WAIS Seminar: Research Discussion: Open Data at the Hampshire Hub

This is a research discussion about the Hampshire Hub - see http://protohub.net/. The aim is to find out more about the project, and discuss future collaboration and sharing of ideas. Mark Braggins (Hampshire Hub Partnership) will introduce the Hampshire Hub programme, setting out its main objectives, work done to-date, next steps including the Hampshire data store (which will use the PublishMyData linked data platform), and opportunities for University of Southampton to engage with the programme , including the forthcoming Hampshire Hackathons Bill Roberts (Swirrl) will give an overview of the PublishMyData platform, and how it will help deliver the objectives of the Hampshire Hub. He will detail some of the new functionality being added to the platform Steve Peters (DCLG Open Data Communities) will focus on developing a web of data that blends and combines local and national data sources around localities, and common topics/themes. This will include observations on the potential employing emerging new, big data sources to help deliver more effective, better targeted public services. Steve will illustrate this with practical examples of DCLG’s work to publish its own data in a SPARQL end-point, so that it can be used over the web alongside related 3rd party sources. He will share examples of some of the practical challenges, particularly around querying and re-using geographic LinkedData in a federated world of SPARQL end-point.

Prevalencia de insuficiencia renal crónica en niños con displasia renal multiquística, Fundación Cardioinfantil de Bogotá

Introducción: La displasia renal multiquistica es una variante de displasia renal, anomalía congénita frecuente del tracto urinario, con una prevalencia del 2.9 - 50 % de insuficiencia renal crónica; frecuentemente asociada a otras malformaciones urinarias, sin datos en bogotá sobre prevalencia y comportamiento clínico. Objetivo: Evaluar la prevalencia de insuficiencia renal crónica en niños con displasia renal multiquistica valorados en consulta de nefrología en Fundación Cardioinfantil, instituto de cardiología de Bogotá. Metodología: Estudio de corte transversal, en niños con displasia renal multiquistica, confirmado por ecografía, valorados en consulta de Nefrología Pediátrica en los últimos diez años. Se realizó un análisis descriptivo de las variables, cálculos de prevalencia de Insuficiencia renal crónica. Resultados: Se revisó información de 70 pacientes, encontrando una prevalencia de IRC de 22.85% (IC 95 % 13.0 %-35.1 %); mayor frecuencia mujeres 12.85 %; 14.28% con otras malformaciones renales; 5.71 % en involución parcial, 4.28% en pacientes con involución completa del tamaño del riñón displásico. Se encontró 31.4% proteinuria; 22.8 % hiperfiltración; 4.28% hipertrofia compensadora del riñón sano; 24.2% involución parcial, 31.4 % involución completa del tamaño renal; frecuencia de HTA de 7,1% (IC95% 1%-9%). El 87.14% tuvo diagnóstico prenatal (IC 95% 81.0%-96.0%). Discusión: La prevalencia se encuentra dentro de los rangos de la literatura mundial, mayor a la colombiana y suramericana, predominando en pacientes con otras malformaciones renales asociadas, con mayor prevalencia de hipertensión arterial, que requiere estudios multicéntricos para determinar causalidad o presencia de otros factores.

Institutions & Their Data

A panel presentation at Repository Fringe 2015

Características clínicas y sociodemográficas de pacientes colombianos con Síndrome de Sjögren solo y asociado a otras enfermedades autoinmunes

Introducción: Dado que una de las principales comorbilidades asociadas al síndrome de Sjögren es la presencia de otra enfermedad autoinmune, el objetivo de este estudio fue investigar la frecuencia de poliautoinmunidad en pacientes con síndrome de Sjögren y evaluar sus factores asociados. Métodos: Este fue un estudio de corte transversal en el que 410 pacientes con síndrome de Sjögren (por criterios del Consenso Americano-Europeo, incluyendo biopsia positiva) fueron sistemáticamente incluidos e investigados para la presencia de otra enfermedad autoinmune. Los datos recogidos fueron evaluados mediante análisis de regresión logística y el índice de Rogers y Tanimoto para evaluar factores asociados y agrupamiento. Resultados: Hubo 134 (32.6%) de pacientes con síndrome de Sjögren y otra enfermedad autoinmune. La enfermedad tiroidea autoinmune, artritis reumatoide, lupus eritematosos sistémico y enfermedad inflamatoria intestinal fueron observados en un 21.5%, 8.3%, 7.6% y 0.7% respectivamente. Hubo 35 (8.5%) pacientes con síndrome autoinmune múltiple. El hábito de fumar, historia previa de abortos, positividad de los anticuerpos antinucleares (ANAS) y una mayor duración de la enfermedad fueron los factores de riesgo más fuertes para el desarrollo de poliautoinmunidad. Discusión: Este estudio da a conocer la alta prevalencia de poliautoinmunidad en una población bien definida de pacientes con síndrome de Sjögren, los factores asociados para el desarrollo de esta complicación y su patrón de agrupamiento. Estos resultados pueden servir para definir enfoques plausibles para estudiar los mecanismos comunes de las enfermedades autoinmunes.

Delirium. Los factores de riesgo propios de los pacientes en la Fundación Cardioinfantil - Instituto de Cardiología. Estudio de casos y controles

Introducción: el delirium es el trastorno neuropsiquiátrico más frecuente entre pacientes hospitalizados, se asocia con aumento en el tiempo de hospitalización, complicaciones nosocomiales e incluso se le atribuye aumento de la mortalidad de forma independiente. Existen estudios acerca de factores de riesgo para la condición, enfocados en las patologías, medicaciones y antecedentes de los pacientes; sin embargo son escasos los que buscan identificar los factores propios de los pacientes y del proceso de hospitalización, el cual es el objetivo del presente. Metodología: se realizó un estudio con diseño de casos y controles, incluyendo pacientes de la Fundación Cardioinfantil - Instituto de Cardiología con diagnóstico de delirium, hospitalizados entre marzo de 2011 y marzo de 2013. Con una muestra calculada de 201 pacientes, 67 casos y 134 controles (2:1), se equiparó los grupos para edad, piso de hospitalización, tipo de habitación hospitalaria y la fecha de hospitalización, obteniendo las variables de interés. Resultados: se encontró distintas variables relacionadas con delirium, algunas de estas clásicamente asociadas con la condición, posterior al análisis de los datos, las variables más fuertemente relacionadas con la condición fueron el tipo de ingreso, escala visual análoga del dolor, índice de Barthel y el tiempo de estancia en urgencias. Discusión: en nuestra revisión, el presente estudio es el primero de nuestro medio que busca identificar los factores de riesgo dados por la condición basal de los pacientes en su ingreso al hospital, estos factores fácilmente identificables son de utilidad para la prevención de la condición.

La vía aérea, un reto en el servicio de urgencias indicaciones, manejo y complicaciones

INTRODUCCIÓN: El control rápido y seguro de la vía aérea es una de las habilidades más importantes que se debe tener para el manejo de pacientes críticamente enfermos y traumatizados en los departamentos de emergencias de todo el mundo, en nuestro medio no contamos con estadísticas que cuantifiquen el éxito y complicaciones en este aspecto. METODOLOGIA: Se realizo un estudio observacional, descriptivo, prospectivo, que recolecto los datos de las intubaciones realizadas en la sala de emergencias del Hospital Universitario Mayor “Mederi” por parte de especialistas en medicina de emergencias, medicina interna, médicos generales o personal en entrenamiento, durante el periodo comprendido entre noviembre de 2010 y junio de 2011. RESULTADOS: Se recolecto una muestra de 92 pacientes en el estudio, la causa mas frecuente de intubación orotraqueal fue falla respiratoria 77,2%, el éxito en el primer intento fue de 51,5%, se uso secuencia de intubación rápida como método de intubación en el 56,5% de los pacientes y se presento alguna complicación en el 61% de los pacientes. DISCUSIÓN: El éxito en la intubación orotraqueal es menor y las complicaciones superiores a los de países desarrollados, esto puede estar en relación con la falta del desarrollo de la medicina de emergencias y programas de entrenamiento formal en el manejo de la vía aérea.

Uso del test de cuantificación sensitiva para el estudio de la neuropatía de fibra pequeña

Introducción La mutación genética Val30Met de la proteína transtiretina (TTR) es causante de la polineuropatía amiloidótica familiar, comprometiendo en fases iniciales las fibras nerviosas pequeñas (mielinizadas Aδ y amielínicas tipo C), involucradas en funciones autonómicas, nocicepción, percepción térmica y sudoración. Los métodos neurofisiológicos convencionales, no logran detectar dichas anormalidades, retardando el inicio de tratamientos específicos para la enfermedad. Metodología El objetivo principal fue evaluar el test de cuantificación sensitiva (QST) como método de detección temprana de anormalidades de fibra pequeña, en individuos Val30Met, seguidos en el Hospital Universitario Santa María, Lisboa. Se clasificaron los pacientes en 3 grupos, según sintomatología y examen neurológico. Se analizaron los umbrales para percepción de frío, dolor con el calor y vibración en los grupos, en correlación con controles sanos. Resultados 18 registros de controles sanos y 33 de individuos con la mutación, divididos en asintomáticos (24,2%), sintomáticos con examen neurológico normal (42,4%) y sintomáticos con examen neurológico anormal (33,3%). No se encontraron diferencias entre los pacientes asintomáticos y los controles. Los umbrales para frío (p=0,042) y en el dolor intermedio con el calor (HP 5) (p=0,007) se encuentran elevados en individuos Val30Met sintomáticos con examen normal. En los pacientes sintomáticos con alteraciones al examen, también se presentaron alteraciones en el intervalo entre el inicio y el dolor intermedio con el calor (HP 5-0,5) (p=0,009). Discusión Los umbrales de frío y de percepción de dolor con el calor, permiten detectar anormalidades en personas con la mutación TTR Val30Met, sintomáticos, incluyendo aquellos sin cambios objetivos al examen neurológico.

Análisis de la calidad en la atención del paciente de cirugía general de urgencia

Objetivo: proponer un instrumento para el seguimiento de la calidad de la atención de pacientes con patologías quirúrgicas abdominales urgentes. Métodos: se revisaron restropectivamente historias clínicas de pacientes quienes requirieron cirugía general de urgencia (CGU) en agosto de 2013. Se analizaron variables demográficas, factores de riesgo, severidad y desenlace hasta el día 30 postoperatorio. Se incluyeron los indicadores de calidad del National Surgical Quality Improvement Program (NSQIP) y el National Trauma Data Bank, y se adicionaron otros. Resultados: Se intervinieron 231 pacientes de 261 procedimientos de CGU. La edad promedio fue 49 años. Los procedimientos más comunes fueron la colecistectomía laparoscópica (37.2%), la apendicectomía (35.6%), la laparotomía exploratoria (12.6%), el drenaje de colección abdominal (9.1%) y la liberación de adherencias (6.9%). La mortalidad fue de 3.46% (n=8), la morbilidad severa fue de 8.04%. La duración de la hospitalización fue de 6.54 días +/- 5.180 y la de hospitalización en Unidad de Cuidado Intensivo fue de 5.7 días +/- 4.42. La oportunidad de salas de cirugía para la apendicetomía fue de 5 horas para las apendicitis con peritonitis generalizada, y de 8 horas para las apendicitis localizadas, 37 horas para colecistitis, 7.48 horas para colangitis y 2.42 horas para diverticulitis. Conclusiones: Crear de un instrumento para la medición de la calidad de la atención de los pacientes en CGU, es necesario para la autoevaluación institucional y para definir planes de mejoramiento y distribución de los recursos.

Caracterización clínica, citoquímica y microbiológica de pacientes cirróticos con peritonitis bacteriana en la Fundación Cardioinfantil

Introducción: La peritonitis bacteriana espontanea es la infección más frecuente en pacientes cirróticos causado generalmente por Escherichia coli. Existen factores de riesgo relacionados con la aparición y recurrencia de infección peritoneal por lo que la implementación de estrategias tempranas y preventivas podría impactar en la disminución de la morbimortalidad. Metodología: Estudio descriptivo, serie de casos, se efectuó la búsqueda de los resultados del estudio citoquímico de líquidos ascíticos de pacientes entre los años 2009 y 2013, seleccionando aquellos compatibles con infección y que correspondieran a sujetos cirróticos, para posteriormente realizar la recolección de datos clínicos y paraclínicos con el fin de conformar la base de datos y finalizar con su respectivo análisis. Resultados: El alcohol es la principal causa de cirrosis en pacientes infectados; el principal microorganismo aislado fue Escherichia coli, documentando un 78% de cultivos negativos, 20% más que lo reportado por la literatura. La ampicilina sulbactam fue el antibiótico de elección en el 65% de los casos, de estos el 61% continuaron sin requerir cambio del mismo. Discusión: El presente estudio confirma al alcohol como principal etiología de cirrosis en nuestro país y a la Escherichia coli multisensible como principal agente. Debido al bajo porcentaje de cambios que requirió la ampicilina sulbactam durante el ajuste de la terapia se puede sugerir a este antibiotico dentro del manejo, sin embargo se require de estudios complementarios para comparar su efectividad en relación con cefalosporinas de tercera generación. De igual forma debe priorizarse la toma de cultivos en botellas de hemocultivos para aumentar la cantidad de aislamientos y optimizar el tratamiento antibiótico guiado de acuerdo al microorganismo obtenido.

Perfil de pacientes de uci neonatal con bronquiolitis en institución de cuarto nivel en Bogotá 2011

Introducción: La bronquiolitis se ha convertido en una patología de alta relevancia clínica y de salud pública, de la cual se han realizado múltiples estudios en cuanto a tratamiento y diagnóstico; Identificar el perfil de los pacientes que presentan esta patología en nuestra población justifica el profundizar en su conocimiento y contexto a nivel local. Metodología: Se realizó un estudio observacional descriptivo de serie de casos. Muestreo consecutivo o secuencial de pacientes con bronquiolitis que cumplieron los criterios de selección, durante el 2011. La información se analizó en SPSS. Se realizó un análisis descriptivo y análisis para determinar la posible asociación entre las variables. Resultados: El total de pacientes en el estudio fue 92. Se encontraron una serie de características comunes, discriminadas en dos grupos, características sociodemográficas de los pacientes y sus padres y características o manifestaciones clínicas de los pacientes, al ingreso, durante y al egreso de su hospitalización. Discusión: Las características sociodemográficas que identifican a los pacientes que presentan bronquiolitis pueden ser determinantes, como pertenecer a población vulnerable, como los pacientes recién nacidos, o lactantes menores; pertenecer a una comunidad en la cual haya presencia de niños en edad escolar. Conclusiones: Los pacientes con riesgo de presentar bronquiolitis, para este estudio, son lactantes menores y recién nacidos; hijos de padres profesionales, y bachilleres, y provenientes de la ciudad de Bogotá. A nivel socio demográfico se encontró que convivir con personas fumadoras y niños en edad escolar no mostró una diferencia en la distribución porcentual de estas variables.

Prevalencia de sintomatología musculoesquelética en trabajadores de una empresa avícola de Cundinamarca en el año 2013

RESUMEN Objetivos Determinar la prevalencia de sintomatología musculoesquelética en trabajadores en una empresa avícola de Cundinamarca en el año 2013. Metodología Se eligió un diseño observacional, descriptivo, transversal mediante un método de recolección de datos a través de una herramienta estandarizada el “Cuestionario Nórdico musculoesquelético”(1), se adicionaron datos sociodemográficos como edad, género, cargo laboral y antigüedad laboral. El análisis del presente estudio se realizó a través de herramienta informática estadística “EPIINFO versión 3.5.4”(2). Resultados Del total de la población estudiada en la empresa avícola de Cundinamarca que fue de 229 trabajadores, se excluyeron 65 trabajadores por llevar menos de un año de labor en la empresa; quedando 164 trabajadores de las que correspondieron al género femenino 36.0% (n=58) y del género masculino 64.0% (n=105). El promedio de edad fue de 38.1 ± 9.4 años con un mínimo de 18 años y un máximo de 56 años. La distribución de acuerdo a nivel educativo principalmente fueron bachilleres con el 48.8% (n=80) y primaria fueron 34.8% (n=57). La prevalencia de síntomas osteomusculares en los últimos 12 meses por segmentos corporales fue más frecuente en manos y muñecas con un 65.2%, seguido del segmento de columna lumbar con un 48.0%; por número de segmentos comprometidos se encontró una prevalencia de 4 o más segmentos del 52.2%. Conclusión La prevalencia global de sintomatología musculoesquelética de nuestro estudio aunque coincidente con la literatura, evidencia a nivel de segmentos diferencias importantes como en el de manos muñecas, donde la séptima encuesta nacional de condiciones de trabajo del Instituto Nacional de Higiene en el Trabajo de España (INHT) reporta el 10.8%(3). En nuestro estudio se encontró una mayor prevalencia de síntomas en 4 o más segmentos comprometidos, comparado con el estudio Prevalence of multisite musculoskeletal symptoms: a French cross-sectional working population-based study que reporta una prevalencia para 4 o más segmentos del 27.0% al 35.0%(12), lo que nos hace pensar en la coexistencia de múltiples factores de riesgos ergonómicos.

Is there a common genetic basis for autoimmune diseases?

Autoimmune diseases (ADs) represent a diverse collection of diseases in terms of their demographic profile and primary clinical manifestations. The commonality between them however, is the damage to tissues and organs that arises from the response to self-antigens. The presence of shared pathophysiological mechanisms within ADs has stimulated searches for common genetic roots to these diseases. Two approaches have been undertaken to sustain the “common genetic origin” theory of ADs. Firstly, a clinical genetic analysis showed that autoimmunity aggregates within families of probands diagnosed with primary Sjögren's (pSS) syndrome or type 1 diabetes mellitus (T1D). A literature review supported the establishment of a familiar cluster of ADs depending upon the proband's disease phenotype. Secondly, in a same and well-defined population, a large genetic association study indicated that a number of polymorphic genes (i.e. HLA-DRB1, TNF and PTPN22) influence the susceptibility for acquiring different ADs. Likewise, association and linkage studies in different populations have revealed that several susceptibility loci overlap in ADs, and clinical studies have shown that frequent clustering of several ADs occurs. Thus, the genetic factors for ADs consist of two types: those which are common to many ADs (acting in epistatic pleitropy) and those that are specific to a given disorder. Their identification and functional characterization will allow us to predict their effect as well as to indicate potential new therapeutic interventions. Both autoimmunity family history and the co-occurrence of ADs in affected probands should be considered when performing genetic association and linkage studies.

Effect of the human papillomavirus (HPV) quadrivalent vaccine in a subgroup of women with cervical and vulvar disease: Retrospective pooled analysis of trial data

Objectives To determine the effect of human papillomavirus (HPV) quadrivalent vaccine on the risk of developing subsequent disease after an excisional procedure for cervical intraepithelial neoplasia or diagnosis of genital warts, vulvar intraepithelial neoplasia, or vaginal intraepithelial neoplasia. Design Retrospective analysis of data from two international, double blind, placebo controlled, randomised efficacy trials of quadrivalent HPV vaccine (protocol 013 (FUTURE I) and protocol 015 (FUTURE II)). Setting Primary care centres and university or hospital associated health centres in 24 countries and territories around the world. Participants Among 17 622 women aged 15–26 years who underwent 1:1 randomisation to vaccine or placebo, 2054 received cervical surgery or were diagnosed with genital warts, vulvar intraepithelial neoplasia, or vaginal intraepithelial neoplasia. Intervention Three doses of quadrivalent HPV vaccine or placebo at day 1, month 2, and month 6. Main outcome measures Incidence of HPV related disease from 60 days after treatment or diagnosis, expressed as the number of women with an end point per 100 person years at risk. Results A total of 587 vaccine and 763 placebo recipients underwent cervical surgery. The incidence of any subsequent HPV related disease was 6.6 and 12.2 in vaccine and placebo recipients respectively (46.2% reduction (95% confidence interval 22.5% to 63.2%) with vaccination). Vaccination was associated with a significant reduction in risk of any subsequent high grade disease of the cervix by 64.9% (20.1% to 86.3%). A total of 229 vaccine recipients and 475 placebo recipients were diagnosed with genital warts, vulvar intraepithelial neoplasia, or vaginal intraepithelial neoplasia, and the incidence of any subsequent HPV related disease was 20.1 and 31.0 in vaccine and placebo recipients respectively (35.2% reduction (13.8% to 51.8%)). Conclusions Previous vaccination with quadrivalent HPV vaccine among women who had surgical treatment for HPV related disease significantly reduced the incidence of subsequent HPV related disease, including high grade disease.

Plasmapheresis vs. immunoglobulin in autoimmune neurologic diseases: a meta-analysis

Objectives: to evaluate the efficacy and safety of human immunoglobulin versus plasmapheresis in the management of autoimmune neurologic diseases. Likewise, length of hospital stay and duration of ventilator support were compared. Methods: Randomized controlled trials and analytical observational studies of more than 10 cases, were reviewed. Cochrane Neuromuscular Disease Group trials, MEDLINE, EMBASE, HINARI Ovid, the Database of abstracts of reviews of effectiveness and the Economic evaluation Database were searched as data source. Reference lists were examined for further relevant articles. A random-effect model was used to derive a pooled risk ratio. Results: 725 articles were found and 27 met the criteria for a population studied of 4717 cases: 14 articles were about Guillain Barré syndrome, 10 of Myasthenia Gravis, one of Sydenham Chorea, one of Chronic inflammatory demyelinating polyneuropathy, and one of PANDAS. No evidence was found in favor of any of the two treatments as regards effectiveness (OR 0.94, IC 0.63 – 1.41, p= 0.77) or ventilator support time; IGIV had a significant better safety profile than plasmapheresis (OR 0.70, IC 0.51 – 0.96, p= 0.03) and patients needed less time of hospital stay (p=0.03). Conclusions: There is no evidence for superiority in the effectiveness of immunoglobulin or plasmapheresis in the management of autoimmune neurologic diseases. Nevertheless, patients treated with immunoglobulin have statistically significant less adverse effects, a shorter hospital stay and a tendency of less ventilator support time. These premises could lead to fewer costs for health services but an economic study should be done.

Sexual Violence Beyond all Reasonable Doubt

Establishing the pattern of crime is fundamental for the successful investigation ofinternational crimes (genocide, war crimes, and crimes against humanity). A patternof crime is the aggregate of multiple incidents that share common features related tothe victims, the perpetrators, and the modus operandi. Pattern evidence and analysishave been used successfully, mainly in the investigation of large-scale killings, destruction,and displacement; the use for sexual violence charges has been remarkablymore limited. There is a need to overcome this gap by setting proper methods of datacollection and analysis. At the level of evidence collection, under-reporting should beaddressed through victimization surveys or secondary analysis of data available fromdifferent sources. At the level of analysis, the available evidence needs to be subject toimpartial examination beyond the pre-conceptions of the conflict parties and advocacygroups, in compliance with scientific standards for quantitative, qualitative, andGIS (Geographic Information Systems)methods. Reviewing the different investigativeexperiences and jurisprudence will help to set the right methodology and contribute mostefficiently to putting an end to the impunity regarding sexual crimes.