Designing a Dependency Representation and Grammar Definition Corpus for Finnish

We outline the design and creation of a syntactically and morphologically annotated corpora of Finnish for use by the research community. We motivate a definitional, systematic “grammar definition corpus” as a first step in an three-year annotation effort to help create higher-quality, better-documented extensive parsebanks at a later stage. The syntactic representation, consisting of a dependency structure and a basic set of dependency functions, is outlined with examples. Reference is made to double-blind annotation experiments to measure the applicability of the newgrammar definition corpus methodology.

The effect of progesterone replacement on gene expression in the corpus luteum during induced regression and late luteal phase in the bonnet monkey (Macaca radiata)

Background: In higher primates, although LH/CG play a critical role in the control of corpus luteum (CL) function, the direct effects of progesterone (P4) in the maintenance of CL structure and function are unclear. Several experiments were conducted in the bonnet monkey to examine direct effects of P4 on gene expression changes in the CL, during induced luteolysis and the late luteal phase of natural cycles. Methods: To identify differentially expressed genes encoding PR, PR binding factors, cofactors and PR downstream signaling target genes, the genome-wide analysis data generated in CL of monkeys after LH/P-4 depletion and LH replacement were mined and validated by real-time RT-PCR analysis. Initially, expression of these P4 related genes were determined in CL during different stages of luteal phase. The recently reported model system of induced luteolysis, yet capable of responsive to tropic support, afforded an ideal situation to examine direct effects of P4 on structure and function of CL. For this purpose, P4 was infused via ALZET pumps into monkeys 24 h after LH/P4 depletion to maintain mid luteal phase circulating P4 concentration (P4 replacement). In another experiment, exogenous P4 was supplemented during late luteal phase to mimic early pregnancy. Results: Based on the published microarray data, 45 genes were identified to be commonly regulated by LH and P4. From these 19 genes belonging to PR signaling were selected to determine their expression in LH/P-4 depletion and P4 replacement experiments. These 19 genes when analyzed revealed 8 genes to be directly responsive to P4, whereas the other genes to be regulated by both LH and P4. Progesterone supplementation for 24 h during the late luteal phase also showed changes in expression of 17 out of 19 genes examined. Conclusion: These results taken together suggest that P4 regulates, directly or indirectly, expression of a number of genes involved in the CL structure and function.

Luteinizing hormone regulates inhibin-alpha subunit expression through multiple signaling pathways involving steroidogenic factor-1 and beta-catenin in the macaque corpus luteum

We employed different experimental model systems to define the role of GATA4, beta-catenin, and steroidogenic factor (SF-1) transcriptional factors in the regulation of monkey luteal inhibin secretion. Reverse transcription polymerase chain reactions and western blotting analyses show high expression of inhibin-alpha, GATA4, and beta-catenin in corpus luteum (CL) of the mid-luteal phase. Gonadotropin-releasing hormone receptor antagonist-induced luteolysis model suggested the significance of luteinizing hormone (LH) in regulating these transcriptional factors. Inducible cyclic AMP early repressor mRNA expression was detected in the CL and no change was observed in different stages of CL. Following amino acid sequence analysis, interaction between SF-1 and beta-catenin in mid-stage CL was verified by reciprocal co-immunoprecipitation experiments coupled to immunoblot analysis. Electrophoretic mobility shift analysis support the role of SF-1 in regulating luteal inhibin-alpha expression. Our results suggest a possible multiple crosstalk of Wnt, cAMP, and SF-1 in the regulation of luteal inhibin secretion.

Involvement of Src family of kinases and cAMP phosphodiesterase in the luteinizing hormone/chorionic gonadotropin receptor-mediated signaling in the corpus luteum of monkey

Background: In higher primates, during non-pregnant cycles, it is indisputable that circulating LH is essential for maintenance of corpus luteum (CL) function. On the other hand, during pregnancy, CL function gets rescued by the LH analogue, chorionic gonadotropin (CG). The molecular mechanisms involved in the control of luteal function during spontaneous luteolysis and rescue processes are not completely understood. Emerging evidence suggests that LH/CGR activation triggers proliferation and transformation of target cells by various signaling molecules as evident from studies demonstrating participation of Src family of tyrosine kinases (SFKs) and MAP kinases in hCG-mediated actions in Leydig cells. Since circulating LH concentration does not vary during luteal regression, it was hypothesized that decreased responsiveness of luteal cells to LH might occur due to changes in LH/CGR expression dynamics, modulation of SFKs or interference with steroid biosynthesis. Methods: Since, maintenance of structure and function of CL is dependent on the presence of functional LH/CGR its expression dynamics as well as mRNA and protein expressions of SFKs were determined throughout the luteal phase. Employing well characterized luteolysis and CL rescue animal models, activities of SFKs, cAMP phosphodiesterase (cAMP-PDE) and expression of SR-B1 (a membrane receptor associated with trafficking of cholesterol ester) were examined. Also, studies were carried out to investigate the mechanisms responsible for decline in progesterone biosynthesis in CL during the latter part of the non-pregnant cycle. Results and discussion: The decreased responsiveness of CL to LH during late luteal phase could not be accounted for by changes in LH/CGR mRNA levels, its transcript variants or protein. Results obtained employing model systems depicting different functional states of CL revealed increased activity of SFKs pSrc (Y-416)] and PDE as well as decreased expression of SR-B1correlating with initiation of spontaneous luteolysis. However, CG, by virtue of its heroic efforts, perhaps by inhibition of SFKs and PDE activation, prevents CL from undergoing regression during pregnancy. Conclusions: The results indicated participation of activated Src and increased activity of cAMP-PDE in the control of luteal function in vivo. That the exogenous hCG treatment caused decreased activation of Src and cAMP-PDE activity with increased circulating progesterone might explain the transient CL rescue that occurs during early pregnancy.

Single nucleotide polymorphisms in genes that are common targets of luteotropin and luteolysin in primate corpus luteum: Computational exploration

Luteal insufficiency affects fertility and hence study of mechanisms that regulate corpus luteum (CL) function is of prime importance to overcome infertility problems. Exploration of human genome sequence has helped to study the frequency of single nucleotide polymorphisms (SNPs). Clinical benefits of screening SNPs in infertility are being recognized well in recent times. Examining SNPs in genes associated with maintenance and regression of CL may help to understand unexplained luteal insufficiency and related infertility. Publicly available microarray gene expression databases reveal the global gene expression patterns in primate CL during the different functional state. We intend to explore computationally the deleterious SNPs of human genes reported to be common targets of luteolysin and luteotropin in primate CL Different computational algorithms were used to dissect out the functional significance of SNPs in the luteinizing hormone sensitive genes. The results raise the possibility that screening for SNPs might be integrated to evaluate luteal insufficiency associated with human female infertility for future studies. (C) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved,

Studies on reactivation of regressing bonnet monkey corpus luteum on day 1 of menses: A pilot study

Studies on functional characteristics of the regressing primate corpus luteum (CL) to luteotrophic stimulus on day 1 of the non-fertile menstrual cycle are scarce. Recombinant human luteinizing hormone (rhLH) (20 IU/Kg BW; n = 10) or human chorionic gonadotropin (hCG) (180 IU; n = 6) were administered intravenously to female bonnet monkeys on day 1 of menses. Exogenous treatment of rhLH or hCG caused a significant increase in circulating progesterone (P4) levels 2-4 hours post treatment (P < 0.05). Lutectomy prior to onset of menses confirmed that CL is the site of the increased P4 concentrations. Increased levels of phosphorylated P44/42 MAPK, MKK3/6 activation and concomitant histological changes were observed within 4 hours in CL of monkeys receiving hCG treatment. The results from this study demonstrate the acute progesterone synthesizing capacity of regressing monkey CL after LH or hCG challenge. This has potential implications for interpreting the steroidogenic response after gonadotropin stimulation tests in the early follicular phase of the normal ovulatory and anovulatory women undergoing controlled ovarian stimulation protocols as part of assisted reproductive technology (ART) and in women with polycystic ovarian syndrome.

Computational interrogation of cis-regulatory elements of genes that are common targets of luteotropin and luteolysin in the primate corpus luteum

The rapid recent increase in microarray-based gene expression studies in the corpus luteum (CL) utilizing macaque models gathered increasing volume of data in publically accessible microarray expression databases. Examining gene pathways in different functional states of CL may help to understand the factors that control luteal function and hence human fertility. Co-regulation of genes in microarray experiments may imply common transcriptional regulation by sequence-specific DNA-binding transcriptional factors. We have computationally analyzed the transcription factor binding sites (TFBS) in a previously reported macaque luteal microarray gene set (n = 15) that are common targets of luteotropin (luteinizing hormone (LH) and human chorionic gonadotropin (hCG)) and luteolysin (prostaglandin (PG) F-2 alpha). This in silico approach can reveal transcriptional networks that control these important genes which are representative of the interplay between luteotropic and luteolytic factors in the control of luteal function. Our computational analyses revealed 6 matrix families whose binding sites are significantly over-represented in promoters of these genes. The roles of these factors are discussed, which might help to understand the transcriptional regulatory network in the control of luteal function. These factors might be promising experimental targets for investigation of human luteal insufficiency. (C) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.

Analysis of 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase expression in the corpus luteum of the buffalo cow: effect of prostaglandin F2-alpha treatment on circulating 20alpha-hydroxyprogesterone levels

Background: During female reproductive cycles, a rapid fall in circulating progesterone (P4) levels is one of the earliest events that occur during induced luteolysis in mammals. In rodents, it is well recognized that during luteolysis, P4 is catabolized to its inactive metabolite, 20alpha-hydroxyprogesterone (20alpha-OHP) by the action of 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase (20alpha-HSD) enzyme and involves transcription factor, Nur77. Studies have been carried out to examine expression of 20alpha-HSD and its activity in the corpus luteum (CL) of buffalo cow. Methods: The expression of 20alpha-HSD across different bovine tissues along with CL was examined by qPCR analysis. Circulating P4 levels were monitored before and during PGF2alpha treatment. Expression of 20alpha-HSD and Nur77 mRNA was determined in CL at different time points post PGF2alpha treatment in buffalo cows. The chromatographic separation of P4 and its metabolite, 20alpha-OHP, in rat and buffalo cow serum samples were performed on reverse phase HPLC system. To further support the findings, 20alpha-HSD enzyme activity was quantitated in cytosolic fraction of CL of both rat and buffalo cow. Results: Circulating P4 concentration declined rapidly in response to PGF2alpha treatment. HPLC analysis of serum samples did not reveal changes in circulating 20alpha-OHP levels in buffalo cows but serum from pseudo pregnant rats receiving PGF2alpha treatment showed an increased 20alpha-OHP level at 24 h post treatment with accompanying decrease in P4 concentration. qPCR expression of 20alpha-HSD in CL from control and PGF2alpha-treated buffalo cows showed higher expression at 3 and 18 h post treatment, but its specific activity was not altered at different time points post PGF2alpha treatment. The Nur77 expression increased several fold 3 h post PGF2alpha treatment similar to the increased expression observed in the PGF2alpha-treated pseudo pregnant rats which perhaps suggest initiation of activation of apoptotic pathways in response to PGF2alpha treatment. Conclusions: The results taken together suggest that synthesis of P4 appears to be primarily affected by PGF2alpha treatment in buffalo cows in contrast to increased metabolism of P4 in rodents.

Estudio florístico del estado actual del bosque ripario en la microcuenca el Coyote, Condega, Estelí

La presente investigación fue realizada en la micro cuenca el Coyote ubicada en el municipio de Condega Departamento de Estelí, como parte del convenio de la Universidad Nacional Agraria con el proyecto CARE/MARENA/P IMCHAS, con el fin de mejorar las condiciones ambientales de la micro cuenca. La intención de la investigación fue evaluar la composición florística del bosque ripario de la parte alta, media y baja de la micro cuenca donde se desarrolló en tres etapas: re conocimiento del área, realización del inventario forestal y diagnóstico de la vegetación arbórea. La metodología que se utilizó en dicho estudio fue la aplicación de un inventario forestal con un área muestreada de 0.24 ha (inventario sis temá tico con par celas de 0.01 ha cada una, con un a intensidad de muestreo 0.08 %. La composición florística existente en el bosque la conforman un total de 66 individuos mayores a los 10cm de DAP equivalentes a 31 especies arbóreas, y 18 familias botánicas, sobresaliendo la Fabaceae (5), Mimosaceae (5) y Anacardiaceae (3 especies). En las clases diamétricas la mayoría de los individuos se encuentran en la categoría diamétrica de 10 - 19.9 (clases 1) siendo la parte alta el sitio que más árboles posee con (66.66 arb ha - 1 ) y la parte media con 20.83 arb ha - 1 la parte alta con el m enor número de árboles 8.33 arb ha - 1 en la categoría de 20 - 39.9 (clase 2 y 3), donde el mayor número de individuos se encuentran en la parte baja de la microcuenca con 66.66 arb ha - 1 y la parte me dia con 20.83 arb ha - 1 , la parte alta con el men or número de árboles 8.33 arb ha - 1 . Las categorías silviculturales el mayor porcentaje de árboles presentan fuste recto sin daño evidente (categoría 1), distribuidos de la siguiente manera 13.64 % en la parte alta, 10.61 % en la parte media y 16.67 % en la parte baja. En la categoría de iluminación vertical plena el may or porcentaje de árboles se encuentra en la (categoría 2), distribuidos para la parte alta y la parte media el 4.55% y la parte baja con el 13.64% . Encontramos en la parte baja el 18.18% de árboles sin lianas (categorí a 1), observándose para la parte media el 10.61% y la parte alta el 15.15%, en esta misma categoría. En cuanto a la vigorosidad de los árboles en el bosque ripario la parte baja de la microcuenca tiene el mayor porcentaje con 17.67%, con buen follaje y buena vitalidad aparente, sin daño que afecte su crecimiento (categoría 1), seguida de la parte alta con 13.64% y la parte media con 12.12%. La regeneración natural e n (área muestr eada 0.024 ), consiguiente fue de 541.7 plantas ha - 1 , representada por 10 familias botánicas (Euphorbiaceae, Sterculiaceae, Anacardiaceae, Rutaceae, Mimosaceae, Fagaceae, Myrtaceae, Arecaceae, Verbenaceae y Bignonaceae).

Estudio de la eficiencia de utilización del fertilizante nitrogenado en los pastos bajo las condiciones de la III región (Managua)

Se realizó un estudio a partir de la recopilación de diferentes trabajos experimentales y en condiciones de producción realizados bajo las características de la Calera, Chiltepe y ANILIB, en el tema de fertilización nitrogenada en los pastos: estrella (Cynodon nlemfluensis), bermuda coastal (Cynodon dactylon vs coastal) y sorgo forrajero (Sorghum vulgare). Donde se compararon dosis de O, 40, 80, 90, 100, 200, 400, 600, 800 Kg N/ha/año respectivamente. Para analizar la eficiencia técnica del fertilizante se estimaron regresiones entre el rendimiento y el nivel de nitrógeno, y al calcular la respuesta igualmente se estimó la regresión entre la eficiencia de conversión (Kg MS/Kg N aplicado) y el nivel de nitrógeno, encontrándose buenos ajustes con las funciones cuadráticas (r= 0.9, 0.5) para rendimiento y respuesta respectivamente. Obteniéndose la máxima de conversión con dosis de 200 - 300 Kg N/ha/año. Además la amplia serie de niveles de N permitió conocer el potencial de respuesta de diferentes pastos durante la estación lluviosa y seca, siendo en esta última donde se produjo los más bajos valores de rendimiento. Se encontraron el mayor efecto del nivel de fertilización que de la edad. Así como la diferencia entre las especies estudiadas, resultando superior el pasto estrella en un 69% que el sorgo. Por otra parte la fuente nitrógeno aplicado fue superior al utilizar sulfato de amonio con dosis elevada y el nitrato de amonio con aplicaciones bajas de nitrógeno.

Estudio preliminar del comportamiento productivo y reproductivo de un hato criollo reyna bajo condiciones de confinamiento en Masatepe, Nicaragua

El presente trabajo se realizó con el objetivo de estudiar el comportamiento productivo y reproductivo de un hato criollo lechero Reyna, bajo condiciones de explotación en confinamiento, en la finca San José ubicada en Masatepe, Masaya, Nicaragua. Se analizaron 148 registros productivos y reproductivos correspondientes al período 1982 a 1989. Las características estudiadas fueron producción de leche total por lactancia (PLTOT), producción de leche ajustada a 305 días (PL305), duración de la lactancia (DL), intervalo entre partos (IEP) y edad al primer parto (EPP), además se evaluó el comportamiento de la curva de lactancia y se estimaron los parámetros que la caracterizan (a) parámetro que regula la producción inicial, (b) parámetro que regula el ascenso al pico y (c) parámetro que regula la declinación post pico, a partir de pico (RP), análisis se éstos se calcularon las variables rendimiento al tiempo al pico (TP) y la persistencia (S). En los utilizaron los métodos 1) Mínimos cuadrados (Harvey, 1987), 2) Iterativo de estimación no lineal (Mardquardt, 1968), 3) Modelo y ecuaciones propuestas por Wood, (1967) a través de procedimientos computarizados (Harvey, 1987 y SAS, 1987). Mediante análisis de varianza se estudió el efecto de los factores ambientales año de parto, época, número de partos y las interacciones año de parto por época y época por número de partos sobre PLT, PL305, DL, e IEP. Las medias de mínimos cuadrados obtenidas en este estudio fueron 1,577.65 ± 92.06 Kg, 1,560.64 ± 89.65 Kg, 264.23 ± 9.5 días, 425.96 ± 11.4 días y 1,401.08 ± 120 días para PLTOT, PL305, DL, IEP y EPP respectivamente. Los valores de a, b, c, RP, TP, y S fueron 4.19006 ± 0.5381, 0.221751 ± 0.0402, 0.005152 ± 0.00051, 7,73 Kg, 43.3 días y 6.43 % respectivamente. En el ANDEVA se encontró un efecto altamente significativo (P<0.01) del año de parto sobre las características estudiadas, resultando NS las otras fuentes de variación. Los valores y efectos antes señalados hacen notar que el criollo lechero no responde muy satisfactoriamente a condiciones de confinamiento, aunque es observable su ventaja productiva, respecto al promedio del hato nacional. Al caracterizar la curva de lactancia estimada para el hato y por número de partos ésta presentó valores sobre estimados de producción, respecto a la producción real, sin embargo no presentó atipicidad en su forma.

Estudio de pre-factibilidad de una propuesta de desarrollo ganadero para la finca "El Garabato" en Tola, Rivas

En el presente trabajo se evaluó EX-ante la factibilidad técnica y financiera de una propuesta de desarrollo ganadero para la finca "El Garabato" planteada por los socios de la Cooperativa Ezequiel N24 en el Municipio de Tola, Departamento de Rivas. Para ello se realizó un diagnóstico general de la finca, donde se determinó los recursos disponibles y las características propias del sistema productivo, basados en esto se estimaron los diferentes coeficientes técnicos así como las posibles fuentes de ingresos y egresos, permitiendo realizar las proyecciones del hato así como las proyecciones financieras, Dentro de los aspectos técnicos se determinó la composición de las pasturas donde el 69% de los pastos son naturalizados, el 23% son pastos mejorados y el 8% está conformado por pastos naturales. Los canales de comercialización en la zona del proyecto para la leche están representados por los manteros, el Proyecto Juan Agustín Guillén de la Tienda Campesina y el Centro de Acopio de La Selecta. En el caso de la carne por los intermediarios (matarifes) y productores dedicados a la crianza y engorde de novillos. Al considerar las inversiones en pastura que conlleva la propuesta, la distribución de pastos varia, ocupando los pastos mejorados el 41%, el 3% por pastos naturales y el 56% corresponden a pastos naturalizados. A la par de esto el área ganadera se incrementa en 64 mz. como consecuencia de la reducción del área agricola por la misma cantidad de mz. Las disponibilidades de pastos se ven mejoradas por las inversiones, disminuyendo el déficit de alimento a partir del segundo año. El uso de la Caña de Azúcar más urea, durante el verano permitirá mejorar la oferta de alimento para esta época, resultando menores pérdidas en la producción. Como efecto de la propuesta se producirá un incremento promedio anual de 7.18% del hato total, este incremento se da esperando que los índices de mortalidad de adultos y terneros disminuyan de un 4 al. 2% y de 14 al 7% respectivamente y que la tasa de descarte de vacas se mantenga en 12%1 considerando que la finca mantenga un 67% en tasa de natalidad. Al estructurar los gastos se encontró que en el año base los gastos de mano de obra representan el 71%, la suplementación el 8%, los gastos en manejo fueron de 8%, impuestos 7%, mantenimiento de equipo e infraestructura de 4% y gastos varios de 1%, con el proyecto esta estructura de gastos se ve un poco alterada al disminuir los gastos por mano de obra a un 63% e incrementarse los gastos por suplementacion y gastos varios a 12% y 6% respectivamente, el resto de los gastos presentan leves modificaciones. En los ingresos del año base la producción de leche representa el 46%, la producción de carne el 53% y el 1% corresponde a otros ingresos. Con el proyecto el aporte en los ingresos por producción de leche asciende a 62% y en producción de carne es de 34%, en otros ingresos representa el 4% al finalizar el sexto año. De las inversiones que se realizaran el 60% ésta destinado para pastos y el 40% corresponde a inversiones en infraestructura. El monto total de la inversión asciende a C$96,905.70 de los cuales el 71% será solicitado en préstamo y el restante 29% será asumido por la Cooperativa. Del análisis financiero resultó que la propuesta de los socios con uso de financiamiento para las inversiones a una tasa de interés del 12.5% presenta un VAN de C$41996.65 y una TIR de 15.16%. En cambió la realización de la propuesta con recursos propios presentó resultados superiores al anterior siendo el VAN de C$18,506.01 y una TIR de 18.01%•. Considerando estos resultados la propuesta es rentable, pero debido al déficit de efectivo que se presenta en los primeros años podría alterar la realización de las inversiones, ésta situación puede compensarse haciendo uso de otros recursos de la Cooperativa.