Etiology of community-acquired pneumonia in hospitalized children based on WHO clinical guidelines

Rapport de synthèse: Enjeux de la recherche : La pneumonie communautaire chez l'enfant est un problème de santé publique considérable. Elle est responsable de 2 millions de mort par année, 70% survenant dans les pays en voie de développement. Sous nos latitudes son incidence est de 40/1000 enfants par année, ce qui représente une morbidité importante. Deux difficultés surviennent lorsqu'on cherche à diagnostiquer une pneumonie. La première est de distinguer une pneumonie bactérienne d'une virale, particulièrement chez les petits enfants où les infections virales des voies respiratoires inférieures sont fréquentes. L'OMS a définit la pneumonie selon des critères exclusivement cliniques et une étude effectuée à Lausanne en 2000 a montré que ces critères peuvent être utilisés dans nos contrées. La seconde difficulté est de définir l'agent causal de la pneumonie, ceci pour plusieurs raisons : L'aspiration endotrachéale, seul examen fiable, ne peut être obtenue de routine chez l'enfant vu son caractère invasif, la culture des secrétions nasopharyngées reflète la flore physiologique de la sphère ORL et une bactériémie n'est présente que dans moins de 10% des pneumonies. L'étiologie de la pneumonie reste souvent inconnue, et de ce fait plusieurs enfants reçoivent des antibiotiques pour une infection non bactérienne ce qui contribue au développement de résistances. L'objectif de cette étude était d'effectuer une recherche extensive de l'agent causal de la pneumonie et de déterminer quels facteurs pourraient aider le clinicien à différencier une pneumonie virale de bactérienne, en corrélant l'étiologie avec la sévérité clinique et les marqueurs de l'inflammation. Contexte de la recherche : II s'agissait d'une étude prospective, multicentrique, incluant les enfants âgés de 2 mois à 5 ans hospitalisés pour une pneumonie, selon les critères de l'OMS, dans le service de pédiatrie de Lausanne et Genève entre mars 2003 et Décembre 2005, avant l'implantation de la vaccination antipneumococcique de routine. Chaque enfant, en plus des examens usuels, bénéficiait d'une recherche étiologique extensive : Culture virale et bactérienne, PCR (Mycoplasma Pneumoniae, Chlamydia Pneumoniae, Virus Influenza A et B, RSV A et B, Rhinovirus, Parainfluenza 1-3, enterovirus, human metapneumovirus, coronavirus OC43, E229 ; et NL 63) et détection d'AG viraux dans les sécrétions nasopharyngées ; sérologies virales et bactériennes à l'entrée et 3 semaines après la sortie (AG Influenza A et B, Parainfluenza 1,2 et 3, RSV, Adenovirus, M.Pneumoniae et S.Pneumoniae). Conclusions : Un agent pathogène a été découvert chez 86% des 99 patients retenus confirmant le fait que plus la recherche étiologique est étendue plus le pourcentage d'agent causal trouvé est élevé. Une infection bactérienne a été découverte chez 53% des patients dont 45% avaient une infection à S. Pneumoniae confirmant l'importance d'une vaccination antipneumococcique de routine. La déshydratation et les marqueurs de l'inflammation tels que la C-Reactive Protein et la Procalcitonine étaient significativement plus élevés dans les pneumonies bactériennes. Aucune corrélation n'a été trouvée entre le degré de sévérité de la pneumonie et l'étiologie. L'étude a confirmé la haute prévalence d'infections virales (67%) et de co-infection (33%) dans la pneumonie de l'enfant sans que l'on connaisse le rôle réel du virus dans la pathogenèse de la pneumonie. Perspectives : d'autres études à la suite de celle-ci devraient être effectuées en incluant les patients ambulatoires afin de déterminer, avec un collectif plus large de patient, une éventuelle corrélation entre sévérité clinique et étiologie. Abstract : Community-acquired pneumonia (CAP) is a major cause of death in developing countries and of morbidity in developed countries. The objective of the study was to define the causative agents among children hospitalized for CAP defined by WHO guidelines and to correlate etiology with clinical severity and surrogate markers. Investigations included an extensive etiological workup. A potential causative agent was detected in 86% of the 99 enrolled patients, with evidence of bacterial (53%), viral (67%), and mixed (33%) infections. Streptococcus pneumoniae was accounted for in 46% of CAP. Dehydration was the only clinical sign associated with bacterial pneumonia. CRP and PCT were significantly higher in bacterial infections. Increasing the number of diagnostic tests identifies potential causes of CAP in up to 86% of children, indicating a high prevalence of viruses and frequent co-infections. The high proportion of pneumococcal infections re-emphasizes the importance of pneumococcal immunization.

Les principes régissant l'exécution des peines privatives de liberté ( art. 74 et 75 al. 1 CP)

CHAPITRE PREMIER: INTRODUCTION 1. Considérer l'idéal... L'idéal n'est probablement pas de ce monde, mais il importe de tendre vers lui. Il restera peut-être hors de portée, mais le seul fait de le considérer doit déjà être assimilé à un progrès. Dans le cadre de l'exécution des peines privatives de liberté, l'idéal dont nous parlons ici fait référence à la prise en charge du détenu et à la volonté d'offrir à ce dernier, un jour, la possibilité de réintégrer la société. Le système carcéral se doit dès lors de mettre tout en oeuvre pour permettre au détenu d'acquérir les outils nécessaires à sa future liberté; cette liberté qui, dès les premiers jours d'incarcération déjà, devra être envisagée. L'idéal est donc de voir le détenu évoluer progressivement vers le monde libre, le respect de ce monde et des valeurs qu'il véhicule. C'est l'idéal que dessine le nouveau Code pénal (CP), plus particulièrement au travers des principes qu'il consacre aux articles 74 et 75 al. 1 CP: «le détenu a droit au respect de [sa] dignité»; «l'exercice de [ses] droits ne peut être restreint que dans la mesure requise par la privation de liberté et par les exigences de la vie collective dans l'établissement»; «l'exécution de la peine [...] doit améliorer le comportement social du détenu»; «l'exécution de la peine doit correspondre autant que possible à des conditions de vie ordinaires, assurer au détenu l'assistance nécessaire» et «combattre les effets nocifs de la privation de liberté». De la réalité carcérale à l'idéal législatif, il est toutefois certains écueils. Les différents professionnels qui sont en contact avec les détenus le confirmeront volontiers, pour la plupart. Il existe des détenus qui ne veulent pas se réintégrer diront certains, alors que d'autres mettront en avant l'insuffisance de moyens humains ou financiers. Une réalité doit cependant triompher de toutes les autres: il est nécessaire de faire évoluer le système pénitentiaire. Tout comme la société, dont elle est partie intégrante, la prison doit évoluer avec son temps, et les développements que suit le monde libre se doivent d'aller au-delà des murs. Notre approche de la thématique restera évidemment théorique, mais elle sera dictée par cette volonté progressiste. Si les concepts abordés peuvent parfois paraître naïfs dans leur développement, ils n'en seront pas moins l'expression d'un idéal, celui-là même qu'il est bon de considérer, parfois, pour permettre le progrès. II. La méthodologie La difficulté de traiter des principes régissant l'exécution des peines privatives de liberté est multiple. L'une des premières problématiques est liée au fédéralisme suisse et au fait que l'exécution des peines ressort de la compétence cantonale (art. 123 al. 2 Cst.). Il en résulte des pratiques cantonales parfois différentes. Il est alors non seulement difficile d'aborder l'ensemble des ces différences, mais il peut même être discutable de les tolérer, au sens où elles présentent parfois des inégalités de traitement entre les détenus du pays. L'attribution récente de compétences expresses en la matière à la Confédération (art. 123 al. 3ère phr. Cst.) devrait toutefois permettre, à notre sens, de réduire ces inégalités et, plus généralement, de favoriser une uniformisation des pratiques à travers le pays. Une deuxième difficulté est due à l'évolution législative actuelle. En effet, l'entrée en vigueur du nouveau Code pénal impose une «mise à jour» substantielle aux cantons, dont les normes mais aussi les infrastructures doivent être adaptées au nouveau droit. Au-delà du nombre considérable de bases légales que compte notre pays en matière d'exécution des peines privatives de liberté, il faut en outre jongler avec l'élaboration d'une multitude de nouvelles lois cantonales. Nous renonçons à dresser ici la liste exhaustive des bases légales cantonales concernées, non seulement parce qu'il nous paraît difficile de connaître l'ensemble de ces évolutions législatives récentes ou à venir, mais aussi parce qu'il s'agit avant tout de traiter de problématiques générales soulevées par l'exécution des peines privatives de liberté, ce qui ne nécessite pas une revue exhaustive des différentes législations cantonales. Certaines de ces bases légales seront néanmoins mentionnées, ci et là, pour illustrer ou appuyer quelques-uns de nos propos. La troisième difficulté qu'il faut mentionner ici relève du lien étroit qui existe entre le droit de l'exécution des peines et la criminologie, ainsi que, plus généralement, l'ensemble des sciences s'intéressant à la déviance en tant que maladie (psychiatrie, psychologie, médecine, etc.). Il nous semble en effet difficile de traiter de la prise en charge du détenu par la seule voie juridique et, à ce titre, nous proposerons une analyse empreinte de considérations criminologiques substantielles et notamment de différentes données fournies par des études de criminologie. Dans la limite de nos compétences - plus que restreintes en la matière -, il sera parfois également traité de l'exécution des peines sous l'angle de la psychologie, de la psychiatrie, ou encore de la médecine. Enfin, il faut reconnaître que la thématique traitée est vaste. Les différents principes énumérés aux articles 74 et 75 al. 1 CP ne peuvent en effet être abordés sans que référence soit faite aux nombreuses dispositions traitant de l'exécution des peines privatives de liberté et qui se doivent d'en être la consécration. Cette réalité impose une approche générale du fonctionnement du milieu carcéral et l'analyse de l'exécution d'une peine privative de liberté sur toute sa durée, du premier jour d'incarcération jusqu'à la libération, en passant par les différents aménagements et élargissements possibles qui, très souvent, seront essentiels à la réintégration sociale du détenu. En l'espèce, il nous semble nécessaire de rappeler ici la particularité de la population étudiée, qui se distingue notamment par son hétérogénéité. Or, il ne sera pas toujours possible, dans le cadre de ce travail tout au moins, de s'arrêter sur les spécificités propres à chaque type de détenu(s). On pense ici plus particulièrement aux détenus étrangers - qui sont nombreux dans les prisons suisses -, plus particulièrement lorsque ceux-ci font l'objet d'une mesure d'expulsion au terme de leur peine. Certains se demandent en effet s'il est pertinent de favoriser la resocialisation d'un individu qui ne résidera pas en Suisse une fois libéré, sans parler des difficultés pratiques qu'il peut y avoir à proposer un régime progressif, et plus particulièrement l'ouverture vers l'extérieur, à des gens qui n'ont, aux plus proches alentours (la Suisse est un petit pays) de l'établissement de détention, aucune attache sociale. Il nous semble toutefois ressortir du devoir étatique d'offrir, à ces personnes aussi, une exécution de peine qui, dans toute la mesure du possible, ressemble à celle réservée aux indigènes. C'est dans cette optique, d'ailleurs, que nous tenterons de traiter de quelques unes des principales problématiques soulevées par la mise en application des principes régissant l'exécution des peines privatives de liberté.

Notch1 functions as a tumor suppressor in mouse skin.

Notch proteins are important in binary cell-fate decisions and inhibiting differentiation in many developmental systems, and aberrant Notch signaling is associated with tumorigenesis. The role of Notch signaling in mammalian skin is less well characterized and is mainly based on in vitro studies, which suggest that Notch signaling induces differentiation in mammalian skin. Conventional gene targeting is not applicable to establishing the role of Notch receptors or ligands in the skin because Notch1-/- embryos die during gestation. Therefore, we used a tissue-specific inducible gene-targeting approach to study the physiological role of the Notch1 receptor in the mouse epidermis and the corneal epithelium of adult mice. Unexpectedly, ablation of Notch1 results in epidermal and corneal hyperplasia followed by the development of skin tumors and facilitated chemical-induced skin carcinogenesis. Notch1 deficiency in skin and in primary keratinocytes results in increased and sustained expression of Gli2, causing the development of basal-cell carcinoma-like tumors. Furthermore, Notch1 inactivation in the epidermis results in derepressed beta-catenin signaling in cells that should normally undergo differentiation. Enhanced beta-catenin signaling can be reversed by re-introduction of a dominant active form of the Notch1 receptor. This leads to a reduction in the signaling-competent pool of beta-catenin, indicating that Notch1 can inhibit beta-catenin-mediated signaling. Our results indicate that Notch1 functions as a tumor-suppressor gene in mammalian skin.

Behavior study of pipes after forming, coating and bending

A study of the main types of coatings and its processes that modern industry commonly apply to prevent to the corrosion due to the environmental effects to energetic market pipelines have been done. Extracting main time and temperature range values, coating heat treatment recreation have been applied to x65 pipelines steel grade samples obtained from a pipe which was formed using UOE forming process. Experimental tensile tests and Charpy V‐Notch Impact test have been carried out for a deeply knowledge of the influence on the steel once this recreations are applied. The Yield Strength and toughness have been improved despite lower values in rupture strain and ductile‐brittle temperature transition have been obtained. Finite Element Method have been applied to simulate the entirely pipe cold bending process to predict the mechanical properties and behaviour of the pipe made from x65 steel grade under different conditions.

Neuroprotection in cerebral ischemia : an effect of c-Jun N-terminal kinase inhibition on the inflammatory response

RESUMESuite à un accident vasculaire cérébral (AVC) ischémique, les cellules gliales ducerveau deviennent activées, de nombreuses cellules inflammatoires pénètrent dans letissu lésé et sécrètent une grande variété de cytokines et chémokines. Aujourd'hui, ilexiste des interrogations sur les effets bénéfiques ou délétères de cette inflammation surla taille de la lésion et le pronostic neurologique.Ce projet vise à évaluer l'effet d'un peptide neuroprotecteur, D-JNKI1, inhibiteur de lavoie pro-apoptotique de signalisation intracellulaire c-Jun N-terminal kinase (JNK), surl'inflammation post-ischémique.Nous montrons d'abord que la microglie est largement activée dans toute la région lésée48 h après l'induction d'une ischémie chez la souris. Cependant, malgré l'inhibition dela mort neuronale par D-JNKI1 évaluée à 48 h, nous n'observons de modification ni del'activation de la microglie, ni de son nombre. Ensuite, nous montrons que le cerveaupeut être protégé même s'il y a une augmentation massive de la sécrétion de médiateursinflammatoires dans la circulation systémique très tôt après induction d'un AVCischémique. De plus, nous notons que la sécrétion de molécules inflammatoires dans lecerveau n'est pas différente entre les animaux traités par D-JNKI1 ou une solutionsaline, bien que nous ayons obtenu une neuroprotection significative chez les animauxtraités.En conclusion, nous montrons que l'inhibition de la voie de JNK par D-JNKI1n'influence pas directement l'inflammation post-ischémique. Ceci suggère quel'inhibition de l'inflammation n'est pas forcément nécessaire pour obtenir en hautdegré de neuroprotection du parenchyme lésé après ischémie cérébrale, et que lesmécanismes inflammatoires déclenchés lors d'une ischémie cérébrale ne sont pasforcément délétères pour la récupération du tissu endommagé.SUMMARYAfter cerebral ischemia, glial cells become activated and numerous inflammatory cellsinfiltrate the site of the lesion, secreting a large variety of cytokines and chemokines. Itis controversial whether this brain inflammation is detrimental or beneficial and how itinfluences lesion size and neurological outcome.This project was aimed at critically evaluating whether the neuroprotective peptide DJNKI,an inhibitor of the pro-apopotic c-Jun N-terminal kinase (JNK) pathway,modulates post-ischemic inflammation in animal models of stroke. Specifically, it wasasked whether JNK inhibition prevents microglial activation and the release ofinflammatory mediators.In the first part of this study, we showed that microglia was activated throughout thelesion 48 h after experimental stroke. However, the activation and accumulation ofmicroglia was not reduced by D-JNKI1, despite a significant reduction of the lesionsize. In the second part of this project, we demonstrated that neuroprotection measuredat 48 h occurs even though inflammatory mediators are released in the plasma veryearly after the onset of cerebral ischemia. Furthermore, we found that secretion ofinflammatory mediators in the brain was not different in groups treated with D-JNKI1or not, despite a significant reduction of the lesion size in the treated group.Altogether, we show that inhibition of the JNK pathway using D-JNKI1 does notinfluence directly post-stroke inflammation. Inhibition of inflammation is therefore notnecessarily required for neuroprotection after cerebral ischemia. Thus, post-strokeinflammation might not be detrimental for the tissue recovery.

Involvement of PPARβ/δ in mesenchymal-epidermal interactions during skin wound healing

SUMMARY : Skin wound repair is a complex and highly coordinated process, where a variety of cell types unite to regenerate the damaged tissue. Several works have elucidated cellular and molecular mechanisms, in which mesenchymal-epidermal interactions play an essential role for the regulation of skin homeostasis and repair. Peroxisome Proliferator-Activated Receptors (PPARs) are ligand-activated transcription factors that belong to the nuclear receptor superfamily. Three related isotypes (PPARα, PPARß/δ and PPARγ) have been found, which exhibit distinct tissue distribution and specific physiological functions. PPARß/δ was identified as a crucial player of skin homeostasis. In the mouse skin, PPARß/δ has been described to control proliferation-differentiation state, adhesion and migration, and survival of the keratinocytes during healing. PPARß/δ has been implicated as well in the development of the hair follicles, in which mesenchymal-secreted hepatocyte growth factor (HGF) is involved. These data suggest that the biological activity of PPARß/δ is modulated by mesenchymal-epidermal interactions and that, in turn, PPARß/δ also modulates some of these signals. The aim of the present work was to elucidate the nature of the signals exchanged between the epidermis and dermis compartments, and more particularly those which are under the control of PPARß/δ. In the first part of the study, we showed that PPARß/8 in dermal fibroblasts down-regulates the mitotic activity of keratinocytes by inhibiting the IL-1 signalling pathway via the production of secreted IL-1 receptor antagonist (sIL-1Ra), a natural antagonist of this signalling. The regulation of IL-1 signalling by PPARß/δ is required for anon-pathological skin wound repair. These findings provide evidence for a novel homeostatic control of keratinocyte proliferation and differentiation mediated by the regulation of IL-1 signalling via dermal PPARß/δ fibroblasts. Proteolysis of the extracellular matrix (ECM) is a key process involved in wound repair and modifications in its activity are often associated with an alteration óf the wound closure. This process implies specific proteinases, as matrix metalloproteinases (MMPs), which are finely modulated by IL-1 signalling. In line with the first results, the second part of the work showed that MMP8 and MMP13, which are two important collagenases involved in mouse skin wound repair, are regulated by PPARß/δ. Their expression is indirectly down-regulated by dermal PPARß/δ, via the production of sIL-1Ra, resulting in the inhibition of IL-1 signalling, known to regulate the expression of numerous MMPs. We suggest that, in absence of PPARß/δ, the positive regulation of these two collagenases could participate to the delay of skin wound healing, which has been observed in mice deleted for PPARßlS. The potential therapeutic role of PPARß/b could be as well extending to inflammatory and hyperproliferative skin diseases involving IL-1 signalling, such as psoriasis or skin cancers. Quite interestingly, MMP1 (analogue of mouse MMP13) plays an essential role in human photoaging, suggesting that PPARß/δ could as well be an attractive target for photoprotection. RESUME : La cicatrisation est un processus complexe et extrêmement organisé, impliquant un grand nombre de cellules qui s'unissent pour régénérer le tissu endommagé. De nombreux travaux nous ont éclairés sur les mécanismes cellulaires et moléculaires, dans lesquels les interactions épidermo-mésenchymateuses détiennent un rôle capital à la fois dans la régulation de l'homéostasie et dans la réparation de la peau. PPAR (Peroxisome proliferatar-activated receptor), qui appartient à la superfamille des récepteurs nucléaires, se définit comme un facteur de transcription activé par des ligands très spécifiques. Trois isotypes (PPARa, PPARß/δ et PPARy) ont été décrits et sont caractérisés par une distribution tissulaire et des fonctions physiologiques clairement définies. PPARß/δ a été identifié comme étant un important acteur dans l'homéostasie de la peau. Chez la souris, il a été décrit comme contrôlant l'état de prolifération et de différenciation, le processus d'adhésion et de migration, ainsi que la survie des kératinocytes au cours de la cicatrisation. PPARßIS a également été défini comme contrôlant le développement des follicules pileux, impliquant la sécrétion par le mésenchyme du facteur de croissance HGF. Ces données suggèrent que l'activité biologique de PPARß/δ est modulée par des interactions épidermo-mésenchymateuses, et qu'en retour, il possède la capacité de moduler certains de ces signaux. L`objectif de ce travail a été d'élucider la nature des signaux échangés entre les compartiments épidermique et dermique, et plus particulièrement ceux qui sont sous le contrôle de PPARß/δ. Dans la première partie de l'étude, nous avons montré que les fibroblastes exprimant PPARß/δ réduisent l'activité mitotique des kératinocytes en inhibant la voie de signalisation IL-1, via la production de sIL-1Ra (secreted IL-1 receptor antagonist), défini comme un antagoniste naturel de cette voie de signalisation. La régulation de cette dernière par PPARß/δ est donc nécessaire pour une cicatrisation de type non pathologique. Ces résultats offrent donc une nouvelle preuve du contrôle de l'homéostasie et de l'état de prolifération/différenciation des kératinocytes par les fibroblastes exprimant PPARß/δ, en régulant la voie de signalisation IL-1. Le mécanisme de dégradation de la matrice extracellulaire (MEC) est une étape essentielle lors du processus de cicatrisation. Ainsi des modifications de cette activité protéolytïque sont souvent associées à une altération de la fermeture de la plaie. Ce processus implique des protéinases, comme les MMPs, qui sont finement modulés par la voie de signalisation IL-1. En accord avec les premiers résultats, la seconde partie des nos travaux a montré que les collagénases MMP8 et MMP13, connues pour être d'importantes molécules impliquées lors de la réparation tissulaire chez la souris, sont modulées par l'activité de PPARß/δ. Leurs expressions sont indirectement régulées par PPARß/δ, via la production. de sIL-1 Ra, entraînant ainsi l'inhibition de la voie de signalisation IL-1, décrite pour réguler l'expression de nombreuses MMPs, Nous suggérons donc qu'en absence de PPARß/δ, la régulation de ces deux collagénases pourrait être impliquée dans le retard de cicatrisation, observé chez les souris déficientes pour PPARß/δ. L'activité biologique de PPARß/δ pourrait être ainsi étendue à des maladies hyperproliferatives et inflammatoires de la peau, impliquant la voie de signalisation IL-1, comme le psoriasis ou certains cancers de la peau, et ce à des fins thérapeutiques. Il est aussi intéressant de relever que chez l'homme, MMP1 (présenté comme l'analogue de MMP13 de la souris} joue un rôle primordial dans le photo-vieillissement, nous suggérons donc que PPARß/δ pourrait ainsi être une cible attrayante concernant la photoprotection.

Species distribution models for conservation-oriented studies in Switzerland : filling data and tools gaps

SUMMARYSpecies distribution models (SDMs) represent nowadays an essential tool in the research fields of ecology and conservation biology. By combining observations of species occurrence or abundance with information on the environmental characteristic of the observation sites, they can provide information on the ecology of species, predict their distributions across the landscape or extrapolate them to other spatial or time frames. The advent of SDMs, supported by geographic information systems (GIS), new developments in statistical models and constantly increasing computational capacities, has revolutionized the way ecologists can comprehend species distributions in their environment. SDMs have brought the tool that allows describing species realized niches across a multivariate environmental space and predict their spatial distribution. Predictions, in the form of probabilistic maps showing the potential distribution of the species, are an irreplaceable mean to inform every single unit of a territory about its biodiversity potential. SDMs and the corresponding spatial predictions can be used to plan conservation actions for particular species, to design field surveys, to assess the risks related to the spread of invasive species, to select reserve locations and design reserve networks, and ultimately, to forecast distributional changes according to scenarios of climate and/or land use change.By assessing the effect of several factors on model performance and on the accuracy of spatial predictions, this thesis aims at improving techniques and data available for distribution modelling and at providing the best possible information to conservation managers to support their decisions and action plans for the conservation of biodiversity in Switzerland and beyond. Several monitoring programs have been put in place from the national to the global scale, and different sources of data now exist and start to be available to researchers who want to model species distribution. However, because of the lack of means, data are often not gathered at an appropriate resolution, are sampled only over limited areas, are not spatially explicit or do not provide a sound biological information. A typical example of this is data on 'habitat' (sensu biota). Even though this is essential information for an effective conservation planning, it often has to be approximated from land use, the closest available information. Moreover, data are often not sampled according to an established sampling design, which can lead to biased samples and consequently to spurious modelling results. Understanding the sources of variability linked to the different phases of the modelling process and their importance is crucial in order to evaluate the final distribution maps that are to be used for conservation purposes.The research presented in this thesis was essentially conducted within the framework of the Landspot Project, a project supported by the Swiss National Science Foundation. The main goal of the project was to assess the possible contribution of pre-modelled 'habitat' units to model the distribution of animal species, in particular butterfly species, across Switzerland. While pursuing this goal, different aspects of data quality, sampling design and modelling process were addressed and improved, and implications for conservation discussed. The main 'habitat' units considered in this thesis are grassland and forest communities of natural and anthropogenic origin as defined in the typology of habitats for Switzerland. These communities are mainly defined at the phytosociological level of the alliance. For the time being, no comprehensive map of such communities is available at the national scale and at fine resolution. As a first step, it was therefore necessary to create distribution models and maps for these communities across Switzerland and thus to gather and collect the necessary data. In order to reach this first objective, several new developments were necessary such as the definition of expert models, the classification of the Swiss territory in environmental domains, the design of an environmentally stratified sampling of the target vegetation units across Switzerland, the development of a database integrating a decision-support system assisting in the classification of the relevés, and the downscaling of the land use/cover data from 100 m to 25 m resolution.The main contributions of this thesis to the discipline of species distribution modelling (SDM) are assembled in four main scientific papers. In the first, published in Journal of Riogeography different issues related to the modelling process itself are investigated. First is assessed the effect of five different stepwise selection methods on model performance, stability and parsimony, using data of the forest inventory of State of Vaud. In the same paper are also assessed: the effect of weighting absences to ensure a prevalence of 0.5 prior to model calibration; the effect of limiting absences beyond the environmental envelope defined by presences; four different methods for incorporating spatial autocorrelation; and finally, the effect of integrating predictor interactions. Results allowed to specifically enhance the GRASP tool (Generalized Regression Analysis and Spatial Predictions) that now incorporates new selection methods and the possibility of dealing with interactions among predictors as well as spatial autocorrelation. The contribution of different sources of remotely sensed information to species distribution models was also assessed. The second paper (to be submitted) explores the combined effects of sample size and data post-stratification on the accuracy of models using data on grassland distribution across Switzerland collected within the framework of the Landspot project and supplemented with other important vegetation databases. For the stratification of the data, different spatial frameworks were compared. In particular, environmental stratification by Swiss Environmental Domains was compared to geographical stratification either by biogeographic regions or political states (cantons). The third paper (to be submitted) assesses the contribution of pre- modelled vegetation communities to the modelling of fauna. It is a two-steps approach that combines the disciplines of community ecology and spatial ecology and integrates their corresponding concepts of habitat. First are modelled vegetation communities per se and then these 'habitat' units are used in order to model animal species habitat. A case study is presented with grassland communities and butterfly species. Different ways of integrating vegetation information in the models of butterfly distribution were also evaluated. Finally, a glimpse to climate change is given in the fourth paper, recently published in Ecological Modelling. This paper proposes a conceptual framework for analysing range shifts, namely a catalogue of the possible patterns of change in the distribution of a species along elevational or other environmental gradients and an improved quantitative methodology to identify and objectively describe these patterns. The methodology was developed using data from the Swiss national common breeding bird survey and the article presents results concerning the observed shifts in the elevational distribution of breeding birds in Switzerland.The overall objective of this thesis is to improve species distribution models as potential inputs for different conservation tools (e.g. red lists, ecological networks, risk assessment of the spread of invasive species, vulnerability assessment in the context of climate change). While no conservation issues or tools are directly tested in this thesis, the importance of the proposed improvements made in species distribution modelling is discussed in the context of the selection of reserve networks.RESUMELes modèles de distribution d'espèces (SDMs) représentent aujourd'hui un outil essentiel dans les domaines de recherche de l'écologie et de la biologie de la conservation. En combinant les observations de la présence des espèces ou de leur abondance avec des informations sur les caractéristiques environnementales des sites d'observation, ces modèles peuvent fournir des informations sur l'écologie des espèces, prédire leur distribution à travers le paysage ou l'extrapoler dans l'espace et le temps. Le déploiement des SDMs, soutenu par les systèmes d'information géographique (SIG), les nouveaux développements dans les modèles statistiques, ainsi que la constante augmentation des capacités de calcul, a révolutionné la façon dont les écologistes peuvent comprendre la distribution des espèces dans leur environnement. Les SDMs ont apporté l'outil qui permet de décrire la niche réalisée des espèces dans un espace environnemental multivarié et prédire leur distribution spatiale. Les prédictions, sous forme de carte probabilistes montrant la distribution potentielle de l'espèce, sont un moyen irremplaçable d'informer chaque unité du territoire de sa biodiversité potentielle. Les SDMs et les prédictions spatiales correspondantes peuvent être utilisés pour planifier des mesures de conservation pour des espèces particulières, pour concevoir des plans d'échantillonnage, pour évaluer les risques liés à la propagation d'espèces envahissantes, pour choisir l'emplacement de réserves et les mettre en réseau, et finalement, pour prévoir les changements de répartition en fonction de scénarios de changement climatique et/ou d'utilisation du sol. En évaluant l'effet de plusieurs facteurs sur la performance des modèles et sur la précision des prédictions spatiales, cette thèse vise à améliorer les techniques et les données disponibles pour la modélisation de la distribution des espèces et à fournir la meilleure information possible aux gestionnaires pour appuyer leurs décisions et leurs plans d'action pour la conservation de la biodiversité en Suisse et au-delà. Plusieurs programmes de surveillance ont été mis en place de l'échelle nationale à l'échelle globale, et différentes sources de données sont désormais disponibles pour les chercheurs qui veulent modéliser la distribution des espèces. Toutefois, en raison du manque de moyens, les données sont souvent collectées à une résolution inappropriée, sont échantillonnées sur des zones limitées, ne sont pas spatialement explicites ou ne fournissent pas une information écologique suffisante. Un exemple typique est fourni par les données sur 'l'habitat' (sensu biota). Même s'il s'agit d'une information essentielle pour des mesures de conservation efficaces, elle est souvent approximée par l'utilisation du sol, l'information qui s'en approche le plus. En outre, les données ne sont souvent pas échantillonnées selon un plan d'échantillonnage établi, ce qui biaise les échantillons et par conséquent les résultats de la modélisation. Comprendre les sources de variabilité liées aux différentes phases du processus de modélisation s'avère crucial afin d'évaluer l'utilisation des cartes de distribution prédites à des fins de conservation.La recherche présentée dans cette thèse a été essentiellement menée dans le cadre du projet Landspot, un projet soutenu par le Fond National Suisse pour la Recherche. L'objectif principal de ce projet était d'évaluer la contribution d'unités 'd'habitat' pré-modélisées pour modéliser la répartition des espèces animales, notamment de papillons, à travers la Suisse. Tout en poursuivant cet objectif, différents aspects touchant à la qualité des données, au plan d'échantillonnage et au processus de modélisation sont abordés et améliorés, et leurs implications pour la conservation des espèces discutées. Les principaux 'habitats' considérés dans cette thèse sont des communautés de prairie et de forêt d'origine naturelle et anthropique telles que définies dans la typologie des habitats de Suisse. Ces communautés sont principalement définies au niveau phytosociologique de l'alliance. Pour l'instant aucune carte de la distribution de ces communautés n'est disponible à l'échelle nationale et à résolution fine. Dans un premier temps, il a donc été nécessaire de créer des modèles de distribution de ces communautés à travers la Suisse et par conséquent de recueillir les données nécessaires. Afin d'atteindre ce premier objectif, plusieurs nouveaux développements ont été nécessaires, tels que la définition de modèles experts, la classification du territoire suisse en domaines environnementaux, la conception d'un échantillonnage environnementalement stratifié des unités de végétation cibles dans toute la Suisse, la création d'une base de données intégrant un système d'aide à la décision pour la classification des relevés, et le « downscaling » des données de couverture du sol de 100 m à 25 m de résolution. Les principales contributions de cette thèse à la discipline de la modélisation de la distribution d'espèces (SDM) sont rassemblées dans quatre articles scientifiques. Dans le premier article, publié dans le Journal of Biogeography, différentes questions liées au processus de modélisation sont étudiées en utilisant les données de l'inventaire forestier de l'Etat de Vaud. Tout d'abord sont évalués les effets de cinq méthodes de sélection pas-à-pas sur la performance, la stabilité et la parcimonie des modèles. Dans le même article sont également évalués: l'effet de la pondération des absences afin d'assurer une prévalence de 0.5 lors de la calibration du modèle; l'effet de limiter les absences au-delà de l'enveloppe définie par les présences; quatre méthodes différentes pour l'intégration de l'autocorrélation spatiale; et enfin, l'effet de l'intégration d'interactions entre facteurs. Les résultats présentés dans cet article ont permis d'améliorer l'outil GRASP qui intègre désonnais de nouvelles méthodes de sélection et la possibilité de traiter les interactions entre variables explicatives, ainsi que l'autocorrélation spatiale. La contribution de différentes sources de données issues de la télédétection a également été évaluée. Le deuxième article (en voie de soumission) explore les effets combinés de la taille de l'échantillon et de la post-stratification sur le la précision des modèles. Les données utilisées ici sont celles concernant la répartition des prairies de Suisse recueillies dans le cadre du projet Landspot et complétées par d'autres sources. Pour la stratification des données, différents cadres spatiaux ont été comparés. En particulier, la stratification environnementale par les domaines environnementaux de Suisse a été comparée à la stratification géographique par les régions biogéographiques ou par les cantons. Le troisième article (en voie de soumission) évalue la contribution de communautés végétales pré-modélisées à la modélisation de la faune. C'est une approche en deux étapes qui combine les disciplines de l'écologie des communautés et de l'écologie spatiale en intégrant leurs concepts de 'habitat' respectifs. Les communautés végétales sont modélisées d'abord, puis ces unités de 'habitat' sont utilisées pour modéliser les espèces animales. Une étude de cas est présentée avec des communautés prairiales et des espèces de papillons. Différentes façons d'intégrer l'information sur la végétation dans les modèles de répartition des papillons sont évaluées. Enfin, un clin d'oeil aux changements climatiques dans le dernier article, publié dans Ecological Modelling. Cet article propose un cadre conceptuel pour l'analyse des changements dans la distribution des espèces qui comprend notamment un catalogue des différentes formes possibles de changement le long d'un gradient d'élévation ou autre gradient environnemental, et une méthode quantitative améliorée pour identifier et décrire ces déplacements. Cette méthodologie a été développée en utilisant des données issues du monitoring des oiseaux nicheurs répandus et l'article présente les résultats concernant les déplacements observés dans la distribution altitudinale des oiseaux nicheurs en Suisse.L'objectif général de cette thèse est d'améliorer les modèles de distribution des espèces en tant que source d'information possible pour les différents outils de conservation (par exemple, listes rouges, réseaux écologiques, évaluation des risques de propagation d'espèces envahissantes, évaluation de la vulnérabilité des espèces dans le contexte de changement climatique). Bien que ces questions de conservation ne soient pas directement testées dans cette thèse, l'importance des améliorations proposées pour la modélisation de la distribution des espèces est discutée à la fin de ce travail dans le contexte de la sélection de réseaux de réserves.

Bigh3 is upregulated in regenerating zebrafish fin.

Zebrafish is a good model for studying regeneration because of the rapidity with which it occurs. Better understanding of this process may lead in the future to improvement of the regenerating capacity of humans. Signaling factors are the second largest category of genes, regulated during regeneration after the regulators of wound healing. Major developmental signaling pathways play a role in this multistep process, such as Bmp, Fgf, Notch, retinoic acid, Shh, and Wnt. In the present study, we focus on TGF-β-induced genes, bigh3 and bambia. Bigh3 encodes keratoepithelin, a protein first identified as an extracellular matrix protein reported to play a role in cell adhesion, as well as in cornea formation and osteogenesis. The expression of bigh3 in zebrafish fins has previously been reported. Here we demonstrate that tgf-b1 and tgf-b3 mRNA reacted with delay, first showing no regulation at 3âeuro0/00dpa, followed by upregulation at 4 and 5âeuro0/00dpa. Tgf-b1, tgf-2, and tgf-brII mRNA were back to normal levels at 10âeuro0/00dpa. Only tgf-b3 mRNA was still upregulated at that time. Bigh3 mRNA followed the upregulation of tgf-b1, while bambia mRNA behaved similarly to tgf-b2 mRNA. We show that upregulation of bigh3 and bambia mRNA correlated with the process of fin regeneration and regulation of TGF-b signaling, suggesting a new role for these proteins.

La génétique de l'hypertension: rôle des gènes CYP3A5 et ABCB1 dans le contrôle de la tension artérielle

Des données récentes suggèrent que les gènes ABCB1 et CYP3A5 sont impliqués dans le contrôle de la tension artérielle chez l'homme. Les gènes ABCB1 et CYP3A5 sont bien connus pour interagir l'un avec l'autre dans le métabolisme et le transport de nombreux médicaments, mais on sait peu de choses sur leurs rôles dans les processus physiologiques endogènes chez l'homme. Si les gènes ABCB1 et CYP3A5 influencent la tension artérielle par leur action sur des substrats endogènes, comme l'aldostérone, cela pourrait avoir des conséquences importantes pour le traitement des sujets hypertendus ainsi que dans le domaine de la pharmacogénétique. Ces gènes semblent influencer la tension artérielle par l'intermédiaire du système rénine-angiotensin- aldostérone via la réabsorption tubulaire rénale de sodium. Ces résultats soulignent l'importance de tenir compte des interactions gène-gène et le rôle clé de la consommation en sel comme modificateur d'effet en génétique de l'hypertension. Si ces résultats sont confirmés dans plusieurs études indépendantes, cela ouvre la voie vers un nouveau mécanisme de contrôle de la tension artérielle chez l'homme.

Dibenzofuran degradation by Sphingomonas wittichii RW1 under environmental stresses

Sphingomonas wittichii is a gram-negative Alpha-proteobacterium, capable of degrading xenobiotic compounds such as dibenzofuran (DBF), dibenzo-p-dioxin, carbazole, 2-hydroxybiphenyl or nitro diphenyl ether herbicides. The metabolism of strain RW1 has been the subject of previous studies and a number of genes involved in DBF degradation have been characterized. It is known that RW1 posseses a unique initial DBF dioxygenase (encoded by the dxnAl gene) that catalyzes the first step in the degradation pathway. None of the organisms known to be able to degrade DBF have a similar dioxygenase, the closest match being the DBF dioxygenase from Rhodococcus sp. with an overall amino acid similarity of 45%. Genes participating in the conversion of the metabolite salicylate via the ortho-cleavage pathway to TCA cycle intermediates were identified as well. Apart from this scarce information, however, there is a lack of global knowledge on the genes that are involved in DBF degradation by strain RW1 and the influence of environmental stresses on DBF-dependent global gene expression. A global analysis is necessary, because it may help to better understand the behaviour of the strain under field conditions and suggest improvements for the current bioaugmentation practice. Chapter 2 describes the results of whole-genome analysis to characterize the genes involved in DBF degradation by RW1. Micro-array analysis allowed us to detect differences in gene transcription when strain RW1 was exposed to DBF. This was complemented by ultra-high throughput sequencing of mutants no longer capable of growing on salicylate and DBF. Some of the genes of the ortho-cleavage pathway were induced 2 to 4 times in the presence of DBF, as well as the initial DBF dioxygenase. However two gene clusters, named 4925 and 5102 were induced up to 19 times in response to DBF induction. The cluster 4925 is putatively participating in a meta-cleavage pathway while the cluster 5102 might be part of a gentisate pathway. The three pathways, ortho-cleavage, meta-cleavage and gentisate pathway seem to be active in parallel when strain RW1 is exposed to DBF, presenting evidence for a redundancy of genes for DBF degradation in the genome of RW1. Chapter 3 focuses on exploiting genetic tools to construct bioreporters representative for DBF degradation in RW1. A set of basic tools for genetic manipulation in Sphingomonas wittichii RW1 was tested and optimized. Both plasmids and mini-transposons were evaluated for their ability to be maintained in RW1 with or without antibiotic selection pressure, and for their ability to lead to fluorescent protein expression in strain RW1 from a constitutive promoter. Putative promoter regions of three of the previously found DBF-induced genes (Swit_4925, Swit_5102 and Swit_4897-dxnAl) were then used to construct eg/^-bioreporters in RW1. Chapter 4 describes the use of the constructed RW1-based bioreporter strains for examining the expression of the DBF degradation pathway genes under microcosm conditions. The bioreporter strains were first exposed to different carbon sources in liquid culture to calibrate the egfp induction. Contrary to our expectations from micro-array analysis only the construct with the promoter from gene cluster 4925 responded to DBF, whereas the other two constructs did not show specific induction with DBF. The response from the bioreporters was subsequently tested for sensitivity to water stress, given that this could have an important impact in soils. Exposure to liquid cultures with decreasing water potential, achieved by NaCl or PEG addition to the growth media, showed that eGFP expression in RW1 from the promoter regions 4925 and 5102 was not directly influenced by water stress, but only through an overall reduction in growth rate. In contrast, expression of eGFP from the dxnAl or an uspA promoter was also directly dependent on the extent of water stress. The RW1 with the 4925 construct was subsequently used in soil microcosms to evaluate DBF bioavailability to the cells in presence or absence of native microbiota or other contaminated material. We found that RW1 could grow on DBF added to soil, but bioreporter expression suggested that competition with native microbiota for DBF intermediates may limit its ability to proliferate to a maximum. Chapter 5 describes the results from the experiments carried out to more specifically detect genes of RW1 that might be implicated in water stress resistance. Hereto we created transposon mutagenesis libraries in RW1, either with a classical mini-Tn5 or with a variant that would express egfp when the transposon would insert in a gene induced under water stress. Classical mutant libraries were screened by replica plating under high and low water stress conditions (achieved by adding NaCl to the agar medium). In addition, we screened for smaller microcolonies formed by mutants in agarose beads that could be analized with flow cytometry. A number of mutants impaired to grow on NaCl-supplemented media were recovered and the transposon insertion sites sequenced. In a second procedure we screened by flow cytometry for mutants with a higher eGFP production after exposure to growth medium with higher NaCl concentrations. Mutants from both libraries rarely overlapped. Discovered gene functions of the transposon insertions pointed to compatible solute synthesis (glutamate and proline), cell membrane synthesis and modification of cell membrane composition. The results obtained in the present study give us a more complete picture of the mechanisms of DBF degradation by S. wittichii RW1, how it reacts to different DBF availability and how the DBF catabolic activity may be affected by the conditions found in contaminated environments. - Sphingomonas wittichii est une alpha-protéobactérie gram-négative, capable de dégrader des composés xénobiotiques tels que le dibenzofurane (DBF), la dibenzo-p-dioxine, le carbazole, le 2-hydroxybiphényle ou les herbicides dérivés du nitro-diphényléther. Le métabolisme de la souche RW1 a fait l'objet d'études antérieures et un certain nombre de gènes impliqués dans la dégradation du DBF ont été caractérisés. Il est connu que RW1 possède une unique dioxygénase DBF initiale (codée par le gène dxnAl) qui catalyse la première étape de la voie de dégradation. Aucun des organismes connus pour être capables de dégrader le DBF n'a de dioxygénase similaire. L'enzyme la plus proche étant la DBF dioxygénase de Rhodococcus sp. avec 45% d'acides aminés conservés. Les gènes qui participent à la transformation du salicylate en métabolites intermédiaires du cycle de Krebs par la voie ort/io-cleavage ont aussi été identifiés. Outre ces informations lacunaires, il y a un manque de connaissances sur l'ensemble des gènes impliqués dans la dégradation du DBF par la souche RW1 ainsi que l'effet des stress environnementaux sur l'expression génétique globale, en présence du DBF. Une analyse globale est nécessaire, car elle peut aider à mieux comprendre le comportement de la souche dans les conditions de terrain et de proposer des améliorations pour l'utilisation de la bio-augmentation comme technique de bio-remédiation. Le chapitre 2 décrit les résultats de l'analyse du génome pour caractériser les gènes impliqués dans la dégradation du DBF par RW1. Une analyse de micro-arrays nous a permis de détecter des différences dans la transcription des gènes lorsque la souche RW1 a été exposée au DBF. L'analyse a été complétée par le criblage à ultra-haut débit de mutants qui n'étaient plus capables de croître avec le salicylate ou le DBF comme seule source de carbone. Certains des gènes de la voie ortho-cleavage, dont la DBF dioxygénase initiale, ont xî été induits 2 à 4 fois, en présence du DBF. Cependant, deux groupes de gènes, nommés 4925 et 5102 ont été induits jusqu'à 19 fois en réponse au DBF. Le cluster 4925 participe probablement dans une voie de meta-cleavage tandis que le cluster 5102 pourrait faire partie d'une voie du gentisate. Les trois voies, ortho-cleavage, meta-cleavage et la voie du gentisate semblent être activées en parallèle lorsque la souche RW1 est exposée au DBF, ce qui représente une redondance de voies pour la dégradation du DBF dans le génome de RW1. Le chapitre 3 se concentre sur l'exploitation des outils génétiques pour la construction de biorapporteurs de la dégradation du DBF par RW1. Un ensemble d'outils de base pour la manipulation génétique dans Sphingomonas wittichii RW1 a été testé et optimisé. Deux plasmides et mini-transposons ont été évalués pour leur capacité à être maintenu dans RW1 avec ou sans pression de sélection par des antibiotiques, et pour leur capacité à exprimer la protéine fluorescente verte (eGFP) dans la souche RW1. Les trois promoteurs des gènes Swit_4925, Swit_5102 et Swit_4897 (dxnAl), induits en réponse au DBF, ont ensuite été utilisés pour construire des biorapporteurs dans RW1. Le chapitre 4 décrit l'utilisation des souches biorapportrices construites pour l'analyse de l'expression des gènes de la voie de dégradation du DBF dans des microcosmes avec différents types de sols. Les souches biorapportrices ont d'abord été exposées à différentes sources de carbone en cultures liquides afin de calibrer l'induction de la eGFP. La construction avec le promoteur du gène 4925 a permis une réponse au DBF. Mais contrairement à nos attentes, basées sur les résultats de l'analyse des micro-arrays, les deux autres constructions n'ont pas montré d'induction spécifique au DBF. La réponse des biorapporteurs a ensuite été testée pour la sensibilité au stress hydrique, étant donné que cela pourrait avoir un impact important dans les microcosmes. La diminution du potentiel hydrique en culture liquide est obtenue par addition de NaCl ou de PEG au milieu de croissance. Nous avons montré que l'expression de la eGFP contrôlée par les promoteurs 4925 et 5102 n'était pas directement influencée par le stress hydrique, mais seulement par une réduction globale des taux de croissance. En revanche, l'expression de la eGFP dépendante des promoteurs dxnAl et uspA était aussi directement dépendante de l'ampleur du stress hydrique. La souche avec la construction 4925 a été utilisée par la suite dans des microcosmes avec différents types de sols pour évaluer la biodisponibilité du DBF en présence ou absence des microbes indigènes et d'autres composés contaminants. Nous avons constaté que RW1 pouvait se développer si le DBF a été ajouté au sol, mais l'expression de la eGFP par le biorapporteur suggère que la compétition avec la microbiota indigène pour les métabolites intermédiaires du DBF peut limiter sa capacité à proliférer de manière optimale. Le chapitre 5 décrit les résultats des expériences réalisées afin de détecter spécifiquement les gènes de RW1 qui pourraient être impliquées dans la résistance au stress hydrique. Ici on a crée des bibliothèques de mutants de RW1 par transposon, soit avec un mini-Tn5 classique ou avec une variante qui exprime la eGFP lorsque le transposon s'insère dans un gène induit par le stress hydrique. Les bibliothèques de mutants ont été criblées par la méthode classique de repiquage sur boîtes, dans des conditions de stress hydrique élevé (obtenu par l'addition de NaCl dans les boîtes). En outre, nous avons criblé des micro¬colonies dans des billes d'agarose qui ont pu être analysées par cytométrie de flux. Un certain nombre de mutants déficients à croître sur des milieux supplémentés avec du NaCl ont été isolés et les sites d'insertion du transposon séquencés. Dans une deuxième procédure nous avons criblé par cytométrie de flux des mutants avec une production de eGFP supérieure, après exposition à un milieu de croissance avec une concentration élevée de NaCl. Les mutants obtenus dans les deux bibliothèques n'étaient pas similaires. Les fonctions des gènes où se trouvent les insertions de transposons sont impliqués dans la synthèse de solutés compatibles (glutamate et de la proline), dans la synthèse de la membrane cellulaire et dans la modification de la composition de la membrane cellulaire. Les résultats obtenus dans la présente étude nous donnent une image plus complète des mécanismes de dégradation du DBF par S. wittichii RW1, comment cette souche réagit à la disponibilité du DBF et comment l'activité catabolique peut être affectée par les conditions rencontrées dans des environnements contaminés.

Dialectique entre facteurs de risque de maltraitance et ressources protectrices : analyse de situations de couples âgés dans le contexte de l'aide et des soins à domicile

Résumé Comment comprendre que certaines situations d'aide et de soins -comportant de nombreux facteurs de risque -présentent de la maltraitance, et d'autres pas ? Cette question est à l'origine de notre travail de thèse de doctorat en psychologie, réalisé en collaboration avec un service d'aide et de soins à domicile du canton de Neuchâtel (Suisse). La problématique des mauvais traitements envers les aînés est te plus souvent abordée dans une perspective positiviste visant, par des études quantitatives ou semi-quantitatives, à identifier ses caractéristiques «objectives ». Si ce type d'approche est pertinent pour cerner les contours du phénomène et élaborer des politiques de prévention, il s'avère insuffisant pour saisir en profondeur les mécanismes qui alimentent le .processus de maltraitance, et par là penser la prévention en amont. La littérature sur les mauvais traitements envers les aînés, les études sur le vécu des situations d'aide et de soins, et les théories systémiques proposent un cadre permettant d'interroger les dimensions relationnelle et subjective de la maltraitance. Par une recherche compréhensive centrée sur l'analyse de quelques situations de couples âgés dans le contexte de l'aide et des soins à domicile, notre travail questionne le rôle de la dynamique relationnelle et du sens donné à la situation d'aide et de soins dans le processus de maltraitance, et plus particulièrement dans le processus de «médiation » des risques. Des entretiens semi-directifs (individuels et de groupe) auprès des acteurs de la triade «conjoint aidé -conjoint aidant -professionnelle référente de situation» nous ont permis de recueillir des données sur les facteurs de déséquilibre et les ressources d'équilibre à l'oeuvre dans ces situations. L'analyse de ces données a mis en évidence l'intervention conjuguée de la dynamique relationnelle et du sens donné à la situation d'aide et de soins - à travers le processus de co-construction du sens dans l'interaction entre les acteurs et le contexte - dans le processus de maltraitance, et plus particulièrement dans la dialectique entre facteurs de risque et ressources protectrices. En révélant l'action médiatrice de la co-construction du sens sur le rapport entre risques et ressources, notre thèse apporte un éclairage inédit sur la maltraitance des personnes âgées et sa prévention. Elle incite à une réinterprétation du phénomène de la maltraitante touchant d'autres populations et ouvre la voie à des pratiques de prévention novatrices.

Role of NOX enzymes in phagocyte response and signaling upon Chlamydia infection

Les membres de l'ordre des Chlamydiales peuvent infecter un choix étendu d'animaux, insectes, et protistes. Comme toutes bactéries intracellulaires obligatoires, les Chlamydiales ont besoin d'une cellule hôte pour se répliquer. Chaque fois qu'une cellule est infectée une lutte commence entre les mécanismes de défense de la cellule et l'arsenal de facteurs de virulence de la bactérie. Dans cette thèse nous nous sommes intéressés à déterminer le rôle de deux mécanismes de l'immunité innée de l'hôte. En premier, nous avons étudié les NADPH oxidases, une source de molécules superoxydantes (MSO). Leur rôle dans la restriction de la réplication de Waddlia chondrophila et Estrella iausannensis a été étudié dans l'organisme modèle Dictyostelium discoideum et les macrophages humains. Différentes protéines Nox étaient nécessaires pour contrôler la réplication de W. chondrophila ou E. Iausannensis. De plus, nous avons déterminé que parmi les Chlamydiales, cinq espèces possédaient une catalase. Cette enzyme peut dégrader l'eau oxygénée, une MSO. L'activité de la catalase a été démontrée in vitro et dans les corps élémentaires. Avant de pouvoir étudier le rôle de NOX2 dans des macrophages infectés avec E. Iausannensis, nous avons dû établir la capacité de la bactérie à se répliquer clans les macrophages avec son trafic intracellulaire. Le deuxième mécanisme d'immunité innée que nous avons étudié est l'autophagie. Dans les cellules infectées l'autophagie permet de digérer les bactéries envahissantes. Deux protéines de la voie autophagique (Atg1 et Atg8) jouent un rôle dans la restriction de la croissance de W. chondrophila dans D. discoideum. D'avantage d'études sur l'immunité innée et les bactéries apparentés aux Chlamydia sont indispensables, car les réponses paraissent être spécifiques pour chaque espèce. - Members of the Chlamydiales order are able to infect a large variety of animals, insects, and protists. These obligate intracellular bacteria require a host cell for replication. Each time a cell is infected a struggle begins between the virulence arsenal of the bacteria and the defense mechanisms activated by the host. Each bacterial species will exhibit a selection of virulence factors that will allow it to overcome the defense of the host in some species, but not others. In this thesis we were interested in dissecting the role of two host innate immunity mechanisms. First we determined the role of NADPH oxidases, a source of reactive oxygen species (ROS), in restricting replication of Waddlia chondrophila and EstreHa lausannensis in the model organism Dictyostelium discoideum and human macrophages. Different Nox proteins were required to restrict growth of W. chondrophila and E. lausannensis. Additionally, we determined that five Chlamydia- related bacterial species encode for catalase, an enzyme that is able to degrade hydrogen peroxide, a ROS. The activity of the catalase was demonstrated in vitro and in elementary bodies. To study the role of NOX2 in macrophages for E. lausannensis we first had to determine the ability of E. lausannensis to grow in macrophages. Besides demonstrating its replication we also determined the intracellular trafficking of E. lausannensis. The second innate immunity mechanism studied was autophagy. Through autophagy bacteria can be targeted to degradation. Atg1 and Atg8, two autophagic proteins appeared restrict W. chondrophila replication in D. discoideum. More studies on innate immunity and Chlamydia-related bacteria are required. It appears that the responses to innate immunity are species specific and it will be difficult to generalize data obtained for W. chondrophila to the Chlamydiales order.

Nocardiose oculaire endogène

IntroductionNous avons diagnostiqué et traité un patient atteint de nocardiose oculaire endogène. Grâce à la chirurgie vitréo-rétinienne, le diagnostique définitif a pu être établi avec un résultat oculaire fonctionnel excellent. La nocardiose oculaire endogène étant une maladie rare, l'image clinique oculaire et la prise en charge n'ont pas encore été décrites systématiquement. Nous avons analysé tous les cas rapportés dans la littérature mondiale (38 cas, publiés jusqu'en 2007) pour trouver des indices sur la physiopathologie, la présentation oculaire, sur la meilleure façon d'établir le diagnostique et sur l'efficacité du traitement antibiotique systémique. Enfin, nous avons établit des directives pour la prise en charge oculaire.La nocardiose (défini comme maladie systémique ou locale) est une maladie touchant surtout des patients immunosupprimés ou immunocompromis comme les patients transplantés, avec maladie auto-immune, atteints du virus HIV sans HAART ou des patients ayant subit un trauma, une opération avec inoculation du germe. Aux Etats-Unis environs 500-1000 nouveaux cas sont diagnostiqués par année avec 20% de dissémination dans des autres organes, le plus fréquemment dans le cerveau. Environs 0.6-1% des patients (3-5 cas/année/US) auront un foyer dans l'oeil, c'est-à-dire la nocardiose oculaire endogène. Nocarida est un Actinomycète, classé comme bactérie, avec une morphologie et un comportement proche aux champignons, avec un cycle de reproduction lente, se trouvant dans la poussière (ubiquitaire) et la matière végétale se décomposant. Elle est sensible aux sulfamides avec émergence de résistances. La mortalité est environs de 25%.RésultatsLa moitié des patients présentait comme premier signe de la maladie systémique des problèmes oculaires, le plus souvent une baisse d'acuité visuelle progressive indolore. Un abcès choroïdien unilatéral unique dans la région maculaire associé ou non à un décollement rétinien séreux et/ou à une vitrite variable était la présentation dans 70% des cas. Nocardia dissémine au niveau des choriocapillaires, rarement, dans l'iris résultant dans un hypopyon isolé. Il y a deux modes de propagation locale: vers l'intérieur, par une nécrose de l'épithélium pigmentaire avec l'envahissement de la rétine et du corps vitré; vers l'extérieure, produisant une sclérite résultant dans une perforation du globe. Avant la séquestration au niveau du corps vitré, la réponse au traitement par antibiose voie générale est favorable: 75% des cas analysés. La rupture de la barrière hémato-oculaire externe (épithélium pigmentaire) peut être mis en évidence par la fluorescence angiographique : les images tardives montrent la diffusion de la fluorescéine dans le corps vitré. Si le corps vitré est atteint, au minimum des injections antibiotiques intravitréen (amikacin), mieux une vitréctomie sont indiqué pour diminuer la charge bactérienne et faciliter la pénétration des antibiotiques donnés par voie systémique. Signes d'une extériorisation d'un abcès choroïdien sont des douleurs intenses, l'exophthalmie et l'hypopyon associé.Soixante-deux pourcents des patients ont souffert d'une dissémination continue par retardement du diagnostique/traitement. La moitié des patients ont eu des abcès cérébraux avant, simultanément ou après présentation. Un quart des patients sont décédés suite de la nocardiose, 32% incluant la maladie de base (tumeur maligne hématologique) ou des autres infections opportunistiques (aspergillose). La morbidité oculaire est importante: un tiers des patients survivants ont retenu une acuité visuelle 0.5 ou mieux, un tiers une acuité visuelle égale ou inférieure à 0.1 et un tiers ont perdu l'oeil par énucléation/éviscération(l). La suspicion clinique et la biopsie de la lésion pour un examen microbiologique direct et des cultures sont cruciales pour la prise en charge. Les risques facteurs sont sexe masculin (4 :1), stéroïdes, immunosuppression pour transplantation ou maladie auto-immune et des tumeurs hématologiques malignes, plus rarement des accidents/ traumas graves. La ponction directe de la lésion assure les meilleures chances pour collectionner un spécimen contenant des bactéries: dans des petits abcès sous-rétiniens maculaires par ponction transvitréenne sous-rétinienne par aiguille fine décrit par le Prof. Augsburger (Référence 7) ou dans des lésions avancées par biopsie sous-rétinienne/rétinienne pendant une vitréctomie selon l'extension et la localisation de l'abcès. Le spécimen doit être préparé pour un examen direct (4 lames) et des cultures utilisant des plaques ordinaires sauf exceptions. La suspicion doit être communiquée au laboratoire et les cultures incubées de façon prolongée (4-6 semaines). Un bilan d'extension avec au minimum un CT scan thoracique et une IRM cérébrale sont indiqués.Le traitement de choix est un antibiotique du groupe des sulfamides à haute dose comme par exemple le co- trimoxazole à double dose. Le choix, le nombre et le dosage du/des médicaments doivent être adapté selon résistance, extension de la maladie, médicaments autres et état de santé général du patient (foie, reins). Les figures 6a et 6b illustrent la prise en charge de patients selon diagnostique établit (Fig. 6b) ou non (Fig 6a).

Un protocole de nutrition suffit-il à garantir des pratiques "evidence based" (EBM) - réalité clinique et propositions : P5

Le support nutritionnel en soins intensifs est désormais basé sur des études de niveau A et B. La participation du SMIA au «Nutrition Day 2008» avait mis en évidence des déviations par rapport aux recommandations. Cette étude a pour objectif de réaliser une analyse approfondie sur un mois. Méthodes: Analyse des patients sortis ayant séjourné plus de 3 jours en mars 2008 dans un service de 32 lits bénéficiant d'une diététicienne à 60% et du Protocole NUTSIA depuis 2006. Extraction de la database: variables démographiques, nutrition risk score (NRS), jours de démarrage et voie de nutrition, bilan calorique cumulé. Résultats: 69 patients âgés de 60 ± 17 ans ont séjourné 9 ± 10 jours. Le NRS est réalisé tardivement dans 29% des cas. A 48h, le support nutritionnel est défini chez 67% des patients avec 43% de nutrition artificielle, une prédominance de NE (73%) sur PN (27%). Seuls 3 patients ont un bilan cumulé < -10000 kcal. La couverture des séjours par la diététicienne est de 50%. Conclusion: Comparé à l'EBM, les pratiques nutritionnelles sont globalement satisfaisantes, mais l'évaluation systématique est insuffisante. L'introduction de la NE est tardive et sa progression trop lente comparé au protocole. Les remèdes proposés sont une administration de NE par défaut, une augmentation de la présence de la diététicienne et son «empowerment» sur la prescription.

EGFR signalling as a negative regulator of Notch1 gene transcription and function in proliferating keratinocytes and cancer.

The Notch1 gene has an important role in mammalian cell-fate decision and tumorigenesis. Upstream control mechanisms for transcription of this gene are still poorly understood. In a chemical genetics screen for small molecule activators of Notch signalling, we identified epidermal growth factor receptor (EGFR) as a key negative regulator of Notch1 gene expression in primary human keratinocytes, intact epidermis and skin squamous cell carcinomas (SCCs). The underlying mechanism for negative control of the Notch1 gene in human cells, as well as in a mouse model of EGFR-dependent skin carcinogenesis, involves transcriptional suppression of p53 by the EGFR effector c-Jun. Suppression of Notch signalling in cancer cells counteracts the differentiation-inducing effects of EGFR inhibitors while, at the same time, synergizing with these compounds in induction of apoptosis. Thus, our data reveal a key role of EGFR signalling in the negative regulation of Notch1 gene transcription, of potential relevance for combinatory approaches for cancer therapy.