la frecuencia alélica poblacional. Dichas métricas pueden también ser utilizadas para calcular la distancia entre perfiles individuales, pero las frecuencias alélicas no son continuas en este caso. Alternativamente, se pueden usar distancias geométricas obtenidas como el complemento del índice de similaridad para datos binarios que indican la presencia/ ausencia de cada alelo en un individuo. El objetivo de este trabajo fue evaluar simultáneamente el desempeño de ambos tipos de métricas para ordenar y clasificar individuos en una base de datos generadas a partir de loci de marcadores microsatélites SSR. Se calcularon 11 métricas de distancias a partir de 17 loci SSR obtenidos desde 17 introducciones de un banco de germoplasma de soja [Glycine max (L.) Merr.]. Se evaluó el consenso de los resultados obtenidos para la clasificación de los 17 perfiles moleculares desde varias métricas. Los resultados sugieren que los diferentes tipos de métricas producen información similar para comparar individuos. No obstante, se realizó una clasificación de las métricas que responden a diferencias entre los núcleos de las expresiones de cálculo.

Pesquisa de marcadores sorológicos e moleculares da infecção pelo Vírus da Hepatite E (HEV) em indivíduos portadores do Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV)

A infecção pelo HEV é reconhecida como um considerável problema de saúde pública em diversas regiões do mundo. Embora caracterizada como uma infecção benigna com um curso evolutivo autolimitado, recentes estudos têm mostrado sua evolução para cronicidade em indivíduos imunocomprometidos. Além disso, tem sido verificado que nesses indivíduos a infecção crônica pelo HEV pode evoluir para fibrose hepática progressiva, culminando com o desenvolvimento de cirrose. Não existem dados acerca da prevalência da infecção pelo HEV em pacientes infectados pelo HIV no Brasil, onde a circulação deste vírus tem sido demonstrada em diversos grupos de indivíduos imunocompetentes e, até mesmo, em alguns animais provenientes de diferentes regiões do país. Com base nisso, este trabalho teve como objetivo estimar a prevalência de marcadores sorológicos e moleculares da infecção pelo HEV, bem como a padronização de uma PCR em tempo real para a detecção e quantificação da carga viral do HEV na população de soropositivos da cidade de São Paulo. Foram incluídos neste estudo soro e plasma de pacientes infectados pelo HIV (n=354), que foram divididos em grupos de acordo com a presença ou ausência de coinfecção pelos vírus das hepatites B (HBV) e C (HCV). Essas amostras foram coletadas entre 2007 e 2013. Anticorpos anti-HEV IgM e IgG foram pesquisados pela técnica de ELISA (RecomWell HEV IgM/ IgG - MIKROGEN®), e, em alguns casos, confirmados por Immunoblotting (RecomLine HEV IgM/ IgG - MIKROGEN®). Todas as amostras foram submetidas à pesquisa de HEV RNA através da PCR em tempo real padronizada. Cerca de 72% dos indivíduos avaliados pertenciam ao sexo masculino. A média de idade entre a população analisada foi de 48,4 anos. Os anticorpos anti-HEV IgM e IgG foram encontrados em 1,4% e 10,7% dos indivíduos dessa população, respectivamente. Apenas dois pacientes apresentaram positividade simultânea para anti-HEV IgM e IgG. Não houve diferença estatisticamente relevante quanto à presença de marcadores sorológicos nos grupos de estudo. Além disso, foi detectado o HEV RNA em 10,7% das amostras analisadas, entre as quais, seis apresentaram simultaneamente algum marcador sorológico (5 anti-HEV IgG e 1 IgM). A presença deste marcador foi predominante no grupo de pacientes com coinfecção pelo HCV. Através deste trabalho pôde-se constatar, portanto, que o HEV é circulante entre a população de infectados pelo HIV em São Paulo, e que o seguimento desses pacientes se faz necessário dado a possibilidade de progressão para infecção crônica e cirrose

Diversidade genética estimada através de marcadores ISSR de Colletotrichum graminicola no Brasil.

A antracnose do milho causada pelo fungo Colletotrichum graminicola é uma das principais doenças da cultura no Brasil e no mundo, atacando praticamente todas as partes da planta. Neste trabalho, foi avaliada a variabilidade genética de 95 isolados monospóricos de C. graminicola provenientes dos estados de Goiás, Minas Gerais, Santa Catarina, São Paulo, Paraná e Rio Grande do Sul. Foram avaliados 15 primers ISSR, sendo selecionados nove que resultaram em um maior polimorfismo. Os fragmentos de DNA gerados pelas análises de ISSR foram avaliados mediante inspeção visual dos géis. Bandas de mesmo peso molecular, em indivíduos diferentes, foram consideradas idênticas e designadas em função da ausência (0) e presença (1) no gel. Baseado na matriz, foi gerado um dendrograma pelo método UPGMA, utilizando as 66 bandas amplificadas pelos nove primers ISSR. Ao analisar o dendrograma, foi traçada uma linha divisória no valor da distância de dissimilaridade de 0,3, dividindo os isolados em sete grupos. Baseado nos resultados, foi possível concluir que a variabilidade genética entre os isolados de C. graminicola é alta, sendo os marcadores ISSR eficazes na determinação de sua variabilidade. Os isolados utilizados no presente trabalho não apresentam estruturação geográfica.

Aspectos biológicos e moleculares de amostras uropatogênicas de Escherichia coli isoladas na Cidade do Rio de Janeiro

Amostras uropatogênicas de Escherichia coli isoladas de indivíduos moradores de localidades distintas na Cidade do Rio de Janeiro, foram caracterizadas quanto o sorotipo, propriedades hemolíticas e hemaglutinantes, susceptibilidade a antimicrobianos e perfil isoenzimático. O método molecular empregado associado com a investigação de marcadores de urovirulência, permitiu detectar uma grande diversidade entre os isolados. Entretanto, foi observada uma relação mais estreita entre amostras de Escherichia coli epidemiologicamente relacionadas.

Identificação de biomarcadores de prognóstico e marcadores preditivos de resposta à terapia no cancro do cólon e recto

Mais de 50% dos novos casos de cancro do cólon e recto (CCR) diagnosticados desenvolvem metástases, as quais apresentam uma elevada resistência às terapias convencionais, tornando o CCR uma das principais causas de morte por cancro. Por estas razões, é necessário identificar biomarcadores moleculares de prognóstico e preditivos da resposta ao tratamento. A maioria dos tumores colorectais apresentam mutações em genes que codificam para componentes da via de sinalização WNT. O presente trabalho teve como objectivo estudar o papel de mutações específicas no gene TCF7L2, um importante factor de transcrição desta via, como potenciais factores de prognóstico no cancro do cólon e recto e avaliar a presença de alterações (epi)genéticas e a sua relação com a resposta à quimioradioterapia pré-operatória no cancro do recto, de modo a identificar marcadores preditivos de resposta ao tratamento. Foi efectuada a análise de mutações em exões específicos do TCF7L2 em 68 amostras de CCR, por DGGE, Genescan e sequenciação automática. Foi realizada a análise de perda de heterozigotia por Genescan e de copy-number e metilação por MS-MLPA, para o mesmo gene, em 16 tumores do recto. Foram confirmados alguns destes resultados, ao nível do DNA e RNA, por qPCR. Foram detectadas mutações no gene TCF7L2 em 7/68 (10%) CCR, as quais foram menos frequentes em tumores sem instabilidade de microssatélites (MSS) do que em tumores instáveis (5/56, 11% vs 8/12, 67%). Na maioria dos tumores do recto resistentes à terapia foram detectados ganhos da região upstream e 5´do gene, os quais foram mais frequentes do que em tumores sensíveis (4/6 vs 1/8, p=0,063). Os tumores do recto que responderam melhor à quimioradioterapia apresentaram mais frequentemente ganhos na região 3’ do gene. Em conclusão, as mutações no gene TCF7L2 são pouco frequentes em tumores estáveis, sendo necessário mais estudos para avaliar relação com o prognóstico. As alterações de copy number poderão ser potenciais marcadores de resposta à quimioradioterapia pré-operatória no recto, no entanto os resultados ainda são preliminares, sendo necessária a análise de um maior número de casos.

Marcadores tumorales (p53 y Ki67) en la secuencia metaplasia, displasia, adenocarcinoma en el esófago de Barrett

La Enfermedad de Reflujo Gastroesofágico (ERGE) constituye en gastroenterología, junto con el síndrome de intestino irritable y la dispepsia, la patología de más alta prevalencia. El reflujo gastroesofágico (RGE) crónico y severo puede conducir a lesiones de la mucosa del esófago distal, objetivables endoscópicamente, como Erosiones, Estenosis, Ulceras y Metaplasia Columnar. La Metaplasia Columnar (reemplazo del epitelio esofágico por epitelio columnar) puede ser del tipo Cardial (transicional), Gástrico Fúndico o Intestinal. La Metaplasia Intestinal (MI) se denomina Esófago de Barrett, y es una condición precancerosa con alta prevalencia (del 5 al 20%). En nuestra casuística de los últimos años gira siempre alrededor del 20%. La historia natural de la Enfermedad por Reflujo Gastroesofágico es la siguiente: RGE – metaplasia cardial del epitelio esofágico – carditis por reflujo - metaplasia intestinal – displasia – adenocarcinoma. ¿Cómo se podría modificar esta historia natural?. A través de la prevención, la detección precoz y el desarrollo de terapéuticas efectivas. La lesión histológica que aparece precediendo, y/o acompañando al adenocarcinoma (ACa) , es la displasia (D), definida como una alteración citoarquitectural de los tejidos y de las células, muchas veces imprecisa y subjetiva, y que puede ser de bajo (DBG) y de alto grado (DAG). Como acercamiento al diagnóstico temprano del ACa, además de la búsqueda de displasia, es posible detectar alteraciones moleculares o genéticas en los tejidos, mediante técnicas inmunohistoquímicas, utilizando ciertos tipos de Marcadores Tumorales (MT). El objetivo principal de este trabajo es la detección precoz (diagnóstico temprano del cáncer) en el esófago de Barrett en nuestro medio, mediante la utilización de los mencionados MT.

Freqüência de híbridos em cruzamento entre tangerina 'cravo' e laranja 'pêra': análise de marcadores morfológicos e RAPD

Os objetivos deste trabalho foram avaliar a freqüência de híbridos de cruzamento entre tangerina 'Cravo' (Citrus reticulata Blanco) e laranja 'Pêra' (Citrus sinensis (L.) Osbeck), o uso de marcadores morfológicos e moleculares (RAPD) na identificação precoce de plantas zigóticas, e a variabilidade dos híbridos. A porcentagem de híbridos foi maior na população germinada em placas de Petri (19,4%). Verificou-se que quanto maior a competição entre os "seedlings" por espaço e nutrientes, menor a freqüência de plantas híbridas. A identificação dos híbridos não foi possível apenas com o uso de marcadores morfológicos. A análise morfológica dos híbridos revelou elevada variabilidade.

Características morfológicas e moleculares e acúmulo de proteína em grãos de variedades de arroz do Maranhão

O grão de arroz apresenta baixos teores de proteína, mas contém glutelina, uma proteína de melhor qualidade para a alimentação humana do que a de outros cereais. O objetivo deste trabalho foi caracterizar, por meio de descritores morfológicos e moleculares (RAPD), algumas variedades tradicionais de arroz do Estado do Maranhão que apresentam altos teores de proteínas nos grãos (mais de 10%) e são tolerantes ao estresse nutricional e ao Al tóxico. As 33 variedades estudadas foram separadas em cinco grupos baseados nas características morfológicas e quatro grupos utilizando marcadores RAPD, que não coincidiram entre si. Teores elevados de proteína no grão estavam presentes aleatoriamente em todos os grupos. No entanto, verificou-se maior acúmulo de proteína em plantas cujas sementes tinham uma menor relação comprimento/largura de grão.