Simulação e modelagem computacional de dados de espalhamento à baixos ângulos - enfoque em estruturas de alta simetria

Esta tese apresenta uma abordagem para a criação rápida de modelos em diferentes geometrias (complexas ou de alta simetria) com objetivo de calcular a correspondente intensidade espalhada, podendo esta ser utilizada na descrição de experimentos de es- palhamento à baixos ângulos. A modelagem pode ser realizada com mais de 100 geome- trias catalogadas em um Banco de Dados, além da possibilidade de construir estruturas a partir de posições aleatórias distribuídas na superfície de uma esfera. Em todos os casos os modelos são gerados por meio do método de elementos finitos compondo uma única geometria, ou ainda, compondo diferentes geometrias, combinadas entre si a partir de um número baixo de parâmetros. Para realizar essa tarefa foi desenvolvido um programa em Fortran, chamado de Polygen, que permite modelar geometrias convexas em diferentes formas, como sólidos, cascas, ou ainda com esferas ou estruturas do tipo DNA nas arestas, além de usar esses modelos para simular a curva de intensidade espalhada para sistemas orientados e aleatoriamente orientados. A curva de intensidade de espalhamento é calculada por meio da equação de Debye e os parâmetros que compõe cada um dos modelos, podem ser otimizados pelo ajuste contra dados experimentais, por meio de métodos de minimização baseados em simulated annealing, Levenberg-Marquardt e algorítmicos genéticos. A minimização permite ajustar os parâmetros do modelo (ou composição de modelos) como tamanho, densidade eletrônica, raio das subunidades, entre outros, contribuindo para fornecer uma nova ferramenta para modelagem e análise de dados de espalhamento. Em outra etapa desta tese, é apresentado o design de modelos atomísticos e a sua respectiva simulação por Dinâmica Molecular. A geometria de dois sistemas auto-organizado de DNA na forma de octaedro truncado, um com linkers de 7 Adeninas e outro com linkers de ATATATA, foram escolhidas para realizar a modelagem atomística e a simulação por Dinâmica Molecular. Para este sistema são apresentados os resultados de Root Mean Square Deviations (RMSD), Root Mean Square Fluctuations (RMSF), raio de giro, torção das hélices duplas de DNA além da avaliação das ligações de Hidrogênio, todos obtidos por meio da análise de uma trajetória de 50 ns.

Gene cloning, molecular modeling, and phylogenetics of serine protease P32 and serine carboxypeptidase SCP1 from nematophagous fungi Pochonia rubescens and Pochonia chlamydosporia

The fungi Pochonia chlamydosporia and Pochonia rubescens are parasites of nematode eggs and thus are biocontrol agents of nematodes. Proteolytic enzymes such as the S8 proteases VCP1 and P32, secreted during the pathogenesis of nematode eggs, are major virulence factors in these fungi. Recently, expression of these enzymes and of SCP1, a new putative S10 carboxypeptidase, was detected during endophytic colonization of barley roots by these fungi. In our study, we cloned the genomic and mRNA sequences encoding P32 from P. rubescens and SCP1 from P. chlamydosporia. P32 showed a high homology with the serine proteases Pr1A from the entomopathogenic fungus Metarhizium anisopliae and VCP1 from P. chlamydosporia (86% and 76% identity, respectively). However, the catalytic pocket of P32 showed differences in the amino acids of the substrate-recognition sites compared with the catalytic pockets of Pr1A and VCP1 proteases. Phylogenetic analysis of P32 suggests a common ancestor with protease Pr1A. SCP1 displays the characteristic features of a member of the S10 family of serine proteases. Phylogenetic comparisons show that SCP1 and other carboxypeptidases from filamentous fungi have an origin different from that of yeast vacuolar serine carboxypeptidases. Understanding protease genes from nematophagous fungi is crucial for enhancing the biocontrol potential of these organisms.

Using multilevel modeling and mixed methods to make theoretical progress in microfoundations for strategy research

The microfoundations research agenda presents an expanded theoretical perspective because it considers individuals, their characteristics, and their interactions as relevant variables to help us understand firm-level strategic issues. However, microfoundations empirical research faces unique challenges because processes take place at different levels of analysis and these multilevel processes must be considered simultaneously. We describe multilevel modeling and mixed methods as methodological approaches whose use will allow for theoretical advancements. We describe key issues regarding the use of these two types of methods and, more importantly, discuss pressing substantive questions and topics that can be addressed with each of these methodological approaches with the goal of making theoretical advancements regarding the microfoundations research agenda and strategic management studies in general.

La Région Méditerranéenne en 2020 et son Rôle dans le Réseau Energétique Européen, Vol. II: La production et les eschanges de petrole, de gaz naturel et d'electricite: Situation actuelle et perspectives dans les PSEM et les pays du golfe. May 1994 = The Mediterranean region in 2020 and its Role in European Energy Network, Vol. II: Production and eschanges of oil, natural gas and electricity: Current situation and prospects in MENA countries and the countries of the Gulf. May 1994

None.

Logical Modeling and Dynamical Analysis of Cellular Networks

The logical (or logic) formalism is increasingly used to model regulatory and signaling networks. Complementing these applications, several groups contributed various methods and tools to support the definition and analysis of logical models. After an introduction to the logical modeling framework and to several of its variants, we review here a number of recent methodological advances to ease the analysis of large and intricate networks. In particular, we survey approaches to determine model attractors and their reachability properties, to assess the dynamical impact of variations of external signals, and to consistently reduce large models. To illustrate these developments, we further consider several published logical models for two important biological processes, namely the differentiation of T helper cells and the control of mammalian cell cycle.

Modeling and validation of the thermal behavior of buildings for the development of demand response methods

The representation of the thermal behaviour of the building is achieved through a relatively simple dynamic model that takes into account the effects due to the thermal mass of the building components. The model of a intra-floor apartment has been built in the Matlab-Simulink environment and considers the heat transmission through the external envelope, wall and windows, the internal thermal masses, (i.e. furniture, internal wall and floor slabs) and the sun gain due to opaque and see-through surfaces of the external envelope. The simulations results for the entire year have been compared and the model validated, with the one obtained with the dynamic building simulation software Energyplus.

La digitalizzazione del processo costruttivo: la strategia Building Information Modeling and Management (BIMM) applicata ad un caso di studio di edilizia scolastica.

L’obiettivo della tesi è quello di fare una panoramica sulla strategia BIM e quindi sulla digitalizzazione del processo costruttivo. Grazie alla analisi di un caso di studio, altro obiettivo è quello di analizzare e valutare la metodologia BIM 4D/5D, ossia la gestione dei tempi e dei costi di realizzazione dell’opera. Nella prima fase si affronta il tema del BIM, con una analisi sull’evoluzione degli strumenti di elaborazione e rappresentazione digitale del progetto architettonico, su come questi strumenti si differenzino sia dal punto di vista operativo che concettuale rivoluzionando il flusso di lavoro odierno. Quindi, partendo da un’analisi che e ritrae l’estrema frammentazione del settore delle costruzioni, si va ad analizzare come il BIM aumenti e favorisca la collaborazione delle parti interessate, armonizzando l’intero processo costruttivo dell’opera. Si prosegue con l'esame della diffusione e del livello di maturità degli strumenti BIM, di come i privati e le amministrazioni pubbliche, a livello mondiale, stiano spingendo per favorire l’adozione della metodologia BIM. Inoltre si analizzano le dinamiche dell’interoperabilità, delle metodologie e protocolli di interscambio dati, che sono un elemento chiave per il successo del BIM per via dei numerosi strumenti, specializzati nelle varie discipline del settore edile. Nella terza parte, dedicata al Project Management di un caso di studio, si verifica la bontà delle metodologie teorizzate attraverso la realizzazione di un modello virtuale in Revit. Dal modello realizzato dal laureando sono estrapolate le informazioni necessarie alla gestione, e tramite il software STRVison CPM, si elaborano i principali documenti per la progettazione e gestione del cantiere: il CM, il CME, i tempi operativi, il cronoprogramma Gantt. Obbiettivo è constatare l’effettivo livello di maturità della strategia BIM 4D e 5D e la reale possibilità di un impiego capillare nel panorama italiano del settore delle costruzioni.

Modeling and analysis of a zipping elastomeric actuator

This thesis introduces and analyzes a dielectric elastomer actuator (DEA) working in zipping mode. Electrostatic zipping is a very familiar actuation principle used in silicon micro-electro-mechanical systems. With lower voltage supply, electrostatic zipping can provide great performance for forces and displacements of an elastic membrane. Applying this principle to dielectric elastomers, the softness of the material will provide better compliance compared to silicon materials. After the presentation of an analytical model, this thesis investigates how system geometry and elastomer pre-tensioning affect system response. Results highlight how a proper selection of system parameters makes it possible to improve system regulation and reduce operating voltage requirements. Potential applications of zipping DEAs are for microfluidic control and electro-forming.

Empirical crash injury modeling and vehicle-size mix. Technical report.

Mode of access: Internet.

Oil, its conservation and waste,

Mode of access: Internet.

Experimental investigation of truck tire inflation pressure on pavement-tire contact area and pressure distribution. Interim report.

Texas State Department of Highways and Public Transportation, Transportation Planning Division, Austin

Modeling and participation: elements in education to reduce alcohol impaired driving. Final report.

National Highway Traffic Safety Administration, Washington, D.C.

Proved discoveries and productive capacity of crude oil, natural gas, and natural gas liquids in the United States; a report.

Mode of access: Internet.