Automatic segmentation of abdominal aortic aneurysm from medical images based on active shape models and texture models

A semi-automatic segmentation algorithm for abdominal aortic aneurysms (AAA), and based on Active Shape Models (ASM) and texture models, is presented in this work. The texture information is provided by a set of four 3D magnetic resonance (MR) images, composed of axial slices of the abdomen, where lumen, wall and intraluminal thrombus (ILT) are visible. Due to the reduced number of images in the MRI training set, an ASM and a custom texture model based on border intensity statistics are constructed. For the same reason the shape is characterized from 35-computed tomography angiography (CTA) images set so the shape variations are better represented. For the evaluation, leave-one-out experiments have been held over the four MRI set.

Development of FEM/BEM and SEA models from experimental results for structural elements with attached equipment

This work focuses on the analysis of a structural element of MetOP-A satellite. Given the special interest in the influence of equipment installed on structural elements, the paper studies one of the lateral faces on which the Advanced SCATterometer (ASCAT) is installed. The work is oriented towards the modal characterization of the specimen, describing the experimental set-up and the application of results to the development of a Finite Element Method (FEM) model to study the vibro-acoustic response. For the high frequency range, characterized by a high modal density, a Statistical Energy Analysis (SEA) model is considered, and the FEM model is used when modal density is low. The methodology for developing the SEA model and a compound FEM and Boundary Element Method (BEM) model to provide continuity in the medium frequency range is presented, as well as the necessary updating, characterization and coupling between models required to achieve numerical models that match experimental results.

Participatory design and business modeling

En este proyecto miraremos como los campos de Diseño Participativo de las tecnologías de la información (DP, Participatory IT Design) y el diseño empresarial de modelos de negocio interactúan entre sí. Exploraremos el hueco que existe en los asuntos que aborda un proyecto de DP señalado por Kyng (2010). DP es una forma de enfocar el diseño para diseñar sistemas informáticos que tiene su propia ideología, haciendo mucho hincapié en la participación de los usuarios en el proceso. Esta ideología propia de DP da paso a un conjunto de métodos y herramientas para diseñar. DP tiene sus orígenes en Escandinavia en la década de los setenta cuando cambios de progreso social de la sociedad se introdujeron en el lugar de trabajo. Ya hay algunos investigadores del campo de DP que empiezan a estudiar este hueco señalado por Kyng. Un modelo de negocios es la forma en que un negocio crea, entrega y captura valor. En las últimas décadas las empresas informáticas han cambiado su modelo de negocios, transformándose en una oferta de servicios informáticos mayoritariamente. El mundo empresarial ya conoce los beneficios de las metodologías de diseño orientadas al usuario, sin embargo no acaban de ser adoptadas por las empresas informáticas. En el proyecto buscamos responder a las preguntas que surgen al juntar estas dos áreas de estudio. ¿Cómo interpreta la comunidad de DP el mundo empresarial? ¿La teoría empresarial como trata la metodología de diseño orientado al usuario? ¿Cómo afecta en una compañía real su política de usuario a su modelo de negocio y que técnicas utilizan para involucrar al usuario? ¿Qué intereses comunes y opuestos existen entre DP y el mundo empresarial? ¿Cuál es el futuro de DP en el mundo empresarial? En cuanto a la metodología del proyecto realice un estudio de la literatura de los campos de DP y el mundo empresarial usando fuentes recomendadas por expertos de cada área así como trabajos encontrados por mi propia cuenta que eran relevantes al tema tratado. Además realice un estudio de compañías desarrolladoras de software locales a Copenhague. Mediante una serie de visitas y entrevistas con esas compañías obtuve información del modelo de negocio y proceso de desarrollo de software de las mismas. También dialogamos en cuanto a su visión de DP y metodologías de diseño orientado al usuario y como se podrían beneficiar de ellas. Durante el desarrollo del proyecto he encontrado que DP y el mundo empresarial tienen dos visiones muy diferentes. Mientras uno busca obtener el máximo beneficio el otro busca apoderar a los usuarios en su área de trabajo. Aunque al igual que DP las empresas necesitan obtener información acerca de los usuario como sus necesidades, gustos, etc. Está claro que el software producido para el mundo empresarial tiene mucho espacio para mejorar ya que suele venir con manuales de instrucciones extensos y es necesario un entrenamiento previo para su utilización. Un problema importante de la introducción de DP en las empresas es la falta de predisposición de los usuarios en colaborar en el proceso de desarrollo ya que no hay demasiada tendencia a usuarios a dar feedback. El trabajo de investigacion de Timpka y Vimarlund (1998) Participatory Design In Economic Terms: A Theoretical Discussion llega a la conclusión de que DP es económicamente favorable para los desarrolladores. Pero omite muchos factores críticos de la economía de una empresa. En cuanto al futuro de DP en el mundo empresarial, DP tiene que adaptarse a las compañías desarrolladoras de software. A sus necesidades y teniendo en cuenta sus límites de recursos. Pero hay ciertos aspectos que deben ser abordados. El primer aspecto es el uso de recursos en las técnicas de DP, ya que utilizan demasiados. Otro aspecto que debería abordar es el uso de las nuevas tecnologías de comunicación y redes sociales, ya que apenas se han utilizado en DP. Mientras que otras áreas de estudio han hecho uso de estas nuevas tecnologías y se han revolucionado DP no ha sido capaz de integrarlas en sus técnicas. Por último en el proyecto realizo una comparativa del actual modelo de negocios y proceso de desarrollo de software de la compañía Forecast.it. En esta comparativa miro como cambiaria el negocio en el caso de que se produjeran cambios en ella al introducir la ideología de DP. Donde más se notan los cambios seria en su esquema de desarrollo de software ya que habría que hacer hueco para nuevos factores y pasos.

Visual attention and perception models for assessing quality in 2D and 3D stereoscopic video

La medida de calidad de vídeo sigue siendo necesaria para definir los criterios que caracterizan una señal que cumpla los requisitos de visionado impuestos por el usuario. Las nuevas tecnologías, como el vídeo 3D estereoscópico o formatos más allá de la alta definición, imponen nuevos criterios que deben ser analizadas para obtener la mayor satisfacción posible del usuario. Entre los problemas detectados durante el desarrollo de esta tesis doctoral se han determinado fenómenos que afectan a distintas fases de la cadena de producción audiovisual y tipo de contenido variado. En primer lugar, el proceso de generación de contenidos debe encontrarse controlado mediante parámetros que eviten que se produzca el disconfort visual y, consecuentemente, fatiga visual, especialmente en lo relativo a contenidos de 3D estereoscópico, tanto de animación como de acción real. Por otro lado, la medida de calidad relativa a la fase de compresión de vídeo emplea métricas que en ocasiones no se encuentran adaptadas a la percepción del usuario. El empleo de modelos psicovisuales y diagramas de atención visual permitirían ponderar las áreas de la imagen de manera que se preste mayor importancia a los píxeles que el usuario enfocará con mayor probabilidad. Estos dos bloques se relacionan a través de la definición del término saliencia. Saliencia es la capacidad del sistema visual para caracterizar una imagen visualizada ponderando las áreas que más atractivas resultan al ojo humano. La saliencia en generación de contenidos estereoscópicos se refiere principalmente a la profundidad simulada mediante la ilusión óptica, medida en términos de distancia del objeto virtual al ojo humano. Sin embargo, en vídeo bidimensional, la saliencia no se basa en la profundidad, sino en otros elementos adicionales, como el movimiento, el nivel de detalle, la posición de los píxeles o la aparición de caras, que serán los factores básicos que compondrán el modelo de atención visual desarrollado. Con el objetivo de detectar las características de una secuencia de vídeo estereoscópico que, con mayor probabilidad, pueden generar disconfort visual, se consultó la extensa literatura relativa a este tema y se realizaron unas pruebas subjetivas preliminares con usuarios. De esta forma, se llegó a la conclusión de que se producía disconfort en los casos en que se producía un cambio abrupto en la distribución de profundidades simuladas de la imagen, aparte de otras degradaciones como la denominada “violación de ventana”. A través de nuevas pruebas subjetivas centradas en analizar estos efectos con diferentes distribuciones de profundidades, se trataron de concretar los parámetros que definían esta imagen. Los resultados de las pruebas demuestran que los cambios abruptos en imágenes se producen en entornos con movimientos y disparidades negativas elevadas que producen interferencias en los procesos de acomodación y vergencia del ojo humano, así como una necesidad en el aumento de los tiempos de enfoque del cristalino. En la mejora de las métricas de calidad a través de modelos que se adaptan al sistema visual humano, se realizaron también pruebas subjetivas que ayudaron a determinar la importancia de cada uno de los factores a la hora de enmascarar una determinada degradación. Los resultados demuestran una ligera mejora en los resultados obtenidos al aplicar máscaras de ponderación y atención visual, los cuales aproximan los parámetros de calidad objetiva a la respuesta del ojo humano. ABSTRACT Video quality assessment is still a necessary tool for defining the criteria to characterize a signal with the viewing requirements imposed by the final user. New technologies, such as 3D stereoscopic video and formats of HD and beyond HD oblige to develop new analysis of video features for obtaining the highest user’s satisfaction. Among the problems detected during the process of this doctoral thesis, it has been determined that some phenomena affect to different phases in the audiovisual production chain, apart from the type of content. On first instance, the generation of contents process should be enough controlled through parameters that avoid the occurrence of visual discomfort in observer’s eye, and consequently, visual fatigue. It is especially necessary controlling sequences of stereoscopic 3D, with both animation and live-action contents. On the other hand, video quality assessment, related to compression processes, should be improved because some objective metrics are adapted to user’s perception. The use of psychovisual models and visual attention diagrams allow the weighting of image regions of interest, giving more importance to the areas which the user will focus most probably. These two work fields are related together through the definition of the term saliency. Saliency is the capacity of human visual system for characterizing an image, highlighting the areas which result more attractive to the human eye. Saliency in generation of 3DTV contents refers mainly to the simulated depth of the optic illusion, i.e. the distance from the virtual object to the human eye. On the other hand, saliency is not based on virtual depth, but on other features, such as motion, level of detail, position of pixels in the frame or face detection, which are the basic features that are part of the developed visual attention model, as demonstrated with tests. Extensive literature involving visual comfort assessment was looked up, and the development of new preliminary subjective assessment with users was performed, in order to detect the features that increase the probability of discomfort to occur. With this methodology, the conclusions drawn confirmed that one common source of visual discomfort was when an abrupt change of disparity happened in video transitions, apart from other degradations, such as window violation. New quality assessment was performed to quantify the distribution of disparities over different sequences. The results confirmed that abrupt changes in negative parallax environment produce accommodation-vergence mismatches derived from the increasing time for human crystalline to focus the virtual objects. On the other side, for developing metrics that adapt to human visual system, additional subjective tests were developed to determine the importance of each factor, which masks a concrete distortion. Results demonstrated slight improvement after applying visual attention to objective metrics. This process of weighing pixels approximates the quality results to human eye’s response.

Regulation and localization of tyrosine216 phosphorylation of glycogen synthase kinase-3β in cellular and animal models of neuronal degeneration

Inactivation of glycogen synthase kinase-3β (GSK3β) by S9 phosphorylation is implicated in mechanisms of neuronal survival. Phosphorylation of a distinct site, Y216, on GSK3β is necessary for its activity; however, whether this site can be regulated in cells is unknown. Therefore we examined the regulation of Y216 phosphorylation on GSK3β in models of neurodegeneration. Nerve growth factor withdrawal from differentiated PC12 cells and staurosporine treatment of SH-SY5Y cells led to increased phosphorylation at Y216, GSK3β activity, and cell death. Lithium and insulin, agents that lead to inhibition of GSK3β and adenoviral-mediated transduction of dominant negative GSK3β constructs, prevented cell death by the proapoptotic stimuli. Inhibitors induced S9 phosphorylation and inactivation of GSK3β but did not affect Y216 phosphorylation, suggesting that S9 phosphorylation is sufficient to override GSK3β activation by Y216 phosphorylation. Under the conditions examined, increased Y216 phosphorylation on GSK3β was not an autophosphorylation response. In resting cells, Y216 phosphorylation was restricted to GSK3β present at focal adhesion sites. However, after staurosporine, a dramatic alteration in the immunolocalization pattern was observed, and Y216-phosphorylated GSK3β selectively increased within the nucleus. In rats, Y216 phosphorylation was increased in degenerating cortical neurons induced by ischemia. Taken together, these results suggest that Y216 phosphorylation of GSK3β represents an important mechanism by which cellular insults can lead to neuronal death.

Health beliefs and folk models of diabetes in British Bangladeshis: a qualitative study

Objective: To explore the experience of diabetes in British Bangladeshis, since successful management of diabetes requires attention not just to observable behaviour but to the underlying attitudes and belief systems which drive that behaviour.

Estimation of evolutionary distances under stationary and nonstationary models of nucleotide substitution

Estimation of evolutionary distances has always been a major issue in the study of molecular evolution because evolutionary distances are required for estimating the rate of evolution in a gene, the divergence dates between genes or organisms, and the relationships among genes or organisms. Other closely related issues are the estimation of the pattern of nucleotide substitution, the estimation of the degree of rate variation among sites in a DNA sequence, and statistical testing of the molecular clock hypothesis. Mathematical treatments of these problems are considerably simplified by the assumption of a stationary process in which the nucleotide compositions of the sequences under study have remained approximately constant over time, and there now exist fairly extensive studies of stationary models of nucleotide substitution, although some problems remain to be solved. Nonstationary models are much more complex, but significant progress has been recently made by the development of the paralinear and LogDet distances. This paper reviews recent studies on the above issues and reports results on correcting the estimation bias of evolutionary distances, the estimation of the pattern of nucleotide substitution, and the estimation of rate variation among the sites in a sequence.

Developing Civil Society and a New Leadership Class in Iraq: A Comprehensive Analysis and Business Plan

Following De-Ba'athification, forming a new leadership class will be critical to the success of creating a strong civil society in modern-day Iraq. Implementation of youth educational exchange programs, specifically promoting leadership skills, is a significant part of the solution to stimulating a new generation of leaders. Using the reign of Saddam Hussein and his toppling as a frame of reference, a brief history of Iraq's civil society reveals a need for a new leadership class through the lens of democratic transition and consolidation. After exploring the leadership challenges of post-war nation building, the proposed business plan focuses on implementing a youth leadership program in Iraq, employing a wider participation model, and a lengthier, more involved learning model from existing programs.

Phrase-based statistical machine translation: explanation of its processes and statistical models and evaluation of the English to Spanish translations produced

Statistical machine translation (SMT) is an approach to Machine Translation (MT) that uses statistical models whose parameter estimation is based on the analysis of existing human translations (contained in bilingual corpora). From a translation student’s standpoint, this dissertation aims to explain how a phrase-based SMT system works, to determine the role of the statistical models it uses in the translation process and to assess the quality of the translations provided that system is trained with in-domain goodquality corpora. To that end, a phrase-based SMT system based on Moses has been trained and subsequently used for the English to Spanish translation of two texts related in topic to the training data. Finally, the quality of this output texts produced by the system has been assessed through a quantitative evaluation carried out with three different automatic evaluation measures and a qualitative evaluation based on the Multidimensional Quality Metrics (MQM).